5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
4EZNA 4EZZA 4EZWA 5AR0A 1GLDG 3CJBA 4B1ZA 2FSKA 3MN9A 4EIAA 4BREA 3VGMA 2QWNA 4PO2A 3F9MA 1YXQA 5AQHA 4BC4A 4BC3A 1BUPA 4BRAA 3AY9A 1X3MA 4WV7A 2E1YA 2PAVA 3MDQA 2YJEA 3WXIA 1NLVA 5KPZA 4QS9A 3ATVA 2AA4A 2IIRA 5AQNA 3WUHA 4BR7A 4JAXA 2FF3B 4CBWA 4IXCA 3GOIA 3O80A 2E2QA 3CJ1A 3MCPA 4EZTA 5BN9A 4H0PA 3JXUA 2QWPA 3LM9A 4R5JA 5AQTA 1NGCA 4JWEA 4FWPA 1RDWX 1NGHA 1X9JA 3DXMB 5ELZA 3A5LC 5AQMA 1U2VA 2D4WA 2BPRA 2FF6A 3VEWA 4F00A 4KBOA 4FO0A 2P9LA 3H0XA 1Q18A 4FWLA 4GNIA 4O5FA 4EZRA 1S3XA 4BRGA 4Z94A 3HSCA 4A61A 2HOEA 1WUAA 4FOEA 2F9WA 3VEZA 1BA0A 2Q31A 3UKRA 1DGKN 2E1ZA 1P8ZA 3CETA 5JICA 1X3NA 1V4TA 4BVPA 1LOTB 4H5VA 1JCGA 5LJVA 2VYPA 4H6HA 5AQPA 4JWCA 4JNFA 2ITMA 3CJCA 5I9EB 1HPMA 4F9OA 3DPPA 4MLHA 3UKUB 1J6ZA 3VPZA 2QFFA 3QNJA 4BR2A 3LM2A 2FLOA 5AQVA 1E4FT 2QWMA 4R5LA 3TU5A 4B9QA 4HYBA 4PKIA 1BPRA 3FR0A 3DPQA 4CZGA 4CBUA 1YUWA 2Q1NA 2HF4A 2VCPA 3JS6A 3L6QA 2W41A 1GLFO 1HJOA 4BRHA 5AQJA 2VWBA 3LDOA 3N8EA 4A2BA 3A5NC 2I7PA 2YJFA 4FSVA 4JHDB 1NWKA 2D0OA 4FL9A 3B8AX 4BC5A 3M3ZA 5F0XA 4JN4A 3MK6A 4BG9A 4JNEA 1KXPA 4HTLA 3A5MC 2V51B 3QFPA 5E84A 4FWKA 4BRQA 4XH5A 2FSNA 3WT0A 2QWQA 4BGBA 2A42A 3ZEUB 1BA1A 3CQYA 4IWVA 3KZBA 1QQMA 2YHWA 3O1BA 4JWIA 3AAPA 4H0OA 1NGAA 3O6WA 3T46A 4H0XB 5EVZA 3ZX0A 1NMDA 3C7NB 3AARA 2H3GX 1GLBG 4FWMA 4BRIA 4FWQA 4XEIA 1MA9B 3D7EO 3HI0A 1TUUA 1T6DA 3M6GA 1KAYA 4CZJA 1QZ5A 4BRCA 3A8YA 1T44A 1DKYA 3QICA 1K8KA 3CHWA 4CZMA 3J8AA 5KQDA 4C23A 3ZX2A 4EHUA 3T49A 1GLLO 3SK3A 3OHXM 3IFRA 2HMPA 2Q2RA 2YHYA 2Q36A 5LY3A 3ULEB 2ASMA 2DPNA 2E2OA 3FZKA 1SQKA 3DXKB 2BTFA 3HBTA 1MWKA 2IVOA 4QS7A 4CZFA 1XC3A 3TPQA 5F1XA 3KHYA 2P9NB 3U9DA 4XH1A 1H1VA 1HLUA 5AZIB 4CZEA 3EL2A 1LCUA 4WQ5C 3SLCA 3R6MA 1DKGD 2Q97A 3UB5A 2NLXA 2P9PB 3W3DA 2V7ZA 1NM1A 3GL1A 3H3NO 3HTVA 1RFQA 4MO5A 5EOYA 3RSEB 2OP6A 2FSJA 4H6IA 2GEMA 5AQGA 2P9IB 3ENOA 4BRMA 3H3OB 2E88A 4HY9A 4CJ7A 5AQRA 3HM8A 5AQIA 3WXJA 1DKXA 4K41A 3DWLA 1GLAG 5F2RA 1NBWA 3WXLA 4BVOA 3T4AG 2CH5A 3CJAA 4H5WA 1BG3A 2Q0RA 1SZ2A 1T6CA 3GE1A 2BUPA 1Z6RA 2P9UB 4H5NA 3LL3A 5AQLA 4RCHA 1QHAA 1BU6O 3ZETB 5ADXA 4B1XB 3EKUA 4JD2B 3BUZB 3IMXA 1ZXOA 4FWRA 3WQTA 4A62A 2PBDA 2P9KB 3VF4A 2QWOA 4I6MB 4B1YB 4EZYA 4PL8A 3H1VX 1XQSC 4QS8A 5AFUH 2GWJA 1D4XA 1MDUB 5AQSA 4RWTA 3M1FA 4WQ4C 5AZJB 4EFHA 4CZKA 3QFUA 4E1JA 4ISFA 2P9PA 3GBTA 3SMSA 4EZOA 5FPDA 4EZQA 4M7YA 2ASOA 3O4WA 4BG8A 3RSEA 4BR9A 3QBWA 5BR9A 2P9IA 3LDQA 3VETA 4BR0A 3FFKB 4PL7A 1GLJO 3OHRA 1G99A 3DXMA 1NGDA 4O8KA 4Y0WA 5JLHA 3L0QA 4H0VB 5TKYA 3QBXA 5KPRA 4EHTA 1RGIA 1DKZA 3A0IX 3R9PA 3CJ7A 5AQUA 2J4RA 4FWSA 4I6MA 3VEVA 5KPTA 1NGEA 5AQQA 3MN5A 5AZJA 4CZIA 4BRDA 4BGAA 4H5RA 5AQKA 1TUYA 3D2FB 2D0PA 2OANA 3H45C 1DG4A 4WQ5A 4CD1A 4H5TA 3UKUA 5E26A 2KHOA 4R5KA 2YCHA 4B1WB 4BROA 3SJHA 2QWLA 3WEEB 4IJNA 4L3QA 3FZFA 4BQLA 4EZSA 3FLCO 4EZPA 5CE3A 3WXKA 4R5GA 3H46O 5BPNA 1MWMA 3CI5A 4H03B 5FPNA 1JCFA 5FPEA 4BRNA 1NGFA 1QZ6A 1HKCA 2QWRA 3D2EB 4DHYA 4GY2B 1U6ZA 3FZMA 4CZLA 1KAZA 1WOQA 3EZWA 3QB0A 4JHDA 2ZF5O 5EX5A 5JLFA 5LJWA 1EQYA 1BO5O 2P9SB 2CGKA 3FZHA 4H0TB 3GDQA 3LDPA 4K25A 1ATRA 3MN7A 4CD3A 2QXLA 5BREA 5KQ8A 2AP1A 4WQ4A 5EY4A 2D1KA 4BR5A 4YDUC 3WEEA 3BP8A 3FGUA 3ZEUA 1ESVA 5BN8A 2A41A 1XUPO 2F9TA 4ISEA 1QQNA 3MMVA 2E2PA 3L4IA 1C0FA 5AQFA 3DAWA 4A2AA 2WUSA 3L3OM 1CKRA 3C7NA 1NGJA 3DPOA 1QQOA 2YHXA 4IJAA 3DQGA 1U2VB 3R8EA 3MN6A 3VEYA 3VENA 1V4SA 2YI1A 4RTFD 2HF3A 3CIPA 4BRFA 2EWSA 3VGLA 5BRHA 2V52B 3DJCA 2P9LB 2P9SA 3EKSA 2E8AA 4F01A 3BF3A 1ATNA 3SMPA 4DQ8A 1HKBA 3ULEA 3S41A 1TYQB 3UKRB 3DXKA 5AQXA 3O5BA 2CGLA 2CGJA 1ZC6A 4FOIA 2P9NA 1ZBSA 2IVPA 5AZIA 2I7NA 5AQWA 2Q0UA 4AM6A 4B1VA 1OKJA 2W40A 2ZGZA 2NZTA 3IDHA 4EZUA 1JCEA 3T48A 3I8BA 3LDNA 2FXUA 3ATUA 4FWOA 1BDGA 3G25A 5BRFA 4CZHA 4DCHA 3GG4A 1CZAN 1NGGA 2UYTA 2GTDA 3O1WA 3P4IA 3U4LA 4EZXA 1Z05A 2A40A 4FWNA 1E4GT 3C0BA 3BEXA 2A3ZA 4R5IA 4XH4A 1TYQA 3VESA 1NGBA 2P9UA 4DB3A 1IJJA 2IVNA 3T47A 4H0YB 3BF1A 3ZETA 1IG8A 4JD2A 3VEOA 4MO4A 2P9KA 4EAHD 3VF2A 4PKHA 3O8MA 5JMVA 2ZGYA 5BRDA 2QM1A 3ENHA 5EXWA 2A5XA 5AQOA 4CI6A 4YDUA 7HSCA 4HWIA 4WYBA 5AQYA 4BQZA 1YVNA 4M7XA 4MLEA 3QDKA 3WQUA 1GLCG 2CH6A 3H1QA 3ZX3A 3U8XA 1HUXA 2A6AA 3FE1A 2V7YA 3VOVA 1SAZA 1DEJA 3CQXA 4WV5A 3LDLA 3W0LA 5BPMA 4PKGA 3HZ6A 4FPBA 4LC9B 4BR4A 4IZ9A 4EZVA 3AAQA 1BWFO 4K43A 4BC2A 1U00A 5BPLA 2WINM 1BOTO 1K8KB 5FPMA 4CBXA 3I33A 3H6EA 3VERA 4NB4A 5ADXH 1GLEG 3U9ZA 3IUCA 4BRLA 3UE5A 5AFUA 3QMLA 4K42A 2E2NA 1HX1A 2ZWHA 3FZLA 1YAGA 4E81A 3D2FA 3CJ9A 3ID8A 5B8HA 1HKGA 4AM7A 4IO8A 1S22A 2GUPA 1Q5LA 3VGKA 1KAXA 3O08A 4ISGA 4BRKA 3A5OC 1NGIA 4JWDA 1ATSA 1C0GA 4NO7A 3DOBA 4J8FA 3EO3A 3EN9A 2GWKA 2ASPA 2QW9A 3VEXA 2E20A 2GELA 3CERA 4M63C 4FPAA 3VF6A 2NRHA 4B1UB 5AQZA 3KVGA 1Y64A 3D2EA 4BRPA 1R59O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 2F7PA 2WTUA 3CJBA 4B1ZA 3MN9A 4O4GA 1DTTA 4BREA 3EY1A 4PO2A 3F9MA 1YXQA 3AY9A 2YI8A 3J7YP 1MJGA 5BR8K 3HM9A 1BHLA 4ATMA 5K14A 3CCLN 1EXQA 3VEBA 5FROA 4Y1CA 5KPZA 3K0SA 2UXCK 1N36K 3L2QA 2IIRA 5AQNA 4DR1K 4QCLA 4OGEA 4JLHA 3ACOA 4CIEA 2FF3B 4IXCA 1IV0A 4AZ5A 2ZJPL 2VQEK 3I01A 3AO3A 3K58A 1YWMA 3MCPA 4Z4CA 4EZTA 4DUYK 1TGOA 5AQTA 2QWPA 3MX5A 4FYDA 4OLBA 2HHXA 1X9JA 2G8WA 4CGGA 1TL3A 1U4BA 2RT6A 3MEDA 2D4WA 2BPRA 2FF6A 2ZE2A 1QQCA 3L2UA 5HP1A 3RTVA 5CY4A 4O0IA 1RT1A 1S72N 3PX4A 1Q18A 4GNIA 5CHIA 4IO9L 3QEWA 4KHYA 1U49A 4BRGA 4C8MA 3HOTA 4Z94A 4GV9A 1B92A 3ENBA 3M3WA 3TAQA 5JICA 1V4TA 3G0ZA 1Y2OA 4JK9A 3AVCA 4IKFA 3V9SA 5LJVA 2HSTA 3AVNA 5I3UA 4JS4A 5C5BA 4KH4A 2ITMA 1HPMA 1WSIA 4C8NA 3VPZA 3O9RA 3WNHA 2YIAA 4NYFA 2QWMA 1RTHA 3TU5A 1U45A 4I2PA 1TQVA 3VN5A 4KO0A 4CZGA 3KLFA 3LALA 1T7PA 2KTQA 5HRRA 2VCPA 2HHUA 1RILA 2JGUA 2W41A 2XY7A 3NVKA 3ZT2A 2A1SA 5AQJA 2JNKA 4F3OA 1SU7A 1OH7A 2OZNB 3B8AX 3M3ZA 3MK6A 4Z4HA 4HTLA 3M8QA 3BVWA 4JRQA 3QNOA 3KLGA 3JSMA 2QKBA 3AA3A 4BRQA 4XH5A 3WT0A 3KWIA 2V0OA 3KZBA 2YHWA 3DLHA 3DX3A 3WNEA 1RT2A 1S9GA 4H0OA 4AVMA 4BDZA 3P38A 3OWGA 4H0XB 2JNSA 4DU3A 2QXFA 3HP6A 3C7NB 3LP2A 3PUFA 4FWMA 3TSPA 4XEIA 5HL7L 3HT3A 4PUOA 1TUUA 3O4QA 2F8TA 4DSEA 3BVVA 3QICA 4GW6A 3AA2A 3J8AA 1VQNN 4DYLA 4C23A 1GLLO 3MXJA 3OHXM 1T03A 4JKAA 1N32K 5LY3A 2E2OA 4JI4K 3FZKA 1SQKA 4OO1J 3HBTA 3D51A 4FW2A 1EWQA 1XC3A 1FW6A 3TAMA 2XO7A 4ELVA 4EP4A 1HLUA 2YL8A 3NF9A 3R6MA 4CJ4A 1XNQK 4DR6K 2Q97A 3UB5A 4M42A 1J5EK 4RW7A 3GL1A 4FZOA 4MO5A 3TI0A 1RFQA 4C1NK 2DY4A 3HAJA 1RDBA 2QK9A 4FZYA 3DLLL 2OP6A 5AQGA 3SBSA 1LW2A 2I5JA 3H3OB 4KPYA 4JKFA 2ZM6K 4H4OA 3C6AA 3E1YA 2BGGA 3WXJA 1DKXA 1RDUA 3DWLA 3DRPA 4FK2A 5F2RA 4JI2K 1RDAA 3WXLA 4K8ZA 2HHIA 4HVJA 1RCHA 4AH9A 4M3TA 3P39A 4EP5A 3ZETB 4K0KK 3EKUA 3IMXA 3VQEA 2P9KB 4A59A 4B1YB 4QS8A 3ZSVA 1MDUB 5AQSA 3ERCC 1HR0K 3M1FA 4CJQA 3QFUA 4IEIA 3T7ZA 4F3TA 1Q86O 1RT3A 3GBTA 3CPEA 3V9WA 2NRZA 4AZCA 4M7YA 3QBWA 2P9IA 4AZBA 3EJTA 1VSHA 3FFKB 2RE2A 1ZBHA 1VSMA 1S5JA 4J2DA 4O8KA 4HR1B 1I4TA 2D4CA 1S1WA 4FJKA 1QSLA 3HVRA 3DX0A 1DKZA 4CJWA 1QX1A 1KVBA 3AVFA 2B6AA 2ZXQA 5AQUA 2J4RA 4V19S 4IFVA 3KK1A 4DFJA 3IS9A 4CZIA 4BRDA 3CCRN 1TK5A 3AVLA 1HNZK 5IT9O 3AVBA 1VHXA 3KAWA 1TUYA 4AZHA 3A98A 3AA4A 4OPHA 3T69A 3I0RA 2OANA 4WFNL 4KREA 3H45C 2GAFD 1DG4A 4H5TA 1LV5A 3L8BA 4R5KA 3VEAA 4ZTFA 3E9PA 4O8UA 4WFBL 2KZZA 3SJHA 4XJXA 3WEEB 2ELBA 4L3QA 4DKWA 4EZPA 2D1LA 5BPNA 2KFNA 4NCAA 1JCFA 3CCEN 4KHUA 1WAJA 3EYZA 1ZYQA 4CK2A 3DLRA 3CD6N 3VQQA 3H08A 1N6QA 4IOXA 4FVUA 5A2QO 3QLHA 4JHDA 3ZLJA 3FZHA 3GDQA 3LDPA 4K25A 2HNZA 3PX6A 3CYGA 2KLAA 5KQ8A 3SBTA 2D0AA 4BR5A 4MDAA 3MWTA 3I04A 1SKSA 3ZEUA 3V6DA 5BN8A 2Z8YA 4BE2A 3D50A 1TKTA 2AJQA 2RPIA 3PO5A 1NK5A 4ISEA 1M90O 1WSGA 5AJ3K 2O8BA 4GV3A 1GNTA 3K5MA 1NOYA 2YKTA 1S1UA 1CKRA 3OS1A 4IJAA 4E19A 5H1SQ 3NDKA 3NCIA 1XC9A 3RMAA 3FD9A 2YNFA 4BRFA 1KSPA 2EWSA 2UUBK 3LAKA 1X1PA 5BRHA 2P9SA 3V1OA 4FK0A 3EKSA 5HRPA 2QTDA 5FIGA 1XNRK 1I3AA 4DV5K 4AZ6A 3SMPA 3BUDA 3V1QA 3IRXA 2D5RA 2PY5A 3C95A 1A5XA 2PYLA 4W5TA 2ITGA 3O5BA 3QO9A 2XY5A 1ZC6A 2VWJA 1R33A 4UY8O 4FOIA 2P9NA 1RDCA 1RT7A 3D0PA 3RPMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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