5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
4B3OA 3SPYA 1D9FA 3CM6A 3NFAA 3RR8A 3OYHA 2HHQA 3RR7A 4FK4A 3DRRA 4Q0BA 3ZSZA 4HUGA 1FKOA 3AVNA 4FJNA 1MU2A 1R0AA 4LSNA 3NF6A 4IBNA 1WNSA 1HQEA 4N5SA 5C42A 2HHSA 4OGEA 1JLEA 4FZYA 1LAVA 3ZT2A 3K5OA 1TKZA 4GMJB 3DRPA 4W5OA 4HHTA 1J5OA 1B9DA 1BIUA 4H4OA 3AVIA 4CJ4A 4CHNA 3NE6A 4JS4A 4BACA 1ZBHA 1TL3A 1Y97A 4I2PA 2FC0A 1HYVA 3MAQA 3TR8A 4CEAA 3NHGA 4DSEA 3TABA 3L2UA 5HLFA 3LPTA 3HT3A 1T8EA 3M8QA 1RT2A 3I0SA 4CJ3A 2HHWA 4RW8A 3RMDA 1UA0A 4CFDA 3DLEA 4FVMA 4NYNA 3WNFA 2HNZA 3RTVA 3DI6A 1VSJA 4HVJA 3KLFA 1D8YA 1BQNA 4FK0A 4LD0A 4I7FA 2OPRA 4JLHA 1A5VA 3NCIA 4E7HA 2HNDA 1SV5A 2YV0X 3ULDA 3TAEA 3PX0A 4Z4FA 2ETJA 2YHAA 3IG1A 5JS1A 3P5JA 3THVA 1NKEA 4CF9A 3AO4A 1U47A 2HHXA 1ZBLA 3TAPA 3B6PA 2YNGA 1BHLA 5FROA 4B8AB 5CZ2A 4W5NA 4J2AA 1HRHA 3NGZA 1X9SA 3NF7A 2IOCA 4FM0A 4CEZA 1VRTA 4DU1A 1ZBFA 3MXIA 1VSKA 4BDZA 5I3UA 4CERA 3S9HA 3OYMA 1L3UA 1N5YA 1L3VA 1ITGA 3L2VA 3ASMA 2G8FA 3SPZA 2G8WA 2P5OA 1A5XA 1IKXA 3ZCMA 4PQUA 4ICLA 3AA5X 1S1UA 3VQPA 4M3WA 1QE1A 3F73A 1KFDA 2HB5A 2XRIA 3AO3A 4IG3A 2HNYA 5DK5A 3SQ1A 4NCAA 1QSLA 4CEEA 3QEVA 1GOCA 3V9WA 3QEWA 2XO7A 4CEOA 4NCBA 1JLQA 4G1QA 2E6LA 3SV4A 1RTJA 1QHTA 4DU3A 1XC9A 4CF0A 1BL3A 4DTPA 3RRHA 4NYFA 1HQUA 3F9KA 1D9DA 2P1JA 1JL1A 3C6UA 1WSIA 4IKFA 3M8SA 3LP1A 4CEFA 3DLKA 1KVAA 1QS4A 2Y1IA 1EETA 1VSEA 1BCMA 3LWLA 4KO0A 5HRSA 1X1PA 3ALYA 3O3HA 3ZSWA 3ZT1A 3QETA 5CYMA 3K57A 4FJKA 1HJRA 3IRXA 4MQ3A 3WNGA 1RDBA 3I8DA 3UIQA 2F96A 3AA4A 2GBZA 1TAQA 5KI6A 4CF1A 1NJYA 3KLHA 4NCGA 2DFEA 1VSMA 2RN2A 4CJPA 3LP3A 1NJWA 1VSHA 1TL1A 3EYZA 2G8UA 4N47A 5T7BA 1EX4A 1C1BA 4Y1DA 4M3RA 3L2RA 3LWMA 3EZ5A 4DQRA 3PV8A 4H8KA 4E0DA 4N56A 4CEQA 3A2FA 2QKKA 4IFVA 2BANA 4AHCA 3RWUA 4M3ZA 3KK1A 1ASWA 1HYZA 3G10A 4CFAA 2Z1IA 4ZTFA 1NK8A 1NJXA 3QINA 3NGYA 3WNEA 1TK5A 4KHUA 2KFZA 3KD5E 1DTQA 4EZ9A 2B6AA 1C0UA 1RBUA 4B9MA 1CXUA 1U48A 4ELUA 4CHQA 3ZT3A 3TAQA 2Z1HA 1HYSA 1CLQA 4RW9A 1LWEA 3CQ8A 4B9LA 1YTUA 1RT7A 4ID5A 2OPSA 3VQEA 3VQ6A 3VQCA 4RW4A 4IG0A 4OPJA 3CFRA 4E7IA 2YNFA 1BCOA 3IS9A 4EP5A 3K58A 3T1AA 4OLBA 1QSSA 4DFPA 4AHUA 3P83D 3PY8A 2KZMA 4B08A 1B92A 4DSLA 2D5RA 1QTMA 2YHBA 3QNOA 1XHZA 1DLOA 2A1RA 3HPGA 4KHYA 1A5WA 3MXMA 4J2BA 2QK9A 4O4GA 1W0HA 1HNVA 4RW6A 5HRRA 1SL2A 2G8VA 3PX4A 4CIGA 1I39A 3HPHA 1VK0A 4CIEA 4CJSA 2LSNA 1WSJA 3AVGA 1WSHA 3B6OA 1L3TA 4KTZA 1IG9A 1NK7A 2Y1JA 4KAZA 3MEDA 4CJUA 1NJZA 4DTUA 3NH2A 4QCLA 3KLGA 5FRNA 1S6PA 4CESA 1NK6A 5HRPA 3S3MA 2PY5A 4CIFA 3QIPA 4B9UA 4B9SA 1VSFA 1RT3A 3PX6A 3KD1E 1T7PA 4DLGA 3ISNC 4IFYA 5KRTA 4CJTA 3DLRA 3KIOA 3WNHA 3NAEA 3M8RA 3HXMA 1U4BA 2DFFA 2E6MA 1NK9A 4ZTJA 4F4KA 4OVLA 4DFKA 2O4GA 3AA3A 1Z25A 3C95A 5KGWA 3D0PA 4I9LA 3OS1A 3CFOA 3ZSXA 4B9NA 5J2QA 3OYAA 2ITGA 4LY7A 4CHPA 3K2PA 3SUNA 3QEIA 3LP2A 1JLGA 4FJXA 4CGGA 5SZTA 3V9XA 2NUBA 4M42A 1SL1A 2JLEA 3AVMA 4QAGA 4N76A 4FJ8A 4FLZA 4CJLA 3V9UA 3IAYA 4DQPA 2P51A 1RDDA 2Q3SA 1CZBA 3K5MA 4CJEA 1J53A 4DQSA 1QSYA 1KLNA 4XIUA 3TAGA 1XWLA 1JKHA 3SUQA 1RBVA 4FM2A 3QESA 3SNNA 2YKNA 5HRNA 1X9WA 4FZZA 4LSLA 4TSXA 4HTUA 2ZE2A 2KZZA 4DF4A 2GV9A 3CG7A 3OYEA 4DTRA 4CF8A 2RF2A 1TKDA 1ZBIA 4FJJA 3QEXA 4OKJA 2GUIA 2G8IA 3DOKA 2HVHA 2BE2A 2QXFA 2YNIA 1SL0A 1C0TA 1JLAA 1U45A 1U49A 5J1EA 5I42A 3AVKA 2XY5A 2HW3A 4DS4A 5J2MA 1S1XA 2I5JA 3BDPA 4DTXA 1XI1A 1B9FA 1C1AA 1RDCA 4B8CA 4FCYA 3VQ5A 1KSPA 4F8RA 3AA2A 1VSLA 4DMNA 4CJRA 4C8KA 3OJUA 1QQCA 3U3YA 3KKRA 3FFIA 4PUOA 3QIOA 4KTQA 1TKXA 2KW4A 2OZMA 2BGGA 1TAUA 3TARA 1BISA 1Z26A 4M41A 4CCHA 2R7YA 1UA1A 4PY5A 3NBPA 1LWCA 3AV9A 1ZYQA 3VA0A 3RRGA 1D5AA 3C94A 1VSIA 1IH7A 3MXJA 3SI6A 5K14A 1FKPA 3AVHA 4CJQA 1FXXA 3M8PA 4RW7A 3TI0A 1RTDA 4FK2A 4M3UA 2KQ2A 3VQ7A 3OYJA 4ELVA 1Q8IA 4DSKA 4J2DA 4M3XA 1J54A 1WSEA 2OYQA 3O4NA 2VG6A 3LAMA 3AVFA 4CJVA 4H4MA 2FBXA 2D0BA 4DSFA 1WLJA 3DM2A 4OGCA 5CY4A 1JXEA 2FBVA 3SCXA 3HJFA 4CHYA 4HUFA 3AO5A 4KHWA 4M3TA 2VWJA 1L3SA 5KRSA 4K8XA 4OJRA 1IKVA 4CK2A 1DTTA 1S9GA 1T03A 4DLEA 4FZXC 3ITHA 1CXQA 3U3GA 4KHSA 3HP9A 3DOLA 3LP0A 4CEDA 5EU7A 1JLFA 3OYCA 5J2NA 3TWHA 1TK8A 4W5QA 3T19A 1UOCA 3HVTA 3RMAA 2PYJA 2IS3A 4EP4A 1FK9A 3NDKA 4KB1A 1X9MA 1YTAA 3DYAA 4Z4GA 2DY4A 3LALA 4FJ9A 1RBRA 1LW2A 3T3FA 2Z1GA 1LWFA 2XY8A 3KKSA 5HP1A 4HCBA 1BIZA 3KLEA 3NH1A 2XY7A 1RILA 4KKOA 3VQ8A 4CFBA 2HHUA 4GVMA 4FJIA 4AHSA 1IKWA 3LPUA 4KHNA 1JXBA 1J9AA 1S1WA 3AVAA 3NH0A 3U6FA 4JRPA 1EXQA 1YVUA 4F2RA 3HO1A 1LAWA 1RT5A 2YKMA 4CGHA 3V81A 2PZSA 2WONA 2G8HA 3D45A 4KPYA 3K5LA 2WOMA 3H08A 4ID1A 5CYQA 4CGDA 4DQIA 2ATQA 4KRFA 4E1MA 4HCCA 4KFBA 2OA8A 4O55A 3VQAA 4CK3A 4AHTA 4M3YA 4CJ5A 3OYBA 2B4JA 2PYLA 3OJSA 1JLBA 3DLBA 1C1CA 1TK0A 4AHVA 4K8ZA 4W5RA 1N6QA 3K59A 3OYFA 4DSIA 3S3NA 4FLUA 1EKEA 2ZQBA 3SUOA 2X6SA 3ZSYA 3NGIA 3QNNA 1JL2A 1TKTA 4FJMA 2E4LA 4B9TA 3AVCA 4O44A 5FDLA 4KB0A 2YNHA 2G8KA 4RG8A 3OY9A 1REVA 3ZT0A 1KCFA 4FLXA 5J2PA 2HHVA 3V6DA 2P5GA 2XHBA 3QERA 1SKWA 1S6QA 5C25A 3PO5A 3HYFA 1KLMA 3NF8A 2QKBA 4FYDA 2B5JA 4FLWA 3MEGA 4BE0A 4PWDA 3SZ2A 1ASVA 3JSMA 1HPZA 2OZSA 1KVCA 4I2QA 3HM9A 4CHZA 1RT1A 1SUQA 2IGIA 4DTNA 1G15A 2D0CA 4CJFA 4FLVA 4DTJA 3V1RA 4AILC 3VQ4A 1WAJA 3V9ZA 1HNIA 4BWJA 1WSFA 4BE1A 1EP4A 3KK3A 4CGFA 3RMCA 3PUFA 3OYLA 4KI6A 2IAJA 1VSDA 4B9VA 2F8SA 3O3FA 4DTOA 3L8BA 3LANA 1Q9XA 4F2SA 3HP6A 2X78A 3MECA 1HMVA 4OLAA 3RMBA 4QOZB 1GOBA 4CFCA 4FJGA 3OVNA 4CGIA 1O1WA 1UWBA 3OYKA 3SQ0A 5DMRA 1ZBUA 2RPIA 4FM1A 4EZ6A 4OKKA 1IO2A 4CGJA 4R5PA 3E01A 2FBTA 4ELTA 3KTQA 4C8LA 3K5NA 1NK5A 4KHQA 1Q9YA 4BDYA 3BGRA 1C6VA 4FW2A 3V9SA 3G0ZA 3KLIA 1RT4A 3OYNA 2IC3A 4Z0UA 4FJ5A 3LDSA 3VQQA 3C6TA 4DFJA 4CEBA 3ZSOA 3AO2A 4KV8A 4YNQA 4I9QA 4DFMA 4FJ7A 2ZD1A 4W5TA 3V4IA 4KREA 4BWMA 1UAXA 3LAKA 3SQ4A 2RKIA 2EX3A 2VWKA 4KI4A 1WN7A 1TV6A 1YT3A 2VG5A 3SUPA 3L3VA 4Z4EA 4E89A 1NKBA 4E3SA 3VQDA 4CJKA 1LV5A 3LZJA 1IKYA 1WAFA 4M45A 3OS2A 1NK4A 4OPKA 1T05A 2EHGA 4J2EA 4O5BA 3EY1A 3AO1A 3QLHA 2D0AA 3OS0A 1RT6A 1NOYA 4O0JA 3ZSVA 4Z4CA 4Z4HA 3KJVA 4YFUA 4DF8A 1KVBA 4KTWA 4F3TA 3L3UA 3HK2A 4CF2A 4DWIA 5CZ1A 4C8MA 2HVIA 3O3GA 3S3OA 1BI4B 2OPPA 1S9EA 4LH4A 3OYGA 2DTUA 2FBYA 3CYMA 5D3GA 1BI4A 3AVBA 3DMJA 3I0RA 4CECA 5HROA 4CK1A 4DSJA 1RBTA 3AVLA 1NK0A 2IDOA 4C8OA 4IDKA 5JS2A 4AHRA 3JYTA 1KFSA 1CZ9A 3KK2A 1RCHA 3SJJA 2XY6A 2A1SA 5HBMA 3VQBA 4CE9A 1SKSA 3OYIA 4FXDA 4HUEA 4BDPA 4WE1A 3ZSRA 4FJHA 4O0IA 3VQ9A 2X6NA 3O4QA 3VN5A 4N41A 2HMIA 2O4IA 1RBSA 1ASUA 5KTQA 1RTIA 4Q5VA 4E7LA 2F8TA 2HHTA 1K6YA 3L2WA 1WSGA 5C24A 2KTQA 3CFPA 2W42A 4C8NA 3HPOA 4PA1A 1NKCA 4CHOA 4FW1A 4E1NA 1L5UA 3CM5A 2Z1JA 3NF9A 4CJWA 2OPQA 3AVJA 5KGXA 4DG1A 3SV3A 3DLGA 4BE2A 1S5JA 1SKRA 4DU4A 4UQGA 4DTSA 1KTQA 4LH5A 3QEPA 1W9HA 2KFNA 1BGXT 3SQ2A 2BDPA 1BQMA 1NOZA 2AJQA 4JRQA 3P1GA 4JS5A 2JGUA 1S1VA 1U04A 3TAMA 3HSTB 4FLYA 1S1TA 5SWMA 4Z4IA 1XHXA 4E19A 2X74A 4E7JA 1F21A 1JLCA 3LZIA 3VA3A 3DLHA 3HL8A 4Y1CA 3ZT4A 3QO9A 1RDAA 1C0MA 5E41A 3SYZA 1TVRA 3DRSA 4GW6A 3L2QA 4FJLA 3V1QA 4L8RB 1GOAA 4F3OA 3ZSQA 4OKEA 3V1OA 3TAFA 1LW0A 4DS5A 1RNHA 4MFBA 1KRPA 4FLTA 4AH9A 4E7KA 1RTHA 3MEEA 1TGOA 4DQQA 5FRMA 3TANA 4DTMA 3HVRA 1I3AA 3OYDA 1VRUA 2DFHA 4ZHRA 2VG7A 3PO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 3DAWA 3RR8A 2HHQA 3MK6A 4FK4A 1BA1A 2F9WA 1HNWK 1FKOA 1MU2A 4B1XB 1T6DA 3NF6A 3CMEN 1WNSA 1RFQA 1LAVA 1TKZA 3F9MA 4MDAA 3GOIA 1J5OA 1X9JA 3FFKB 3H45C 1TL3A 4I2PA 2FC0A 1NGIA 3MAQA 1T8EA 4DSEA 3CJCA 4EAHD 3L2UA 5HLFA 1GLCG 5FPEA 1RT2A 4RW8A 3RMDA 1UA0A 4FVMA 4DV5K 2HNZA 3O6WA 4HVJA 1YIJN 1D8YA 2V52B 2OPRA 4JLHA 4LFBK 1GLLO 2YV0X 5GINA 2ETJA 2YHAA 3AO4A 1U47A 5BRHA 3CC7N 4JK8A 3TAPA 2A6AA 3B6PA 5FROA 4B8AB 5CZ2A 4JEPA 4CEZA 3W3DA 1VSKA 4BDZA 3ULEA 5IWAK 1L3UA 1L3VA 4QS8A 2P5OA 1A5XA 1S1UA 2ZJRL 3CMAN 4I6MB 1H1VA 2VCPA 3R8EA 3SQ1A 2FXUA 1QSLA 4CEEA 3ZX2A 3QEVA 3L0QA 4G1QA 2E6LA 1RTJA 4IOXA 3VGLA 2ZWHA 5AQMA 4CBUA 4CEFA 1BWFO 1YUWA 1M1KO 3ZEUA 4FWLA 3G25A 3JXUA 3AY9A 3CHWA 4B1ZA 2Q0RA 4FL9A 1YITN 3I8DA 2UUBK 3UIQA 3AA4A 3EEQA 3KLHA 5AQWA 3CJ1A 1YJNN 5T7BA 3CJ7A 4DQRA 4Y1DA 3PV8A 4JYAK 2O8FB 4E0DA 3GG4A 4LF5K 2QKKA 4JI7K 3RWUA 2BANA 4O5FA 3G10A 4H03B 4CFAA 2Z1IA 4JI3K 4KHUA 3QINA 4C23A 2KKZA 3O5BA 3FZLA 2B6AA 1U48A 3TAQA 2HBJA 2Z1HA 4JN4A 1HYSA 1LWEA 2PAVA 3N4QA 4ID5A 4B3RK 3WT0A 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 2P9P A;  3AO1 A;  2D0A A;  1RT6 A;  2D0O A;  3MN5 A;  4CF2 A;  3OBY A;  4DWI A;  3HSC A;  3S3O A;  2P9N A;  3OYG A;  2RHK A;  3C6A A;  4DSJ A;  5D3G A;  1RBT A;  3AVL A;  1NK0 A;  4IDK A;  3JYT A;  1OVY A;  4FJH A;  4WE1 A;  4N41 A;  3ATU A;  3VQ9 A;  4NO7 A;  3O4Q A;  3TSQ A;  3VN5 A;  2HMI A;  2O4I A;  1RBS A;  4RCH A;  5KTQ A;  2ASM A;  4Q5V A;  2HHT A;  4O8K A;  1K6Y A;  3L2W A;  3THX B;  3O4W A;  4PA1 A;  5M1O A;  1YHQ N;  1EWR A;  2NRZ A;  4BY9 C;  4DU4 A;  4MLH A;  5M1F A;  1W9H A;  5EOY A;  2BDP A;  1NOZ A;  4H0X B;  4YY3 K;  3P31 A;  3J7Z O;  1S1V A;  3WXK A;  2X74 A;  1F21 A;  3DLH A;  3VA3 A;  3VGK A;  1HJO A;  3QO9 A;  4BC3 A;  3SYZ A;  4DR7 K;  1NG9 A;  1ILY A;  1DT9 A;  4F3O A;  3ZSQ A;  3MN7 A;  1KAZ A;  3TAF A;  4CBW A;  4GV6 A;  5JLF A;  2QWM A;  1KRP A;  4FLT A;  4H0O A;  4YOU A;  3MEE A;  4DQQ A;  5FRM A;  3TAN A;  1GLD G;  2DFH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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