5E0KA

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from pyrococcus furiosus at 2.76 a
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
publication title Directed evolution of the tryptophan synthase beta-subunit for stand-alone function recapitulates allosteric activation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
total genus 89
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5e0kA00
4O0KA 1YLVA 1NF7A 4MYAA 5I3JA 4M6QA 2DZPA 3EWZA 1LRNA 1ZFJA 3CU2A 4E2BA 1ME8A 1SO3A 4JDBA 3EKLA 2B0MA 3ZS4A 4EOUA 4UMCA 4CNOA 1THFD 5DCEA 2Q8ZA 1G4TA 2CLMA 4JEQA 5EKYA 1V5XA 3LM7A 1EB3A 1GVOA 1WBHA 1RQBA 1WYIA 3TJXA 1LOSA 3HGOA 3G22A 3M5VA 1LLZA 3G1SA 4XWUA 3TQKA 2BX7A 4G1KA 1CX9A 1EP1A 3JS3A 4FNTA 1EUAA 5EYWA 3UD6A 2Q3OA 1G69A 2A85A 5AOUA 2TSYA 3LXBA 3RMJA 4AF0A 1F5ZA 1SFLA 2DZUA 4LT9A 5FEWA 1EA0A 3N3MA 3R12A 2NUYA 1OYAA 2VEPA 3O05A 1PL9A 4MZYA 3M5ZA 4UTUA 5AHEA 4DBEA 1F6KA 4WOQA 1AK5A 3UWWA 5K4ZA 1JCJA 4RR4A 5LNUA 4WUIA 4BI7A 3QMRA 2RKXA 4O18A 3Q37A 1TTPA 4MUZA 3W2LA 3I7SA 5U4NA 1ZENA 2RDUA 1W0MA 1W56A 2HS8A 4AB4A 4DO6A 5DCDA 3CEUA 5K2ZA 1OFDA 3W87A 2QF7A 4ZQOA 3R8RA 4PFMA 5D30A 4MVAA 4O1CA 2GQ9A 2EKCA 5LNRA 4O28A 4AHPA 2C15A 3HG4A 2GVGA 3TA6A 1OFRA 2NXHA 5CG7A 1F2JA 3L5AA 3G1HA 2YYUA 3DHDA 4K8EA 4NZFA 2OT0A 2YCEA 1W37A 1GJPA 2YW4A 4M6VA 4QSHA 3LI0A 3L66A 6TIMA 3SECA 3O6DA 1NEYA 5CKSA 1W31A 3RLUA 2YFNA 3DXIA 2CZDA 2Z6IA 2C6QA 3FOKA 3NG3A 2H6RA 3PBUA 1I2QA 3H55A 5J5RA 1NVMA 1SQ7A 5BW6A 1AW5A 4N9BA 4JR5A 3NQGA 4LVBA 1I2OA 1JRCA 1Z44A 3NPVA 7TIMA 1H51A 4O10A 2C0AA 3KX6A 1QDSA 3B0VC 5LNWA 3NPUA 1TPFA 3BPWA 5LGZA 3DKLA 3W1RA 1MXSA 5U7SA 3TSMA 1VCFA 4JYDA 3BLFA 4LS1A 3MMTA 1CI1A 1QPQA 4PC8A 4MY1A 3IIOA 1EIXA 1PHQA 2A4AA 2QEZA 2ZZ2A 4Z1BA 4BWLA 1RPXA 1QO5A 2A6LA 1A5SA 4A22A 3FJ6A 1I8JA 1OK4A 3C2RA 1H63A 2NXGA 1AW2A 2ATMA 4HHPA 4Y96A 4FX8A 2OZ0A 3IVSA 4JTKA 3STFA 2YZRA 3HQ1A 2H8XA 3ANYA 4DEFA 3P7YA 3L5LA 5CZJA 4WY0F 1QO2A 4O54A 3ATYA 3PB2A 3EKZA 1U5JA 1MSSA 2YDAA 3GDRA 1JVNA 5F4XA 4AEOA 1HL2A 3CPRA 3KVKA 4IWWA 1U83A 1W5OA 2VFEA 3T4CA 3ABRA 1OYCA 3NVTA 3UY7A 1TB3A 3KRUA 2EGZA 2DZTA 4CCDA 5SWUA 4O8RA 3LTYA 5LSMA 1G7VA 1ZCOA 4O53A 3ZWTA 2WNNA 3QFEA 4LVGA 3W73A 3EXSA 3C8FA 4EF9A 1SZEA 3G24A 2YW3A 5AYXA 4L4LA 1JUBA 1SZFA 3M5XA 4AWSA 3U2OA 3NQEA 2C13A 5DXYA 3MI6A 1YDOA 4UTTC 4BI5A 1ICPA 3WK1A 5C6MA 3LXCA 4LY8A 1KV8A 3TSDA 1LDCA 3LHUA 4NJKA 4K7VA 3LRMA 1RVGA 5ABTA 1KA9F 5K9CA 4AXKA 4RKAA 3TFXA 4DQWA 4XTIA 4HN4A 4NU7A 4X9SA 4FF7A 4XKYB 1Q6LA 4U28A 1KFJA 3LTPA 4LNYA 4NJHA 1H1ZA 3UWVA 3EX1A 2ZRYA 3UZ5A 5G2HA 4CCCA 3LLDA 2V0TA 2X2GA 4GUIA 2RHGA 1F76A 3PG8A 4R33A 3W07A 2X1RA 3M9YA 2NLIA 3HOJA 4WJEA 1P0NA 2E5BA 4AAJA 3P62A 2LLEA 1H7NA 3W1XA 2EPHA 3MP5A 3TSBA 3QEZA 3GAKA 2EF9A 1WDWA 4MKNA 2IQTA 1QPNA 4UR7A 3A22A 1SO6A 3P84A 4OHQA 4UTWC 3BLEA 3W84A 4NXKA 1DQWA 3CQ0A 5HQEA 1ZY9A 3EWYA 1GQNA 1YPFA 2FB2A 2BXVA 1HUVA 2H3BA 1FWWA 2GVLA 5KSWA 1FX6A 4I7WA 1FCVA 3IV3A 2PRHA 4FXRA 2CLHA 4A2SA 3W1LA 3HG3A 2ZTKA 3L67A 1JQXA 1N55A 4UUIA 2AAMA 3QRHA 1TV7A 1TPB1 3W88A 3H53A 2Y88A 1KM2A 2B7NA 2C18A 4NX0A 2GJNA 2ABAA 5HWMA 3HBLA 1IXQA 1O5KA 4RXGA 2DZWA 1PE1A 1TTIA 3TUUA 2VEMA 2C3ZA 2WSRA 2ABBA 1H1YA 1JCNA 2DP3A 2JGQA 1EWEA 2ZZ6A 3Q94A 4HPJA 4DPPA 4XQ6A 3PSVA 3IGUA 3TFCA 1W5PA 4JTFA 1QMLA 4RZ6A 1KM3A 3TC6A 3WFAA 1T8XA 3F4WA 3BV4A 3O16A 2Q8LA 3S5OA 4ZZ9A 3AO0A 3MP3A 3BGJA 1XKYA 4RV8A 2QR6A 3M5YA 3RNDA 1J2WA 2ZBTA 4HNTA 4IJBA 2QCGA 1L9WA 2J27A 1IIHA 1UJPA 3V1PA 1DVJA 3MP4A 3BG3A 4QQ3A 5AHLA 2VENA 1HTIA 1X8FA 4GUFA 4RK8A 3NPWA 5DCBA 3WJSA 2GPTA 3W70A 3NL3A 1H7WA 5TBOA 1JUKA 3L2IA 1JULA 3DFQA 3SGUA 1BKSA 2B4GA 4JD4A 3LCHA 2CU0A 3M7WA 3UWUA 4JYEA 3RU6A 5MHBA 3TX9A 2ISWA 3DH7A 5LZLA 3UPWA 1UUMA 5KZDA 4O13A 1YTDA 2NWSA 1Y0EA 2JBMA 2Y7FA 3BVJA 1TMHA 3ZWSA 1XI3A 1FCBA 2QAPA 3QPYA 5A8GA 2CLLA 3RLVA 1MEIA 1YXCA 5FF7A 3FYOA 3O6YX 5G5IA 2GQAA 1SU5A 3MI3A 5CPLA 4Z1AA 2QCFA 1G4PA 2WQPA 3FJLA 3NNTA 3M43A 2DJLA 3NQDA 3KHJA 1H61A 1B9BA 3IGSA 4MFEA 3LHZA 4TU1A 1DL3A 3DGRA 4OQVA 4Q4KA 5KITA 3PUOA 2F84A 1C8VA 4M7TA 3K30A 3SGZA 3A5VA 3N14A 3MBDA 5DN1A 3T44A 2CWNA 1AL7A 5HMSA 2ZFAA 1C9DA 2W6RA 3FKKA 3C4UA 2QKFA 3TQ0A 1FY6A 3G8RA 1H7OA 3OA3A 3W9ZA 1L6SA 4X3ZA 1FDZA 1KFCA 5AYZA 5KINA 1OHLA 1QNVA 3G1YA 5G4WA 1HFBA 1XDLA 2XFWA 4N9DA 4AF0B 4K39A 1IXOA 1WX0A 1YADA 3JR2A 3NYZA 1YDNA 4O1AA 4O17A 5AHNA 1HO4A 3M41A 1SW0A 4I7VA 4C1LA 3P8JA 4MPQA 4JS3A 5FF3A 3LRLA 3OVQA 3HO8A 1BEUA 1OFEA 3CIWA 1D3HA 1AW1A 1LTDA 1F6PA 4UCGA 1RR2A 3NL5A 2QCLA 2Z1BA 2QAFA 1PCWA 2WKJA 4OU1A 3LCWA 3MUXA 1FXQA 1TV5A 1FQ0A 3M47A 3W83A 5LKYA 2CLEA 1DJNA 2YXGA 2C16A 5DY3A 1K7FA 1B3OA 3C2OA 1EEPA 4OT7A 1S5WA 2ALDA 1OK6A 3TV8A 4MJMA 4LV4A 3PY2A 1LCOA 4DPQA 2Y85A 1O95A 3BK0A 4GRSA 1S5TA 1H50A 5F2LA 3LOTA 1OFQA 2JK2A 3NQAA 2DZXA 2PC4A 4UTJA 4QAIA 1TTJA 3HG2A 4ALDA 3PAJA 1GVSA 2J24A 5D05A 2ZZ1A 3OG3A 3DU0A 3N2MA 4IMFA 4DO4A 4AHQA 1HO1A 3F4NA 1DOSA 4XUGA 1H60A 3THAA 2YFOA 5FF4A 1XL9A 5KMYA 4WY0A 2E1DA 3B0PA 1SO4A 3N73A 5HWNA 2KZHA 3NAVA 1TPVA 1AL8A 4IMEA 1ML1A 2B7OA 4NQ1A 4A29A 4HPXA 5F4SA 3U8GA 3HPZA 3L65A 4O12A 1Z41A 2BLEA 1SPQA 4H4IA 5CPMA 4LC6A 1LZOA 4MZ1A 3W7LA 2FIQA 4GC4A 2Y7GA 3IVUA 3PM6A 2VFHA 2ATSA 4IXXA 3QF0A 1O4UA 4DF0A 1SW7A 4U4MA 3I7QA 3O07A 3N2XA 4MLJA 2TPSA 5AN7A 1KFKA 2E5CA 2E5DA 5K9XA 4FHAA 3DHFA 2BZNA 5D2VA 5G2IA 2DZSA 5IBXC 1W8SA 3ABOA 5AYYA 2QCEA 1OFAA 3PBWA 3TROA 3O06A 2V5LA 4IX0A 2HMCA 3S42A 2W79A 4UXDA 3KAOA 1VCVA 3LI1A 1XUUA 1YYAA 1A5CA 1G4SA 4N4QA 3EX3A 1KV5A 1GVQA 3OVPA 1ZALA 3S1UA 4E2DA 3UQNA 3CC1A 4HSNA 3SI9A 4XBSA 4YXGA 3QQ0A 1NFBA 1RD5A 3FFSA 3PF3A 3FA5A 4JY9A 1ALDA 2GVJA 1KTNA 4FB7A 3NOEA 4FNSA 4UTHA 4RZ4A 5C54A 1B57A 2ZRVA 3G0UA 3GDKA 3GR7A 3PB0A 3E12A 2A21A 3GR8A 4BK9A 5FESA 4PL1A 1J4EA 3NQ2A 2E09A 5D32A 3BW4A 3LCFA 1ZAHA 5AC6A 4RJEA 1GZGA 4AHOA 4DF1A 5E1QA 4TMCA 3E96A 2Y62A 4LUIA 1K7EA 1P1XA 4QNEA 4HNVA 3EXRA 2Y63A 1W5NA 4QNWA 3UZJA 2NXIA 3SY5A 3MYOA 2ZCGA 3LDVA 2Y89A 2G96A 4E0CA 1KW1A 4LC8A 4UTLA 3S1WA 1QCWA 1DKWA 4O15A 2A0NA 3GIYA 4LTSA 4NNAA 1QOPA 1WQ5A 4Y6GA 3C2FA 2DORA 4DELA 1JJKA 1UCWA 2Y6ZA 1XBXA 1UBSA 4OV4A 3MWAA 2ZTJA 3O6CA 1G67A 4L4MA 3BW3A 1TQXA 3CT7A 2HSAA 2V82A 4BR1A 1FBAA 1GTHA 3GYEA 1SSDA 1H7PA 1TPEA 4JTEA 5HR6A 1LROA 3QMSA 3GZ3A 3BO9A 1OG0A 4OE7A 1TREA 3W2MA 3LHYA 1I2RA 4BWLC 2PCQA 3W76A 4NX5A 1KLYA 2ZRXA 1LRQA 1ZJIA 3VI2A 2A6NA 3QJAA 3LBMA 2PRLA 3OEXA 1TYGA 3WK2A 5HR7A 3O8AA 5G1TA 3GK0A 3QQ1A 5TQLA 3A21A 3EWUA 5LGXA 4UFHA 1ZAJA 2CLFA 3CB8A 4GJ1A 3LHWA 1W1ZA 4GWEA 5KZMA 5HULA 2QUVA 3NL6A 4XZ9A 4JNMA 2E77A 3NQCA 5HNRA 3VFLA 3QSRA 4N9EA 2HTMA 1BTMA 3KXQA 2X30A 3PBYA 1OX4A 1H7RA 2PURA 4Z1DA 3W86A 4POCA 3L0NA 2R8WA 1WV2A 1XBZA 4ZVJA 3W7DA 3GLCA 3KFTA 3MHFA 2E68A 1X1ZA 4UTIA 3M44A 3O63A 2NX3A 3IIZA 1MZHA 1G4EA 4FIRA 3NQFA 3GNNA 3DFPA 3EWWA 4UMAA 2GOUA 3TK7A 1GVFA 1GT8A 3G1VA 3W1QA 5F2GA 5AHIA 3ZFHA 1F73A 4O57A 4N2YA 5IM51 1ZHAA 2GQ8A 4PL2A 4Q33A 1MEWA 4JTJA 3D0CA 3NZRA 5KZEA 4LWWA 1X6UA 4BI6A 5LNVA 5EPDA 4JIPA 1GYNA 4XTDA 4WOZA 2OT1A 4W9TA 3EX6A 5K3VA 4OWGA 1WOAA 3STGA 5I3IA 1ICQA 1WAUA 3HMJG 4PH6A 1KM6A 3I65A 3LV5A 1R2RA 2C19A 5E93A 3HB9A 1LLWA 5L6UA 3W2UA 4O19A 2YGYA 1D3GA 5DBUA 3L9CA 3A24A 4GUJA 1OX6A 2CFFA 3R89A 3T55A 3W75A 4KFNA 2Z0IA 4WQ6A 3V75A 2NUWA 1LM1A 1G6CA 1XBVA 3MHGA 3P61A 3FIGA 5A5WA 3N34A 4EF8A 1KM0A 4MY9A 3M1ZA 4JTHA 2WNZA 4CCEA 2NV1A 1YDVA 4FO4A 4TMBA 4CLMA 3UXDA 3B8DA 2X16A 2ZRWA 3HGJA 3GDMA 3W1MA 2FDSA 4WXYA 4ORMA 4DXVA 4UR8A 1SFJA 5F1UA 4FNQA 3UY8A 2Z6JA 3WJZA 2F7FA 3G1AA 1FDYA 4JTSA 3LX9A 1VLWA 3KRZA 4KFPA 2ZZ7A 1IGSA 3GAYA 2J88A 3QH2A 1TPUA 2OCZA 2A7NA 3W1PA 3JRKA 3UWZA 1RV8A 4JTIA 3N9SA 5CPOA 3EXTA 1DJQA 4O52A 4RXFA 3GKFA 5HWJA 2E6DA 3PVFA 1LOLA 2A7PA 2WJZA 3LERA 4ML9A 1VYSX 1D9EA 3TMQA 3KVMA 3VE7A 3DI1A 3W7PA 1ZNNA 2E6YA 4PA8A 1OJXA 2A5HA 4EVZA 1UASA 1DHPA 2V9DA 1P4CA 3WK3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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