5E5UA

Crystal structure of the complex between carbonic anhydrase-like domain of ptprg and immunoglobulin domains 2-3 of cntn6
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
Knots found
sequence length
264
structure length
264
Chain Sequence
DPYWAYSGAYGPEHWVTSSVSCGGSHQSPIDILDHHARVGDEYQELQLDGFDNESSNKTWMKNTGKTVAILLKDDYFVSGAGLPGRFKAEKVEFHWGHSNGSAGSEHSVNGRRFPVEMQIFFYNPDDFDSFQTAISENRIIGAMAIFFQVSPRDNSALDPIIHGLKGVVHHEKETFLDPFILRDLLPASLGSYYRYTGSLTTPPCSEIVEWIVFRRPVPISYHQLEAFYSIFTTEQQDHVKSVEYLRNNFRPQQALNDRVVSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Cell adhesion/hydrolase
molecule keywords Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
publication title Structural Basis for Interactions Between Contactin Family Members and Protein-tyrosine Phosphatase Receptor Type G in Neural Tissues.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 73
structure length 264
sequence length 264
chains with identical sequence C
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2015-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 5e5uA00
2CBDA 4R59A 1FR7A 1TB0X 4YYTA 4ZWZA 4Q07A 5FLPA 5SZ0A 2HNCA 3KNEA 5SZ6A 3ZP9A 1CNCA 5JG5B 5JGTB 2ZNCA 3D0NA 3S77B 3MNIA 4PXXA 1CZMA 1AVNA 2NMXA 2QOAA 3S97A 2NNVA 3NI5A 3OILA 1TH9A 4Q78A 4YXIA 1OKNA 1LZVA 5DSKA 4JSWA 3MNAA 3M96A 3KIGA 5DSMA 1LG6A 4MO8A 2FNNA 2POUA 1ZFKA 1BN1A 3M40A 4Y0JA 3DVDA 1IF9A 1G6VA 2NNSA 1CVFA 4YGJA 5AMGA 5FNMA 5L6KA 5FLRA 4HU1A 4HBAA 3N3JA 1G52A 3M14A 1V9EA 1YDCA 1YDAA 4KAPA 4RH2A 1ZGEA 4ZWIA 3JXFA 5A6HA 4FIKA 1TEUX 4E3GA 1G0FA 4RFDA 2HKKA 4IDRX 1EOUA 3RG3A 1THKA 1FSQA 4PYYA 4UOVA 1UGDA 3HKTA 1G1DA 4FVNA 1HEBA 4LP6A 1DCBA 1CA2A 2QP6A 1G45A 3N0NA 1CAZA 5A25A 8CA2A 2AW1A 2FOYA 5FNKA 2NWZA 1FQRA 5IPZA 1DMXA 5CACA 4XIWA 1A42A 3F8EA 3S75B 4PZHA 3SAPA 2AX2A 3RYZA 5DSPA 3HFPA 3DVCA 3OYSA 5E2SA 1I90A 3GZ0A 1OKLA 4MLTA 1KOQA 1TEQX 1FLJA 4K0SA 1CILA 1RAYA 4R5AA 5DOGA 1KEQA 3PO6A 3CYUA 4YXUA 1HECA 2NWYA 5FNHA 4BCWA 4HT0A 3M1QA 4ITPA 1BN4A 5JEHB 1BN3A 4E5QA 3P3JA 2HD6A 2HL4A 2FW4A 5BRWA 2ABEA 3FW3A 2WEOA 3W6IA 3S9TA 3V3GB 3C7PA 4KNMA 5BRUA 5FLQA 5G03A 4Q7SA 1ZSCA 4X5SA 3MZCA 4R5BA 4QJXA 1CAKA 1CAIA 4GL1X 1G0EA 5G01A 3PYKA 2X7TA 1CINA 3LXEA 1MOOA 1CA3A 5EZTX 5FLOA 1BNNA 1G4JA 1XEGA 1MUAA 3S78B 3P5LA 4RUZA 4FL7A 3V3FA 4TWMA 4Q87A 1ZH9A 3DAZA 1YO0A 2Q38A 3MDZA 1I9NA 2FMGA 3D92A 5AMLA 5CJFA 3CA2A 4IWZA 3DCWA 5G0CA 5SZ1A 3RLDA 4K0TA 5FDCA 3ZNCA 4QK2A 5J8ZA 1BICA 4QSBA 1H4NA 5FLTA 2CABA 3R17B 3P55A 3V3IB 4Z1JA 1CAOA 1TTMA 2FOUA 3M5EA 3P3HA 1BNMA 3DV7A 3S8XA 3TMJA 3L14A 1RZEA 2W2JA 3U7CA 1FR4A 1Z97A 3T84A 4ETQC 4E3HA 1BNWA 2EU3A 1G4OA 3MWOA 1FQLA 1JCZA 2F14A 3BETA 4E3FA 5DSLA 2FMZA 3DCSA 2WEJA 3IBUA 1KOPA 3HKUA 3FFPX 3NJ9A 1IF4A 1CALA 3U3AX 4KP8A 3ML2A 1CVDA 1BNQA 5FL5A 3UYQA 1RZDA 1YDBA 3P44A 3T5ZA 2FNMA 4M2RA 4QY3A 4YHAA 1JD0A 4JS6A 3T82A 1ZFQA 5EH5A 4XIXA 1G54A 1XPZA 3RJ7A 2FNKA 2CBAA 4RUYA 5JESB 3MNUA 1HUHA 1G48A 2CBEA 4ILXA 4CNWA 3PJJA 1I9LA 4ZWXA 4ZX1A 3RZ5A 4QJMA 1ZSBA 5EOIA 5JGSB 1CCTA 1CVHA 4L5UA 3U47A 4G7AA 1UGAA 4COQA 1G46A 3KLDB 4Q08A 3P5AA 2ILIA 3M2NA 4KP5A 4QEFA 1CCSA 5DSRA 5SZ3A 3RYJB 4Q7VA 3D8WA 5FLSA 4Q83A 1CAHA 3FE4A 4FRCA 5EIJA 3S74B 4ZAOA 1I9OA 3P58A 1CIMA 5SZ2A 4HEYA 2X7UA 5FL4A 1J9WA 4KNJA 2Q1BA 2FOSA 2O4ZA 3HS4A 3IBLA 5DSQA 3OYQA 3RZ7A 3S73B 1YO2A 2NWOA 3CZVA 3IAIA 3DD0A 4Q6EA 3M5SA 5SZ4A 1CVAA 4YX4A 5HPJA 3JXGA 3QYKA 4YGFA 1CNXA 1V9IC 3M98A 2H15A 3RG4A 3U45X 1ZGFA 2CBCA 3F7UA 2WD3A 1BNUA 3M04A 3SBIA 4Q8XA 3RZ1B 3ML5A 2EZ7A 1YO1A 4WW8A 5BNLA 1HUGA 1I91A 1RZBA 3KOIA 5E2KA 1KWRA 1XQ0A 4QK3A 1UGFA 4KUYA 1AZMA 4E3DA 4Q81A 4XZ5A 5FL6A 3T83A 3M67A 4M2UA 4PYXA 3R16A 5EKHA 2WD2A 4L5VA 5JQTA 5E2RA 1TG3A 2NWPA 3MNHA 5JDVB 4Z0QA 4Q09A 2HOCA 1FQMA 3MHLA 4Q8YA 7CA2A 4QIYA 1HVAA 1CANA 1IF5A 3DCCA 3DA2A 2POVA 5FNJA 1YDDA 4C3TA 3Q31A 4KUVA 3V7XA 4QSIA 1G53A 1CNIA 1CAYA 3MHCA 1CVCA 4YVYA 3N4BA 4QJ0A 1JV0A 2VVBX 5E2NA 5JG3B 1LG5A 2IT4A 2NN1A 3RZ8A 3N2PA 1BV3A 4Q99A 4WL4A 3S71B 4TWLA 2NN7A 4PQ7A 3BL0A 2CA2A 3RYYA 4L5WA 1I9PA 3HKNA 2NXTA 4ITOA 2GD8A 3F7BA 1RJ5A 4E9OX 4FU5A 4QSAA 1FSNA 4MTYA 4Q8ZA 1CNBA 1RZCA 5JQ0A 2NXRA 5BYIA 4RN4A 1FSRA 5E5UA 5FNIA 3MHIA 5EKJA 5DSNA 6CA2A 3RGEA 1CVBA 5AMDA 1CNKA 1TBTX 4CACA 5DOHA 4CA2A 4FPTA 3K34A 1CNHA 3DVBA 1CVEA 4CNXA 2EU2A 1I9MA 2POWA 9CA2A 3OKVA 3F4XA 4RIUA 5E5RA 3MMFA 3S76A 4MDGA 2FOQA 4CNRA 1BNVA 4Q9YA 3DC3A 1DMYA 4Q7PA 1IF7A 4YXOA 1UGCA 3SBHA 4Q6DA 1Y7WA 4RUXA 1OQ5A 4Q49A 2Q1QA 1I8ZA 1RJ6A 1UGEA 4JSAA 4MDMA 4JSSA 3T85A 3V3JA 3K7KA 5EH7A 1IF8A 5DSIA 1Z9YA 3KWAA 4QIZA 4N0XB 1TE3X 3IGPA 4G0CA 4LHIA 3M2XA 3CAJA 4RIVA 2CBBA 1IF6A 4QJOA 3S72B 2NNOA 1ZSAA 3MNKA 4DZ9A 2OSFA 5CA2A 4HEZA 1URTA 5JEGB 3MHOA 4HT2A 3EFTA 4KV0A 4Z1KA 3KS3A 5DSJA 4XE1A 4M2VA 1Z93A 3DBUA 1G3ZA 3MHMA 4WW6A 3V2MA 3KOKA 4Z1NA 4K1QA 4HF3A 3JXHC 1CNGA 3RYXB 5EH8A 1UGBA 4E4AA 1CAMA 4QK1A 3M3XA 3OIMA 3V2JA 3TVNX 3EFIA 4K0ZA 3M1WA 1T9NA 4FVOA 3NB5A 4YGKA 3V5GA 12CAA 3IBIA 3D9ZA 1CRAA 3M5TA 2FOVA 4DZ7A 1BNTA 3M1JA 4YGNA 3SAXA 4WUPA 2QO8A 1RAZA 4YGLA 5EKMA 5L3OA 3K2FA 3IBNA 4E49A 4QJPA 4XFWA 1ZE8A 4N16A 4ZX0A 3KONA 4LU3A 4Q7WA 2H4NA 5BRVA 1LGDA 5SZ5A 3TVOX 3HKQA 1H9QA 4KUWA 3MYQA 2NXSA 3W6HA 5EHWA 1XEVA 4JSZA 4BF1A 3MNJA 1F2WA 1CNWA 3OKUA 1AM6A 4Q06A 3RYVB 3IEOA 1CNJA 3B1BA 5CLUA 4RFCA 3T5UA 5FNGA 1BZMA 5DVXA 4QSJA 3OY0A 3B4FA 3M2YA 2GEHA 1HCAA 3V3HB 3DD8A 1I9QA 4MLXA 2HFWA 5DSOA 3BL1A 5FDIA 1CAJA 3UYNA 3DC9A 1CNYA 1CRMA 4HEWA 2WEHA 5DRSA 3HLJA 3OIKA 1CCUA 2WEGA 3D93A 3P4VA 4QTLA 5LMDA 4KNNA 1H9NA 4CQ0A 1HEAA 5FNLA 3KKXA 3RZ0B 5G0BA 5EHEA 4WUQA 1LUGA 4YWPA 4KNIA 1DCAA 1KWQA 1ZNCA 1HEDA 2X7SA 5E28A 5E2MA 3M1KA 5JEPB 5C8IA 4MDLA 2NNGA 1RZAA 1OKMA 1FQNA 5SZ7A 1BCDA 1HCBA 4K13A 4Q90A 4CNVA 2OSMA 4WR7A 4ZWYA 1TG9A 4M2WA 1UGGA 4Z1EA 3VBDA 4Q0LA 5EHVA 4BF6A 2VVAX 4QJWA 3M2ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CBD A;  4R59 A;  1FR7 A;  1TB0 X;  4YYT A;  4ZWZ A;  4Q07 A;  5FLP A;  5SZ0 A;  2HNC A;  3KNE A;  5SZ6 A;  3ZP9 A;  1CNC A;  5JG5 B;  5JGT B;  2ZNC A;  3D0N A;  3S77 B;  3MNI A;  4PXX A;  1CZM A;  1AVN A;  2NMX A;  2QOA A;  3S97 A;  2NNV A;  3NI5 A;  3OIL A;  1TH9 A;  4Q78 A;  4YXI A;  1OKN A;  1LZV A;  5DSK A;  4JSW A;  3MNA A;  3M96 A;  3KIG A;  5DSM A;  1LG6 A;  4MO8 A;  2FNN A;  2POU A;  1ZFK A;  1BN1 A;  3M40 A;  4Y0J A;  3DVD A;  1IF9 A;  1G6V A;  2NNS A;  1CVF A;  4YGJ A;  5AMG A;  5FNM A;  5L6K A;  5FLR A;  4HU1 A;  4HBA A;  3N3J A;  1G52 A;  3M14 A;  1V9E A;  1YDC A;  1YDA A;  4KAP A;  4RH2 A;  1ZGE A;  4ZWI A;  3JXF A;  5A6H A;  4FIK A;  1TEU X;  4E3G A;  1G0F A;  4RFD A;  2HKK A;  4IDR X;  1EOU A;  3RG3 A;  1THK A;  1FSQ A;  4PYY A;  4UOV A;  1UGD A;  3HKT A;  1G1D A;  4FVN A;  1HEB A;  4LP6 A;  1DCB A;  1CA2 A;  2QP6 A;  1G45 A;  3N0N A;  1CAZ A;  5A25 A;  8CA2 A;  2AW1 A;  2FOY A;  5FNK A;  2NWZ A;  1FQR A;  5IPZ A;  1DMX A;  5CAC A;  4XIW A;  1A42 A;  3F8E A;  3S75 B;  4PZH A; 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