The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
75
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| sequence length |
83
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| chains with identical sequence |
p
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LJO A; 3SWN C; 5LJ5 e; 1M5Q 1; 2HNI A; 2YLB A; 4M7A G; 3V8L A; 1BIB A; 5LJ5 f; 4Y91 A; 3SB2 A; 4C8Q D; 2RA2 A; 3JCM d; 4A54 A; 4J6Y A; 4M77 F; 4DQ2 A; 5GAN 6; 5GAN 4; 4QVC A; 2DTH A; 4XTY A; 5GMK e; 2FYK A; 5GAO n; 1WPY A; 2EWN A; 3JB9 F; 5LJ5 g; 4M7D D; 4X9D A; 3V8J A; 1HK9 A; 5LJ3 e; 3RER A; 3JB9 H; 3V8K A; 4XU3 A; 5CAI A; 1I8F A; 1U1T A; 3QHS A; 4JRI A; 4XU1 A; 5LJ3 f; 4EMK A; 3RUX A; 3GIB A; 2K57 A; 1WQ7 A; 3BW1 A; 4C92 A; 3QSU A; 4N0A C; 2VXE A; 4M75 B; 2FB7 A; 3FIF A; 5LJ3 h; 5I21 A; 1Y96 B; 4M78 C; 4M75 C; 5LJ3 g; 5LJ5 j; 4N0A A; 5GMK l; 5GAN 8; 5GAO m; 4M7A A; 4PJO E; 4PJO D; 1MGQ A; 4M75 A; 5GAN 5; 1JBM A; 4PJO F; 1WQW A; 5GMK j; 3JCM e; 2DZ9 A; 3JCM V; 3JCM f; 4F7U G; 3QO3 A; 3QUI A; 2DJZ A; 3SWN B; 4XTU A; 4C92 F; 4M77 E; 4RCC A; 3VU3 C; 5GAN d; 4HT8 A; 4XTX A; 3JCM J; 4HT9 A; 4XQ3 A; 2E65 A; 4M77 D; 4XTV A; 3SWN A; 3RKW A; 4M75 G; 4M78 G; 3JCM h; 5GAN 2; 4M7A F; 3JCM g; 3JCM P; 1WNL A; 3JB9 D; 4EMH A; 5GAM j; 1M8V A; 1KQ2 A; 3JCM W; 2EJF A; 4V2S A; 3FJP A; 4C8Q B; 4PNO A; 5GAN 7; 3V7C A; 4C8Q C; 4F7U B; 4JRK A; 1D3B B; 3EFS A; 4C8Q A; 3RKX A; 3L1A A; 1YCY A; 4F7U A; 3AHU A; 1HXD A; 4M7D B; 4M78 B; 1D3B A; 2DXU A; 4QVD A; 4M7D C; 2RM4 A; 3BFM A; 2E64 A; 3L2Z A; 3V7R A; 1H64 1; 4A53 A; 5GAN e; 4M7D A; 4M78 A; 5GAN f; 1Y96 A; 5GAO r; 2EJG A; 4C92 E; 4WF2 A; 2VXF A; 4C8Q G; 2JN0 A; 2RD1 A; 4C92 D; 4M7A E; 5GAN h; 1LNX A; 4J6X A; 4M75 E; 5LJ3 j; 5GAN g; 4M7A D; 5GMK m; 4M7D G; 4XTZ A; 4M75 F; 4XU0 A; 5GMK i; 3RKY A; 3JCM X; 1I4K 1; 3HFO A; 4HA8 A; 2CGH A; 4XTW A; 4XU2 A; 2QTX A; 4M77 B; 1B34 B; 4M77 C; 2DTO A; 1JRI A; 3BDU A; 3JCM b; 2RB6 A; 3JB9 I; 3HFN A; 1B34 A; 4PJO G; 2Y90 A; 5GAN 3; 1BIA A; 2EJ9 A; 3EFR A; 5GAM d; 4EMG A; 4NL3 A; 3FB9 A; 2E41 A; 3HSB A; 4J6W A; 2DKG A; 4C8Q E; 4F7U E; 4M77 G; 1TH7 A; 2YLC A; 4J5Y A; 2EAY A; 3JCM c; 4C8Q F; 2E10 A; 3BY7 A; 2DEQ A; 4F7U F; 3JB9 G; 4M7D E; 3V7S A; 2E1H A; 2ZGW A; 4M78 E; 5LJ5 h; 5LJ5 d; 4PJO B; 2DXT A; 1N9R A; 4M75 D; 4M78 D; 5GAO l; 4EMK B; 4NL2 A; 4M7D F; 3RES A; 4PJO C; 4M78 F; 4RCB A; 4EMK C; 4PJO A; 2YHT A; 4C92 B; 4NOY A; 5GMK h; 1U1S A; 2VC8 A; 4C92 C; 1N9S A; 2I2L A; 1KQ1 A; 5GAO q; 3JB9 J; 4C92 G; 1I81 A; 4JLI A; 4M7A B; 3JCM Q; 5GAM e; 5GAN j; 4M7A C; 3RIR A; 5LJ3 d; 5GAM f; 4MMK A; 4X9C A; 3M4G A; 4OP0 A; 4M77 A; 2DVE A; 1LOJ A; 4JUV A; 4MML A; 2DZC A; 5GAO p; 2DTI A; 3PGG A; 1I5L A; 5DY9 A; 5GAM h; 5GAM g; 1X01 A; 3INZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCQ Q; 2L3S A; 1ACM B; 3UDC A; 4C0F A; 4J6Y A; 5GAN 6; 4RUG A; 2EW3 A; 3ZBD A; 1RAH B; 3PNW C; 1XNI A; 1OPK A; 4X1V A; 3MP8 A; 2BZ8 A; 3JB9 H; 2KR3 A; 4XU1 A; 2LJ1 A; 4JZ4 A; 2KYM A; 2YRV A; 1M27 C; 3G71 T; 4R0K A; 2DBK A; 4JJN K; 4C0D B; 2Y4X A; 3CME Q; 2NUP B; 1X43 A; 3M0U A; 1BCM A; 2L89 A; 1H3H A; 4RCC A; 1RAG B; 2OTL Q; 4JRQ A; 2E70 A; 2QG9 B; 2MMP A; 2R5M A; 2VUB A; 3MP6 A; 2J6F A; 4BE0 A; 3AHU A; 2CSQ A; 2NWM A; 2XID A; 3UAT A; 4RMO A; 2RMO A; 1UEC A; 1GCQ C; 1H64 1; 2HCK A; 5FU6 C; 3TSZ A; 1VQM Q; 2CUB A; 4KT0 E; 4BY6 B; 1GXI E; 1M1F A; 1Q82 C; 3QWY A; 3RR6 A; 1SPK A; 4KUL A; 1QVG S; 4LUE A; 2CP3 A; 3OYC A; 2QA4 Q; 5CKE A; 1OU9 A; 2JTE A; 2MK5 A; 1YHQ A; 3TSW A; 4E7Z A; 1QQJ A; 1JQQ A; 2LQ8 A; 3V7S A; 3A8L B; 4PJO B; 3GPL A; 2EQM A; 2K7A A; 2EGC A; 3A8M B; 4HVW A; 1K8A U; 3E19 A; 5C0M A; 4BDY A; 1VQP T; 1TUC A; 2K9G A; 1BB9 A; 4GBQ A; 1U1S A; 1Q81 C; 2I2L A; 4O6J A; 4M7A B; 2HMA A; 2QQS A; 2CP6 A; 3MKD A; 1RAD B; 2DIG A; 2L5Q A; 4JUV A; 5HK0 A; 2XIC A; 1I5L A; 1SSF A; 3M58 A; 2V8I A; 1NJI C; 3C0C A; 4P5N A; 3C94 A; 1IXD A; 3C95 A; 3CPW S; 2XI9 A; 2ZPB B; 1VQL T; 3JB9 F; 4C0Z A; 2AK5 A; 4HVU A; 1E7O A; 2XK0 A; 4BAC A; 4KUD K; 1F1B B; 1NBE B; 2LQN A; 1WQ7 A; 3A5Z B; 4IUT A; 3OYN A; 1UFF A; 3EGD A; 2J05 A; 5GAN 5; 1UB4 A; 2EYY A; 2MIO A; 1YP5 A; 2B86 A; 4C92 F; 2COY A; 4XQ3 A; 4IUU A; 1D0Y A; 3LYI A; 1ZA1 B; 3M54 A; 3PVQ A; 2MF2 A; 1PHT A; 2M02 A; 4OMQ A; 1WJS A; 4RTV A; 2EYZ A; 4C8Q B; 4JRK A; 3G71 A; 4LUD A; 2O88 A; 4OMF B; 3CCU A; 4DA4 A; 1PKS A; 2YSQ A; 4J9B A; 3OYB A; 2LC4 A; 1SRL A; 4AG2 C; 4ZGJ B; 3G6E T; 2HL3 A; 2P0Q A; 4M75 F; 1QVF P; 5J26 A; 2QDL A; 1YJN Q; 2V1Q A; 4E7L A; 3MET A; 4IUQ A; 5CQX A; 1JRI A; 3BDU A; 1TU0 B; 1MV3 A; 2DD4 A; 4J7I A; 1TTH B; 5CVI A; 5FRM A; 1I1J A; 2BKD N; 4HVV A; 4D8D A; 4OMP A; 4DBH A; 4F7U E; 1MND A; 4R56 A; 1LCK A; 1ZQ1 A; 5LL6 S; 1N8R U; 1MNE A; 2VAS A; 3A98 A; 4VUB A; 5CKD A; 4K11 A; 3RIR A; 2HD0 A; 1M9S A; 3FEO A; 1K9M C; 5KE2 A; 2GBQ A; 2F69 A; 1E6H A; 2ZPF B; 3M0P A; 1K0S A; 3QJ6 A; 5GAN 4; 1Z9Q A; 2C0I A; 3OW2 A; 1UGR B; 3CCJ T; 2ZPI B; 1VQP A; 4IUP A; 3EGX B; 3ZL7 C; 3GIB A; 1D0X A; 2DL7 A; 1XJW B; 1W6X A; 2CRE A; 2PVD B; 5LJ5 j; 4LDX A; 2XU8 A; 2DK3 A; 3CC7 A; 4IUV A; 3E1S A; 2QQR A; 2DZ9 A; 2NUP A; 4HXJ A; 3QJY A; 4PLI A; 4AFQ C; 1V1C A; 1Y07 A; 3MEW A; 2E65 A; 3CCM Q; 4M78 G; 1WHJ A; 1VQL A; 4ANJ A; 1YN8 A; 3ZFJ A; 4J9I A; 4LDU A; 2JTF A; 2CH4 W; 1QCO A; 4M7D C; 4JDS A; 2XKO C; 3CC2 Q; 3OYA A; 5FU6 B; 3SDZ A; 1TG0 A; 1QCN A; 4ESR A; 2QQB A; 4DBR A; 1GBQ A; 3MPU B; 4BI8 B; 3QZ5 B; 2NLU A; 8AT1 B; 3RKY A; 2XDP A; 2RHU A; 2E6N A; 2J7I A; 3OB9 A; 4E6R A; 2L0A A; 3JB9 I; 2ZPH B; 3HFN A; 5KYX B; 1FMK A; 2F5K A; 4EMG A; 2AZV A; 3PVL A; 2H3J A; 8ATC B; 2FEI A; 1QVF S; 4PFO A; 4CI0 C; 2C0T A; 4PK4 A; 3G6E A; 2KY9 A; 3P8H A; 4AFZ C; 1K73 C; 4M78 D; 4RCB A; 4EMK C; 3CCV Q; 4PJO A; 3KFV A; 3PTA A; 1VYU A; 3PGG A; 4ORZ A; 3J81 E; 2KI7 A; 3VRZ A; 4M7A G; 1G2B A; 4QVC A; 5GAO n; 1G3Y A; 3PFS A; 2VKN A; 4J9H A; 4LNP A; 4XU3 A; 3QWX X; 5CAI A; 4O5V A; 3FDR A; 3MJX A; 2IIM A; 4J8O A; 2XDB A; 4E2F B; 4KH0 B; 3VS7 A; 3A8O B; 4BUG A; 5GMK j; 2QAZ A; 4C5G A; 5L23 A; 2DXC A; 4XTV A; 3WXM B; 2GCX A; 3OYG A; 4B9X A; 2V8K A; 1M8V A; 2DNU A; 3CCJ A; 2EJF A; 2RF0 A; 3OS1 A; 4DEX A; 1FYN A; 2YT6 A; 4FU6 A; 4C8Q A; 4OGC A; 4OMM A; 1Y0M A; 2HSP A; 3VS3 A; 3X28 B; 2RM4 A; 3HHT B; 3OYK A; 4J9C A; 4C8Q G; 2F2X A; 2VVK A; 2QK0 A; 4KBM B; 4FYW B; 4M7A D; 5FWB A; 4AMC A; 3JCM X; 1N5Z A; 1CSK A; 1XTD A; 1YJ9 T; 3I55 Q; 3JCM b; 4AFU C; 2BZY A; 2DIL A; 5KCO A; 3JAM E; 3CCS T; 4Q5W A; 2WSE E; 5GJV B; 4BB7 A; 5C6S A; 1QLY A; 4OB1 B; 4J5Y A; 2EAY A; 3JCM c; 2A28 A; 2QEX A; 1BK2 A; 1M3A A; 4FCY A; 2RHY A; 3UWN A; 2EGA A; 2DBM A; 1QW1 A; 2VC8 A; 3NTK A; 3JV3 A; 5GAO q; 5ECA A; 4RG2 A; 4ZNX A; 4FL6 A; 2DZC A; 2GGR A; 1KG1 A; 1JXM A; 2KNB B; 3S3O A; 3OS2 A; 1YIT Q; 3SB2 A; 4C8Q D; 1VQN A; 3QXE B; 2LJ0 A; 2KRM A; 4L6V 5; 1CKA A; 4X9D A; 3MEA A; 3H6Z A; 2G6F X; 2IVW A; 2E12 A; 4DEY A; 1Q82 R; 2K57 A; 2JJ9 A; 3L42 A; 4C92 A; 3REA B; 2VV5 A; 5HCK A; 3H8Z A; 3BDL A; 3CQT A; 1WQW A; 3ER0 A; 3QO3 A; 3SWN B; 3VU3 C; 3QYH B; 4XTX A; 4OF1 A; 3RKW A; 4AG1 C; 3LH5 A; 2WSC E; 5L8R E; 3JCM P; 1Q82 U; 2JW4 A; 2RNA A; 1OPL A; 3ASK A; 3VJP A; 3HKS A; 2JS0 A; 1QKW A; 3ULR B; 2ED1 A; 1B07 A; 1VQ5 A; 1YIJ T; 4M7D B; 2DXU A; 2OTJ Q; 3BFM A; 1M3B A; 1E6G A; 1GCQ A; 1Y96 A; 1WYX A; 1NJI R; 2ZAE A; 2LJ3 A; 5IHN A; 2OI3 A; 4J9G A; 1Q81 U; 3HFO A; 3CD6 T; 2RN8 A; 4ZGE B; 1RUW A; 1IRE B; 2XG8 D; 2RJE A; 2E6Z A; 4D8K A; 3SHW A; 5KYX A; 1NJI U; 5KH6 A; 3CC4 Q; 3BE3 A; 1NYG A; 4Z02 A; 1W70 A; 4OMO A; 4PLL A; 4BI3 A; 2O01 E; 1M8M A; 4BDZ A; 4EMK B; 4C5E A; 1YJ9 A; 2EYQ A; 1VQ6 T; 1YWO A; 1VA7 A; 3CXC P; 3CCR T; 4JLI A; 1VYV A; 3PMT A; 1IB8 A; 1WHM A; 2CZ6 B; 5GAO p; 2CT4 A; 3CCS A; 4JPB W; 3A8G B; 1MHN A; 4N4H A; 3M53 A; 1GBR A; 3TEE A; 3UF4 A; 3CMA T; 4J9E A; 1KHC A; 3EFO B; 1EX4 A; 3LGF A; 4CC4 B; 3V8K A; 3RUX A; 3EAE A; 2DEU A; 5A0G A; 4QQ6 A; 2R5A A; 5KYW B; 1K0X A; 2E3I A; 1M30 A; 1WA7 A; 4PJO F; 2FRW A; 2K6D A; 5CQY A; 1YI2 Q; 3EG0 A; 2DJZ A; 4M77 E; 4HT8 A; 2Y4Y A; 3JCM J; 2A08 A; 5IHI A; 4M7A F; 1D0Z A; 2RK1 A; 2CKK A; 3NPF A; 2FG0 A; 2CSI A; 3SEM A; 2F5T X; 3HPW A; 1KQS A; 1NLO C; 5IH2 A; 7AT1 B; 3OYI A; 2DL5 A; 4M78 B; 4LD6 A; 3S3M A; 2XMF A; 1T3L A; 4QKU A; 3C4S A; 2DXB A; 2ED0 A; 3EG9 B; 1K9M R; 3CCU T; 1WJQ A; 3VS0 A; 3EH1 A; 1IRX A; 5J39 A; 4M75 E; 2RI5 A; 2P4R A; 1XOV A; 4XU2 A; 4E47 A; 1TSF A; 4M77 C; 1ARK A; 4FT2 A; 3CCL Q; 5KCH A; 3G4S A; 1YIJ A; 3Q1J A; 4GLK A; 4MZM A; 1JU5 C; 1K9M U; 2HKQ B; 2M1H A; 3EFR A; 1VUB A; 2E41 A; 5IXB A; 2MOX A; 4ZN1 A; 1MMG A; 2YLC A; 4C8Q F; 3GBQ A; 4IKF A; 3DKM A; 2JT4 A; 1M1K C; 3L2U A; 4Z88 A; 1Y71 A; 1YJW A; 3CD6 A; 2YWW A; 2QYZ A; 1VQO Q; 5I22 A; 1WHK A; 4HKE A; 1I81 A; 5GAN j; 1K8A R; 2K5I A; 1T3S A; 2LMJ A; 3OMC A; 1Q86 C; 1PC0 A; 5CCA A; 1LOJ A; 3S3N A; 2FVU A; 1VQ8 Q; 3NHN A; 2HNI A; 2YLB A; 1VQK Q; 3LWI A; 3CXC S; 1R0C B; 3L2Q A; 2A37 A; 2CYZ B; 3NTI A; 2YDL A; 2MAM A; 1AEY A; 3CCE Q; 1VQ9 A; 4FT4 A; 1VQ6 A; 3CCR A; 2DL3 A; 4J9F A; 1PSF A; 3BW1 A; 1D1B A; 3M0T A; 4N0A C; 3FIF A; 3I35 A; 2GQV A; 1KQS S; 2C06 A; 2DFU A; 3VS6 A; 3CC7 T; 3CCQ T; 4F7U G; 3QUI A; 1OX9 A; 2O9V A; 2V8J A; 3CMA A; 2JM8 A; 3SWN A; 2CZ0 B; 3M57 A; 3I56 Q; 1Q95 G; 2CS7 A; 3MP1 A; 1UHC A; 3FJP A; 3H0I A; 1JB0 E; 3M56 A; 1HXD A; 2RQR A; 2FZC B; 4QVD A; 1YCS B; 1JXO A; 4M7D A; 1RAB B; 3TCJ A; 2C0O A; 2AZS A; 1OOT A; 2JN0 A; 2OTL T; 3RBB B; 1ZSZ A; 2J06 A; 4R55 A; 1K73 U; 5LJ3 j; 1ZHI A; 4M7D G; 4BE2 A; 1VQ4 Q; 5GMK i; 1G5V A; 3NGP A; 3QKJ A; 3E9G A; 3MEV A; 5GJW B; 4OB2 B; 1S1N A; 4JS5 A; 2K5L A; 1QWE A; 3A1P A; 1KD1 C; 4NL3 A; 3HTR A; 2MYS A; 2DEQ A; 2KRN A; 5LJ5 h; 1N27 A; 5GAO l; 1EFN A; 3S6W A; 1PD0 A; 1KQ1 A; 2ABL A; 1RLQ C; 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