The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
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| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| total genus |
16
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JMC A; 2HSP A; 2NUZ A; 1YNZ A; 2H8H A; 2CH4 A; 3REA B; 5I22 A; 2ENM A; 1B3Q A; 4IIO A; 1Z9Z A; 2YUO A; 4OMO A; 1XOV A; 1SHG A; 2CRE A; 2YDL A; 1HJD A; 4AG2 C; 1ZX6 A; 2I0N A; 1NG2 A; 1M8M A; 1G83 A; 4RTY A; 1V1C A; 4F17 A; 4WCI A; 2DL3 A; 3M0R A; 4J9E A; 3ZL7 C; 2DRK A; 2DMO A; 2RMO A; 1AWW A; 1YP5 A; 4KRT A; 4CC2 A; 1RUW A; 4DEY A; 1QWE A; 3VS2 A; 4F14 A; 2K7A A; 2LQW A; 3SEM A; 3KFV A; 1ZBJ A; 2W0Z A; 1U3O A; 3GBQ A; 4AFU C; 2DL4 A; 1BU1 A; 1G2B A; 4JPB W; 2DBK A; 1K0S A; 1BK2 A; 1PHT A; 2NWM A; 4GBQ A; 4RTV A; 4ESR A; 2KRO A; 2OI3 A; 2LNH B; 2F2W A; 1WI7 A; 5FWC A; 4Z88 A; 1AWX A; 1WA7 A; 1Y57 A; 3IQL A; 1WFW A; 3PVQ A; 2HBW A; 2CT4 A; 1EFN A; 4HCK A; 4HVU A; 2DL8 A; 1NM7 A; 3PVL A; 1JQQ A; 2DIL A; 5IXB A; 5HCK A; 3TVT A; 2KT1 A; 2C0I A; 1OEB A; 1OPL A; 2EYX A; 2EYY A; 4JJC A; 4AFZ C; 1KIK A; 2DA9 A; 1M30 A; 1ZUK A; 2EGC A; 2EW3 A; 3M0S A; 1M3B A; 1I07 A; 3M0T A; 2AKK A; 4D8D A; 2JMA A; 2AK5 A; 3TSW A; 4E6R A; 1K4U S; 2KE9 A; 1UHC A; 2K6D A; 3EG0 A; 1YCS B; 4RTT A; 1QLY A; 4IIM A; 2JS0 A; 2VVK A; 1Z9Q A; 2DX1 A; 1UE9 A; 4HVV A; 4J9B A; 2KXC A; 2LJ3 A; 2L0A A; 5ECA A; 4CC3 A; 2DJQ A; 3H0F A; 3M0U A; 2D8J A; 2FO0 A; 2L3P A; 4RUG A; 5IHI A; 1UDL A; 1UEC A; 2KR3 A; 1X6B A; 2ECZ A; 2DLP A; 2FG0 A; 2DNU A; 1AD5 A; 1W70 A; 3H0I A; 1K1Z A; 2D8H A; 2GBQ A; 4LUE A; 5IH2 A; 1H8K A; 2X3X D; 2KYM A; 5IXF A; 1UHF A; 3TSZ A; 3U23 A; 1E6H A; 2O2O A; 2L3Q A; 3VS1 A; 1UFF A; 1M27 C; 2FEI A; 1CKB A; 3A98 A; 2J6K A; 1I1J A; 1UTI A; 1WYX A; 2JXB A; 2YSQ A; 2AZV A; 1IO6 A; 2FPD A; 2EQI A; 1WXU A; 3C0C A; 4CC7 A; 1KFZ A; 3EGU A; 2K2M A; 1JO8 A; 4J9H A; 3VS0 A; 1TG0 A; 1N5Z A; 2RQW A; 2AZS A; 4HXJ A; 1ABQ A; 1JU5 C; 3M0P A; 1MUZ A; 4JJD A; 1HD3 A; 4RTZ A; 5IHN A; 1JXO A; 2O9S A; 2EGA A; 2DF6 A; 2KXD A; 2SEM A; 1UG1 A; 3VS4 A; 2ABL A; 1PWT A; 3VS6 A; 1B07 A; 4RTX A; 4F16 A; 4J9I A; 2DL7 A; 1UJY A; 3VRZ A; 1PRL C; 3H0H A; 4R0K A; 1YWO A; 1ARK A; 2RF0 A; 3LH5 A; 2JM8 A; 2PZ1 A; 2LX7 A; 1GBR A; 2EKH A; 2J7I A; 2SRC A; 2V1Q A; 4K11 A; 4A63 B; 3O5Z A; 3QWY A; 4J9G A; 1W6X A; 3VS7 A; 4JZ3 A; 3VS5 A; 4ORZ A; 1ABO A; 2HEQ A; 2LJ0 A; 1S1N A; 2HDA A; 1PKT A; 5GJW B; 1AOJ A; 3UA7 A; 3I5S A; 1TUD A; 2DE0 X; 1UUE A; 3JV3 A; 4J9D A; 1CKA A; 1U06 A; 1WXT A; 2KRS A; 1AWJ A; 3EG1 A; 1PRM C; 2DM1 A; 2A36 A; 4Z89 A; 2KEA A; 2LJ1 A; 2RN8 A; 2HCK A; 1GBQ A; 1GCQ C; 3UF4 A; 2O9V A; 1GFC A; 1SSH A; 2LMJ A; 1UJ0 A; 1E6G A; 1YWP A; 1AVZ C; 4RTW A; 2JTE A; 1OPK A; 1NYF A; 1QKX A; 2GQI A; 5GJV B; 4GLM A; 1GCP A; 3THK A; 3EHR A; 2KRN A; 2LZ6 B; 3VRY A; 2ROT A; 1OV3 A; 2CUB A; 1ZUY A; 2YUN A; 2O88 A; 4JJB A; 1VYU A; 3UA6 A; 4EIK A; 4D8K A; 1I0C A; 2ED0 A; 1WLP B; 2CH4 W; 3PE0 A; 2FRY A; 2OAW A; 2RQV A; 2JT4 A; 1T3S A; 2J6O A; 2ED1 A; 2M0Y A; 1BBZ A; 2CT3 A; 1UGV A; 1MV0 B; 3NHN A; 1YN8 A; 1X27 A; 3I9Q A; 4DEX A; 1NEB A; 5L23 A; 2YT6 A; 1M3C A; 1X2K A; 2DVJ A; 2GNC A; 1AZG B; 2F2X A; 1GRI A; 2EVR A; 1TUC A; 1QCF A; 1T3L A; 2F2V A; 1M3A A; 1X43 A; 2BTT A; 1VA7 A; 3M0Q A; 1X69 A; 2RQT A; 2EPD A; 2E5K A; 2JW4 A; 1GCQ A; 2X3W D; 1VYV A; 3FJ5 A; 2L3S A; 1FYN A; 2PNI A; 1KSW A; 2V1R A; 1NLO C; 4M4Z A; 2C0T A; 2K79 A; 3UAT A; 2KNB B; 4J9F A; 2RNA A; 3REB B; 2B86 A; 3ULR B; 2ROL A; 1AEY A; 1CSK A; 2EGE A; 2GTJ A; 3EG2 A; 2J6F A; 4OMQ A; 1AZE A; 2CSQ A; 2XMF A; 2LP5 A; 4OMP A; 4AG1 C; 1SRL A; 1U5S A; 2A37 A; 2A08 A; 2JM9 A; 1K76 A; 2DYB A; 2YUP A; 4X1V A; 1PNJ A; 2FPF A; 2EYW A; 2FRW A; 4LE9 A; 1ZSG A; 2C0O A; 3VS3 A; 3NGP A; 4OMM A; 2LQN A; 4J9C A; 1K0X A; 3H41 A; 1X6G A; 2A28 A; 2VWF A; 4OML A; 2ESW A; 4ZNX A; 1J3T A; 2PTK A; 4LUD A; 1HSQ A; 1NEG A; 1GFD A; 1AWO A; 1VYT A; 2O31 A; 3EG3 A; 2YUQ A; 4JZ4 A; 5EC7 A; 2J06 A; 2EYZ A; 2KRM A; 3NMZ C; 5FW9 A; 2RQR A; 2FPE A; 2CDT A; 3EHQ A; 2QDL A; 5FWB A; 2M51 A; 1RI9 A; 2VKN A; 2L2P A; 1E7O A; 4OMN A; 4QT7 A; 2MOX A; 2RQU A; 1K9A A; 4RTU A; 1FMK A; 2IIM A; 1SEM A; 2D1X A; 1SPK A; 3I5R A; 1WXB A; 1ZUU A; 1BB9 A; 2DRM A; 2G6F X; 4Y92 A; 3SHW A; 1MV3 A; 1NYG A; 2DBM A; 1T0H A; 1T0J A; 4CC4 B; 2BZX A; 2JS2 A; 2RPN A; 4HVW A; 1X2Q A; 1QKW A; 2AKL A; 1H3H A; 3RBB B; 2P4R A; 2MCN A; 2BZY A; 2K9G A; 1LCK A; 3NPF A; 1WX6 A; 2MIO A; 1SHF A; 1WIE A; 2KT8 A; 1GL5 A; 2CUD A; 4AFQ C; 2D0N A; 4AFS C; 5IHK A; 1KJW A; 2W10 A; 2OJ2 A; 3RNJ A; 1JXM A; 2EBP A; 2KBT A; 3R6N A; 1RLP C; 4FSS A; 1ZLM A; 1QWF A; 2GTO A; 5I11 A; 1OOT A; 4Z8A A; 1W1F A; 3I35 A; 1JEG A; 1PKS A; 4LN2 A; 2KYB A; 4LNP A; 1NLP C; 2KGT A; 1H92 A; 2CSI A; 1SRM A; 2LCS A; 3QWX X; 2J05 A; 2BZ8 A; 1RLQ C; 1A0N B; 2GGR A; 1Y0M A; 1WDX A; 2DL5 A; 2K3B A; 3CQT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YIT A; 3X20 B; 2JMC A; 2HSP A; 3L2V A; 4JLI A; 3REA B; 4JLG A; 4C0Z A; 4PJO D; 1Z9Z A; 3OBW A; 2CRE A; 2YDL A; 1VQ9 Q; 1Q82 R; 3S6W A; 1G5V A; 3QHS A; 1EX4 A; 5KH6 A; 2R57 A; 1V1C A; 4XK8 E; 4WCI A; 3M0R A; 3SWN B; 2QAZ A; 2CZ0 B; 1AWW A; 3QII A; 1D1B A; 4KRT A; 5GMK j; 5LJ3 j; 5LJ5 e; 2RI2 A; 4O6J A; 4M75 D; 1YJN A; 4F14 A; 2DZ9 A; 2CP2 A; 4PJO B; 1ZBJ A; 2W0Z A; 1U3O A; 2DL4 A; 1F1B B; 2JTF A; 5GAN f; 3M4Y A; 4E7J A; 1VQ9 A; 1MMD A; 4RTV A; 2ZCF B; 1I81 A; 1U1T A; 5FWC A; 3OYN A; 4MZT A; 1Y57 A; 4EMH A; 1OZ2 A; 2D9T A; 3PVQ A; 4E2F B; 5GAN g; 1YJN T; 4LDX A; 3KXT A; 4M75 B; 1VQP Q; 1QW1 A; 4C5H A; 3M59 A; 4C8Q F; 1KQ1 A; 1WGS A; 3QDF A; 1JQQ A; 2DIL A; 5IXB A; 2VUB A; 3UDC A; 3MCA B; 3QBY A; 4E7Z A; 2EYX A; 1EZZ B; 4A4G A; 3VUZ A; 1VQ4 Q; 4AFZ C; 1KIK A; 4OGE A; 3EFO B; 2V8I A; 4HT9 A; 3L2Q A; 1M3B A; 4PK4 A; 4OMF B; 1BIA A; 1MGQ A; 2XU8 A; 2AKK A; 2JMA A; 3JCM Q; 1D0Z A; 5KYY B; 2CZ6 B; 1YJW T; 3A5Z B; 4NL3 A; 1YCS B; 2JS0 A; 1C1A A; 4HVV A; 1UE9 A; 4J9B A; 2OX7 A; 3PMT A; 1M1F A; 4AMC A; 4ELZ C; 2L0A A; 2E65 A; 4M78 A; 3QZ5 B; 1I5O B; 2YXY A; 3FJP A; 1FXX A; 3OS5 A; 4XTZ A; 1UEC A; 5GAO m; 1X6B A; 2DLP A; 2DFU A; 2XG8 D; 2QEX Q; 4QVZ A; 3A8H B; 1W70 A; 2D8H A; 1M1K R; 2GBQ A; 1H8K A; 2NUP B; 3WVE B; 2X3X D; 2XKO C; 2KYM A; 4PJO G; 3MEU A; 1E6H A; 2O2O A; 3VS1 A; 4MDX A; 1YIJ A; 3CCE T; 2YWW A; 4N0A A; 2FEI A; 2HNI A; 3I56 T; 1CKB A; 1TS9 A; 3A98 A; 1D0Y A; 2J6K A; 1UTI A; 1WYX A; 1R0B G; 2JXB A; 2XIC A; 1VQN A; 1PD0 A; 3JCM V; 4A54 A; 4C92 D; 4M75 G; 2ZZD A; 1UEB A; 5CCA A; 4M7A A; 1WHM A; 2KK4 A; 1VQL T; 1YIJ T; 1N5Z A; 3BDL A; 2AZS A; 3CCJ Q; 1WQW A; 2EQU A; 1HD3 A; 1VQN T; 1JXO A; 4C5G A; 3EFS A; 2F5T X; 4C92 B; 2ABL A; 3VKI A; 3VS6 A; 4L6V 5; 5KE3 A; 3L2U A; 2DL7 A; 1WHJ A; 1UJY A; 2DTI A; 4JRI A; 3J7A F; 3H0H A; 4R0K A; 4J8O A; 1IRX A; 1ZHI A; 3RKW A; 3G4S A; 1G3T A; 4JDS A; 4R55 A; 2VGM A; 1KG1 A; 4TVR A; 2WAC A; 3QWY A; 2OTL Q; 5GMK m; 4XTV A; 4JZ3 A; 4OB1 B; 4ORZ A; 1M1G A; 1WPY A; 3D7S B; 1VOM A; 4MDW A; 2LJ0 A; 2DYI A; 2XK0 A; 3QO3 A; 3RER A; 2VB6 A; 3UA7 A; 5DLO A; 3OY9 A; 4IUT A; 3A1P A; 4NL2 A; 1U1S A; 1X6O A; 3GOX A; 3MKD A; 4Z89 A; 2KEA A; 3UWN A; 5HK0 A; 3J80 E; 2MK5 A; 1GFC A; 1SSH A; 1Q86 C; 4RTW A; 3V7R A; 1OPK A; 1PSF A; 3EHR A; 1RL2 A; 3E9F A; 3VRY A; 2QTX A; 1K73 C; 2CUB A; 2P4T A; 4C0F A; 4OGC A; 3G71 T; 2V8J A; 1VQ7 Q; 5GAN 8; 2L5Q A; 3PE0 A; 2RQV A; 4A4H A; 4LD6 A; 4EMK B; 2PVD B; 4QQ6 A; 2E3I A; 2JT4 A; 1Y96 A; 2GFU A; 2QQB A; 4ZTF A; 2V8K A; 3CXC P; 2E64 A; 1ZSZ B; 5LJ3 d; 3M53 A; 4V2S A; 3OYG A; 1YN8 A; 4C92 G; 3SDZ A; 1NEB A; 3CMA T; 1MMN A; 4E7H A; 1K9M C; 3P8H A; 2DEU A; 2GNC A; 1BIB A; 2NLU A; 1VQ5 A; 2F2X A; 1GRI A; 3CCM T; 1PC0 A; 1RI0 A; 2DVE A; 1QCF A; 1T3L A; 2F2V A; 3OS1 A; 3HPW A; 1X43 A; 2BTT A; 1VA7 A; 2E3H A; 5CKH A; 1YHQ T; 4C8Q C; 2EPD A; 1X75 C; 2E5K A; 1VYV A; 2L3S A; 3RMQ A; 1KSW A; 3HRT A; 5LJ5 h; 3VV0 A; 4PFZ A; 4QKU A; 3L42 A; 2RNA A; 3ULR B; 1CSK A; 2GTJ A; 2HKN A; 4PFP A; 3CC2 Q; 2MAM A; 1MMG A; 1Q86 U; 2XHC A; 1BKB A; 2DYB A; 4X1V A; 3SWN C; 2LX9 A; 3VS3 A; 3G6E A; 2LQN A; 2PQW A; 1K0X A; 1X6G A; 3A8L B; 1QVG P; 3BE3 A; 2GCX A; 2MWP A; 2CP0 A; 4DBQ A; 5C6S A; 1Q7Y R; 1AHJ B; 2PTK A; 4PJO C; 2DTO A; 3EG9 B; 2JJ9 A; 1K73 U; 1HSQ A; 2K2V A; 1VQ6 Q; 5I21 A; 2X51 A; 1RAH B; 3HHT B; 4L5G A; 5D6Y A; 1KD1 C; 2E41 A; 2EJ9 A; 3G6E T; 1QQJ A; 4XTY A; 2KRM A; 5FW9 A; 1HK9 A; 4KGZ B; 2WSE E; 3EHQ A; 2QDL A; 2K5I A; 4M75 C; 3CCR Q; 1VQK Q; 4QT7 A; 4RMO A; 3CCQ Q; 2DJZ A; 2K4Y A; 1K9M U; 3OBY A; 1S72 Q; 5LJ3 g; 3CD6 T; 2RO0 A; 5AYF A; 1NJI R; 1O9S A; 1EIF A; 1WXB A; 1VQM T; 3L2W A; 1ZUU A; 4BAC A; 3J81 E; 2DRM A; 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4ZN1 A; 3JCM W; 3EH2 A; 2IG0 A; 2M1H A; 2DXB A; 3OYD A; 2DL8 A; 3QJY A; 2HD0 A; 2B8A A; 4AT1 B; 3S3N A; 4RG8 A; 3I55 A; 4J7I A; 3TVT A; 2KT1 A; 4DBR A; 2C0I A; 1OEB A; 2EYY A; 5CKE A; 1ZBX A; 4JJC A; 2P0P A; 5CAI A; 3CCV Q; 1Y7X A; 1ZUK A; 2RK2 A; 3M0S A; 5J26 A; 1I07 A; 4KUL A; 3M0T A; 3PIO A; 1LNX A; 1RAF B; 3VYH B; 4L59 A; 2ZGW A; 5CIU A; 2AK5 A; 3TSW A; 4Q5W A; 3LWH A; 3URG A; 1QLY A; 4OB0 B; 1Z9Q A; 1PD1 A; 2YHT A; 4MMK A; 5LJ5 g; 2DJQ A; 4C8Q D; 3H0F A; 1FX7 A; 3CCV A; 3CME A; 4F7U F; 3HSB A; 4EMK C; 2WSC E; 3JB9 F; 1QCO A; 2RH2 A; 3PNW C; 2VYT A; 1AD5 A; 1ZSZ C; 3RKY A; 1R0C B; 5IXF A; 1KQS S; 4XTX A; 3U23 A; 3CME T; 2AHJ B; 2L3Q A; 1UFF A; 1M27 C; 4OB3 B; 4IUU A; 2AZV A; 3PIP A; 1W4S A; 1WXU A; 1KFZ A; 2DO3 A; 3JCM J; 4LDW A; 2VV5 A; 3FB9 A; 4ZN3 A; 1FWZ A; 3H6Z A; 2LNV A; 1QVF P; 1ZA1 B; 4HXJ A; 1YIT T; 1JU5 C; 5KYX A; 3M0P A; 1MUZ A; 4M78 B; 4R56 A; 3BDU A; 3E2U A; 3MHX A; 1BI1 A; 4C5E A; 5D6W A; 2ZPF B; 1JJ2 A; 1UG1 A; 2PUO B; 3M54 A; 1B07 A; 4RTX A; 1Y07 A; 3SFM A; 1UGR B; 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