5IBXC

1.65 angstrom crystal structure of triosephosphate isomerase (tim) from streptococcus pneumoniae
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMACPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title 1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
total genus 89
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence F, G
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ibxC00
3UXDA 3LCXA 2BZNA 3QPZA 3W1RA 1F6KA 3W7LA 4GUFA 4JTLA 3W75A 3THAA 3PB0A 1HTIA 3ANYA 3W84A 1Z48A 3LDVA 1GEQA 4JX4A 3EX1A 2WO5A 2F7FA 4LWWA 4YWIA 4O11A 4ADUA 4ADSA 3ELFA 2J9YA 4JTFA 4GUHA 2ZTKA 3W2KA 3NQDA 3FEMA 2WOQA 4FEZA 3N19B 3L21A 4XWUA 4A29A 1AMKA 4N2YA 5FF0A 4C1LA 1W5PA 3TJXA 3IIZA 1H1ZA 4O19A 1JJKA 2E6YA 4OGZA 3DAQA 2NXIA 1M6JA 2ZZ2A 5HNRA 1ZENA 1L6YA 5HWNA 1RD5A 3IIVA 4GUJA 4MZ1A 1L2UA 1WX0A 4ZQNA 1UUOA 2TMDA 5CZ0A 3E9AA 5FEZA 5K9DA 4O0ZA 4Y90A 1Z44A 4LVAA 1WOAA 3K30A 3LV5A 1BTMA 3OIXA 3S8HA 1SW3A 3RU6A 3H53A 3W1QA 3CU2A 1SW7A 1QAPA 3GNDA 4O50A 1TPC1 5KZEA 5HUOA 5FF2A 2JKEA 3QH2A 4MY9A 3DGRA 5LHFA 5AYYA 5F1UA 5AHNA 4PCFA 1DVJA 4TIMA 2NZLA 1SR9A 5HJLA 3TAKA 3QW4B 1RV8A 3W7QA 2A21A 4QNWA 3G8EA 1FCUA 3TQKA 5I3FA 3T55A 4JY8A 5G1YA 1ZCOA 4X9SA 3PUEA 3R13A 3GB6A 4Z1AA 2NX1A 4JS3A 2ISWA 2YR1A 3W1MA 1OG0A 3I6RA 3W7RA 5K4XA 4NZJA 5I3GA 3PBUA 1LLZA 1M5WA 3FOKA 4H6KA 3S1WA 3HO8A 2WSRA 1B4EA 3LBMA 2NV1A 2R94A 1H50A 2QCLA 2V30A 4DF2A 1TTJA 3A23A 3S5NA 1KFJA 5I3IA 4JX6A 5CPLA 4HNVA 4X22A 2PRHA 3NQ2A 3M0ZA 3SJ3A 2C13A 4LS2A 1QFEA 3SY5A 5KINA 4WOQA 5FEXA 2G95A 3W7DA 4K37A 3UZ5A 1TPB1 3SGUA 3R5EA 3NZ1A 4RJEA 1EUNA 4MFEA 1ADOA 1P5BA 2QAPA 3DU0A 3P80A 2FIQA 4KFOA 4WOZA 4KKXA 4GE8A 2OZ0A 2WNNA 2V2CA 1ONRA 4YCPA 3S6DA 3MMTA 1ZNNA 3GR8A 3BK0A 3QEZA 1FUYA 5K7JA 2WNZA 1YADA 3SI9A 1W8SA 1O5XA 4PC8A 3E96A 5FF7A 3QMTA 3TIMA 3W1LA 1FY6A 3M5YA 4IXHA 4K7VA 3RFAA 4LVFA 1G4EA 1JUKA 4BR1A 5K4ZA 1B3OA 1AG1O 4ZMGA 3EXTA 4TMCA 4UNKA 4TMBA 2C16A 2ZRWA 5BOOA 4S2CA 5K2ZA 4HNUA 1HG3A 2QJHA 2XN2A 3NQGA 4LW7A 1YYAA 4AWTA 4GFSA 4IGHA 1HO4A 1LP6A 5AHIA 2CLMA 4LRSA 2QCMA 5EBUA 2ALDA 3GX9A 2VEMA 1TRDA 5LZLA 5FF4A 2Z6JA 1L6WA 3LCIA 2CLOA 5TBOA 2CLFA 1OX4A 4BI5A 2P0OA 1OYCA 3NM3A 4UTWA 1XBYA 3EXRA 4O1DA 3ABOA 3PSWA 3LHVA 1CW2A 4UUIA 1N55A 1FDZA 4MIMA 3PG8A 1N8FA 1LM1A 3GR7A 4JR5A 5DXXA 2C15A 4K8HA 4CNPA 2E6AA 4HNNA 3IIXA 3UPWA 1H7RA 4ADTA 3MP5A 4L4MA 4RCXA 3W2LA 3GAYA 3BLFA 4I7VA 3LCFA 4IUOA 2XN0A 4MJMA 3KVLA 3HG4A 2J9ZA 1KM0A 1G69A 3O07A 4JTHA 4NNAA 1C8VA 3NNTA 4TX9A 4I9AA 2KZHA 1SUXA 1HL2A 1TTPA 2E1DA 1FQ0A 1VS1A 4R7JA 3RMJA 1TPEA 2HTMA 2QCDA 1LOLA 3STGA 5AC7A 1TSIA 2FB3A 4GNJA 3TFCA 3NZRA 4P2VA 1R47A 3EEGA 3LCHA 1OFPA 2JKPA 4MYXA 4NU7A 1U5JA 4QJ1A 4N9DA 3P60A 3E02A 3G8RA 3BLIA 2EPHA 3HPZA 3TNOA 1WXJA 3DBPA 3FFSA 1DV7A 1DQWA 4FNPA 1UUMA 1QPOA 3TXVA 1YXDA 3QZEA 3QFEA 2RHGA 2VEPA 4N6FA 1RQBA 1Q6RA 3BGGA 2VFIA 4ML9A 1SZGA 2GVGA 2A5HA 3NPXA 4JN6A 1LOQA 3HQ1A 1Q45A 2RKXA 3CTLA 1KV5A 1D3HA 2GQAA 2YX0A 1W31A 1JRBA 5D04C 3G1VA 5D32A 5GVJA 1H62A 2EHHA 5E0KA 5LNSA 2YYTA 2VOMA 1L6SA 1TQJA 2E5BA 2I1OA 4KFNA 3GXPA 2Q3OA 3LBCA 4GJ1A 4IMEA 3CT7A 3W2UA 3W83A 3MW7A 2B7QA 2DZSA 3KRUA 2BX7A 3HG5A 5LSMA 1TO3A 5FI8A 3DHDA 3W71A 1XBVA 3NL2A 7TIMA 3HGJA 2A4AA 3NA8A 2V81A 4IMDA 5D37A 3P5ZA 5BNKA 3NL5A 4FIRA 4M5PA 4H4IA 3W23A 2PC4A 1H51A 3GKFA 1QOQA 3N2XA 1JCNA 5EMUA 1XC4A 3TW7A 1OYBA 1Z41A 3PR2A 3CWNA 3NVTA 1IIHA 3PC0A 2WNQA 1MSSA 3ABRA 2I14A 2X30A 5CSRA 4O52A 3A22A 3C2VA 5F2MA 4E2DA 1VZWA 2TRSA 3DZ1A 4AF0A 4MYAA 5G4WA 3G1AA 3QQ0A 4UCGA 2FFCA 2Y89A 4NNCA 1TPUA 3B06A 1PHQA 3NDOA 5D2WA 1OFEA 2ZCGA 3N2MA 5FESA 3NO5A 5I3JA 1R2TA 2HMCA 3LCWA 4QIUA 4Y9AA 5DXYA 3CWOX 3IGSA 4UFIA 4DO4A 1W56A 1G4SA 4M6PA 5E1QA 3EWYA 3CB8A 3QC3A 1VJIA 1KW1A 4UR7A 3L68A 4RV8A 3MBDA 4NJHA 1FBAA 4WY0A 2AAMA 2VFFA 3L67A 5G2HA 1H61A 3C2RA 3NM1A 1EPXA 3P74A 3PWAA 3NAVA 4UFJA 3NQMA 3EX2A 3I7QA 1WA3A 1BWKA 3M41A 3A21A 3W1XA 4NX0A 2VENA 3U2OA 1TV8A 3HJZA 4G1KA 1JQXA 1R46A 3GLCA 3JR2A 4O1AA 4RZ6A 5F2IA 4H3DA 4N4PA 4NQ1A 2EAWA 1H5YA 2X1RA 3BG5A 5CSSA 5KZMA 1XXXA 1GVSA 3GDRA 1FWWA 3O16A 4OQVA 2ISSA 3WK0A 2E6FA 3PVFA 3STEA 1TPFA 4W9TA 5AC8A 3W74A 3DFSA 3W2MA 1I45A 4FXSA 3L5AA 3YPIA 1YTEA 2W6RA 1TV5A 3DI1A 3I68A 5HR7A 1YDNA 4OBTA 3W1PA 4FX6M 2JK2A 2DZWA 2C14A 1VPXA 3W85A 5EL1A 3L65A 3ABSA 2R91A 5C2XA 1W3IA 3TAOA 2RH9A 3BG3A 3NQCA 2YW4A 3EX6A 1TPWA 3PBWA 3W1AA 4JX5A 4O28A 5ABTA 5J5DA 3P7YA 2GQ9A 3WJSA 1C9DA 1F6PA 1SFLA 4RR4A 2VEIA 6ALDA 4RKAA 3HF3A 3VNDA 2CW6A 3W2JA 1JUBA 2FTPA 4LC6A 2Z2UA 1UB3A 2R14A 5LNWA 3OVPA 1F5ZA 1CX9A 3W3OA 3W7EA 1YXCA 3P8IA 1MEIA 1X1ZA 3UZJA 1F2JA 1VGAA 2DZXA 4WY0F 3Q2DA 4UR8A 2YPIA 5G1TA 2VC6A 2FB2A 2H8XA 3W1TA 4HKPA 4LUJA 2A7PA 4RXFA 3V75A 3G1HA 3M44A 3W7CA 1OX4B 2CFFA 4LVGA 3BARA 4M6VA 2Z6IA 5F4WA 5H91A 1W54A 5HINA 2CU0A 2TYSA 3GDKA 3MI2A 1LZOA 3TDFA 2NUYA 3LOTA 3P67A 1P1XA 4XBKA 4FNRA 4RLIA 1JULA 5BRBA 4IX0A 4NNBA 2VKZG 3KVJA 4UTTC 2B7PA 1H60A 3T4CA 3OVRA 5T26A 2G97A 2QCCA 3SIZA 4JIPA 1YPFA 2HS8A 3PY2A 1OX6A 2NWRA 2Z0IA 2I9EA 5LNRA 2BXVA 4ZQMA 2QCDB 4XTDA 1R2RA 1XCFA 1S5WA 3G3DA 5C55A 4Y8FA 2X16A 2QJIA 4R53A 4BWLC 3TC6A 1TB3A 3NGJA 5D2XA 3G0UA 1B9BA 3FYPA 1O4UA 1K02A 2ZZ7A 5AYXA 1DKWA 1VLWA 3EXSA 5DLCA 3HB9A 4YXGA 4MY1A 1LRQA 1X8FA 2H90A 1VRDA 1HUVA 1PE1A 3RLVA 3UWZA 1SZFA 1S3HA 1BKSA 1RQEA 2ZRUA 3P81A 3QM3A 5K9XA 3MP4A 5C6MA 1XBXA 4K6AA 5TQLA 5KITA 1TREA 1JCYA 1H7WA 3TJLA 1SQ7A 4IMGA 3W6YA 4Y96A 3F03K 5BMXA 1O5KA 4LRTA 3N73A 2DP3A 5A5WA 2GPTA 1THFD 1M7OA 3KOFA 3BW4A 3GXTA 3TXZA 4HT3A 1T99A 2FDSA 2WJZA 5DCBA 5D38A 1GPWA 1KM2A 2NX3A 3A24A 3LCLA 2NWSA 4R33A 5K3VA 4UTUA 1LRTA 1KFBA 1ML1A 1QOPA 3P62A 4NZFA 1X7FA 3UPBA 1BEUA 3IIPA 1W5MA 2CZDA 2BWGA 4Q33A 2NXHA 1XUZA 4GC4A 1ME7A 4UTIA 1OF8A 3NPVA 3GKAA 2D73A 1G7UA 1ZFJA 4AXKA 1K3UA 3IVUA 3L5LA 1GVQA 1Q6LA 3DH7A 4HHPA 3HG3A 4GWEA 1VC4A 3UD6A 1PCWA 3R12A 4ZQRA 3P5YA 4O14A 2C18A 3SGZA 3W7MA 5D05A 3SECA 3O6YX 1J2WA 3H55A 3ZWTA 1JCLA 4HSNA 1B4KA 4JGDA 1RPXA 1W0MA 1WOBA 1I2PA 1PL9A 1GG1A 1LBFA 3WK1A 1OFQA 3WJXA 1J5TA 5DBUA 3EX3A 3BG9A 4WY0B 4XBSA 4TU1A 1QO2A 4K7YA 3QSRA 1ICSA 2QEZA 1QPRA 5CPNA 3RLUA 3UWVA 2XN1A 3NL3A 5AOUA 1Y0EA 1DL3A 3S0CA 3O6CA 4AWUA 5HQEA 3Q58A 1GG0A 3FA5A 4AH7A 4BI7A 3HIJA 1WBHA 2Y7GA 3G22A 3N9RA 3UWQA 3T78A 1VHCA 3G18A 1HFBA 4EF8A 1YDOA 3FS2A 5FF3A 1G4TA 3DFQA 4EF9A 3NQ6A 2Q8LA 3LV6A 5CZSA 3CIXA 1QR7A 2VEKA 1LOSA 3M47A 1G6CA 1H7OA 3S5OA 1W5OA 3LHTA 3TSDA 4JTUA 2ZA2A 1FWSA 4DF1A 2VFGA 2DORA 4FO4A 4O4VA 3W86A 4AWSA 1MEHA 5HULA 2CZFA 2OT1A 3KVMA 4FNSA 1TQXA 2Z1BA 4UTJA 3C2EA 1VYPX 3TQVA 3UWWA 1SSGA 4UMBA 3TQ0A 3FYOA 4FB7A 1JVNA 3EWWA 2QCFA 3HGRA 4DEFA 3TKFA 3LHZA 4K39A 2QJGA 2Y62A 1YDVA 1SSDA 4JTTA 3STFA 5CGQA 4M7TA 1V5XA 2PURA 1BWLA 4C1KA 1T96A 1KBIA 4M19A 3F4NA 1P4CA 3KRSA 3TU9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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