5HWMA

Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with 2-oxoadipic acid
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
publication title Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 112
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date 2016-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hwmA00
5HNRA 1WV2A 3JR2A 3W75A 1KBJA 2F7FA 5DN1A 4CNOA 4I7UA 3G24A 2FB2A 1RR2A 4MJMA 1BKSA 2OT1A 1WA3A 3A5VA 4NVTA 1WAUA 3R2GA 4TIMA 5BMWA 4N6EA 1EP1A 2X1SA 2XN0A 5AHLA 3FKRA 1CW2A 1T96A 4WOZA 1ME8A 4MIMA 4A21A 1W8SA 1LROA 2WQPA 3PBWA 2VEPA 3O8AA 1UBSA 4HPXA 4CCDA 1GTEA 2ZTJA 1H51A 1O4UA 4LS1A 1F6PA 3MP5A 2F84A 3RFAA 3EWWA 2A85A 4FNUA 4XBKA 1SPQA 3NQ8A 4U4MA 4ORIA 4O13A 1J2WA 3BG5A 3HO8A 4Z1CA 1EWDA 1ZAHA 4N9DA 4GUIA 4O8RA 3CU2A 4HN4A 4JD4A 4UFHA 5FEWA 4XTDA 2RDWA 3L0GA 1WBJA 4KFOA 3IRDA 4FNRA 3M16A 3K30A 1LOQA 1NVMA 1H60A 3EKZA 5AYYA 1IXNA 3KVMA 1YADA 1VCGA 3DFOA 5E93A 1QOQA 3WJYA 4FNPA 3ABRA 3DI0A 1XBVA 3CIWA 4A29A 3KVLA 3W7EA 4JDBA 1KLYA 2ABBA 1L9WA 2YSWA 3W70A 2EPHA 4KKXA 5HINA 1J5TA 3LBCA 2VKZG 4ICNA 3DGRA 3NXFA 3TH6A 3NQVA 4I9AA 3F03K 4LU0A 4ML9A 3V1PA 2HTMA 1VS1A 2ZZ1A 4MFDA 4MJZA 4K36A 1YYAA 2ZA3A 1TPVA 4K38A 1Q6QA 4O0KA 5K4XA 1XUUA 4JY9A 2BXVA 3W07A 1LM1A 4RK8A 3TROA 2E6FA 1KV5A 3LHVA 4DPPA 3QZEA 4MVAA 3LERA 2NXIA 5F1VA 3L66A 2G96A 5G2IA 2TYSA 3M5ZA 1W5MA 3CWOX 3SJ3A 4O18A 4O19A 1LCOA 4OBTA 5AC6A 3IVTA 4XZ9A 2FQIA 3E96A 3EWUA 2DZPA 1F2JA 4NNAA 2E09A 3BARA 1BTMA 1TTIA 4LVDA 4I7VA 3EX6A 4UMAA 3IGSA 2V8ZA 4GFSA 3TSBA 1OX4B 4AB4A 1Q45A 4HHPA 2DZUA 3HMJG 3TQ0A 4E2DA 4XKYA 3E9AA 4O4VA 1L2UA 3NL5A 3NZRA 1T99A 1QPNA 2QCGA 2C0AA 4M7SA 1X7FA 4MLRA 4FEZA 1WOAA 4PL2A 1WXJA 1JULA 3LTPA 1A50A 4P2VA 2CU0A 4N2YA 5HUPA 4HPJA 2A2IA 3G1VA 3CM4A 2E6YA 2PRLA 2ZRXA 3PVFA 2YCEA 2QCLA 2CLIA 3P8JA 5G4WA 4XUGA 4ONVA 1L6SA 5DLCA 5BMXA 3IIPA 3HJZA 2WOQA 1BWLA 1ZENA 3A21A 1PIIA 1QCWA 1VYPX 5HWJA 1XM3A 1XCFA 5LGXA 1ME9A 2AAMA 1DL3A 4RJEA 1LTDA 1C9DA 3G0XA 5C5YA 5D03A 1EP2A 3P8IA 3TSMA 2C6QA 1WX0A 2QUUA 2YYUA 4LWWA 3WJXA 4RCXA 5CPNA 3EX2A 3TC7A 5FF0A 2VEIA 4XKYB 5DY2A 5AHEA 3STGA 1DKWA 1B9BA 3E02A 1UB3A 1C29A 4JY8A 4OT7A 1MEWA 4UTUA 5D32A 3W1NA 2ISSA 4NQ1A 1SO5A 1OVDA 4AHQA 3GIYA 1C8VA 3Q58A 3W7IA 4ADSA 1X1ZA 2ZBTA 1DHPA 3D0CA 3W76A 4D2JA 2G95A 1S5WA 1ZAJA 3TMQA 3I7SA 5K9XA 1M5WA 3UWWA 1GPWA 3ELFA 2E6AA 1TPFA 4GBUA 2OJPA 3EKLA 2YFOA 1KM3A 1QO2A 2R94A 4MY8A 5J5DA 1EWEA 2FTPA 3NEVA 2RH9A 1XXXA 3LI1A 3CT7A 3VE9A 3U6WA 3TR2A 5FF3A 3FOKA 4DO6A 5DELA 1K7FA 3DFSA 4A2RA 1EUNA 2QCNA 1YDVA 1SW3A 4YMZA 1A5CA 1GWJA 4IXHA 3RK8A 5F4XA 2ZRUA 3TFCA 5U4NA 5I3IA 3M7WA 4JR5A 4K8HA 3TSDA 3M9YA 4K6AA 4CCEA 4DF1A 1TIMA 5DBUA 3S8HA 1WDWA 1KM1A 3S6DA 4HIBA 1G7VA 3O6DA 4UCGA 3IIZA 3THAA 2DZSA 4CCCA 4CQ9A 2VFEA 3SECA 4MY9A 4FX7A 1NAL1 1KTNA 1W0MA 3UWZA 2V2DA 2C18A 3LCXA 1VLWA 1ZJIA 2QUTA 3QSTA 3GKFA 3LLDA 4IPJA 3W2LA 2ZA2A 1DQXA 4RV8A 1DQWA 5DBTA 2Y7GA 3O16A 4GRSA 4WOQA 4LC6A 1YPFA 1H7RA 1EP3A 1G6CA 4WY0F 3USBA 3VCRA 2W79A 1TMHA 3RMJA 3ZWTA 3S1VA 3KHJA 1OG0A 4HSNA 1XDMA 4NJGA 1F05A 2QUVA 5GVJA 3S9YA 1PE1A 2PC4A 3LDVA 4JN6A 4Y9AA 3QFEA 4FF7A 4FNSA 4HSOA 1MEHA 4UTTC 3S5YA 1YXYA 5G1TA 2NUWA 4UMBA 2EGZA 1MSSA 3PUOA 2DZVA 1DJQA 4FIQA 4Y6GA 3CHVA 1NSJA 4UNLA 1W5OA 4ORMA 5CKSA 3GDRA 1SW0A 4N9CA 4Q33A 4LUJA 1AG1O 3G1HA 3F4NA 2EKCA 2ZRWA 3IVSA 4WQ6A 1LOSA 4AWTA 5LNRA 2A7NA 3C2OA 1RQBA 7TIMA 1Z42A 4O0ZA 4HNUA 2P0OA 1H7WA 1XFBA 3WJWA 1FBAA 3LOTA 2GJLA 3GK0A 3W7OA 3KOFA 1D3HA 5SWUA 5A8GA 3W1RA 1JCXA 3FIGA 4GUHA 4UUIA 1G4EA 2NV1A 4Z08A 2Y70A 1PCWA 2ATMA 3NQ2A 3LXAA 3S1XA 3TXZA 2A5HA 1YPIA 3G3DA 1TPB1 3ABOA 3QPZA 3W6YA 4AF0A 1AL8A 3G8EA 4IMEA 5MHBA 1G4SA 3MBFA 1LORA 3R12A 4DO5A 2CZFA 5F2LA 2NX9A 1TYGA 3EXSA 3MHGA 4PC8A 4JGDA 3HG2A 1X6UA 2ZRYA 2B4GA 3N9SA 3NYZA 2H8ZA 1DV7A 3G18A 1OF6A 3HB9A 4U28A 1SZGA 1WQ5A 3N73A 2J6XA 2PRMA 4YL2A 5AC8A 4H3DA 3S5ZA 1QMLA 3GVGA 3BLEA 3EEGA 3DHFA 3DXIA 4UTMA 2Y63A 3BV4A 3ABQA 3TAOA 4AHPA 3NQMA 4JTFA 2R91A 5H2ZA 2NXGA 3W2KA 4BWLC 1DJNA 3IIXA 2B0MA 3IVUA 1JRBA 4Y8FA 3W1AA 4JDYA 3ZFHA 1QOPA 3VE7A 1HL2A 2JGYA 5F4SA 4S1FA 5BRBA 5E0KA 1WBHA 3S42A 4AXKA 2ZZ7A 3PR2A 3LXCA 2DU2A 1KFKA 5BW6A 3UPWA 5HMSA 2E5DA 4W9TA 4LRTA 4LV4A 4UTWA 4O17A 5D2WA 3DH7A 3T7VA 2RDUA 1LYXA 2E6DA 1TB3A 1A5AA 3HPXA 3I65A 3NQ6A 4DBDA 1OFBA 4IWWA 5LHFA 1IXPA 2NUXA 2QAPA 2O7SA 1E51A 1N7KA 3HG5A 4NZFA 5FF7A 4MYAA 1VJIA 2YZRA 5I3JA 3F1QA 2Y6ZA 2GQAA 5EMUA 3B0UX 3N34A 4JIPA 2V81A 3M6YA 1XI3A 3B8DA 2CLOA 4O1AA 1FCVA 2Q8ZA 2VC6A 2C19A 3EXTA 3CIXA 3FEMA 2CFFA 1THFD 3M41A 4FXRA 3SI9A 2QCDA 3MI6A 4ZQPA 1Q3NA 4NNBA 4RR4A 3L5LA 4BI6A 5AYZA 2FB3A 1KFCA 3P74A 3T78A 4UFKA 3HGRA 4FIRA 3TMLA 1OX5A 2NUYA 1UUOA 3W7DA 2J88A 4E0CA 3FLUA 4ADTA 3L21A 1YLVA 4M5PA 4DF0A 1Y0EA 4TX9A 1L6YA 4NXKA 4Z1DA 4YCPA 3W87A 4DBEA 2GQ8A 4AVFA 3LCGA 1H1YA 3M47A 3PBVA 4OU1A 1Z44A 5C2XA 5D2XA 3W7HA 4N9BA 4GUJA 3EX3A 4PEKA 2PCQA 4IQLA 1LRTA 4JYDA 3Q2DA 4LNYA 2ZTKA 3W83A 1AW5A 2V2HA 3NA8A 2I1OA 2BX7A 4Z1BA 3LHUA 3PWAA 3C2VA 4G1KA 1YTEA 2QCDB 1GZGA 4RXFA 4K39A 3V75A 3BK0A 2YYTA 2ZRZA 1X8FA 5D02A 6ALDA 2AQWA 3LHTA 3NOEA 1RD5A 5FF2A 4AEOA 1LLWA 2BLEA 2WNQA 1TTQA 1JUBA 3W7KA 4K7VA 1VR6A 5AYXA 3S1WA 3GAYA 4JTTA 4RX0A 4QITA 4MFEA 4MPQA 1FWSA 1UUMA 2A4AA 3W1MA 1QDSA 1DBTA 4WXYA 1N8FA 3PBYA 2PE4A 3HBLA 2JKEA 4GWEA 2A21A 3JS3A 4UTLA 3GLCA 3I68A 4NUWA 4FX6M 3NVTA 4JNMA 2B7PA 1HO1A 1TCDA 4RKAA 2AGKA 1KFEA 4DELA 2X1UA 1IXOA 2FDSA 2A7PA 4XWUA 2VFIA 4UIOA 1GEQA 5KINA 2WNZA 5K4ZA 1HFBA 3IV3A 3UZ5A 1ONRA 1RVGA 2IQTA 2QDHA 5G1YA 2CWNA 4JTEA 2Z0IA 5KZMA 4GUFA 1PV8A 4NJKA 4Q4KA 1H7OA 1SO6A 1O60A 3L0KA 4FO4A 1R47A 1QFEA 2DZXA 3NQFA 1KFJA 3BO9A 3LX9A 3AJXA 3CQ0A 4IMCA 5D2TA 3DBPA 2I9EA 1A5SA 4L4MA 3OA3A 4UMCA 3NM3A 4IMGA 3O05A 3HGJA 3QW4B 5TIMA 2XFWA 1W37A 3UWUA 1T0OA 3PSVA 4R33A 5T26A 4YWIA 1JUKA 1H63A 1VHNA 3QQ1A 3QJAA 1GQNA 4YCOA 1M7PA 5D2YA 3S1UA 2D73A 2GQ9A 1RQEA 3A23A 5G2HA 1OABA 4NNCA 3QSRA 3M5VA 3UPBA 1SQ7A 5LNUA 1P1XA 4ZQOA 1FWRA 4BK9A 5F2MA 2QJIA 1KTCA 3BG3A 3GXTA 1KM4A 2TSYA 2J27A 2Z2UA 2DP3A 2Z1BA 2Y88A 3N3MA 2E68A 3TQVA 2R8WA 1UASA 3W1TA 2H90A 2QCFA 2PURA 3GDMA 5TBOA 2WJZA 5K3VA 3FFSA 3W85A 3B4UA 1YDOA 4GC4A 4CQ8A 1F6KA 1VGAA 3HOJA 4ZMGA 3W74A 1RZMA 5EKYA 3FYOA 4JS3A 3P61A 4GUGA 3M44A 2X1RA 1IIGA 4BFAA 4Y96A 2H3BA 1RQHA 3MWAA 2NX1A 1K8ZA 1IF2A 1VYSX 2EHHA 1SO3A 3PB0A 2HMCA 2QDGA 2TRSA 4LTSA 4IX2A 2V82A 2J9ZA 3O6YX 1P0KA 2ZZ3A 1NEYA 3GR8A 5HQEA 1GVFA 1OFRA 1I2PA 1JR1A 2ATSA 3TW6A 4MZ1A 2C3ZA 2ZZ4A 4XQ6A 3MUXA 5D09A 2DJXA 5CZJA 1ADOA 1VCFA 4O12A 3ZR4A 5EA9A 2X1TA 1G67A 1W5NA 2V30A 2NX3A 3ATZA 1TQJA 2VFDA 4O1BA 1SZFA 4HT3A 4PH6A 2C1HA 4CNPA 1QR7A 3M0ZA 1TRDA 4ZQCA 5CZSA 2X2GA 1KFBA 3T4CA 3TJLA 1G69A 4X9SA 2OX1A 2DORA 3TW7A 3UY8A 4PCFA 3PS7A 1OYCA 3EXRA 5IBXA 3PY2A 3IGUA 3PUDA 1AW1A 5D05A 4POCA 4RXGA 3I7RA 5HWMA 3PB2A 2DJLA 1VRDA 1FDZA 3STFA 3W23A 1ME7A 3NDOA 1OK4A 4UFLA 3BLIA 4DQWA 3G1SA 2BTMA 2Q3OA 4NX0A 4BF9A 4KFPA 1PCKA 3ZWSA 5L9FA 1HUVA 4GE8A 4TMBA 1JJKA 1H62A 4M6QA 1NF0A 4I7WA 3C8FA 1JCLA 3L2IA 1TPUA 4LS2A 2QR6A 3CWNA 1W54A 2QCMA 1UJPA 4J9JA 3CTLA 2J24A 1W3TA 1CX9A 1L6WA 3H53A 4WJEA 3NO5A 5DXXA 3STEA 1P5BA 4A22A 1NF7A 2J9YA 3A24A 3B0PA 1OFOA 2X16A 4H6KA 5AN7A 4A2SA 5LNVA 1TO3A 2RDTA 1R46A 1MZHA 3FA5A 1I4NA 3NQAA 1VQTA 3NQCA 2G97A 3TCEA 1LBFA 4IJBA 2QKFA 3LHZA 2Y85A 2VEKA 4QNWA 5LZLA 2FIQA 3G0SA 4LUIA 1D9EA 2GVLA 4DF2A 4JTKA 5EL1A 3EB2A 3PF3A 5EPDA 3P5ZA 1AMKA 3PUEA 3OIXA 3UWQA 4ZVJA 4BI7A 3GAKA 4X22A 2Q8LA 3WK3A 4AH7A 5CPOA 3CEUA 5I3FA 3UWVA 1I2RA 3M43A 1S5VA 5G4EA 2CLMA 4EF9A 4M7TA 4FHAA 3HG4A 3THQA 1T8XA 1O95A 5TQLA 2OCZA 3P81A 3E0IA 1OFAA 3UWYA 4NJIA 2V0TA 4JTLA 5AHIA 3L67A 3EWYA 4ZQMA 3BLFA 1YXDA 3LRKA 5CSSA 1FY6A 4GJ1A 4IMDA 2Y7EA 2WSQA 3GDTA 1H7NA 2ISWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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