5EQ1A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed12
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5eq1A00
4HXOA 4QEWA 5F5ZA 5IGNA 5TCMA 4ALGA 3UVWA 4PKLA 4O74A 4XUAA 4UYFB 5G4RA 5J0DA 3P1DA 5A5PA 4UIYA 4UIZA 4MR5A 1F68A 4CUSA 5COIA 5LKZA 5A82A 4MR6A 4NUCA 2YEKA 3AADA 4NRBA 5EPSA 4Z1QA 4TYLA 5DKHA 5LVRA 4YBTA 4UIWA 4O7FA 4YYMA 5LJ2A 5II1A 4NUEA 4CUTA 4PCEA 3IU5A 5A5RA 4PS5A 3G0JA 5DLXA 4BHWA 3SVGA 5CTLA 5A7CA 5E0RA 2R0YA 4MENA 4N4GA 4CFKA 1JSPB 4NR8A 4LZSA 5I86A 3LQJA 3UVYA 4UYFA 5FE9A 4PCIA 5FB1A 4UYDA 5DX4A 5G4SA 4QSSA 5I83A 5E73A 4A9LA 5EU1A 5ACYA 5CPEA 4ALHA 4IOOA 5ENFA 5CP5A 2H60A 3MULA 5CFWA 3QZVA 4GPJA 5AD2A 2R0SA 3JVJA 4QSXA 4TZ8A 5FH7A 5HLSA 2YQDA 4A9KA 5FG5A 3DWYA 4NXJA 4YAXA 3O34A 3O35A 4TU4A 4TTEA 2RNWA 5D0CA 5A5NA 4KV4A 3P1FA 4Z1SA 3P1EA 5CQTA 4F3IA 2L84A 5FE6A 5CUAA 2YELA 5CRMA 2N9GA 5CY9A 3UVDA 5C85A 2R10A 5EPRA 2WP1A 5KHMA 4QSQA 5A5OA 4QBMA 2FSAA 2DWWA 5D26A 4QYLA 5DKDA 2L5EA 4O70A 4NYWA 4QC3A 5DYUA 4YYHA 5BT3A 4A9JA 4HXRA 4NRCA 5A83A 5CUBA 2G4AA 5DW2A 5AD3A 3JVKA 3Q2EA 5DKCA 5CQAA 5DYXA 5ENBA 5EWDA 4A9EA 5DLZA 3DAIA 5E9VA 4LR6A 2OUOA 4O76A 3MQMA 3NXBA 4IR6A 5KU3A 4YABA 5CQ4A 3MB3A 3Q2FA 4WHUA 4YYGA 5F1LA 4QR5A 5I88A 1X0JA 5FE4A 5TB6A 3SVFA 4BW1A 4HXLA 4QSUA 5E3DA 5EI4A 4UIVA 5DFBA 5EA1A 4MEPA 4LYWA 4IR4A 5HEMA 4RVRA 4QR4A 4J0RA 4XY8A 5ENJA 4HXNA 4CFLA 4YH3A 5EVAA 5EK9A 5CUEA 4A9HA 5ENGA 5IGLA 5KTUA 4J0SA 5I7YA 5HELA 5D24A 4N4IA 5ENIA 4YY4A 5F61A 4CUUA 5JI8A 5CUGA 2D82A 3MXFA 5HJCA 5A81A 3P5OA 3QZTA 5C87A 5FFVA 3LXJA 4HXSA 4IOQA 5CUCA 5CUDA 4HBXA 4TT4A 4AKNA 5IGMA 3IU6A 4WIVA 4NR9A 4XUBA 5EP7A 5I29A 4KV1A 4YY6A 4CURA 3FKMX 4WHWA 4TT2A 4HXPA 5FBXA 4TU6A 5H1UA 5IIDA 5EICA 3U5NA 2RS9B 4NS5A 4A9IA 4ZC9A 3UV4A 5DFDA 3O33A 3UVXA 3LQIA 5CQ7A 5FB0A 5D3LA 4ZW1A 4QNSA 4O78A 4QSTA 5FE3A 4A9FA 4O71A 5CZGA 5C4QA 4O72A 4HBYA 5D3HA 4TQNA 5F2PA 2E7OA 4QY4A 4Z6HA 5KTXA 5E9YA 4OUFA 4NR6A 4E96A 5E74A 3ZYUA 3LQHA 5K29A 5F25A 4QUTA 5HM0A 3G0LA 3UW9A 5CGPA 5HRXA 4Q0NA 4BW4A 4IR3A 4J3IA 3U5OA 5FDZA 5ENCA 2RNYA 2RI7A 4QUUA 4BW3A 5HQ7A 1N72A 5CQ3A 5KTWA 3I3JA 5II2A 2OSSA 5DYCA 3HMEA 5F3AA 4X2IA 4BJXA 2L85A 4O7CA 5FE0A 2DVVA 5FFYA 3U5LA 5IGKA 4A9NA 2RFJA 5LKXA 5ENHA 5HQ5A 5ENEA 5D3RA 1E6IA 3ONIA 4YH4A 2DVSA 2YW5A 2DVRA 3K2JA 4QC1A 5LJ1A 2OO1A 5EV9A 5FFWA 3S91A 2NXBA 4CUQA 3SVHA 2DATA 5HRVA 5EPBA 5DBMA 5F60A 2WP2A 3AQAA 4QSVA 5HFQA 5IG6A 5FE7A 4QYDA 5D3SA 4TS8A 5CRZA 5BT4A 4YATA 5CQ6A 5D3NA 3UV5A 5EWWA 5ETDA 4LRGA 5E9MA 5EISA 1WUMA 5FH6A 5CQ8A 5E3GA 5HCLA 5D25A 2F6JA 3RCWA 5D7XA 4NR7A 4O7AA 3U5KA 4LC2A 5F62A 5FH8A 4QSPA 5FG6A 3JVMA 4N4HA 4TZ2A 5HQ6A 3MB4A 4TT6A 4XY9A 5FE2A 4QB3A 4YYJA 5F36A 4QEVA 3UV2A 4A9OA 5C89A 4KCXA 2RO1A 5HENA 4LZRA 5E9IA 4O7EA 5DY7A 5D3TA 5L8UA 3D7CA 4O77A 4QEUA 5ETBA 4IORA 4O75A 4YK0A 2YDWA 2LSPB 5LKTA 5HFRA 4O7BA 4HXMA 5L97A 5BT5A 4YADA 3U5MA 3P1CA 5I80A 4Q0OA 4MEOA 5E9KA 4J1PA 3S92A 5DW1A 5L98A 4NYVA 4YC9A 3O37A 4QSRA 5EWVA 5A5SA 4NQMA 2YYNA 5E7DA 4CL9A 5LUUA 2DVQA 4HBWA 4PY6A 4LYIA 4N4FA 4XYAA 5C8GA 2E7NA 5DYAA 5I1QA 4ZQLA 5F1HA 4MR4A 4MEQA 4Z93A 5FE5A 3GG3A 4CUPA 2R0VA 4IR5A 4NR5A 3U5PA 3MUKA 5IBNA 5A5QA 4YBSA 4LZ2A 4N3WA 4OGIA 4C66A 5EM3A 5D3PA 3JVLA 3U5JA 4OGJA 3QZSA 4NR4A 4QR3A 5DFCA 2GRCA 4MR3A 2YEMA 1EQFA 5FG4A 4QZSA 2F6NA 4UITA 5I7XA 4Z6IA 4LDFA 5EQ1A 4YYDA 2KTBB 4HBVA 4UYEA 5H1VA 5I89A 2E3KA 3LJWA 4NUDA 2DKWA 2RNXA 5L8TA 4YYIA 5H85A 4C67A 5LJ0A 5HRWA 4LYSA 4HXKA 5I40A 5AMFA 5EWHA 4BW2A 5D3JA 5KO4A 3HMHA 4NYXA 4DONA 1ZS5A 5CQ5A 4FLPA 2D9EA 5F63A 5A85A 3O36A 5EWCA 4QSWA 4NRAA 5H1TA 1WUGA 4NQNA 4UIUA 4UYGA 3HMFA 2I7KA 5FE1A 4CLBA 4A9MA 1JM4B 3TLPA 2I8NA 4PTBA 4UYHA 4YYKA 4YBMA 5CU8A 5CS8A 4YYNA 5LKUA 2MJVB 4UIXA 5FE8A 5C7NA 4Y03A 5LVQA 5L96A 5EGUA 5JWMA 5AMEA 5E9LA 5L99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXOA 4QEWA 4AKIA 5F5ZA 5IGNA 5TCMA 4ALGA 3UVWA 4PKLA 4O74A 4XUAA 4UYFB 5G4RA 5J0DA 3P1DA 5A5PA 4UIYA 4UIZA 1PUOA 4MR5A 1F68A 4CUSA 5COIA 5LKZA 5A82A 4MR6A 4NUCA 2YEKA 3AADA 4NRBA 5EPSA 4Z1QA 4TYLA 5DKHA 5LVRA 4YBTA 3D1DA 4UIWA 4O7FA 4YYMA 5LJ2A 5II1A 4NUEA 4CUTA 4PCEA 3IU5A 5A5RA 4PS5A 3G0JA 5DLXA 4BHWA 3SVGA 5CTLA 5A7CA 5E0RA 2R0YA 4MENA 4N4GA 4CFKA 1JSPB 4NR8A 4LZSA 5I86A 3LQJA 3VKHA 3UVYA 4UYFA 5FE9A 4PCIA 5FB1A 4UYDA 5DX4A 5G4SA 4QSSA 5I83A 5E73A 4A9LA 5EU1A 5ACYA 5CPEA 4ALHA 4IOOA 5ENFA 5CP5A 2EJNA 2H60A 3MULA 5CFWA 3QZVA 4GPJA 5AD2A 2R0SA 3JVJA 4QSXA 4TZ8A 5FH7A 5HLSA 2YQDA 4A9KA 5FG5A 3DWYA 4NXJA 4YAXA 3O34A 3O35A 4TU4A 4TTEA 2RNWA 5D0CA 5A5NA 4KV4A 3P1FA 4Z1SA 3P1EA 5CQTA 4F3IA 2L84A 5FE6A 5CUAA 2YELA 5CRMA 3VKGA 2N9GA 5CY9A 3UVDA 5C85A 2R10A 5EPRA 2WP1A 5KHMA 3D1BA 4QSQA 5A5OA 4QBMA 2FSAA 2DWWA 5D26A 4QYLA 5DKDA 2L5EA 4O70A 4NYWA 4QC3A 5DYUA 4YYHA 5BT3A 4A9JA 4HXRA 4NRCA 5A83A 5CUBA 2G4AA 5DW2A 5AD3A 3JVKA 3Q2EA 5DKCA 5CQAA 5DYXA 5ENBA 5EWDA 4A9EA 5DLZA 3DAIA 5E9VA 4LR6A 2OUOA 4O76A 3MQMA 3NXBA 4IR6A 5KU3A 4YABA 5CQ4A 3MB3A 3Q2FA 4WHUA 4YYGA 5F1LA 4QR5A 5I88A 1X0JA 5FE4A 5TB6A 3SVFA 4BW1A 4HXLA 4QSUA 5E3DA 5EI4A 4UIVA 5DFBA 5EA1A 4MEPA 4LYWA 4IR4A 5HEMA 4RVRA 4QR4A 4J0RA 4XY8A 5ENJA 4HXNA 4CFLA 4YH3A 5EVAA 5EK9A 5CUEA 4A9HA 5ENGA 5IGLA 5KTUA 4J0SA 5I7YA 5HELA 5D24A 4N4IA 5ENIA 4YY4A 5F61A 4CUUA 5JI8A 5CUGA 2D82A 3MXFA 5HJCA 5A81A 3P5OA 3QZTA 5C87A 5FFVA 3LXJA 4HXSA 4IOQA 5CUCA 5CUDA 4HBXA 4TT4A 4AKNA 5IGMA 3IU6A 4WIVA 4NR9A 4XUBA 5EP7A 5I29A 4KV1A 4YY6A 4CURA 3FKMX 4WHWA 4TT2A 4HXPA 5FBXA 4TU6A 5H1UA 5IIDA 5EICA 3U5NA 2RS9B 4NS5A 4A9IA 4ZC9A 3UV4A 5DFDA 3O33A 3UVXA 3LQIA 5CQ7A 5FB0A 5D3LA 4ZW1A 4QNSA 4O78A 4QSTA 5FE3A 4A9FA 4O71A 3ERRA 5CZGA 5C4QA 4O72A 4HBYA 5D3HA 4TQNA 5F2PA 2E7OA 4QY4A 4Z6HA 5KTXA 5E9YA 4OUFA 4NR6A 4E96A 5E74A 3ZYUA 3LQHA 5K29A 5F25A 4AI6A 4QUTA 5HM0A 3G0LA 3UW9A 5CGPA 5HRXA 4Q0NA 4BW4A 4IR3A 4J3IA 3U5OA 5FDZA 5ENCA 2RNYA 2RI7A 4QUUA 4BW3A 5HQ7A 1N72A 5CQ3A 5KTWA 3I3JA 5II2A 2OSSA 5DYCA 3HMEA 5F3AA 4X2IA 4BJXA 4AKHA 2L85A 4O7CA 5FE0A 2DVVA 5FFYA 3U5LA 5IGKA 4A9NA 2RFJA 5LKXA 5ENHA 5HQ5A 5ENEA 5D3RA 1E6IA 3ONIA 4YH4A 2DVSA 2YW5A 2DVRA 3K2JA 4QC1A 5LJ1A 2OO1A 5EV9A 5FFWA 3S91A 2NXBA 4CUQA 3SVHA 2DATA 5HRVA 5EPBA 5DBMA 5F60A 2WP2A 3AQAA 4QSVA 5HFQA 5IG6A 5FE7A 4QYDA 5D3SA 4TS8A 5CRZA 5BT4A 4YATA 5CQ6A 5D3NA 3UV5A 5EWWA 5ETDA 4LRGA 5E9MA 5EISA 1WUMA 5FH6A 5CQ8A 5E3GA 5HCLA 5D25A 2F6JA 3RCWA 5D7XA 4NR7A 4O7AA 3U5KA 4LC2A 5F62A 5FH8A 4QSPA 5FG6A 3JVMA 4N4HA 4TZ2A 5HQ6A 3MB4A 4TT6A 4XY9A 5FE2A 4QB3A 4YYJA 5F36A 4QEVA 3UV2A 4A9OA 5C89A 4KCXA 2RO1A 5HENA 4LZRA 5E9IA 4O7EA 5DY7A 5D3TA 5L8UA 3D7CA 4O77A 4QEUA 5ETBA 4IORA 4O75A 4YK0A 2YDWA 2LSPB 5LKTA 5HFRA 4O7BA 4HXMA 5L97A 5BT5A 4YADA 3U5MA 3P1CA 5I80A 4Q0OA 4MEOA 5E9KA 4J1PA 3S92A 5DW1A 5L98A 4NYVA 4YC9A 3O37A 4QSRA 5EWVA 5A5SA 4NQMA 2YYNA 5E7DA 4CL9A 5LUUA 2DVQA 4HBWA 4PY6A 4LYIA 4N4FA 4XYAA 5C8GA 2E7NA 5DYAA 5I1QA 4ZQLA 5F1HA 4MR4A 4MEQA 4Z93A 5FE5A 3GG3A 4CUPA 2R0VA 4IR5A 4NR5A 3U5PA 3MUKA 5IBNA 5A5QA 4YBSA 4LZ2A 4N3WA 4OGIA 4C66A 5EM3A 5D3PA 3JVLA 3U5JA 4OGJA 3QZSA 4NR4A 4QR3A 5DFCA 2GRCA 4MR3A 2YEMA 1EQFA 5FG4A 4QZSA 2F6NA 4UITA 5I7XA 4Z6IA 4LDFA 5EQ1A 4YYDA 2KTBB 4HBVA 4UYEA 5H1VA 5I89A 2E3KA 3LJWA 4NUDA 2DKWA 2RNXA 5L8TA 4YYIA 5H85A 4C67A 5LJ0A 5HRWA 4LYSA 4HXKA 5I40A 5AMFA 5EWHA 4BW2A 5D3JA 5KO4A 3HMHA 4NYXA 4DONA 1ZS5A 5CQ5A 4FLPA 2D9EA 5F63A 5A85A 3O36A 5EWCA 4QSWA 4NRAA 5H1TA 1WUGA 4NQNA 4UIUA 4UYGA 3HMFA 4AKGA 2I7KA 5FE1A 4CLBA 4A9MA 1JM4B 3TLPA 2I8NA 4PTBA 4UYHA 4YYKA 4YBMA 1ZKRA 5CU8A 5CS8A 4YYNA 5LKUA 2MJVB 4UIXA 5FE8A 5C7NA 4Y03A 5LVQA 5L96A 5EGUA 5JWMA 5AMEA 5E9LA 5L99A
chains in the Genus database with same CATH topology
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