5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
4CZLA 1YUWA 3SJHA 3W3DA 1HX1A 4BRDA 4IWVA 1GLAG 2IVOA 4CZEA 4C23A 1KAZA 4IJAA 1R59O 2HMPA 1KXPA 4A2BA 4BRAA 1K8KA 5BRFA 4FWOA 2V7ZA 3H1QA 4HWIA 1WUAA 4BG9A 4BRQA 3VF6A 3OHRA 2E20A 4H0TB 4CZKA 1MWKA 3BP8A 2VWBA 3EL2A 3A8YA 4IO8A 1TUYA 5FPMA 5BRHA 3FZLA 4CZJA 2NRHA 3M6GA 3LDQA 2P9UA 2GWJA 3CHWA 3WQTA 3KHYA 4PL7A 2Q1NA 3QMLA 5BREA 1TUUA 4FPBA 4I6MB 2YHYA 3LDOA 5KQ8A 4PKHA 2H3GX 1NGHA 3FZMA 2D0OA 3RSEB 3VENA 4RCHA 2P9KB 3SMSA 1EQYA 1ZC6A 2CGLA 1NBWA 1NGJA 2Q0UA 2FF3B 3AARA 1JCFA 4FL9A 3CJ9A 3ENHA 1IG8A 2J4RA 5LJVA 5AZJA 3UKUA 5EVZA 3FLCO 2UYTA 4B1VA 4B1UB 2ASPA 1GLEG 5AFUH 3MK6A 1K8KB 3VOVA 3ZX2A 4FWQA 3H1VX 4BVPA 5AQYA 2Q97A 5KPZA 1QQNA 4WYBA 2ZGZA 2YHXA 3H3NO 5AQTA 2QWNA 3QICA 4FOEA 1RDWX 1NM1A 3W0LA 2NZTA 1IJJA 3MDQA 2P9NB 3EN9A 3ULEA 3O1BA 3VEVA 5AQXA 2FF6A 4FO0A 2D0PA 5AQVA 4MLHA 4CBXA 3MMVA 4F9OA 2P9UB 4PKIA 4BRLA 4Y0WA 3QB0A 3SLCA 1QZ5A 1C0GA 4WQ5A 2YI1A 3IMXA 3VF4A 2WUSA 1TYQA 3FZKA 1V4SA 2HF3A 5BN9A 4JD2A 5ADXH 3O1WA 2OANA 3VF2A 2GWKA 3CJ1A 1Z6RA 3VEXA 4M63C 5FPDA 4A62A 5LJWA 1BOTO 5AZJB 3UKUB 1SQKA 4H03B 4H0VB 4H5RA 1X9JA 2QM1A 2BUPA 1Y64A 3CJ7A 5LY3A 3R6MA 3DXKA 1BU6O 3M1FA 3MN9A 5I9EB 3UB5A 3GE1A 4FOIA 2PAVA 4DB3A 2FSNA 4GY2B 2QWLA 3O8MA 1S22A 2PBDA 1U2VA 3C7NB 3ZX0A 3DWLA 1KAYA 4PL8A 2F9TA 3A5OC 3R8EA 5ELZA 3HZ6A 3HSCA 4KBOA 2IIRA 1KAXA 1T44A 1JCEA 3ULEB 1XQSC 4CZMA 1NGBA 4LC9B 3U4LA 3LDLA 4H5WA 5AQUA 3BEXA 3HTVA 5E84A 3H6EA 3S41A 4PKGA 4BGAA 5BR9A 3L6QA 1ATRA 4BROA 5AQPA 3VEOA 1TYQB 4JHDA 3WXKA 4JD2B 4K25A 4BREA 3FR0A 2P9IB 2D1KA 4DQ8A 1NGAA 3VPZA 1HPMA 3UKRA 2F9WA 2FSJA 4FWRA 5AQFA 3L4IA 2V52B 2CGKA 4MO4A 5AQSA 3VEZA 3D2EA 5BPLA 4RTFD 2P9SA 4B1ZA 3ENOA 4H0OA 5AZIA 3WEEA 1NGDA 3DXKB 1NGIA 1X3MA 3I33A 5AQIA 4BR4A 1CZAN 3FFKB 2NLXA 3LM9A 1SZ2A 2YHWA 1Z05A 1OKJA 5F1XA 3ZEUB 2QWOA 2E2NA 1U2VB 2D4WA 2GELA 5EOYA 5TKYA 2AP1A 3CJCA 3CJBA 1GLDG 4L3QA 2QWRA 4MLEA 3CETA 3CERA 3VGLA 4B1WB 3FE1A 2QWPA 2A42A 5AQZA 1GLLO 4B1XB 4RWTA 3L0QA 2ITMA 3VEYA 3MN5A 2CH5A 2I7NA 3O6WA 1MWMA 2W40A 3F9MA 4JHDB 3ZETA 1BO5O 1J6ZA 4FSVA 4GNIA 3DXMA 1QHAA 4K43A 4BC5A 4AM6A 3UKRB 4XEIA 3AY9A 4M7YA 3CQYA 4CD1A 5AFUA 4QS8A 1D4XA 2IVPA 2P9PA 3A5MC 2P9SB 4BR5A 4WQ5C 1JCGA 2E2QA 1YAGA 3BF1A 2KHOA 5EXWA 1YVNA 3WQUA 5AZIB 4BQLA 1E4GT 3WEEB 3GOIA 3IDHA 4K42A 1NGGA 2HOEA 2V51B 4FWLA 4YDUA 4CZGA 3WXJA 4BC2A 4E1JA 3EKSA 3O4WA 5KPTA 2Q31A 3H46O 3ATVA 3P4IA 3GDQA 1ESVA 4EAHD 1DEJA 1GLCG 5AQQA 1HKCA 4H0XB 3A0IX 3H45C 3VEWA 4H5TA 1LCUA 1BUPA 3KVGA 5BRDA 3MN6A 1BDGA 2EWSA 4BR7A 4HTLA 3WXIA 3LL3A 5ADXA 4H5NA 5EX5A 1V4TA 1BA1A 1ZBSA 3TPQA 4A61A 3AAPA 1T6DA 4XH4A 1DGKN 1BG3A 3EZWA 4ISFA 3DAWA 4BR0A 4XH5A 4JN4A 3ZETB 4BRMA 3A5LC 3CJAA 3D7EO 3FGUA 4CD3A 4DHYA 2E2PA 4EHTA 1BA0A 5KPRA 3DXMB 3SMPA 3CQXA 1ZXOA 4BRNA 3BF3A 1HKGA 2BTFA 3IFRA 4CBUA 3LDNA 2VCPA 1DKGD 4FWNA 1QZ6A 1ATNA 1BWFO 1GLJO 1HKBA 5AQJA 3U9ZA 5AQWA 4BGBA 4H5VA 3QFUA 2W41A 2Q36A 5F0XA 4IZ9A 4DCHA 4EFHA 3EKUA 4H0YB 5AQNA 2A6AA 3HM8A 4J8FA 2FSKA 3M3ZA 3RSEA 5JICA 2E88A 4BG8A 5AR0A 2P9KA 5E26A 5BPNA 4BRGA 5EY4A 2V7YA 3U9DA 3VERA 2IVNA 1S3XA 4BRHA 3FZFA 3MCPA 3QDKA 4BRKA 3J8AA 2VYPA 4WQ4A 3VGMA 1SAZA 4BC4A 1LOTB 1ATSA 4M7XA 4JNEA 2QXLA 4XH1A 4BRPA 3O5BA 3D2FA 4IJNA 1T6CA 1XUPO 3O08A 3VESA 1E4FT 3TU5A 2I7PA 1HJOA 2ZGYA 1GLBG 2QW9A 5AQLA 2P9NA 3GG4A 1YXQA 4QS7A 5B8HA 4BR2A 1HLUA 4EIAA 3WXLA 4NO7A 1NMDA 3HI0A 2A41A 2GTDA 4ISGA 1MA9B 1U6ZA 4CZFA 3C0BA 4FWMA 1Q18A 3GBTA 1NGFA 5F2RA 1H1VA 4BR9A 4O5FA 3B8AX 2A3ZA 3QBXA 2HF4A 2ZWHA 3G25A 3SK3A 4FPAA 4BQZA 3IUCA 3O80A 3QBWA 4A2AA 3ZX3A 5BPMA 2E1YA 5JMVA 4CJ7A 2P9LA 2E8AA 2QWMA 1NGCA 4H0PA 3D2EB 2YCHA 4YDUC 3WUHA 4CZHA 5AQOA 3EO3A 2CH6A 1GLFO 2E1ZA 3CIPA 1G99A 1NWKA 5KQDA 1X3NA 3C7NA 3JXUA 4FWKA 3D2FB 4QS9A 3I8BA 4K41A 4BRIA 5AQGA 1RGIA 4EHUA 2CGJA 3WT0A 4CI6A 3CI5A 2ZF5O 2A5XA 5FPNA 3LDPA 5AQHA 2E2OA 4CBWA 3BUZB 4MO5A 4Z94A 4AM7A 2YJEA 3A5NC 3ATUA 3ID8A 5AQRA 5FPEA 2GEMA 2DPNA 2ASOA 4B1YB 3DJCA 1HUXA 2GUPA 4BVOA 2Q2RA 2QWQA 2P9IA 3FZHA 5CE3A 4CZIA 3U8XA 5JLFA 1NLVA 2FXUA 5BN8A 3HBTA 3JS6A 1XC3A 3QFPA 4O8KA 2P9LB 4BRFA 1QQMA 4B9QA 1C0FA 1RFQA 1NGEA 2FLOA 4FWSA 3R9PA 2P9PB 3AAQA 3VGKA 3KZBA 1P8ZA 2AA4A 4BC3A 2YJFA 4FWPA 4ISEA 3VETA 5AQKA 3LM2A 4JAXA 3ZEUA 4NB4A 3MN7A 5AQMA 5JLHA 4I6MA 4BRCA 2A40A 1WOQA 2ASMA 4IXCA 3GL1A 1MDUB 3UE5A 4WQ4C 3H3OB 1QQOA 2Q0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9XA 4JKGA 4IFEA 3E9LA 2E5LK 4M45A 1B3CA 4CZEA 1HYZA 1KAZA 1QHTA 1R59O 4BRAA 1S9EA 1EETA 4HWIA 1J9AA 4I2QA 3E7RL 5T7BA 4LF7K 4DTRA 1RTHA 2B68A 1KFDA 3L4QA 4JYAK 2OA8A 1WSFA 2YHAA 4UAEF 4XJXA 3EL2A 3A8YA 5A2QO 3K5NA 1OH6A 1NPIA 1WN7A 2GWJA 1TAQA 4B3OA 2Y1IA 2OPPA 5HOOA 3AVFA 1NG9A 3VA3A 3HVTA 1QTMA 4FPBA 2O4GA 2JLEA 2HHQA 2RN2A 4PKHA 1RDDA 3VENA 3KOWA 3E01A 1CZ9A 2OTLN 2PZSA 3RRGA 1VSFA 2CGLA 1Q81O 1NGJA 2FF3B 1S6QA 5LJVA 3ENHA 4NLBA 3TAEA 2G8WA 1TKDA 2Z1HA 4B1UB 1S1VA 5AFUH 4BWMA 3MK6A 2D56A 4DF4A 4WFAL 4FJLA 3QETA 1C55A 1D5AA 2NRVA 4FWQA 3H1VX 4BVPA 4JS4A 5KPZA 1QQNA 3MAQA 3T7ZA 2ZGZA 3MXMA 5SZTA 3K9JA 5AQTA 1CXQA 3HPOA 3QICA 4FK2A 5FROA 3CCMN 4KREA 4OLBA 3MDQA 1IJJA 1KQSM 3EN9A 3O1BA 4OKJA 3T1HK 3NCIA 4FJ8A 2D0PA 5AQVA 3P31A 2P9UB 4E7JA 4JI7K 4Y0WA 4DU3A 1C0GA 1Q8IA 4WQ5A 3IMXA 3VF4A 4CEOA 1UGLA 3FZKA 1TYQA 2HF3A 3T1YK 1AHOA 3AVNA 1BGXT 2E6MA 5CR4A 4CJ5A 4PWDA 3V9WA 3VF2A 3AVIA 3VEXA 2M8BB 4CJTA 4YOVA 1SQKA 3TR8A 2QM1A 2C1IA 2NY9X 2BUPA 3R6MA 1D8YA 3DXKA 1TGOA 3MN9A 4IFYA 1B7DA 3U3YA 3T69A 1NNEA 3TTFA 4KH5A 2QWLA 1S22A 3PSIA 2OZSA 1ILYA 3C7NB 2D5RA 1KAYA 2BE2A 1C6VA 4PL8A 1G15A 4AHUA 4DV4K 1KRPA 3LWLA 3SUNA 1HNXK 3HZ6A 3CCQN 3V81A 1W97L 5HRNA 3M5RA 4KRFA 3A2FA 3C65A 4H5WA 5C42A 1E3MA 4KHSA 2UXDK 2D0AA 3HTVA 5E84A 1VQ4N 4PKGA 3ZSQA 4N56A 1ATRA 1XI1A 2YNGA 4B3SK 2RKIA 2ITGA 1NGAA 4JKBA 3OYEA 1SL0A 2F9WA 1RTJA 4FWRA 2KPYA 3CYGA 3Q7BA 5CY0A 3TSUA 3HXMA 3OYKA 1O1WA 2V52B 5AQSA 3QO9A 1VSKA 3VEZA 5BPLA 4FZYA 3ENOA 2VG5A 4CJVA 5AZIA 4HTUA 4ID5A 3PV8A 3WEEA 1NGDA 1NGIA 2F4VK 4CF0A 2B3CA 3I33A 3CCUN 3LM9A 4FLVA 1U47A 4AB0A 1N36K 1T1TA 1JXBA 1Z05A 3ZEUB 3P38A 4B9MA 4F2SA 2LSNA 4DTXA 2D4WA 3OYAA 4DSJA 4WE1A 4KTZA 3OYCA 3VQCA 2A1SA 1HJRA 2PFUA 1GLDG 4L3QA 4FK0A 2IDOA 3CCLN 2QWPA 2LY6A 1BL3A 1RT3A 1OVQA 2LY5A 2ITMA 1UAXA 5CZ2A 3MN5A 5GINA 3V9SA 3FFIA 4CJWA 1B92A 1IO2A 3ZETA 3LZJA 2N69A 1IKXA 4PQUA 1ZU3A 1J6ZA 3CC7N 5CZ1A 3ZSZA 4GNIA 4BE7B 1ZFUA 1TVRA 3UKRB 4XEIA 1KV0A 4K8XA 3AY9A 2O8DB 3WNFA 2Q3SA 4QS8A 5M1KA 1B9FA 4DU1A 1NKEA 4F2RA 2P9PA 2XY6A 2P9SB 4WQ5C 4IOCL 5EXWA 3WQUA 4BQLA 4UY8O 4JKHA 1E4GT 2P5OA 3IDHA 1FJGK 3ZSWA 5KRSA 4E7HA 4R5PA 4BC2A 4GVEA 3RTVA 3MWTA 4IEIA 4CF8A 1VNAA 1HKCA 4FZXC 4H0XB 4DSFA 4Q0BA 1BDGA 1DT9A 2EWSA 4HTLA 3WXIA 3F5TA 3LL3A 4CGFA 5EX5A 2DFEA 2ASCA 1TKZA 3AAPA 1M90O 4XH4A 2E6LA 4KH4A 3KKRA 4XH5A 1C1BA 3SAGA 2KTQA 1LQHA 4FM2A 1S1TA 3CJAA 1PTXA 3D7EO 4MFBA 3ZT1A 5IWAK 1BA0A 3T19A 2PY5A 5AJ3K 3CQXA 3TAGA 3CF5L 3BF3A 1HKGA 2BTFA 4CBUA 1UA1A 2YIPA 3LDNA 2VCPA 3DI6A 4IDKA 3VMFB 2MBKA 4E19A 1T3VA 2VQEK 3WNGA 2W41A 2F96A 3ZSRA 3LP2A 2G8IA 4Z0UA 2A6AA 1BI4B 3I0SA 4CF2A 1L3VA 3L56A 4MDBA 4Z4CA 5JICA 2E88A 4AH9A 4I9LA 4BG8A 2P9KA 3ZSXA 3HSTB 4BRGA 4CCHA 3J7ZO 2IVNA 3FZFA 3MCPA 2N2QA 2QKBA 4FJIA 1VSJA 4LF8K 4DV1K 1ATSA 3VQDA 4JNEA 1HR0K 2QXLA 3P83D 1XHZA 1XUPO 2VY6A 2PYJA 1HNWK 1HJOA 2IOCA 3KHWA 1GLBG 2VG7A 1KVCA 1CHZA 2GBZA 3CC2N 4EIAA 3CFRA 3J81O 4OO1J 2P51A 2KW4A 1MA9B 1RTIA 1VSIA 4CZFA 3E7UX 4FLZA 4WF9L 3KK1A 1NGFA 4BR9A 3QEVA 1POIA 4BQZA 4UADE 2FBTA 3O80A 3THXA 3BK3C 3ZX3A 5BPMA 3VQ9A 1I94K 3UIQA 3LZIA 2IS3A 4H0PA 2B6AA 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3V9X A;  4JKG A;  4IFE A;  3E9L A;  2E5L K;  4M45 A;  1B3C A;  4CZE A;  1HYZ A;  1KAZ A;  1QHT A;  1R59 O;  4BRA A;  1S9E A;  1EET A;  4HWI A;  1J9A A;  4I2Q A;  3E7R L;  5T7B A;  4LF7 K;  4DTR A;  1RTH A;  2B68 A;  1KFD A;  3L4Q A;  4JYA K;  2OA8 A;  1WSF A;  2YHA A;  4UAE F;  4XJX A;  3EL2 A;  3A8Y A;  5A2Q O;  3K5N A;  1OH6 A;  1NPI A;  1WN7 A;  2GWJ A;  1TAQ A;  4B3O A;  2Y1I A;  2OPP A;  5HOO A;  3AVF A;  1NG9 A;  3VA3 A;  3HVT A;  1QTM A;  4FPB A;  2O4G A;  2JLE A;  2HHQ A;  2RN2 A;  4PKH A;  1RDD A;  3VEN A;  3KOW A;  3E01 A;  1CZ9 A;  2OTL N;  2PZS A;  3RRG A;  1VSF A;  2CGL A;  1Q81 O;  1NGJ A;  2FF3 B;  1S6Q A;  5LJV A;  3ENH A;  4NLB A;  3TAE A;  2G8W A;  1TKD A;  2Z1H A;  4B1U B;  1S1V A;  5AFU H;  4BWM A;  3MK6 A;  2D56 A;  4DF4 A;  4WFA L;  4FJL A;  3QET A;  1C55 A;  1D5A A;  2NRV A;  4FWQ A;  3H1V X;  4BVP A;  4JS4 A;  5KPZ A;  1QQN A;  3MAQ A;  3T7Z A;  2ZGZ A;  3MXM A;  5SZT A;  3K9J A;  5AQT A;  1CXQ A;  3HPO A;  3QIC A;  4FK2 A;  5FRO A;  3CCM N;  4KRE A;  4OLB A;  3MDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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