5EYWA

Crystal structure of litopenaeus vannamei triosephosphate isomerase complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKAAIDGIISFMKTGPLSPNTEVVVGCPQCYLMYTREHMPANIGIAAQNCYKVAKGAFTGEISPAMVKDCGCEWVILGHSERRNVFGEPDQLISEKVGHALEAGLKVIPCIGEKLEDREGNRTQEVVFAQMKALLPNISDWSRVVLAYEPVWAIGTGKTASPEQAQEVHADLRQWLRDNVNAEVAESTRIIYGGSVSAGNCQELAKKGDIDGFLVGGAALKPDFVQIINAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Structural insights from a novel invertebrate triosephosphate isomerase from Litopenaeus vannamei.
pubmed doi rcsb
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 90
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5eywA00
4QJ1A 4UTTC 4POCA 3W7JA 5FF4A 1HG3A 4IXXA 2QJHA 4UIOA 3EEGA 5E1QA 1XBXA 1ZY9A 4MOZA 2QJGA 4QITA 2PURA 5HULA 4OU1A 5KITA 2RDUA 4KWVA 4IMDA 3LCHA 2B7PA 3UXAA 4RJEA 5KTLA 3OEXA 4A29A 3ELFA 3NQ6A 3W87A 3LTSA 1DVJA 3CPRA 3TSBA 4A2SA 1JQVA 1Z41A 4DXVA 3R2GA 1FDJA 5CZ0A 1GQNA 3RLVA 4O10A 4A2RA 3L5LA 5TBOA 1MZHA 3QRHA 4NJKA 1WOBA 1RPXA 3KHJA 4HSNA 3NQMA 1ICPA 2ZZ4A 4LVFA 5G1TA 1BEUA 4AF0A 3CWNA 4UR7A 1OX4A 3EX4A 3KRUA 5CKSA 3W86A 4AHOA 3ABOA 2Q8LA 2PRMA 3HF3A 3MYOA 3LHWA 1DOSA 4ADUA 2E09A 4Z0SA 1RVGA 1Q6OA 1JJKA 3USBA 3UYCA 3M5VA 1SSDA 3W7LA 1TPC1 3EB2A 4UFMA 1MXSA 4S2BA 3W7QA 1LBFA 1SO4A 3DHFA 5K9DA 2ZRYA 4XQ6A 1KM0A 3LV5A 3FIGA 1SR9A 3W2MA 1EWEA 4JX6A 3O6CA 2Y7FA 2PCQA 2J9XA 2PC4A 1W0MA 3UWZA 1SQ7A 3GAYA 3Q58A 5FF7A 2RH9A 1B9BA 3MMTA 2ZTJA 3RNDA 3M5XA 5D33A 3C0JA 1X6UA 1W5PA 2JKEA 1VCFA 4A21A 2CLEA 2V5BA 3MYPA 2QJIA 1TREA 2DP3A 1XFBA 4UTLA 5BW6A 3O8AA 4JEQA 5AB3A 1VZWA 2I9EA 3EX2A 5AN7A 1NEYA 3G1AA 3GKAA 3THAA 3NGJA 2QUTA 3UPWA 1H50A 3DKLA 2GQ9A 1R2TA 3VNDA 3W1XA 1VH7A 4FIRA 4LC8A 3VKJA 2WV8A 1VS1A 1NAL1 3W7MA 3PSVA 4HPJA 4FXSA 5DBUA 1GVQA 1FDYA 4ML9A 2X30A 4O1DA 3NDOA 4DBEA 3P81A 1H61A 1TJPA 4NUWA 1OFDA 4WY0B 4UXDA 4NQ1A 3PSWA 2A7PA 1ZENA 5FF3A 4GNJA 4O1CA 3WJZA 4QNWA 2EAWA 4GUIA 2WNZA 3TQ0A 5C2XA 1XXXA 3FLUA 1A5AA 4JTFA 5FEZA 1EUAA 3G0XA 3FFSA 4E2DA 1F6PA 3UWVA 5DCDA 5EL1A 4WOZA 1QWGA 1SW7A 1G4SA 4M7TA 3NQ7A 3LCXA 4S2CA 3BVJA 4EVZA 3NPVA 1XDMA 1VQTA 3GDKA 2QCMA 2B7NA 5HJLA 1NF0A 1TCDA 3JS3A 2ZZ1A 1KM6A 3N34A 2X1RA 2QDGA 2E1DA 5H2ZA 1AMKA 3NL3A 4UNLA 5AC6A 3VE9A 3BARA 2CZEA 5AHMA 3O1NA 5HINA 4LU0A 1QCWA 2ABBA 4EIVA 3GAKA 3NAVA 1YXCA 3SGUA 5HUOA 1OFEA 2C15A 3P80A 4HKPA 2V5LA 4CNNA 5D2YA 1LP6A 3LCFA 2ZA2A 4OV9A 4LY8A 4UFLA 1FCUA 3IVUA 2Y62A 1LOQA 2W79A 4UTHA 4DO5A 1H63A 1B4EA 1X7FA 3UWYA 4DF0A 1RQHA 3U6WA 2V9DA 5D04C 3OG3A 2OT0A 1PHWA 3TMLA 4TIMA 4RZ4A 5D38A 3TROA 2C0AA 1AW2A 1JCXA 2EPHA 1TQJA 2WQPA 4GUHA 3BLEA 2ALDA 3PUDA 4LS1A 3EWWA 1YTDA 4M6PA 1ZFJA 2YX0A 3HG3A 2G96A 4JX4A 2YFOA 2V0TA 3DXIA 7TIMA 5AHFA 3NL6A 3PWAA 3T55A 2OT1A 4O28A 2V2HA 2ZZ3A 5BMWA 3KX6A 3L66A 4ZQPA 1S5TA 2JGQA 1RQEA 3A22A 4IPJA 2A1YA 3W1NA 1TPEA 1BWLA 4BI6A 1G6CA 3LDVA 4IWWA 1MEIA 3B0PA 3SI9A 3L65A 5CPMA 3UQNA 1HUVA 2NX1A 5LKYA 3MBDA 4HNUA 1VR6A 1UBSA 5HNRA 2Y88A 4ADTA 4JIQA 3TAOA 1R46A 4NJJA 2HTMA 4Y6GA 3HMJG 3L68A 2CLFA 4Y9AA 2TPSA 4K8HA 3TSDA 3W70A 4Q32A 5AHIA 5BNKA 5E0KA 3O05A 1OYCA 2Y7DA 1W5MA 1U5JA 5C54A 1THFD 4ONVA 4I7WA 4U4MA 4QISA 2W6RA 3KVJA 3TJXA 3E02A 3NOEA 3HPXA 1OFRA 2NUWA 3L5MA 3EWZA 3KVKA 3ATYA 5I3KA 4IPIA 1JCNA 2NX3A 1DQWA 4NX5A 4DEFA 2BXVA 4A3UA 1UASA 4UTUA 3E0IA 5SWUA 2CZFA 8TIMA 1PIIA 1TPB1 2XFWA 3A23A 1LBMA 2H3BA 1W3NA 2WNNA 1M7PA 3N3MA 1JUEA 1VHNA 1CW2A 2QCFA 2YW4A 3KRSA 1NSJA 3OA3A 2QCGA 1WYIA 2RDWA 3VCRA 3C2RA 4M19A 2EF9A 4MVAA 4DELA 4ZQNA 1VYRA 1KBJA 4LVBA 3G22A 2ZQ0A 4N6FA 1TPUA 1W5QA 3NR0A 1KFKA 1LBLA 2YXGA 2A7RA 5C5YA 4UNKA 5LNVA 3YPIA 1TTJA 4LVDA 3SSJA 5HR6A 3QSTA 2FDSA 4PA8A 4TO8A 4RLIA 4HNVA 2BX7A 2CZ5A 4FF7A 1C8VA 4O0ZA 3TK7A 5D2TA 5KMYA 1VHCA 3G1DA 2ATSA 2EKCA 4R33A 3G8RA 1SZEA 1JCYA 1DJQA 1TTQA 2CLHA 3TH6A 2A4AA 4BR1A 1V5XA 1M7OA 1JRBA 3A24A 4DBDA 3B0UX 2YYUA 1I4NA 1T99A 3GNDA 1LLZA 2ZRVA 4LT9A 5AYXA 4UCGA 4JTIA 3SECA 3W1RA 3E49A 1LORA 3M0ZA 1BKSA 1KM3A 3PR2A 2E68A 4BK9A 5BMXA 2A0NA 1LZOA 4MZ8A 3JR2A 1PHQA 4LS0A 1JRCA 3U2OA 2ZCGA 4MZYA 1KM2A 5GVJA 3BGJA 1YTKA 1T8XA 3C2OA 4X9SA 1GJPA 2ZRZA 4CLMA 3MHFA 3SGZA 4IMFA 4M6QA 3P84A 2W0UA 2Z6JA 4DQWA 3PM6A 3FS2A 3W1UA 1K02A 1OFOA 1YTEA 2RDTA 2X1UA 4RX0A 2RHGA 2FPVA 3W74A 2I14A 2QR6A 3RLUA 5D02A 3LERA 1VYSX 1VRDA 3KRZA 1QO5A 1Z42A 2CLLA 2Y85A 3W7KA 2A5HA 4OWGA 1LDCA 1KTNA 1SU5A 1C9DA 4N2YA 4UFIA 3AJXA 2A7NA 2B4GA 3PG8A 4BI5A 1W1ZA 1DHPA 4WJEA 1O95A 3TXVA 4WOQA 4KKXA 3ZR4A 3B0VC 5HMSA 4C1KA 3SR7A 2B7QA 1X8FA 1G4EA 1KFJA 2FB2A 3MP5A 3LLFA 3NO5A 4WQ6A 3O06A 1ZCOA 4A22A 3UWUA 1IXOA 2DZVA 5BOOA 4Z08A 4XWUA 5CPLA 3UWQA 4UTJA 3DU0A 4MJZA 3QQ0A 1EP2A 3CM4A 4O57A 3DAQA 3T7VA 3S1WA 3HO8A 3QF0A 3Q37A 3MHUA 3TW6A 3TC7A 4UFHA 5IBXC 1OK4A 3G18A 1IXQA 1OJXA 4CQAA 3MW7A 4UMAA 1KTCA 3LI0A 3MP3A 3SIZA 2ZA3A 3B05A 2Z2UA 1TJRA 5I3HA 4AHPA 1JUBA 5F4XA 1AW5A 1YLVA 3W84A 4GWEA 4LRTA 1H60A 4FEZA 3G1HA 5G4WA 3P60A 4AH7A 3GIYA 1ONRA 2GQAA 2HS6A 4O1AA 3HIJA 5DBTA 1B3OA 3MHGA 1EA0A 4TMBA 1QAPA 5I3GA 3UY8A 3M5ZA 4O4WA 3W07A 1I2OA 3PUOA 1N7KA 2E5DA 2YGYA 2NWSA 4XKYB 3GK0A 5LZLA 4YWIA 4JTJA 3LM7A 1XUUA 4AF0B 1IGSA 4BI7A 1GG0A 4YLWA 2CZDA 1SW0A 3NQ2A 5F2LA 3PUEA 3NZRA 4AAJA 3G8EA 5K9CA 4P2VA 1D3GA 5EBUA 3BGGA 4RZ6A 5AFDA 3S8HA 3C8FA 4NT0A 4AVFA 4RXFA 4IX2A 4IJBA 3HB9A 1QFEA 3BV4A 4YCOA 4M5PA 5AHNA 3IVTA 3DHDA 3QPYA 2YDAA 4N9BA 1C29A 2RKXA 4FIQA 4DPQA 5KINA 2VELA 3BG3A 3H55A 5HWJA 3LGEA 1TPH1 3QW4B 1KFEA 5DCEA 3DI1A 3QM3A 2GOUA 3A21A 1CI1A 4LW7A 4M6VA 4KFPA 1SO6A 3JRKA 1O4UA 5F2MA 2DORA 1LOLA 3C2EA 4OE7A 2VEMA 4HSOA 4MY9A 1TTIA 2QCCA 3I65A 1HTIA 1F73A 3HQ1A 5D37A 5F2GA 5FEWA 3LRMA 1XKYA 5HWMA 3B8DA 3M43A 1ZAHA 1TV5A 3CLMA 5F4SA 3GVGA 1HO1A 2FLIA 4J9JA 3LB0A 3S42A 5AYZA 1I2PA 2NUYA 2O7SA 2BWGA 4GXMA 1TTPA 5DN1A 1GTEA 1O94A 4NJGA 3LCWA 3P74A 4MPQA 2F84A 3VE7A 4JXCA 2QUVA 1TB3A 3NM1A 1RD5A 3TU9A 4TR9A 1QOPA 2CWNA 5G5IA 2JK2A 3EX1A 3FKRA 1FXQA 1VLIA 1P4CA 4ORMA 1UJPA 1MEHA 1W5OA 5BRBA 5L9FA 3WJXA 3GB6A 4C1LA 1FX6A 3A5FA 1UUOA 5DXXA 3CC1A 4P61A 4LWWA 3WJWA 3TE9A 3G1FA 3GX9A 1K8ZA 1ZNNA 1DKWA 3N14A 5HQEA 4MKNA 3C61A 3KVLA 4FHAA 1Q6LA 4O13A 4AWUA 1HO4A 1AK5A 4JTUA 3NXFA 2R14A 1H5YA 1DORA 5DLCA 3W2JA 1FY6A 4PFMA 1OYAA 1P0KA 1NFBA 4OBTA 2FB3A 1V7YA 4R34A 3S5ZA 3LTYA 4QAIA 5KZEA 5EY5A 3SY5A 4JY8A 2E5BA 5LNWA 2KZHA 4U28A 3W88A 4Q33A 1NF7A 4KFOA 3EXRA 2ZRXA 1ME8A 1OG0A 1VPXA 2E6DA 4CQ9A 3ZS4A 5T26A 1YYAA 2A6LA 3W7GA 3N2MA 2Z6IA 3NNTA 3ABSA 3VFLA 3G0SA 1H1ZA 3W85A 2Y7EA 1FDZA 1IXNA 3WK1A 4O11A 2YYTA 4JYDA 4GC4A 1TO3A 4JDYA 1U83A 3HG4A 3L67A 3THQA 4B5NA 4JTGA 4K6AA 2OJPA 1W56A 5D03A 4N9EA 2J6XA 3AO0A 1K8YA 3MI6A 2CLMA 4O12A 3W1QA 1OABA 1R30A 4WZHA 5IM51 2J24A 3IIVA 3IIXA 2R8WA 2WNQA 3LXCA 4O53A 2LLEA 5AHEA 5AC8A 3PG9A 2Y61A 1L6YA 1KA9F 2WKJA 2ZZ2A 1TSIA 4LV9A 1H7RA 2P10A 2ZDRA 2QCLA 1KV5A 4ZMGA 1VLWA 3PB0A 2TYSA 5E93A 3LRKA 2VFDA 4CNOA 4GJ1A 1A5BA 2HMCA 1HL2A 3S5YA 1M5WA 3PY2A 3NA8A 4K7YA 4N02A 3EWBX 4LRSA 1XCFA 4EF9A 4BF9A 4UFJA 1T96A 1PL9A 2C6QA 2DJXA 3LXAA 5LNSA 3H54A 1KFLA 3TNOA 1R2SA 1FBAA 3M44A 5FEPA 5F2IA 1EEPA 2NZLA 1OYBA 4UMCA 1I2RA 3W7EA 3LI1A 5LGXA 4WXZA 4Q4KA 3RF9A 3NL5A 2QCHA 1EPXA 5D2VA 4WY0A 2V2CA 1K7FA 4GE8A 2YSWA 2YFNA 4L4LA 3TW7A 3LCIA 5FEXA 1G7VA 4LNYA 3OVPA 3BLIA 4LVAA 5IBXA 3E12A 3P67A 1WOAA 3OBKA 1K3UA 3NQGA 4FNUA 1GPWA 2ZYFA 1QPRA 1QO2A 4IMGA 4AWSA 2VENA 3BK0A 3EWUA 3UPBA 3W2NA 2ISSA 3OVQA 5DCBA 4ZQMA 3WFAA 1SSGA 1ALDA 3DENA 1A50A 3GDRA 3W83A 3KFTA 2GVGA 1ZJIA 1FCBA 1ZAIA 2Q8ZA 2QCDB 2IQTA 4YCPA 3B04A 3MUXA 2YCEA 4NZJA 3IGUA 2OX1A 4GBUA 3QZEA 1S3HA 3S0CA 4CNPA 5LGZA 3STGA 3EX6A 3W7IA 2JBMA 4W9TA 3L0NA 3EWXA 2Y70A 3KXQA 3HG5A 3BW2A 3S1XA 1JULA 1W5NA 4PODA 3N19B 2O7QA 5EMUA 1H7OA 2E6AA 3S6DA 1VYPX 3B06A 3CHVA 4TX9A 1KFBA 2GQ8A 3NPWA 3NM3A 4O0KA 2ZRWA 4RR4A 4MLRA 2CW6A 3WK2A 1QOQA 1LTDA 2OCZA 3P8IA 3CEPA 2AGKA 4XBKA 5AC7A 1W3IA 1TPDA 3QEZA 1F7BA 2CLIA 3RMJA 3QJAA 2BSLA 2ZZ7A 1DBTA 4TMCA 2NV2A 3GDLA 1FCVA 4JX5A 4N9DA 4O14A 1T0OA 1F74A 3G1VA 3S5NA 3W1TA 5EA9A 5G2IA 3W22A 3CB8A 2ZRUA 5DXYA 4QIUA 1IIGA 4RCXA 5H91A 4WUIA 2TMDA 1OFQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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