5FF2 | Genus

Total Genus 144

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	347
structure length	347
Chain Sequence	MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
publication title	Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE. pubmed doi rcsb
source organism	Thermotoga maritima
total genus	144
structure length	347
sequence length	347
ec nomenclature	ec 1.8.-.-:
pdb deposition date	2015-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ff2A00

1M7PA 1KLZA 2DZXA 2ZRXA 3MBDA 2ZRYA 4JGDA 1TTIA 3WJXA 1EP2A 4LVFA 5K9XA 2ATSA 1TIMA 3Q37A 4YMZA 1TPFA 1FDYA 3UWQA 5LNSA 2ABBA 1TTJA 3P8JA 1WX0A 4FEZA 2RDWA 3AJXA 1TPUA 4TR9A 3WK2A 2A6NA 1LOQA 1GJPA 2HTMA 5KZDA 4NJKA 2EKCA 4I7VA 3E02A 1K7XA 3NQDA 1S5TA 4LUIA 4BWLA 4ZZ9A 4AMAA 2GVJA 1RPXA 1R2TA 3A24A 4DF1A 2Y70A 4Y9AA 3VE9A 2DP3A 5LNUA 2Y7EA 3EXSA 1MEIA 4CNNA 5LNWA 2Y89A 3LRLA 1ZY9A 2QJIA 4JX5A 4JS3A 2VFDA 4WOZA 3W3OA 3ATYA 2XFWA 2A7NA 3W1RA 1TPH1 3GXPA 2FB2A 2PCQA 1EPXA 1WQ5A 4IX0A 5G4EA 1W3TA 2C3ZA 3O6CA 1P0NA 4W9TA 4ZQNA 3STFA 5L9FA 3R8RA 1HL2A 4QNEA 3EX4A 3JR2A 4MFEA 3QW3A 3SIZA 1J2WA 3M1ZA 1GVFA 1F2JA 4UR7A 3OHIA 3P67A 1FBAA 4L4MA 2CLKA 2DZSA 1IXOA 1KTNA 4NVTA 4H4IA 5L6UA 3P84A 4O50A 2PC4A 5EKYA 2LLEA 3M7WA 2VEPA 2PE4A 1SR9A 3PVFA 3L21A 5H91A 2ZRUA 3W1UA 3P5YA 2WKJA 4O17A 3B05A 1DQWA 4DO4A 2ZZ3A 1TJRA 3PR2A 3IRDA 2VC6A 3BLEA 3NGJA 2G97A 1O5KA 4FB7A 3C0JA 4QNWA 1YLVA 3BG9A 4KWVA 1CW2A 4OU1A 3CTLA 3W7RA 5E0KA 2Y88A 3UQNA 3DFOA 2QKFA 3W76A 1RVGA 2P1FA 3B0VC 3W1TA 1W5PA 2QUVA 1DL3A 4IMFA 5C54A 3UXDA 4UTHA 4AAJA 3U6WA 2X30A 5HUPA 4Y96A 4IPIA 5AN7A 2GQ8A 3T44A 4UXDA 1MEHA 4RJEA 3W7PA 3LXBA 3DHDA 4UFMA 5D2TA 3GVGA 3KVLA 1YDVA 3LI1A 1TCDA 3NPXA 1J4EA 2A7PA 3GDLA 1YXDA 3NNTA 3BGJA 1WAUA 2H90A 4IWWA 2WSRA 3SGZA 4UC5A 3DFPA 3UY7A 1JJKA 4RLIA 4MY1A 1T8XA 4E38A 2CZDA 3M5VA 3G0SA 3PB2A 2AAMA 5CGQA 2P10A 1JCYA 4O1BA 4JY8A 2NV1A 3TAOA 2DZTA 3CU2A 4AF0A 1T0OA 1I8JA 1XBZA 5CG7A 2WV8A 1NF7A 3O1NA 1KFEA 3WK3A 3EX2A 4JTHA 2YX0A 1LOSA 1D3HA 3TQVA 1EP1A 4IMGA 4FNRA 3CT7A 1VYSX 2QAFA 1U5JA 3LV5A 2CLHA 1DVJA 3OVRA 4JXCA 1S5WA 2WPBA 3GDRA 4X3ZA 3GKFA 4OE7A 3IIZA 5HULA 3EX3A 3MI6A 4S2CA 1F73A 5LNRA 4C1KA 3SSJA 4LTSA 3NPVA 5DY3A 3SGUA 4HKPA 3NXFA 4UTIA 1A50A 1H7XA 3DENA 4YL2A 2WNQA 3S6DA 2JK2A 3ABSA 3F4WA 1H1ZA 3UYCA 4UCGA 4JTLA 1SSDA 5DLCA 1OYAA 3O8AA 2NV2A 4QQ3A 3S1WA 3L5MA 2C13A 1DQXA 4O4WA 5F4SA 5FF0A 1I2PA 1W37A 3S1VA 3FYPA 4ORMA 3A5VA 4LNYA 1QO5A 4JNMA 3B04A 3G1DA 3TA6A 4UTWA 2Q3OA 4LRSA 3FOKA 5LNVA 3C3NA 5T26A 3LCIA 5EYWA 1YADA 3WJYA 4UR8A 2IQTA 5LKYA 1AW2A 2OZ0A 3GR8A 4AEOA 2QCDA 5A5WA 4AVFA 2OJPA 2J9YA 4U28A 5LGXA 2QAPA 3QPYA 1GEQA 3QRHA 1ME8A 1OX4A 4ZQRA 2V0TA 1WOBA 5D03A 1FDJA 5SWUA 3HG3A 4AH7A 1KFLA 4ZQOA 1ONRA 3W2JA 4XWUA 3NL5A 3L0NA 3LRMA 3TFXA 5FF4A 1YYAA 4K37A 2FDSA 2B7NA 4HSNA 1GG1A 1HFBA 2ISSA 1BEUA 1D3GA 2ATMA 2Y85A 3W73A 4UUIA 1RZMA 3BW3A 2RH9A 3LCFA 3NZRA 2QJHA 5D2YA 5C2XA 5D2XA 3M5YA 1SZGA 4FXRA 1C29A 2NXGA 1VGAA 1HUVA 2EPHA 4NU7A 5BNKA 1KFBA 1S3HA 1KFKA 2E6FA 1I4NA 1OG0A 3PBWA 3SI9A 2CLOA 2P0OA 2Y63A 5AC7A 3FEMA 4NJIA 1XI3A 5D38A 2X1TA 1N7KA 1O5XA 4MUZA 3HG4A 3R89A 4LC6A 1W5OA 1SO6A 1KFCA 3UNDA 2D73A 3C56A 3NAVA 3V1PA 3PM6A 3CEPA 3LXAA 4R33A 2QCCA 3TH6A 2QF7A 3N2MA 3S8HA 4M5PA 3UPWA 2Q3RA 2FLIA 3I7SA 3RU6A 3A5FA 3MHFA 1F6PA 2A2IA 4GBUA 4X9SA 3HGSA 3MI2A 4ORIA 5K9DA 1N8FA 4NT0A 1MXSA 5AB3A 4JICA 1FY6A 1VCFA 4JTUA 2ISVA 2ZDRA 1LCOA 3KX6A 1LLWA 3GB6A 4DXVA 2DJXA 1FDZA 1ZAIA 4Y6GA 3EWUA 1QNVA 1R47A 1H7WA 1K8XA 1PS9A 4LRTA 1HTIA 2E5CA 3OA3A 2XN1A 3PBYA 3W87A 4WJEA 3QMTA 4NXSA 1J5TA 3QW4B 1O94A 2NX3A 4O54A 4IMEA 2J9XA 3TDFA 4XKYB 4AHQA 2EF9A 4R53A 4IOTA 1M7OA 5FEZA 4GWEA 3VKJA 2JGQA 2C1HA 2WOQA 4N02A 2E5DA 3TNOA 4TMBA 1DV7A 4GXMA 1F05A 3FJLA 3NM3A 2JKEA 4UFIA 3BG5A 3ELFA 3N3MA 2XN0A 4O1DA 4O10A 2CLLA 1R46A 3QH2A 3O05A 3P82A 3SJ3A 4MYXA 3EEGA 1LBMA 3BO9A 1TPVA 4TMCA 1C9DA 3IIVA 1VH7A 3PSWA 3TE9A 3S9YA 2CZFA 2ZA1A 1TJPA 1YTDA 4O28A 2Q8ZA 4LV4A 3SR7A 2EAWA 3NVTA 4N9CA 3GDMA 1L9WA 3B0PA 5KZEA 3LDVA 3PAJA 4IQLA 1H7PA 2YFNA 4YXGA 3CQ0A 4FNPA 4FX8A 1QCWA 3RLUA 3W71A 1ICPA 3I6RA 1QPRA 4M7TA 2VEMA 5AHMA 4IX2A 1Q6LA 1RQHA 3DAQA 4POCA 4S1FA 1LZOA 1SZEA 1QO2A 2I1OA 1KTBA 3P7YA 3WJWA 3OVPA 4BFAA 5H2ZA 2QCMA 3NPUA 2CW6A 1Q3NA 3KRUA 3UWVA 5BMWA 1S5VA 1OJXA 4A2RA 1SUXA 2TMDA 3CIWA 4TU1A 1G4EA 4A2SA 1H61A 1KA9F 4JTSA 5K4ZA 3FFSA 3W9ZA 1WXJA 3STCA 3OEXA 4NXKA 4JX6A 2J88A 2OCZA 4N4QA 3W1XA 4CCDA 4JEQA 1G7UA 5F4XA 3P74A 1OFRA 1UUMA 1LP6A 5TIMA 2FPYA 1I2QA 3FYOA 4NJHA 3QMRA 5LHFA 3ABOA 1K7EA 3LTSA 6TIMA 3NQGA 1YTKA 2A21A 1XBYA 3W7OA 1IXPA 1ME9A 1WBHA 4UMBA 5G2HA 3S5OA 2QDHA 4A3UA 3LM7A 4KFOA 1ZJIA 1OFEA 4PEKA 3G1HA 2X2GA 3L2IA 3TK7A 1QPOA 4UNKA 3LGEA 1WYIA 1I2RA 4WUIA 1TPEA 1LDCA 3EXTA 2JGYA 2QR6A 1A5SA 1GG0A 2NWRA 5DCEA 1OK4A 4ZQMA 5LGZA 5D05A 3TUUA 2PRMA 4A29A 3CB8A 3UWYA 3N2XA 2ZBTA 2Z6JA 2QJGA 2UV8G 3M41A 1QMLA 4FXSA 1SO4A 4MYAA 3W70A 5F2IA 4ZQCA 2QCFA 4WZHA 3PSVA 3TCEA 4EIVA 1KBJA 4GE8A 4XTIA 1V5XA 1LRQA 3LTPA 5AHNA 3FKRA 3MYPA 2GJLA 2TPSA 3FLUA 4O18A 1R2SA 1NVMA 3EX1A 4UTMA 1SSGA 3LCHA 4Z08A 3THAA 3PULA 3F03K 4ADTA 2E09A 2Y7DA 4FIRA 1XUUA 2WQPA 2H6RA 2GQAA 4ZQPA 1M6JA 2YYTA 1ADOA 4GUGA 3USBA 1JR1A 1OFPA 5TBOA 1KM0A 2R91A 1LLZA 4N9BA 1HO4A 4JTGA 1K8YA 3S5NA 3HF3A 1NSJA 3W23A 4GC4A 5BW6A 1EWDA 3DFSA 4BK9A 5I3IA 3MMTA 5KITA 3WK1A 4GUJA 3TMLA 5CPMA 3GDTA 3CM4A 1CI1A 4Z0SA 3UPBA 2YZRA 3C2EA 3W2UA 2TYSA 3TROA 1VPXA 4CNPA 1QPNA 3M6YA 3Q94A 4QISA 4UTUA 3IIOA 1PVNA 2RKXA 2GOUA 5I3HA 3GZ3A 4E2DA 2A5HA 1VR6A 3RF9A 1G69A 2W79A 3MHUA 2YCEA 1SZNA 3B8DA 4JTEA 4NX5A 3SECA 1LBFA 3NA8A 4P2VA 1VQTA 3W1LA 5CPOA 4DPPA 3O6DA 3QSTA 2DZVA 3TQKA 2E68A 1KM5A 2RFGA 4MZ8A 3VNDA 3CWNA 4G1KA 4O0ZA 4Q33A 2B7QA 3LBMA 2ZTJA 1XM3A 1OK6A 5DN1A 3HPSA 4O16A 4I7WA 1SU5A 2E77A 2FPVA 1QFEA 3IVSA 5KSWA 3NL6A 3QC3A 5EA9A 4KWWA 1K03A 5HWMA 1KTCA 3TXZA 4LS2A 3WJSA 2VENA 3MW7A 2J24A 3NYZA 1Q45A 3W75A 1R30A 1JRBA 3E12A 5F2LA 5AHEA 4UTTC 4RXFA 3THQA 1F74A 3LB0A 2FIQA 3UY8A 3DGRA 1SQ7A 5D32A 2ZRWA 3S5ZA 1WDWA 1Z48A 1K3UA 1W3IA 4AB4A 1EWEA 2YW4A 4OHQA 1AL8A 4QJ1A 1JCNA 1HO1A 1XUZA 3WK0A 1LOLA 2G95A 5LZLA 3P60A 5D33A 3IGXA 3C2RA 1KM2A 3MO7A 3PUDA 1O60A 2C6QA 5D30A 1TRIA 3TJXA 4O0KA 3GDKA 1THFD 3HBLA 2YW3A 3C52A 3HMJG 4JTKA 4HPJA 1EB3A 1IGSA 3PG8A 4MLRA 2PURA 1M5WA 4DO6A 3LCXA 3NQ7A 1FCQA 1LYXA 3W2NA 2VXNA 3W7MA 3G8RA 3HG5A 3CWOX 1SW3A 2Y61A 4RKAA 2C19A 2QCNA 3DBPA 2ZZ7A 3HGJA 1DBTA 3W7DA 4H6KA 1VHNA 4AHPA 2E5BA 3HQ1A 5AYZA 3TW6A 1TQXA 1MEWA 4DBEA 3L66A 3L67A 4XBSA 3HIJA 3FJ6A 3BW4A 4JDBA 5IM51 3PBUA 4Y90A 1KFJA 4O1AA 1JCMP 2PRLA 3O06A 1SFLA 3EB2A 3GNNA 1LTDA 1XCFA 3RLVA 4AXKA 1GYNA 3GXNA 4YCOA 1PV8A 1YXYA 3L68A 2DZWA 1QAPA 1H5YA 4GUHA 4A22A 1T96A 1VCGA 3QQ0A 1OX5A 1GPWA 2QCLA 2Z2UA 1TTPA 4WY0B 5DCDA 5I3GA 3IIPA 4LS0A 4NZJA 3M16A 3EWXA 1GVSA 4M6VA 1AMKA 2FB3A 5HMSA 3QM3A 1I2NA 5K7JA 2GPTA 3F4NA 2EHHA 2NLIA 2QCGA 3F1QA 3W7KA 1U83A 3I7QA 3GK0A 1WA3A 4RXGA 1QR7A 5D04C 4OV4A 3CC1A 4O15A 2ZTKA 4N6EA 1UBSA 5FF2A 3SFKA 4ZVJA 5EBUA 4CQ8A 5HR6A 1OVDA 3D0CA 3DI1A 4HN4A 5FF7A 4WD0A 1UCWA 1PCWA 4O53A 1BTMA 3W72A 2V9DA 4O57A 4UFJA 3N19B 3PS7A 2FJKA 4EVZA 3FIGA 2GVGA 4GUIA 4PCFA 4HNTA 4L4LA 3HG2A 4GNJA 3UXAA 4IJBA 5FF3A 2YPIA 4Z0JA 3LOTA 1KV8A 2ZA2A 3RK8A 5HR7A 1YTEA 4HPXA 2ZZ6A 4UMCA 3W7JA 3B06A 3LBCA 5F2MA 3BVJA 3GYEA 3LERA 3ABQA 4K36A 4RR4A 3KRZA 5TQLA 1Q6RA 4D2JA 3VE7A 3UWZA 1YDOA 4DPQA 1SZFA 1DORA 2RDUA 1PHWA 3YPIA 1G7VA 2ZZ2A 3MJYA 1VC4A 1XC4A 3TSBA 3M9YA 1OFQA 3C6CA 4XUGA 2V2CA 1IIHA 3NEVA 1FWWA 2X1SA 1IIGA 3K30A 3O15A 2I9EA 3N34A 4MKNA 2V2HA 3DZ1A 2A4AA 2BSLA 1JRCA 3NO5A 1KBIA 1W8SA 4MZ1A 4ADSA 4BWLC 3ANYA 3UZ5A 2Z1BA 7TIMA 4U4MA 4JD4A 1KM3A 1NEYA 2FPTA 5CZTA 1QWGA 3STGA 3HB9A 3SZ8A 1VLIA 4FX6M 4WQ6A 1W0MA 3NQVA 2C18A 3QMSA 3NL2A 4O14A 4DQWA 1EP3A 3NQAA 5G1YA 3VFLA 5CSSA 3IGSA 1L2UA 1L6YA 4MOZA 3HPZA 1ALDA 3U8GA 1X6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5FF2A

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