The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
MFISRHSGEGKFLFIDQRATLVIGFLPQEILGTSFYEYFHNEDIAALMESHKMVMQVPEKVTTQVYRFRCKDNSYIQLQSEWRAFKNPATSEIDYIIAKNSVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| molecule keywords |
Protein cycle
|
| publication title |
Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B
rcsb |
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| total genus |
29
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3F1O B; 1DP6 A; 3BY8 A; 3E4O A; 3FG8 A; 5DJU A; 1DP9 A; 2KDK A; 3ULF A; 1LL8 A; 3RTY A; 3LIF A; 5HDD A; 4HH3 A; 2CMN A; 1ODV A; 2QHK A; 1F9I A; 4DJ3 A; 3UB6 A; 3PHY A; 2R78 A; 3B33 A; 2JN7 A; 2EA9 A; 2A24 A; 1UWN X; 2YKF A; 5HSQ A; 3UME A; 4PKY A; 2YKH A; 1GSX A; 3MQO A; 2WKQ A; 3G6O A; 4HIA A; 1EW0 A; 3PYP A; 2PR6 A; 5F68 A; 5HDS A; 1V9Z A; 3F1O A; 3LID A; 3T50 A; 2KX6 A; 1S1Z A; 1KOU A; 4JGR A; 4YWZ A; 1P0Z A; 2W0N A; 3MR0 A; 1OT9 A; 4B9O A; 1XFQ A; 1D06 A; 4BBV A; 4XT2 B; 2H28 A; 4EW7 A; 5I5L A; 2PDR A; 3UB7 A; 3SW1 A; 1T1C A; 1DP8 A; 5DKL A; 3CWF A; 4GHI B; 3LIC A; 2V9A A; 5A8B A; 1XJ4 A; 4I3I A; 2P7J A; 4R6L A; 3NHQ A; 2VEA A; 2M1C A; 5HZH A; 2VV8 A; 5DKK A; 2BAS A; 4EQ1 A; 3MFX A; 3IS2 B; 4GS9 B; 4XT2 A; 3LI8 A; 3BWL A; 5J7E A; 2L4R A; 5F69 A; 3EWK A; 5HWV A; 3NOP C; 2VV7 A; 4GHI A; 1GSW A; 3NJA A; 1S4S A; 3GEC A; 1BYW A; 5J4E A; 4L9E A; 5IS1 A; 2QKP A; 3GDI A; 2V1A A; 1TS6 A; 4EXO A; 2HV1 A; 2Z6C A; 5HD5 A; 3MQQ A; 1NWZ A; 1X0O A; 3UB9 A; 3IBR A; 4KUO A; 4LLO B; 4M4X A; 3VE3 A; 3IS2 A; 2ZOH A; 5HWW A; 4GS9 A; 3UE6 A; 4BBU A; 2GJ3 A; 2PYR A; 1T1B A; 3H7W B; 5DJT A; 2K7S A; 2I9V A; 3FC7 A; 2PYP A; 1UWP X; 4WF0 A; 1P97 A; 4NXF A; 1DRM A; 1MZU A; 5AVF A; 4GCZ A; 2L0W A; 1TS0 A; 4JGQ A; 4MN5 A; 1JNU A; 3UMD A; 4NXE A; 4HJ3 A; 2PR5 A; 1OTE A; 2ZBB A; 1WA9 A; 3VE4 A; 1N9O A; 2B02 A; 3H7W A; 2OWH A; 5J3W A; 5TBM B; 3H82 B; 4F3L B; 4I3A A; 4EET B; 1LSW A; 4WUJ A; 2QJ5 A; 4I39 A; 1OJG A; 4HJ6 A; 1XJ6 A; 3VOL A; 3ICY A; 4NXB A; 3E4Q A; 1D7E A; 3ZQ5 A; 4EEU A; 1S1Y A; 3HJK A; 4HQA A; 1T18 A; 2PD8 A; 3LUQ A; 1OTD A; 2ZOI A; 4HHD A; 3CLO A; 2WKP A; 3P7N A; 1GSV A; 5TBM A; 4HI4 A; 1T19 A; 4H6J B; 4HY8 A; 3H82 A; 4F3L A; 1XFN A; 3HJI A; 5F6A A; 2A24 B; 3D72 A; 1OTB A; 3K3C A; 4I3J A; 3LIA A; 3OLO A; 4PKY G; 5AVE A; 1OTI A; 4I5S A; 2JHE A; 1N9L A; 2OOL A; 2D01 A; 5EFW A; 1VB6 A; 3RH8 B; 4E04 A; 2VV6 A; 4R3A A; 3H9W A; 5HDC A; 2QJ7 A; 4H6J A; 2PD7 A; 1OJ5 A; 4BBT A; 3C8C A; 3F1P B; 3C2W A; 4KQD A; 4K08 A; 4NXG A; 3LIE A; 4JGO A; 5KIZ A; 3KX0 X; 4LPZ A; 5IU1 A; 4LRZ E; 1LSV A; 1S4R A; 1S67 L; 1LT0 A; 2L1M A; 3UB8 A; 1F98 A; 3CAX A; 4EER A; 4L9F A; 3BY9 A; 2D02 A; 4L9G A; 2V1B A; 4RQ9 A; 3NOU C; 1N9N A; 5F5Y A; 2V0U A; 5HWT A; 3K3D A; 3F1N B; 4JGP A; 1XJ2 A; 4WL9 A; 3F1P A; 2VLG A; 1TS8 A; 2INW A; 5G4Z A; 1G28 A; 3LIB A; 2OWJ A; 5HD3 A; 4DJ2 A; 4KUK A; 4LRY C; 4MN6 A; 4WN5 A; 4WLA A; 3A0V A; 2PHY A; 2QWS A; 3LI9 A; 4GW9 A; 1TS7 A; 3EEH A; 2W27 A; 1XJ3 A; 3LYX A; 1OTA A; 4LRX C; 2J80 A; 3A0R A; 4EES A; 4I38 A; 3F1N A; 4HH2 A; 1V9Y A; 1Y28 A; 1S66 L; 2V0W A; 3A0S A; 3MXQ A; 1T1A A; 4R38 A; 2WKR A; 1UGU A; 1LSX A; 4HJ4 A; 3NOT C; 1OT6 A; 4HNB A; 3E4P A; 3MJQ A; 4HP9 A; 4R70 A; 5G4Y A; 4EEP A; 4HP4 A; 2Z6D A; 4HOI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5F82 A; 4O0P A; 3BY8 A; 3E4O A; 1FIL A; 4P6B A; 3T1X A; 4K0X A; 2IWB A; 4X1M A; 5FQ9 A; 4EU0 A; 2WZZ A; 5HAR A; 3LGO A; 4R0Q A; 3SS3 A; 1ERO A; 2KDK A; 1CI8 A; 3ULF A; 1LL8 A; 4ZDX A; 1NYM A; 4DJ3 A; 5HAQ A; 4QY5 A; 3UPP A; 4HBU A; 2P08 A; 1ES5 A; 2R78 A; 2JN7 A; 2EA9 A; 4JF5 A; 3C30 A; 3IBJ A; 1SKF A; 1Q2Q A; 3U2A A; 5LBR A; 1BTL A; 2W1T A; 2YKH A; 2ZC6 B; 3PYP A; 2PR6 A; 4R23 A; 4KG6 A; 2XFT A; 5E43 A; 2KX6 A; 2XH9 A; 1IKI A; 2WZX A; 4ZTK A; 4JGR A; 4YWZ A; 2Y2P A; 2VKS A; 4OH0 A; 1Z6F A; 2ZM8 A; 5FL3 A; 1YLT A; 1TF1 A; 5EPH A; 4M3K A; 5FA7 A; 4GB7 A; 4EW7 A; 2Q0O A; 3UDF A; 5TJJ A; 3IT9 A; 3R4K A; 1YPR A; 2P04 A; 1IFQ A; 5GL9 A; 5FQI A; 3SZT A; 5EVE A; 4H8R A; 4R6L A; 4ARZ A; 1K6S A; 2VEA A; 4FD8 A; 4GZB A; 3PAG A; 2DNS A; 5GLA A; 2VV8 A; 3GSG A; 4GKU A; 1W8Y A; 4MBK A; 3MFX A; 3CUE C; 3DTK A; 3PBN A; 4FSF A; 5FI7 A; 4QD4 A; 1L0F A; 4WM9 A; 5KMW A; 3U4L P; 5L10 A; 2L4R A; 3T4Q A; 3EWK A; 3NOP C; 4Y0O A; 1Q2P A; 3G35 A; 3ITB A; 2EX6 A; 3ZFZ A; 1S4S A; 4KQQ A; 3ZYT A; 4L9E A; 2VGL S; 3IHB A; 4LGW A; 1MPL A; 5AQ9 A; 4BD1 A; 3HLB A; 4KZA A; 5HD5 A; 3MQQ A; 4OQH A; 1HVB A; 2H0T A; 1KVM A; 2ZQ9 A; 3IBR A; 1YKD A; 2EX2 A; 4DN0 A; 5HWW A; 4BBU A; 2QMI A; 2KOI A; 1RP5 A; 3A3D A; 2AVX A; 1YT4 A; 4ID4 A; 5DJT A; 2O9C A; 5L07 A; 3IXD A; 3M6B A; 2I9V A; 3WWX A; 3FC7 A; 3PXP A; 2B95 A; 3V3R A; 5DFY A; 2W3F A; 4LCL A; 1P97 A; 3S7O A; 4UAA A; 5AVF A; 3FPW A; 2HJE A; 1NRJ A; 4WEK A; 2L0W A; 3HCY A; 4RX3 A; 3W2Z A; 5EM0 A; 3UMD A; 3OPH A; 3QP4 A; 2ZBB A; 3MS6 A; 1LHY A; 1XKZ A; 5G18 A; 4JLF A; 1H8Y A; 4K0W A; 3ZVT A; 4Q0H A; 5EUA A; 1N9O A; 4F94 A; 4QWO A; 3GRJ A; 4QJG A; 2OWH A; 1NLZ A; 1ESU A; 5TBM B; 4R4S A; 3W8K A; 4EET B; 4WUJ A; 4I39 A; 4BMW A; 1VM1 A; 1PI5 A; 1NYY A; 4Y17 A; 2JBF A; 1KE3 A; 3C4O A; 3IF6 C; 1K6R A; 3E4Q A; 5CED A; 3O3V A; 3D9Y A; 1XGI A; 2DMW A; 3ZQ5 A; 1OPX A; 1K0K A; 1OME A; 3HLC A; 2K31 A; 4HQA A; 3HRE A; 2JKT M; 2XK1 A; 1VET A; 1SKO B; 4PM8 A; 1W79 A; 5EVI A; 2ZOI A; 4OPQ A; 4HHD A; 5DF7 A; 3R7W A; 2J8Y A; 1T19 A; 3B3X A; 4H6J B; 1NXY A; 4MBH A; 3NDG A; 4F3L A; 4NEE D; 2VGL M; 1JTG A; 5CHU A; 1K54 A; 4EV4 A; 5A91 A; 3T4T A; 1HTZ A; 4CLC C; 1MXO A; 1N9B A; 4AFI A; 4E3J A; 4ZRR A; 5GLB A; 3LR0 A; 2QZ6 A; 4IJG A; 1FR1 A; 4OQI A; 2ZMF A; 2J3T D; 2XGN A; 4D2O A; 3BLM A; 1OTI A; 4KEN B; 3O5Y A; 3KSF A; 2JHE A; 4DDS A; 4IUK A; 1JWP A; 1SZV A; 5J8X A; 2XFS A; 3NCK A; 3C7U A; 2VK3 A; 3MZE A; 2G2W A; 5HDC A; 3CPT A; 3VMA A; 2V2F F; 4NG2 A; 1OJ5 A; 3NDE A; 3A3F A; 2HDS A; 1PW8 A; 3P98 A; 3BFC A; 4NXG A; 2ZD8 A; 3S1Y A; 5FSR A; 1ERM A; 3T4L A; 3KO6 A; 4EBL A; 4A5R A; 3TJZ C; 1Y54 A; 3DW0 A; 3C38 A; 5L09 A; 1ESI A; 2Y2Q A; 1L0E A; 3WRZ A; 4Y2F A; 4L9F A; 3PAE A; 2D02 A; 5MC7 A; 4WZ4 A; 3SOI A; 5KSC A; 4ZJ2 A; 4UEY A; 5HWT A; 4CQH A; 2O99 A; 3PBS A; 2X71 A; 2VLG A; 3S4X A; 3N7W A; 4X55 A; 4LRY C; 3IHA A; 4WEL A; 4C75 A; 4E3I A; 1K57 C; 4WLA A; 1RCJ A; 3FKV A; 2PHY A; 2W27 A; 3MF0 A; 1KGG A; 3IXB A; 2KLI A; 3MMH A; 2J80 A; 1A0K A; 2WK0 A; 3F1N A; 1Y28 A; 3IWO A; 1W8Q A; 3MXQ A; 3V39 A; 4S2O A; 1ONG A; 3GTC A; 2WYX A; 4WYY A; 3NOT C; 1LL9 A; 5K5B A; 4KZ6 A; 5JYO A; 1SCW A; 5FI6 A; 1AWI A; 2QPN A; 2Y59 A; 4NKP A; 5G4Y A; 2R9W A; 1XA1 A; 2DCF A; 3ITA A; 2WGW B; 3F1O B; 4WMC A; 5DF8 A; 1KDS A; 2IWC A; 5DJU A; 3BQ8 A; 1FCN A; 3T12 B; 1DP9 A; 3V67 A; 2HDR A; 2OV5 A; 1P9W A; 4DKI A; 4HH3 A; 5KSH A; 5DFX A; 3W4Q A; 4WEJ A; 3V5M A; 3BRM A; 1BLS A; 4E3N A; 4II7 A; 2YKF A; 5HSQ A; 1YLP A; 3T1R A; 3MXR A; 4JF4 A; 3ZG9 B; 3FZC A; 3KYZ A; 1SDN A; 4PKY A; 4OVD A; 1MWT A; 3G6O A; 2Y2H A; 4HIA A; 1EW0 A; 1YSP A; 1SHV A; 3SH7 A; 4KZ9 A; 3LEQ A; 5F68 A; 2EX8 A; 1TDL A; 4Y13 A; 1PWG A; 1XPB A; 2VGK A; 1S6R A; 1XP4 A; 3HL9 A; 3MR0 A; 1OT9 A; 1XFQ A; 3S7P A; 5BOH A; 4XT2 B; 2Y2M A; 3HUO A; 4E6W A; 4IVI A; 2H28 A; 2HDQ A; 2HP6 A; 4HBT A; 4E3M A; 3UB7 A; 4ZJ3 A; 3SW1 A; 2ZQD A; 1DP8 A; 2HJ9 C; 3LIC A; 2V9A A; 4N1H A; 5HPI A; 3IQA A; 4I3I A; 2GX5 A; 3T4O A; 4GDN A; 5F83 A; 2E8I A; 2XQZ A; 3E0Y A; 2P7J A; 5L8M A; 3NHQ A; 5AQB A; 1JWZ A; 1TVF A; 5M1A A; 5HPF A; 3BQA A; 5DKK A; 2BAS A; 4YFM A; 3N8R A; 3O86 A; 4X6T A; 3Q07 A; 3QP5 A; 5FAP A; 5M19 A; 2JC7 A; 1YAX A; 5HWV A; 3CG5 A; 2VV7 A; 4FH4 A; 2J9P A; 2EWW A; 5EVI C; 1YLZ A; 1FCO A; 1TS6 A; 2P9V B; 1L0G A; 1GCE A; 2Z6C A; 1O07 A; 1X0O A; 1MWR A; 4HES A; 3UB9 A; 1ERQ A; 2XDM A; 4LLO B; 5TFQ A; 3VP3 A; 3WRT A; 1K54 C; 3VE3 A; 4S2N A; 2V20 A; 2J3W A; 1BZA A; 1T1B A; 3LR4 A; 2LB9 A; 1Z09 A; 1F5M A; 2Y2K A; 3W4O A; 3A3I A; 2VX8 A; 3N4I A; 2G2U A; 1WYB A; 4WF0 A; 4U3T A; 3CJM A; 4D60 A; 5E2E A; 1E4D A; 4MN5 A; 3Q81 A; 5CHM A; 4YOF A; 3ZDJ A; 1JNU A; 4HJ3 A; 2PR5 A; 3S22 A; 1WA9 A; 2XSS A; 1BT5 A; 2WGV A; 3DWK A; 2PBY A; 5CX7 A; 4DE0 A; 2FZ0 A; 3G2Z A; 5GHX A; 4S2J A; 2H5S A; 3DBA A; 2HP9 A; 3CZD A; 3EQU A; 3JVV A; 3AGE A; 2ZL1 B; 4DE1 A; 2BLS A; 5CGX A; 3UE1 A; 3NEC A; 2WKH A; 1LLB A; 1KGE A; 5CRF A; 2Y4A A; 4Q0J A; 4UQI S; 1YM1 A; 3UB5 P; 3OPL A; 1ZG6 A; 1VEU B; 4JKT A; 1U60 A; 4KG2 A; 4OPZ A; 3PTE A; 3I7J A; 2WKI A; 3HJK A; 1PZO A; 1T18 A; 3G34 A; 4MNR A; 2PD8 A; 3LUQ A; 3BFD A; 3E2L A; 1OTD A; 1HZO A; 5HAI A; 3OOV A; 5HFO A; 3P7N A; 4MEZ A; 5TBM A; 4HI4 A; 4KG5 A; 1FIK A; 3QNC A; 4KZ4 A; 4S2I A; 2Z2M B; 4Y7P A; 2XRN A; 4UA9 A; 1BLH A; 1G6O A; 4GN2 A; 1XFN A; 2Q9M A; 3HJI A; 5F6A A; 2GZA A; 5D3O A; 2Y91 A; 1FOF A; 1XA7 A; 1OTB A; 3UN7 A; 3K3C A; 2Y2I A; 2XD5 A; 2ZC5 B; 4I3J A; 1MC0 A; 4LV0 A; 4E3O A; 4OON A; 4PKY G; 2HGV A; 4I5S A; 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