5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
3J7ZO 5GAGP 3CCEN 1YJWN 4WFBL 1VQKN 1YI2N 5H1SQ 3CMEN 1N8RO 3CC2N 1VQ5N 1VQLN 5GAEP 1YJ9N 3G71N 3CMAN 2OTLN 3PIPL 3CC4N 3CC7N 1QVFM 4WFAL 1Q82O 3G6EN 3CCRN 3CCQN 1JJ2M 1YJNN 3CD6N 1ILYA 3CCMN 1NJIO 1S72N 5JVHL 1KQSM 4WF9L 1M90O 1VQNN 4U67L 4WFNL 1Q81O 2ZJQL 1YITN 2OTJN 4IOCL 4WCEL 1OVYA 1K8AO 1VQ6N 5DM7L 5HL7L 1W2BM 3G4SN 1VQON 1VQMN 1QVGM 1K73O 5MLCQ 3CCVN 1M1KO 3CPWM 1VQ8N 1VQ4N 5GADP 5JVGL 3CXCM 3CF5L 4IO9L 3PIOL 1YHQN 1VQ7N 2QEXN 3CCLN 3OW2M 5DM6L 5GAHP 3CCSN 2ZJRL 3CCJN 2QA4N 1Q7YO 2ZJPL 4IOAL 1VQPN 3DLLL 3CCUN 1KC8O 4UY8O 3I55N 1VQ9N 1Q86O 1KD1O 1K9MO 3I56N 1YIJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KIOA 5HRSA 3OS1A 5E41A 1QSYA 3MN9A 1RGIA 1JCGA 3AGRA 4DQ8A 1QQMA 3CM5A 4DF8A 4JI7K 3HI0A 3KLGA 4ILHA 4CW7B 5HRNA 4DFKA 2VG5A 3ZETA 4CEFA 4RW6A 3CC2N 3A8YA 2AP1A 3H1VX 4E0DA 2JLEA 3K5OA 2O8EA 1VSDA 3CMAN 1ZBHA 3NVMA 1NGHA 3CC4N 2F8TA 4V19S 2UXBK 4CJVA 1BISA 2E88A 2WOMA 3G6EN 1NOYA 4FJHA 3CJAA 1RDAA 4M63C 2IGIA 3CD6N 2RPIA 1U2VA 3QFUA 4M3WA 1SZ2A 1NJIO 3RVCA 1DLOA 4RTFD 3TWHA 2Q0UA 4CJ7A 1GOAA 2Q36A 1C0FA 4FLTA 1T3VA 1C0MA 4KH6A 4H0VB 4HTUA 1VQ6N 1D5AA 2F4VK 5AZIB 5MLCQ 3QBWA 3QNOA 4RW9A 3OHRA 3B8AX 3FZKA 1TUUA 1GLJO 4K8XA 3THYA 3LPUA 2Y1JA 3SAHA 2YKMA 3QO9A 4AH9A 1EO1A 1BA0A 3MXIA 2A1RA 4E7JA 3DRRA 1HR0K 4QAGA 1Q7YO 5HRPA 3E1YA 5CR4A 4EHUA 2HBKA 5AQZA 3VEOA 2UUBK 4YOVA 2GWKA 4EAHD 2ZE2A 4QS7A 3MDQA 2KFZA 3W0LA 2J4RA 4WQ4A 3WNGA 3FE1A 1NGGA 5ELZA 4LH4A 4QCLA 3HJFA 3ZETB 2HNYA 5GINA 4OLBA 2WUSA 1SKSA 3HSTB 4FSVA 4CHQA 3CCEN 4B1ZA 5LY3A 1OH7A 3QEIA 4NYFA 4KFBA 4KRFA 3C65A 3CFOA 3O9QA 4JK8A 3M8RA 1O13A 2YV0X 3ULEA 3VOVA 1IBMK 4B9VA 5AQHA 3NF9A 1GLLO 3E9LA 2DTUA 3QEPA 4JV5K 4KO0A 1U2VB 3AAQA 5AQXA 3G71N 4YOYA 3QEWA 3S3MA 1NGEA 1GLEG 2Q31A 1YVUA 5AQVA 3CCRN 1UA1A 2IIRA 4F2SA 2FSKA 4BRKA 4JKEA 4BRMA 1ILYA 3VQ9A 1KRPA 1EX4A 3D2FA 3ZSZA 2P5GA 4FJMA 1NJYA 3W3DA 3SUQA 4DUZK 3P31A 4CD1A 2QWOA 1KVCA 3GE1A 4DV3K 3WNEA 4DG1A 1ESVA 2ATQA 1TKZA 3JSMA 3QLHA 4DR2K 5BR8K 3NVKA 2W40A 4GMJB 2I7NA 1QVGM 1I94K 2P5OA 4F3TA 3I8BA 3H3NO 4FWLA 2YHWA 5JVGL 4YOUA 5HBMA 3L6QA 1JL2A 4CE9A 3FZFA 1ASVA 1CZAN 4IDKA 1S1TA 4C8MA 1IBKK 2AA4A 1S9EA 4CFCA 1S5JA 3P4IA 2QK9A 4FWPA 1SQKA 5B8HA 1QQNA 3GG4A 4BG8A 4JS4A 3KK3A 1KVAA 4ELTA 5EVZA 1QS4A 2GV9A 5BR9A 4UY8O 5M1PA 3I56N 3ULEB 4DU3A 1YIJN 1QSSA 2QXFA 3VENA 5CYQA 2DFHA 1ASUA 3LP1A 1VRTA 1JXBA 1RT3A 3CJ9A 1EETA 3HXMA 3R1XA 1X9SA 3O3FA 4BROA 4CEAA 4BRDA 3HTVA 2KFNA 3ENBA 4PKGA 4LY7A 4K41A 3DLRA 4BRFA 3PX0A 4JK9A 4CGGA 3NF7A 5AQKA 1QSLA 4M3UA 2CH5A 4DSEA 1VHXA 4GW6A 3D2FB 4E7LA 1WSIA 3LM9A 3CC7N 1J5OA 1BCOA 3THXA 4FJNA 4BVOA 5KQDA 2DFFA 5C12A 3SAFA 4DSIA 4MFBA 1C0GA 3MECA 5AQGA 4JK7A 2G8HA 1X9JA 2QWLA 3CCMN 4LFAK 1BQNA 1HQEA 1TK0A 1SS6A 4BR5A 3VQDA 1XI1A 3M8QA 2Q2RA 4U67L 4KHQA 3FZMA 4FJJA 3BZKA 3AVKA 3T1YK 3O4WA 3IKMA 4BR9A 3SUNA 2NLXA 4CERA 5KPTA 3J8AA 2E1YA 4B3SK 3TAQA 1RDDA 1NWKA 5AQIA 1C1AA 2FC0A 1NGJA 3MEDA 3ENOA 5CYMA 3G4SN 1VQON 2W41A 3HO1A 4JNEA 3THWA 4NLBA 1GLDG 3P39A 3SCXA 2E20A 5AQWA 1RDBA 4WQ4C 1LCUA 5JLFA 4B3TK 3VQ8A 3CF5L 1HNZK 3CYMA 4FK2A 4C1NI 3CI5A 4C1NK 2Z1GA 3SQ2A 2O8BA 3CCLN 1NMDA 2ZJRL 4IFEA 3TI0A 3RRGA 3VGMA 5I42A 1ZXOA 3O08A 3VGLA 2YNIA 4DR1K 4OO1J 3L4IA 4FLVA 4FJGA 3WQUA 3CJCA 4CHZA 1JL1A 3NFAA 4M3XA 4CZJA 3TSPA 2QKBA 2NRXA 1XNQK 3ATUA 3EE9A 1ZBIA 2W6LA 5C15A 4PUOA 3OS2A 5FDLA 3KLIA 4Z4HA 1R0AA 2ASOA 4Q0BA 4CEOA 5CZ2A 2D1KA 4PKHA 4EP5A 1L3SA 4LFBK 2VQEK 3EO3A 3ZX3A 4CZGA 3C0BA 3THXB 4DV4K 3ZT3A 4KI6A 3C6AA 1ZYQA 4O5BA 1N8RO 4C8OA 3JYTA 1S3XA 3WNFA 1NK8A 3HOSA 1Q8IA 3AVIA 3LP2A 5BRFA 3OYEA 4N41A 3VEXA 2XY5A 2QWQA 4AHTA 4N56A 4WFAL 5KQ8A 1N6QA 3BUZB 3CHWA 2HBLA 1CXUA 1S1UA 1X9WA 4DQSA 3MXJA 1BL3A 3H45C 1NK5A 3AVLA 3Q7BA 5AQJA 4CJEA 4OX9K 5C2FA 4IG3A 3I8DA 3THWB 2OZSA 3JAMO 3SV4A 5JS2A 4OGCA 3VF4A 3M8SA 2Z1HA 4FLYA 4JI1K 2I5JA 5BPNA 4EHTA 1TK8A 2O8BB 2V51B 4FOIA 4FWMA 4AHVA 4CJLA 3SLCA 3L0QA 4O55A 4N5SA 1C1BA 3CJBA 1RILA 2FXUA 4HUGA 4FOEA 3VQ6A 3MN5A 3WT0A 4LD0A 2HW3A 1NK7A 1FJGK 1NG9A 1UOCA 3LWLA 3A2FA 3TAGA 3GDQA 4CJ3A 2NRRA 4CZIA 2NRTA 4IFYA 5JS1A 3L3VA 1WLJA 4Y1CA 5LMNK 1EP4A 3P1GA 5KRTA 4IXCA 1IV0A 2OPSA 3NF6A 3CCUN 2X78A 3O3GA 5HOOA 4OKJA 4B9QA 4BQLA 5CY4A 3KK2A 3DLEA 4CIGA 1W7AA 1J9AA 5TKWA 1HX1A 3OBWA 4FWNA 4JI3K 1MU2A 1Z25A 1NBWA 1N33K 1C0UA 4NCBA 5AQLA 2F96A 5EOYA 3QDKA 3ZSWA 1NGDA 1XMQK 3QIOA 2KZZA 4CEEA 4CHNA 4B08A 4N76A 2KZMA 2NUBA 2E5LK 4LF9K 4KH4A 4I6MA 3CQYA 4CJPA 1QQCA 4M7XA 4M7YA 3IFRA 2OA8A 2E2PA 4FLWA 3EKSA 4J8FA 4DU1A 2X74A 4DWIA 1EQYA 3DLGA 3O5BA 2ZWHA 4ID5A 1ATSA 2A40A 5SWMA 2GEMA 4ID1A 3S9HA 3M1FA 4J2EA 2IVNA 1XC9A 3IDHA 2RE2A 3SAGA 2NNWA 3VEYA 4PWDA 3KK7A 1S72N 4N47A 3RR8A 1RBVA 2W6KA 3VEZA 2YHBA 4AQYK 5BRHA 3OJSA 1VSIA 5FPDA 3T1HK 1U6ZA 2P9IB 4ISFA 1BGXT 3E9OA 2JWLA 4DTOA 4EZ6A 4OLAA 3IMXA 3MN7A 4O8KA 3AA4A 3SBGA 1FKPA 1VSJA 4DB3A 5KPZA 1VQMN 4JI0K 3R9PA 3ZSRA 3LPTA 3LDLA 2VCPA 3SBTA 4Z94A 5LJWA 4DV6K 1VSLA 3O1BA 4NYNA 3MMVA 5M1QA 4FLZA 4E7KA 3PSFA 2FSNA 4IO9L 2NRHA 3KWIA 4JD2A 1NGCA 4W5QA 2X6SA 3ATVA 3OVNA 1RBUA 5FPMA 4DR6K 5HLFA 2HVHA 3KD1E 1RBSA 3ZCMA 1KC8O 1SKWA 1GLCG 1CZBA 2KW4A 4UQGA 2NRVA 1YVNA 4NXMK 1HLUA 4J2AA 2WBNA 3N4PA 4RWTA 5FPEA 1NKBA 5GAGP 4B3RK 1IKYA 4I6MB 3ZEUA 1MDUB 4F9OA 1XNRK 3WXMB 1LV5A 2Z1JA 4YOXA 4B1YB 3DLBA 4CZKA 3ID8A 3RMDA 4EP4A 4BRGA 3F9KA 3G10A 2E6LA 5KGWA 4ELVA 1P8ZA 1I3AA 3KD5E 3HVRA 1T8EA 5IT9O 3O9TA 4CK1A 1GLFO 4R79A 3DLKA 5FPNA 5AZJB 2HHUA 1T6DA 1JLCA 2A42A 4BGBA 5KGXA 4WQ5A 3KKRA 3VQQA 3CCQN 4FLXA 4TSXA 4HVJA 2BGGA 3EYZA 2ZM6K 4WF9L 1BCMA 4W5NA 2BUPA 4Z4CA 2ZJQL 4M3RA 3BDPA 2QM1A 4OPJA 1I39A 3FZLA 3LDQA 1KAXA 4H8KA 2IDOA 1BA1A 3ZT1A 1VSMA 3K58A 4JD2B 1W2BM 4DS5A 4CJTA 2RKIA 1QTMA 1VQ8N 4DTPA 3RR7A 3VPZA 4ILGB 4WE1A 4IDHA 1HPZA 1S22A 3WXIA 4JKDA 5KI6A 2YNGA 3P38A 4DFPA 4B1UB 3RMAA 2DY4A 3SMPA 3DJCA 3AO5A 5EU7A 3OW2M 3VA0A 5DM6L 2XRIA 3I0RA 3BP8A 3KZBA 3LP3A 4DTRA 4FWOA 4KH5A 4IOAL 3O80A 2EHGA 1VQPN 4CF2A 1P90A 1E4FT 2OZMA 2E8AA 3ZSVA 1J53A 1VQ9N 3V1RA 1KD1O 1K9MO 4IBNA 4IFVA 3DOLA 1NK6A 3MWTA 4CJSA 4CCHA 3QMLA 4GNIA 4JI2K 2A6AA 1NNEA 5I3UA 5I9EB 3AVBA 3FLCO 3MCPA 3L8BA 3QINA 4E3SA 4H5TA 4AHCA 3N4QA 1IJJA 3QNNA 1X3NA 4CHPA 3SZ2A 4HHTA 3NHGA 4GV3A 1HUXA 3CM6A 1JCFA 1YJ9N 5C10A 1D9FA 2IAJA 1UAXA 2OTLN 3L3UA 2ZQBA 1BU6O 3PIPL 1QVFM 3L2WA 4IJNA 3TABA 4LF6K 2E2QA 4YDUA 4RW4A 2O8EB 3DMJA 3TTDA 1JJ2M 1K6YA 3KJVA 4AF1A 4KV8A 1RBTA 3SPZA 3AO1A 1XHXA 4IG0A 1ASWA 1O1WA 3C7NA 4W5OA 4DV0K 1YITN 2OTJN 3OYCA 4CF8A 3QEXA 4F8RA 1DT9A 3MCAB 3L2QA 3U9DA 2JWKA 5EY4A 5AQFA 3ITHA 1YUWA 3QB0A 1K73O 3H3OB 3KLFA 4DLGA 4BQZA 2HSTA 3DRPA 2Q97A 3NH0A 4ELUA 4MLEA 4M3TA 1WOQA 3PIOL 5EX5A 4GV9A 3HZ6A 5E84A 3T69A 5ADXH 4CHYA 1RTIA 2E4LA 1OH5A 5AQYA 3G25A 2F7TA 3THYB 4O5FA 4MO5A 3KVGA 3J7YP 4L8RB 2KQ2A 2PFUA 5ADXA 3HPGA 5M1KA 1BWFO 3U9ZA 2WONA 2UYTA 4DR5K 4RG8A 3V81A 3THVA 4JHDA 4IEIA 5LJVA 2F9WA 3ZT0A 1OH8A 4CFBA 1XMOK 3VN5A 3AA5X 1Z05A 3WXJA 3E01A 3A5MC 3HVTA 4H0OA 3O1WA 3TR8A 4X66K 4FVUA 4FK0A 2CH6A 4WQ5C 4YFUA 3RRHA 4FW2A 2OYQA 1ITGA 1YI2N 1YF5L 3QFPA 4ZHRA 3LANA 2VWBA 2ZF5O 1MWMA 5AQRA 1HYSA 1SV5A 4JKAA 4KBOA 1NGBA 5J1EA 3PLAA 1LOTB 2D0OA 2EX3A 2HF3A 3DI6A 4CD3A 2QWPA 3RWUA 4PL8A 3TANA 4H0TB 1KTQA 3QETA 1X1PA 3C7NB 1TAQA 5JICA 4FZZA 4CJQA 4A5BA 1X3MA 2FBTA 5AQSA 4FJKA 4O0JA 4B8AB 4HWIA 1RTDA 5AJ3K 4QS9A 3D2EA 4RCHA 3GL1A 2Q1NA 2UU9K 4B9LA 2HNDA 3BZCA 1KQSM 2G8UA 1G15A 3OYAA 4KAZA 1YT3A 4DSLA 1SAZA 3L2VA 3V4IA 3R3LA 4FVMA 5K14A 3VF2A 3DOKA 2O8CA 3R6MA 3TSUA 3UE5A 5HL7L 1T44A 4Q5VA 1HYZA 4BGAA 4BRPA 5AQUA 1XWLA 1NJWA 3V6DA 4KKOA 4CJ5A 3EY1A 5HP1A 4B3OA 1JCEA 1WSGA 4C8KA 1RT4A 4B3MK 4FZYA 4X64K 3F73A 4NO7A 5M1OA 4FM2A 5C24A 1YHQN 3LALA 5GAHP 2A5XA 1NMNA 3CFPA 2HHWA 1NK0A 2ETJA 1WSJA 4LFCK 2BDPA 1J6ZA 1U47A 1S6QA 2NRZA 3L4QA 4ZTFA 4CEBA 2RN2A 4CECA 3VERA 2KHOA 3RMBA 4BRQA 4Z4EA 3V9SA 4C23A 1W0HA 2QI2A 3FR0A 4BR0A 1TYQA 1WN7A 1OVQA 4BDYA 4YDUC 1GOCA 3O4NA 4DQQA 4H5VA 3VF6A 2W42A 3AVFA 1KSPA 1HKBA 1WSHA 4C8LA 2WFBA 3MXMA 4I2QA 1RT1A 2OPQA 3OYGA 3DXKA 3VETA 3D2EB 4MDAA 3RTVA 3VQAA 3KTQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3J7Z O;  5GAG P;  3CCE N;  1YJW N;  4WFB L;  1VQK N;  1YI2 N;  5H1S Q;  3CME N;  1N8R O;  3CC2 N;  1VQ5 N;  1VQL N;  5GAE P;  1YJ9 N;  3G71 N;  3CMA N;  2OTL N;  3PIP L;  3CC4 N;  3CC7 N;  1QVF M;  4WFA L;  1Q82 O;  3G6E N;  3CCR N;  3CCQ N;  1JJ2 M;  1YJN N;  3CD6 N;  1ILY A;  3CCM N;  1NJI O;  1S72 N;  5JVH L;  1KQS M;  4WF9 L;  1M90 O;  1VQN N;  4U67 L;  4WFN L;  1Q81 O;  2ZJQ L;  1YIT N;  2OTJ N;  4IOC L;  4WCE L;  1OVY A;  1K8A O;  1VQ6 N;  5DM7 L;  5HL7 L;  1W2B M;  3G4S N;  1VQO N;  1VQM N;  1QVG M;  1K73 O;  5MLC Q;  3CCV N;  1M1K O;  3CPW M;  1VQ8 N;  1VQ4 N;  5GAD P;  5JVG L;  3CXC M;  3CF5 L;  4IO9 L;  3PIO L;  1YHQ N;  1VQ7 N;  2QEX N;  3CCL N;  3OW2 M;  5DM6 L;  5GAH P;  3CCS N;  2ZJR L;  3CCJ N;  2QA4 N;  1Q7Y O;  2ZJP L;  4IOA L;  1VQP N;  3DLL L;  3CCU N;  1KC8 O;  4UY8 O;  3I55 N;  1VQ9 N;  1Q86 O;  1KD1 O;  1K9M O;  3I56 N;  1YIJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KIO A;  5HRS A;  3OS1 A;  5E41 A;  1QSY A;  3MN9 A;  1RGI A;  1JCG A;  3AGR A;  4DQ8 A;  1QQM A;  3CM5 A;  4DF8 A;  4JI7 K;  3HI0 A;  3KLG A;  4ILH A;  4CW7 B;  5HRN A;  4DFK A;  2VG5 A;  3ZET A;  4CEF A;  4RW6 A;  3CC2 N;  3A8Y A;  2AP1 A;  3H1V X;  4E0D A;  2JLE A;  3K5O A;  2O8E A;  1VSD A;  3CMA N;  1ZBH A;  3NVM A;  1NGH A;  3CC4 N;  2F8T A;  4V19 S;  2UXB K;  4CJV A;  1BIS A;  2E88 A;  2WOM A;  3G6E N;  1NOY A;  4FJH A;  3CJA A;  1RDA A;  4M63 C;  2IGI A;  3CD6 N;  2RPI A;  1U2V A;  3QFU A;  4M3W A;  1SZ2 A;  1NJI O;  3RVC A;  1DLO A;  4RTF D;  3TWH A;  2Q0U A;  4CJ7 A;  1GOA A;  2Q36 A;  1C0F A;  4FLT A;  1T3V A;  1C0M A;  4KH6 A;  4H0V B;  4HTU A;  1VQ6 N;  1D5A A;  2F4V K;  5AZI B;  5MLC Q;  3QBW A;  3QNO A;  4RW9 A;  3OHR A;  3B8A X;  3FZK A;  1TUU A;  1GLJ O;  4K8X A;  3THY A;  3LPU A;  2Y1J A;  3SAH A;  2YKM A;  3QO9 A;  4AH9 A;  1EO1 A;  1BA0 A;  3MXI A;  2A1R A;  4E7J A;  3DRR A;  1HR0 K;  4QAG A;  1Q7Y O;  5HRP A;  3E1Y A;  5CR4 A;  4EHU A;  2HBK A;  5AQZ A;  3VEO A;  2UUB K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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