5H91A

Lbdera mutant-t29l/f163y
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
LTTEQLAKYIDHTNLKADATEADIKQLCDEAKKFNTASVCVNSYWIPFVTEQLKGTDVNPIAVVGFPLGAMATESEIFEATTAIDQGAEEIDMVLNVGELKGGNDEKVLADIQGLADAVHAKGKILKVILENALLTKDEIVRACQLSEKAGADFVKTSTGYSTSGAKVEDVKLMRETVGDRLGVKASGGIHSREEALAMIDAGASRMGVSATVAILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase LbDERAT29L/F163Y at 1.77 Angstroms resolution
rcsb
source organism Lactobacillus brevis
total genus 88
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-12-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5h91A00
3HGJA 1JCYA 2CLLA 2Y63A 4AWTA 4U28A 3O06A 4JYFA 3Q94A 1RQBA 5HUPA 2ZQ0A 3T4CA 1FUYA 4PH6A 1UBSA 1QCWA 2W79A 2JBMA 1IXQA 4QITA 3N34A 1LRTA 1IXNA 3PC0A 2R94A 3H55A 1H7OA 1WX0A 2HTMA 1DKWA 4O18A 4IJBA 5D2YA 2WNQA 2E6DA 2A85A 5AHIA 1GG1A 2VELA 4Q32A 1YTKA 3TFCA 1UB3A 4ZVJA 5D03A 3EXSA 3IVUA 3LCIA 2CLEA 1YLVA 1HO1A 3GVGA 3H54A 1BWKA 4PA8A 3A9IA 2YW4A 5A8GA 1SSDA 3QQ1A 1SZFA 4I9AA 4BI5A 2BZNA 3RFAA 3G1FA 5DBTA 1YYAA 1VZWA 3NR0A 2UV8G 3T78A 1Q6OA 3DBPA 3W87A 1TQXA 3HQ1A 2R14A 1YTDA 1PL9A 3S1WA 1KFBA 2Z1BA 2TRSA 3GDKA 4Y9AA 1SZEA 3TMQA 5F1UA 2GJLA 4MUZA 4UMCA 3S5OA 1I2QA 4N6FA 1QMLA 1PVNA 3DGRA 4DELA 1GQNA 3KRSA 5U4NA 2DZTA 1FCUA 4LVFA 4QQ3A 3VI2A 3V75A 5K7JA 2V2CA 4PL2A 5CGQA 3O63A 1KTNA 1WDWA 2YPIA 3EWZA 3QQ0A 3S9YA 1QWGA 1SQ7A 1KV5A 1EEPA 1YXDA 2GQ8A 5MHBA 1G4TA 4HSNA 1YPFA 2PRMA 1TV7A 4LWWA 5D2VA 3CU2A 5K2ZA 1V5XA 4UFLA 3TAKA 3W73A 4NJJA 4Z0JA 1JUKA 3LHZA 1KFCA 2X30A 1DL3A 3STCA 1OFOA 4IMEA 4AWSA 3W83A 4JNMA 4R7JA 2ZZ5A 1LOLA 3L0GA 2QCNA 5LNVA 3QSTA 1JULA 1M7OA 1TO3A 3EKZA 1FDYA 3MW7A 3NL6A 1FY6A 3TW6A 3SFKA 2ZRXA 1I45A 2PURA 1XI3A 4MYAA 1LCOA 2A7NA 3HF3A 1VPXA 1MEHA 4UXDA 3KHJA 3W86A 3GXNA 2NX1A 4GRSA 1TPEA 4Q4KA 4KWWA 5EKYA 3CIXA 4O0KA 3TMLA 2Y7GA 3PG8A 4FIRA 1QPRA 2CWNA 5F1VA 3TE9A 3TROA 2YGYA 4M6VA 4O50A 1W1ZA 3DENA 4QSHA 1HTIA 1VJIA 1LLZA 2VEIA 2E77A 1KTBA 3P8IA 4FF7A 3PB2A 3G0SA 3W1QA 5HQEA 2FPVA 3ABQA 4ZL1A 3LHVA 3Q58A 4UTWA 1XUUA 5H91A 1TPFA 3W07A 4M6QA 5TBOA 3W3OA 5SWUA 3VNDA 3G1DA 3M0ZA 4GE8A 2C6QA 3IVSA 2A0NA 3FOKA 4HIBA 2QJIA 3M5YA 2H8ZA 2QCDA 1W56A 1FCQA 3CEUA 4DF2A 4RK8A 3INPA 1NVMA 3W7IA 3QSRA 3LI1A 2C0AA 2CLIA 4TIMA 3WJSA 3L0KA 5I3IA 4XBKA 2QR6A 3LV5A 1RV8A 4JIQA 4LUIA 5LKYA 3W71A 4UFHA 3A5VA 1VQTA 4LC6A 3PBYA 2I1OA 5D2WA 2NWRA 2YX0A 2NWSA 5FF2A 1SW7A 5KITA 1TPC1 3TW7A 2WJZA 4XKYA 3B05A 3W22A 4JX4A 4A3UA 4MVAA 1G4SA 2G5WA 3G1VA 3DI1A 2PC4A 1VYPX 1G7UA 2VEMA 2ZRWA 3UZJA 1RQEA 1K03A 2Y89A 3C4UA 4JTTA 4ZQOA 1UJPA 1HO4A 1C8VA 3ANYA 4OU1A 1QAPA 2OCZA 3GDLA 4Y6GA 1RR2A 2V5BA 3W1XA 2RFGA 3PSWA 3R8RA 3M1ZA 3UWWA 3JRKA 5EBUA 3LRKA 1ME8A 3W2LA 1F7BA 5AC6A 4HNTA 3TX9A 2ZZ7A 5AYZA 1WBHA 2P1FA 3O16A 2FJKA 3AO0A 3W7QA 3UXDA 4YWIA 1D9EA 2NZLA 1J4EA 1K8YA 4EIVA 3RMJA 1WYIA 1MZHA 1N7KA 3GXPA 3YPIA 1MO0A 2E09A 5D38A 4JXCA 4O28A 2IQTA 2YXGA 3UPBA 2QUUA 4BI7A 4NZJA 4PTNA 5AC8A 4O1AA 5D33A 4PL1A 4UTKA 2QCMA 2D73A 4LV9A 1JCMP 1GEQA 3RLVA 5KTLA 4NXKA 3H53A 3LHUA 1SW0A 4BFAA 3SGZA 4N9EA 5A5WA 2VEKA 3C6CA 3OVQA 2B7PA 3CHVA 3FIGA 4YMZA 4RLIA 2V5LA 3NM3A 3W2JA 3WJYA 4H4IA 2XN0A 3TNOA 6TIMA 2TSYA 3UNDA 5G5IA 2A5HA 3I7RA 3SSJA 2P10A 5FF4A 2DJXA 1UUOA 5D05A 4C1KA 3DAQA 1SPQA 1ZCOA 1OFQA 2O7QA 1IIHA 1MXSA 1TRIA 5IBXA 2DU2A 2NUXA 2A21A 4QAIA 1W5QA 4JDBA 4LVGA 2W0UA 3FKRA 1C9DA 3DFSA 4TX9A 2BLEA 3OG3A 2ZZ4A 5EL1A 2QJGA 4A2SA 2EPHA 4CQ9A 1AK5A 2HMCA 4N9BA 3N2MA 1GZGA 2OZ0A 3A21A 2KZHA 3PUOA 2E5DA 3P5YA 3GAKA 3BG3A 1JCXA 1LTDA 4AHPA 1KBIA 1OX4B 4LRTA 2PE4A 3NG3A 4JS3A 4UFIA 1SSGA 3PVFA 3NO5A 3TJXA 4OBTA 1I4NA 1YDVA 4WXZA 1VCGA 5AN7A 4LVAA 3QH2A 4NJIA 1QPNA 3L9CA 1G4PA 3UWUA 2QUVA 1A5BA 1F73A 3BLEA 1OG0A 3VFLA 2YR1A 1LOQA 1GJPA 4MY8A 5CZSA 2Z0IA 4GNJA 2VFFA 2VEPA 2B0MA 4X22A 3ZS4A 1G6CA 4OHQA 1LYXA 4EF9A 1OFRA 3DU0A 1HL2A 4K7VA 4KFOA 1BKSA 3CLMA 3TSDA 3TUUA 1H7NA 5L6UA 3UYCA 1KW1A 1OK6A 1OABA 2LLEA 1OFEA 3IVTA 1EX5A 3STGA 4UTLA 5K9XA 1PIIA 2FIQA 4NX0A 5HWNA 3NQAA 1YDOA 5CZJA 1T8XA 6ALDA 4GBUA 3HMJG 2NX9A 4LVDA 4OV4A 4UFJA 1LBFA 1XDLA 1P1XA 2CFFA 3M44A 3SW6A 3R13A 3G0XA 2CLFA 2J27A 4S2BA 3CM4A 4FEZA 2ISWA 4RV8A 4O13A 1EA0A 2F84A 4XTIA 1WAUA 5F2LA 3USBA 4PODA 3OVPA 4IPJA 5KZEA 4ZQCA 2ATSA 4N9CA 1KM2A 2V8ZA 1JCJA 2HS8A 1N8FA 3TV8A 2VENA 4NNCA 5LGZA 1ZALA 4BWLA 3PBWA 1YTEA 2BWGA 4HPJA 4UR8A 3B04A 2HS6A 1S3HA 4RXGA 3G1AA 5ABTA 4ZQRA 4K38A 4WY0B 4FX7A 1KM3A 4JY8A 1T0OA 3TKFA 1ZFJA 4ZQNA 4LS1A 1W5MA 3EB2A 4Z1AA 5DELA 3R5EA 3NQ8A 3S8HA 1FXQA 4NQ1A 2BTMA 1DOSA 1Q6QA 1TMHA 2DORA 1KM6A 4K37A 3QF0A 3RK8A 3QRHA 1O5XA 4NNAA 1L6WA 2B7OA 5HMSA 5AFDA 2FPYA 5EMUA 5T26A 3W2UA 4XBSA 2CW6A 1NEYA 3PF3A 2YZRA 1FWSA 4YLWA 2DJLA 3ELFA 1ZNNA 3DFOA 3IGXA 3S1VA 1D3GA 3IIOA 1F74A 4LS2A 4YCPA 1XC4A 4NVTA 1T96A 4O14A 2NV2A 4NU7A 2CZFA 3GNDA 3LDVA 2E5CA 1SZNA 3TC6A 3FJLA 3L68A 3EWYA 3A23A 1KM5A 4O1BA 3SY5A 3W70A 5G2IA 1TPB1 2J9ZA 4FXRA 4MZ1A 1YDNA 4ADTA 4N4PA 1UUMA 4R34A 3UWZA 1F5ZA 4TR9A 1TPUA 5I3HA 1QFEA 1LDCA 4UIOA 2B4GA 2FLIA 4N4QA 1EPXA 4RR4A 4ORIA 4UR7A 1CI1A 2DZWA 3EX1A 4P2VA 2NX3A 3B0PA 7TIMA 2WOQA 3HG3A 5LNWA 3W75A 2PRLA 5DXYA 3P61A 1JJKA 3OEXA 1B4EA 3TXZA 1GWJA 1MEIA 4OQVA 2WNNA 3EXTA 3B8DA 3L65A 3M7WA 3P82A 1E51A 4K6AA 3W7KA 3P60A 1Z41A 2JKPA 4IPIA 4S1FA 4JTUA 3L5LA 1H1YA 4WY0F 4L4LA 3CTLA 4A2RA 1VCVA 3HGSA 4LW7A 2YYTA 4K7YA 1ME9A 5CKSA 3NPWA 3NQFA 1A5CA 4HHPA 1NAL1 2H3BA 1QR7A 3TFXA 2Q3RA 1JCLA 2NXGA 3U6WA 1B4KA 4CCDA 2DZVA 5D2XA 1OJXA 1K7XA 3LCHA 5IM51 3NPUA 2YYUA 1KM0A 3EXRA 3BW2A 4ICNA 1OFBA 4Z0SA 4M19A 4XWUA 1KV8A 4JN6A 3PUDA 4IWWA 4CCEA 3C61A 1F05A 2CLHA 3E0IA 1VYRA 5C6MA 1FDJA 3S5YA 4H6KA 4UTTA 2AQWA 4AMAA 4JYEA 3W1PA 2QF7A 3L66A 1GYLA 1FCVA 2EGZA 2A2IA 5CPOA 3LXCA 4DEFA 5G4WA 2YCEA 4ADSA 3W7GA 2QCDB 3UQNA 4GJ1A 1IIGA 3P67A 1QNVA 3HPZA 1GVOA 3IRDA 4UMBA 1Z42A 4N02A 4ALDA 1U5JA 2EF9A 4DF0A 3F1QA 1GVFA 5FEZA 2C3ZA 3W76A 3U8GA 3EWWA 4L4MA 4NUWA 3IIZA 1EIXA 2DZXA 3A5FA 4LY8A 1Q6RA 3GDRA 4XKYB 3NM1A 3QJAA 4IQLA 1G4EA 3LCGA 3LGEA 1M6JA 2QCLA 1WXJA 1YPIA 2H8XA 2DZSA 1UCWA 2Q3OA 3P80A 2J9XA 3O6YX 4H3DA 4LRSA 4R53A 3W7JA 5BMXA 1HFBA 3THQA 3FEMA 1VR6A 3L67A 2TYSA 3QEZA 3P81A 3LTPA 4MLJA 4UMAA 3O8AA 2WPBA 2E6FA 2A7PA 3LI0A 1AW5A 1ZAJA 3C2RA 1DV7A 2BXVA 3DKLA 3PY2A 1JQXA 5KINA 1GG0A 4JD4A 3ABOA 4GUIA 3LXBA 5CG7A 2B7QA 4JTIA 2NUYA 4POCA 5D2TA 5DLCA 2JK2A 4AEOA 2WO5A 3EWXA 3DZ1A 5F2GA 5EPDA 1W5PA 2YDAA 4N9DA 2I14A 1QOQA 3CB8A 4O52A 5AHLA 2H3DA 1FX6A 1PCWA 3MP3A 4HKPA 1WQ5A 4IMGA 2YFNA 2Y7EA 1NSJA 1S5TA 2VXNA 3NAVA 3C2OA 2Q8ZA 3W2KA 3PWAA 4DO4A 4M7TA 2JKAA 1XUZA 2FB3A 2QAPA 3B03A 2YSWA 5I3JA 4MY9A 3P5ZA 1ZAIA 3HGRA 1R30A 1TYGA 4NJHA 3NQEA 3SGUA 1W54A 1IXPA 4BK9A 3KOFA 3W1RA 3QZEA 3NQCA 3QPZA 4JYDA 1SO5A 2RDWA 4WOQA 3LXAA 3NNTA 2CLOA 1VH7A 3U2OA 1K3UA 3G18A 4JTSA 3LM7A 3P62A 3HGOA 3N9RA 4K8HA 1P5BA 5HINA 3FLUA 3KVLA 3MHGA 3T55A 1W3NA 3LCLA 1JUBA 4PEKA 1ZY9A 4MLRA 4UTIA 3GDMA 3LLDA 3O05A 3A24A 4JIPA 3BO9A 1DJQA 4N2YA 3E12A 3UXAA 1TQJA 1Z44A 1ONRA 4AF0A 2W6RA 3IIXA 3NL2A 4LOCA 3W9ZA 2XFWA 2ZRZA 4HPXA 2VC6A 1YXCA 3OVRA 1KFEA 5F2IA 1HUVA 3LCFA 5E1QA 1TJPA 4ML9A 3IGSA 3NQMA 3KVKA 5I3FA 2A6NA 4WOZA 3OA3A 3EEGA 3BGGA 4E0CA 1SW3A 5CZTA 1P0NA 2B7NA 3FYPA 1K8ZA 2HSAA 3F03K 1L9WA 4JX6A 3UY7A 4ZZ9A 3WFAA 4HNVA 3BV4A 3S6DA 2V2HA 1LRQA 1F76A 2Z6IA 1A50A 2GJNA 4U4MA 3W88A 4O12A 4AHQA 4AHOA 1DORA 3M9YA 4E38A 3TJLA 4W9TA 3FKKA 5AYYA 4M5PA 3CEPA 1TV5A 1FDZA 1M7PA 1K8XA 1S5WA 4DBEA 3LLFA 1KBJA 2QCFA 2QKFA 4O0ZA 4LT9A 4O11A 3BPWA 4UNKA 1SUXA 3GK0A 1VGAA 1TB3A 3KVMA 4I7WA 2GUUA 2ZRUA 1TPH1 3P84A 3C2VA 3VKJA 4DF1A 1U83A 4MOZA 2ZZ2A 4A22A 3MI3A 3MMTA 3W7HA 1PCKA 4LV4A 4D2JA 4AAJA 5FEWA 4WQ6A 4QNEA 4TO8A 3UWVA 3LOTA 5AHNA 3O1NA 1ZHAA 4KKXA 2F7FA 3IEBA 1H60A 3D0CA 3DFPA 1IGSA 4IX0A 4WX2A 3WK3A 1AL7A 2Y7DA 3F4NA 1AW1A 3W85A 2TMDA 1X7FA 3DKJA 4EF8A 1SU5A 3W7RA 4UTHA 2NUWA 3WJZA 2J9YA 4O54A 3G8RA 5DY2A 1ADOA 1TTQA 4CQAA 3RF9A 3SR7A 1R46A 1TJRA 2Y70A 3C2EA 1CW2A 2XN2A 4LC8A 1EB3A 2QJHA 1H63A 3DI0A 5DXXA 4FNPA 2FQIA 3W1TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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