The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
RRGGSTYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTEGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
Vascular endothelial growth factor A
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| publication title |
A Potent d-Protein Antagonist of VEGF-A is Nonimmunogenic, Metabolically Stable, and Longer-Circulating in Vivo.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
|
| chains with identical sequence |
H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MVK A; 4IOI E; 3UI3 A; 2JWU A; 1MPE A; 1MHH E; 5BMI A; 1F2R I; 3V3X A; 1JML A; 1PGX A; 1EM7 A; 2KN4 A; 1YNT E; 1XF5 L; 2RPV A; 4MAC A; 2PW9 A; 2ZW1 A; 2LUM A; 4D2K A; 2I38 A; 2JSV X; 2GB1 A; 4HKZ E; 1QKZ A; 2I2Y A; 1HZ5 A; 1K51 A; 4GLS C; 5HHD G; 2LHD A; 2OED A; 1C9F A; 3GB1 A; 2ONQ A; 1XCT L; 2ON8 A; 2PLP A; 1IGD A; 1GB4 A; 1YMH E; 2J52 A; 1FCL A; 3FIL A; 2JU6 X; 1IBX A; 4KGR A; 1MHX A; 2KDM A; 1PGA A; 1UWX A; 4KGS A; 2QMT A; 5HFY A; 5HG2 A; 2ZW0 A; 4IKG A; 1GB1 A; 3FIL B; 4OZA A; 1FD6 A; 2JXT A; 5JXV A; 1IBX B; 1ZXH A; 2NMQ A; 1HEZ E; 4HJG E; 1Q10 A; 2IGD A; 2K0P A; 1K52 A; 1P7F A; 1F2R C; 1D4B A; 2LHE A; 5BMG A; 2GI9 A; 2IGH A; 2KQ4 X; 1KH0 A; 2QSD A; 5HI1 A; 1IGC A; 2LGI A; 2KWD A; 4OZB A; 4WH4 A; 5BMH A; 2J53 A; 2N9K A; 2PTL A; 2EEL A; 1MI0 A; 2JZP A; 1HZ6 A; 1FCC C; 1K53 A; 1K50 A; 1PGB A; 1XCQ L; 2N9L A; 3MP9 A; 2N7J A; 2IGG A; 1P7E A; 2KAC A; 4KGT A; 4OZC A; 2RMM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GAQ B; 4WAF A; 2E3T A; 3APD A; 2MJD A; 2SAK A; 1MHH E; 2BYF A; 3AE4 B; 3HK0 A; 4BAX A; 1PQS A; 3ZRC A; 1LQB A; 3MC9 A; 1SJE D; 1WXS A; 4KX6 B; 1MJD A; 3H7S A; 4EZL A; 1F9J A; 4FHJ A; 3RNC C; 3AE5 B; 5I4D A; 5AZH A; 4M0W A; 2JQR B; 3IHP C; 2KD0 A; 2WXH A; 5HHD G; 4MM3 A; 3ZTD A; 4PS3 A; 1XCT L; 1E5W A; 1TTN A; 3FIL A; 2BVC A; 2IND C; 4TQ1 A; 3QC8 B; 1C1Y B; 2Y5B B; 1EF1 A; 2WXP A; 4DDI D; 2ZW0 A; 2GRI A; 4IKG A; 1MG8 A; 3L10 B; 4ANV A; 3EGR A; 2IY1 B; 2W3S A; 3ECI A; 4DXF A; 3TMP B; 1ESF A; 2DZM A; 4GIV A; 3TEX A; 4HWI B; 4L23 A; 2EKI A; 1WRI A; 3R66 C; 2IY0 B; 1HTQ A; 3KQ4 A; 3AE6 B; 4JE3 B; 1L4Z B; 3LYY A; 1E6E B; 4BBN F; 2FCS A; 2KN5 A; 1J7A A; 4J3O D; 1TY0 A; 1J8C A; 1R7S A; 1G6J A; 1SIJ A; 1C3T A; 2GMI C; 2WWZ A; 2FCM A; 3RNF C; 1SB3 C; 1V80 A; 3AU4 A; 1SIF A; 1WZ3 A; 3M62 B; 2AWT A; 1IUE A; 2N4F A; 1KLV A; 4JX1 C; 3R7R A; 3MJW A; 3GE3 C; 1WI0 A; 3J9C A; 2FCQ A; 3IXS A; 1RLF A; 1WGG A; 2VH2 A; 3OG5 A; 1XLO A; 2Y3A A; 1YNT E; 3Q8C A; 4HDQ A; 3PRM B; 4IW0 A; 3ZJT A; 1PDX A; 4L2Y A; 3P1M A; 2K8B A; 1OTR B; 2I38 A; 4GDL A; 3CST A; 2K25 A; 2JSV X; 1FNV A; 1WRD B; 2CS4 A; 4TMA B; 2I2Y A; 5IN7 A; 1R4N I; 2JRI B; 4MGK E; 3V60 A; 1C76 A; 1S1Q B; 3B9J A; 3PS6 A; 2KWV B; 1I4R A; 2W82 A; 3R2I A; 2L83 A; 5EE1 A; 3RZF A; 2AYO B; 3H6N A; 1CZP A; 2N7E A; 1EWY C; 4S0R A; 1JWU D; 3OJ4 B; 2V3S A; 4FBJ B; 4MH8 A; 2J0M A; 4IWQ A; 3DBH B; 1CK1 A; 3V6E B; 3I57 A; 3LXF A; 4Q2J A; 2VZK D; 3QJZ A; 1ZXH A; 4IUM B; 1UNS A; 5DPS A; 5DPR A; 3ZDM C; 2TSS A; 2QEJ C; 2JUO A; 1SE3 A; 3U52 E; 2NBW B; 2J0J A; 3HM3 A; 2LI5 A; 4G11 A; 3RYT A; 3T9L A; 3QQ8 B; 1TY2 A; 3VR8 B; 2PVO D; 3DHG C; 3DPD A; 2REX A; 1CQV A; 2WXR A; 3V6C B; 1GJZ A; 5H8Y E; 4HPL B; 3EUB 2; 2BYV E; 1ZDV A; 2WP9 B; 3ZYY X; 2UU7 A; 2OJW A; 2DHZ A; 2MBH A; 4W9F A; 3VFK A; 4ANW A; 2K39 A; 3H9D A; 1F2R I; 3Q3F A; 3KYC D; 1ZPS A; 2DZJ A; 5D3D A; 1TT5 B; 5FR3 A; 2LUM A; 2OJR A; 3C19 A; 1QOA A; 2H88 B; 2LD9 A; 4YL8 A; 4AJY B; 3NVV A; 4GLS C; 1YJ1 A; 3FKY A; 3TUO A; 4W9J A; 2K6Q A; 3P4P B; 2X8X X; 4II2 B; 3GP7 A; 2N1V A; 3W1S C; 3TEY A; 1OQQ A; 4BKT A; 3TBL D; 4ARI A; 2YLM A; 1YQ3 B; 4HPP A; 3VUY A; 2WU2 B; 4OVU A; 4KSK C; 4WIP A; 1E90 A; 2W55 A; 1IBX B; 3PRP B; 5LXI B; 5JZE B; 2MH7 A; 4YWG G; 2GBJ A; 2BQQ A; 3QA8 A; 1WGD A; 1EWC A; 2CU1 A; 1XT9 B; 4A3O A; 4A90 A; 2CHW A; 2L8J A; 2LHE A; 4DHZ B; 3DHH C; 3OLM D; 2M1M A; 3KUZ A; 4N58 A; 1STE A; 2KMC A; 2J53 A; 3URY A; 2M17 A; 2KC1 A; 4NNJ B; 5C2T B; 1KLG D; 2IYD B; 2L32 A; 1K50 A; 2M56 B; 1FFV A; 4TQ0 A; 2M4N A; 4KDI C; 1ZXI A; 1XEE A; 2EMT A; 3AB5 A; 3TEW A; 3PZ8 A; 2KAC A; 3I3T B; 4OZC A; 1I35 A; 2PPH A; 4EUT A; 2AX5 A; 4ZRJ A; 5GXG B; 1YQ4 B; 1C78 A; 1H4R A; 3ZNH B; 1V2Y A; 2INC C; 3UGB B; 1SXT A; 4K1R B; 4M8N A; 4K3C A; 1FFU A; 1YD8 U; 1C4P A; 1WM3 A; 2HTH A; 3KYD D; 4GGQ A; 3PZ7 A; 3RUL A; 2L1A A; 3LJ3 A; 2BYE A; 2LGD A; 3SEB A; 1J19 A; 3ZIM A; 2QHO A; 4JQW C; 3PV1 A; 2MX2 A; 1F77 A; 1ZGU B; 3AEG B; 4LJP B; 3NVW A; 2GB1 A; 3A9J A; 4P6V F; 2MP2 A; 3VTW A; 1J7C A; 3S2A A; 4NQK E; 1WX8 A; 1MHX A; 4HK2 A; 1Q0W B; 1TS4 A; 3AXC A; 2QMT A; 3MHZ A; 1YJI A; 2AL6 A; 1M4V A; 1IP9 A; 2KJR A; 4M01 A; 1FXI A; 1QQR A; 4S17 A; 4C7Y A; 3JYU A; 2K0P A; 2IO2 B; 4B0E A; 4BKG A; 5AZF A; 3BVZ A; 1SJH D; 3TSS A; 3AEE B; 1N6Z A; 4DHZ E; 1K8R B; 5BMG A; 4C4V A; 4EE2 A; 2MP2 B; 3IT4 B; 2DWQ A; 1QT9 A; 4CHK A; 5BMH A; 2D5G A; 3IAM 1; 3Q3M C; 2WXJ A; 5CHV C; 4LK0 M; 2CHX A; 3BZD B; 2WXM A; 4GXB A; 4UDU C; 1GC6 A; 2PMV A; 3AMZ A; 4WQO B; 2LWP A; 4II3 B; 2KLG A; 3BK1 A; 4ANU A; 3M3J A; 4IOI E; 1FXT B; 3R7Q A; 1SF0 A; 2Q5W D; 2MJ3 A; 2RD0 A; 3RI7 C; 3ZTC A; 4RFB A; 2LGS A; 2N1W A; 3SFE B; 3PHW B; 4GOC A; 2KAN A; 4RGO S; 2KWC A; 2ZVO A; 2LAS A; 1ZUD 2; 2GBN A; 1QIL A; 2RDH A; 3L54 A; 3AE8 B; 4KDL B; 3RPF C; 4HCN B; 3B0A A; 2BWF A; 3ALB A; 3AEC B; 3N1Y C; 4XDC A; 3L16 A; 3DCG A; 4JWS C; 3NZU A; 3N9Y C; 5T8I A; 5D2M B; 1WMH A; 3VRA B; 1EUV B; 3PTF C; 4MJS B; 1L7Y A; 1E0Z A; 1WX9 A; 1FD6 A; 3NS8 A; 5D6J B; 3P4R B; 4FUL A; 3KUD B; 3CWI A; 1V1P A; 1D5X C; 4RNA A; 2MBB B; 2L0F A; 3BY4 B; 4XE0 A; 4PK1 A; 4IDI A; 2WU5 B; 1RFA A; 1L0Y B; 1WY8 A; 1MFW A; 2BS3 B; 1K52 A; 4BOZ B; 2MLB A; 3W5V B; 2MSE D; 1TKE A; 2QIL A; 4FXC A; 3EHV A; 4M02 A; 1GPX A; 3QCA A; 2HDE A; 3ZQ4 A; 3DQV A; 2I1J A; 3Q6B A; 2LXC A; 4FJY A; 2JPH A; 1ZP0 B; 1WXM A; 1WMH B; 1N5X A; 3H7P A; 3RZW C; 3IBE A; 1FRD A; 4J6I A; 5G2N A; 1GC7 A; 1WE6 A; 4W9D A; 2NS5 A; 1GG3 A; 3D32 A; 4HEA 1; 2WXF A; 2YEP F; 4XYC A; 1R4M B; 1RAX A; 4BKS A; 3NHE B; 2ZPN A; 4RCO A; 2K9X A; 4NAM A; 1TS3 A; 2BT6 A; 1BML C; 2QC8 A; 4G0N B; 2IO0 B; 2L52 A; 2PIA A; 1RM6 C; 1V81 A; 1RYJ A; 2RDG A; 4REZ A; 2KVR A; 3GS2 A; 5IOI A; 4DDG D; 4DXA B; 3MTN B; 3Q3O C; 1HTO A; 2FIF A; 1PFD A; 3KWL A; 1TIF A; 4PYZ A; 4URK A; 5JH5 C; 1WIA A; 3DBR I; 2ON8 A; 2R2Q A; 4IG7 B; 1YMH E; 2OOB B; 3DVG Y; 5CHW A; 2GBM A; 1YN4 A; 2KLC A; 2BYT A; 5MPO A; 4YTN B; 4E3C A; 1ZW7 A; 4ZYN A; 4OZA A; 4PT5 A; 4B9K A; 5D94 A; 2LRU A; 4P1B C; 1WSP A; 4TUU A; 3AE7 B; 3AEA B; 1QOB A; 1AW7 A; 2LXA A; 4CO7 A; 2HE7 A; 4WJP A; 3Q69 A; 3EEC A; 4W9E A; 2N7D A; 1NVI D; 1JCK B; 1BXT A; 1XLQ A; 3PHX B; 4LNF A; 3SDL C; 5E6N A; 2KDB A; 2YEP B; 5FKA C; 2PE6 B; 1TS2 A; 2MA9 B; 3TL5 A; 2O2V A; 3O13 A; 2GLS A; 2ACZ B; 3LDZ E; 2HJ1 A; 1WXA A; 5EDS A; 4OZB A; 3DDC B; 3VR9 B; 3ZGZ A; 4LDT B; 1T6B X; 3VUW A; 1XQQ A; 4A8X C; 5IA7 A; 3RFZ B; 1UUP A; 2KJH B; 1DOX A; 3CSF A; 2WXO A; 1E7P B; 1FEH A; 3JSV B; 3MC8 A; 1L0X B; 2KDI A; 3PO0 A; 2WDR B; 3DBL B; 3GZN I; 2J0K A; 3ZUN A; 2O2V B; 5L95 C; 4BVU C; 1A5R A; 1YX5 B; 1OFF A; 4CYE A; 1WJN A; 2KX0 A; 4OVZ A; 2NVU I; 2CKH B; 3FC4 A; 1JWM D; 1SSN A; 2H89 B; 3RNB C; 2B3A A; 1E8Y A; 3KH0 A; 1VD2 A; 3ZXR A; 1OEY A; 3WIM A; 3WAP A; 4KVG B; 1L6U A; 1VDV A; 2D3C A; 3N3K B; 4KZ0 A; 4EKU A; 1VRA B; 4RMA A; 1LM8 B; 1FCL A; 2BW2 A; 2ICI A; 3BVG A; 4HVB A; 4FJV B; 1V6E A; 3ZO5 B; 2DZI A; 5KHO A; 3C8Y A; 4AP4 C; 2UWQ A; 1U4A A; 2ZZP B; 4LTU A; 4F8C B; 4WJO A; 4PYU A; 3V61 A; 3UIN B; 1JRO A; 3SFD B; 2MBE A; 3Q3N C; 2HJ8 A; 1WYW B; 4BOS C; 4ZHP A; 1ET6 A; 1E10 A; 3DBS A; 1WM2 A; 2PE9 A; 1AAR A; 1D3Z A; 3AE3 B; 2JVC A; 4N59 A; 1GNU A; 3L17 A; 3QK0 A; 2EMS A; 1DYQ A; 3BYY B; 2FNJ B; 2ASQ A; 3A4R A; 2N0S B; 2I1K A; 3OWE B; 1PGB A; 2OHF A; 3ETR A; 2CHZ A; 3VTV A; 4OVV A; 1P3Q U; 1VZ7 A; 2N7J A; 3AI5 A; 3WA0 A; 4EOY A; 4NJC A; 4K81 A; 4HPM B; 5BYQ A; 1T3Q A; 1UZX B; 2RR9 A; 4YTP B; 4IWO A; 5J17 A; 5LNK 1; 4BFR A; 4JGH B; 1KFY B; 2MCN B; 4NQL B; 3AE2 B; 3IVF A; 3R3M A; 5GMV A; 1SGH A; 1UD7 A; 4C7Z A; 2KDE B; 5L83 A; 5E6J A; 2D2Q A; 2BGF A; 4MGI E; 3U7Z A; 3RD2 A; 4WWN A; 1S3S G; 2N9E B; 1YX6 B; 2JU6 X; 5J2R A; 4P1C C; 2YVC A; 1L4D B; 1IBX A; 3MC0 B; 4KGR A; 4M8M A; 2KDM A; 2ZCC A; 4ZOH C; 1VZ6 A; 3H8H A; 2C5L C; 3JW0 X; 3LB8 C; 3W2D A; 1N60 A; 2ZVN A; 3ZDT A; 1KLU D; 4GDK A; 2NMQ A; 4WWP A; 3VAW A; 3M63 B; 1WR1 A; 2K5P A; 2K8H A; 2M19 A; 3HVZ A; 4F1S A; 1VZ8 A; 2LZ6 A; 2K22 A; 3I63 C; 3AH7 A; 3C0R B; 4MEM A; 5BYR A; 3VXW A; 3KLS X; 4FHK A; 3RNA C; 1UF0 A; 2JZP A; 2KTF A; 2KAJ A; 4OHJ A; 2BF8 B; 4ZRI A; 1SE4 A; 1NEK B; 2Z0E B; 4AOF A; 1T0R C; 2LGX A; 3N20 C; 2FUG 1; 4RGN A; 4KGT A; 1J0G A; 2WXQ A; 2RMM A; 2V4I B; 4GMV A; 4GDK B; 3SD5 A; 1Q1O A; 3A9K A; 3MJ5 A; 1MPE A; 3ZJV A; 1V86 A; 1OQR A; 1WGY A; 2RSU A; 2RGF A; 4TKN A; 4O1N A; 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4XX5 A; 1YQB A; 5J18 A; 2IPK D; 3SU8 X; 2DYB A; 3RMK C; 4EFO A; 4BKS D; 5D7G A; 1D5M C; 2K6D B; 1K51 A; 1WJU A; 2BS4 B; 1I4H A; 1YN5 A; 4BZA A; 1V49 A; 4MJS A; 3SR6 A; 5EE0 A; 3WAO A; 1FIQ A; 1NBF C; 3KW5 B; 4HKQ A; 3Q8F A; 5AUI A; 2C60 A; 4YXD B; 5HFY A; 5HG2 A; 4W9C A; 2KQS A; 1Z2M A; 3JVZ X; 1XD3 B; 3A33 B; 3HUI A; 2JRH A; 4WUR A; 4C00 A; 2WXG A; 3UQA A; 2BKR B; 4DXG A; 2MBO A; 4A3P A; 2G3Q B; 4YSX B; 2W3R A; 1I7H A; 1F2R C; 5AZG A; 4LNI A; 4WWO A; 3WAM A; 1UEL A; 3VH3 B; 3RNG C; 4RM8 A; 2KDF B; 3P2B A; 1AWD A; 2FID A; 2PTL A; 1MI0 A; 4K3B A; 2AQ1 B; 1WF9 A; 3AE9 B; 4XWT A; 2IO3 B; 4P16 A; 2NCN A; 2GOW A; 3AEB B; 4MDK E; 2L05 A; 1MVK A; 2D11 A; 1WE7 A; 3WCQ A; 2QDF A; 3QWZ B; 3MHS D; 1E7V A; 2LJI A; 2D10 A; 3N32 A; 3PLV A; 1AN8 A; 3B2F A; 1OGW A; 5DPW A; 5DPT A; 1XLN A; 2PW9 A; 3RUI B; 1VJK A; 4C56 C; 1C4C A; 4EZJ A; 2KTR A; 2NBU A; 3M95 A; 4G3X B; 4YTM B; 2M0X A; 1WFY A; 1JRP A; 2KK8 A; 2PJH A; 3DWM A; 2G45 B; 4MSM B; 2ONQ A; 2HD5 B; 4US8 A; 4WQM A; 3U2S C; 3PGE A; 2ZNV C; 1WYG A; 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