5D9NA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 member from prevotella bryantii b14, in complex with the xyloglucan heptasaccharide xxxg
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NATYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGEYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYNN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
source organism Prevotella bryantii
total genus 141
structure length 349
sequence length 349
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9nA01
2PWDA 3FXYA 3NCOA 1UD2A 5GPRA 1EDTA 1OT1A 1ZBCA 1ISXA 1JI2A 3A4AA 4TXEA 4AEFA 1QVBA 1FP8A 3ZJ8A 4JCLA 2Y2WA 3RM8A 3FW6A 2BY1A 1CGVA 2PBOA 5JIWA 1KBBA 3QHMA 3RDKA 1HJWA 3WMSA 5A95A 4UQEA 1BG9A 3SIMA 3GM8A 4KH2A 5E9AA 4HU8A 3POHA 1FHLA 2G3NA 1IZJA 3IAPA 4QCEA 3BAXA 4H8VA 2FHCA 3RCNA 2IXVA 2J75A 3VNYA 3AMLA 3VGEA 2VZUA 3VGGA 2XJ7A 2WSPA 2WCAA 3AROA 1JNDA 3VTRA 4AZHA 3ZT7A 2YL9A 4P8XA 3ARQA 1ISWA 3RJYA 3WNNA 4NI3A 3PZIA 1UD8A 2QLYA 4Z2KA 3NUKA 1OD8A 2WBKA 2W66A 2VNCA 1V03A 3N11A 3SCWA 4BCEA 4CN6A 2W92A 3RIKA 3PN8A 1H11A 3GTNA 4CCDA 2GDVA 1C8QA 2DGAA 1E3XA 2YBUA 4JL1A 1R7AA 4F8XA 1HJUA 1VBRA 1E71M 1W3LA 2JALA 2ZXBA 3SUSA 3I3BA 4TX6A 5A8OA 4F9DA 1ZJBA 5LA0A 4XB3A 2OYLA 2UY4A 6TAAA 2EPLX 5A2AA 1CXIA 3AXIA 3CHDA 5CQ1A 1Q6CA 5A2CA 1K9TA 1TZ7A 2ZX7A 4MB3A 4FMVA 1IZKA 4UQAA 3MS8A 4ZE4A 4PN2A 2WM0A 3DC0A 1XRVA 3L2LA 5A3HA 3MU7A 3WD3A 3T0BA 4MAVA 1PAMA 3QGVA 1IV8A 1NM9A 3VILA 1PIGA 4GI9A 1K9FA 3NYDA 2Y8VA 4Y7EA 3BH4A 1JZ6A 2BHYA 3AZSA 1CXEA 2VX7A 5CSYA 1WDSA 1UR2A 1JZ8A 2RGLA 4B15A 2BVYA 1I1WA 4DWSD 2PWGA 3L4YA 1GOIA 2F61A 4QFUA 1KQYA 4C7DA 3CUIA 5EFDA 2E8ZA 4P8VA 3DHPA 1AQHA 4AXNA 4AZGA 3WBEA 4AD0A 3W82A 3L4UA 5ABFA 2VQUA 3BLKA 4CUCA 4WK9A 5D8ZA 1E0XA 3W29A 2DT2A 4L4PA 3WDQA 4MB5A 4IUGA 1NWUA 2DT1A 4J3SA 5A8MA 1ITCA 3WFZA 3MMDA 4W93A 5DT5A 3AZTA 1CPUA 3AYRA 3PZ9A 4AEEA 1QHOA 1QI4A 4U3CA 3BAJA 4W86A 1TE1A 5IFPA 2J25A 3MUIA 1W3HA 3JUGA 2J8FA 5ABHA 1U30A 2FDMA 1WKYA 4YPJA 5D9MA 1ITXA 1HKMA 3T2PA 6A3HA 4OBRA 4W8LA 3WDHA 2JIEA 1JXJA 1CTNA 4UQBA 4TTGA 4U31A 1BLIA 3ZQ9A 1JF5A 1NQ6A 5CZKA 2J74A 1W9XA 2WVUA 1HXJA 1PPIA 2WB5A 2VCBA 2OWWA 1V6XA 1QI5A 3WEZA 3SUUA 1KGWA 5C8BB 1LL6A 3O2LA 3WQ8A 1KXVA 2Y4SA 2J7BA 2YBTA 3N13A 3WNLA 4AYSA 1GJUA 4J7RA 2XPKA 3RJXA 4FLQA 3WFLA 1NOUA 3K46A 3J7HA 3CPUA 5A6MA 2GJXB 4E2OA 3AHVA 5A6KA 1Q6FA 1F4HA 1R7OA 2WK2A 1G1YA 3VO0A 4PMNA 2NSXA 4OOZA 4DUXA 3BCFA 3ARSA 4HPGA 1V0MA 2DSVA 3NSNA 1G0CA 4M56A 2VURA 9CGTA 3VIHA 2RGMA 4U3AA 1CECA 3VD4A 3ARWA 1E6PA 4LYPA 1CWYA 1HL9A 3OGVA 3SEPA 1MWOA 2D3NA 3BAWA 2XM1A 1W3JA 4BQ5A 5A1AA 4V2XA 2DSKA 1QPKA 4W7UA 3ZM8A 3KL3A 4H7VA 3L4WA 4HOZA 1MW1A 4J3UA 2VX5A 4KRUA 3KEHA 4EAMA 2D20A 2WMHA 1TCMA 3PZNA 4IM4A 4UOJA 5HBFA 2Y8KA 3FY1A 1GOQA 3VM5A 1V0KA 1OCQA 1CLVA 4CU8A 2CBUA 4MAZA 1LJYA 1J11A 4V27A 1UWTA 2BVTA 3EDFA 2YL8A 3AXXA 3WH5A 1E6RA 3E1F1 5D9OA 2VI0A 5EFFA 4AY1A 2WYSA 2OSYA 4QCFA 1XYFA 3VGDA 1PJ9A 2O9RA 4UTFA 1G9HA 2XTKA 3WL0A 3IAQA 4W5ZA 1BPLB 1PX8A 1WE5A 1GOWA 3GZAA 1C90A 4AD2A 4LYQA 3MO4A 1DWHM 2DT0A 3SCSA 2FGZA 1OWQA 4WSKA 2CBJA 4KGJA 3EBVA 4WKFA 2ZXAA 5FKYA 1WDQA 1V3KA 4E8DA 1E0WA 1UD6A 4P7NA 2BS9A 4HZ7A 2JEPA 5IFTA 5I77A 1UA3A 3K4AA 1VBUA 1CXLA 1TVNA 2CITA 4Z2HA 1QNPA 1CLXA 3OA5A 3VIMA 3SCNA 3BCDA 4HPHA 3WDPP 4DUWA 1ZB5A 2X09A 1KWGA 3AQUA 2CHNA 1GQIA 5CPQA 3SCRA 2E40A 1G01A 4AD3A 2IUZA 1EO7A 2OYKA 1KFWA 1H41A 4AZCB 3O9NA 3SCUA 1XHGA 4JHZA 5FOOA 1SYTA 4AISA 2OLHA 3SUVA 2WSKA 4WSJA 3N18A 4PYSA 1JI1A 3VD3A 3N1AA 4W84A 3N12A 2X8RA 2W91A 1OGSA 1W1TA 1ZJAA 3ARPA 2XWEA 5HOSA 1DWIM 1W1PA 1UD3A 3EYPA 3CUJA 4JCMA 4PTXA 4J27A 3OBAA 4S3KA 3OLEA 1XCXA 4P8UA 3GNRA 4MTVA 3RILA 3QHNA 2EXOA 4H04A 1MFUA 1VEOA 2C8NA 5DMYA 4BS0A 1G94A 3ZJ6A 5HPOA 3WD2A 1UKPA 5E6ZA 2PWEA 5A8PA 2YLAA 3U7VA 2FH6A 1B2YA 1ZBKA 1PZ2A 1SMAA 3AMGA 1WAWA 2CCRA 2ZUVA 2PWHA 1V08A 1V02A 3KZSA 4KRTA 4A3YA 4MDPA 5JUVA 2X05A 3VGHA 2WHMA 4BZYA 1VEMA 2GVYA 2CBVA 3AXHA 1EOMA 1JF6A 4CD6A 3ZT6A 5A8QA 2WVTA 2W5FA 4JAWA 2WXDM 5M3WA 4URIA 4W8AA 5CGTA 4B9YA 4F66A 4TVDA 4AC1X 1H1NA 2D0HA 3N9KA 3AIBA 3EMCA 3A4WA 2BVDA 3S6TA 1KGXA 4F9JA 4HA1A 3BLPX 1KWKA 1BVZA 4ACZB 4CGTA 1GJWA 1C91A 1C8YA 4C7GA 7A3HA 1H09A 2BY3A 2V3EA 3CUFA 2WLYA 1W1VA 3VM7A 1UQZA 5E09A 1L8NA 4Q22A 5TD4A 3WEMA 3GXFA 1U2YA 2VRKA 4K68A 3B9AA 3OB8A 1MXGA 1XCWA 1E55A 3AZRA 1C93A 1E3ZA 1I75A 1HVXA 3ZOAA 3VDBA 4OUEA 1XSIA 1MQQA 3EDEA 1UKSA 4IPNB 1GHRA 1EQPA 4PCSA 1OGBA 3AIRA 4AW7A 4QLLA 1V0LA 4GO8A 3ZJKA 3M46A 1PBGA 1J0ZA 2W67A 2V3FA 1JYVA 4PBGA 3UR8A 5M5DA 5I0DA 3W38A 3AHTA 3MUY1 4UFIA 2VVSA 3WF0A 1LL4A 4JHOA 4CD4A 3F5LA 3AHXA 3UCQA 1OSEA 2YJQA 4PMOA 5A69A 2Q8XA 1D3CA 3EMQA 1BHGA 3WNMA 4TOQA 4B16A 1E5JA 2Y5EA 1BVNP 4U5IA 1OBAA 3AMDA 5DF0A 2XGIA 1KQZA 3HU7A 3NIYA 4MJ4A 3GXDA 4TX8A 5HXMA 4X0NA 4RL3A 3FAWA 2G3JA 3I3EA 3RM9A 1JGIA 1MW2A 1J18A 1VEPA 3MUAA 3AIQA 4XZWA 3SCVA 2UY2A 5ABEA 1PEZA 1ZU8A 2J62A 1UD5A 4S3JA 4XUYA 1JZ5A 1GVIA 4ATLA 3WDRA 1HKKA 1HT6A 2C7FA 3K1DA 2WVVB 3UERA 1CNVA 3AYSA 2OWXA 3BXWA 3ZSTA 3OLIA 3QOMA 4XV0A 3VX0A 2CHOA 2V3DA 3WD1A 1QBAA 4A4AA 1LWHA 1DHKA 3IK2A 4JKMA 3VUPA 3AIVA 3A4XA 1PX4A 4PTMA 3GXIA 3S2CA 3AS0A 3WQVA 1OB0A 4M81A 1R87A 1E43A 2BXYA 4QP0A 2BXZA 1W91A 2GJXA 3CUHA 2WWCA 2E0PA 2J7EA 4MADA 3AI0A 1V02E 2D2OA 2WKGA 2O9OA 4W8BA 3W6LA 4DWSB 1E1EA 2XFRA 1U33A 4D6FA 2XFFA 3MUZ1 3BSGA 4W85A 3PTMA 5I6SA 4OKDA 1OINA 1EHAA 2WBGA 3II1A 4HMEA 3CBWA 5IHRA 1MW0A 1TFVA 2FGLA 1W1YA 2A3EA 1M04A 2XVNA 4V28A 1LG2A 1VFOA 3POCA 4JFTA 3SCTA 3KL0A 1XSKA 3BMWA 1IT0A 3MKKA 3ZIZA 2OSXA 4R27A 3GH7A 3PZQA 4M80A 4M24A 2CKSA 1QHPA 1V3LA 2VT0A 3BC9A 3BAYA 1D7FA 1ESWA 1UKOA 1B1YA 2E3ZA 4IPLA 4ML4A 1BTCA 2WVSA 5D9PA 2XVLA 2CBIA 4LX4A 2XIIA 5BXPA 3FN9A 2YA1A 3L4XA 1UWSA 4OOUA 2MANA 1B9ZA 2VRJA 1VIWA 5IXEA 2VVNA 2XWDA 2YIHA 1HX0A 2ZE0A 2DPEA 4GKLA 5CSUA 4E4PA 1BFNA 4DM2A 1BQCA 2XVPA 1XD1A 2ZX8A 1BF2A 2J79A 1JZ7A 3FAXA 3BMVA 2ZUTA 2YKKA 3VU2A 3DHUA 1GOOA 4AZ6A 3VGFA 2D23A 2CIPA 2D0FA 1X1NA 1UH3A 3GYCA 4GZJA 4CD8A 2B31A 3ZSSA 1BYCA 1VJSA 3BAKA 3G6LA 3QHOA 2VX6A 1W9BM 3UG3A 2QF8A 4CN4A 1EQCA 1OIMA 3PZUA 4WF7A 3UESA 3AOFA 1UR9A 4D6IA 1UH4A 3MMUA 5E0CA 1E6QM 2X0YA 3WNKA 2NW0A 1UA7A 4D6GA 3K8KA 5HPCA 1YQ2A 1HKIA 1JAEA 3VDHA 1CENA 1DWAM 4TVUA 2BHUA 2QPSA 1GOKA 4QLJA 4AZCA 3VPLA 1E4LA 3W26A 4W87A 5EB8A 3UG4A 4D6DA 2A3AA 1FHDA 1GORA 2JEQA 2D0GA 1JL8A 3T0AA 3VIJA 4RE2A 4CKQA 1B3ZA 2PC8A 1Q4NX 1YHTA 4D1JA 1TR1A 1NWRA 3VIIA 1GONA 1V3MA 4HZ6A 1H3GA 2GJRA 1GQLA 5I24A 3TP4A 2YDQA 5IDIA 2BNJA 4LGXA 4TTUA 3VGBA 2CERA 3GBDA 5A6JA 2WC7A 3VOCA 4UNIA 4ZXLA 1XGZA 3W28A 1R85A 1UWIA 1JZ4A 1UHVA 1E72M 1WO2A 1H2JA 3D5HA 1NOFA 3CIVA 3DYPA 1EIBA 3I3DA 4UFLA 4JFVA 1FA2A 4GIAA 3IJ9A 4KMQA 4QDMA 3WQ5A 4PTVA 4YHEA 5CLWA 1S46A 2YDRA 1UYQA 5BXRA 5AC4A 2VC9A 2OYMA 2WLZA 2G8ZA 4EK7A 2YDSA 4FLOA 4H8UA 1TG7A 1MVYA 1FH9A 4Z2JA 3M07A 1GHSA 3VD7A 1QW9A 1SFSA 1MYRA 4J3VA 1RD6A 4HMCA 4CVUA 2GFTA 3OLGA 4AWEA 4X0VA 1PIFA 3VDCA 1C7TA 3WMCA 2GK1A 3TTSA 2E8YA 1JDCA 4X9YA 2WAGA 4ZENA 5HNNA 4D1IA 1NP0A 5I5RA 2HVMA 2NT1A 4HZ8A 1Y7VA 3VMOA 3WQ4A 1HIZA 1P6WA 2XYLA 3DYMA 5FIPA 5A6SA 5LYRA 3WF4A 1JNEA 2EO7A 2JE8A 5GNYA 3ZO9A 3WQWA 5ECUA 1V6UA 1X6LA 1NOWA 3OGRA 1OGGA 3L2MA 1CDGA 1JG9A 4ACZA 4RE3A 2J7GA 3LPPA 3W25A 4AIEA 4GXPA 2WMIB 2PWFA 3OLDA 3MSDA 3B8SA 4AD5A 5JIPA 1E70M 2J78A 1E0VA 2BY2A 5JBEA 3EDJA 3AIWA 4FLSA 4CCEA 5BXTA 1J9YA 5GNZA 1BGAA 1V3JA 3T09A 3VIFA 2QV4A 1EHNA 3CMGA 1WDPA 3RPMA 1WNOA 2VTFA 1J10A 2YL6A 4PMYA 3VNZA 1I1XA 4CU7A 3PHAA 3HN3A 3PZTA 5LA1A 3L4ZA 3PTKA 2PF0A 1M03A 3U5YA 3CGTA 1LL7A 1GW1A 1V6VA 5A8NA 5A6BA 3FHAA 1OM0A 1JIBA 1HN1A 2UY3A 3WQ6A 4AZ5A 1HJVA 3DECA 2J7DA 3W81A 2G4FA 1OT2A 4JFSA 1DWJM 3ZT5A 3D3AA 3IJ8A 2YL5A 2J7CA 5CPSA 4IISA 5KEZA 1B3WA 1CIUA 4CVWA 3VX1A 5CG0A 4HA4A 3OZPA 2YLLA 4U2ZA 3IJ7A 2AOSA 1FP9A 1Z32X 3CHEA 3PZVA 4MPKA 4ACYA 3VIKA 1GUVA 2XM2A 1QHZA 1E4MM 1AQMA 1US3A 1QBBA 4NZCA 2ZIDA 2GK1B 2JF6A 1R8LA 1XSJA 4D6EA 4FLRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWD A;  3FXY A;  3NCO A;  1UD2 A;  5GPR A;  1EDT A;  1OT1 A;  1ZBC A;  1ISX A;  1JI2 A;  3A4A A;  4TXE A;  4AEF A;  1QVB A;  1FP8 A;  3ZJ8 A;  4JCL A;  2Y2W A;  3RM8 A;  3FW6 A;  2BY1 A;  1CGV A;  2PBO A;  5JIW A;  1KBB A;  3QHM A;  3RDK A;  1HJW A;  3WMS A;  5A95 A;  4UQE A;  1BG9 A;  3SIM A;  3GM8 A;  4KH2 A;  5E9A A;  4HU8 A;  3POH A;  1FHL A;  2G3N A;  1IZJ A;  3IAP A;  4QCE A;  3BAX A;  4H8V A;  2FHC A;  3RCN A;  2IXV A;  2J75 A;  3VNY A;  3AML A;  3VGE A;  2VZU A;  3VGG A;  2XJ7 A;  2WSP A;  2WCA A;  3ARO A;  1JND A;  3VTR A;  4AZH A;  3ZT7 A;  2YL9 A;  4P8X A;  3ARQ A;  1ISW A;  3RJY A;  3WNN A;  4NI3 A;  3PZI A;  1UD8 A;  2QLY A;  4Z2K A;  3NUK A;  1OD8 A;  2WBK A;  2W66 A;  2VNC A;  1V03 A;  3N11 A;  3SCW A;  4BCE A;  4CN6 A;  2W92 A;  3RIK A;  3PN8 A;  1H11 A;  3GTN A;  4CCD A;  2GDV A;  1C8Q A;  2DGA A;  1E3X A;  2YBU A;  4JL1 A;  1R7A A;  4F8X A;  1HJU A;  1VBR A;  1E71 M;  1W3L A;  2JAL A;  2ZXB A;  3SUS A;  3I3B A;  4TX6 A;  5A8O A;  4F9D A;  1ZJB A;  5LA0 A;  4XB3 A;  2OYL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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