5DM7L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans in complex with hygromycin a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
total genus 18
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm7L01
2QEXN 3CF5L 4WCEL 1VQON 1VQNN 3CCJN 4IOAL 4WF9L 3CC4N 3CCQN 3I56N 5HL7L 5GAGP 1NJIO 3CMAN 2ZJRL 1Q86O 3G71N 1Q82O 3G4SN 2ZJPL 3CCVN 1VQ7N 4WFAL 1N8RO 4IOCL 1JJ2M 4WFBL 1QVGM 1M90O 5JVHL 5MLCQ 3CC7N 1YI2N 4U67L 3CPWM 3J7ZO 2QA4N 3CC2N 5GAEP 1YHQN 3DLLL 1QVFM 3PIPL 3CCSN 1KD1O 3CCLN 1S72N 2OTLN 1W2BM 4IO9L 1K8AO 1OVYA 1ILYA 1VQ9N 1VQ8N 1YJ9N 3CCUN 5DM6L 4UY8O 3I55N 5GAHP 3CCMN 1YJWN 1VQKN 3OW2M 1VQPN 1KC8O 5GADP 1YIJN 1K9MO 3CCRN 3PIOL 1KQSM 1M1KO 1Q81O 3G6EN 2ZJQL 1VQ6N 3CMEN 3CXCM 1YJNN 1YITN 2OTJN 5H1SQ 1VQ5N 1Q7YO 5DM7L 5JVGL 1K73O 3CCEN 4WFNL 1VQLN 1VQ4N 3CD6N 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BE0A 4B1WB 4JS4A 3DXKA 4GV3A 3SBTA 3CCJN 2HHHK 1C1AA 4JEPA 3O1BA 5BR9A 4NCBA 4H0VB 1DGKN 1TL1A 3O4NA 3PUFA 4JKDA 3QO9A 4FJKA 3WNGA 1NBWA 3OBWA 1NGHA 2KQ2A 1NK9A 3SAFA 4OLBA 1O1WA 3LZJA 3QESA 4KTWA 1X9MA 1K6YA 1HPMA 2P9SA 3HSCA 4CIFA 2QM1A 4H5RA 5AQOA 4OPHA 4DV0K 3MEDA 3A5MC 2CH6A 2FC0A 4KHYA 1D9FA 5K14A 2FSKA 4EP4A 3AA2A 4A61A 4CEAA 1VSDA 4A2BA 1QVFM 3QEVA 3FZHA 4KH6A 3SUOA 1NGEA 3UB5A 3AARA 2RN2A 1BI4B 2UXCK 1GLCG 1QTMA 5JS1A 4PHTX 4I9LA 3AO5A 4I9QA 1D4XA 2NRWA 4B1VA 1IO2A 4CFCA 3CCUN 5DM6L 1RTDA 5AZJA 3L0QA 3DOKA 3PY8A 3ULEA 3SV4A 4BC4A 4G1QA 2D0PA 1GOBA 4E3SA 4CGGA 1K9MO 4DFJA 4JK8A 3P39A 1WSEA 2IC3A 4B9QA 4O55A 4FJ5A 4E7LA 1X9JA 3E1YA 4DMNA 3UIQA 5LY3A 3HPGA 3MCAB 2H3GX 5HOOA 1KLNA 3H3NO 1ZBHA 2GBZA 3TPQA 4BR4A 1QSYA 2KW4A 4DSKA 1JXBA 4JD2A 2Y1IA 2ZF5O 5LJWA 4YY3K 4X64K 3MN6A 1VQ4N 4BDYA 1RTHA 4IKFA 4W5OA 2CGJA 3KKRA 1OVQA 4J2DA 3L8BA 3ZT3A 2HOEA 1SAZA 2JWLA 3E66A 3RRHA 2B5JA 3G0ZA 3LP3A 1Z26A 2VGNA 3AVAA 1T44A 1NK5A 1KFDA 4FJJA 3P4IA 3KLIA 4QOZB 4LF9K 4KHUA 2HMPA 1EWQA 3AO1A 3PX0A 2P1JA 4C8MA 3H46O 3VETA 2Y1JA 2HSTA 2P9UB 4AILC 4NCAA 2NRHA 4F9OA 3V9UA 1WSHA 3J7ZO 3EE8A 2YNHA 5F1XA 3QINA 4B9TA 2P9LA 1HQEA 1JLGA 3DXMB 1OKJA 2V51B 2HVIA 4JI5K 1EQYA 4CGFA 4C8LA 3TR8A 1JL1A 4BR2A 4FM1A 4CIGA 3L4QA 3AVGA 3TARA 1YAGA 4DUYK 1XQSC 4HTUA 4OPJA 2DY4A 4DR2K 1ILYA 2JGUA 1HJOA 1JLFA 4DQRA 3RR8A 1R0AA 1X9SA 2KLAA 1YIJN 1Q18A 3I0SA 3QMLA 5KGXA 3G6EN 4IOXA 2V7YA 4M63C 1EX4A 2B4JA 4EZ6A 1FW6A 3DRSA 4KHQA 3G25A 4CEDA 3RR7A 2E2PA 1LAWA 1HNIA 4BRAA 1HMVA 4XH1A 4YNQA 4FXDA 2A6AA 1KLMA 4FLTA 2ZM6K 3ZSOA 4BVOA 2P51A 1YUWA 3NF6A 4KHSA 3C95A 4DLEA 1W0HA 3MN9A 1HKCA 4BGAA 4BDPA 4ELTA 4DU4A 1IKWA 3TSQA 1S1VA 4RW9A 2QKKA 3AVNA 4HVJA 4BC3A 5AR0A 1NJIO 3FZFA 2ZJRL 2OYQA 4FJ7A 4DR1K 4H0XB 1WLJA 3V1OA 4FZXC 3NF9A 4IDHA 4PL7A 1EETA 4A62A 2P9NB 3NDKA 3C6HA 3QEPA 4CZEA 1YI2N 3IRXA 1VSJA 2A5XA 4CJWA 3VGLA 4RG8A 5GIPA 2XRIA 3U6FA 2PAVA 1IKXA 1U47A 2F4VK 2RE2A 3ZT1A 3CC2N 5KQDA 2DPNA 2VWJA 4MLHA 3BDPA 5AQKA 3V81A 1U6ZA 3ZEUA 4B9NA 3TAMA 3V9ZA 4FYDA 3VA0A 1U48A 3JXUA 3SYZA 3U3GA 2GV9A 3FZMA 2ZD1A 2HHUA 3CCLN 4NCGA 2E5LK 1UA0A 2PZSA 1W2BM 4NLBA 2QXLA 5FRMA 1LWFA 3CM5A 3LM9A 3MCPA 4FWQA 1RDAA 3K57A 3I55N 4GKJK 3F2KA 4CBUA 4YORA 3ZT2A 4CF8A 2G8IA 3KZBA 4JKFA 4FK4A 1E3MA 1UOCA 5M1OA 3O9SA 1N6QA 2HBKA 1H1VA 1LAVA 3OHRA 5AQQA 1S1TA 3C65A 4BRMA 1VQ6N 1KVCA 5SZTA 4DV3K 4EHUA 5I9EB 2ASPA 3UKRB 1Q7YO 2GUIA 2Q2RA 4OVLA 4DTNA 4LFAK 2WOMA 1KAXA 1T8EA 2Z1HA 2IVOA 1ZBIA 2D0OA 3VQPA 4CD1A 1K8KB 1LOTB 3AVIA 4H8KA 4FWOA 1NGDA 4GV9A 2EX3A 4H03B 4FWMA 1DT9A 2UUCK 2IVNA 3TU5A 3B6OA 3ID8A 1A5VA 1MU2A 3AO3A 1T3VA 2OCEA 1XI1A 2D5RA 1T03A 3PX4A 4AM7A 3WXJA 3VQBA 2VGMA 1UAXA 4TSXA 5AQGA 3WEEA 4BREA 3J8AA 2OZSA 3KLHA 2IIRA 5BRDA 1C0TA 4WQ5C 1XNRK 4LF4K 3ZETB 3C94A 2D4WA 4DSFA 4WFBL 1NK6A 1C0FA 3QDKA 5AQZA 4FM2A 1TYQA 4ILJA 4JS5A 3CPWM 5LL6Z 4C23A 5EOYA 4BY9C 3AVHA 4JKGB 2FBYA 1YTAA 5FPNA 4ILHA 4CI6A 4JI1K 4FLUA 4CZJA 3QNOA 1L3UA 3OYFA 2CGKA 2HVHA 5AQHA 3VF4A 3NGIA 3SAGA 4KI6A 4B9UA 1YVUA 2FSJA 3IKMA 3C0BA 4RW7A 3T7ZA 1ASVA 4IO9L 3V9XA 1TKDA 1OVYA 3A0IX 1OH5A 1K8AO 5EY4A 4E1MA 1BO5O 5HLFA 4CJTA 3HP9A 2UU9K 4I2PA 1YT3A 5GAHP 3EY1A 3VF2A 2IOCA 1TL3A 1N34K 1DLOA 1NGIA 3VEYA 4MDAA 2ZGYA 3D2EA 4JKHA 1TVRA 1NKEA 3OJSA 1VSHA 1KQSM 4H5TA 5BPLA 3QIPA 3P38A 3OYGA 4FSVA 2UXDK 3EZ5A 5HRSA 3FZLA 1S1WA 2FBTA 4I6MB 4O4GA 4DV5K 3S3MA 2OPRA 3G10A 1K73O 3VQEA 4IG3A 4QS9A 3RRGA 1ZC6A 1QQCA 3U9DA 3DLEA 4M3ZA 1GLBG 2NNWA 1IBKK 3WXMB 3HM8A 5EVZA 5M1QA 4LC9B 4FCYA 2BTFA 1I39A 4FJIA 1QSLA 4ID1A 1RT5A 3KHYA 1MA9B 4KV8A 3ITHA 2ITMA 2OPQA 2P5GA 4ICLA 2P9PB 1S5JA 1BOTO 3QLHA 3U9ZA 4DU1A 1E4FT 3CC4N 3VEOA 2RHKA 2BUPA 3KJVA 3NFAA 3CMAN 5BPNA 1Q82O 4JN4A 3M8PA 2YI1A 1U2VA 1MWMA 2GWJA 2QKBA 3LDLA 4IOCL 3SQ0A 1EP4A 3BY5A 4JRQA 3SNNA 4RW8A 1KCFA 3O3HA 4CERA 5MLCQ 1IBLK 4DQ8A 1DEJA 1CZBA 4B3OA 4CF0A 2X6NA 4CGJA 3TANA 4FPAA 5GAEP 2O8CB 4JHDA 1Q9XA 2WONA 3CETA 3F73A 2YNGA 2YNFA 3LAKA 4FK0A 2DFEA 3OYKA 5CE3A 4DUZK 3WT0A 1TAQA 3MEEA 1GOAA 4FM0A 3ZSRA 3CIPA 1NNEA 4UY8O 3SI6A 3SMPA 1QHAA 3DM2A 3GL1A 2KZZA 1RDWX 1G15A 4BDZA 4EZ9A 1C0MA 4PQUA 4FLVA 1C6VA 3VEXA 1M1KO 2ZGZA 1BGXT 1GLLO 3KLEA 5IT9O 5JICA 3JYTA 2W40A 3OYLA 3H1VX 3P1GA 5AQPA 2NRZA 3VMFB 2GWKA 2QWMA 4CZMA 2A40A 3QEXA 5M1FA 4FJHA 1RT1A 4Z4CA 4HHTA 1NJXA 1IG9A 1MDUB 1NM1A 3J7YP 3C6UA 4DFPA 3K5MA 4DS5A 3CD6N 4AHTA 1J5OA 4XH4A 3RSEA 1JLCA 3OYBA 5AQYA 3M5RA 2D0CA 4KBOA 1J53A 4YOUA 3EE9A 3MX5A 5AQLA 3O9TA 3QICA 4ISEA 1RCHA 2FF6A 3THYA 4K8XA 4BRQA 3IS9A 2PBDA 2VYPA 3HYFA 5LMUK 3HK2A 4JI0K 5J2NA 3A2FA 2Z1IA 3ID6A 4CJ4A 4KB1A 5KPZA 3K5OA 3E9LA 3L2UA 2E6MA 1WAJA 4CJ7A 4LSNA 2HNDA 1NK8A 3TI0A 3K58A 3THWB 4BC2A 4DTJA 2QA4N 4JLHA 3O4WA 5CZ1A 3U3YA 1NGAA 4O8UA 1WSGA 4CF9A 1U45A 2QXFA 2HB5A 2Q0RA 2P9IA 3SJHA 4B1ZA 4PKGA 3KKSA 3B8AX 1KVBA 4FWSA 1SV5A 1NKCA 4BWMA 1G99A 2GTDA 3R9PA 3LP1A 3Q7BA 1C1CA 4O0JA 1HJRA 4YOYA 1OH8A 3A8YA 2FXUA 3HO1A 2QW9A 4DCHA 4C8OA 1WSIA 5AQIA 4CHQA 4F2RA 1KC8O 2QK9A 4FLXA 2HHVA 4ZTFA 4UQGA 3NGZA 1HYZA 3D0PA 4CEBA 2BH1A 1BQMA 1HNVA 3CJAA 4KH4A 4E0DA 3CMEN 1LW0A 2E1YA 3CJ1A 4Z94A 4GY2B 2O8EB 4X65K 4LY7A 3DJCA 1TKZA 1IKVA 3O5BA 4CBWA 1ZYQA 1T05A 3HVRA 2P9KA 4WFNL 2NRRA 2AA4A 1VSMA 2W41A 3ZX2A 4B1YB 5CR4A 4LF6K 3CQXA 4A5BA 3L4IA 3LDNA 3THXB 1D9DA 3CERA 1HRHA 4MQ3A 5C2FA 4RWTA 1FJGK 4H5VA 1JL2A 2G8FA 2G8WA 3T3FA 3PSIA 5I42A 4I7FA 3TTFA 1C1BA 4E19A 5AQMA 1RT2A 3NVMA 4N47A 2Z1JA 1NMDA 2HHQA 3FE1A 3C6TA 2FSNA 5AQNA 3V1RA 4MDBA 4H4OA 3TTCA 4YOWA 2D0BA 1N5YA 5BRHA 5F0XA 3CM6A 4CZLA 3VGMA 3AVMA 4W5QA 2F9WA 4V19S 4XIUA 4IJNA 1NGJA 1NK4A 4JKBA 3A5LC 2EWSA 4WYBA 1E4GT 3UKUB 1W7AA 2X74A 4FJ8A 4HWIA 2G8UA 3IG1A 4JI3K 4CGIA 4CBXA 1XUPO 3MXMA 3NH1A 1XC9A 3RMCA 4H5WA 1SUQA 4CJSA 2O8FB 4FW2A 2G8HA 4E7IA 4CFAA 5I3UA 5J2PA 2E20A 4FJLA 1Z6RA 1CXQA 1D8YA 4AHUA 4CEQA 2XO7A 4PY5A 3O1WA 4BRNA 3ENBA 1NMNA 3OW2M 3SPZA 1SL2A 1ATRA 3KWIA 3E9PA 4QS8A 5GADP 3KIOA 4B9MA 4CJPA 4CEOA 4ELVA 4A59A 1IG8A 2O8BA 2P9LB 4CJRA 3VF6A 4Y1CA 4K42A 2YKMA 4M45A 2YX6A 1VSEA 5M1NA 2DTUA 3OYHA 3O9RA 2OANA 4B9LA 1VQ5N 4W5NA 3O80A 1S9GA 3DXMA 4BRGA 1RT4A 3MK6A 4YHHK 3CI5A 5AZIA 4YOTA 1HQUA 3VPZA 3NE6A 1HNXK 1JLEA 1NOZA 5E41A 1HR0K 2E88A 2YCHA 2PYLA 4CJKA 5AQRA 3LM2A 4LFBK 2O8DB 2V52B 1LWCA 1RDDA 3M8QA 4EIAA 1BWFO 5GAGP 4G9ZA 3HOTA 4BE1A 2VCPA 5HRNA 2Q97A 5FLXO 3QFUA 4ID5A 4BWJA 5JLFA 4AHSA 1Q86O 2ZJPL 1RGIA 3OVNA 4LSLA 3WQTA 1N8RO 5M1PA 3MXJA 1WOQA 4DR7K 3TSUA 3ATUA 4R5PA 4B3TK 4FLWA 1J9AA 3CC7N 3J7AP 2HHWA 3AGRA 4PL8A 4CHZA 2V7ZA 1NGBA 5CYQA 4DTSA 4CJLA 3HPOA 3DAWA 4DU3A 1RTJA 4IZ9A 2HNZA 1W9HA 1A5XA 4CIEA 4K43A 1S6PA 3GBTA 3ZLJA 4X66K 3GG4A 4YOXA 4X62K 3LL3A 2ZWHA 1BUPA 3ZSYA 1WNSA 1X1PA 1RBUA 1YJ9N 4DWIA 3OYNA 3K9JA 3M8RA 3EKUA 1O13A 3TAGA 1NWKA 1A5WA 1IV0A 4FL9A 2E2NA 3OS1A 3SMSA 2P9NA 3ZCMA 3VEWA 1VSFA 1R59O 4Z4HA 2WTUA 3OYJA 4OGCA 1YITN 2YJEA 2XY7A 3D2FB 4AHVA 3AAQA 3PO4A 4CHPA 3FZKA 3WXIA 1JXEA 5AFUA 4E89A 2LSNA 1TK8A 3THVA 3SK3A 4CVNE 3LP0A 4DQPA 1RT7A 1QQNA 3C7NA 2QWNA 1VQMN 1ASUA 3IDHA 3S41A 2BANA 1XMQK 2VQEK 1SQKA 4WF9L 4MO5A 1TAUA 2QTDA 1SL1A 4AHCA 4JKAA 4EP5A 4DTRA 3AY9A 3A5NC 2QWLA 4BROA 3FR0A 4RCHA 3BZKA 2GELA 3TAPA 5FDLA 2YV0X 4A2AA 4OGEA 1RDBA 5GIOA 1NGFA 3VQDA 1DTQA 1SL0A 1VHXA 3KK1A 3F5TA 3BP8A 1K8KA 4BGBA 4W5RA 4FO0A 1TUUA 3WQUA 2OPSA 2YKNA 5DMRA 4RW4A 1YF5L 3BZCA 4KKOA 3CCSN 2OA8A 4K41A 4DFMA 2KKZA 4CJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QEX N;  3CF5 L;  4WCE L;  1VQO N;  1VQN N;  3CCJ N;  4IOA L;  4WF9 L;  3CC4 N;  3CCQ N;  3I56 N;  5HL7 L;  5GAG P;  1NJI O;  3CMA N;  2ZJR L;  1Q86 O;  3G71 N;  1Q82 O;  3G4S N;  2ZJP L;  3CCV N;  1VQ7 N;  4WFA L;  1N8R O;  4IOC L;  1JJ2 M;  4WFB L;  1QVG M;  1M90 O;  5JVH L;  5MLC Q;  3CC7 N;  1YI2 N;  4U67 L;  3CPW M;  3J7Z O;  2QA4 N;  3CC2 N;  5GAE P;  1YHQ N;  3DLL L;  1QVF M;  3PIP L;  3CCS N;  1KD1 O;  3CCL N;  1S72 N;  2OTL N;  1W2B M;  4IO9 L;  1K8A O;  1OVY A;  1ILY A;  1VQ9 N;  1VQ8 N;  1YJ9 N;  3CCU N;  5DM6 L;  4UY8 O;  3I55 N;  5GAH P;  3CCM N;  1YJW N;  1VQK N;  3OW2 M;  1VQP N;  1KC8 O;  5GAD P;  1YIJ N;  1K9M O;  3CCR N;  3PIO L;  1KQS M;  1M1K O;  1Q81 O;  3G6E N;  2ZJQ L;  1VQ6 N;  3CME N;  3CXC M;  1YJN N;  1YIT N;  2OTJ N;  5H1S Q;  1VQ5 N;  1Q7Y O;  5DM7 L;  5JVG L;  1K73 O;  3CCE N;  4WFN L;  1VQL N;  1VQ4 N;  3CD6 N;  1VQM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BE0 A;  4B1W B;  4JS4 A;  3DXK A;  4GV3 A;  3SBT A;  3CCJ N;  2HHH K;  1C1A A;  4JEP A;  3O1B A;  5BR9 A;  4NCB A;  4H0V B;  1DGK N;  1TL1 A;  3O4N A;  3PUF A;  4JKD A;  3QO9 A;  4FJK A;  3WNG A;  1NBW A;  3OBW A;  1NGH A;  2KQ2 A;  1NK9 A;  3SAF A;  4OLB A;  1O1W A;  3LZJ A;  3QES A;  4KTW A;  1X9M A;  1K6Y A;  1HPM A;  2P9S A;  3HSC A;  4CIF A;  2QM1 A;  4H5R A;  5AQO A;  4OPH A;  4DV0 K;  3MED A;  3A5M C;  2CH6 A;  2FC0 A;  4KHY A;  1D9F A;  5K14 A;  2FSK A;  4EP4 A;  3AA2 A;  4A61 A;  4CEA A;  1VSD A;  4A2B A;  1QVF M;  3QEV A;  3FZH A;  4KH6 A;  3SUO A;  1NGE A;  3UB5 A;  3AAR A;  2RN2 A;  1BI4 B;  2UXC K;  1GLC G;  1QTM A;  5JS1 A;  4PHT X;  4I9L A;  3AO5 A;  4I9Q A;  1D4X A;  2NRW A;  4B1V A;  1IO2 A;  4CFC A;  3CCU N;  5DM6 L;  1RTD A;  5AZJ A;  3L0Q A;  3DOK A;  3PY8 A;  3ULE A;  3SV4 A;  4BC4 A;  4G1Q A;  2D0P A;  1GOB A;  4E3S A;  4CGG A;  1K9M O;  4DFJ A;  4JK8 A;  3P39 A;  1WSE A;  2IC3 A;  4B9Q A;  4O55 A;  4FJ5 A;  4E7L A;  1X9J A;  3E1Y A;  4DMN A;  3UIQ A;  5LY3 A;  3HPG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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