5EPSA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed10
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5epsA00
3G0LA 5CUDA 4O75A 5FE1A 3MULA 2DWWA 5ENCA 5AD3A 4IR5A 5D3HA 4CURA 4WHWA 4LR6A 4HXSA 4YBSA 4TT6A 4PS5A 4O7FA 3IU5A 3SVFA 3I3JA 2RI7A 5H1UA 4NR6A 5C4QA 5CQ4A 4HBVA 4QC3A 4HBYA 4E96A 4NQNA 5CQAA 4UIXA 4BW4A 5I89A 2DVQA 4TS8A 2I8NA 5F1LA 3NXBA 4YYMA 3U5JA 4QZSA 3S91A 3U5KA 4CFKA 5DYUA 4LYIA 4Z6IA 3DAIA 5ETDA 2R0VA 4LZRA 4YH4A 5HRVA 2RNYA 3UV2A 4CUPA 5CUCA 2E3KA 4QSRA 2DVVA 5I83A 4UIVA 5CUAA 5EM3A 5HELA 3GG3A 4FLPA 5FE5A 3U5OA 4YYIA 2I7KA 1E6IA 5FE6A 3UV4A 3ZYUA 4PTBA 4YYHA 5A5SA 4NR8A 5LKZA 5E3GA 5EPBA 5HENA 5FE4A 4HBXA 2RO1A 4A9KA 5A5RA 4HXLA 5DLZA 5DYXA 3S92A 5FB1A 4HXPA 4YYKA 4Q0NA 2DVRA 5IG6A 4BW3A 4A9OA 5L99A 1JSPB 4CUSA 5H85A 5E0RA 4Z1QA 4CLBA 4N4IA 5ENGA 5CPEA 5I7YA 4MR6A 4KV4A 5LJ1A 4MEPA 3SVGA 4PCIA 4YAXA 5ENHA 5C7NA 4HXKA 4TU6A 1WUGA 5KHMA 3DWYA 4QSUA 5DBMA 5G4SA 4XUAA 4Q0OA 5KTXA 3JVLA 3K2JA 5TCMA 4QUTA 2E7OA 3P1DA 3UVYA 3HMEA 5CQ8A 4PKLA 5D3TA 3IU6A 3FKMX 1ZS5A 3LXJA 5EQ1A 4O7CA 4UYDA 4QNSA 2WP2A 5CQTA 3LQHA 4IR6A 1WUMA 5CS8A 5EI4A 5E73A 4LZ2A 5IGLA 2KTBB 3HMHA 3HMFA 2R0YA 3AADA 5D7XA 2YEMA 5EP7A 3P1CA 4WHUA 4N4HA 5II2A 4YYGA 3LQIA 5A83A 3G0JA 5FG5A 5FDZA 2RNWA 5F62A 5FG4A 5DFBA 5JWMA 5CQ7A 2D82A 3P5OA 3RCWA 4QSQA 5LJ2A 5CP5A 5E9YA 4J0SA 5H1VA 5DW2A 4TZ8A 5FFWA 5DKDA 4ZW1A 5D0CA 4QR5A 5IIDA 4UYEA 5F5ZA 3QZVA 1EQFA 4O7BA 4QY4A 3JVMA 4YBMA 4YYDA 4LYWA 4J0RA 5D3LA 5JI8A 5L8UA 5HRWA 3Q2EA 3O37A 4NRBA 4YK0A 5D26A 5ENJA 4BW1A 5HLSA 4LDFA 3UVWA 3U5NA 2MJVB 4QBMA 4IR3A 5LKXA 5IBNA 5LUUA 5L96A 4Z6HA 4NYWA 5J0DA 5C87A 4O72A 5K29A 5LKUA 4CUQA 4NQMA 4A9EA 4X2IA 5EU1A 4YYJA 4QB3A 5EA1A 5DKHA 3UVDA 3Q2FA 4NRAA 5D3PA 2OO1A 5CRZA 3U5PA 3U5MA 4YYNA 5LJ0A 4RVRA 5D3SA 5FE2A 4LC2A 5AMEA 4NR4A 5E9IA 4F3IA 4NS5A 5FG6A 2YYNA 5E3DA 5FBXA 2R10A 5IGMA 2YW5A 4HXOA 5FE0A 4IOOA 5EPRA 4OGJA 4TU4A 5EWDA 5A5OA 4NRCA 3LJWA 5A7CA 5FH7A 5A81A 4Z1SA 4NUDA 4MR4A 4A9JA 5COIA 2NXBA 5FH6A 5L97A 5FE9A 2DVSA 3O36A 5DKCA 5H1TA 2RFJA 4XY8A 5F3AA 2OSSA 4YC9A 1JM4B 5E9VA 4MEOA 5A5QA 5I1QA 5BT4A 4A9HA 4WIVA 5CRMA 4XYAA 4YY6A 5HCLA 4O7AA 3MQMA 5D3JA 5A82A 2G4AA 3QZTA 5HRXA 4CUUA 4HXMA 4HXNA 4NXJA 5EICA 4QSVA 5F61A 5D3RA 3TLPA 5D24A 4QEUA 5HQ6A 4O71A 5LVRA 5EWWA 4UYFA 5DYAA 2F6NA 3AQAA 5ENFA 5ENBA 5HEMA 5HQ5A 4GPJA 4IORA 5F2PA 5II1A 4YABA 4UIZA 4YY4A 4LZSA 5ENEA 3QZSA 5ETBA 4UYHA 5L8TA 4BHWA 5E9LA 2L85A 5DX4A 4J3IA 4QSPA 4QYLA 5CQ3A 5IGKA 5D25A 4CL9A 5BT5A 5I88A 4BW2A 4IR4A 5CUBA 4DONA 4ALGA 4QC1A 4PY6A 5AMFA 2OUOA 5CZGA 3P1FA 2L84A 5D3NA 4ZC9A 5E9KA 2FSAA 4BJXA 5CQ6A 2DATA 4O74A 4MR5A 5FFVA 4UIUA 4CFLA 2YQDA 4TT2A 4O77A 5HFRA 5CU8A 5EPSA 5C85A 4N4GA 4HXRA 4AKNA 4O70A 4A9LA 5FFYA 5KU3A 5FH8A 4QSSA 5F60A 3O34A 4KCXA 5DLXA 5F25A 2RS9B 3UVXA 4QEWA 3O35A 4QSTA 4XY9A 5I86A 2LSPB 4ALHA 4CUTA 5C89A 4ZQLA 4NR9A 4A9NA 5DYCA 4C66A 4QYDA 2YEKA 5CUEA 5CGPA 4PCEA 5KTWA 5EK9A 5E74A 5E7DA 4NUCA 4UIYA 5A5PA 5I29A 5KTUA 3JVJA 2RNXA 4MEQA 3MB4A 5I80A 5ACYA 4YBTA 5HJCA 3LQJA 3JVKA 3O33A 3UW9A 4YADA 5EV9A 4QUUA 4UITA 5L98A 5A85A 4QR4A 5DFDA 4YH3A 3UV5A 5EWCA 5DFCA 4NUEA 4TZ2A 5DY7A 5EISA 4UYGA 5E9MA 4OGIA 5CQ5A 2N9GA 3SVHA 4QSWA 5FE3A 5I7XA 5F36A 4O76A 4UIWA 4Z93A 5IGNA 4TYLA 5CFWA 5EVAA 4LRGA 2GRCA 1X0JA 2F6JA 2WP1A 2DKWA 5LVQA 4NYXA 5BT3A 5LKTA 2L5EA 4O7EA 3P1EA 4QEVA 3ONIA 4A9FA 5HFQA 3MUKA 4MENA 2E7NA 4N4FA 5FB0A 3U5LA 4HBWA 2R0SA 4QR3A 4TT4A 5HQ7A 3MXFA 3MB3A 4KV1A 5C8GA 2H60A 5FE7A 5AD2A 4NR5A 4MR3A 4UYFB 4LYSA 2YELA 5EGUA 5KO4A 4A9MA 5FE8A 5EWVA 2YDWA 5ENIA 5HM0A 1N72A 4TQNA 4TTEA 4C67A 5A5NA 4YATA 1F68A 5G4RA 4NR7A 5F1HA 5EWHA 5CUGA 4Y03A 4NYVA 5CY9A 2D9EA 4J1PA 5F63A 4IOQA 4XUBA 5CTLA 5DW1A 5TB6A 4N3WA 4QSXA 5I40A 3D7CA 4A9IA 4OUFA 4O78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G0LA 5CUDA 4O75A 5FE1A 3MULA 2DWWA 5ENCA 5AD3A 4IR5A 5D3HA 4CURA 4WHWA 4LR6A 4AKHA 4HXSA 4YBSA 4TT6A 4PS5A 4O7FA 3IU5A 3SVFA 3I3JA 2RI7A 5H1UA 4NR6A 5C4QA 1PUOA 5CQ4A 4HBVA 4QC3A 4HBYA 4E96A 4NQNA 5CQAA 4UIXA 4BW4A 5I89A 2DVQA 4TS8A 2I8NA 5F1LA 3NXBA 4YYMA 3U5JA 4QZSA 3S91A 3U5KA 4CFKA 5DYUA 3D1DA 4LYIA 4Z6IA 3DAIA 5ETDA 2R0VA 4LZRA 4YH4A 5HRVA 2RNYA 3UV2A 4CUPA 5CUCA 2E3KA 4QSRA 2DVVA 5I83A 4UIVA 5CUAA 5EM3A 5HELA 3GG3A 4FLPA 5FE5A 3U5OA 4YYIA 2I7KA 1E6IA 5FE6A 3UV4A 3ZYUA 4PTBA 4YYHA 5A5SA 4NR8A 5LKZA 5E3GA 5EPBA 5HENA 5FE4A 4HBXA 2RO1A 4A9KA 5A5RA 4HXLA 5DLZA 5DYXA 3S92A 5FB1A 4HXPA 4YYKA 4Q0NA 2DVRA 5IG6A 4BW3A 4A9OA 3VKGA 5L99A 1JSPB 4CUSA 5H85A 5E0RA 4Z1QA 4CLBA 4N4IA 5ENGA 5CPEA 5I7YA 4MR6A 4KV4A 5LJ1A 4MEPA 3SVGA 4PCIA 4YAXA 5ENHA 5C7NA 4HXKA 4TU6A 1WUGA 5KHMA 3DWYA 4QSUA 5DBMA 5G4SA 4XUAA 4Q0OA 5KTXA 3JVLA 3K2JA 5TCMA 4QUTA 2E7OA 3P1DA 3UVYA 3D1BA 3HMEA 5CQ8A 4PKLA 5D3TA 3FKMX 1ZS5A 3IU6A 3LXJA 5EQ1A 4O7CA 4UYDA 4QNSA 2WP2A 5CQTA 3LQHA 4IR6A 1WUMA 5CS8A 5EI4A 5E73A 4LZ2A 5IGLA 2KTBB 3HMHA 3HMFA 2R0YA 3AADA 5D7XA 2YEMA 5EP7A 3P1CA 4WHUA 4N4HA 5II2A 4YYGA 3LQIA 5A83A 3G0JA 5FG5A 5FDZA 4AI6A 2RNWA 5F62A 5FG4A 5DFBA 5JWMA 5CQ7A 2D82A 3P5OA 3RCWA 4QSQA 5LJ2A 5CP5A 5E9YA 4J0SA 5H1VA 5DW2A 4TZ8A 5FFWA 5DKDA 4ZW1A 5D0CA 4QR5A 5IIDA 4UYEA 5F5ZA 3QZVA 1EQFA 4O7BA 4QY4A 3JVMA 4YBMA 4YYDA 4LYWA 4J0RA 5D3LA 5JI8A 5L8UA 5HRWA 3Q2EA 3O37A 4NRBA 4YK0A 5D26A 5ENJA 4BW1A 5HLSA 4LDFA 3UVWA 3U5NA 2MJVB 4QBMA 4IR3A 5LKXA 5IBNA 5LUUA 5L96A 4Z6HA 4NYWA 5J0DA 5C87A 4O72A 5K29A 5LKUA 4CUQA 4NQMA 4A9EA 4X2IA 5EU1A 4YYJA 4QB3A 5EA1A 5DKHA 3UVDA 3Q2FA 4NRAA 5D3PA 2OO1A 5CRZA 3U5PA 3U5MA 4YYNA 5LJ0A 4RVRA 5D3SA 5FE2A 4LC2A 5AMEA 4NR4A 5E9IA 4F3IA 4NS5A 5FG6A 2YYNA 5E3DA 5FBXA 2R10A 5IGMA 2YW5A 4HXOA 5FE0A 4IOOA 5EPRA 4OGJA 4TU4A 5EWDA 5A5OA 4NRCA 3LJWA 5A7CA 5FH7A 5A81A 4Z1SA 4NUDA 4MR4A 4A9JA 5COIA 2NXBA 5FH6A 5L97A 5FE9A 2DVSA 3O36A 5DKCA 5H1TA 2RFJA 4XY8A 2EJNA 5F3AA 2OSSA 4YC9A 1JM4B 5E9VA 4MEOA 5A5QA 5I1QA 5BT4A 4A9HA 4WIVA 5CRMA 4XYAA 4YY6A 5HCLA 4O7AA 3MQMA 5D3JA 5A82A 2G4AA 3QZTA 5HRXA 4CUUA 4HXMA 4HXNA 4NXJA 5EICA 4QSVA 5F61A 5D3RA 3TLPA 5D24A 4QEUA 5HQ6A 4O71A 5LVRA 5EWWA 4UYFA 5DYAA 2F6NA 3AQAA 5ENFA 5ENBA 5HEMA 5HQ5A 4GPJA 4IORA 5F2PA 5II1A 4YABA 4UIZA 4YY4A 4LZSA 5ENEA 3QZSA 5ETBA 4UYHA 5L8TA 4BHWA 5E9LA 2L85A 5DX4A 4J3IA 4QSPA 4QYLA 5CQ3A 5IGKA 5D25A 4CL9A 5BT5A 5I88A 4BW2A 4IR4A 5CUBA 4DONA 4ALGA 4QC1A 4PY6A 5AMFA 2OUOA 5CZGA 3P1FA 2L84A 5D3NA 4ZC9A 5E9KA 2FSAA 4BJXA 5CQ6A 2DATA 4O74A 4MR5A 5FFVA 4UIUA 4CFLA 2YQDA 4TT2A 4O77A 5HFRA 5CU8A 5EPSA 5C85A 4N4GA 4HXRA 4AKNA 4O70A 4A9LA 5FFYA 5KU3A 5FH8A 4QSSA 5F60A 3O34A 4KCXA 5DLXA 5F25A 2RS9B 3UVXA 4QEWA 3O35A 4QSTA 4XY9A 5I86A 2LSPB 4ALHA 4CUTA 5C89A 4ZQLA 4NR9A 4A9NA 5DYCA 4C66A 4QYDA 2YEKA 3ERRA 5CUEA 5CGPA 4PCEA 5KTWA 5EK9A 5E74A 5E7DA 4NUCA 4UIYA 5A5PA 5I29A 5KTUA 3JVJA 2RNXA 4MEQA 3MB4A 5I80A 5ACYA 4YBTA 1ZKRA 5HJCA 3LQJA 3JVKA 4AKGA 3O33A 3UW9A 4YADA 5EV9A 4QUUA 4UITA 5L98A 5A85A 4QR4A 4AKIA 5DFDA 4YH3A 3UV5A 5EWCA 5DFCA 4NUEA 4TZ2A 5DY7A 5EISA 4UYGA 5E9MA 4OGIA 5CQ5A 2N9GA 3SVHA 4QSWA 5FE3A 5I7XA 5F36A 4O76A 4UIWA 4Z93A 5IGNA 3VKHA 4TYLA 5CFWA 5EVAA 4LRGA 2GRCA 1X0JA 2F6JA 2WP1A 2DKWA 5LVQA 4NYXA 5BT3A 5LKTA 2L5EA 4O7EA 3P1EA 4QEVA 3ONIA 4A9FA 5HFQA 3MUKA 4MENA 2E7NA 4N4FA 5FB0A 3U5LA 4HBWA 2R0SA 4QR3A 4TT4A 5HQ7A 3MXFA 3MB3A 4KV1A 5C8GA 2H60A 5FE7A 5AD2A 4NR5A 4MR3A 4UYFB 4LYSA 2YELA 5EGUA 5KO4A 4A9MA 5FE8A 5EWVA 2YDWA 5ENIA 5HM0A 1N72A 4TQNA 4TTEA 4C67A 5A5NA 4YATA 1F68A 5G4RA 4NR7A 5F1HA 5EWHA 5CUGA 4Y03A 4NYVA 5CY9A 2D9EA 4J1PA 5F63A 4IOQA 4XUBA 5CTLA 5DW1A 5TB6A 4N3WA 4QSXA 5I40A 3D7CA 4A9IA 4OUFA 4O78A
chains in the Genus database with same CATH topology
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