The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LJ3 h; 2DTI A; 4PJO F; 3V8L A; 1M8V A; 5GMK j; 1YCY A; 3JCM h; 1I8F A; 4XTW A; 1Y96 B; 4M7D F; 4PJO C; 2E65 A; 5GAM j; 1JRI A; 1WNL A; 3EFR A; 3JCM V; 5GAM d; 4HT8 A; 4M7D C; 4PJO E; 4NOY A; 2I2L A; 2YHT A; 2DJZ A; 1U1S A; 3RUX A; 4C92 F; 3JCM b; 3QHS A; 4M7D E; 4M7A A; 2EWN A; 2RD1 A; 5LJ5 j; 4C92 C; 5LJ5 d; 3V7R A; 5GAN d; 4A53 A; 3FJP A; 4C92 E; 1HK9 A; 5GAN 6; 4N0A C; 3SWN B; 2FYK A; 4X9D A; 4RCB A; 5LJ3 g; 2DVE A; 4M75 A; 3RKY A; 4EMK B; 3JCM g; 3QUI A; 5GMK m; 4WF2 A; 3BW1 A; 2RB6 A; 3M4G A; 4F7U G; 4XU3 A; 1H64 1; 5GAN 2; 3GIB A; 1I5L A; 2RM4 A; 5GAN e; 2K57 A; 4XQ3 A; 5GAM f; 5GMK h; 2FB7 A; 5I21 A; 4A54 A; 4EMH A; 4PJO A; 4V2S A; 1D3B A; 4XU0 A; 3JCM J; 3SWN C; 1BIA A; 4M78 A; 4C8Q G; 3HSB A; 4M7D A; 2E64 A; 5GAM h; 5GAO r; 4DQ2 A; 3FIF A; 5LJ5 f; 4EMK C; 5GAN f; 4NL3 A; 2JN0 A; 3RER A; 5DY9 A; 5CAI A; 4F7U B; 2EJG A; 4C92 A; 4XTZ A; 5LJ5 h; 2YLC A; 4M7A G; 4NL2 A; 3JCM P; 4RCC A; 4C8Q D; 4N0A A; 3RES A; 5GAN j; 2VXE A; 3BFM A; 4C8Q B; 1KQ1 A; 2EAY A; 3V7C A; 3JCM c; 4F7U F; 1LJO A; 4JLI A; 4M77 G; 4XTX A; 2EJF A; 1I81 A; 1B34 A; 4J5Y A; 4Y91 A; 4M7A B; 5GAN 8; 4J6X A; 4J6W A; 4F7U E; 4XTY A; 3PGG A; 5LJ3 d; 2RA2 A; 2QTX A; 4C8Q F; 4EMG A; 5GAN 7; 4JRK A; 4HA8 A; 3JCM d; 4C8Q C; 5GAO n; 4M78 G; 4M77 D; 1N9S A; 2HNI A; 3L1A A; 3JB9 I; 1WQW A; 4C8Q E; 1N9R A; 1X01 A; 4PNO A; 4M77 B; 1KQ2 A; 3JCM W; 4QVD A; 4M7A F; 3RIR A; 4XTU A; 4MMK A; 1BIB A; 1U1T A; 3QSU A; 4XU2 A; 5LJ3 e; 5GAN h; 4QVC A; 2E41 A; 4M78 D; 3HFO A; 4XTV A; 3RKX A; 2CGH A; 3JCM e; 1M5Q 1; 3JB9 G; 2ZGW A; 1D3B B; 1Y96 A; 2DTO A; 4M78 B; 4MML A; 4M77 F; 3V7S A; 2YLB A; 5GAN 3; 1JBM A; 3JCM Q; 4F7U A; 2VXF A; 2DKG A; 3AHU A; 4M77 C; 4M75 G; 4HT9 A; 3QO3 A; 3JCM f; 1LOJ A; 2Y90 A; 4M7A D; 4M77 E; 4C92 B; 5GAM g; 5GAN 4; 3V8J A; 3JB9 D; 2E10 A; 3L2Z A; 2DEQ A; 4M78 F; 4C8Q A; 5LJ3 j; 5GAO l; 1WQ7 A; 5GMK l; 3SWN A; 5LJ5 g; 4JUV A; 4PJO G; 4M78 C; 5GAN g; 4M75 D; 4EMK A; 5GAO q; 1MGQ A; 4M78 E; 4M7D G; 4M75 B; 4JRI A; 3BY7 A; 2DTH A; 2DXU A; 1B34 B; 3BDU A; 1LNX A; 4X9C A; 3JB9 J; 5GMK e; 3JB9 F; 3HFN A; 4C92 G; 4M7A C; 1TH7 A; 5GMK i; 1WPY A; 4PJO D; 1HXD A; 3JCM X; 3EFS A; 5GAO p; 2EJ9 A; 4M7A E; 2E1H A; 1I4K 1; 4OP0 A; 2VC8 A; 4XU1 A; 5GAM e; 4M7D D; 4PJO B; 3V8K A; 4M75 F; 4J6Y A; 5GAO m; 4M77 A; 3VU3 C; 3JB9 H; 4M7D B; 4M75 C; 3INZ A; 5LJ3 f; 3RKW A; 5LJ5 e; 2DZ9 A; 2DZC A; 3SB2 A; 4C92 D; 4M75 E; 5GAN 5; 2DXT A; 3FB9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MCA B; 2RO0 A; 1YCY A; 1MMA A; 2C0T A; 5KE2 A; 2M1H A; 2JJ9 A; 1TUD A; 1Y7X A; 2K5F A; 4M7A A; 2QXF A; 1QP3 A; 2XMF A; 3CCV A; 4UC4 A; 2DMO A; 2HMA A; 4L5G A; 1Q82 U; 2ED0 A; 3M0T A; 3BW1 A; 1VQ7 T; 3GIB A; 2DET A; 3PIP A; 5CR2 A; 2O2O A; 4KGX B; 3E9F A; 1GRI A; 2LTO A; 2QA4 T; 3EG0 A; 3SFM A; 3E1S A; 3MEA A; 2C06 A; 4EMK C; 5CAI A; 5CKB A; 1JJ2 A; 1WI7 A; 1U8R A; 2OTL A; 3RES A; 4BI3 A; 2EAY A; 1K8A R; 3LH0 A; 3OYN A; 3CMA A; 1T3S A; 1YFN A; 3MPU B; 2EJF A; 4Y91 A; 1QVG P; 4HKE A; 2AZS A; 4RTV A; 2QTX A; 5EC7 A; 5GAN 7; 3DLM A; 4OML A; 3OMC A; 2MMP A; 4M7A F; 4LD6 A; 4Z02 A; 4M78 D; 3JB9 G; 2O4X A; 1NEG A; 5KYX B; 2ENM A; 2ZCF B; 1MV0 B; 2CP7 A; 3JCM f; 2Y90 A; 1MMG A; 4CC2 A; 2QEX Q; 1RI0 A; 4J9I A; 4PJO G; 2FEI A; 2YUN A; 1XOV A; 1PRM C; 3BY7 A; 2DXU A; 3I5S A; 1SSF A; 1U06 A; 2DFU A; 2DVJ A; 1G3S A; 5FWB A; 1UEC A; 5GAO p; 1YHQ T; 2MWO A; 2DRK A; 2F2W A; 4J9C A; 4M77 A; 1YN8 A; 5DLQ E; 4M7D B; 2JM9 A; 2ZPB B; 4M75 C; 2LNV A; 2FRY A; 5IHK A; 2XDB A; 2R5M A; 3EAE A; 5IN1 A; 2DD5 A; 2KE9 A; 2J6O A; 3CC7 T; 1WNL A; 1SSH A; 3EFR A; 4FW2 A; 3VS5 A; 1WHM A; 4AFS C; 2QAS A; 3G71 T; 1UG1 A; 2HQH A; 4B9W A; 7AT1 B; 1UUE A; 1AT1 B; 1ZUU A; 2RQU A; 1YJ9 T; 2BZX A; 3KXT A; 1X43 A; 1YIT A; 2K57 A; 2PUO B; 2DIQ A; 1Q86 R; 4XU0 A; 3OYD A; 4PJJ A; 2KQW A; 5GAM h; 1RI9 A; 2RQT A; 1M3B A; 2QG9 B; 3OYH A; 3X28 B; 5C0M A; 2R57 A; 2AHJ B; 4B9X A; 2A08 A; 5GAN j; 1U5S A; 1PHT A; 5CIU A; 4LE9 A; 3LGL A; 1AHJ B; 1YI2 Q; 1VQ6 T; 4XTX A; 2DD4 A; 3VKI A; 4FYY B; 3TU4 K; 1WXB A; 1O9S A; 1WLP B; 4HA8 A; 3RMS A; 1YCS B; 3CBP A; 3CCQ A; 1QKX A; 1IGU A; 2GFA A; 4QVD A; 2ROL A; 2E6N A; 4XTU A; 1UGS B; 2EIF A; 1QQJ A; 4DA4 A; 2P4T A; 5CQY A; 3PT9 A; 1K8A U; 2DTO A; 2RJE A; 2D8H A; 3EG1 A; 1VQO T; 3C4S A; 1SPK A; 5HK3 A; 3MET A; 4N4G A; 5FU6 B; 2QI2 A; 5LJ5 g; 1OU9 A; 2MOX A; 5GAO q; 1ZSZ C; 2KMT A; 1WXU A; 5IAY A; 2GCX A; 4KGV B; 3CPF A; 1VQL A; 1K9A A; 2JMA A; 2JM8 A; 2RK2 A; 1HXD A; 3OBW A; 3BDL A; 3P8B B; 3OA6 A; 1EZZ B; 3S3O A; 1OX8 A; 4EIK A; 1W70 A; 3RKW A; 2YUO A; 2V26 A; 1I8F A; 2K3B A; 1Y96 B; 1WYX A; 2LCS A; 1RAI B; 1B7T A; 2K79 A; 1D1A A; 5AT1 B; 1DJ7 B; 3JCM V; 1PD0 A; 2O01 E; 1KG1 A; 5I2M A; 1ZQ1 A; 3ULR B; 4A53 A; 3CCE A; 1RLP C; 4C92 E; 3M57 A; 3CC4 T; 4M75 A; 3I55 A; 2OI3 A; 4WF2 A; 3DKM A; 1VQ9 A; 2M0Y A; 1M4Z A; 1Q95 G; 4IUQ A; 2YXY A; 4M78 A; 4AFZ C; 2KYB A; 3OS1 A; 1AWO A; 4F7U B; 2EVR A; 2KT8 A; 4A4E A; 4LD9 K; 3OYC A; 4C8Q B; 2MK5 A; 2RN8 A; 2KNB B; 2K7A A; 2BKD N; 2PU9 B; 3ASK A; 1Q86 U; 2DXC A; 1AWX A; 1GCP A; 4AT1 B; 3CCS T; 4ME7 A; 2DL7 A; 1VQN Q; 2WAC A; 1UGR B; 2FPF A; 4MMK A; 4BY6 C; 2E41 A; 3TQ7 P; 3JCM e; 1E7O A; 3PFS A; 5IT9 E; 2ZGW A; 2LX9 A; 4KBM B; 2RI3 A; 1LOJ A; 4OGE A; 3EHR A; 2QQS A; 3G6E Q; 3L2Z A; 5LL6 S; 4M78 F; 4IUT A; 3UWN A; 5GAO l; 2P0P A; 2K4Y A; 2M9U A; 2VYT A; 2RHX A; 1NYF A; 1JXM A; 4DBR A; 3E9G A; 2O31 A; 3MO8 A; 1NLP C; 2D6F A; 5GMK e; 1BCM A; 3PVQ A; 1P92 A; 3TVT A; 3EG2 A; 3JAM E; 3H8Z A; 1QCF A; 1WGS A; 3H0F A; 3NPF A; 4C5E A; 1SG5 A; 4BB7 A; 1ZSZ A; 2V1Q A; 1K9M R; 4QQD A; 4PJO E; 1I0C A; 3CCU A; 3ER0 A; 1D0Z A; 2I2L A; 2R5A A; 1Y07 A; 4C92 C; 4DOV A; 2LVM A; 3QDF A; 1K8A C; 4LXC A; 1UJY A; 4II1 A; 1VYU A; 2X4J A; 3JCM g; 3CC2 A; 1YIJ A; 3EGU A; 1NJI C; 2FZK B; 2GQV A; 4BE1 A; 1R77 A; 4Q5W A; 3SWN C; 3GNF B; 2XD0 A; 1VQK A; 2ZZD A; 1YJW Q; 1VQP A; 2DAQ A; 1NG2 A; 1C6V X; 3QWY A; 2CZ6 B; 3VYH B; 1AD5 A; 5KYU A; 5KCO A; 3SEM A; 1Q7Y R; 4M7A B; 3VS2 A; 1A0N B; 3PGG A; 3HHT B; 3EG3 A; 3I56 T; 1E6G A; 2WSC E; 4RTU A; 2LRQ A; 2E12 A; 2HDA A; 4JZ4 A; 1VQ7 Q; 2YUP A; 2COW A; 4Z8A A; 1FX7 A; 2QA4 Q; 4QVZ A; 1PNJ A; 1VIF A; 2XIC A; 3UDC A; 1VOM A; 2OJ2 A; 4M7A D; 3H6Z A; 4MZT A; 1R8O B; 3S3N A; 2E10 A; 2KY9 A; 5GMK l; 1I5O B; 1WHL A; 4M7D G; 4MZP A; 2H8H A; 4P5N A; 2CUB A; 4E6R A; 4RKU E; 1QLY A; 1WZO A; 1K73 R; 1W6X A; 3CEY A; 2BIV A; 3Q1J A; 5GAO m; 2JTF A; 1RAC B; 3INZ A; 2RMO A; 2QAZ A; 2DZ9 A; 3SB2 A; 2L89 A; 4CRI A; 2K9G A; 1FWZ A; 5I11 A; 4KGZ B; 4B6M A; 2X35 A; 2Y4Y A; 2O4X B; 4PJO C; 2KT1 A; 3EG9 A; 1OZ2 A; 4Z89 A; 4DEY A; 1IB8 A; 1G8X A; 2ED1 A; 4LDU A; 2KI7 A; 3QKJ A; 4IUV A; 4E7H A; 3X26 B; 1PSE A; 1XQH A; 4HCC A; 3CCJ A; 1RAA B; 2DVE A; 1D09 B; 1QVF S; 2PNI A; 3M55 A; 4VUB A; 3KBG A; 1IHV A; 2Y4X A; 1RAD B; 2QDY B; 4BI4 A; 2AZV A; 1K9M U; 2R58 A; 1YHQ Q; 3FIF A; 4N4H A; 4ZTF A; 1WHG A; 1C0M A; 1SRL A; 2ZAE A; 4C92 A; 1KD1 R; 1NZ9 A; 2VAS A; 3JCM P; 2LCL A; 2EQJ A; 4PL6 A; 5KYW A; 3OB9 A; 2LJ3 A; 4KUL A; 2HL5 C; 3E2U A; 3G71 Q; 4XTY A; 3WVD B; 3CCR T; 3MP1 A; 2MF2 A; 2NUZ A; 1S72 T; 4M77 D; 4LUE A; 1VQ4 A; 1BBZ A; 4X34 A; 2VVK A; 1YJ9 Q; 3PIO A; 1OPL A; 5FU7 B; 2COZ A; 2GTJ A; 1KHI A; 2XHC A; 2ZPE B; 1Q7Y U; 2RI5 A; 2E5Q A; 2ECZ A; 2LX7 A; 1YJN A; 1KC8 C; 3M58 A; 3S3M A; 3EH2 A; 3CCM A; 3CBO A; 2DL8 A; 4JUV A; 2YT6 A; 3P8H A; 1QVF P; 1LPL A; 3CCL A; 1RLQ C; 2DIL A; 1VQ6 Q; 2ROT A; 4EPC A; 5KYN A; 4RTX A; 1HYO A; 1N27 A; 2FHD A; 5GJW B; 4JRQ A; 3KFV A; 1VQ8 T; 1JQQ A; 2BTT A; 3UAT A; 1MND A; 2GTO A; 3HPW A; 3PNW C; 1ABO A; 2CRE A; 3RMQ A; 2RHI A; 2E65 A; 2E3I A; 2MYS A; 2E6Z A; 2LC4 A; 2M02 A; 3NTI A; 3OY9 A; 1VQO Q; 1K73 U; 4K11 A; 4AG2 C; 3FJP A; 1QVG S; 4HXJ A; 5CK9 A; 5CKE A; 2HKQ B; 2HSP A; 2XU8 A; 1AWJ A; 4F7U G; 1BYM A; 2D1X A; 1VQM T; 3H0H A; 1KQS A; 4PJO A; 3JRZ A; 4C8Q G; 1H8K A; 1OOT A; 2SEM A; 3A8L B; 1K1Z A; 1CKA A; 1X2K A; 5LJ5 h; 1PWT A; 2F2V A; 3OQ5 A; 2RI2 A; 1UHF A; 5DM7 R; 1WHH A; 3V7C A; 2RNA A; 4J8O A; 2FG0 A; 1B3Q A; 3UF4 A; 1M90 R; 3FJ5 A; 4JJC A; 2RA2 A; 4JRK A; 2KGT A; 2HKN A; 3CC4 Q; 2M0O A; 4HVU A; 1KD1 U; 2EYW A; 5LJ3 e; 3TCJ A; 5CO7 A; 3VS3 A; 3HFO A; 5J26 A; 1M2V A; 3UT1 A; 4ELY C; 2FZG B; 1KHC A; 4MML A; 4M78 B; 3QWX X; 4PJL A; 1X6O A; 5GAN 3; 2G6F X; 4GBQ A; 3JCM Q; 2DKG A; 4PJN A; 3NFC A; 5I22 A; 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1QVG A; 2VGM A; 1UFF A; 3I56 Q; 1WA7 A; 1Q82 C; 1UHC A; 4MDX A; 3CCM T; 1GBQ A; 4XTW A; 2GF7 A; 1ZSG A; 4M7D C; 4E7K A; 5FW9 A; 2RJD A; 2V8I A; 4RTZ A; 4BI8 B; 5GAN d; 5KYY B; 3GBQ A; 1VQ5 T; 4QW2 A; 1B07 A; 1TG0 A; 3SDZ A; 3O8V A; 1YWO A; 2W0Z A; 1M3A A; 2X3W D; 4RMO A; 2GQI A; 2J6K A; 2DA9 A; 2XDD A; 4A54 A; 3GOX A; 3QJY A; 2OTJ T; 2DYB A; 2RH2 A; 2MPX C; 2HL3 A; 2LMJ A; 4F14 A; 4J9B A; 2GGR A; 3JSC A; 4BD3 A; 3EG9 B; 1EFN A; 1BI3 A; 2COY A; 4OGC A; 2K5I A; 4JJB A; 4JZ3 A; 3VUZ A; 3OYM A; 4F7U E; 3CME T; 1QP2 A; 2DL5 A; 4AMC A; 1PKS A; 2FPE A; 2X4X A; 5HK0 A; 2KK4 A; 3JB9 I; 4C8Q E; 2ESW A; 2KSS A; 3O5Z A; 4HCZ A; 3L2Q A; 5GAN h; 3MP8 A; 3RKX A; 2CGH A; 4LDV A; 4WTO B; 1VQN A; 5KH6 A; 2K5L A; 3CCV T; 2BZ8 A; 5HCK A; 4C92 B; 1VYV A; 2FL7 A; 1QW1 A; 2PUK B; 1QCN A; 2DRM A; 2DJQ A; 2DM1 A; 2YSQ A; 1OEB A; 2RJF A; 4JRI A; 3G6E A; 3HFN A; 4E7L A; 1AWW A; 2QTV A; 2OTL T; 3ME9 A; 5GAM e; 3A8G B; 3CCR Q; 1IRX A; 4M75 F; 2F5T X; 4GY5 A; 1S72 Q; 3JB9 H; 3J7A F; 3CMA T; 3LYI A; 4F16 A; 2DZC A; 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