5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/translation
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
3AVJA 4HUEA 1BISA 5I3UA 4KHYA 2X6SA 3T3FA 4N56A 5DK5A 3VQ9A 4CERA 3O3FA 4FJJA 4FVMA 4FJKA 5KGWA 4E3SA 3HSTB 1VK0A 4J2EA 1TV6A 1ASVA 1J53A 3K5LA 1HYZA 5CYMA 4KRFA 3HPGA 1RBSA 1WSJA 1B9DA 4NYNA 4LD0A 4AHCA 4HUGA 4M3TA 4KPYA 3VQDA 1RT2A 1NJXA 3RTVA 3MEEA 4DTPA 3CG7A 3LWMA 1BL3A 1YTAA 3AVCA 4H8KA 3L2QA 2P1JA 4DQSA 1QTMA 3CM5A 3NH1A 3B6PA 1RTHA 5J2PA 4N5SA 4AHSA 4DFKA 4FZXC 3WNEA 4DS5A 1NK4A 4M3ZA 4HCCA 1VSLA 3NHGA 1RTDA 1R0AA 3L2WA 2OYQA 1IKWA 1JLBA 3RMDA 1EETA 2FC0A 3C6TA 3ZSOA 4QCLA 1I3AA 1K6YA 1WSGA 5EU7A 1B92A 3S3OA 1LW0A 2FBXA 2VG7A 2VWJA 3VA3A 1N6QA 1CLQA 4W5OA 3H08A 3F73A 3DLGA 2F8SA 3V6DA 3VQAA 3OYFA 1ZBHA 1ZBUA 4PY5A 1ASWA 4MQ3A 3JSMA 1S1UA 2XRIA 1JL1A 3NF8A 5KGXA 2YHAA 1ZBIA 4OGCA 4DQRA 5HBMA 1LV5A 1EKEA 1CXUA 3VQBA 4EZ9A 2I5JA 5E41A 4O4GA 3U6FA 4DTRA 4CEDA 3VQPA 3QEIA 1ITGA 3K2PA 3PX0A 4OJRA 4C8NA 3L3UA 2VWKA 2WONA 4FLXA 4E7IA 3DLBA 4EP4A 4B9NA 3KD5E 2IAJA 2ZE2A 4CF2A 1BIZA 4OLAA 3BGRA 5KRTA 3OYGA 1RDCA 2IDOA 3NAEA 5CY4A 4Y1DA 4O0JA 1NK5A 5FRNA 2HNZA 1JXEA 3MXJA 3LPUA 1FKOA 1TKXA 3LP3A 4H4MA 1XHZA 4G1QA 1EXQA 1VSDA 1NK8A 4C8OA 1RT4A 1A5WA 4Q0BA 1X9MA 2HVIA 3S3MA 3WNGA 3LP0A 2IS3A 3OYKA 4PWDA 4CJEA 2HHQA 4J2AA 1JLQA 1IKXA 4CEEA 1HRHA 3QETA 1L3VA 1A5XA 2Z1HA 1IH7A 1QS4A 4KHQA 1C1BA 1WAJA 5C24A 1RDBA 3AVIA 1KLMA 2HHVA 3IS9A 3OYBA 1EP4A 1UAXA 5HRRA 4Z4EA 2OA8A 1U4BA 2DTUA 1S1WA 3OYAA 1BI4A 3AO4A 4DWIA 3PY8A 3IRXA 1QSLA 3EYZA 1LAVA 1HQUA 4H4OA 4RW8A 1U48A 3RR7A 3ZT1A 4KHNA 1WSFA 1BCOA 2XY6A 1TAUA 3MAQA 1RILA 4OPJA 3TAPA 3VQ6A 3OYEA 3LWLA 2G8FA 4KTQA 5JS2A 2OPPA 3CYMA 4Z4HA 2A1RA 4CGJA 1TL1A 2ZQBA 3AVLA 4KTZA 4UQGA 4NCBA 4O44A 4IFVA 4M3XA 3KTQA 1BGXT 1J9AA 2E6MA 4BWJA 2D0BA 4FJMA 1RBTA 3MXMA 2XO7A 4F3OA 4CJFA 3O4QA 4CEBA 1UWBA 2PYLA 4FJ5A 4OVLA 1C0UA 1DTTA 3TWHA 2FBVA 4NCAA 3M8QA 3AA4A 4E7HA 3LP2A 1LWFA 2Q3SA 4CIFA 4KHSA 1TL3A 1HYSA 4LH5A 4BDZA 4I9QA 4CJVA 3SZ2A 2KZMA 3OY9A 2HHSA 3VQCA 2Z1GA 4IKFA 3PUFA 1TK5A 5FROA 3OYLA 4HTUA 4DSEA 1HNIA 3M8RA 3ZCMA 4W5RA 4FJ7A 2OZSA 1KTQA 3DLKA 1QSYA 2OZMA 5D3GA 3AO3A 3HT3A 1S1VA 1X1PA 4CGFA 5CZ1A 3HL8A 3SJJA 1I39A 5J1EA 1BCMA 2RN2A 3L3VA 4JRQA 3VN5A 3NGYA 4B8CA 3SQ2A 1NK0A 3LDSA 1RT5A 3AA2A 3U3GA 3OYNA 3K5NA 4PQUA 2YKNA 1WN7A 3VQ8A 3OYJA 4CJRA 2QKKA 1YVUA 5CYQA 3I8DA 3ITHA 1CZ9A 1QQCA 4GW6A 4DS4A 1SL1A 3SUQA 2PZSA 2RKIA 1F21A 1XHXA 1SUQA 1VRUA 1VSFA 1U47A 3G10A 3O3HA 4FXDA 4B9SA 4KTWA 3JYTA 4JS5A 1N5YA 4CJUA 2OPQA 3OYIA 1NOZA 1X9SA 4B9TA 4F2RA 4QAGA 4M41A 3VA0A 1RT7A 2DFHA 3AVBA 3ZSWA 2PY5A 2KW4A 4DQQA 4FLWA 3V9XA 3HP6A 4PUOA 3S9HA 1TKZA 3KIOA 4BE2A 2X78A 4FJ8A 1QE1A 4DLEA 3OYMA 3WNHA 1W9HA 4DTSA 4DQPA 5SZTA 3TAGA 4DF4A 4DF8A 1JKHA 1NJZA 4YFUA 3AA5X 2G8HA 3TI0A 1ZBLA 3DLEA 4M3YA 3KK3A 4FJIA 3ZT2A 4RW6A 3D0PA 4FLZA 1RBVA 2JGUA 1RT3A 4CE9A 1CXQA 3QNNA 1KRPA 1HNVA 1SL0A 2GBZA 1LWCA 1GOAA 2OPRA 2G8IA 4DFMA 2F8TA 2KZZA 2RF2A 1HQEA 1ZBFA 1RT1A 4K8ZA 4BWMA 1RDAA 4CJPA 4FYDA 4ELUA 3EY1A 2HHTA 4J2DA 4KHUA 4BE1A 3HVRA 4KB1A 3ZSRA 1BQMA 4DTXA 3ZSYA 3QIOA 1EX4A 3I0SA 3B6OA 1VSHA 3HM9A 4KKOA 3SPZA 1RDDA 2G8WA 2KQ2A 3HYFA 4Y1CA 3T1AA 5C42A 1IO2A 2FBTA 3RMAA 1D8YA 3RRHA 1SV5A 3LAKA 4ELVA 3AA3A 5HROA 4FJGA 3DRSA 2Z1JA 3QINA 1RNHA 4N47A 4KI4A 2XY7A 1S1TA 1WSHA 1LW2A 4CJLA 3NFAA 4E7JA 3KLIA 3K5MA 2G8VA 4KI6A 2OPSA 4E1NA 4O5BA 3OYDA 4YNQA 4FM2A 3HVTA 4BACA 4CESA 4IDKA 3L2RA 4E7KA 4Z4IA 2EHGA 5KRSA 3DYAA 4FLTA 4DSFA 2Y1IA 3AVHA 1MU2A 4NYFA 4OKJA 3DM2A 4CK1A 5SWMA 1ZYQA 3QERA 1NJWA 4BDPA 3V81A 4M3WA 3QEVA 4CGGA 1S9GA 4CGDA 4ZTJA 1J54A 1HJRA 1KLNA 4E89A 1S5JA 1VSIA 4O0IA 3ZSQA 3NDKA 4AHTA 3SPYA 5J2QA 3SUPA 2QK9A 3IG1A 5HP1A 2PYJA 4FK0A 2W42A 1IKYA 1YT3A 3HPHA 4W5QA 2B5JA 3QLHA 3PV8A 3KK2A 4O55A 4CEZA 4DQIA 3KK1A 4B9MA 1HMVA 3D45A 4GMJB 3QEPA 3V9WA 4FM1A 3OS0A 2YNGA 4RW4A 4CJ3A 4FW2A 1KFSA 1BI4B 1RTIA 1Z25A 4CJWA 1TK8A 3ALYA 4FK2A 3OVNA 4FLUA 4W5NA 1LWEA 4ZTFA 3BDPA 4KREA 3P1GA 3HP9A 1ASUA 1GOBA 1RT6A 1Y97A 2QXFA 3ISNC 4ID5A 2ITGA 4CJSA 4DG1A 4E1MA 4CCHA 1DTQA 3KLFA 4QOZB 1S9EA 1C0TA 3TAFA 1S6QA 2HHWA 3TAEA 3AVNA 4B9UA 4M3UA 4KV8A 4OPKA 4JS4A 3SV4A 1KCFA 2HMIA 3LP1A 1WNSA 3E01A 2P51A 3QEWA 4LSLA 1JLAA 4CGIA 4FM0A 3VQ7A 3V1OA 1WSIA 2JLEA 2HNYA 4RG8A 1U49A 2Z1IA 4M45A 1L5UA 3HO1A 1RCHA 1IKVA 3NBPA 5KI6A 4EP5A 1X9WA 4M42A 2IOCA 4WE1A 3KLGA 4BE0A 4CEAA 4B9LA 3TAMA 2VG6A 3AO5A 4KFBA 4B08A 4OKKA 2F96A 2XY5A 1C1CA 5J2NA 4DFPA 1UA1A 3UIQA 4ICLA 4CHQA 3IAYA 3TANA 4PA1A 4C8LA 1SKSA 2HVHA 2BGGA 2FBYA 3AVKA 4CJTA 3SYZA 4ELTA 3PO4A 4I2PA 4DSLA 1O1WA 2DFEA 4Z4GA 2D0AA 3FFIA 1L3SA 3AO1A 4CHPA 4CFAA 4DU4A 4B9VA 2QKBA 3ASMA 3M8PA 3C95A 1S6PA 4DU1A 5HLFA 4DSJA 1T8EA 4J2BA 4DSKA 1C0MA 1VSKA 1DLOA 4ZHRA 4RW9A 3ZSVA 3HPOA 1Q9YA 1BHLA 5JS1A 4I9LA 1XWLA 4FJNA 3VQQA 4OLBA 3KLHA 1U04A 1VSJA 3QO9A 4IG0A 3EZ5A 2DFFA 3DI6A 4Q5VA 4DTMA 3DOLA 4N41A 3LANA 3SQ1A 3AVFA 4B8AB 4CIGA 3KKRA 4LSNA 1Z26A 3AVMA 3NH2A 3TARA 4LY7A 1KFDA 1G15A 3HK2A 2KTQA 4FW1A 3LALA 2KFNA 3KD1E 3K57A 3L8BA 2HNDA 4F3TA 4CEQA 4CFDA 2AJQA 5J2MA 4CK3A 1KVCA 1TKDA 4F4KA 5C25A 1Q9XA 1FKPA 4M3RA 4IFYA 3OS1A 4KO0A 2GUIA 3CFRA 4CJ4A 1B9FA 1NKEA 4EZ6A 2E6LA 4KHWA 5KTQA 3F9KA 4DLGA 3TAQA 1SKWA 1IG9A 3SUOA 2D5RA 1GOCA 2NUBA 3NCIA 3SCXA 1TK0A 2G8UA 4CEOA 4HCBA 1JXBA 2YNHA 2G8KA 3NF7A 3OYHA 4KB0A 2ETJA 5FDLA 1QHTA 1JL2A 3DRPA 3G0ZA 1JLGA 1KVAA 5T7BA 3OJUA 3QEXA 2X6NA 2BDPA 2O4IA 3SQ0A 1WSEA 3M8SA 4DTOA 3OJSA 3AO2A 4HVJA 1YTUA 4CFBA 3NE6A 3VQEA 1BQNA 4CF0A 4CJQA 4CIEA 3TR8A 2YNIA 1L3UA 1T7PA 2YV0X 2VG5A 3K59A 3KJVA 1C1AA 1WAFA 4CK2A 1BIUA 3AV9A 2WOMA 1REVA 3NF9A 4CHYA 5HRNA 1XC9A 1KSPA 3V1RA 1C6VA 3DMJA 4FJLA 1NK6A 2HHUA 1QSSA 1A5VA 3CFPA 3RWUA 3ZT3A 4C8MA 3QNOA 4JRPA 5HRSA 3K58A 3DLHA 4DSIA 1SL2A 4FK4A 5DMRA 1NOYA 2B4JA 5CZ2A 3NGZA 4DTJA 4GVMA 4CHOA 4CHZA 2BE2A 1RTJA 1D5AA 1JLFA 4LH4A 5HRPA 3PX4A 4IBNA 2E4LA 4OGEA 4AHVA 3LZJA 3S3NA 1VSMA 3SV3A 1RBRA 1UA0A 1VRTA 3QIPA 3SI6A 2O4GA 1NK9A 2BANA 1Q8IA 4C8KA 4FJXA 2YNFA 1T05A 3RR8A 1NKBA 4DTNA 2YHBA 3NF6A 4ID1A 4CF1A 4AHUA 4FLYA 1TKTA 3RRGA 4R5PA 1CZBA 3RMBA 3U3YA 2YKMA 3DLRA 4Z4CA 4DFJA 1TAQA 1S1XA 1HYVA 3P83D 3I0RA 3MECA 3O4NA 3V9SA 3ZT4A 4DU3A 1NKCA 4N76A 2KFZA 1RBUA 5K14A 3V9ZA 2LSNA 1T03A 1WLJA 1L3TA 4MFBA 4W5TA 4IG3A 2D0CA 3LAMA 4HHTA 1FK9A 3T19A 4CF8A 3THVA 3C6UA 3LZIA 2P5OA 1D9DA 4FJHA 4CHNA 4E19A 4CFCA 2ATQA 4AH9A 3VQ5A 3HXMA 1XI1A 3O3GA 4NCGA 4FCYA 4TSXA 3CQ8A 4DTUA 4FZZA 3V1QA 3A2FA 2Y1JA 3NGIA 3KLEA 4CGHA 4AILC 3MXIA 2RPIA 2HW3A 3C94A 3SUNA 3CFOA 4RW7A 2IC3A 4FLVA 4Z4FA 4XIUA 3NH0A 1NK7A 1JLCA 4DMNA 3OS2A 4CJ5A 4CF9A 1J5OA 4I2QA 3TABA 4F2SA 4B3OA 3PX6A 2A1SA 3KKSA 3CM6A 3P5JA 3AVAA 4I7FA 1KVBA 5FRMA 4OKEA 3WNFA 2HB5A 1SKRA 1W0HA 4JLHA 1FXXA 4FZYA 3HJFA 3DRRA 3PO5A 4L8RB 1JLEA 1TVRA 4Z0UA 3AVGA 2B6AA 5I42A 2EX3A 1LAWA 3L2VA 3V4IA 4HUFA 4KAZA 3ZSXA 4E0DA 1HPZA 3DOKA 4E7LA 3VQ4A 3L2UA 2XY8A 4AHRA 3QESA 4K8XA 1U45A 3MEDA 4CECA 2IGIA 1VSEA 1TGOA 3ULDA 3SQ4A 3SNNA 2HHXA 2DY4A 2XHBA 2X74A 1UOCA 2ZD1A 3V9UA 2P5GA 1D9FA 4BDYA 3ZT0A 4CJKA 3ZSZA 3K5OA 4CEFA 4F8RA 4FJ9A 3LPTA 2R7YA 1NJYA 3RMCA 3MEGA 3OYCA 2GV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E2OA 3FE1A 3T3FA 4N56A 4CERA 2O8FA 4FJJA 4FVMA 2FSNA 5FPDA 1TV6A 1J6ZA 1WBBA 3K5LA 1HNXK 1DEJA 1HYZA 4KRFA 4KBOA 2E20A 2F9WA 2QXLA 4HUGA 4K25A 5GAHP 3ULEA 1NJXA 2UYTA 3UKRA 5JICA 3FZMA 3LWMA 1XMOK 2JWKA 3K9KA 4H8KA 4DQSA 1QTMA 3ZX3A 3NH1A 4DV5K 4JK7A 2PAVA 4N5SA 4WFNL 4DFKA 3CJCA 4M3ZA 4A61A 1RTDA 1IBMK 1NMNA 3THWB 1K6YA 1BU6O 5EU7A 1B92A 1LW0A 2FBXA 2VG7A 4FWLA 3I56N 3VQAA 1ASWA 3LM9A 3JSMA 3FGUA 1JL1A 2YHAA 3OBWA 4DQRA 1LV5A 1OH5A 1CXUA 2I5JA 4QS9A 3WEEA 4CEDA 3ENHA 4H5VA 3PO4A 4E7IA 2GUPA 5KQDA 4DV0K 1RFQA 1BIZA 3BGRA 1NU0A 3A5MC 5HOOA 1RDCA 2IDOA 3CCUN 1NK5A 2HNZA 1JXEA 3T69A 4BRCA 1FKOA 1TKXA 3LP3A 2A5XA 4CVNE 1XHZA 1EXQA 4C8OA 3MCAB 2HF4A 2O8DB 2IS3A 4JI2K 3AARA 4ISFA 1TYQA 4KHQA 1C1BA 5C24A 1VQ8N 2DTUA 3JAMO 1S1WA 2F4VK 5GAGP 1QSLA 3RR7A 1BCOA 3TSPA 4IOXA 3MAQA 2VCPA 2VQEK 3BZKA 4PL7A 3VQ6A 3LWLA 2G8FA 1E4FT 1Z05A 1TL1A 3J7ZO 4UQGA 3AVLA 4FWNA 5CR4A 2OCEA 4IFVA 4M3XA 2AP1A 1HJOA 2D0BA 1RBTA 3MXMA 4CJFA 2PYLA 3K9JA 4JHDA 4NCAA 3M8QA 2WFBA 2Q3SA 4JI4K 3A5OC 1TL3A 4BDZA 4I9QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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