5DT7A

Crystal structure of the gh1 beta-glucosidase from exiguobacterium antarcticum b7 in space group c2221
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
444
structure length
444
Chain Sequence
FAPNFVFGTATSSYQIEGAHDEGGRTPSIWDTFCDTDGKVFEKHNGDVACDHYHRFEEDIQHIKQLGVDTYRFSIAWPRIFPSKGQFNPEGMAFYKTLATRLQEEGIKPAVTLYHWDLPMWAHEEGGWVNRDSVDWFLDFARVCFEELDGIVDSWITHNEPWCAGFLSYHLGQHAPGHTDMNEAVRAVHHMLLSHGKAVEMLKGEFNSATPIGITLNLAPKYAKTDSINDQIAMNNADGYANRWFLDPIFKGQYPVDMMNLFSKYVHTYDFIHAGDLATISTPCDFFGINFYSRNLVEFSAASDFLHKDAYSDYDKTGMGWDIAPSEFKDLIRRLRAEYTDLPIYITENGAAFDDQLVDGKIHDQNRIDYVAQHLQAVSDLNDEGMNIAGYYLWSLLDNFEWSFGYDKRFGIIYVDFDTQERIWKDSAHWYANVIQTHKAALPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Oligomerization as a strategy for cold adaptation: Structure and dynamics of the GH1 beta-glucosidase from Exiguobacterium antarcticum B7.
pubmed doi rcsb
source organism Exiguobacterium antarcticum (strain b7)
total genus 184
structure length 444
sequence length 444
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2015-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5dt7A00
1X1NA 2CHOA 4QFUA 1MQRA 5AYIA 4WSKA 3ARWA 2UY5A 2VX7A 1PJ9A 1JI2A 1KGWA 4AXNA 4S3KA 3PTMA 5E9AA 1V6WA 1I1WA 2A3AA 4WKFA 4BS0A 3PHAA 1KWKA 2EPMX 2V3EA 2VT0A 2WWCA 2A3CA 3CO4A 3RM9A 3UCQA 4JL2A 4W89A 1ISYA 1JDDA 1H0IA 5IDIA 4WF7A 3AIWA 2VR4A 1TCMA 4B3KA 3VUPA 3NCOA 1FH8A 3GDBA 1V02A 1HIZA 2JIEA 5BWFA 1W2VA 4JFTA 2RGMA 2IXVA 2YL6A 3KL0A 1ODUA 1QNRA 2WK2A 5E0CA 4W85A 4AISA 2WCAA 2B31A 1EH9A 4JFVA 2ZWYA 5D8WA 1UQYA 4IISA 1R87A 1VFMA 2F2HA 2BY1A 3WMBA 4ACZB 2X09A 1HP5A 2J79A 4J3UA 2YBUA 1B3XA 1XV8A 3WBEA 4C7FA 4IUGA 1E73M 3BAWA 2AMGA 3VPLA 3WD3A 2G3JA 1EO5A 7CGTA 3DYMA 3OGVA 3WENA 1VEMA 2W66A 5FD0A 1WE5A 1E72M 1MWOA 1IT0A 2VI0A 3KL5A 5DO8A 3WQ8A 2V3DA 1WZMA 1TMQA 2YA2A 2QPUA 4BQ4A 3WNKA 2GSJA 4GI8A 2GJPA 3EDDA 2J7DA 2DPEA 4B9ZA 3A4AA 4AIEA 1JDAA 1G1YA 2A3BA 4UQ9A 2CEQA 1JZ4A 3N11A 4L4PA 1FFQA 2GK1B 3S6TA 1QW8A 5I5RA 3FN9A 1XHGA 1TVNA 4FLOA 2WBKA 5CPSA 4PUEA 1V0LA 3RM8A 4OJYA 2QLYA 1BG4A 3MUAA 4HMCA 1LF1A 2BFGA 1RP8A 1W9PA 5EMYA 3FW6A 3A4WA 1F4HA 3PZNA 2DGAA 2WMKA 1OD8A 4D6IA 5GPRA 3VIMA 3F5KA 1GQJA 4MTVA 3W28A 1H41A 2XFFA 2YBTA 1C91A 1EDTA 2D0FA 2WCGA 1JGIA 1NOFA 3UG4A 1EDQA 4CN1A 2VVNA 4PTMA 5ABFB 2OYMA 4W5UA 1KXTA 1PPIA 3W82A 5DEZA 1MW0A 1JFHA 3L4ZA 4KRUA 2WAGA 4CUCA 4JFWA 1V6VA 2X2YA 1UR2A 4QLKA 2JIWA 2W92A 1FHDA 4GQQA 2J25A 3WUEA 4HZ8A 4D6FA 3ZJKA 4CU6A 4CGTA 1CXLA 2FH6A 3MUZ1 4JIEA 1K9TA 1MFVA 2VRQA 2O9PA 3KE0A 4URIA 3EMZA 2G41A 5HBFA 3T2OA 1HP4A 5BXPA 5A2CA 5A94A 3IK2A 3EDFA 3UR7A 3VM5A 4AWEA 3CTTA 3WF1A 4RE3A 1VFFA 1H4PA 4ZXLA 8A3HA 1CPUA 3PZVA 1V6UA 1W9DM 3AZRA 4EK7A 2VQUA 2XFYA 3VTRA 3AHZA 1W9UA 4W88A 3FAXA 1U33A 2JF7A 1ISVA 3K1DA 4FF5A 3EBVA 4UCFA 3FAWA 4W5ZA 1OWQA 1ECEA 2GVYA 1V3JA 1QHZA 3AI0A 3AMDA 1CEOA 3WH5A 3AXXA 1BVNP 4A3HA 1C8YA 4J3XA 3SCQA 3OGSA 5E70A 1UZ4A 3CZGA 2FGLA 3KZSA 3MSDA 4E8DA 3VM7A 2Z1KA 4FLQA 2WHLA 1E4LA 1UKPA 1RH9A 2Y4SA 1PZ2A 4JFSA 2Y5EA 5GNYA 3ZJ8A 5E09A 3UESA 2VMFA 1KQYA 2QMKA 4H8HA 5EFDA 4P7OA 2ZUNA 5E6YA 3THDA 3W24A 3POHA 3WMCA 2WMGA 4ACYA 3VX0A 1VFUA 3OBAA 1UH3A 1C92A 1UR9A 4Z2JA 3WDQA 4PYSA 4QDMA 5ABHA 1QNQA 3OLEA 1UWSA 2WZEA 3WL0A 3MMDA 5KEZA 5CPQA 5BRPA 3I3EA 2WMJA 3K4DA 2DSKA 3CHCA 5FCZA 1EHNA 2CPUA 3CZEA 3WF0A 3ZSSA 3VIPA 1XCXA 1JFXA 2J8GA 3VIOA 1EGZA 5D9NA 1SFSA 3VX1A 1W9VA 3DYOA 1UH4A 3SCRA 3ZR5A 4YHGA 2V5DA 2VCCA 4UQAA 3L4TA 4ATLA 1M53A 5AC4A 5JIPA 3T2QA 1HJWA 2PWEA 3WY1A 4BF7A 4J3TA 4CD4A 4KGLA 2FHFA 5CGTA 1U2YA 5D8ZA 2ZUVA 2WZIA 1GHRA 1V0NA 3N12A 4HA3A 1TA3B 1CZ1A 1QPKA 1GVYA 1JG9A 2XVGA 3PZOA 4N0RA 2OSWA 3W25A 3PZ9A 3F5JA 2DEPA 1CXFA 3CZ8A 1B3ZA 2JF6A 3BCDA 1FP8A 2VURA 4PRWA 1BF2A 5JUVA 2ZUUA 3S2CA 1LWJA 1E5JA 1GOMA 5FKYA 4J3WA 3EYPA 2WC7A 4W8LA 4OBRA 1HF6A 1XSJA 3WH8A 5A2BA 5JBDA 1B31A 3VD7A 1EOMA 2XVKA 4OOZA 4V2XA 3N15A 1H09A 4UQDA 1CDGA 3UEQA 2YL8A 1RD6A 2G8ZA 2NW0A 4DWSB 9CGTA 2J75A 2DSUA 3WSUA 3QR3A 1Q6CA 2WBGA 4LQ1A 3TTYA 1UWRA 3CZLA 4KGJA 2WSKA 3IAQA 2C0HA 3QOMA 3NDZA 3ZO9A 5BXSA 1B3YA 2WXDM 1AQMA 1TE1A 1UA3A 3ECQA 2O9RA 4QLLA 1JZ5A 4W7WA 4CN6A 3T0AA 1M01A 4LPCA 3AHTA 2XGIA 4PTVA 3GXFA 4D6HA 1V3KA 4HU0A 4AZCB 3WFLA 1B30A 1TFVA 3WD0A 2E40A 3AMLA 2WLZA 5I6SA 2WCSA 2VX4A 1EA9C 1JL8A 1GOIA 5A6SA 4CD6A 4PCTA 2YIHA 3NIYA 1YHTA 1UD2A 3PZUA 1ZBCA 4TTGA 3CHFA 1VFOA 1B0IA 1KQZA 4AD3A 2IXUA 5CQ1A 1X6NA 4P8UA 3EMQA 3AZSA 5CPTA 1H3GA 1CGXA 1MXDA 1JD7A 3DECA 3QOKA 5I2UA 1YQ2A 1ISWA 5LYRA 2VL4A 1UYQA 1ZB5A 5D9MA 1NQ6A 1MYRA 5CLWA 4MNJA 4NRSA 4MNMA 1HX0A 2ESCA 1FA2A 1QW9A 2DIEA 4DUXA 4UOQA 2WMFA 4UFIA 1WKYA 4UNIA 1TR1A 2XM2A 4GQRA 3VGBA 1LL7A 3GNRA 2WKGA 4LGXA 1KBBA 3U5YA 4X0VA 3NUKA 4BA0A 5I77A 3MKKA 3B9DA 3CH9A 4U3CA 2D3NA 1C7SA 1BFNA 1E4IA 3NSMA 1IZKA 5ABEA 4J28A 2OYLA 3KEHA 2PWHA 3WKZA 1LQ0A 4CCCA 3AIQA 4GZJA 4OBSA 3CUGA 2CYGA 3BSHA 3I3DA 3GXIA 3U5UA 3ARPA 1BYDA 2VRJA 2WVTA 2VOTA 1ZJAA 4F8XA 4P7NA 1V0KA 3BH4A 2VZSA 4J3SA 2G3IA 3GH7A 3MUIA 1J11A 3CPUA 5A2AA 3K8KA 3ZJ6A 4FLRA 3PBGA 1HJVA 2DSZA 1E40A 3N13A 1DWGM 3RO8A 3WH9A 2GJXB 1K9DA 1FH9A 1GHSA 5CXPA 1Q6DA 3AQUA 4JKMA 5BXRA 1B2YA 4V27A 1E0WA 3FY1A 2UWFA 3AXHA 2E0PA 1ZBVA 1SMAA 1J0HA 2OYKA 3WNOA 2CESA 3UG5A 1OIMA 5A8PA 1UWQA 1MQPA 4P7QA 3BMWA 5KZ6A 1E5NA 2CBJA 1JZ7A 2J47A 1QVBA 1VAHA 5A6KA 4UZSA 1E4MM 3CMJA 1VB9A 1B90A 2ZX6A 4UFLA 1RP9A 1W32A 2CBUA 2XVLA 4J3VA 1OIFA 2Z1SA 3RDKA 3LPGA 2CBIA 1KWGA 1HL8A 1HKJA 3AYSA 2OLHA 3GTNA 5A6BA 2PI6A 2XSBA 2WKLA 5BRQA 1HJSA 4EE9A 5A6JA 1XD1A 1R7OA 3WF3A 5I23A 1E55A 3AIVA 2F8QA 3W29A 4BQ5A 4NF7A 4CD7A 1CTNA 3WDHA 5IFPA 1P6WA 1AQ0A 2QV4A 1IZJA 1I75A 2BVDA 2WVVB 4AY1A 4XZBA 1GQIA 3WF4A 3AIEA 3E1F1 1CYGA 1PIFA 1KXQA 2D3LA 1V0MA 1HVXA 3RJXA 6CGTA 2VNCA 3JUGA 4DM1A 3UERA 2CETA 3ZIZA 1WDRA 2FDMA 2PC8A 2WZHA 1BSIA 3T0BA 1OB0A 3K46A 1TG7A 1W3KA 4W7UA 4D71A 4QLJA 2EEXA 4IPLA 3WQWA 2BVYA 2Y8VA 4PMDA 3T09A 4AD1A 1BHGA 3VIFA 2GFTA 1HNYA 4TOQA 1ZBKA 3WH7A 7A3HA 3WEOA 1Z32X 5BROA 2DDXA 2ZX8A 4W8AA 1XH2A 1UKQA 2EQDA 1K6AA 3GNOA 3O9NA 1MQQA 1XH0A 4PBGA 4HPHA 3WD4A 2F61A 3DHPA 1C93A 1ZL1A 2EPOA 4TVCA 1F4AA 3CMGA 1GNXA 2YL5A 4PMYA 1QHPA 1MXGA 1NARA 3SCOA 1UKOA 1EHAA 2XVPA 3LMYA 4EKJA 4YPJA 3WFZA 5TD4A 3AISA 1EO7A 1J0KA 3L4VA 3BSGA 4WLCA 1W91A 4UFHA 4B16A 1NM9A 4U3AA 3ARRA 1US2A 1V3IA 1C90A 1GCYA 2ZUMA 5D9PA 4WKAA 2J4GA 2W67A 1VENA 3M6DA 4HP5A 4CCDA 4HA1A 3B9EA 1GJUA 3VGFA 3W6LA 1FP9A 5CLTA 4F9JA 2J8FA 3VKKA 2VZUA 1E6ZA 3WQVA 3VDHA 1K9FA 2XVNA 4KMQA 4L4OA 1GZJA 1KR1A 2XHYA 4FLSA 3EDKA 1UA7A 4CN4A 2WYSA 1GONA 2O92A 3ARZA 5AC5A 4ZXOA 4M81A 3AHYA 1H11A 2AOSA 1CXKA 1UD3A 2DT3A 3UR8A 2WNWA 4UQBA 1JF6A 1CGYA 5ABFA 1US3A 3HJEA 3L2MA 3K4AA 1W2PA 4MDPA 4CCEA 1KR0A 2VX6A 1DWFM 3ALGA 4XB3A 5A6LA 1E6PA 3W4RA 1UZ1A 1LL6A 3MUY1 2ZXAA 1E0VA 2YA1A 2DT2A 1UD4A 2PWGA 2Y24A 4AYSA 1HL9A 4FMVA 3ZMRA 4PMNA 4UFJA 5DMYA 1CENA 3TP4A 4D1JA 1SYTA 2RGLA 4MADA 2PBGA 5A8OA 4H7VA 2OWXA 5BXTA 2VZOA 5BCAA 2A3HA 3TOPA 3OLDA 5E6ZA 1UR0A 3TTSA 4ZE4A 2VO5A 4MJ4A 4D6GA 3UETA 3AHXA 1JAKA 2XYLA 5JBEA 2CERA 3VGDA 1E70M 2WSPA 2E9MA 1PZ3A 5D9OA 2O9TA 1E4NA 3ZT6A 2WC3A 1JIBA 4HZ7A 3SURA 3BLKA 1V08A 1KBKA 3L4YA 4H41A 5DT5A 4Z2IA 4PN2A 3IJ9A 4U2YA 4XX6A 2E4TA 3BMVA 1UWTA 1U30A 1PX3A 1DTUA 1VIWA 2VTFA 1QNOA 1H1NA 2FHBA 4OUEA 4F66A 2YKKA 4HMDA 2PWDA 1BLIA 1J12A 1L8NA 1LLOA 2VCAA 3W6MA 1CECA 3QGVA 2OWWA 5M5DA 3EDEA 4UR9A 2DT0A 3VGEA 1VJZA 4PMZA 4AZ5A 2QHAA 2PF0A 2W63A 2ZUWA 4LYPA 1N82A 1XRVA 4AD2A 3G6MA 2X1IA 4JZ5A 3W0KA 1S46A 1GQKA 4QCEA 2Y8KA 2ZIDA 1Q6EA 3NSNA 1PAMA 3WUGA 2XSAA 2FH8A 4Z2LA 1TVPA 3ZQ9A 4ZENA 1CBGA 1WNOA 5I24A 4M24A 5A3HA 2BNJA 3VIIA 4JAWA 1JXJA 4BQ3A 2DT1A 3MV11 2J62A 3F4VA 4J27A 4OIFA 3AMCA 1V03A 4AZGA 3VOCA 1H49A 1V6YA 4F9DA 1OM0A 1UWUA 2E8YA 1UD8A 3VGHA 3BAIA 5ABGA 5A8QA 5GNXA 3SIMA 1NWSA 1QI0A 4UQCA 2WM0A 3IANA 4S3JA 4A3YA 1VBRA 4JCLA 5C71A 4P8WA 3AHVA 1W1VA 3GZAA 2WWDA 2D22A 2JALA 3J7HA 4JKKA 5M17A 3WNPA 4B9YA 2BY3A 3AZTA 1BYBA 1NWUA 3CZJA 2G3MA 1X6LA 3OG2A 1O7AA 3W26A 3OA5A 1JXKA 1UR4A 4Z2GA 4PSPA 1CLVA 3SUTA 3ZJ7A 4CKQA 1E6SM 4GI9A 1Q6GA 1GPFA 3II1A 4HU8A 3VU2A 2D24A 3RMEA 4GPNA 2ZX5A 4D6EA 1XSIA 3FXYA 1XYFA 2EO7A 3M07A 1ZJBA 1QI2A 1BQCA 4W87A 4UZUA 4DWSA 3VMPA 2YDSA 1Q4NX 3NYDA 4W93A 1EXPA 2E9LA 1HVQA 1GUVA 2CNCA 2V3FA 1E3ZA 1SR0A 1TUXA 1VEOA 5ECUA 1TZ7A 4PMRA 3CUHA 2QPSA 2VUYA 5LA1A 1D2KA 3CIVA 4XV0A 4U5IA 4GO9A 2DIJA 4MJ2A 1W9BM 4HOWA 3LPPA 3WUBA 1E1EA 3PZIA 4M80A 3WDJA 1E3XA 2WC4A 2ZUTA 4EAMA 1V3LA 1UD5A 3VGGA 1MW1A 2XGBA 3PZTA 5AYBA 5GNZA 2HVMA 2PBOA 3W27A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1X1N A;  2CHO A;  4QFU A;  1MQR A;  5AYI A;  4WSK A;  3ARW A;  2UY5 A;  2VX7 A;  1PJ9 A;  1JI2 A;  1KGW A;  4AXN A;  4S3K A;  3PTM A;  5E9A A;  1V6W A;  1I1W A;  2A3A A;  4WKF A;  4BS0 A;  3PHA A;  1KWK A;  2EPM X;  2V3E A;  2VT0 A;  2WWC A;  2A3C A;  3CO4 A;  3RM9 A;  3UCQ A;  4JL2 A;  4W89 A;  1ISY A;  1JDD A;  1H0I A;  5IDI A;  4WF7 A;  3AIW A;  2VR4 A;  1TCM A;  4B3K A;  3VUP A;  3NCO A;  1FH8 A;  3GDB A;  1V02 A;  1HIZ A;  2JIE A;  5BWF A;  1W2V A;  4JFT A;  2RGM A;  2IXV A;  2YL6 A;  3KL0 A;  1ODU A;  1QNR A;  2WK2 A;  5E0C A;  4W85 A;  4AIS A;  2WCA A;  2B31 A;  1EH9 A;  4JFV A;  2ZWY A;  5D8W A;  1UQY A;  4IIS A;  1R87 A;  1VFM A;  2F2H A;  2BY1 A;  3WMB A;  4ACZ B;  2X09 A;  1HP5 A;  2J79 A;  4J3U A;  2YBU A;  1B3X A;  1XV8 A;  3WBE A;  4C7F A;  4IUG A;  1E73 M;  3BAW A;  2AMG A;  3VPL A;  3WD3 A;  2G3J A;  1EO5 A;  7CGT A;  3DYM A;  3OGV A;  3WEN A;  1VEM A;  2W66 A;  5FD0 A;  1WE5 A;  1E72 M;  1MWO A;  1IT0 A;  2VI0 A;  3KL5 A;  5DO8 A;  3WQ8 A;  2V3D A;  1WZM A;  1TMQ A;  2YA2 A;  2QPU A;  4BQ4 A;  3WNK A;  2GSJ A;  4GI8 A;  2GJP A;  3EDD A;  2J7D A;  2DPE A;  4B9Z A;  3A4A A;  4AIE A;  1JDA A;  1G1Y A;  2A3B A;  4UQ9 A;  2CEQ A;  1JZ4 A;  3N11 A;  4L4P A;  1FFQ A;  2GK1 B;  3S6T A;  1QW8 A;  5I5R A;  3FN9 A;  1XHG A;  1TVN A;  4FLO A;  2WBK A;  5CPS A;  4PUE A;  1V0L A;  3RM8 A;  4OJY A;  2QLY A;  1BG4 A;  3MUA A;  4HMC A;  1LF1 A;  2BFG A;  1RP8 A;  1W9P A;  5EMY A;  3FW6 A;  3A4W A;  1F4H A;  3PZN A;  2DGA A;  2WMK A;  1OD8 A;  4D6I A;  5GPR A;  3VIM A;  3F5K A;  1GQJ A;  4MTV A;  3W28 A;  1H41 A;  2XFF A;  2YBT A;  1C91 A;  1EDT A;  2D0F A;  2WCG A;  1JGI A;  1NOF A;  3UG4 A;  1EDQ A;  4CN1 A;  2VVN A;  4PTM A;  5ABF B;  2OYM A;  4W5U A;  1KXT A;  1PPI A;  3W82 A;  5DEZ A;  1MW0 A;  1JFH A;  3L4Z A;  4KRU A;  2WAG A;  4CUC A;  4JFW A;  1V6V A;  2X2Y A;  1UR2 A;  4QLK A;  2JIW A;  2W92 A;  1FHD A;  4GQQ A;  2J25 A;  3WUE A;  4HZ8 A;  4D6F A;  3ZJK A;  4CU6 A;  4CGT A;  1CXL A;  2FH6 A;  3MUZ 1;  4JIE A;  1K9T A;  1MFV A;  2VRQ A;  2O9P A;  3KE0 A;  4URI A;  3EMZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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