5IDIA

Structure of beta glucosidase 1a from thermotoga neapolitana, mutant e349a
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
publication title Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga neapolitana
total genus 177
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5idiA00
4TX6A 2UY4A 1A3HA 4URIA 4W8AA 1KR1A 3PZMA 3ZJ6A 2UY5A 1V3HA 1VFFA 2NW0A 3WF0A 4FF5A 2BY3A 4PMDA 2IXUA 2NT1A 1V3KA 3MS8A 4KRUA 3HMCA 1V0NA 1UZ1A 2PB1A 2YL8A 2BV9A 2VQTA 2YBUA 2J8FA 4JZ5A 1OGSA 2OLHA 3WFLA 2DH2A 3I3DA 1CECA 2QPSA 3SCOA 1JXKA 9CGTA 4Z2KA 2WCAA 4JHZA 1TA3B 5BROA 3WDPP 5I0DA 3BLKA 4W5UA 1CXEA 2BY0A 2UY2A 2CPUA 4PSPA 3SCNA 2W67A 1W1VA 5A95A 2CBUA 4CU7A 3G6LA 1EOMA 4FLRA 2A3CA 4GI9A 1EO5A 3ARXA 5DO8A 2XSAA 2XWEA 1UKQA 4DM2A 3MU7A 4C7FA 1ZBVA 4N0RA 1H5VA 1DEDA 4M80A 3AOFA 2WSPA 4B16A 3AISA 3M07A 5JIWA 4J28A 1EXPA 2ZXDA 3CHDA 1LWHA 3PZQA 1FH9A 2ZX6A 2GJXA 4W5ZA 4TTGA 1HP4A 2WVSA 3WNMA 2E40A 2O9PA 4AW7A 4JFWA 3A3HA 1HJVA 1DP0A 1BFNA 2PWGA 4ACYA 5CPSA 4H2CA 1H09A 1OGBA 3WNOA 4IM4A 4JFTA 5E9AA 1US3A 1W9UA 2PI6A 3CHEA 1JFXA 4LYPA 3WUFA 3AIWA 3OIHA 4DWSB 1NP2A 5BXPA 1UKPA 1V6XA 4D1IA 2UWFA 4GI8A 4X9YA 1B31A 3W37A 2Q8XA 1JZ4A 3ZMRA 2PF0A 3CHCA 1PIGA 1WAWA 5JBDA 1UD8A 4AD4A 3ARRA 3UR7A 4ZE5A 1DTUA 1K9DA 3WQVA 2QF8A 2OYLA 2DSUA 2EBNA 1M03A 3VGBA 1W32A 4DWSC 4MNJA 4EK7A 3L4TA 3GTNA 1BYDA 1XSIA 2VX5A 1E6RA 3OBAA 1X6NA 4PEEA 3MUAA 3DHPA 1BAGA 3VMOA 4W7UA 1UOKA 4H7VA 4U31A 3WSUA 4E8CA 2XFRA 1LG2A 2CIPA 3WF4A 1XH1A 1E15A 2YBTA 1MW1A 4BF7A 3A4WA 1HJQA 2X09A 2PWFA 2XSBA 3AS0A 3BAKA 3RJXA 5CJ5A 4W86A 1VBUA 1G01A 1VRXA 4MJ4A 1J12A 2ZWYA 5D9MA 1V0MA 4HPHA 7TAAA 1R87A 4LX4A 1XSJA 2PBGA 2RGMA 2W4XA 4GO9A 4GQRA 3AS2A 3ZJ7A 2WVVB 2XVLA 1VFUA 1D3CA 4FLQA 1AQ0A 1UH4A 4D6DA 4LPCA 2E9MA 2OWCA 4IPNB 3CUGA 4MJ2A 4U5KA 2DT0A 5A6KA 3T0DA 4OBSA 1GJUA 1OGGA 1UH3A 4GIAA 1K9TA 2D23A 3OLEA 1R7AA 1E71M 3WDJA 5IHRA 3WN6A 1XHGA 4AEEA 5M03A 3DYOA 1W3JA 2E0PA 1UZ4A 3L2MA 1OT2A 4KWUA 7A3HA 3LPPA 1Z32X 3CBWA 3T2QA 1X1NA 1B3WA 4WKFA 5GNYA 3VDBA 3SURA 3T08A 1R7OA 1VB9A 1N82A 4V2XA 2OWWA 2YOCA 4PMVA 4XZBA 1HVXA 4QLLA 2FGZA 4TXEA 3RJYA 2OYKA 2D0HA 3SUWA 1L0PA 4D6FA 4YN5A 4TOQA 2DT3A 3AHTA 1C91A 5C71A 4JKLA 4PMYA 3OB8A 4P7RA 1E4LA 3E1F1 1OB0A 1E5JA 1J01A 1P6WA 3CHFA 4A4AA 3AXIA 1BGAA 2ZUWA 1OINA 4OIFA 3K4DA 4OOUA 5E6ZA 4JFSA 4AD0A 3OLIA 3DHUA 2WC3A 5CLWA 1EHAA 1NWTA 2CYGA 4GXPA 1GONA 1XC6A 2ZWZA 2ZX5A 1G9HA 5CZKA 4ATDA 1CPUA 1BGGA 1W2PA 3GXMA 3W29A 3S2CA 1W3HA 2VL4A 3WUBA 1JDCA 1ZU8A 3WQ5A 1LJYA 4MADA 4JL2A 2CITA 1JYXA 2J8GA 2G3MA 5CSYA 1JZ7A 4LYQA 1BVNP 5ABFA 5IFPA 1CEOA 3W28A 5D8ZA 3W6MA 1KXQA 3AHZA 4GZIA 1KBBA 1JI2A 4S3JA 3POCA 1RP8A 3APGA 3VDAA 4MDOA 4W85A 3WKZA 5A6BD 3VGEA 3ARZA 4BQ4A 3PZ9A 4EAMA 1WCGA 4PMOA 1HJXA 1DWIM 1XH0A 4WJXA 1V3JA 4KMQA 2J7CA 1B3ZA 1D2KA 3ARYA 1BF2A 4ZXOA 2VMFA 3PBGA 2YDQA 2WVUA 1E40A 1TUXA 2V5CA 4NSBA 2F61A 1AMYA 4V27A 4AZCA 2BVYA 1V08A 4CUCA 1E4IA 2PBOA 2WK2A 1G5AA 2BS9A 2VX4A 5A6BA 2WM0A 2CERA 1JYWA 4TX8A 1CGYA 4TTUA 3RIKA 3MANA 3I3EA 3WMSA 1RH9A 5A6LA 3NDZA 4UZUA 3VIOA 3F5KA 4LYRA 2C0HA 3SUTA 3K1DA 2EPMX 5DT7A 1Q6CA 3RCNA 4C7GA 2VZUA 5A8OA 4WSKA 3ZT7A 2X1IA 4P7NA 4JL1A 1ZB5A 4F66A 1WDQA 1LQ0A 3CMJA 1HN1A 2X0YA 3OLGA 2WWDA 4PRWA 5CQ1A 1PAMA 3AHYA 3ZM8A 5A1AA 5M5DA 3NYDA 5DF0A 3IJ8A 3VGDA 3UG4A 4BCEA 1V3MA 4JKMA 4P8WA 3WF2A 4H8VA 4CD5A 1JDDA 3EDDA 3KEHA 4WK9A 4U5IA 4P8UA 1ITXA 4PMUA 3AMDA 1WB0A 1GVIA 4P8XA 3ZOAA 1ZS2A 2CKRA 5I24A 4H04A 2OWXA 1GQIA 3WD4A 2DSWA 4CVWA 3GH5A 4QP0A 5TD4A 1BPLB 5DT5A 3SCSA 1CENA 1PPIA 3L4UA 1J18A 4TUFA 3ECQA 4IPLA 1V0LA 3A6OA 1ISYA 2WMJA 2GK1A 2PWHA 4M29A 1HKMA 5JBFA 4UQBA 1GOIA 2BXYA 3OLDA 1E3ZA 1V02E 3KL0A 4BQ5A 1I75A 2O9OA 1UKOA 1QBBA 3D5HA 1XD0A 1GOQA 4D1JA 3QGVA 3AIRA 3AJ7A 4JFUA 2WZIA 3UERA 3CZLA 1E72M 4OZOA 2WHKA 1GORA 1H3GA 1VJSA 1GCYA 4W87A 4MAZA 3EMZA 4UZSA 2GDVA 3TONA 3W24A 1B3XA 2DGAA 4UFLA 2ZE0A 5BXSA 2VRQA 4D6GA 2V3EA 3AMGA 4ZENA 1H0GA 4CCDA 2ZXQA 3O2LA 3BAJA 2FHBA 1QHOA 2ZICA 3GYCA 3ARUA 2WLYA 3UG3A 4BA0A 2WCGA 5E6YA 3ZJ8A 3ALFA 2EPKX 2CBJA 4HZ6A 4UFJA 4Z2HA 4DUVA 2BHYA 1TCMA 3ARPA 3F4VA 1V0KA 2J7EA 2BFGA 4AD3A 2JIWA 5E0CA 1HNYA 2ZX9A 2XGBA 4UQEA 3WNPA 3OGRA 2XIIA 3AXHA 4D6CA 5A8NA 3AMKA 1MXGA 4JFVA 3WELA 2BHZA 1UR4A 4CN6A 2D20A 3U7VA 3FHAA 4J3SA 2W66A 1KXTA 3WQ4A 2DSZA 1QI4A 3AYSA 1UD5A 3CZGA 2EPOA 1BYAA 1C90A 2WC4A 3WIJA 4CVUA 3VD3A 1EQPA 5A8QA 1WZKA 2HISA 3DC0A 5D9OA 1C7TA 1ESWA 1VBRA 2EJ1A 3GNOA 4AC1X 4P7LA 1UA3A 1NARA 2ZOXA 3TOPA 2QMJA 1JD7A 2V3FA 5GNXA 3PZOA 1JFHA 2YDRA 1L8NA 3JUGA 1E56A 4GINA 4NRRA 2DT1A 2VCBA 4GZJA 2Y24A 3MO4A 1U2YA 5M3WA 1ZBKA 1UWSA 4AIUA 4QLJA 1J0HA 2O92A 4TVCA 2AOSA 1E4MM 4IUGA 3VGGA 1E6PA 1QW8A 3NSXA 1W9DM 4P7QA 4FLSA 1TG7A 1JNEA 2VRJA 3MMWA 4HU0A 2CCRA 1UWUA 5ABFB 5CG0A 1RPKA 2Y5EA 3ARTA 2E9BA 4E4PA 4AZBA 1JD9A 2WB5A 1UWQA 5BWFA 4K68A 2G8ZA 3VM5A 3ZSTA 5CLTA 1UYQA 3GH7A 3SCVA 2V5DA 1X6LA 3BCFA 3AFBA 3WUGA 1UH2A 3W25A 1W1TA 1JXJA 1XRVA 1ISWA 1UHVA 4BS0A 4FK9A 3UETA 3WQ8A 5ECUA 1GJWA 3FHQA 3SCUA 4C7DA 2UY3A 2VNCA 1K9FA 3QOMA 1IT0A 1JYNA 1E0VA 1QNSA 3AZTA 1QI3A 1UR8A 1SR0A 3ARVA 2CETA 3TA9A 4AEFA 4W7VA 4HA1A 1CGVA 1VEMA 3AHXA 2G41A 3SCPA 1CGWA 2NSXA 4V28A 1O6IA 4F8XA 5LA0A 1CXIA 2VVNA 4ACZB 1FFRA 1WDSA 2C7FA 2J77A 5I3DA 3CO4A 2TAAA 3WNNA 4CD6A 1MXDA 3EMQA 3WFZA 4HA3A 4HOWA 1ZJAA 1PZ3A 3POHA 1E1EA 1HVQA 3BH4A 3N15A 2ZIDA 1OSEA 3CZEA 5EBAA 3W4RA 3VX1A 3MKKA 2J7FA 4NF7A 1NWUA 2GSJA 3SCRA 2YIHA 1MYRA 5GNZA 3WH8A 1E1FA 3F5JA 1ISXA 1M7XA 4J27A 4H41A 3HN3A 1E5NA 2XG9A 1CTNA 3LPFA 2FHFA 1V3IA 2YKKA 8A3HA 3PTMA 5GPRA 1UD2A 1ODZA 3MMDA 2JE8A 5BXTA 4CD7A 3A4AA 3VIJA 1W3LA 1V03A 3WD2A 1B90A 3G6MA 2ZXAA 1VEPA 1HKKA 2DSKA 1F4HA 1KCLA 2WHMA 3WF1A 5I23A 1EOKA 1KQYA 3UCQA 4UQCA 1QI2A 2OYMA 2A3EA 2BVTA 4PBGA 2QPUA 3SUUA 2GK1B 3VD5A 1IZJA 3ARWA 3CTTA 4CN4A 1BSIA 1BYCA 2RGLA 3VNYA 1B9ZA 1WE5A 3BSHA 3UEQA 1GHRA 3KE0A 2JEPA 1V6YA 4Q7NA 4PMRA 1CXHA 1MW0A 2VVSA 4D6JA 4D6IA 1I1XA 1QOXA 3VGHA 2V3DA 1AQMA 4P7OA 2DEPA 2VO5A 1NOUA 2J62A 1TMQA 1J0ZA 2CKSA 4S3KA 1E3XA 3GZAA 1JG9A 1CLXA 3AHVA 1QW9A 2ZUUA 5DEZA 3THCA 4U2ZA 3BMWA 4P8VA 2EQDA 1H41A 1FOBA 1SMAA 1EIBA 4PMXA 2VCCA 2WMKA 4CD8A 6A3HA 5AC5A 2VURA 1YHTA 3NSNA 2XFYA 2CNCA 4HMEA 2EEXA 1QNPA 2J7GA 1VJZA 1E6NA 3EDJA 2ZX8A 1B30A 2O9RA 3SUVA 3WNKA 4Z2IA 5A2CA 3B9DA 1J0YA 3AS1A 1KWGA 1QHPA 5HDRA 2WNWA 1XGZA 1MFVA 1CXFA 1WNOA 3MUIA 1DWGM 1HT6A 4PMNA 1GOKA 1TVPA 4AZ6A 1NP0A 1GQKA 2JF6A 1JL8A 5I5RA 5A6JA 3AIQA 3WMBA 2E9LA 4B15A 2Y8VA 4ATLA 3QOKA 1LL7A 1LL6A 3AICA 3VO0A 4YHGA 5IFTA 3OG2A 5D9NA 2DDXA 3VGFA 3WEZA 2G3JA 1NOWA 1Q6EA 1ISVA 1NOFA 3FW6A 2VT0A 3B9EA 3MSDA 3FXYA 3QHOA 1KQZA 1XV8A 1TA3A 1LWJA 1WZAA 2G3NA 4MPKA 1WZLA 4HOZA 3I3BA 4E2OA 1TE1A 3T2PA 1CXKA 1RD6A 2CHOA 2WXDM 5AYIA 3D3AA 2Y2WA 2EO7A 1OWQA 3N18A 3J7HA 3U57A 1LL4A 2J78A 2QLYA 4WF7A 5HOSA 5FCZA 3QHNA 1E0WA 3LPGA 4U3AA 3SCWA 1Q6DA 1R86A 1C3FA 3AZRA 5A8MA 5ABGA 3GM8A 4J3WA 1CLVA 2CHNA 4HP5A 1J10A 4M81A 4CN1A 4MAVA 5C8BB 1Q4NX 2OSXA 1R85A 2AAAA 1KXHA 1KGXA 5HPCA 2ZX7A 1S46A 2WBGA 4DWSD 1U33A 3BXWA 4PTWA 2VR5A 1MQRA 5I2UA 4MB4A 5A8PA 4CGTA 2D0GA 1MFUA 2J47A 4AY1A 2AMGA 2VX7A 2XM2A 4QAWA 4CKQA 1OIMA 3K46A 3K8LA 5I78A 1SFSA 2E4TA 1W1YA 1UD6A 1PBGA 1JZ2A 2XVPA 3IK2A 1B0IA 1W9VA 3WD3A 4RE4A 4ZXLA 3A4XA 4AWEA 2GJXB 1KFWA 4QFUA 1LG1A 4TVUA 4KH2A 1XYZA 4BQ3A 1BG9A 2WW5A 2D22A 2D0FA 2XIBA 1JAKA 3AMCA 4DWSA 3T0BA 4D6HA 4FLOA 5A3HA 4HOXA 1WKYA 2XVGA 3RDKA 3HU7A 1KWKA 4JCLA 1XCWA 2W91A 5AY7A 3K8MA 1Q6GA 1C92A 4J3VA 2WCSA 4UQDA 1BHGA 3BCDA 1J0KA 3WQ6A 2VX6A 1HJUA 2QHAA 3TTOA 1UA7A 2WMIA 3W53A 3U5YA 2VI0A 3ZR5A 2CESA 3PHAA 2C8NA 5E09A 4AD2A 3PZUA 3CPUA 1CDGA 1QI0A 4AZIA 5C70A 6CGTA 1VF8A 3TP4A 1JZ5A 3ALGA 2JFEX 2B31A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TX6 A;  2UY4 A;  1A3H A;  4URI A;  4W8A A;  1KR1 A;  3PZM A;  3ZJ6 A;  2UY5 A;  1V3H A;  1VFF A;  2NW0 A;  3WF0 A;  4FF5 A;  2BY3 A;  4PMD A;  2IXU A;  2NT1 A;  1V3K A;  3MS8 A;  4KRU A;  3HMC A;  1V0N A;  1UZ1 A;  2PB1 A;  2YL8 A;  2BV9 A;  2VQT A;  2YBU A;  2J8F A;  4JZ5 A;  1OGS A;  2OLH A;  3WFL A;  2DH2 A;  3I3D A;  1CEC A;  2QPS A;  3SCO A;  1JXK A;  9CGT A;  4Z2K A;  2WCA A;  4JHZ A;  1TA3 B;  5BRO A;  3WDP P;  5I0D A;  3BLK A;  4W5U A;  1CXE A;  2BY0 A;  2UY2 A;  2CPU A;  4PSP A;  3SCN A;  2W67 A;  1W1V A;  5A95 A;  2CBU A;  4CU7 A;  3G6L A;  1EOM A;  4FLR A;  2A3C A;  4GI9 A;  1EO5 A;  3ARX A;  5DO8 A;  2XSA A;  2XWE A;  1UKQ A;  4DM2 A;  3MU7 A;  4C7F A;  1ZBV A;  4N0R A;  1H5V A;  1DED A;  4M80 A;  3AOF A;  2WSP A;  4B16 A;  3AIS A;  3M07 A;  5JIW A;  4J28 A;  1EXP A;  2ZXD A;  3CHD A;  1LWH A;  3PZQ A;  1FH9 A;  2ZX6 A;  2GJX A;  4W5Z A;  4TTG A;  1HP4 A;  2WVS A;  3WNM A;  2E40 A;  2O9P A;  4AW7 A;  4JFW A;  3A3H A;  1HJV A;  1DP0 A;  1BFN A;  2PWG A;  4ACY A;  5CPS A;  4H2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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