The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
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| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| total genus |
24
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FPD A; 1K76 A; 1NM7 A; 2CH4 A; 5ECA A; 2VKN A; 2JM9 A; 1ZX6 A; 1GCQ A; 1NLO C; 4FSS A; 5L23 A; 3VS6 A; 1S1N A; 2GBQ A; 2JT4 A; 4DEY A; 1W6X A; 2KR3 A; 4LUD A; 2ECZ A; 2FG0 A; 2LJ1 A; 4AFQ C; 2JM8 A; 1W70 A; 2A37 A; 2ESW A; 1KIK A; 1BU1 A; 4D8K A; 2KRN A; 2O2O A; 2K9G A; 4A63 B; 1WIE A; 4K11 A; 4WCI A; 2LJ3 A; 2KYM A; 4HVW A; 4Z89 A; 2EBP A; 4JPB W; 2YDL A; 1SRM A; 2KRS A; 3H0H A; 3M0Q A; 2HDA A; 2H8H A; 2DBM A; 4RTY A; 3I9Q A; 3EG0 A; 2EYW A; 1QKX A; 3H41 A; 1QWE A; 4J9G A; 2ED1 A; 2EPD A; 3GBQ A; 1QLY A; 2L3Q A; 2K6D A; 3I5R A; 2ED0 A; 1QWF A; 1WXU A; 4F14 A; 2KXD A; 2VVK A; 1AOJ A; 2RQU A; 4RTW A; 5FW9 A; 3UF4 A; 4J9B A; 1T0J A; 1AWW A; 1FMK A; 2KNB B; 2J6O A; 3UA6 A; 3M0R A; 2L2P A; 1B3Q A; 1UJY A; 1X2K A; 1WXT A; 3FJ5 A; 5IHN A; 1WFW A; 2YUQ A; 2V1R A; 1WYX A; 1OEB A; 4IIO A; 2VWF A; 2O88 A; 3VS5 A; 1AD5 A; 1HSQ A; 2EVR A; 1K0S A; 4HCK A; 1YP5 A; 1OOT A; 1SEM A; 1VYV A; 2YSQ A; 2L0A A; 2O9V A; 2CT3 A; 2ROL A; 3VS1 A; 3VRY A; 2KYB A; 2CDT A; 1U06 A; 2J05 A; 3PE0 A; 2DMO A; 1UEC A; 1BBZ A; 1I1J A; 2AZV A; 2V1Q A; 1K9A A; 2HCK A; 2EGA A; 1YWP A; 2HBW A; 1OPL A; 3QWX X; 4JZ3 A; 2KRM A; 1RI9 A; 2CSI A; 4RTX A; 3UA7 A; 1M27 C; 2J06 A; 2DL4 A; 3TSZ A; 3TSW A; 1VYT A; 1UGV A; 1B07 A; 4R0K A; 3KFV A; 4JJD A; 3H0F A; 1TUC A; 2JW4 A; 1PKT A; 2LP5 A; 4ORZ A; 4Y92 A; 2LZ6 B; 1G2B A; 1T3L A; 3U23 A; 1Z9Z A; 4AFS C; 2I0N A; 2GTJ A; 1AVZ C; 1T0H A; 1ZSG A; 2W10 A; 3M0S A; 2JS0 A; 1E7O A; 5IXF A; 1JXO A; 1Z9Q A; 1ZUU A; 2EYX A; 1G83 A; 4OMN A; 5HCK A; 1WDX A; 2CSQ A; 4AFU C; 3JV3 A; 3TVT A; 4J9C A; 2CT4 A; 3R6N A; 1SHF A; 2LQW A; 2K7A A; 1GBR A; 2KT1 A; 1ZUK A; 2GNC A; 4LN2 A; 4CC4 B; 2BTT A; 2YUN A; 1UE9 A; 5IHK A; 3NGP A; 4OMO A; 1RLQ C; 3REB B; 2C0T A; 1RLP C; 1WXB A; 2DL5 A; 1OV3 A; 1GCQ C; 2KE9 A; 1PRL C; 4RTU A; 2DL3 A; 2MOX A; 2KEA A; 4OMP A; 4Z88 A; 3RBB B; 1YCS B; 1M3A A; 2DE0 X; 2PZ1 A; 5EC7 A; 4DEX A; 4CC3 A; 2DJQ A; 1X6B A; 2JMA A; 1SRL A; 1JO8 A; 3REA B; 2M51 A; 4RUG A; 2AZS A; 3IQL A; 2JXB A; 1N5Z A; 1HJD A; 4LNP A; 3I35 A; 1W1F A; 1GFD A; 1UTI A; 4RTT A; 4OMM A; 4LE9 A; 2DIL A; 1E6H A; 1WA7 A; 2F2W A; 3M0T A; 5I22 A; 4OML A; 1NEB A; 1TG0 A; 1PKS A; 2B86 A; 2JTE A; 4IIM A; 1NG2 A; 1ZBJ A; 2YUO A; 1H92 A; 1MUZ A; 2LMJ A; 1SSH A; 3VS7 A; 2XMF A; 2EW3 A; 1AWO A; 3EG1 A; 1NYG A; 2J6F A; 2D0N A; 4RTV A; 1AWX A; 2RMO A; 2O9S A; 2GGR A; 4JJB A; 4AG2 C; 4F17 A; 2BZX A; 2AK5 A; 2RN8 A; 1U5S A; 3O5Z A; 2K79 A; 1A0N B; 1E6G A; 1UJ0 A; 2DL8 A; 1CSK A; 1KFZ A; 2KXC A; 2MIO A; 1RUW A; 2EKH A; 1UHC A; 1UFF A; 3NMZ C; 2MCN A; 2QDL A; 1VA7 A; 2FO0 A; 1ZUY A; 4JJC A; 1PWT A; 2BZ8 A; 1X43 A; 1FYN A; 2FRW A; 1EFN A; 3EHR A; 2F2X A; 2KBT A; 1PRM C; 1I0C A; 2RNA A; 1VYU A; 5GJV B; 3H0I A; 2FPE A; 1HD3 A; 5IXB A; 1GCP A; 1K0X A; 2DA9 A; 2CRE A; 3PVL A; 2ENM A; 3NPF A; 2AKL A; 2DBK A; 4GBQ A; 3VS0 A; 2LNH B; 2IIM A; 1X2Q A; 2EQI A; 1X27 A; 3M0U A; 4JZ4 A; 1NLP C; 3VS3 A; 2D8J A; 2X3X D; 4J9I A; 4X1V A; 4GLM A; 3SHW A; 5GJW B; 4Z8A A; 1U3O A; 2LQN A; 2D1X A; 2HSP A; 1MV3 A; 1M30 A; 2DF6 A; 2DRK A; 3THK A; 3EGU A; 4J9E A; 1TUD A; 2OAW A; 4AFZ C; 2DNU A; 1K4U S; 3EG3 A; 1AEY A; 1BB9 A; 2K2M A; 4OMQ A; 4RTZ A; 2EGC A; 2KT8 A; 5I11 A; 2C0I A; 2A08 A; 2KRO A; 2RQV A; 2PNI A; 2P4R A; 3A98 A; 3I5S A; 1UUE A; 1GBQ A; 2BZY A; 1Y57 A; 2ROT A; 2DX1 A; 1BK2 A; 3CQT A; 2FPF A; 2GQI A; 1H3H A; 2JS2 A; 1UDL A; 5IH2 A; 2O31 A; 1SHG A; 2RPN A; 2LX7 A; 1KJW A; 1AZG B; 1OPK A; 1X69 A; 4EIK A; 1J3T A; 2LCS A; 1V1C A; 1PHT A; 2M0Y A; 1K1Z A; 1T3S A; 3SEM A; 1WI7 A; 2AKK A; 3QWY A; 1GL5 A; 3PVQ A; 2FEI A; 5FWC A; 2SEM A; 1Y0M A; 4AG1 C; 1WLP B; 1JQQ A; 1X6G A; 3VRZ A; 3C0C A; 3RNJ A; 1IO6 A; 4J9F A; 1M8M A; 3M0P A; 4QT7 A; 2HEQ A; 2L3P A; 2DRM A; 2OI3 A; 2RQT A; 1GRI A; 1JXM A; 2J6K A; 1XOV A; 5IHI A; 2A36 A; 2J7I A; 1YWO A; 3EHQ A; 2CUB A; 4KRT A; 2PTK A; 1JEG A; 3VS2 A; 2DM1 A; 2OJ2 A; 1MV0 B; 4E6R A; 1ZLM A; 2FRY A; 1H8K A; 4ESR A; 1NYF A; 1AZE A; 4D8D A; 4CC7 A; 2EGE A; 1NEG A; 2E5K A; 2L3S A; 3NHN A; 2G6F X; 1LCK A; 2DVJ A; 1M3B A; 2ABL A; 3VS4 A; 2JMC A; 4J9H A; 1ABO A; 2SRC A; 2K3B A; 3EG2 A; 3LH5 A; 2GTO A; 1AWJ A; 2NUZ A; 4LUE A; 1CKB A; 1JU5 C; 1KSW A; 3ULR B; 2F2V A; 1ABQ A; 2RF0 A; 4HVV A; 2LJ0 A; 3ZL7 C; 4HXJ A; 2YT6 A; 3UAT A; 2DYB A; 2X3W D; 5FWB A; 2KGT A; 4M4Z A; 2D8H A; 2A28 A; 2CH4 W; 1CKA A; 2NWM A; 2EYY A; 1YN8 A; 2CUD A; 1M3C A; 1PNJ A; 4J9D A; 1ARK A; 2EYZ A; 1GFC A; 1I07 A; 2YUP A; 4F16 A; 1UG1 A; 1UHF A; 2C0O A; 1QKW A; 4ZNX A; 1QCF A; 4HVU A; 1SPK A; 4CC2 A; 2DL7 A; 2DLP A; 1WX6 A; 2W0Z A; 2RQR A; 2RQW A; 1YNZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FPD A; 4M78 E; 5ECA A; 2DPP B; 3OYJ A; 2JM9 A; 1ZX6 A; 3VS6 A; 4DEY A; 4RMO A; 2EJG A; 2LT1 A; 2ECZ A; 3TU4 K; 4RG2 A; 2A37 A; 2ESW A; 2QAS A; 2X4J A; 1KIK A; 4D8K A; 3CCJ A; 1VQK Q; 1VIE A; 2O2O A; 4FYW B; 4PJM A; 2E70 A; 1WIE A; 2LJ3 A; 1B34 B; 2KYM A; 3M55 A; 4JPB W; 4M7D F; 3EH2 A; 2KRS A; 3H0H A; 3M0Q A; 1KC8 U; 3JCM b; 4QQ6 A; 5GAN g; 2HL5 C; 3CD6 Q; 2DTI A; 5GAN 3; 3FLG A; 2XDD A; 3JCM V; 3I9Q A; 3FIF A; 1VQ9 T; 2EYW A; 2DTO A; 3UDC A; 2VV5 A; 2X4Y A; 2CP3 A; 3J80 E; 5I21 A; 1RAI B; 3CPW A; 2X4W A; 3QUI A; 3CCL Q; 2HMA A; 3KUF A; 4F7U F; 2L3Q A; 2K6D A; 1VQ7 T; 2VXF A; 1G3W A; 2KXD A; 2OTL T; 4FYV B; 3QG1 A; 2VC8 A; 3UF4 A; 4J9B A; 1T0J A; 1AWW A; 1FMK A; 2J6O A; 1VQP Q; 1Y96 B; 2L2P A; 1NJI R; 1UJY A; 1X2K A; 4PFP A; 3FJ5 A; 5IHN A; 2YUQ A; 3ASK A; 1VQL T; 2QYZ A; 3G71 Q; 1Q7Y R; 3GNF B; 1UEB A; 4NS5 A; 3E2U A; 3E9G A; 4N4H A; 3VS5 A; 2O88 A; 4EMG A; 1K0S A; 2YLB A; 4JS4 A; 3E1S A; 1YP5 A; 4X34 A; 1VYV A; 2PU9 B; 1D3B A; 1MMG A; 1KK7 A; 2ROL A; 2QQS A; 3QHS A; 3VS1 A; 2CDT A; 2DK3 A; 4M75 E; 1BBZ A; 3OY9 A; 4MMK A; 2V1Q A; 4O6J A; 4PJO B; 4PK4 A; 4M78 D; 2EGA A; 3E19 A; 1OPL A; 5DY9 A; 3MCA B; 4IKF A; 4RTX A; 3RKW A; 2J06 A; 1M2V B; 3PIP A; 3TSZ A; 3OYC A; 4LDU A; 1VYT A; 2L3R A; 2OAU A; 3NTI A; 4JJD A; 1TUC A; 2RI5 A; 1PKT A; 1N8R U; 2EFI A; 4FYY B; 1VQ7 A; 1Z9Z A; 3EFO A; 2I0N A; 2OTL A; 1T0H A; 1MMN A; 1WNL A; 1ZSG A; 1K9M R; 3VUZ A; 3QII A; 3CBO A; 1G8X A; 1O75 A; 1Z9Q A; 1G83 A; 2QK0 A; 5HCK A; 2R5A A; 4AFU C; 5GAO q; 1Q82 U; 2EJ9 A; 4PNO A; 2CZ6 B; 4J9C A; 3TVT A; 2BE9 B; 2K7A A; 1GBR A; 2GNC A; 1NJI C; 2MWO A; 1D09 B; 2FZC B; 2AHJ B; 1Q7Y C; 5GMK i; 2C0T A; 1W4S A; 1GCQ C; 1FMW A; 3CMA T; 3CXC A; 5GAN 7; 2QAZ A; 3I55 Q; 4J6W A; 1D0X A; 2MOX A; 4QQD A; 2CP2 A; 1YBY A; 4ZN3 A; 1ACM B; 2PZ1 A; 3CME T; 1M90 R; 1D0Y A; 1HK9 A; 4CC3 A; 2DJQ A; 5KE2 A; 2DIQ A; 5FU7 C; 2JMA A; 1TUG B; 1JO8 A; 4RUG A; 5GMK l; 4C92 A; 4L5G A; 3L2V A; 3CCJ Q; 1OX9 A; 4C0D C; 4M77 G; 1E6H A; 3EAE A; 1JJ2 A; 4OML A; 1VQ4 T; 3LX7 A; 4M75 D; 1YJ9 T; 1FMV A; 2MI6 A; 3UWN A; 4IIM A; 4C5G A; 1H92 A; 5CVI A; 1SSH A; 3FRN A; 2M02 A; 1K9M C; 2LCC A; 2KDS A; 3SB2 A; 1Q86 R; 2EW3 A; 2QQR A; 1PSE A; 4NOY A; 8ATC B; 3EG1 A; 2J6F A; 1AWX A; 2X4X A; 2O9S A; 3ER0 A; 1IRX A; 4EMK A; 4KH0 B; 4F17 A; 4MZP A; 2AK5 A; 3CC4 A; 9ATC B; 1RAG B; 2DL8 A; 1CSK A; 3CMA A; 1UHC A; 3S6W A; 3NMZ C; 2DD5 A; 2QDL A; 2FO0 A; 2DAQ A; 4BI3 A; 2BZ8 A; 1FYN A; 4PFO A; 4BY6 B; 3EHR A; 1I0C A; 3CME A; 5GJV B; 3H0I A; 4PJL A; 4FYX B; 2FPE A; 5GAN 4; 2HKN A; 3QBY A; 5HKC A; 1M90 C; 3PVL A; 2CRE A; 1IRE B; 2ENM A; 2FL7 A; 2X35 A; 4XAX B; 1IZ6 A; 1BCM A; 3M0U A; 4JZ4 A; 1VQ4 A; 1D3B B; 1JB0 E; 1VOM A; 4Z8A A; 3WVD B; 1ZSZ B; 2E64 A; 1QVP A; 2HSP A; 2DVE A; 2EYQ A; 3L2Z A; 4M75 C; 2DF6 A; 3DB4 A; 4FCY A; 2DRK A; 3WVE B; 1P92 A; 1VQ9 Q; 4HCZ A; 2DNU A; 4E7S A; 1Q86 C; 3SWN C; 2EGC A; 2KT8 A; 1VQ7 Q; 5I11 A; 2C0I A; 5LJ5 f; 4PJO D; 4M7A C; 2RI2 A; 1SSF A; 2OTL Q; 2P4R A; 1GBQ A; 2BZY A; 1Y57 A; 2B8A A; 5FRM A; 3EFO B; 2JS2 A; 3S3M A; 3RR6 A; 3L2U A; 4GY5 A; 2VB6 A; 2LQ8 A; 3KBG A; 4XTW A; 4E7L A; 2RPN A; 4MZT A; 2LX7 A; 2LCS A; 2M0Y A; 1K1Z A; 5FU6 B; 5HY6 A; 2AKK A; 3QWY A; 4E7J A; 1Q81 R; 1WLP B; 2K2V A; 4OB3 B; 1VIF A; 3OYH A; 4XU0 A; 4OVA A; 2JVV A; 2HEQ A; 2RQT A; 5CKF A; 5KYY A; 3JB9 H; 3GF5 A; 1M4Z A; 5GAN 8; 1YWO A; 3WXM B; 4KT0 E; 3L1A A; 2RI3 A; 1JRI A; 4HCC A; 2F5K A; 1G3S A; 1KQ2 A; 2RJC A; 4KGX B; 4O5V A; 5GAM e; 5CO7 A; 1VQ8 T; 2R58 A; 4A53 A; 4C92 B; 2LDM A; 2E5K A; 3LLR A; 2DIG A; 5DLO A; 2YRV A; 4WTO B; 2ABL A; 1XJW B; 2VGM A; 2JMC A; 1WPY A; 1ABO A; 2GCX A; 2IPO B; 2RJE A; 3EG9 A; 5KYW A; 3A8M B; 1JU5 C; 3C4S A; 1M1K U; 3ULR B; 3CC4 Q; 1ABQ A; 2H3E B; 3I56 T; 2A7Y A; 3ZL7 C; 2YT6 A; 2X3W D; 2KGT A; 3CMA Q; 4EMK B; 3PIO A; 1O9S A; 2NUP A; 1CKA A; 3ZBD A; 2HL3 A; 1Q81 C; 2NWM A; 1Q95 G; 3CCR T; 1G5V A; 1ZA2 B; 3CME Q; 1GFC A; 5CKD A; 2IVW A; 4ZNX A; 1QCF A; 1KD1 C; 3X24 B; 1VQ8 A; 4HVU A; 3LWI A; 2DLP A; 1VQ4 Q; 2RQR A; 5KCH A; 2DJZ A; 1YNZ A; 1NM7 A; 2MAM A; 3L42 A; 4M7A A; 2K4Y A; 3OYI A; 5A0G A; 2GBQ A; 1H3Z A; 3JB9 J; 2RJD A; 2KR3 A; 4LUD A; 2JM8 A; 1W70 A; 2M1H A; 4ZTF A; 4PFZ A; 5LJ3 h; 4C5E A; 4Z89 A; 1X75 C; 2EBP A; 3I56 A; 4DA4 A; 2PUO B; 4DBR A; 2YDL A; 4C8Q E; 3A8G B; 4A4F A; 4B9W A; 4X9C A; 3A8H B; 3A8L B; 3CCR A; 1WHK A; 1OZ3 A; 1PSF A; 4ZN1 A; 4C5I A; 4F7U B; 5KH6 A; 3M53 A; 3OYG A; 4ELY C; 3L2Q A; 1QWF A; 1WXU A; 2CZ0 B; 4GLK A; 4F14 A; 5GMK e; 4RTW A; 3CPW P; 1IB8 A; 2P84 A; 4LXC A; 2KSS A; 5LJ3 e; 1R77 A; 2KAF A; 1YIJ T; 2V8K A; 4HA8 A; 3UA6 A; 2CKK A; 4JDS A; 4C92 F; 4M77 A; 4B9X A; 3A8O B; 1WFW A; 2V1R A; 3R6O A; 2EQK A; 3JCM h; 1OEB A; 2VWF A; 3HL8 A; 5FLX E; 1AD5 A; 4HCK A; 2CP0 A; 1OOT A; 3QSU A; 4R56 A; 2DXC A; 3OS0 A; 2O9V A; 4C0Z A; 1QVF A; 2CT3 A; 2E5Q A; 3PGG A; 4QQG A; 2HQE A; 2IG0 A; 2BKD N; 4JRI A; 3QZ5 B; 2XG8 D; 1QQJ A; 1I8F A; 4KUD K; 1YCY A; 2MWP A; 4X9D A; 3C95 A; 3VKI A; 2NYS A; 2CSI A; 2ZPI B; 3FDR A; 3H9N A; 2CGH A; 4C0F A; 2QQB A; 4M7D E; 1UGV A; 1B07 A; 4C92 D; 3PNW C; 2YWW A; 2LP5 A; 2KMT A; 4Y92 A; 3H8Z A; 3EG9 B; 5KYW B; 2CP5 A; 3INZ A; 3CCE T; 2YRD A; 2COY A; 4AFS C; 1AVZ C; 3SFM A; 3M0S A; 2D9T A; 5IXF A; 1YIJ A; 1PD0 A; 3HFN A; 4F7U E; 3JV3 A; 2NUP B; 2K5L A; 2CT4 A; 1SHF A; 2QQ9 A; 2Y4Y A; 2LQW A; 1VQ6 T; 4LN2 A; 4CC4 B; 1YIT T; 2BTT A; 5IHK A; 1UE9 A; 3G6E T; 1FX7 A; 2FZG B; 3PTA A; 1RLP C; 1VQ8 Q; 1WXB A; 1TOV A; 2DL5 A; 3JCM d; 4RTU A; 4R55 A; 5EG2 A; 3OSS C; 2DL3 A; 2KEA A; 4ME7 A; 1M8V A; 3RBB B; 2E41 A; 3CXC P; 1XTD A; 3MJX A; 1WHH A; 3JB9 D; 4PJN A; 1SRL A; 5CQY A; 5GAN j; 4TVR A; 1G3Y A; 2M51 A; 3RMS A; 4DQ2 A; 3CCS A; 1RAF B; 2JXB A; 1N5Z A; 3X28 B; 3M4Y A; 3I35 A; 1W1F A; 5LJ3 g; 2K5F A; 3I56 Q; 2DIL A; 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