The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| publication title |
Structure of a yeast catalytic step I spliceosome at 3.4 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
7
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| structure length |
75
|
| sequence length |
83
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| chains with identical sequence |
u
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| i | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1X01 A; 4F7U B; 1Y96 A; 4PJO F; 4J6Y A; 4M75 C; 4XTZ A; 4C8Q A; 5LJ5 h; 4M7D A; 2DVE A; 2RM4 A; 4XTU A; 2I2L A; 3INZ A; 4J6W A; 2YHT A; 3FB9 A; 4M78 D; 4M77 C; 3JB9 J; 4OP0 A; 3HFO A; 5GMK e; 4M7D F; 2DTI A; 3SWN A; 4DQ2 A; 2Y90 A; 5GAN j; 2DZ9 A; 2EJG A; 1H64 1; 5DY9 A; 2CGH A; 4QVC A; 5LJ3 g; 1JRI A; 4NOY A; 3JCM J; 3RKY A; 1M8V A; 4M75 G; 5GAO q; 4HT8 A; 4Y91 A; 4EMK B; 4PJO E; 4MML A; 4XTX A; 5GAO r; 1KQ2 A; 5GAN 8; 1I81 A; 3JCM h; 1YCY A; 3PGG A; 4M75 A; 4M7A G; 4M7D E; 1KQ1 A; 4M75 F; 1BIA A; 4C92 B; 2RA2 A; 3RES A; 5GAO l; 2DKG A; 2DTO A; 3FIF A; 4RCC A; 4M78 C; 5GAO p; 2K57 A; 1B34 B; 4M77 F; 4M7A A; 3EFS A; 4XTY A; 5GAN h; 5GAM j; 5GAN 3; 5LJ3 d; 4PJO B; 5GMK i; 3QO3 A; 2ZGW A; 1Y96 B; 4XU1 A; 5LJ5 f; 5LJ3 j; 1WQW A; 3JB9 F; 5GAN e; 4M78 G; 4N0A C; 4C8Q F; 4M75 E; 4HT9 A; 2DTH A; 5GAM g; 3SWN B; 2EAY A; 3HFN A; 3SB2 A; 4M77 E; 5LJ5 e; 4M7A C; 1I4K 1; 4M78 A; 3BW1 A; 1N9R A; 3FJP A; 4X9C A; 4C92 D; 2VC8 A; 2DXT A; 2RB6 A; 4PNO A; 4XU3 A; 1U1T A; 3V8L A; 3BY7 A; 5GAM h; 3JCM f; 2E10 A; 5GMK m; 4V2S A; 1D3B A; 4M75 B; 4C8Q E; 4PJO D; 4F7U G; 1LOJ A; 2E1H A; 3EFR A; 5LJ3 h; 4N0A A; 2DZC A; 2EWN A; 2FYK A; 2YLC A; 4M77 B; 3RKX A; 3RUX A; 4EMK C; 1WNL A; 3JCM e; 3BDU A; 4RCB A; 3QSU A; 4F7U A; 5GAN f; 4EMH A; 3GIB A; 3RIR A; 4NL3 A; 4M7A F; 3RKW A; 3V7S A; 4C92 C; 3JCM b; 1JBM A; 1U1S A; 2FB7 A; 3BFM A; 3L2Z A; 2E64 A; 4C8Q B; 4JRK A; 4M7D B; 3JCM c; 4EMG A; 4WF2 A; 5LJ5 d; 4PJO C; 5GMK j; 3VU3 C; 4EMK A; 4C92 G; 5I21 A; 2YLB A; 4JLI A; 3V8K A; 4M7A E; 4M77 D; 4M78 F; 2DXU A; 1I8F A; 3QUI A; 4JUV A; 5GAM f; 1LNX A; 4MMK A; 4C92 A; 4PJO G; 3JCM X; 3JCM P; 4C92 F; 5LJ3 f; 5GMK l; 1B34 A; 5GAN 5; 3JB9 D; 3JCM d; 2EJ9 A; 5GAN 6; 4QVD A; 4C8Q D; 5GAM e; 2RD1 A; 2DEQ A; 3JCM Q; 4PJO A; 4M7D D; 1BIB A; 3JB9 I; 4M7A B; 4A54 A; 5GMK h; 3RER A; 1N9S A; 4J6X A; 4M78 E; 5LJ3 e; 2DJZ A; 1LJO A; 4F7U F; 5GAN 2; 4XTW A; 5GAN d; 2JN0 A; 3JCM g; 4C92 E; 4XU0 A; 1I5L A; 4NL2 A; 1M5Q 1; 4A53 A; 1HXD A; 5CAI A; 3L1A A; 3V8J A; 4XTV A; 5GAN 7; 1TH7 A; 3JB9 H; 5LJ5 j; 4M75 D; 2QTX A; 2E41 A; 4J5Y A; 4M78 B; 4XQ3 A; 4C8Q C; 5GAO n; 4M77 G; 5GAN g; 4M7D C; 1WPY A; 1MGQ A; 4X9D A; 4F7U E; 2VXE A; 3JCM V; 3HSB A; 4XU2 A; 2HNI A; 3SWN C; 4JRI A; 5GAO m; 1HK9 A; 4M7A D; 5LJ5 g; 1D3B B; 2EJF A; 4M77 A; 3V7C A; 3V7R A; 3QHS A; 5GAM d; 3JB9 G; 3AHU A; 4C8Q G; 5GAN 4; 2VXF A; 4HA8 A; 3JCM W; 4M7D G; 3M4G A; 1WQ7 A; 2E65 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MO8 A; 3OYJ A; 2JTE A; 4DOW A; 2RM4 A; 2EW3 A; 3JAM E; 3H0I A; 1GBR A; 1DJ7 B; 5DY9 A; 4LUE A; 3MEA A; 4QQ6 A; 1IRE B; 1F1B B; 3M59 A; 2FRY A; 1ZUU A; 4Z89 A; 1YCY A; 1PKT A; 1Q7Y U; 4A4K A; 2K57 A; 4M77 F; 3O5Z A; 4QQD A; 1K73 U; 3OYI A; 1QQJ A; 2ZPI B; 3I5S A; 1NE8 A; 1VQ6 Q; 1QLY A; 5GAM g; 3UF4 A; 5IHI A; 1FX7 A; 1TOV A; 3CC7 A; 3L2W A; 2FPE A; 4JJN K; 1M1K U; 1UJ0 A; 1YJN Q; 2O4X A; 2E70 A; 3OYH A; 4M77 B; 3RKX A; 3M58 A; 2J05 A; 2CT4 A; 1K0S A; 1WJR A; 4EMH A; 2K4Y A; 3QZ5 B; 4OGE A; 4ZN3 A; 1FMW A; 4NL3 A; 2YUO A; 1QVG S; 1U5S A; 2CS7 A; 2JTF A; 2K5L A; 1T3L A; 3CMA T; 3UA7 A; 5GMK j; 2FVU A; 1UG1 A; 2JMA A; 1VQM A; 4EMK A; 2GQI A; 3UT1 A; 1QCF A; 3A8M B; 1I8F A; 2L3Q A; 1KHI A; 4C92 A; 3RNJ A; 2KVQ G; 1VQO T; 3JCM P; 2ATC B; 3H41 A; 5GAN 6; 1UGP B; 4C8Q D; 4E7L A; 4PJO A; 1JXO A; 1AVZ C; 1D0X A; 5KYW A; 3CPW S; 2NUT A; 4DBQ A; 3VUB A; 2IIM A; 1AWO A; 3L1A A; 4DBR A; 3ZEH A; 2DL5 A; 2YUN A; 3P8D A; 2A3L A; 2ZPF B; 1VQ4 T; 1RI9 A; 3CCM T; 1I5O B; 4L59 A; 2JS2 A; 3CC4 T; 4MZP A; 5HY6 A; 1NLP C; 3I56 T; 3A8L B; 2E65 A; 4PL6 A; 3G4S Q; 2K79 A; 1YJW T; 4OGC A; 4J9G A; 2XID A; 3HPW A; 3VYG A; 4QKU A; 2DZ9 A; 2NUP B; 3CCR T; 2M9U A; 5J3B A; 1X2Q A; 2HBP A; 4MML A; 4N4H A; 2ZZD A; 5DLO A; 1KQ1 A; 1UEB A; 2DIL A; 2O31 A; 2NYS A; 5GAO p; 4M7A A; 5KYY B; 4E6R A; 1EFN A; 3CCL T; 1VQ8 A; 2JVV A; 3LYI A; 4M78 G; 1W6X A; 2A0F B; 2HQX A; 3C94 A; 5KH6 A; 2ECZ A; 4DOV A; 1NEG A; 4B6M A; 1TS9 A; 1I4K 1; 3S3N A; 3S3O A; 1N9R A; 3FJP A; 1K8A U; 3CCU T; 4FSS A; 1UHF A; 1PG5 B; 1Z9Q A; 5EC7 A; 2DLP A; 1PD1 A; 3M0Q A; 1K9M C; 3X26 B; 1TU0 B; 1ZBX A; 3L2Z A; 2LNH B; 3VUZ A; 2LQ8 A; 4J7I A; 2XIC A; 3VRZ A; 4OMF B; 2DIG A; 1RAC B; 4NS5 A; 2YSQ A; 2GGR A; 1H3Z A; 2YLB A; 1M90 U; 2DXC A; 3EG9 B; 3NFC A; 2LQN A; 2D1X A; 1O9S A; 2JXB A; 2XMF A; 4QVD A; 4KUD K; 1BKB A; 1BI1 A; 2MF2 A; 1X43 A; 5GAN 2; 3EG3 A; 3OYA A; 1XQH A; 1IB8 A; 4C92 E; 2JNG A; 3V8J A; 2ZCF B; 2KRS A; 2KE9 A; 3PFS A; 3HKS A; 2RQW A; 4LNP A; 5KCH A; 1E6G A; 2QAS A; 2RO0 A; 2KAF A; 2D6F A; 1OX8 A; 5A0L A; 2OAU A; 2L3S A; 3JCM W; 4RTU A; 3F70 A; 2CP6 A; 3VS3 A; 1NG2 A; 4PFZ A; 4J6W A; 4M7D F; 4OP0 A; 3G6E T; 3WVD B; 2ZAE A; 1GCQ C; 1UJY A; 1YCS B; 2NWM A; 1Y7X A; 2X35 A; 1Q86 R; 1KQ2 A; 4PJM A; 1I81 A; 4PJJ A; 4KRT A; 4OF1 A; 3R6O A; 4RCC A; 4WCI A; 1OQK A; 3QPH A; 4RTW A; 2CDT A; 3MCA B; 4AFQ C; 1I0C A; 4LDV A; 1Q7Y C; 1WHH A; 3MET A; 9ATC B; 5KYU B; 5LJ5 e; 3CBP A; 3QWY A; 1KD1 R; 1M2V B; 4IUQ A; 3QXE B; 1PRL C; 2DBK A; 3GPL A; 3CD6 T; 4F7U G; 5L23 A; 3BDU A; 3CC2 A; 2DEU A; 1JEG A; 2F2V A; 1M1K C; 3CCV T; 3H0F A; 1UUE A; 3OYD A; 4JRQ A; 4M4Z A; 3QKJ A; 3J81 E; 2FEI A; 3MEV A; 2LMJ A; 1MV3 A; 2A37 A; 3CXC A; 2W10 A; 4JJC A; 1GXI E; 4MMK A; 1M3B A; 1SF9 A; 1Z9Z A; 1NLO C; 2F1L A; 4J9D A; 1B34 A; 2CZ1 B; 2JW4 A; 1TUG B; 2F5T X; 4DA4 A; 5LJ3 e; 1ZLM A; 3TSW A; 4XTW A; 3BE3 A; 4FT2 A; 5DM7 R; 2Y4X A; 3UWN A; 1M5Q 1; 1XOV A; 2OTJ Q; 4PK4 A; 2E3I A; 1VIF A; 2DD4 A; 2X4W A; 1VQ6 A; 2EJF A; 2XKO C; 2E3H A; 4BY6 C; 1QKW A; 2O4X B; 1MMA A; 4IIO A; 4M7D G; 1VQK Q; 2RHX A; 4PJO F; 1W1F A; 5IN1 A; 1YJN A; 2C0T A; 3I55 Q; 1O75 A; 3ULR B; 1GCP A; 1LPL A; 3JCM J; 4Y91 A; 4EMK B; 1AWJ A; 3GOX A; 1W2B S; 4CC4 B; 2PUO B; 4C92 B; 5FU7 B; 1BI2 A; 2QXF A; 1V29 B; 3OA6 A; 1TUC A; 1B7T A; 4LUD A; 5GJV B; 1U8R A; 3EGX A; 1YIT T; 4PJO B; 4XK8 E; 1YWP A; 2J6O A; 2KRN A; 5KYW B; 1S72 T; 3JB9 F; 3OSS C; 5GAN e; 2NUT B; 3E19 A; 4LXC A; 3SWN B; 2COY A; 4M78 A; 4OMP A; 5CR2 A; 5CKD A; 2BTT A; 2DZC A; 2MPX C; 3M0R A; 2O88 A; 4HCB A; 3EGD A; 1K8A C; 4M7A F; 3RKW A; 3PIO A; 1ZA2 B; 2CYZ B; 3DB3 A; 5CO7 A; 4MDW A; 1GBQ A; 2EQJ A; 3UA6 A; 3Q1J A; 1M8M A; 2EKO A; 3G4S A; 4LN2 A; 4DBH A; 3OS5 A; 4IIM A; 2DRM A; 1RAB B; 4B9W A; 5GAN 5; 4OMM A; 3LX7 A; 3A5Z B; 3TU4 K; 1M90 C; 4M7A B; 3RER A; 4J6X A; 2CP2 A; 1M9S A; 2VAS A; 4F17 A; 1KG1 A; 3FEO A; 1M1F A; 3HL8 A; 4BE2 A; 1QW1 A; 5EG2 A; 1QVF P; 1OZ2 A; 3EH1 A; 1KQS S; 1QWE A; 4O5V A; 2PVO B; 2YDL A; 4KH0 B; 3PVL A; 3THK A; 4Z88 A; 2NLU A; 5GAN 4; 4IKF A; 1WA7 A; 5KYY A; 3CME T; 1JRI A; 3ME9 A; 2YWW A; 1B3Q A; 4XTZ A; 3LLR A; 3OYK A; 5CQY A; 1YHQ Q; 2CGH A; 1Q81 U; 3RKY A; 1M8V A; 4HT8 A; 4PJN A; 2SRC A; 4XTX A; 3OYC A; 3OB9 A; 3JCM h; 1A0N B; 1BI3 A; 3REB B; 2KQW A; 5GAO l; 2AK5 A; 3KBG A; 1VQN T; 5GAN h; 3CCS Q; 2EGE A; 1OEB A; 2KXD A; 2HCK A; 4GBQ A; 4XAX B; 2WSF E; 4CI0 C; 5C6S A; 4M77 E; 3DLM A; 3QII A; 1IXD A; 2RHZ A; 3HHT B; 3EAE A; 1ZHI A; 2B86 A; 1Y0M A; 5GAM h; 2L5Q A; 3LH5 A; 4N0A A; 3ER0 A; 3HTR A; 2X3W D; 1N27 A; 4F7U A; 2D8H A; 1RAI B; 1JBM A; 1UGS B; 2QA4 Q; 1UB4 A; 4HCC A; 4RTZ A; 3M55 A; 3UPU A; 2RQT A; 2DIQ A; 2DE0 X; 2RPN A; 3VU3 C; 1ABQ A; 1WIE A; 4JLI A; 2DO3 A; 3V8K A; 4KGX B; 4J9B A; 1R8O B; 1VQ9 Q; 1RAG B; 3CCJ Q; 2O9S A; 1SKU B; 3M9Q A; 3C0C A; 1SHF A; 1SG5 A; 4AG2 C; 4E7S A; 2DEQ A; 2XHC A; 5FU6 C; 4BB7 A; 2AZV A; 1UGR B; 2GTJ A; 2GNC A; 1VUB A; 2JN0 A; 1I5L A; 1U06 A; 1FXX A; 4XTV A; 5LJ5 j; 1K9M R; 1MGQ A; 3EHQ A; 4LDX A; 3RMQ A; 4RMO A; 2F69 A; 2OTL Q; 1JJ2 A; 4C8Q G; 1VA7 A; 1RAA B; 4CC2 A; 4M75 C; 4JJB A; 1KC8 U; 2Z0W A; 4M7D A; 4N4I A; 3INZ A; 3CCQ Q; 2JUF A; 2PZ1 A; 4RTX A; 2EJG A; 5LJ3 g; 4C0D B; 5I2S A; 1WDX A; 2DMO A; 3EFO A; 2HKQ B; 1OX9 A; 2VGN A; 4R0K A; 3QYH B; 2CRE A; 4DEX A; 1H8K A; 4AFU C; 4ZN1 A; 3S3M A; 1B34 B; 4JRP A; 1VQ5 Q; 2PNI A; 1HJD A; 1YIJ Q; 1BCO A; 2PVD B; 2DYI A; 3OMC A; 5LJ3 j; 1WQW A; 1N8R C; 2JTM A; 1M3A A; 4AG1 C; 2DTH A; 4FYV B; 5CKH A; 2AHJ B; 1YWO A; 5FW9 A; 1IHW A; 2P0P A; 3V8L A; 2P4R A; 1MNE A; 1K9A A; 4RG8 A; 3EG1 A; 2OTJ A; 3NTI A; 2CP3 A; 3CC7 T; 2K2V A; 1QCO A; 3QDF A; 3RIR A; 1AOJ A; 4ZGJ B; 2P0Q A; 1U1S A; 4JRK A; 3H0H A; 5KE2 A; 4IUT A; 4X1V A; 1R77 A; 2FPF A; 1VQK A; 2A08 A; 2O01 E; 2E5K A; 2BUD A; 4LDU A; 4M78 F; 2DXU A; 4N4G A; 3I55 A; 5FRM A; 3QWX X; 2DM1 A; 1IRX A; 2YUQ A; 4FM4 B; 4A63 B; 1QVF S; 2KDS A; 1IO6 A; 1VQM T; 3WXM B; 3EGX B; 1Q82 R; 1RAE B; 4LE9 A; 3A8O B; 4J9I A; 1GFC A; 3L2R A; 1VQP Q; 1SHG A; 3C12 A; 3PIP A; 2QTV A; 1S1N A; 1VOM A; 2K3X A; 5GAN 7; 3VS5 A; 4M78 B; 2LCL A; 4X9D A; 3CQT A; 3JCM V; 1B07 A; 2EQI A; 2V1Q A; 2CUB A; 5GAO m; 1M1K R; 3G71 Q; 1CKB A; 5FRO A; 3KUF A; 2F2X A; 1KFZ A; 1VYV A; 3CPF A; 4ME7 A; 3EGD B; 1ZSZ B; 1D1B A; 3HRS A; 4FYW B; 3SWN A; 4JS4 A; 2KRO A; 4QVC A; 4RTV A; 1HSQ A; 2XDB A; 1LVK A; 5GAO r; 2QEX Q; 1BCM A; 4M7D E; 2DFU A; 4BDY A; 5A2Q E; 5GAN 3; 1MMD A; 1Y96 B; 1MMN A; 1WI7 A; 3WVE B; 1JJ2 P; 1QMC A; 4ZGD B; 3MP8 A; 1VQ8 T; 2RB6 A; 5I22 A; 3CBM A; 4OB3 B; 4FCY A; 3L2Q A; 3TSZ A; 2M51 A; 2EWN A; 2QI2 A; 4JJD A; 4Q5W A; 1N6A A; 2DXB A; 3GIB A; 3PTA A; 1OU9 A; 1M30 A; 3LGF A; 3VJP A; 2E64 A; 2BIV A; 2MIO A; 1OZ3 A; 2BE7 D; 5I21 A; 2ED1 A; 3OW2 S; 4DEY A; 1RAH B; 5IHN A; 5GMK l; 1YHQ A; 3AT1 B; 2DL3 A; 2DER A; 2RD1 A; 1YNZ A; 3M0U A; 2BE9 B; 1N9S A; 4BI8 B; 4F7U F; 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