5HR6A

X-ray crystal structure of c118a rlmn with cross-linked trna purified from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
354
structure length
353
Chain Sequence
INLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords RlmN methylase
publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 353
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr6A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr6A02
3SGUA 2TMDA 3G1YA 1J2WA 2TRSA 2FB2A 2QUTA 3JRKA 2ZQ0A 4O0ZA 4FX7A 5H2ZA 1F5ZA 3GK0A 2JBMA 5HWMA 1LBLA 2VFHA 3P5ZA 3DFTA 1KLZA 3BW2A 3IV3A 3IRDA 2V5LA 5D04C 2G5WA 5HUPA 3G22A 1H7XA 4IQLA 1FBAA 1GT8A 3KRZA 3QW4B 2E6YA 3DENA 1B4EA 5FF7A 1OYCA 3W7PA 3HGJA 3AJXA 4LVGA 1KW1A 4UFHA 4JTEA 2WSYA 1VHCA 3UWYA 2V2DA 4O57A 5FESA 1DBTA 1NFBA 1H50A 1QPOA 3LXCA 4FNSA 4JTGA 4N9CA 5LSMA 1OJXA 3P84A 2CLOA 3HB9A 2NX1A 4R53A 1D3HA 1GJPA 3O6YX 1FCVA 1ZAIA 3ANYA 3C2RA 1QCWA 1GVFA 2CLIA 3GDKA 2C19A 5C55A 4XWUA 3L0KA 1IIHA 1QWGA 4FEZA 4UR8A 1JUKA 4UTWC 4POCA 3EXSA 4GUHA 1WOAA 4EVZA 4BWLA 3C2OA 1OFRA 5AYXA 3R89A 3THAA 2P10A 3DHDA 1HTIA 3DHFA 4O0KA 5HINA 1Y0EA 1QAPA 4PTNA 5LZLA 2J9XA 3SW6A 1WOBA 3WK2A 1GPWA 1YPFA 5I3GA 3NQ7A 3LERA 3G0XA 4Q32A 2ZCGA 3RK8A 3E02A 3QMTA 2GJLA 4UTIA 4X3ZA 1JCNA 3TJLA 1HO1A 2YXGA 3LXBA 3MBFA 2ZRUA 1FWRA 1DL3A 3GAKA 2Y7GA 3S5ZA 3O6CA 2QCNA 1J4EA 2JGYA 3W7RA 4JIQA 4UTMA 2VELA 3LHWA 4N2YA 4WQ6A 5HR7A 1H7WA 3UWVA 3HF3A 4BI7A 1S5WA 1W5OA 4P2VA 4ALDA 1W3TA 3BVJA 2A21A 3LGEA 3TKFA 1YPIA 2AQWA 1FCQA 3E12A 1HFBA 4LUJA 2CZEA 1YXYA 5AC8A 4A21A 2I9EA 5CSRA 3W83A 4WY0F 4UXDA 1EPXA 2RH9A 2FJKA 3VCRA 2QCCA 1N55A 3G24A 3IIXA 3NQGA 3WJZA 2A2IA 4MJMA 2ZRWA 4IMDA 2B0MA 3UPWA 4O4WA 4GBUA 1AW2A 1LRTA 4UTUA 2H3BA 5TIMA 3W1TA 1I2NA 3MP3A 3GYEA 3HG5A 4IMGA 3OHIA 1SZFA 3W7HA 3G8EA 4M6VA 3EEGA 3MP5A 4LV4A 1EA0A 2C6QA 4LS1A 1A5CA 2GQ8A 5LNVA 1RQBA 4JY8A 4UIOA 1JQVA 3NYZA 1KV8A 1KTBA 3EXTA 1XBXA 2P0OA 2NXGA 1Z42A 4H3DA 1R30A 4EWND 4ZMGA 1VZWA 3W86A 1LBFA 4EF9A 4WY0B 3LM7A 4LC8A 1EIXA 4DELA 3KVKA 4LV9A 3GAYA 4XZ9A 4MOZA 2V2CA 2CLMA 2GQ9A 4QNEA 4AHPA 4S2CA 2H3DA 2ZZ3A 4JTIA 4QJ1A 2CLHA 5LHEA 1XI3A 1SFLA 3STFA 3CHVA 3G1FA 3TQ0A 1SFJA 1GVRA 4MUZA 3B03A 4D2JA 3FLUA 1PIIA 4OE7A 4IWWA 1RVGA 2FPYA 1IIGA 3LHYA 3TU9A 1XUUA 2WSRA 3DBPA 3W74A 1IXNA 2CLLA 2UV8G 3H55A 1F2JA 2EHHA 3W7DA 4GUJA 1THFD 3D0CA 3QM3A 2ZZ6A 3W7JA 1W56A 5DCEA 3S5OA 1EP2A 3BARA 5L9FA 3LCGA 4TMCA 3AO0A 2J9ZA 5AYZA 2JKAA 3L21A 3GVGA 3C2FA 5LNSA 1R2SA 1OK4A 3NQCA 2FB3A 1O94A 2NZLA 1JRCA 1MEWA 3LCIA 4NJKA 2C1HA 4O50A 3KVLA 4TX9A 4FNUA 4MFEA 3CPRA 5EL1A 3TSBA 4K7VA 4GRSA 2Q3RA 4RZ5A 3R8RA 1LYXA 3U2OA 2TYSA 4BK9A 2J24A 1K8ZA 1OK6A 5CZJA 3UWQA 4KWWA 1YDNA 3CEUA 3PWAA 3UD6A 3CLMA 5CZSA 3W88A 1R2RA 5H91A 3IEBA 3P82A 4QISA 1L2UA 3NQVA 3WJWA 1ZNNA 3HGOA 1M7PA 4O4VA 1H62A 2G95A 1EP3A 1ZAHA 2A0NA 4AB4A 3GDTA 1PVNA 1NVMA 2C14A 4QNWA 2PE4A 5I3JA 4AXKA 2YCEA 3GNNA 1XDLA 1SSGA 1OFEA 1JVNA 2QCLA 2VFIA 3JR2A 3W1QA 4FHAA 3PBVA 3TSMA 4K37A 5BOOA 3PBYA 3A9IA 1UCWA 2Y85A 3OVRA 1FXQA 1YDOA 1QPNA 4RJEA 2XN2A 4JX6A 5BNKA 3C56A 5D33A 4MLRA 2B4GA 3W1NA 5DELA 4ML9A 4Q4KA 3TAKA 2CW6A 2A85A 1KFJA 1HUVA 5G5IA 1LROA 3UXAA 3O1NA 1TPUA 5K9DA 1QPRA 1JJKA 1G7VA 4Z1DA 4K38A 3DI1A 1ZFJA 3NGJA 1WQ5A 4XBKA 1YTDA 1VC4A 4LS2A 3DFSA 3NQDA 4ZVJA 4N6EA 1SW0A 4U4MA 2RHGA 1G4EA 1UASA 3BLFA 2NUWA 3N2XA 2J6XA 2KZHA 5KZDA 3R2GA 2B7QA 3BW3A 3VKJA 2DZPA 4AWUA 5F2IA 3PR2A 1F05A 3QYQA 2CLKA 2E6DA 5FF4A 5C5YA 1XM3A 2GVGA 2WQPA 3V75A 3LBCA 1ML1A 4N9BA 3B04A 1N8FA 3DXIA 4JTJA 2PC4A 4ICNA 4ZQNA 2ZFAA 4ORIA 4GC4A 4QQ3A 5D2VA 5AC7A 3EWZA 2IQTA 5G2WA 3T7VA 2X1RA 1QFEA 1IXPA 3LI1A 3MUXA 4DO5A 1TQJA 4YWIA 2C13A 5U7SA 3G8RA 1FWNA 2B7PA 2FLIA 2V0TA 1MXSA 3EWWA 4N9EA 4O53A 5C54A 3QW3A 5KTLA 1KM0A 1S5VA 2QCGA 3QFEA 5KSWA 2ZRZA 3LRLA 1Q6OA 3GZ3A 3N9RA 2B7OA 3P60A 1H7RA 1QNVA 5G1TA 1S3HA 4HNTA 3FJ6A 1T99A 3WK3A 4LVAA 4DF0A 1AK5A 3EWYA 2OCZA 1WX0A 1F73A 2FPTA 2PURA 1PE1A 3Q37A 4UNLA 2QAPA 3G1VA 4NJJA 5J5DA 4LT9A 1LORA 4AWTA 2E6FA 5AC6A 5EA9A 4FXSA 2GVJA 1H5YA 1LOQA 3NL5A 4UTHA 4JTFA 3C8FA 1V7YA 4JTHA 2QJGA 3DGRA 3GIYA 4P61A 4NZJA 3KX6A 1EEPA 1QDSA 3GX9A 1ME7A 4RK8A 3N2MA 4MPQA 4R33A 1A5SA 1TV7A 2Q8ZA 4WXZA 5MHBA 6TIMA 1NF7A 3PSVA 1M5WA 1SR9A 3C52A 4YMZA 3ABOA 3QQ0A 5DXYA 4O12A 5DY2A 3V1PA 1JCJA 2V5BA 2FDSA 3MHUA 3P67A 3NVTA 2DZXA 3A5FA 1Q6QA 4MYAA 2QAFA 4E0CA 4H6KA 4GJ1A 3HO8A 2DJXA 3CEPA 1VLWA 1I2RA 2X2GA 4ORMA 2Y7DA 4KFOA 3FKRA 3W9ZA 1GG1A 1W5PA 2A6LA 4MZYA 1EB3A 1J5TA 1OABA 5CPOA 2X1SA 3HPZA 1FCBA 1H1ZA 4MFDA 3ZS4A 3M16A 4O54A 4I7WA 1RZMA 3TC6A 3FYOA 3O6DA 4AF0B 3QPYA 5F2LA 1OYBA 4O52A 2ZA1A 4E38A 3WFAA 3BK0A 3FEMA 4LRSA 2EGZA 4YCOA 4JDBA 3BG9A 3USBA 4QITA 4Y8FA 2YYUA 4XQ6A 1TPDA 3EWXA 3MHFA 3EKZA 1SZEA 2NXHA 4DQWA 1BKSA 5CGQA 2C15A 1KFKA 1WDWA 3PC0A 3IVUA 2VKZG 1VYPX 3TE9A 4OV4A 3QSRA 1B4KA 1IGSA 2JKPA 4OV9A 2C18A 2NV2A 3FFSA 3UXDA 1DQXA 1SW7A 3GXNA 3TW7A 4IMCA 3MYOA 3ZWTA 3ZFHA 4PODA 4K8EA 4L4MA 4LVFA 3FS2A 1KFLA 1VYSX 2X1UA 3C3NA 2E5BA 3TMLA 1LTDA 3G1XA 4RZ4A 2ZRVA 1TV5A 1GOXA 4G1KA 5TQLA 3RMJA 3UNDA 3W7LA 5EPDA 4IOTA 3W7KA 3O05A 1ZJIA 1TTQA 5DN1A 1OYAA 1AMKA 4O28A 1FDYA 1R47A 3PUEA 5EBUA 3M1ZA 5DY3A 2ZZ1A 3BLIA 3IGUA 4IPIA 3P61A 3G3MA 4J9JA 4GFSA 5HULA 4IJBA 1G4PA 1LDCA 3I7RA 3S5YA 2QCFA 3INPA 4ZQRA 3NQMA 2ISWA 4O14A 3P62A 3F1QA 2E1DA 2FIQA 2YYTA 2DZVA 3BO9A 4N02A 3EX4A 1TYGA 4CCEA 1TJRA 3O8AA 5D09A 2D73A 4FB7A 1LOLA 1SU5A 1RQEA 3O06A 4LUIA 1FCUA 1Q3NA 4LOCA 4Z1CA 1LZOA 1U83A 1TV8A 3M41A 1H7OA 3HG2A 3LOTA 3Q58A 3ELFA 3E49A 2OT1A 1A5AA 4N6FA 2Y70A 2WNQA 4HHPA 4IXXA 3NNTA 3PBWA 4PH6A 3GR7A 4AEOA 1OX4A 2X16A 3P80A 3TXVA 4MZ8A 4UCGA 2Y6ZA 4OGZA 1KTNA 4Z1BA 3UYCA 4OT7A 3W3OA 5FEXA 2RKXA 2J27A 4XBSA 4XKYA 3W1AA 1Z44A 2P1FA 2TSYA 1D9EA 2YX0A 1OFOA 1QOPA 3RU6A 3W7EA 1W5MA 3ABRA 5AHIA 3NZRA 5F1VA 1CI1A 2YFOA 3SJ3A 3DZ1A 3MI2A 3Q2DA 3TC7A 1OFPA 4WXYA 4ZL1A 3EX3A 4PCFA 3NPUA 4UFJA 2DP3A 3LCWA 3FYPA 1F6PA 3E9AA 1LRQA 2ZYFA 2E5CA 4O17A 4GE8A 3EWUA 5AHEA 1XFBA 1QPQA 3R12A 3MWAA 1ICQA 1UBSA 1VYRA 5IBXA 3W1XA 5HJLA 2QEZA 1JUEA 3NXFA 1YTEA 1IXQA 3THQA 3NL2A 1DV7A 4JIPA 4AVFA 2PRMA 3WJYA 2VEPA 3SECA 1I4NA 4NJGA 4O13A 3WK1A 5AHLA 3OVPA 4NZFA 1I2OA 2A7PA 3U8GA 4I7VA 4KFPA 5KZMA 1CX9A 4NXKA 4OBTA 2QUUA 3NAVA 4IMFA 4MLJA 4K36A 1JR1A 2VFEA 5G1YA 4LW7A 7TIMA 1KV5A 3QMRA 3SIZA 1XC4A 1F76A 3QQ1A 4YCPA 1OFAA 4CNPA 3OEXA 3HMJG 4DF2A 4NJHA 3RFAA 1ZENA 2F7FA 4AWSA 5E93A 4DO4A 3NOEA 3TDFA 3I7SA 3UPBA 2VXNA 3M6YA 1W31A 4A2SA 2ISSA 4ADSA 4XUGA 2QKFA 1T0OA 4O18A 1YADA 1XL9A 4HIBA 3W07A 1SQ7A 2V9DA 5BMWA 3EX6A 1UUOA 1VGAA 5LGZA 2JKEA 3GXPA 3EX2A 1OX5A 4M7TA 1Z48A 5HWJA 3C2VA 4EOUA 3W7GA 2W0UA 1H61A 2ZZ2A 1TRIA 3GB6A 5F4XA 5I3FA 4EF8A 2YZRA 1TREA 3O15A 2ZA2A 4MYXA 3VE9A 5DCBA 5FEWA 1FDZA 2QDGA 2NXIA 1ZCOA 1BWKA 1ALDA 3TCEA 4TO8A 3MMTA 4PFMA 4HSOA 5HNRA 1BTMA 4K6AA 4BF9A 3TW6A 4JEQA 1CW2A 4QM1A 3W87A 5D05A 4RKAA 4Y96A 1LRNA 4JR5A 4BI5A 3S1WA 3E0IA 2RDWA 3KRSA 4UTTC 1PS9A 2V8ZA 1VHNA 2CZFA 2OT0A 1HL2A 3LTSA 1AL7A 4UC5A 2QDHA 2QCDA 3A23A 2ZZ7A 3N19B 1OHLA 1TPVA 3YPIA 1X7FA 2V82A 3QSTA 1A53A 4UTJA 1GVSA 5A8GA 3TFXA 5AYYA 2I14A 4Y6GA 1GYLA 2G96A 2H6RA 1B9BA 1I2PA 1ME9A 1OF8A 4N4PA 3L2IA 2WNNA 3IVTA 4A22A 3LRKA 1SO5A 3QMSA 2Z6JA 4HPXA 2QCEA 4QAIA 2CU0A 3W7QA 5BW6A 3PF3A 3FA5A 3RLVA 2R14A 2WJZA 1K3UA 5K9CA 2A5HA 4IXHA 1ZY9A 4JXCA 1R46A 3L9CA 3L5AA 3NR0A 4LC6A 3HOJA 3I7QA 3PVFA 2VFDA 1XUZA 1W3NA 3LHUA 1X1OA 2GJNA 2W79A 2E09A 3QH2A 5C6MA 1OFDA 2EKCA 1TJPA 3TROA 3CIXA 4UFMA 1M7OA 1LLZA 2XN1A 1VS1A 4JTLA 4HNUA 2R94A 5J5RA 1D3GA 1KM2A 4FXRA 4BR1A 3B0VC 1OVDA 3W1MA 2Y88A 1HO4A 4FF7A 2QF7A 1TCDA 4WZHA 1TMHA 1T96A 3DFOA 3B05A 1TPB1 4MVAA 1SZGA 1JQXA 4DF1A 4N4QA 2NWSA 3S5NA 3OVQA 4O16A 1RQHA 3IIOA 4WX2A 3S1VA 5BRBA 1L6WA 4C1LA 4YXGA 4X9SA 4Y9AA 2LLEA 5C2XA 5FF0A 4NJIA 3G1HA 4PL1A 3L5MA 4CCCA 2CLEA 2ZRXA 3M5ZA 3NQ8A 3NPWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UD5 A;  3JRK A;  2ZQ0 A;  1QHP A;  4GVI A;  4EPD C;  1FWH C;  1XGD A;  5H2Z A;  4HA1 A;  2TAA A;  4JN8 A;  1LBL A;  3BW2 A;  3IRD A;  3MUZ 1;  4R66 A;  2PUZ A;  3G22 A;  3BXW A;  4IQL A;  3MC1 A;  3QW4 B;  2E6Y A;  3F53 A;  3NVV A;  4QJF B;  1FO4 A;  2W43 A;  1B4E A;  3JZE A;  3QKZ A;  5LIY X;  3AJX A;  1XJB A;  3TAD C;  4UFH A;  2F3N A;  3EB4 A;  2O9R A;  2V2D A;  4S3F A;  4O57 A;  1L3S A;  2WF5 A;  3C0L A;  5FES A;  1DHK A;  4Y2R A;  4JTG A;  4PRR A;  3TC3 A;  4FOJ A;  1OJX A;  4JQA A;  2CLO A;  2NX1 A;  3BAI A;  1FCV A;  3ANY A;  1W1I E;  1UWT A;  2LKY A;  1GVF A;  2XIM A;  4O5C A;  4XWU A;  3OP2 A;  1IIH A;  1QWG A;  1JUK A;  1KRM A;  2J6U A;  9XIM A;  4GUH A;  4EVZ A;  2XGI A;  1ADD A;  2J7C A;  4XIA A;  4BWL A;  4Y9P A;  1OFR A;  3D3A A;  4I2F A;  2P10 A;  4DL3 A;  4E3T A;  5HHH A;  4TVD A;  2D2J A;  2WB5 A;  1S2W A;  4LUS B;  2AOS A;  3F5A A;  1QAP A;  3RJX A;  5LZL A;  2J9X A;  1XKJ A;  3KBS A;  5I3G A;  3JVA A;  1AH3 A;  2AAA A;  2E8Y A;  4Q32 A;  3IUD A;  2YA0 A;  2VX6 A;  2PWG A; 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 4Z42 C;  3ZQ9 A;  4W7U A;  5CGM A;  1UZD A;  3PNC A;  2YA2 A;  2PBG A;  2NQJ A;  4AYS A;  3ITY A;  1R7A A;  9ICW A;  2X0H A;  3WD2 A;  3KL0 A;  3VOF A;  3ZMR A;  4UTK A;  5F2G A;  2C16 A;  1UT5 A;  2X30 A;  3I6T A;  2BXV A;  2NQ9 A;  2IXU A;  3MCO A;  4GQR A;  4B9S A;  4MY9 A;  3SSJ A;  1Q13 A;  2ZVR A;  4WJE A;  5AN7 A;  1K6A A;  3GBD A;  3MWC A;  2HHT A;  3PBU A;  1SZN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3SGU A;  2TMD A;  3G1Y A;  2PMZ F;  1J2W A;  2TRS A;  2FB2 A;  2QUT A;  3JRK A;  2ZQ0 A;  4O0Z A;  4FX7 A;  5H2Z A;  1F5Z A;  3GK0 A;  2JBM A;  5HWM A;  1LBL A;  2VFH A;  3P5Z A;  3DFT A;  1KLZ A;  3BW2 A;  3IV3 A;  3IRD A;  3C28 A;  2V5L A;  5D04 C;  2G5W A;  5HUP A;  3G22 A;  1H7X A;  4IQL A;  1FBA A;  1GT8 A;  3KRZ A;  3QW4 B;  2E6Y A;  3F53 A;  3DEN A;  4QJF B;  1B4E A;  5FF7 A;  1OYC A;  3W7P A;  2OYY A;  3HGJ A;  3AJX A;  4LVG A;  1KW1 A;  4UFH A;  4JTE A;  2WSY A;  1VHC A;  3UWY A;  2V2D A;  4O57 A;  5FES A;  1DBT A;  1PVR A;  1NFB A;  1H50 A;  1QPO A;  3LXC A;  4FNS A;  4JTG A;  2HOF A;  4N9C A;  5LSM A;  1OJX A;  3P84 A;  2K4H A;  2CLO A;  3HB9 A;  2NX1 A;  4R53 A;  1D3H A;  1GJP A;  2F2A B;  3O6Y X;  1FCV A;  1ZAI A;  3ANY A;  3C2R A;  1QCW A;  2LKY A;  1GVF A;  2CLI A;  3GDK A;  2C19 A;  5C55 A;  4XWU A;  3L0K A;  1IIH A;  1QWG A;  4FEZ A;  4UR8 A;  1JUK A;  4UTW C;  4POC A;  3EXS A;  4GUH A;  1WOA A;  4EVZ A;  3LVV A;  4BWL A;  2RRD A;  3C2O A;  1OFR A;  5AYX A;  3R89 A;  3THA A; 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