5HRSA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125a mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrsA00
4LSLA 4F2SA 4J2AA 3KK1A 3PUFA 2P5GA 3VQPA 4CF1A 1VSKA 2Z1JA 3RMAA 4B8CA 3SQ0A 4CF0A 4CERA 3T1AA 4FW1A 4EZ6A 3OYFA 1S6QA 4ELVA 1RT3A 3T19A 1IO2A 1EETA 1IKYA 3DRRA 4FM1A 1JLQA 3OYDA 1IH7A 1L5UA 4B9LA 4M3ZA 2FBYA 3QINA 1KVCA 1LAVA 3HYFA 4B9UA 2GV9A 4LH5A 3LZJA 2IOCA 4CK2A 3IG1A 3ZT1A 3TAFA 4CK1A 3L3UA 1NJWA 4KB1A 4EP5A 1U04A 4FJMA 3ITHA 3RR8A 3NF7A 4IBNA 1VSFA 2XHBA 3QEXA 4FJJA 1RBSA 5EU7A 4CK3A 3SQ2A 1X9WA 2IDOA 4BE2A 4LD0A 3D0PA 5K14A 1WLJA 3SUOA 4N56A 4JS4A 1N6QA 3RWUA 1WSEA 1NK4A 2Z1GA 3K5NA 3L2QA 4BACA 1TVRA 3HJFA 1QQCA 4HTUA 1ZBHA 2LSNA 3P83D 2IAJA 4Z4FA 3I0RA 1TK8A 3AO4A 5HRNA 3AA4A 2G8IA 3AVKA 3DLRA 4Z4EA 1X9MA 4E1NA 4I2QA 4CHPA 2DTUA 4HVJA 3PX4A 4Z4CA 3OYMA 3U3YA 4O0IA 1REVA 2KZMA 1U48A 4DTXA 4OKJA 4KFBA 2QXFA 2FC0A 4DTPA 3C95A 3V9WA 3SUPA 4C8NA 3SQ1A 4M3WA 1C1AA 1S1TA 1C6VA 2IC3A 3KK3A 3TWHA 4CEEA 1IKXA 5J2MA 3PX0A 4ID1A 3RRGA 2I5JA 2Z1HA 2HHUA 3KKSA 3B6OA 1KSPA 3TABA 3HT3A 1UAXA 3B6PA 1D8YA 4FJ9A 5JS1A 4H4MA 5HRSA 2PY5A 4FZZA 4DTOA 4CGFA 1WN7A 2F96A 3IS9A 4CEFA 4CEBA 1WSHA 3HSTB 4DTNA 3O4QA 4O4GA 3QNOA 4CF9A 2BDPA 1U49A 3NGYA 1G15A 3LAMA 3OYIA 4J2DA 3NBPA 1HNIA 1NJZA 2F8SA 4AH9A 3MEGA 1W9HA 3CM6A 2HVHA 4FJNA 4B3OA 2VWJA 2DY4A 4ID5A 4JS5A 4ZHRA 4C8KA 1B9DA 1KFSA 1FXXA 4OVLA 5CZ1A 1LWCA 1QSYA 3U6FA 1SKRA 4TSXA 1MU2A 2X78A 3BDPA 3QNNA 4OKKA 3VA3A 1IKVA 1JLCA 3S9HA 3DRPA 3SNNA 2D5RA 3HM9A 3HPHA 1SKWA 5C25A 1JLFA 4F3OA 4CFDA 1X9SA 2KW4A 3MECA 1U47A 4CGDA 4E3SA 3HP6A 4RG8A 1NK9A 4IKFA 2EX3A 3LP2A 3KTQA 2HHQA 3AVGA 4JLHA 3ZCMA 1J5OA 3DLHA 3HVTA 2R7YA 4J2EA 5HLFA 4QCLA 1T05A 2ITGA 5HP1A 5FRMA 4DSFA 2HB5A 5HROA 2ATQA 3LPUA 1EXQA 1HMVA 4M3RA 2ZE2A 4Z4HA 1YT3A 2O4IA 3RTVA 3ZT2A 5KI6A 4NCGA 1S6PA 3MAQA 2Y1JA 2HVIA 1HYZA 2B4JA 1Q9YA 2BGGA 1U45A 4CIEA 4CHOA 3LWLA 4ZTJA 1X1PA 3VQQA 2VWKA 1DTQA 3VQEA 4KHYA 3HPGA 1LAWA 3AVCA 3O4NA 3E01A 3NH0A 1J53A 4CJVA 3H08A 2HMIA 1BISA 3C6TA 3SV4A 4KTQA 3LP1A 1C0UA 4E7JA 3V1QA 4CFCA 3LPTA 4CEQA 3QEWA 3KIOA 1BIUA 1RDDA 3AO2A 2KQ2A 4CJ5A 4DQQA 4DQSA 3QEIA 1VRUA 2XO7A 1QE1A 3KLFA 4UQGA 3OYKA 1A5XA 4E7IA 3AVJA 4BDPA 4FJ5A 4FJLA 4CEAA 4J2BA 4M3YA 2P1JA 3ISNC 4CEZA 4CGHA 5I42A 3VQ8A 3ULDA 1KVBA 2Y1IA 4FJGA 3SUNA 3O3HA 2JLEA 1KFDA 1S1VA 1GOAA 1WSIA 3VA0A 3AO3A 4DF8A 1BCOA 1VSMA 1Z25A 3I0SA 2ZD1A 2ETJA 3NGZA 2GBZA 5J2QA 3QO9A 4QAGA 4CIFA 1TKZA 1JLBA 1C0MA 1RBRA 1J9AA 1TV6A 3VQ6A 2DFEA 3OYAA 3PV8A 1CZBA 3MEDA 4KI4A 4I7FA 4ICLA 4M42A 4CJFA 1TL3A 1K6YA 2YHAA 2XY8A 2X6SA 3CYMA 3V9UA 1NK6A 2WOMA 4LH4A 4DFJA 1NK7A 1BCMA 3TAQA 2YNGA 1NKEA 5KTQA 3V81A 2A1SA 3QLHA 1SUQA 2YKMA 1O1WA 2E4LA 1EX4A 1XHXA 1L3UA 4ELUA 1CXQA 1R0AA 2RKIA 1L3TA 2OZSA 1C1CA 3QIOA 3OYBA 1XI1A 1BL3A 4AHRA 2VG7A 3M8PA 1RTJA 3L3VA 4PUOA 2Q3SA 3QESA 1HNVA 1DTTA 3KLEA 5C42A 2OPSA 4CFBA 3THVA 4OGCA 3AV9A 3WNFA 1IKWA 1RNHA 3K59A 1LV5A 2GUIA 2YNFA 2KZZA 2BE2A 3BGRA 3OYLA 3DOKA 3K5OA 1T03A 2O4GA 3LP0A 3U3GA 4Z4IA 2HHVA 4CJRA 3V6DA 2HHXA 1KVAA 3HP9A 1VSEA 4MQ3A 3LDSA 3AO5A 1I3AA 2OYQA 1KCFA 2HNZA 4RW6A 1JL1A 3F9KA 4CJWA 1WSJA 3G10A 3I8DA 3AA5X 4DS5A 2YNIA 2D0AA 3PO5A 4KI6A 4RW9A 4C8OA 1J54A 1KLMA 4R5PA 1RTIA 3IRXA 3QEVA 4IG0A 3L8BA 2FBVA 3TAGA 4CF2A 3KLHA 2G8VA 1BI4A 1UOCA 4K8ZA 3AVNA 3KKRA 1VSIA 3P5JA 3L2VA 3K58A 1S1WA 4NYFA 1RBUA 3VN5A 4B08A 1KLNA 3P1GA 3C6UA 3NE6A 2YNHA 5SWMA 4OPJA 3SJJA 3DLBA 3NHGA 3V9SA 3OYEA 3QEPA 3NF6A 3ZSQA 1ITGA 1JKHA 1TKXA 2B5JA 4G1QA 4KTZA 3VQAA 4B9NA 4KHQA 1HPZA 3S3OA 4L8RB 3QERA 3DLKA 4FJHA 2WONA 3HO1A 4B9TA 4O55A 4W5RA 1TK5A 3VQCA 4F4KA 3K5MA 1RT7A 4N76A 3ALYA 4DTRA 4CJ3A 1XWLA 1HQEA 3UIQA 1S1XA 3SCXA 1RDCA 5CYQA 2BANA 3ZT3A 4KRFA 4E1MA 3VQDA 4I2PA 3AVHA 3TAEA 5J2PA 5KRSA 4FLVA 4FZXC 1ZBIA 2OZMA 4CJUA 4M3UA 4FJXA 3LANA 4HUEA 3L2WA 4CJTA 1NK0A 3O3FA 2XY7A 1CZ9A 2P5OA 3V9ZA 3L2RA 4PY5A 4CJQA 1TGOA 3TI0A 1LW2A 2EHGA 3NCIA 5D3GA 4EZ9A 2DFFA 1VRTA 1YVUA 1QSLA 5J2NA 5DMRA 1RT1A 1RT4A 1XHZA 2G8FA 2PYLA 1S9GA 5FRNA 3OJSA 2RF2A 3K5LA 3OS0A 3EY1A 2D0BA 1WSFA 4Q5VA 4FLXA 4K8XA 4W5QA 2HHWA 4E7LA 4IFVA 3SI6A 4KHUA 3OS2A 1JXEA 4H4OA 4F3TA 1GOCA 3AA3A 3DOLA 3FFIA 4W5TA 4DFKA 3DRSA 1D9FA 1D9DA 3RMCA 4KTWA 4B9VA 4YNQA 1VSHA 4FK4A 1D5AA 3IAYA 1SL0A 1HRHA 3K2PA 3SPZA 3L2UA 2E6MA 3QIPA 4DLEA 4KB0A 3RR7A 4CHNA 3VQ9A 4PWDA 1SV5A 5CZ2A 4DSKA 3AVBA 1LWFA 1QSSA 3AVMA 4NYNA 3LP3A 1VSLA 4FM2A 4FLWA 4I9LA 5DK5A 3S3NA 3RMDA 2P51A 4CGIA 1VSDA 1HYSA 3NAEA 2JGUA 3TAPA 4KAZA 4DQRA 5I3UA 5FROA 4GVMA 1RT2A 3F73A 4AILC 4BWJA 1RBTA 4CFAA 4CHYA 1BI4B 2G8HA 3SYZA 2VG5A 3EYZA 4AHUA 4XIUA 2G8KA 1T7PA 1WSGA 4LY7A 4Q0BA 1HYVA 2G8UA 3NFAA 2XRIA 3PO4A 4BDZA 2A1RA 1Q8IA 4EP4A 3V9XA 4OLAA 3CFOA 4HCBA 3A2FA 4KHNA 1JL2A 4PQUA 3DLGA 3SPYA 4M3XA 4BDYA 4N41A 1RCHA 3OYJA 1RBVA 1S5JA 4E89A 3ASMA 4DTMA 5CYMA 1TK0A 4CGJA 4DSIA 3V1OA 4AHCA 1TKDA 5C24A 1VK0A 3SUQA 3ZSOA 3TARA 3S3MA 1F21A 3DMJA 3ZSVA 4DS4A 4DG1A 1I39A 1B92A 3JYTA 4BE0A 3MXIA 3HXMA 2FBTA 3DI6A 3ZT4A 1FKOA 3O3GA 3TANA 1N5YA 4DF4A 5HBMA 4AHTA 1C0TA 1HQUA 4E7KA 4CHZA 3KD5E 1S9EA 4H8KA 3DLEA 4OKEA 1RT5A 1RT6A 3M8SA 4FLZA 1U4BA 4CECA 4CF8A 1RILA 4AHVA 1XC9A 4ZTFA 1Y97A 2YKNA 3HPOA 3MEEA 4FVMA 3OYCA 4CJPA 3OJUA 4CESA 1C1BA 4Y1CA 2IGIA 3ZSYA 4FLYA 5J1EA 1ZBFA 4IG3A 2X74A 4YFUA 2PYJA 4GMJB 1UA0A 1NJXA 4M45A 4DTJA 4KHSA 3HVRA 1CLQA 3KK2A 1WAJA 5HRPA 1NKCA 4CJ4A 2PZSA 1ZBUA 4DU1A 1T8EA 4GW6A 4I9QA 4CEOA 3CM5A 4MFBA 3ZSZA 3SZ2A 2KFNA 3V4IA 4F2RA 4O0JA 1KRPA 4CEDA 4FM0A 2NUBA 3D45A 4HUFA 4DSJA 3WNHA 4LSNA 1NOZA 2OPPA 1RTHA 4W5OA 4DSEA 1A5WA 4OGEA 5KGXA 4M3TA 3SQ4A 4N5SA 4JRQA 3VQ5A 3SV3A 4CJSA 1Q9XA 1TKTA 2ZQBA 2IS3A 4KHWA 4FK2A 1NKBA 3V1RA 1B9FA 4QOZB 4B9SA 1QTMA 3QETA 1BHLA 1EP4A 1BQNA 4ELTA 3AO1A 1YTUA 1FKPA 1L3SA 3LWMA 3VQ4A 2KTQA 4RW4A 2HNYA 2FBXA 4FLUA 3M8QA 1W0HA 1KTQA 5HRRA 3VQBA 3KJVA 1JLAA 3MXJA 5FDLA 1BIZA 4C8MA 4E7HA 3KLIA 2RPIA 3DYAA 3CQ8A 1SKSA 2XY5A 3NF9A 4E0DA 2KFZA 1ASVA 4CGGA 4CHQA 4CIGA 3ZSRA 4Y1DA 3AVIA 4OJRA 2DFHA 4OPKA 3LZIA 1ZYQA 2E6LA 4C8LA 4FK0A 4CJLA 1QS4A 2D0CA 3CG7A 5E41A 4CJEA 3CFPA 4F8RA 1BGXT 1RDBA 1DLOA 3C94A 4FJ7A 4DFMA 2X6NA 3OVNA 5KGWA 4KREA 4BE1A 3KD1E 4CCHA 3LAKA 1LW0A 2YV0X 3NGIA 1NK5A 4B9MA 4IFYA 4KV8A 3TAMA 4AHSA 4FCYA 1HJRA 4Z0UA 1JLGA 1QHTA 4KKOA 3NDKA 2HW3A 2YHBA 1RDAA 3WNGA 2AJQA 1EKEA 1ASWA 4BWMA 2XY6A 1ZBLA 4O5BA 4DMNA 3AA2A 3ZSXA 2QK9A 1WAFA 4FJIA 2B6AA 1YTAA 3AVAA 4HUGA 4DLGA 1LWEA 1NK8A 1VSJA 3OYGA 4FJKA 2HNDA 1WNSA 1UA1A 3MXMA 1RTDA 4DQPA 4WE1A 4W5NA 3NH1A 4B8AB 4RW7A 1TL1A 2RN2A 1UWBA 4O44A 4KPYA 4FW2A 3EZ5A 1JLEA 1L3VA 3NH2A 4FLTA 4Z4GA 4DWIA 1ASUA 1GOBA 2Z1IA 4DTSA 4FXDA 3K57A 4E19A 3RMBA 3CFRA 1SL1A 1Z26A 3LALA 2G8WA 1CXUA 2OA8A 4IDKA 3HL8A 1IG9A 1TAQA 5T7BA 5SZTA 3HK2A 2VG6A 4DTUA 3PX6A 3OYNA 2OPRA 3AVFA 3NF8A 3TR8A 1NOYA 1S1UA 4KO0A 3T3FA 4JRPA 1SL2A 3AVLA 4N47A 2QKKA 2F8TA 2HHTA 1A5VA 3OY9A 4DU3A 3DM2A 1BQMA 4RW8A 4DFPA 2OPQA 3ZSWA 3M8RA 5JS2A 2W42A 2QKBA 4DSLA 3OS1A 4DQIA 4PA1A 3JSMA 1NJYA 4CE9A 3WNEA 4NCBA 3RRHA 4CJKA 4HHTA 4FJ8A 5KRTA 3OYHA 4OLBA 1FK9A 3G0ZA 4DU4A 3PY8A 3VQ7A 4NCAA 4FZYA 2HHSA 4FYDA 4HCCA 1TAUA 3KLGA 5CY4A 1JXBA 4M41A 3ZT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6CA 5AQVA 4JHDB 3RMAA 2Z1JA 3Q7CA 1JJ2M 1E4GT 1U2VB 3ENOA 1EETA 4LF7K 5AFUH 4B9UA 2UXDK 4WFAL 2FF3B 2IOCA 3IG1A 1NJWA 3FR0A 4KB1A 4DKWA 2NRWA 3RR8A 4BVOA 1YJNN 3WXLA 3SUOA 3WQUA 1NK4A 4BACA 5AQJA 1NGJA 5AQIA 3P83D 1IBLK 1NLVA 4JN4A 1G99A 1NGCA 4HVJA 1YI2N 3PX4A 3U3YA 3WQTA 2KZMA 2OCEA 2GTDA 2QWNA 2FC0A 4DTPA 2W6LA 3SUPA 3SQ1A 4BR4A 5M1PA 3TWHA 1IKXA 4LFAK 4FL9A 3TABA 5AQUA 3HT3A 3VF4A 2IVPA 2RE2A 1M1KO 2F96A 3IS9A 4CEFA 3HSTB 3OBYA 4O4GA 2BDPA 3NGYA 3ENBA 4AH9A 3MEGA 3CM6A 1Q18A 2E2NA 1LCUA 5C15A 3C7NB 3GDQA 4H03B 3A0IX 5ELZA 3CI5A 3IDHA 4CFDA 4CGDA 3HP6A 4IKFA 3U4LA 3KTQA 4PKHA 2HHQA 1DEJA 1KD1O 4J2EA 1KAYA 1T05A 2QM1A 4DSFA 2HB5A 3LPUA 1HMVA 4Z4HA 3ZT2A 1HLUA 2Y1JA 2O8FB 4YOWA 3HPGA 2HMIA 3C6TA 4CVNE 2A3ZA 3V1QA 3AO2A 2I7PA 1X3MA 2XO7A 4OO1J 2ASMA 4BDPA 4CEAA 2Q0UA 3ISNC 4CZKA 2UYTA 2HBKA 1KVBA 3MCPA 2Y1IA 4FJGA 3SUNA 1S1VA 5ADXA 3AO3A 1VSMA 3QO9A 4QAGA 1TKZA 4YORA 1J9AA 3VQ6A 1CZBA 4BY9C 4I7FA 4IO8A 4CJFA 2YHAA 3QFPA 2X6SA 3CYMA 4LH4A 1K8KA 2P9LB 4DQ8A 4GKKK 5FLXO 2YNGA 1WBBA 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 2V52 B;  1T7P A;  1WSG A;  4LY7 A;  2G8U A;  3PO4 A;  2BUP A;  4BDZ A;  1N36 K;  2A1R A;  4OLA A;  4EP4 A;  3CFO A;  3A2F A;  5AQR A;  3SPY A;  4M3X A;  4BDY A;  2VYP A;  3EE8 A;  3EE9 A;  3OYJ A;  1GLD G;  1TK0 A;  2QXL A;  4BRC A;  3V1O A;  1E3M A;  3LL3 A;  2P9I B;  1IJJ A;  2Q1N A;  4JI3 K;  4DS4 A;  1W7A A;  3DI6 A;  3O3G A;  3TAN A;  1N5Y A;  1HQU A;  3KD5 E;  3DLE A;  4CF8 A;  4AHV A;  1Y97 A;  3HPO A;  3MEE A;  3MDQ A;  4XH4 A;  4GMJ B;  1M90 O;  1CLQ A;  1VQ9 N;  4DU1 A;  4CEO A;  3B8A X;  2KFN A;  1ZC6 A;  1QVG M;  4JK7 A;  1YF5 L;  3G6E N;  4WQ4 C;  1VQK N;  4DSJ A;  4LSN A;  4JI2 K;  2OPP A;  1A5W A;  3SQ4 A;  2P9N B;  1R59 O;  4PL7 A;  2ZGY A;  4BR2 A;  1NKB A;  1B9F A;  4B9S A;  1QTM A;  3QET A;  4XH1 A;  4ELT A;  3SBT A;  1L3S A;  1SQK A;  3F9M A;  3BEX A;  4IFE A;  1KTQ A;  3H6E A;  1ATS A;  4H0V B;  3CHW A;  3MXJ A;  1BIZ A;  3KLI A;  3DYA A;  3SK3 A;  2XY5 A;  3NF9 A;  2KFZ A;  2J4R A;  4BRQ A;  3AVI A;  3I8B A;  3OBW A;  4OPK A;  4A57 A;  4U67 L;  4DV2 K;  4FK0 A;  4CJL A;  2D0C A;  3CG7 A;  3HM8 A;  4FO0 A;  1RDB A;  4FWL A;  3OVN A;  3J7Y P;  1W2B M;  4YOT A;  5JLF A;  2P9S B;  4KV8 A;  1YHQ N;  1JLG A;  1XNR K;  4KKO A;  3NDK A;  3CCJ N;  1K9M O;  4FWM A;  1VQM N;  3AAQ A;  2XY6 A;  3AA2 A;  3FZH A;  3BF3 A;  2QK9 A;  2QWL A;  2B6A A;  3CC2 N;  1RDU A;  4LF5 K;  3U8X A;  2UU9 K;  3Q7B A;  4FJK A;  2HND A;  4QS9 A;  1UA1 A;  4W5N A;  2RN2 A;  3R9P A;  1UWB A;  5AQQ A;  4O44 A;  3C0B A;  4KPY A;  3IFR A;  2E8A A;  4H5T A;  1DT9 A;  4FW2 A;  3EZ5 A;  5BR9 A;  5FPN A;  2Z1I A;  3BP8 A;  2GWJ A;  4JAX A;  5AZI B;  1Z26 A;  4H5N A;  2OA8 A;  4IDK A;  4BR5 A;  3UE5 A;  5SZT A;  4K25 A;  4DTU A;  3PX6 A;  5BRF A;  5B8H A;  3TR8 A;  1NOY A;  3T3F A;  4YOU A;  2GEM A;  4DFP A;  1BQM A;  2WBN A;  3I55 N;  3M8R A;  2W42 A;  4DSL A;  3AAR A;  4DQI A;  4CE9 A;  1WUA A;  3RRH A;  4HHT A;  3PY8 A;  2HHS A;  1HKC A;  4NLC A;  4DUY K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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