5D4YA

A psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
331
structure length
314
Chain Sequence
QGLKDAYKDYFKIGVAVNNRNVADPDQIKVVLREFNSITAENAMKPQPTEPKKGEFNWEDADKIADFCRANGIKMRGHTLMWHSQIGSWMYQGNLLSKEEFYANMKHHIQAIVNRYKDVVYCWDVVNEAVADSPVYPGRPELRNSPMYQIAGEEFIYKAFEYAHEADPDALLFYNDYNDAEPAKSQRIYNLVKRMKDAGVPIDGIGMQAHYNVYGPTMKEVDDAIKLYSTVVDHIHLTELDIRINEVSDWERTLQQDQYVQLFKVLRKHKDVIDCVTFWNVSDKDSWLGVRNYPLLFDENYKPKQAYNAVKNFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords xylanase
publication title Structural insight into potential cold adaptation mechanism through a psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase.
pubmed doi rcsb
source organism Environmental samples
total genus 120
structure length 314
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d4yA00
1B31A 4P7QA 2W92A 1GHSA 1GOMA 1CDGA 2AMGA 4S3KA 1W91A 1LWHA 1WKYA 2CESA 1H4PA 3WMSA 1QOXA 3MUY1 3W6LA 2Y8VA 3OGVA 5DF0A 2EQDA 4W7VA 4PBGA 1UA3A 1C7SA 2EPNA 1PIFA 2W62A 3T0DA 4A3YA 2GDUA 2VZOA 4GPNA 1B0IA 2WVTA 1U30A 5CSUA 3ALGA 1HKJA 1D7FA 3IJ7A 4WKHA 3ARSA 1JNEA 4L4PA 1HVQA 1FHDA 4RL3A 3U7BA 4AMCA 2NT0A 5D9MA 5C71A 2J78A 1ZJBA 1EGZA 3W26A 1X6NA 3DYMA 1FHLA 1HJQA 2ZUSA 1TFVA 3VDAA 3DECA 3QOMA 1WZMA 3WEOA 1CEOA 4J3SA 1E15A 1PBGA 3AIWA 1E70M 1VBRA 2J25A 5ABHA 2F8QA 1E72M 2WXDM 5ABGA 4J3TA 2YDQA 2F2HA 2PF0A 4HZ8A 3GNPA 4XX6A 1CECA 3BGAA 4AD3A 3BAWA 1G9HA 3LPPA 1ZL1A 5CZKA 4N42A 1JFHA 5HDRA 2WHKA 4CCEA 2WMJA 3AZRA 1UKPA 1GCYA 1MXGA 1LF1A 4PUDA 1KQYA 3AROA 1V6VA 2DSVA 1UKSA 3VIOA 4D1JA 2XVNA 2VO5A 4ZFMA 1W3KA 5ABEA 3K4AA 4IUGA 1JZ5A 2Y2WA 3K1DA 3I3BA 3K4DA 3WUFA 1J9YA 4V2XA 4B9YA 1J0YA 3CZEA 2XFYA 3KL3A 2WHJA 1EIBA 1HXJA 1GORA 3FW6A 3WDQA 2CHOA 1IT0A 1J0ZA 2WVVB 1SFSA 4J3WA 7CGTA 3OB8A 1W1PA 2D20A 3WF0A 2D3NA 1C90A 4NRRA 1JYNA 5GNZA 4TOQA 3VGEA 3OLIA 3VDCA 4AYSA 2GDVA 3QHMA 5A6JA 3L2LA 2UWFA 1GOOA 4P8UA 1OT2A 2WMGA 1JFXA 4JL2A 4DWSA 2BV9A 1BYBA 5BRQA 5HOSA 1B2YA 2VR5A 3UEQA 1TG7A 3GXMA 3CUJA 1M7XA 3OBAA 5AYBA 4D6HA 5GNXA 3KL0A 2A3EA 2IXVA 3IAQA 1E4LA 1KWKA 4P7LA 3THDA 2D3LA 4DUXA 2VRQA 1VJSA 1KBBA 1V3LA 2QPSA 1JNDA 3OZOA 3MSDA 4BQ3A 1BSIA 2V3EA 3CLWA 3AXHA 1FFQA 1HP5A 3SCPA 1EXPA 3PTKA 1GJWA 1EOMA 1V08A 4IM4A 4ACZA 3ZIZA 2XIBA 1OINA 3CGTA 5EFDA 1E9LA 1E0WA 1LL4A 3BAKA 2GJXA 1KGWA 4PMRA 2A3BA 2XSAA 1Z32X 2ZUWA 1GOKA 3BLKA 2XFRA 1TUXA 1EDQA 1PZ2A 1ZBVA 2ZX9A 3APGA 3BMWA 4LPCA 3F5KA 5HPCA 3VIIA 1RP8A 3T2QA 3W29A 4AW7A 3OLEA 4Z2IA 5AY7A 3L4ZA 2WC3A 1TCMA 1CGWA 1QNPA 4E8DA 5M5DA 2UY3A 2VVNA 4W8LA 4OBRA 1WZLA 2Z1KA 4M29A 1V3HA 3MANA 3WQ4A 1PZ3A 2WLZA 1L0PA 2OWXA 5M03A 2WLYA 4UZSA 4J7RA 1E5JA 1R86A 3GM8A 5DEZA 3IJ8A 3BAJA 5A8MA 1CPUA 4LYRA 1HJVA 1VJZA 5E70A 2EPKX 1TMQA 2WSPA 1E4IA 2XVKA 1CGUA 2VQUA 1UD8A 2X09A 2XWDA 4D72A 3SURA 5LA1A 3CUGA 2RGLA 3ARXA 4UQDA 4M81A 1M04A 2BNJA 2UY5A 4OBSA 5EFFA 1CNVA 1WDRA 3WQWA 3UETA 1B1YA 2UY2A 1UUQA 2XM1A 1V3IA 2DT2A 1W9XA 4ACYA 3T2PA 3W27A 1XH1A 3QGVA 3OA5A 1XSKA 4LYQA 2XUCA 3D5HA 1QI5A 4PMOA 1WDSA 2VCBA 4D6IA 1TZ7A 2CITA 1ZU8A 4HOZA 4E4PA 2NT1A 5FD0A 4W8BA 1E1EA 2XIIA 3VGGA 1DWAM 5A6SA 4AIEA 4AZCB 2BY1A 1MW3A 2YLAA 3ARPA 5AYIA 4CD6A 2VOTA 1EO7A 4J28A 2DIEA 4GO9A 4DWSD 2Y24A 1Q6FA 1NWRA 2WMIA 1CXIA 4PMQA 1MFVA 3U7VA 3SUUA 1K9FA 1C8QA 3IANA 1VF8A 3CBWA 2G41A 1J0KA 5BRPA 1H0IA 5HBFA 4BA0A 3NYDA 1CXEA 1NP2A 1R7AA 5FL0A 2JF7A 1UH4A 5A6BA 4XZBA 2J8GA 2D0HA 4TVCA 4GZEA 1J11A 1X1NA 2Z1SA 4PMYA 1NQ6A 3OGRA 5I78A 3VMNA 5A3HA 4WKAA 2E4TA 3EDDA 2QPUA 3NDYA 4DM1A 4HMDA 4QFUA 5CSYA 4UQEA 2JF6A 5KZ6A 4DWSC 2YIHA 3W38A 3BAYA 4JKKA 3HN3A 3FN9A 2VRJA 3ARTA 4PMNA 2G3IA 5TD4A 3NCOA 4HTYA 1QNSA 1HIZA 5D8WA 3VPLA 4C7DA 2WKLA 4PSPA 4LGXA 3SCRA 3BSHA 2WWCA 2J75A 1D3CA 3N18A 4ATLA 3SCSA 2O9TA 1DWGM 4P7NA 3AI0A 4GQQA 2BVDA 1B90A 2WZIA 3J7HA 4WSJA 3QHOA 4BS0A 2DT3A 4EKJA 3GTNA 2CHNA 2GK1B 2YDSA 3UG3A 2XGBA 1RH9A 3AICA 5DT5A 4PTWA 2V5DA 4Y7EA 1CLXA 1UD3A 1ZB5A 4HPGA 2IUZA 3W82A 2FGZA 3CHEA 4MB4A 1NH6A 1UKQA 4AD1A 3M6DA 3WBEA 1E4NA 3W81A 5DT7A 1R87A 5CPTA 4M82A 2A3AA 1I1WA 4UFJA 2O9OA 2J62A 3WF2A 3WQ8A 3ZQ9A 1XCWA 2VJXA 1QVBA 1SMAA 1F4HA 3WNLA 4J3XA 3GNOA 4P8WA 1GOQA 4W7WA 4EE9A 1QPKA 3BC9A 1WAWA 3ZT6A 4MNLA 1TA3A 5FCZA 5I5RA 3FXYA 1H2JA 4GI6A 1VIWA 4NI3A 1KXHA 1GUVA 1UQZA 2XSBA 1BYAA 1KR1A 4C7FA 4LX4A 2OLHA 3WDHA 1OIFA 4TX8A 2J7FA 2YL8A 4UFHA 1LLOA 1LWJA 4H2CA 2CPUA 1OD0A 3ALFA 3VGHA 1GZJA 4EK7A 5ABFA 1CIUA 2WZEA 1W9PA 2WKGA 3WDJA 4UCFA 1K9EA 4W5ZA 3OG2A 4PEEA 4YHEA 1US3A 3BAXA 4QLLA 1JYWA 1GOIA 1JL8A 4AIUA 3SEPA 4GZJA 1FP9A 2WC7A 3L4UA 3AIEA 2OWCA 3PN8A 1BTCA 1MVYA 3M46A 2ZUVA 2DSKA 3TTSA 1ESWA 5JUVA 3ZJ7A 3WFLA 1FOBA 2QLYA 1W2VA 4CN1A 5FL1A 1QI4A 1GPFA 5AC4A 3T0AA 1XSIA 3CZLA 2CKSA 1ODZA 4TVUA 3ZM8A 3N12A 3GNRA 3CPUA 5CLWA 1VENA 4UFKA 3VGFA 4AWEA 1HL8A 1G0CA 3WELA 4PYSA 4MNKA 3GDBA 4S3JA 3HU7A 3PZUA 1V3MA 3AMCA 1E6QM 1HKKA 2DDXA 4UOQA 1HJSA 4H8VA 3GH4A 4X0NA 3WQ6A 3VD9A 3MV01 3MSGA 3PZNA 1V6WA 1OB0A 3VINA 1PX3A 1W2PA 4UZUA 2CERA 3AMGA 1E73M 1EDGA 2CYGA 3CUFA 3RCNA 4HA1A 4XUYA 4D6DA 2YKKA 1DP0A 1CENA 1K9TA 2GSJA 5A6MA 1UG6A 4MDOA 5I77A 2OSXA 1PJ9A 1VFMA 1BYDA 4UFIA 4H7VA 1UR9A 3WMBA 1EH9A 1BHGA 1UWSA 1QBBA 1KXVA 1CGVA 1JZ3A 3VIGA 3SUSA 1MQQA 1UR0A 4OJYA 2VCAA 4CD4A 3A47A 4AY1A 3LMYA 3PZGA 1PAMA 4FLQA 3WN6A 1BAGA 4OUEA 3CZJA 3GH5A 2V38A 3AYRA 4UOJA 2C8NA 3T2OA 5JBFA 2X0YA 2BXZA 1JGIA 1EQCA 3NSMA 2CBJA 3VD7A 5E0FA 2WBKA 2XVGA 2YBUA 4WSKA 3PZOA 1M01A 5FKYA 5IHRA 4WJXA 1XHGA 1PX4A 1V0LA 3ARWA 1RP9A 3BCDA 4TTUA 1J10A 1B3WA 2G4FA 4EANA 2PB1A 1QW8A 1UH2A 3KZSA 1JYXA 1PPIA 2BVTA 4HPHA 3SUWA 3AXIA 2FH8A 3WQVA 3ZMRA 3W37A 4K68A 3U5YA 2ZX6A 1JZ6A 2CCRA 5I79A 5GQBA 3GYCA 3IAPA 4NF7A 2J79A 5KEZA 4CVUA 1KGUA 5C70A 3T09A 3K46A 4QLKA 8CGTA 3UG5A 2YBTA 1QNRA 3RJXA 1G5AA 1GQIA 3CO4A 5LA0A 3PZMA 3VU2A 2WMKA 1V02E 3WUGA 1FH9A 1UWUA 4JL1A 2ZUUA 3SCTA 2CBVA 1EA9C 4D6GA 4HOXA 1WE5A 3MV11 3VD3A 2ZXQA 1NWSA 1JZ4A 3PZIA 2X0HA 2NW0A 1OIMA 2ZWZA 5D9PA 3THCA 2DT0A 3AISA 1C7TA 1MQPA 4GINA 3VGDA 1LL6A 3I3EA 3ZJ6A 4BQ5A 1JF6A 1E56A 3LPFA 2D2OA 3TP4A 4CUCA 3ZSTA 3AHYA 2VR4A 4UR9A 1VAHA 3WKZA 3B8SA 3UR8A 4J27A 5BYWA 3WUEA 9CGTA 4AD5A 5A2BA 3NJ3A 4UQAA 1J18A 1IV8A 1ZBCA 3WMCA 1XD0A 1R7OA 5I3DA 1EQPA 4HOWA 4Z2LA 4GI9A 4JZ5A 5E6YA 3AMLA 2DT1A 4IPNB 4AZ5A 2OWWA 1EO5A 4PMZA 4HZ7A 1E3XA 5FOOA 3GXFA 1ZJAA 1JDCA 3VX0A 4HZ6A 2W91A 3N1AA 2E3ZA 2VUYA 3N13A 4ZENA 3OGSA 3BCFA 1E55A 2PI6A 1V03A 1XSJA 1E43A 2WHLA 1WPCA 4TUFA 3WD1A 4BQ2A 4L4OA 1CXLA 3VNZA 1C93A 4W86A 4EAMA 2DSZA 1H11A 5I24A 3VKKA 1KXQA 1LJYA 3ZOAA 4CD7A 1LQ0A 1B3ZA 5CJ5A 1MW2A 4CN4A 3ZO9A 1A47A 3VILA 2YA2A 4BQ4A 2GFTA 7A3HA 3WNPA 3WEZA 4F8XA 2BHUA 3QHNA 4FK9A 1BGGA 1G01A 4PMDA 2ZWYA 5BCAA 2DSWA 3VDBA 1KBKA 4HMCA 4D6FA 4MDPA 4FF5A 4FLSA 2PBOA 1K9DA 1VRXA 1ISXA 3CZKA 4PMUA 5I23A 2VZVA 3AQUA 2CBIA 4AEEA 3UESA 4CU6A 2J7EA 1C3FA 3K8KA 3D3AA 4RE4A 4OIFA 1CGYA 3CTTA 3T08A 3TOPA 3PZQA 3ZT5A 4V27A 3WD2A 1H5VA 2OYKA 2Y5EA 1VFOA 4TVDA 2CETA 3POCA 4J3UA 3CHCA 3VMOA 3SCWA 1UD2A 1AMYA 1MW0A 3FAWA 1CGTA 3N15A 5BWFA 5A94A 5BROA 2GJXB 1MXDA 4JFUA 1MFUA 1ZBWA 1WDPA 1UR2A 1KQZA 4W88A 1E0XA 3CIVA 1W32A 4MB1A 1UD5A 2RGMA 4Z2HA 1KB3A 3L4TA 3B9DA 2EEXA 2J47A 2VT0A 3GXIA 1KCLA 1MWOA 4GIAA 1XH2A 4YHGA 4QDMA 1HP4A 4A4AA 1BPLB 3AHVA 2CBUA 2UY4A 2FHCA 3AHZA 4UFLA 2ZIDA 3WNNA 2Y8KA 3FNDA 3EYPA 5F7UA 3GH7A 3DHPA 2ZICA 2ZOXA 2X2YA 4HA4A 1Q4NX 3DYOA 3BXWA 3LPOA 1NARA 1P6WA 2EXOA 3OLDA 3O9NA 3AIVA 5A8NA 1VB9A 3GBEA 4MNMA 1UWRA 4URIA 4D6EA 3WD3A 2FHFA 3VOCA 1EHNA 5CQ1A 5AC5A 4QAWA 4AZHA 2OSYA 3KWXA 3BAIA 4F9DA 5DFAA 1HN1A 5I6SA 4U2YA 3MMDA 2WBGA 1KWGA 1E6XM 2WCAA 3SCQA 2DQXA 1WO2A 3VVGA 4PRWA 1DWHM 4JHOA 4M24A 3ZJ8A 3RIKA 2ZXAA 1GW1A 2G8ZA 1XYFA 1V0NA 2JEQA 4WIWA 4FLOA 2XG9A 5A95A 3VUPA 1W3JA 1OGSA 1M03A 4P7OA 3WNKA 1QHOA 2J4GA 1NOFA 1PIGA 3A6OA 1FFRA 1NM9A 1DTUA 3GBDA 4MAZA 2D1ZA 3MMWA 2E9BA 3RPMA 3N11A 3WF4A 2GK1A 4X0VA 3WSUA 4AZ6A 2ZX5A 1MW1A 2WMIB 4W93A 1E71M 2XGIA 1J01A 3SIMA 1A3HA 2VC9A 4PTXA 4E2OA 4CD8A 3AIRA 2J7CA 1E6SM 1WP6A 1UH3A 2MANA 3W24A 3AHTA 4MADA 1S46A 1X6LA 3PZTA 4AZGA 2J7DA 3PTQA 4BZYA 3WEMA 4FMVA 2F61A 5CG0A 7TAAA 3WH9A 1UR1A 3O6AA 3CMJA 3B9AA 3ECQA 3EMZA 4YN5A 1OGBA 1LG1A 1GJUA 3HJEA 2D23A 3JUGA 1JXKA 1BYCA 2PWEA 1JZ2A 4TX6A 5A69A 1V3KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B31 A;  4P7Q A;  2W92 A;  1GHS A;  1GOM A;  1CDG A;  2AMG A;  4S3K A;  1W91 A;  1LWH A;  1WKY A;  2CES A;  1H4P A;  3WMS A;  1QOX A;  3MUY 1;  3W6L A;  2Y8V A;  3OGV A;  5DF0 A;  2EQD A;  4W7V A;  4PBG A;  1UA3 A;  1C7S A;  2EPN A;  1PIF A;  2W62 A;  3T0D A;  4A3Y A;  2GDU A;  2VZO A;  4GPN A;  1B0I A;  2WVT A;  1U30 A;  5CSU A;  3ALG A;  1HKJ A;  1D7F A;  3IJ7 A;  4WKH A;  3ARS A;  1JNE A;  4L4P A;  1HVQ A;  1FHD A;  4RL3 A;  3U7B A;  4AMC A;  2NT0 A;  5D9M A;  5C71 A;  2J78 A;  1ZJB A;  1EGZ A;  3W26 A;  1X6N A;  3DYM A;  1FHL A;  1HJQ A;  2ZUS A;  1TFV A;  3VDA A;  3DEC A;  3QOM A;  1WZM A;  3WEO A;  1CEO A;  4J3S A;  1E15 A;  1PBG A;  3AIW A;  1E70 M;  1VBR A;  2J25 A;  5ABH A;  2F8Q A;  1E72 M;  2WXD M;  5ABG A;  4J3T A;  2YDQ A;  2F2H A;  2PF0 A;  4HZ8 A;  3GNP A;  4XX6 A;  1CEC A;  3BGA A;  4AD3 A;  3BAW A;  1G9H A;  3LPP A;  1ZL1 A;  5CZK A;  4N42 A;  1JFH A;  5HDR A;  2WHK A;  4CCE A;  2WMJ A;  3AZR A;  1UKP A;  1GCY A;  1MXG A;  1LF1 A;  4PUD A;  1KQY A;  3ARO A;  1V6V A;  2DSV A;  1UKS A;  3VIO A;  4D1J A;  2XVN A;  2VO5 A;  4ZFM A;  1W3K A;  5ABE A;  3K4A A;  4IUG A;  1JZ5 A;  2Y2W A;  3K1D A;  3I3B A;  3K4D A;  3WUF A;  1J9Y A;  4V2X A;  4B9Y A;  1J0Y A;  3CZE A;  2XFY A;  3KL3 A;  2WHJ A;  1EIB A;  1HXJ A;  1GOR A;  3FW6 A;  3WDQ A;  2CHO A;  1IT0 A;  1J0Z A;  2WVV B;  1SFS A;  4J3W A;  7CGT A;  3OB8 A;  1W1P A;  2D20 A;  3WF0 A;  2D3N A;  1C90 A;  4NRR A;  1JYN A;  5GNZ A;  4TOQ A;  3VGE A;  3OLI A;  3VDC A;  4AYS A;  2GDV A;  3QHM A;  5A6J A;  3L2L A;  2UWF A;  1GOO A;  4P8U A;  1OT2 A;  2WMG A;  1JFX A;  4JL2 A;  4DWS A;  2BV9 A;  1BYB A;  5BRQ A;  5HOS A;  1B2Y A;  2VR5 A;  3UEQ A;  1TG7 A;  3GXM A;  3CUJ A;  1M7X A;  3OBA A;  5AYB A;  4D6H A;  5GNX A;  3KL0 A;  2A3E A;  2IXV A;  3IAQ A;  1E4L A;  1KWK A;  4P7L A;  3THD A;  2D3L A;  4DUX A;  2VRQ A;  1VJS A;  1KBB A;  1V3L A;  2QPS A;  1JND A;  3OZO A;  3MSD A;  4BQ3 A;  1BSI A;  2V3E A;  3CLW A;  3AXH A;  1FFQ A;  1HP5 A;  3SCP A;  1EXP A;  3PTK A;  1GJW A;  1EOM A;  1V08 A;  4IM4 A;  4ACZ A;  3ZIZ A;  2XIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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