The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
69
|
| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DTO A; 4JRI A; 4MMK A; 4OP0 A; 4C92 A; 4F7U F; 4XTW A; 5LJ5 d; 4J6W A; 1I4K 1; 3L1A A; 3JCM Q; 2FB7 A; 2EAY A; 5GAM j; 2VXE A; 5GAM h; 4XTV A; 3QSU A; 1LOJ A; 4M77 F; 5LJ5 j; 5LJ5 h; 4PJO B; 4M7A G; 1I5L A; 3GIB A; 4C8Q A; 2CGH A; 4M75 E; 4M78 E; 2RM4 A; 4EMK A; 3JCM b; 5I21 A; 3JCM W; 4JUV A; 4Y91 A; 4M7A D; 4EMH A; 3M4G A; 4M75 B; 4M78 B; 3JCM P; 1U1T A; 3JB9 F; 1BIB A; 1JBM A; 1WQ7 A; 4JRK A; 2DJZ A; 3RKY A; 3RES A; 3JCM d; 2RA2 A; 1YCY A; 4DQ2 A; 4M77 E; 4NL3 A; 4C8Q F; 5GAO p; 3V7C A; 3PGG A; 3JCM g; 4RCC A; 4M7A E; 4M7D A; 4M75 G; 4M78 G; 3V7S A; 2EJF A; 1JRI A; 1Y96 B; 3JCM c; 1WQW A; 2QTX A; 4M78 C; 4M75 C; 1KQ1 A; 4C92 E; 4M7A B; 4N0A C; 5GAM d; 3JCM f; 4M75 D; 4M78 D; 4WF2 A; 4EMG A; 1M8V A; 1LJO A; 5GAO q; 4C92 B; 4QVD A; 4M77 G; 5GAM g; 4HA8 A; 5DY9 A; 4M7D F; 1H64 1; 5LJ5 g; 2K57 A; 4M77 C; 1B34 A; 1N9S A; 2E65 A; 2FYK A; 3EFR A; 3L2Z A; 3RKW A; 3SWN B; 1N9R A; 4M77 D; 4PJO F; 4M7A C; 5GAM f; 4C92 G; 4XU3 A; 1D3B B; 3QUI A; 4EMK B; 5LJ5 e; 5GAN 8; 3JB9 G; 2E64 A; 5GAN 2; 5LJ3 d; 5GAO r; 5LJ5 f; 2E10 A; 3EFS A; 3HFO A; 4C92 C; 3SB2 A; 4F7U E; 5GMK m; 1HK9 A; 2DZ9 A; 3V8K A; 5LJ3 j; 5LJ3 h; 4C92 D; 5GMK h; 3QO3 A; 5GMK j; 3JB9 D; 3AHU A; 2EJ9 A; 4F7U B; 1KQ2 A; 4J6X A; 3SWN C; 1M5Q 1; 1X01 A; 3V8L A; 5GAN 7; 4M77 B; 4EMK C; 4NL2 A; 1I8F A; 4XTY A; 3JCM e; 4XTX A; 2DXU A; 4A54 A; 4PJO A; 3VU3 C; 3JCM V; 4F7U G; 5GAO m; 4A53 A; 3HSB A; 3BDU A; 2RD1 A; 4XU2 A; 4XU0 A; 5GAN 4; 3BY7 A; 2DEQ A; 2EJG A; 4C8Q E; 2YLB A; 4X9D A; 2VXF A; 4N0A A; 5GAN d; 5GAM e; 5GAN 6; 4C8Q B; 4M7D D; 2DTH A; 3FJP A; 3FB9 A; 4NOY A; 5GAN h; 5GAN j; 4QVC A; 3JCM X; 1LNX A; 5GMK i; 5GAN 5; 2YLC A; 4XQ3 A; 2DKG A; 2RB6 A; 1WPY A; 1Y96 A; 2VC8 A; 5GMK l; 5GAO n; 4HT8 A; 4M75 F; 4M78 F; 4C8Q G; 5LJ3 g; 4M7D E; 4M7A A; 2E1H A; 5CAI A; 2DZC A; 3RKX A; 4C8Q C; 1U1S A; 1HXD A; 5LJ3 e; 5GMK e; 4HT9 A; 4PJO E; 4M7D B; 4MML A; 4C8Q D; 3RER A; 5LJ3 f; 1WNL A; 2DTI A; 2DXT A; 1I81 A; 2DVE A; 3RIR A; 3JB9 I; 2EWN A; 3FIF A; 3QHS A; 3SWN A; 5GAO l; 4M7A F; 4JLI A; 2E41 A; 3RUX A; 4M7D G; 1D3B A; 1TH7 A; 3JB9 J; 5GAN 3; 4M75 A; 4M78 A; 4C92 F; 4V2S A; 4M7D C; 4XU1 A; 4PJO G; 1B34 B; 3V8J A; 2I2L A; 1MGQ A; 4RCB A; 1BIA A; 2JN0 A; 4X9C A; 4F7U A; 5GAN g; 4PJO C; 3JCM h; 4PJO D; 4XTZ A; 4M77 A; 3BW1 A; 4J5Y A; 5GAN e; 2ZGW A; 3BFM A; 2YHT A; 3JB9 H; 3HFN A; 4PNO A; 2Y90 A; 2HNI A; 3V7R A; 5GAN f; 3JCM J; 4XTU A; 4J6Y A; 3INZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DET A; 4OP0 A; 3VS0 A; 1MMN A; 2EAY A; 4C0G A; 5L23 A; 1WDX A; 2CP5 A; 2YUQ A; 5IAY A; 2VV5 A; 4ME7 A; 2RQW A; 1C6V X; 4LDX A; 5A0L A; 1BI0 A; 3PIO A; 1YI2 T; 3HL8 A; 3CXC A; 1PNJ A; 4C8Q F; 2ZZD A; 2XDP A; 4LN2 A; 2O9S A; 3D7S B; 4EMG A; 5FU6 B; 4QVD A; 1TU0 B; 3G4S T; 2LQK A; 1PD0 A; 4AG2 C; 1VQ5 T; 1E6H A; 3BE3 A; 3OYG A; 2D9T A; 1D0Y A; 1KD1 R; 2AZV A; 2HKN A; 2JW4 A; 1HSQ A; 2O01 E; 1FMW A; 3ASK A; 2RH2 A; 2A37 A; 2G3R A; 1K4U S; 4JDS A; 4M77 B; 4PJO A; 1AEY A; 3QWY A; 2J06 A; 1QVF S; 4ELY C; 1VYT A; 1ZX6 A; 2HL5 C; 1M1G A; 1OQK A; 2NLU A; 1VQM A; 5CK9 A; 4E7L A; 4HT8 A; 1WJR A; 3H0H A; 2KSS A; 1VQN T; 2RK2 A; 3PFS A; 3PMI A; 1IHW A; 3M9Q A; 3QDR B; 4JS4 A; 3NMZ C; 3THK A; 3M4Y A; 5HY6 A; 2DVE A; 3SWN A; 1QKW A; 3H9N A; 1SSF A; 2A3L A; 3EG9 B; 4AT1 B; 2EYW A; 3EGU A; 4ZNX A; 3X26 B; 1Q86 U; 2K3Y A; 2OTJ T; 3P8H A; 5GAN g; 1YIT T; 4EIK A; 1Q95 G; 4J9D A; 4GLK A; 2YUN A; 2DIL A; 2YRD A; 2XDB A; 2NYS A; 2JVV A; 3OS5 A; 5LJ5 d; 2GCX A; 3J81 E; 1RAH B; 5KYU B; 4ZTJ A; 2CDT A; 2KRS A; 2M0Y A; 1YP5 A; 3SDZ A; 3CC7 T; 4C0F A; 3G71 A; 5I21 A; 1VQO T; 3OBY A; 3TU4 K; 2LQN A; 1JJ2 A; 2RA2 A; 4HCB A; 3CBP A; 4FYY B; 4B6M A; 1NJI C; 5FWB A; 2J6K A; 3A8O B; 1N5Z A; 4OB3 B; 5C0M A; 3CD6 T; 3JCM f; 4BI8 B; 5GAO q; 2KAF A; 3I35 A; 4RUG A; 9ATC B; 3ZFJ A; 1NE8 A; 4OF1 A; 4RG2 A; 3ER0 A; 2FO0 A; 2JMC A; 2KYM A; 3R6O A; 3RBB B; 3SFM A; 3REA B; 1OZ2 A; 4AFZ C; 3OYL A; 4OMQ A; 3OMC A; 2OTL T; 2E6N A; 3JCM e; 1KK7 A; 2KDS A; 2LCC A; 3BDU A; 1QCF A; 2X4X A; 2DXB A; 3BY7 A; 1FMK A; 2YLB A; 5M9O A; 1M3A A; 2DMO A; 3A8M B; 4C8Q B; 2LT4 A; 3EAE A; 4QVC A; 1R0C B; 2FL7 A; 1AWX A; 1KG1 A; 2EBP A; 4KH1 B; 1G83 A; 1JXO A; 4C8Q G; 2EFI A; 3FJ5 A; 1VQ7 A; 4IUR A; 4CC4 B; 1YIJ A; 4IIM A; 2ROT A; 3OA6 A; 2CH4 W; 2LCS A; 2E41 A; 2ROL A; 2CP3 A; 1SRM A; 4BY6 C; 3CXC P; 1YJ9 Q; 2LJ1 A; 2GF7 A; 2RQR A; 1AD5 A; 1BIA A; 1QQJ A; 1X69 A; 2L3Q A; 1UGS B; 4X9C A; 2OTL A; 1PG5 B; 2IIM A; 2M02 A; 4N4G A; 3VJP A; 2OJ2 A; 4DEX A; 4KUD K; 3CEY A; 2MYS A; 4F17 A; 3M54 A; 4J9E A; 4JRI A; 3OBW A; 4C92 A; 2K7A A; 5GAM h; 3CCR Q; 2FHD A; 1M4Z A; 1UUE A; 2A0F B; 3JRZ A; 1KHI A; 2BZY A; 3CCU T; 2DD5 A; 3RNJ A; 3OYA A; 2JTF A; 2DD4 A; 3TSW A; 1SHF A; 2WSE E; 2ABL A; 3RES A; 5KCH A; 2WAC A; 1SHG A; 1Z9Q A; 1D0Z A; 2PNI A; 2F69 A; 3O8V A; 3UA6 A; 4O6J A; 1RI0 A; 4LDW A; 4BDZ A; 3MJX A; 4GBQ A; 4IUQ A; 3OW2 S; 2HSE B; 5GAO r; 5LJ3 d; 2FVU A; 1UGR B; 2EVR A; 1JU5 C; 4AG1 C; 5CVI A; 3GNG A; 1YWP A; 2HL3 A; 1N6A A; 5GAO m; 3G6E Q; 1VQ4 Q; 2D6F A; 4IUV A; 5GAN 4; 2QI2 A; 3A8H B; 1X43 A; 4X9D A; 2PQW A; 4J7I A; 2RJE A; 2P4R A; 4MDX A; 5CKF A; 3OYM A; 1AVZ C; 1GCQ C; 4IKF A; 2DBM A; 2B86 A; 2XU8 A; 3F70 A; 2DO3 A; 2KRM A; 3EG1 A; 5CAI A; 3QJ6 A; 1KQS P; 2EYQ A; 3N5B B; 2QXF A; 2KY9 A; 4C8Q D; 2X35 A; 1RLQ C; 3PIP A; 2HQX A; 2CZ1 B; 1YJN T; 1K9M U; 1NYF A; 4E7I A; 1M27 C; 2IPO B; 3EFO B; 1B34 B; 1KHC A; 3RR6 A; 2JT4 A; 3TCJ A; 3MP1 A; 2O9V A; 4M77 A; 3LWI A; 3BFM A; 2VUB A; 1TS9 A; 3CBM A; 1Q86 C; 2BZX A; 2D0Q B; 1MUZ A; 5IN1 A; 3DLL A; 1GRI A; 3MPU B; 4FIB A; 3VRY A; 1W1F A; 1MMG A; 1WQ7 A; 1ZBJ A; 1QVF A; 6AT1 B; 2ZPG B; 4CI0 C; 3E2U A; 2DF6 A; 4RTV A; 2AKL A; 4CC3 A; 1QWF A; 4Z89 A; 2KR3 A; 3EG9 A; 2L3P A; 3EHQ A; 4BDY A; 1VQK T; 4JRP A; 3MP6 A; 3L2Z A; 4C5I A; 3X28 B; 2NUZ A; 1KJW A; 3EFS A; 1TUD A; 1UDL A; 2A08 A; 1QVG A; 1G3W A; 3OYI A; 2CS7 A; 4OB1 B; 4JJD A; 2VGN A; 4QT7 A; 5KYU A; 2DAQ A; 3KUF A; 4CC7 A; 1M1K R; 1W70 A; 4D8K A; 3C12 A; 1R8O B; 1IRX A; 5CQX A; 2RD1 A; 5FWC A; 4E7J A; 1OU9 A; 2HAX A; 1RLP C; 2W10 A; 2VB6 A; 1K8A R; 1OV3 A; 2GFU A; 3GBQ A; 2LZ6 B; 2COW A; 4R56 A; 4LDV A; 4NOY A; 3QZ9 B; 2CT4 A; 3S3M A; 1YI2 Q; 4KBM B; 3H41 A; 5AYF A; 4L5G A; 3CCR T; 4BY6 B; 1RI9 A; 2RHY A; 1UE9 A; 4JJB A; 4KUI A; 2RJF A; 2CP0 A; 4M75 A; 4MZP A; 2JM9 A; 3G4S Q; 3EH2 A; 2NUP B; 2XID A; 1KQS S; 2KT8 A; 4FT2 A; 3E19 A; 1UTI A; 3QII A; 3I56 T; 2ZGW A; 2MK5 A; 2ECZ A; 2K5L A; 2LT1 A; 1YJ9 A; 2CKK A; 2LNV A; 2LVM A; 3UT1 A; 5LJ5 j; 3FEO A; 1NEB A; 4C8Q A; 2DYB A; 1VYV A; 3FRN A; 2K5I A; 4EMH A; 4LUD A; 2YRV A; 3I5R A; 7AT1 B; 4A4G A; 2EPD A; 3V7C A; 2DLP A; 3PGG A; 3HP9 A; 5KH6 A; 3G6E T; 2KRN A; 3A98 A; 4LE9 A; 1VQN Q; 2O2O A; 3I5S A; 3HKS A; 2LTO A; 1D1A A; 4M4Z A; 3CME T; 3OY9 A; 1ZHI A; 1H64 1; 2CRE A; 4C5E A; 2K57 A; 4JS5 A; 4ZGE B; 4D8D A; 2ED0 A; 3JB9 G; 2H3E B; 4FL6 A; 3HFO A; 2EW3 A; 3OYD A; 2P0P A; 5CCA A; 3M0S A; 2X4J A; 4IUP A; 2BUD A; 3LWH A; 1YIT Q; 2QA4 A; 1E6G A; 2YSQ A; 2HKQ B; 2HBW A; 4LDY A; 1AZG B; 1G5V A; 4XU0 A; 3EG3 A; 1Y57 A; 2EJG A; 2DL5 A; 3OQ5 A; 3OS2 A; 1K1Z A; 1O75 A; 2M9U A; 1X6B A; 3T9N A; 3DB3 A; 3CC7 Q; 1VQ4 A; 5AT1 B; 1VQO Q; 1SKU B; 2L0A A; 1CKA A; 2BE7 D; 3ZBD A; 4JRQ A; 4BI3 A; 1UB4 A; 3I55 T; 2RHX A; 4J9H A; 4EDU A; 1Y0M A; 2DTI A; 4E7S A; 1I81 A; 3FIF A; 2Z0W A; 3QZ5 B; 1K0X A; 1GBQ A; 2CH4 A; 3H6Z A; 2EQM A; 2SEM A; 2R5M A; 2M0O A; 3CCQ Q; 2MMP A; 1UHF A; 3VS5 A; 3OS1 A; 2BTT A; 5GAN e; 2ZPH B; 1K9M C; 2HNI A; 4JZ4 A; 3INZ A; 4QQ6 A; 1TTH B; 3OYN A; 2AKK A; 1G3T A; 4QQG A; 3GIB A; 1WLP B; 4M78 E; 3KFV A; 1OPK A; 1SEM A; 3E9F A; 4RKU E; 4DBH A; 4PFZ A; 2DJZ A; 3PE0 A; 4OMN A; 3M53 A; 5DLQ E; 1QVG P; 1H3Z A; 1YN8 A; 2VVK A; 5KYW B; 4N4I A; 1WQW A; 1W2B P; 3CCJ T; 2I0N A; 1Q81 U; 4DBQ A; 1WZO A; 1QP2 A; 3EGD A; 1QLY A; 4KT0 E; 4HA8 A; 3EFO A; 5LJ5 g; 3QXE B; 1B34 A; 3LX7 A; 3RKW A; 2V8K A; 5GAM f; 1PKT A; 1S72 A; 4XU3 A; 2EIF A; 2E64 A; 3L2U A; 5GMK m; 2ZPE B; 2AT1 B; 1OUL A; 5LJ3 j; 2SRC A; 3JB9 D; 1M90 R; 5KYX A; 1WA7 A; 4EMK C; 2KYB A; 2A36 A; 1H92 A; 2O4X A; 3VU3 C; 2A7Y A; 5L8R E; 3OSS C; 4K11 A; 1Q82 U; 5GAM e; 4F16 A; 1WXB A; 3CCU Q; 5GAN 5; 2YLC A; 3OMG A; 2P4T A; 1PCX A; 3RKX A; 1C1A A; 4KUL A; 4PJO E; 2E6Z A; 1AHJ B; 1UJY A; 1HYO A; 2KRO A; 2PTK A; 3HTR A; 3OYE A; 3U23 A; 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2P0K A; 2KXD A; 2VC8 A; 4M78 F; 5LJ3 g; 3X24 B; 3LLR A; 2KT1 A; 2FPE A; 1CSK A; 1HXD A; 5IH2 A; 4HT9 A; 1T3L A; 1Q7Y U; 1QVP A; 3RMS A; 3CC7 A; 3VUZ A; 2DXT A; 3RIR A; 5IHI A; 1VQO A; 3QHS A; 4AFU C; 5IXB A; 4A4H A; 2X3X D; 5GAN 3; 2GTO A; 4OMP A; 1VQK Q; 2I2L A; 3OYH A; 1RL2 A; 4PJO C; 3O5Z A; 3CD6 A; 4OMO A; 3CC4 T; 2DL4 A; 2FRW A; 4J5Y A; 2Y4Y A; 2Y90 A; 2HCK A; 2X4W A; 1WJS A; 1BI3 A; 4DBF A; 2L2P A; 3CMA Q; 2P84 A; 1NM7 A; 3CCQ A; 2F1L A; 2H3J A; 4XTV A; 1LOJ A; 1MV0 B; 1IGU A; 3MET A; 3CCM T; 2Y4X A; 3JCM b; 4Y91 A; 3CC2 T; 2FPD A; 4M7A D; 2DEU A; 4DA4 A; 1HJD A; 1SPK A; 3X20 B; 4E7K A; 2DXC A; 2RHI A; 2DFU A; 1NLO C; 2X4Y A; 4PLI A; 5CIU A; 4DQ2 A; 2O31 A; 5A0D A; 2HEQ A; 3M59 A; 4RCC A; 2KXC A; 3M56 A; 4C92 E; 1KQ1 A; 2EKH A; 1YBY A; 2D8H A; 3UA7 A; 3CBO A; 1VQ9 T; 1ZUU A; 4FW1 A; 5HCK A; 4DOW A; 2K5F A; 2XMF A; 4PJN A; 2E65 A; 3VRZ A; 4PJO F; 1WIE A; 3QUI A; 4EMK B; 1N8R U; 4HCC A; 1Q81 C; 5D7U A; 3TSZ A; 4AFQ C; 4A54 A; 3I56 Q; 4X1V A; 3KBG A; 4C0D C; 1PSE A; 1V1C A; 3HHT B; 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