5DCDA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tyrosine)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 133
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dcdA00
1NF0A 4A3UA 5EKYA 2ISSA 2QJHA 2NXGA 4FF7A 1UASA 5F1VA 5E93A 3W74A 4M5PA 4QNEA 3GKFA 1KTBA 4AH7A 4JDYA 5AHLA 3W86A 4GE8A 5K9XA 3PG8A 1I2QA 5AYXA 1VH7A 4UTIA 2R14A 3THAA 2E68A 4LC6A 3O6CA 3DFTA 3HG2A 1I2RA 1O5KA 1F76A 2PRMA 4UR7A 5AHFA 2VFEA 2A5HA 3W1PA 2WPBA 2Z6JA 3A9IA 3QMSA 3BO9A 2QCFA 4Y90A 1ICPA 3O63A 2VXNA 5AHMA 4WXYA 3MWAA 3F4WA 3MUXA 2Q3OA 1W3TA 3C2RA 1JCYA 1JRBA 2NWRA 1F73A 3EWYA 1A53A 2WNZA 3LLFA 4KFPA 4N9BA 1TMHA 3G22A 2BSLA 4UTJA 3GX9A 4ORMA 3C0JA 1GZGA 4HHPA 2CLEA 2ZTKA 4KFOA 5GVJA 3PS7A 5K7JA 1ZAIA 5D03A 3PSWA 2NXHA 3GXNA 1GVSA 3EXSA 3O6DA 3UD6A 1YTEA 4O8RA 1ZFJA 3NL3A 2F84A 2ZRUA 4O1CA 4ADUA 1FCQA 4DBDA 2QCNA 2QCDB 1FDYA 1SR9A 3WK3A 3G1DA 2FPTA 3LCFA 4AF0B 2QDGA 5HR6A 1VCVA 1PL9A 4NZJA 5I3GA 2C6QA 1OABA 3HG4A 3ATZA 3WJXA 1OVDA 1VQTA 3M1ZA 4FIQA 4DF0A 2ZDRA 4JY9A 2NWSA 1KFLA 2WSYA 1LBLA 3SR7A 4WZHA 3W1TA 4M6VA 4XTIA 4JX5A 3GNNA 4FX7A 4TO8A 1WQ5A 2H8ZA 2I9EA 2WNQA 1OF6A 4O52A 1EP3A 3M9YA 3P81A 3DGRA 1R2SA 1FWNA 3KOFA 2JKPA 5LZLA 2C19A 3W83A 4EWND 3P61A 4ZQOA 1N55A 2YZRA 4ZQMA 5AN7A 4CQAA 1TQXA 5H91A 3GAKA 3P67A 3Q94A 3IVSA 3RLUA 3IGXA 4MYAA 1D9EA 5EYWA 5D33A 3ZWTA 5CPOA 3BG3A 1JCXA 1UUOA 1TRDA 5DY3A 1S5WA 3ANYA 3TV8A 2YXGA 4O17A 1I8JA 3W1NA 4NJJA 2OCZA 1Z42A 5AYZA 5DCBA 4JTEA 2ZQ0A 4A22A 1G4SA 1KM4A 3R2GA 2V30A 4K38A 3W7JA 1VJIA 4WY0A 5F2GA 1QNVA 3HJZA 4JS3A 1GTHA 1TSIA 5I3KA 1OHLA 3STCA 1KBIA 4E0CA 4AWTA 2H3DA 1KTCA 1RV8A 1XBYA 1L6YA 2J9XA 5HWNA 3IIZA 2ZCGA 5AC8A 3GKAA 4LWWA 2CLKA 3TXZA 3E02A 3W1UA 5I3JA 3TSBA 4GUFA 3LV6A 2BX7A 1EWDA 3C2VA 1R2TA 3QSRA 2B7QA 5I3HA 3PB0A 4MY9A 1FUYA 4DF1A 3WJYA 2QCGA 3S5ZA 1FX6A 2C1HA 2Y61A 2NX3A 3NQGA 5F1UA 3PBUA 5D2WA 1Z44A 2V0TA 3HPSA 3NQAA 3DFPA 4JTUA 5ABTA 3MW7A 3GB6A 4AEOA 2YCEA 4LRSA 1W5MA 2GVLA 2ISWA 1SO6A 5EY5A 1G4EA 3S1XA 3Q58A 7TIMA 2B7PA 2DP3A 4JYEA 2WSQA 3U2OA 2YFNA 3DHDA 2YW3A 4XBSA 1TPUA 2DZSA 2DZVA 3TA6A 1CW2A 3MO7A 2J24A 2OJPA 4M19A 5U7SA 4IX0A 2CLOA 5IM51 1BKSA 1F6KA 3C8FA 3EKLA 1OYBA 5CZTA 4NQ1A 4DBEA 3EX2A 3TCEA 3IIVA 1O95A 1VCGA 2E5BA 4E2DA 3UY7A 4K36A 3A22A 3MBDA 3M16A 1LDCA 2Y7GA 4CCCA 3G3DA 3I7QA 1L6SA 3B04A 5IBXA 1SPQA 3W85A 1H51A 2QJIA 3NR0A 2V2CA 4FNTA 4JIQA 2AAMA 5TIMA 1K7XA 3GNDA 3TJLA 1JCMP 5D38A 4FB7A 1W0MA 4HN4A 4JNMA 1ZAJA 1ME8A 3W7DA 3VFLA 4JX6A 3VE7A 1Z41A 1QOPA 5G5IA 3L0KA 3MYPA 5K4XA 3QMTA 3M0ZA 1EA0A 3TC7A 3SJ3A 2QF7A 4UCGA 4UFKA 4HNVA 3W7LA 4YWIA 1AW1A 4UTTC 1H1ZA 1TJPA 3G0UA 3VKJA 4YL2A 5K3VA 4NJKA 4NUWA 3A24A 3CB8A 1M7PA 3TW7A 3FFSA 3PF3A 2ZTJA 2RDWA 2GJLA 4UIOA 3N2MA 1FCUA 3W1AA 1XBVA 4PA8A 2A2IA 3LCXA 1M6JA 3M43A 1FWRA 4JX4A 2NX1A 1GJPA 3NM1A 2Q8LA 1ZNNA 3MJYA 1UBSA 1VYPX 3UZJA 2DZXA 2ZA1A 4S2CA 3W2UA 4TX9A 3DAQA 4MUZA 1KFCA 4O53A 4ZZ9A 3NDOA 2BXVA 2CU0A 4O0KA 1LORA 1K7FA 1LYXA 1SQ7A 1H1YA 4WQ6A 1K02A 3QYQA 2H90A 5LHEA 3M5XA 4NZFA 1H61A 2C16A 3GXTA 3W23A 1EX5A 3O15A 3IVTA 2VFFA 3NXFA 2B7OA 1B4EA 2BLEA 2V2DA 4XBKA 1KBJA 2FTPA 1FWSA 1HO4A 2VC6A 2A7PA 1PS9A 2RHGA 1E51A 2QCMA 4MYXA 1BWLA 1OX6A 1JCJA 2A6LA 2E6FA 1ONRA 5D32A 3IGUA 4JTSA 4K37A 4AAJA 3QFEA 4WY0B 1AK5A 5BMXA 4A2SA 4BR1A 1QOQA 1SFLA 5CZSA 3W7GA 1P1XA 3G0XA 2CZDA 3NL2A 4IMGA 3TW6A 1LRQA 2BZNA 1Q6RA 1X6UA 1VPXA 3NPVA 1YTDA 4GUHA 1I4NA 2Q8ZA 1DVJA 1WBHA 4XKYA 1AL7A 5AYYA 4D2JA 1DBTA 2TRSA 1SW7A 4UFHA 3CQ0A 3G18A 1NEYA 3NAVA 1MEHA 1PHWA 1WA3A 1WBJA 3LXCA 2ZZ1A 3V75A 1I45A 3TX9A 4LS2A 2TPSA 4NNBA 2J88A 3QPYA 4MLJA 4GJ1A 1H7OA 3NQ8A 4DPPA 1H62A 2B4GA 3NL5A 4U28A 3O1NA 4TMBA 3LRLA 2ATMA 4MJMA 3QW4B 3GDKA 4KKXA 3FKRA 3BPWA 1RQEA 3G24A 3W72A 2V82A 1VR6A 5DXYA 4UC5A 3QRHA 3L0GA 3HF3A 3R13A 3LTYA 4N4QA 4Y6GA 5FF0A 1YTKA 5LGZA 1M7OA 1WV2A 4QSHA 3LTPA 1H7RA 2VENA 3LCGA 3EWXA 1NFBA 2X1SA 3EB2A 1AMKA 1H5YA 2QUVA 3QJAA 1VGAA 2ABAA 2P0OA 1UUMA 3W7IA 4FEZA 3LBMA 3KVMA 5HWMA 1FXPA 5HUPA 3NNTA 3OHIA 2OZ0A 4TU1A 1VS1A 1PCKA 1ZCOA 4JYFA 4NX5A 5K9CA 5CZJA 4O4VA 1Q45A 5KZEA 3ZWSA 3IV3A 4O50A 3TH6A 3T44A 2P10A 2QKFA 4JGDA 2ZFAA 1TRIA 3NGJA 1KW1A 1TPC1 4C1KA 4UFLA 2Y62A 3LLDA 2E5DA 4JXCA 3C6CA 1OFBA 4Y96A 3SGUA 3CHVA 3TQ0A 3O05A 1TV8A 3N19B 3MP5A 3SW6A 2YYTA 4MFEA 3DZ1A 4MZ1A 4CQ8A 1B9BA 3GR8A 1MXSA 2YFOA 3F1QA 3G1SA 3LHUA 1QFEA 1FQ0A 2V5LA 3L65A 3PULA 4S2BA 1R30A 2PC4A 3GDRA 3MYOA 1FWTA 1VYSX 3B8DA 3UPWA 4GUJA 1SW0A 3B0UX 1GQNA 4Q4KA 4GBUA 4IMDA 5AHNA 3OA3A 1RQBA 4NX0A 4HNUA 2WOQA 3TR2A 4JY8A 4W9TA 1F5ZA 1GVRA 2ZBTA 4WXZA 1RPXA 3W70A 2Z1BA 1GYLA 3MHUA 3DFOA 1NSJA 4GWEA 1TQJA 3S1WA 3HB9A 2ZRWA 3S5OA 3P82A 1FCVA 2CLFA 4MKNA 2JGYA 5E1QA 3ZS4A 3CU2A 3PUDA 1XUZA 3UWQA 2JKEA 3G8RA 3CLMA 2O7SA 2A4AA 4UTKA 4DO6A 1GEQA 3NM3A 3LCIA 1BWKA 3FA5A 4DPQA 4IPJA 3UWVA 1DJNA 3QC3A 3GK0A 5CZ0A 5FESA 3THQA 3DENA 5E0KA 1W31A 3M44A 5HMSA 3OVPA 2HTMA 3NQ6A 3C3NA 3G0SA 1HTIA 1GVOA 3GYEA 3QQ0A 4Y9AA 2PCQA 3C2FA 4QAIA 4WY0F 3OVRA 4JTFA 4AMAA 2Z6IA 1TTIA 3MP3A 3PSVA 1XL9A 3SY5A 1XBZA 3I68A 4IQLA 3LERA 1H7NA 4POCA 2OMAA 1IIGA 3B06A 5C6MA 5KITA 3JRKA 4O28A 5C5YA 1ME7A 4LVAA 3E9AA 2ZRVA 1KM3A 4A2RA 1N8FA 3LCLA 4A29A 4XKYB 1LCOA 1DL3A 1PCWA 1W3NA 1I2OA 3HMJG 2QDHA 2WV8A 3T7VA 4IJBA 2C13A 3LHVA 4HSOA 3PVFA 3W22A 5BMWA 1QAPA 3EWWA 1K7EA 4UTWA 3DHFA 3W7QA 4DO4A 1OFPA 2JK2A 1SSGA 2FPVA 3QSTA 2C0AA 3DXIA 4LUIA 4FXSA 4EF8A 2O7QA 1QPOA 1KTNA 2NX9A 2YGYA 3IIXA 4LS1A 2VEMA 2X2GA 3PWAA 1WX0A 1Q3NA 3I6RA 3GXPA 2DZUA 3TJXA 3W7MA 1CX9A 5G1YA 4O54A 1SZEA 2OT1A 3LX9A 3WFAA 1XKYA 3G1XA 1UB3A 4QITA 3C61A 1H60A 1W8SA 2QR6A 3W7PA 3GLCA 3P84A 4RXFA 1RD5A 4ONVA 2Q3RA 3N73A 1F74A 1YDOA 3M47A 4IMCA 5LSMA 1HO1A 5J5RA 4CQ9A 1W5PA 3M5YA 3CIXA 3S5NA 3W7HA 3P8JA 1QMLA 4QISA 4OV4A 2QUUA 3W7EA 3ABQA 1JVNA 5DBUA 3P74A 5D09A 5CPLA 3A21A 5LNRA 1L2UA 3FS2A 3PAJA 3Q2DA 3SSJA 2ZA3A 1S5VA 3CEUA 1VHCA 4R7JA 1J5TA 4QIUA 4WX2A 1DJQA 2A0NA 1B3OA 3U8GA 1KFKA 5CPNA 1X1ZA 3BW2A 5G1TA 4TR9A 4CNPA 4PODA 2VKZG 1OFAA 2ZZ5A 1EP1A 1YXYA 1DORA 2Y85A 1Q6OA 3SECA 3DI0A 4UXDA 3R8RA 4U4MA 5AHIA 3W2JA 3DU0A 4O16A 4PFMA 1QR7A 1ML1A 1BTMA 3KVKA 3LI0A 4MOZA 3TMQA 3B0PA 2G95A 2EGZA 3FJ6A 1DQWA 4KWWA 4O4WA 5K9DA 4IPIA 4FO4A 4JDBA 1XXXA 2VOMA 3TUUA 4LW7A 5CG7A 4EIVA 4HPJA 1FDJA 3ABRA 3BARA 3PBWA 2FFCA 3DFQA 1A5SA 1V5XA 1FBAA 1IF2A 2ALDA 3SGZA 3A5VA 5D05A 4GXMA 2G96A 3L5AA 3WJSA 2GQAA 1OFOA 1PHQA 2NV2A 1HFBA 3PM6A 3EXRA 1H7WA 1KLZA 4MPQA 3EX3A 3EWBX 1G4TA 1VHNA 5G2WA 1EP2A 1QDSA 4ZVJA 4UTHA 3FOKA 4BWLA 2NV1A 3C52A 1FWWA 1VYRA 1YDNA 4AWUA 1NVMA 3W87A 4RJEA 2FDSA 3LBCA 3LRMA 3EXTA 3TQVA 3NQEA 1PVNA 4DO5A 3LRKA 3ZFHA 1C8VA 3NQFA 3GVGA 3R12A 5KINA 5K4ZA 1GG0A 1IXNA 4PH6A 1SUXA 1JRCA 3KFTA 4N6EA 3TFXA 4NXSA 3W2LA 3KHJA 5KZDA 4I7WA 3TMLA 3JR2A 2J9YA 2A1YA 3O8AA 1LLWA 1ZJIA 2E6AA 4JTLA 1PV8A 2WSRA 3O06A 3IRDA 4XWUA 1U5JA 2V8ZA 4A21A 1LBFA 1EUNA 4LS0A 5BOOA 3WJZA 1SZNA 5SWUA 1S3HA 3VCRA 1GWJA 3GR7A 3NA8A 4L4MA 2NUYA 2XN1A 2CZEA 4UFJA 1O5XA 2V81A 3NL6A 4PL2A 1MEWA 1QPNA 3HGJA 4IX2A 4Q33A 1OX5A 4JICA 1XCFA 3T40A 1DQXA 4GFSA 1XI3A 3HQ1A 1EB3A 2C14A 2X16A 3S42A 2ZRXA 3P62A 3L67A 3EX4A 4OQVA 3PB2A 3O07A 1AW2A 1A50A 4QJ1A 3QQ1A 1I2PA 1ICSA 2GPTA 1RZMA 2NZLA 2FLIA 2ISVA 1KV8A 3B4UA 5CSSA 3D0CA 4UNLA 3PBYA 2JGQA 4EOUA 4O1BA 3GDLA 3M6YA 3I7SA 1YXCA 1VLWA 4HKPA 2R94A 1TPEA 3W2NA 3TQKA 3KVJA 2QEZA 3RFAA 2GVGA 3FJLA 3HG5A 2JBMA 5DXXA 3T4CA 3NVTA 2YDAA 4O0ZA 3P5YA 3TKFA 3ELFA 4UR8A 1C29A 2FIQA 2Z2UA 3CT7A 3QF0A 1OYCA 2OX1A 4O15A 5HQEA 1SZGA 1OX4A 3NQCA 1JCLA 4MJZA 2X1RA 5F4SA 1WYIA 1VC4A 5HR7A 5IBXC 3RF9A 3DKLA 5D2XA 1LRNA 1KFJA 2YPIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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