The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M75 F; 2E41 A; 5CAI A; 3JCM V; 5LJ3 e; 4NOY A; 3EFR A; 1KQ2 A; 3BY7 A; 4C92 D; 2K57 A; 5GAN g; 4M7D C; 3JCM J; 3V8L A; 1I81 A; 4M75 E; 4M78 F; 4M7A D; 3QSU A; 5GMK i; 3JB9 G; 4XQ3 A; 5LJ5 h; 4C8Q B; 1X01 A; 4MML A; 2DTH A; 4M77 C; 4PJO F; 5LJ3 d; 3JCM c; 4XTX A; 2DXU A; 4JRI A; 4C8Q F; 4XTU A; 3JCM W; 1KQ1 A; 4M77 G; 5GAO m; 3V7C A; 5GMK m; 4PJO C; 5GAO p; 4M78 E; 5GAN e; 3JB9 H; 5GMK e; 3JCM b; 4JLI A; 3BDU A; 4M75 A; 3JCM h; 1Y96 A; 4XU1 A; 4F7U G; 4EMK C; 5GAN 6; 1D3B A; 1M8V A; 2EJG A; 1Y96 B; 2YHT A; 3RKY A; 4MMK A; 4C8Q E; 1D3B B; 4M7D A; 5LJ5 f; 2DZC A; 5I21 A; 3HFO A; 4HT8 A; 4M7D B; 1M5Q 1; 5GAM h; 4X9C A; 3INZ A; 4RCC A; 3BW1 A; 1WQW A; 2DXT A; 5LJ3 j; 3AHU A; 4JRK A; 4N0A C; 4Y91 A; 2EJF A; 4M7D F; 3JB9 F; 1JRI A; 2EAY A; 4M78 A; 5GAN j; 1WQ7 A; 2FB7 A; 5GMK j; 5GAN d; 4J6X A; 4M78 B; 4NL3 A; 3EFS A; 3QUI A; 1I8F A; 4M77 B; 1I4K 1; 3QO3 A; 3JCM f; 4C92 C; 4PJO A; 4M77 F; 4C8Q A; 1LNX A; 3QHS A; 4X9D A; 5GMK h; 4PJO B; 4M7D E; 2E65 A; 4XTY A; 3SB2 A; 4C92 G; 4XTV A; 4M7A C; 3M4G A; 4F7U F; 5GAM f; 3V7S A; 2DTI A; 1WNL A; 4RCB A; 4M7A G; 4QVC A; 2I2L A; 4HT9 A; 5LJ3 h; 1U1S A; 5GAO r; 4M77 E; 4XTW A; 4M75 D; 4EMH A; 4N0A A; 5GAN 5; 3FIF A; 3RKW A; 1HXD A; 5GAN 2; 1BIB A; 3RUX A; 4PJO E; 2DTO A; 2DVE A; 3JB9 I; 5GAN 8; 4XU3 A; 5GAN 7; 3RKX A; 4EMG A; 4DQ2 A; 2QTX A; 4QVD A; 5LJ5 g; 2VXF A; 2DJZ A; 3V8J A; 2Y90 A; 4J6W A; 4M78 D; 4C92 B; 1HK9 A; 2E10 A; 4HA8 A; 1I5L A; 3PGG A; 4M77 A; 4C92 F; 2FYK A; 1WPY A; 1BIA A; 4XTZ A; 3JCM P; 2YLB A; 2YLC A; 4NL2 A; 2EWN A; 4C8Q D; 4M7A F; 4F7U A; 5GAN h; 1N9R A; 5GAO q; 2JN0 A; 3VU3 C; 4F7U B; 3HSB A; 3JCM g; 4XU0 A; 3RES A; 1N9S A; 3RIR A; 4A53 A; 4C92 E; 4EMK A; 4PNO A; 5LJ5 e; 5GAN 3; 3JB9 J; 3SWN C; 4EMK B; 2E1H A; 5GAM g; 4V2S A; 3FB9 A; 4XU2 A; 4M7A E; 1H64 1; 2DKG A; 3GIB A; 3L1A A; 4M7D D; 2VXE A; 4M75 C; 4F7U E; 5GAN f; 2RA2 A; 3JB9 D; 3RER A; 3JCM e; 3BFM A; 4A54 A; 4M75 G; 5LJ5 j; 4C92 A; 5LJ5 d; 1YCY A; 5GAO n; 3L2Z A; 4M7D G; 5GAM e; 3V7R A; 4M77 D; 5GAN 4; 2VC8 A; 4M7A A; 5LJ3 f; 1U1T A; 1LJO A; 2E64 A; 4J5Y A; 4M78 C; 2DZ9 A; 4M7A B; 3V8K A; 1B34 A; 2EJ9 A; 3SWN A; 5LJ3 g; 1LOJ A; 4WF2 A; 5DY9 A; 4PJO D; 1B34 B; 4M78 G; 3SWN B; 1MGQ A; 3FJP A; 3JCM d; 2DEQ A; 2RD1 A; 2RB6 A; 3HFN A; 4C8Q C; 3JCM Q; 5GAO l; 5GMK l; 3JCM X; 4PJO G; 2RM4 A; 4JUV A; 4OP0 A; 4C8Q G; 5GAM j; 1JBM A; 1TH7 A; 2ZGW A; 5GAM d; 4M75 B; 2HNI A; 4J6Y A; 2CGH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QCO A; 4N4I A; 3UPU A; 1WHM A; 3SEM A; 4AT1 B; 2DM1 A; 4M75 E; 1FX7 A; 2H8H A; 1OZ2 A; 1IRX A; 2AT1 B; 3CXC A; 2DL4 A; 1YFN A; 1PNJ A; 4JJD A; 3LGF A; 3RR6 A; 4R0K A; 3X28 B; 1AZG B; 3BDU A; 3RMQ A; 2XDD A; 4N4G A; 2EJG A; 2LTO A; 1CSK A; 3H0I A; 1ABQ A; 1VIE A; 2K3Y A; 4RCC A; 3OYC A; 4RTU A; 4AFQ C; 3ME9 A; 8AT1 B; 1G2B A; 1I8F A; 2HL3 A; 1QCN A; 5HK0 A; 4X9D A; 1WNL A; 3FLG A; 1VYT A; 1UB4 A; 2RJF A; 2CSQ A; 1M90 U; 3JSC A; 1LCK A; 2DVE A; 6AT1 B; 1GBQ A; 1T3L A; 2RQW A; 2RJC A; 2OTL T; 1UGS B; 1PC0 A; 4DOW A; 1BYM A; 1HK9 A; 4IUR A; 4PLI A; 2P0K A; 3JCM g; 1SRM A; 2ED1 A; 4PLL A; 4J9E A; 3RMS A; 4M7A E; 2AK5 A; 5IH2 A; 3OYF A; 2HCK A; 3M59 A; 3NGP A; 2LJ0 A; 2O4X B; 3CD6 Q; 1UFF A; 4LDV A; 3CCE T; 3JAM E; 4D8K A; 1BCM A; 1WHK A; 4OB1 B; 1VQ9 Q; 3CCL T; 1LOJ A; 2SEM A; 5DY9 A; 4GLM A; 3OQ5 A; 1VQM Q; 1W2B S; 1RAG B; 2MOX A; 1WHG A; 2KXD A; 1K73 R; 1YHQ T; 2FG0 A; 3X24 B; 3CCR Q; 4KH1 B; 2B86 A; 2FZK B; 2EYX A; 4J9D A; 4DA4 A; 2D0Q B; 2FHD A; 4J7I A; 3REA B; 2X3X D; 3A8L B; 3OA6 A; 3A8G B; 2X35 A; 5LJ3 d; 1PSE A; 1BKB A; 1QVG S; 3OYB A; 3CCV A; 4F7U G; 3CPF A; 1QMC A; 4XU1 A; 1M1K U; 1VQ7 T; 1XTD A; 1QWF A; 4M7D B; 1RAH B; 4M7D F; 5FLX E; 4BAC A; 5GMK j; 1MND A; 1ZBJ A; 5L23 A; 4QQ6 A; 1GCP A; 3PNW C; 4LE9 A; 1OYX A; 2RHI A; 2MMP A; 3V7S A; 2DTI A; 1WZO A; 4HT9 A; 2PVG B; 1S72 A; 1UHF A; 3UWN A; 3TSW A; 1D09 B; 4EMG A; 1FXX A; 1OPL A; 2L2P A; 3I55 Q; 3RDV A; 2AKL A; 1RAA B; 3CCJ T; 7AT1 B; 2QEX Q; 3PMI A; 2OAU A; 5CKF A; 1M1F A; 2HZY A; 1JXM A; 1AWJ A; 2GTJ A; 4FW2 A; 4F7U A; 4XK8 E; 2XDP A; 2QDY B; 2EFI A; 2OJ2 A; 2HQH A; 3MHX A; 2E6Z A; 3EHQ A; 1D0X A; 2J6F A; 2I0N A; 5IHN A; 5I22 A; 2JS0 A; 4KUL A; 2R5M A; 3NTH A; 2WSF E; 1IXD A; 1AVZ C; 1LJO A; 3ASK A; 4IUP A; 5LJ3 g; 2V8K A; 1WX6 A; 1Q7Y U; 2HBP A; 4LD6 A; 2KRN A; 1K1Z A; 1QP2 A; 4LNP A; 1D1C A; 1W1F A; 1Q7Y R; 3G71 Q; 1XJW B; 1MNE A; 4B9X A; 1UGV A; 1YN8 A; 2LT1 A; 2DVJ A; 4B9W A; 3AT1 B; 1AWX A; 1ZBX A; 2LX7 A; 2ZZD A; 2EQM A; 5LJ3 j; 4FU6 A; 2D9T A; 2COY A; 1FMV A; 1SKU B; 3OW2 P; 2CDT A; 3I56 Q; 2CRE A; 4JZ3 A; 1QLY A; 4C8Q E; 5KYX B; 1X6G A; 3CCR A; 4HT8 A; 2RHY A; 2CZ0 B; 3THK A; 1UGQ B; 4LUE A; 3PIO A; 5I11 A; 1R77 A; 2GNC A; 3A8M B; 4ATO A; 4JLG A; 1JU5 C; 5FRN A; 1QQJ A; 2E65 A; 4DOV A; 1UTI A; 4B6M A; 3CMA A; 3R6N A; 3MJX A; 2CS7 A; 1VQ5 Q; 1NYF A; 1QKX A; 2EYW A; 2QAZ A; 5L8R E; 4M77 E; 2RK1 A; 3QJ6 A; 4QQD A; 2VUB A; 1IGU A; 1Q81 U; 4BY6 C; 2K5F A; 1NEB A; 1PWT A; 2EW3 A; 1QVF S; 2RQR A; 2V8J A; 2OTL Q; 4HCC A; 4Y92 A; 2LCC A; 4ZTF A; 2RI2 A; 3ZBD A; 2E1H A; 3C0C A; 1M4Z A; 2LT4 A; 4DBF A; 3CC4 Q; 2DD4 A; 2AIR B; 4A54 A; 2KI7 A; 3RNJ A; 1WHJ A; 1W6X A; 4KBM B; 3QBY A; 4II1 A; 1D1B A; 1VQP A; 3CCE Q; 3HFN A; 3PVL A; 2KY9 A; 3A98 A; 3G4S A; 2JTE A; 5GAM d; 2M16 A; 4J6Y A; 3VS6 A; 5CVI A; 2M51 A; 1VQ4 T; 4C92 D; 3EGU A; 2LJ1 A; 1VQL Q; 1YHQ Q; 4Y28 E; 5GMK i; 5EG2 A; 3CCV T; 3I5R A; 1RAD B; 4NL3 A; 3VS4 A; 3OYH A; 2DIQ A; 1M27 C; 4PJO C; 1K9M C; 4PKC C; 1RAB B; 4DEX A; 4HVU A; 1RI0 A; 1A0N B; 3CCQ Q; 2E3I A; 1TG0 A; 4FYX B; 1LVK A; 2EVR A; 3REB B; 2JOY A; 3PFS A; 4R56 A; 1JJ2 A; 1JRI A; 3EH2 A; 1JQQ A; 1UGP B; 3OW2 S; 2RK2 A; 3HL8 A; 2QK0 A; 1S72 T; 1M90 C; 2ZCF B; 4Q5W A; 2JM9 A; 3DB3 A; 1Q95 G; 2C06 A; 1U1S A; 3QDR B; 3I56 A; 2LQK A; 2DIL A; 4EMH A; 2IG0 A; 5KYW A; 4ZNX A; 1HXD A; 2A08 A; 4DBQ A; 1GFD A; 3G7Z A; 2LQ8 A; 4J6W A; 2FPE A; 3PGG A; 1WIE A; 1UUE A; 4DBR A; 2YLC A; 2DET A; 1RUW A; 1ZLM A; 4F7U B; 1O9S A; 2KYM A; 1B3Q A; 3CCJ Q; 9ATC B; 5GAM g; 1WHL A; 1VYU A; 3GIB A; 4JS4 A; 1LPL A; 2E6N A; 2C0I A; 5GAN f; 1NJI C; 3KFV A; 5LJ5 d; 2EQI A; 2O88 A; 1ARK A; 4OMM A; 2KQW A; 5FU6 B; 3X25 B; 1WJQ A; 1WI7 A; 4OMO A; 3H0H A; 2CP3 A; 2K2M A; 5GAM j; 1Y7X A; 5FWC A; 5IXB A; 4QVZ A; 3P8H A; 4F16 A; 1X27 A; 3CC4 A; 3RBB B; 1J3T A; 3HRS A; 2DD5 A; 1VQ9 T; 2A3L A; 1AD5 A; 1U3O A; 5CCA A; 4O6J A; 3DKM A; 1X01 A; 2O31 A; 4BI4 A; 2RQV A; 4EPC A; 1G3T A; 3CCR T; 3CCM Q; 1H92 A; 1I5O B; 1YWP A; 5HK3 A; 2EQU A; 2B8A A; 3AHU A; 4N0A C; 3T9N A; 4OF1 A; 1VQL A; 3CMA T; 1SG5 A; 4NS5 A; 1HD3 A; 4YTL A; 3QO3 A; 2CUB A; 4BI3 A; 4TVR A; 2YUP A; 2FRW A; 1ACM B; 2OTJ A; 3EG9 A; 1G5V A; 3M4G A; 5IHI A; 1GFC A; 3M4Y A; 3VYH B; 5DM7 R; 3R6O A; 3QII A; 1UEB A; 2XIC A; 4QKU A; 2DTO A; 5KCO A; 3HRT A; 4CC4 B; 3M9Q A; 3UDC A; 2QG9 B; 3QXE B; 3QWY A; 5LJ5 g; 4C92 B; 3MPU B; 4L59 A; 1HSQ A; 4C92 F; 2LX9 A; 4HKE A; 2EKO A; 4QT7 A; 4C0D B; 1OU9 A; 3D7S B; 4OVA A; 2QA4 A; 1TTH B; 4BD3 A; 3VUB A; 4JDS A; 3I55 T; 2VVK A; 2YDL A; 2VV5 A; 3VS3 A; 1H64 1; 2ROT A; 3HRU A; 1PKS A; 2HBW A; 2CT3 A; 2SRC A; 1VUB A; 5LJ5 j; 1VQP T; 3A1P A; 3L2V A; 3G4S T; 2HL5 C; 2L8D A; 3LYI A; 3U23 A; 2EJ9 A; 2L0A A; 3SWN A; 1T0H A; 1ZSZ A; 2PVD B; 1NG2 A; 3GLX A; 4C5G A; 3HKS A; 4FSX A; 3WVD B; 1GCQ C; 2K5L A; 2QYZ A; 1TU0 B; 2E41 A; 3LW5 E; 3S3O A; 4CC3 A; 5DLQ E; 4CC7 A; 1RI9 A; 2RQT A; 4QQG A; 2DL5 A; 3SD4 A; 4M7D C; 1YJW A; 2DYB A; 2BE9 B; 1AZE A; 2X4Y A; 3E19 A; 2YT6 A; 5KE3 A; 1K8A U; 2HKQ B; 3CPW A; 2A36 A; 2CT4 A; 5GAO m; 1ZA1 B; 5GAN e; 1KQS P; 3G71 T; 4C5I A; 1M5Q 1; 4RTW A; 2KRS A; 1VIF A; 1K9A A; 5KYU B; 2H3J A; 3FJ5 A; 2MCN A; 1T3S A; 3I56 T; 5GMK h; 3SB2 A; 2O2O A; 4BE1 A; 1Q81 C; 3CCM A; 2RJD A; 2R57 A; 4E7J A; 1GRI A; 1S72 Q; 4E7K A; 2LQW A; 4OGC A; 2PU9 B; 5KYX A; 1VQ6 A; 2KRM A; 5KYW B; 2E3H A; 4HCB A; 4AFZ C; 2XID A; 2DJZ A; 2JM8 A; 2Y90 A; 4M78 D; 2KT1 A; 1XOV A; 1VQ5 T; 2LCL A; 1PD0 A; 3LLR A; 2CP2 A; 1Q82 C; 2XK0 A; 4JS5 A; 2VGN A; 2DRK A; 1V76 A; 3A8H B; 3VKI A; 2LJ3 A; 4CRI A; 2K6D A; 4JRP A; 1WDX A; 3QZ9 B; 2CP7 A; 4J8O A; 1ZA2 B; 2KK4 A; 2E64 A; 1K9M R; 4HCZ A; 3VJP A; 2HSP A; 2E70 A; 1Z9Q A; 3CC4 T; 2PQW A; 3J7A F; 2RD1 A; 2RB6 A; 5FU7 B; 3JCM X; 3OS1 A; 2KT8 A; 4PFO A; 3CCS A; 2XDB A; 2X4X A; 3JCM V; 2CP5 A; 4A4K A; 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3CME A; 4E7S A; 1M3C A; 2EBP A; 3DLM A; 3BE3 A; 4M78 F; 2J7I A; 3QSU A; 4M7A D; 2ZPF B; 3TRE A; 4XTU A; 3ER0 A; 2BTT A; 4J83 A; 2VAS A; 1T0J A; 2EYZ A; 4FYV B; 2GTO A; 3LX7 A; 3M0Q A; 2DPP B; 2JT4 A; 2O9V A; 1SF9 A; 1PRM C; 4FL6 A; 1Q86 U; 2EAY A; 5D7U A; 4J6X A; 2PZ1 A; 3CCM T; 2DBM A; 4PFP A; 2LQN A; 4D8D A; 1G83 A; 3CC7 A; 4Z89 A; 1OUL A; 1OU8 A; 1OX9 A; 4C92 G; 1Q86 R; 4XTV A; 1Y57 A; 4C0G A; 2DRM A; 2X51 A; 1WXB A; 2MF2 A; 1PD1 A; 3EG0 A; 2IVW A; 5KE2 A; 4PJO E; 2FO0 A; 3LWH A; 2D0N A; 5CKD A; 1BI2 A; 1Y0M A; 2RQU A; 2QQR A; 4HA8 A; 1DJ7 B; 4QW2 A; 1KHI A; 3O8V A; 4JZ4 A; 4A4F A; 4DEY A; 2BE7 D; 3EG2 A; 2DFU A; 5GAN h; 4E7L A; 4FCY A; 3QPH A; 3H9N A; 2PNI A; 4KGX B; 5FU6 C; 5AYF A; 1OX8 A; 3MKD A; 2V1Q A; 4PJN A; 2YRV A; 4XU2 A; 2LMJ A; 1M2V A; 3UT1 A; 3GNF B; 1X2K A; 3WXM B; 2HSE B; 2JS2 A; 2JW4 A; 3M0S A; 2BIV A; 1IGQ A; 1N8R C; 4RTV A; 3JCM e; 4C92 A; 5GAO n; 1PG5 B; 1CKA A; 2RJE A; 4FM4 B; 3V7R A; 3CBP A; 1YIJ A; 1SHF A; 2NLU A; 3HP9 A; 4A4G A; 2IPO B; 3FJP A; 4LXC A; 3CCS T; 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