5HRNA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k mutation complexed with gsk0002
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrnA00
4B9SA 4DSIA 3S3MA 2YV0X 3MEDA 4CJVA 3K5LA 1B9DA 3NDKA 1W9HA 2A1RA 1XHZA 2I5JA 2Q3SA 3QEVA 4E7IA 4CJUA 3CM6A 3OYFA 4KTWA 2P5GA 4RW7A 4J2AA 3ZT2A 2HHTA 3V1RA 4DTMA 2DFFA 2G8FA 4CEFA 4M3ZA 1RTDA 1C1BA 5FDLA 4BE2A 4HUFA 4KHQA 2F96A 4M3UA 3AV9A 3SQ2A 4BE0A 1QSYA 4FJLA 3PX6A 1RT6A 4CIEA 1ZBUA 1C6VA 2KFNA 2D0CA 3SUPA 5CZ1A 3ZSZA 2HNDA 3AVKA 3AVFA 4CF1A 1IH7A 5HRSA 4O55A 3O4NA 4NCGA 2BDPA 4Z4FA 2HNZA 3LALA 2BANA 4FYDA 4FCYA 1WSJA 2XY5A 1BL3A 1TKZA 1FK9A 1VRTA 2WONA 2YNGA 3LWMA 2OPRA 3HP6A 1VSDA 4N41A 2ZQBA 1S9EA 1VSKA 1C0MA 1HRHA 4N76A 1T7PA 1RBTA 3MEEA 3QIPA 3KLFA 1HMVA 3PO5A 1QSLA 5C42A 3OJUA 4J2DA 4Z4IA 1KCFA 4LD0A 3LAKA 1S1TA 2Z1IA 1Q8IA 2D0AA 1SKRA 3KD1E 4RW4A 1X9SA 5KTQA 1X1PA 4F4KA 3AVIA 2Y1JA 1QTMA 4I2PA 3HPOA 1TL1A 1HJRA 1REVA 3KLGA 1NKEA 5KI6A 1SL0A 2HHQA 4CGHA 1CLQA 1VSJA 3OYMA 1CZ9A 4FJMA 3MXJA 2IDOA 1GOAA 3ZT3A 1S1XA 4FJKA 4FJ8A 2A1SA 3VQ6A 4CEAA 3AVBA 2X74A 4H4OA 1HYVA 4CGJA 5CZ2A 5DMRA 1X9MA 4Q0BA 4LSNA 3LP2A 4IFYA 1T05A 3K5NA 5HP1A 3OYGA 4IG3A 4CK3A 2XY7A 4QCLA 1BHLA 1QHTA 2G8WA 2PYJA 4B9NA 2GBZA 1LWCA 1SL2A 4DMNA 5HBMA 3QEXA 3PV8A 2Z1GA 1CXUA 4B9TA 5C24A 3G10A 3SUNA 4B08A 3NBPA 3KIOA 1KVAA 3M8PA 4NCAA 1I3AA 4KHNA 1UA0A 3WNFA 3V9UA 2HVHA 4Z4CA 4DTXA 4E89A 2P1JA 4E1NA 3MXMA 1YTUA 5KGWA 4J2BA 4W5QA 3NH2A 4CJSA 4DQRA 1EETA 4JS5A 4DFKA 2HB5A 4DU1A 4E0DA 4CHPA 2LSNA 1S6QA 2FBVA 4CERA 3KLEA 4DTUA 4CJQA 4KHWA 4C8MA 5FRNA 2HMIA 5CYQA 1RT3A 3CYMA 4O4GA 4CGDA 4CIFA 4W5OA 3TARA 3EY1A 1BQMA 4HCBA 1VSFA 4DTNA 4CJLA 1JXEA 1S6PA 1BQNA 1HNVA 3HL8A 3QINA 1X9WA 4IDKA 3K57A 3KTQA 4CIGA 3WNGA 3UIQA 3O4QA 2B5JA 1U49A 1LWEA 1RTIA 3QIOA 3LP1A 5FROA 1RDAA 4M41A 4Z4GA 3DYAA 2DFEA 5DK5A 1O1WA 1FXXA 3DOKA 4CJ5A 4CK1A 5JS2A 3TAQA 4PWDA 1QSSA 3RTVA 3VA3A 4E3SA 2JLEA 4CFAA 3SQ4A 1RBUA 1U4BA 1EKEA 4CEZA 3NH0A 1SKSA 4KAZA 3NGIA 1ZYQA 1BCMA 3KLHA 3ZSVA 3SQ0A 3AO5A 1RILA 2OPQA 4M45A 3V9ZA 4B9MA 4F3OA 2HHSA 1TKDA 3QLHA 4M42A 1LV5A 3V9SA 1CZBA 4CF0A 5J2QA 3CG7A 3OYCA 1ZBLA 4KHUA 3QEWA 1UOCA 4CCHA 3V1OA 1TGOA 4FJXA 1VK0A 4H8KA 4I9LA 3AVLA 4CESA 3TAMA 4ELVA 2OPSA 4DG1A 1VSHA 4KHSA 2IS3A 3O3HA 3TANA 4KB1A 4FJJA 4G1QA 1ASWA 1VSLA 5T7BA 1I39A 1S9GA 4ID5A 1QE1A 1T8EA 3AVAA 3LPTA 5J2PA 3AA4A 4E7HA 4E7JA 1TK5A 1RBVA 3KK2A 3ALYA 4DTOA 4FM0A 1HNIA 2B4JA 4N5SA 1TK0A 2E6LA 1HYZA 3DOLA 3VQQA 3TR8A 5HLFA 3LAMA 3DLHA 4F3TA 4ICLA 4L8RB 4JRPA 1G15A 4CHOA 4B3OA 3I0SA 3S3OA 1TAQA 5I42A 2IC3A 3HVTA 3KLIA 3T1AA 1R0AA 3QO9A 1XI1A 3NH1A 4JLHA 3C6TA 3P1GA 4DLGA 3T3FA 2X6SA 4UQGA 1LWFA 4HUEA 3D0PA 3AVCA 1HYSA 3AO3A 3A2FA 1WLJA 4ELUA 1TL3A 4JRQA 4BE1A 1C1AA 4PA1A 4C8NA 4FZYA 4AILC 3OYEA 4CJPA 3PUFA 4OGCA 4CEOA 2XRIA 2EX3A 3VN5A 3MECA 4RG8A 4FLZA 2HHXA 2PY5A 3S9HA 3ZT4A 3CM5A 4N47A 4Q5VA 4Z4HA 3OY9A 3SNNA 1NK8A 3ISNC 4FZZA 3F73A 1HQUA 3EZ5A 4J2EA 4OLAA 3V1QA 1J54A 1KRPA 4DQPA 4HCCA 3VQ9A 5SWMA 4KB0A 1RT5A 1IO2A 4FLVA 3AVNA 3SUQA 4M3RA 3VQ5A 1BGXT 3HSTB 4DF8A 4DQSA 3L2QA 5JS1A 4RW8A 1J9AA 1TKXA 3NGYA 4Z4EA 2P51A 1SKWA 3CFRA 1RNHA 3DMJA 4O0JA 3M8RA 3AA3A 3K5MA 4WE1A 5J2MA 2EHGA 5HRPA 3HO1A 4FM1A 4KI6A 4KV8A 1WAFA 3OYKA 5HROA 1IKVA 1S1UA 3AVGA 2F8TA 4CHZA 4DS4A 4CGFA 2XY8A 3VA0A 1WSHA 4HTUA 2YKMA 3NF7A 3AVJA 5EU7A 3S3NA 3IS9A 3L2VA 4FLXA 3MEGA 4CHQA 1BI4B 3K59A 4IKFA 1UA1A 4KTQA 2E4LA 3QEIA 3OYBA 1RTHA 2BE2A 3DLRA 1Z26A 4LY7A 3T19A 1VSMA 1FKOA 2OYQA 1FKPA 3ZSQA 1J53A 1TV6A 4LSLA 4TSXA 5FRMA 1S1WA 1TKTA 4CGIA 4CJFA 4FLTA 3VQ7A 1EX4A 1Q9XA 3MXIA 3LDSA 3THVA 1ASVA 4OPKA 4H4MA 4F2SA 1IKYA 4CJWA 2IGIA 3VQPA 1NK7A 3K5OA 1KFDA 1BISA 1LW0A 4FJGA 4DU3A 1TVRA 3SV4A 4K8ZA 4CEQA 1L3UA 1MU2A 3U3YA 4KREA 2ZE2A 3SQ1A 2FBYA 3LWLA 1WNSA 4IFVA 4CFCA 5KRTA 3HPHA 4B9VA 4DSJA 5J1EA 4FW2A 3M8QA 4NYNA 3PX0A 3VQCA 1L3TA 3V9WA 4AHVA 2G8IA 3L2RA 3NHGA 4M3WA 1NJYA 3SYZA 3AA2A 4BACA 4Y1DA 3VQDA 4XIUA 1VSEA 4HHTA 2YKNA 3C95A 4KHYA 4E19A 3TAPA 4N56A 2QKKA 4CJKA 4FJHA 4E1MA 4NYFA 3TABA 1TK8A 3NF6A 3KKRA 1RDCA 5HRRA 2RF2A 3RR8A 1SV5A 4CF8A 3DI6A 4CJTA 1QS4A 4CGGA 2GV9A 2VG7A 3DRSA 1L5UA 4I2QA 1Q9YA 4FVMA 3HXMA 3HJFA 3PX4A 2OA8A 3B6OA 4EZ6A 4F8RA 3VQ8A 3K58A 1RDDA 3IRXA 4GMJB 1RT2A 3OYHA 4DTPA 4FXDA 3DM2A 1F21A 2YHBA 2G8UA 4BDZA 1NJZA 1TAUA 3LPUA 3PO4A 3NFAA 1SUQA 3KJVA 3NAEA 2RPIA 4W5NA 4FJ9A 1JL1A 1LAVA 1S1VA 4FK2A 3L8BA 1KLNA 1DLOA 4PY5A 1VSIA 1L3VA 2ZD1A 4IG0A 3CQ8A 3DLKA 2ITGA 4DFMA 2YNHA 1D8YA 4MFBA 2D0BA 5C25A 2PYLA 4KI4A 3SCXA 4CE9A 1WSGA 4ELTA 2KTQA 3WNHA 2Z1HA 3AVMA 3DLBA 1XHXA 1RBRA 4FK4A 2OPPA 4CECA 4DSFA 1N5YA 1HPZA 4DSKA 4OLBA 1GOCA 4AHTA 1B92A 4CF2A 1ZBHA 1RDBA 5K14A 3ZSRA 4CHYA 3B6PA 3LZJA 2AJQA 4FW1A 3NF9A 1NKBA 4OPJA 1CXQA 3RMBA 1D9DA 4CJEA 3ULDA 4HVJA 1NK0A 3DLEA 3RMAA 2RN2A 4FLYA 1WN7A 3RR7A 3ZT1A 3ZT0A 4KKOA 3TI0A 4DF4A 4PQUA 4O5BA 4AHSA 3DRRA 3F9KA 3I0RA 3RMDA 3SUOA 4B9LA 1SL1A 4BDYA 1NK5A 3H08A 3DLGA 4B8AB 3V9XA 3V81A 3OYJA 3AA5X 1WSEA 2DY4A 2FBTA 4M3XA 1NKCA 3SPYA 3EYZA 4KRFA 2HVIA 1RBSA 4E7LA 4DSEA 3RMCA 3BDPA 5CY4A 4CJ3A 1NK9A 1W0HA 2IAJA 2XHBA 1S5JA 3K2PA 1JLGA 1KLMA 3BGRA 1BIUA 2VG5A 2X6NA 4CK2A 3NCIA 4DU4A 1U45A 4CJ4A 3P83D 2KZZA 4CFBA 3ZSYA 5CYMA 4FK0A 2ETJA 1KFSA 1KTQA 4FLWA 2VWJA 3NGZA 1EXQA 3ZSWA 3I8DA 4KTZA 4OGEA 3LZIA 4B9UA 4FJNA 4M3YA 5E41A 4MQ3A 1WAJA 5KRSA 2O4IA 4CJRA 3HVRA 4GW6A 3VQAA 1JXBA 2FBXA 3OYDA 1C1CA 1KVBA 1C0UA 1U04A 4OKEA 4Y1CA 2F8SA 2HHWA 3OYIA 1A5XA 3ZSXA 3SPZA 4C8LA 1ASUA 3KD5E 1Y97A 2HW3A 2Z1JA 2B6AA 1LW2A 1YTAA 3ASMA 4OJRA 4M3TA 1WSIA 3VQ4A 4O44A 1XWLA 4CFDA 1T03A 3TAFA 3U6FA 1RT4A 2KQ2A 1BI4A 3CFOA 2HHUA 3SI6A 3AO4A 1ZBIA 2VWKA 3L3VA 3OS1A 4QOZB 1NJWA 2P5OA 4RW6A 3QNOA 2HHVA 1U48A 4AHUA 4EZ9A 4DFPA 2QK9A 3OVNA 1WSFA 3L2UA 3SJJA 3NF8A 2DFHA 1JLFA 4C8KA 3PY8A 1A5VA 2G8KA 4DQQA 4K8XA 1UWBA 1VRUA 3C6UA 4CEEA 4FJ5A 1NOZA 4ID1A 1JLBA 3FFIA 2DTUA 1L3SA 4DQIA 3QERA 4C8OA 2JGUA 4BDPA 2Y1IA 1JKHA 1DTQA 4OVLA 5SZTA 4E7KA 4LH5A 4R5PA 3O3GA 5I3UA 1J5OA 4DSLA 1D9FA 3HP9A 4IBNA 4CF9A 3ZSOA 4BWJA 4W5TA 2IOCA 3MAQA 3ITHA 1KSPA 2G8VA 3L2WA 1JLCA 4AHCA 2RKIA 4CEBA 3O3FA 3OYAA 1U47A 1N6QA 3ZCMA 1UAXA 2NUBA 1NJXA 3AVHA 2KFZA 2YNIA 2KW4A 2QXFA 1BCOA 3M8SA 4PUOA 1IG9A 1EP4A 1DTTA 4QAGA 3SV3A 4KPYA 2XY6A 3JYTA 3U3GA 3HM9A 3WNEA 4ZTFA 1RCHA 4DWIA 4CHNA 1XC9A 4I7FA 3IG1A 1A5WA 2D5RA 3OS2A 4GVMA 3HYFA 3VQBA 5KGXA 3OYLA 3OJSA 3TWHA 2GUIA 4I9QA 4F2RA 4FLUA 3D45A 1BIZA 1JLQA 1JL2A 1GOBA 1RT7A 2YHAA 4KO0A 5HRNA 4YNQA 2G8HA 3E01A 2OZSA 2XO7A 2VG6A 3KKSA 4ZTJA 2KZMA 1IKWA 1QQCA 4EP4A 3HT3A 3QESA 3V6DA 4DFJA 4W5RA 1ITGA 3QEPA 2PZSA 3JSMA 4NCBA 4FJIA 2E6MA 3AO2A 3L3UA 2WOMA 3LP0A 4OKKA 3QETA 3TAEA 4YFUA 4AH9A 3LP3A 5D3GA 3AO1A 4CEDA 3IAYA 3CFPA 1NK4A 1B9FA 4BWMA 1C0TA 4JS4A 3RWUA 3G0ZA 2X78A 4EP5A 1NOYA 3C94A 1RTJA 4DLEA 4KFBA 4RW9A 3NE6A 4Z0UA 2O4GA 4O0IA 2BGGA 4LH4A 3TAGA 2YNFA 4FZXC 3HPGA 1D5AA 1KVCA 3QNNA 2OZMA 1RT1A 3LANA 4FJ7A 1K6YA 3VQEA 2W42A 5J2NA 1YVUA 1HQEA 3V4IA 2ATQA 1JLAA 4FM2A 4DTRA 4AHRA 3P5JA 3OYNA 4DTSA 1YT3A 1NK6A 4B8CA 1ZBFA 4OKJA 3OS0A 4HUGA 4ZHRA 1IKXA 3DRPA 2QKBA 3RRHA 2HNYA 2R7YA 1LAWA 4DS5A 3RRGA 3KK1A 3KK3A 1JLEA 3SZ2A 2FC0A 3HK2A 4DTJA 1Z25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLAG 3T7ZA 2W6KA 1YJWN 1U2VB 1XHZA 4CJVA 1B9DA 2I5JA 4HTLA 5B8HA 3QEVA 2YHWA 3TSUA 2HHTA 3FZKA 4CEFA 4M3ZA 1IJJA 4HUFA 2F96A 1E3MA 1QSYA 1JCFA 3MWTA 3SUPA 1IH7A 5HRSA 3O4NA 5LJWA 4Z4FA 1WSJA 1U6ZA 2OPRA 3C0BA 1VSDA 3U4LA 4N76A 1BWFO 1T7PA 4J2DA 3D2FB 4LD0A 4JK8A 1Q8IA 4IOXA 2IVNA 4JV5K 3DXMA 4IJAA 2W40A 2GEMA 3HPOA 2QEXN 1JCEA 5KI6A 3CCRN 4BRAA 4FJMA 3LDPA 1NGGA 4FJKA 2A1SA 3VQ6A 2P9UB 4H4OA 5CZ2A 4LSNA 1T05A 4IG3A 3BP8A 4QCLA 1BHLA 1QHTA 2G8WA 5A2QO 1N36K 1LWCA 5AQFA 4DMNA 2P9LA 3KIOA 3V9UA 1NMNA 4E89A 4KH6A 1YTUA 4CD3A 4J2BA 1GLCG 4DFKA 4DQRA 3O6WA 4CHPA 4CJQA 1GLJO 5AQSA 3ATUA 4O4GA 3CYMA 4NXNK 2E20A 4CJLA 1NGBA 3FR0A 1S6PA 1HNVA 3HL8A 3QINA 1X9WA 2HHHK 4K41A 5LL6Z 3WNGA 3O4QA 2YJFA 4R79A 1LWEA 4CZHA 3GL1A 1RDAA 3DYAA 1VQON 4LF9K 2JLEA 4K0KK 1EKEA 2UUCK 3NH0A 1ZYQA 1BCMA 3SQ0A 3CHWA 2FLOA 4BRNA 5KQ8A 1CZBA 4CF0A 2O8FB 4FWPA 1TGOA 4DR5K 4AF1A 4FJXA 3OW2M 4BREA 2O8CB 4I9LA 3TAMA 1YITN 4UY8O 1VSHA 4KHSA 3G71N 3TANA 1KAZA 4KB1A 4G1QA 5T7BA 2HOEA 2QTDA 4M7YA 4DV0K 4JI3K 1TK5A 3N4QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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