5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Type II pantothenate kinase
publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
5E26A 1TYQA 2P9UB 4J8FA 1XQSC 3QB0A 5BPLA 3IMXA 2FSKA 2QWNA 1YXQA 3A0IX 3AAQA 3O4WA 1HX1A 4RCHA 2YHYA 5KPRA 1KAXA 1DKGD 2OANA 3ENOA 4EFHA 4CZLA 3HM8A 3UE5A 4GY2B 1QZ6A 1GLLO 2BUPA 3DXKB 3O08A 4BR7A 2CGLA 1K8KA 4XEIA 5FPMA 3DWLA 4PL8A 3CQXA 3BEXA 4FPAA 2E2OA 4A61A 5I9EB 5AQSA 1HLUA 3ZX3A 1QZ5A 3CJBA 4CD1A 2E2NA 5JLHA 4WQ5C 4FWSA 3VEOA 2GWKA 3VPZA 4BGAA 3O5BA 4BRCA 5AZIB 3WXLA 4MLEA 1BU6O 4YDUA 4PKHA 3B8AX 5AQQA 3VEVA 3ENHA 5BPNA 4O5FA 4BG8A 4BC2A 3UB5A 1QQMA 1NM1A 1YVNA 3I8BA 2CGJA 3A5OC 4H0PA 4FO0A 4I6MB 5AQTA 1MWKA 5CE3A 4BVPA 2P9NA 3I33A 1J6ZA 2J4RA 1HKCA 4BC5A 3VF4A 4CBXA 2V7ZA 5ADXH 4M63C 2Q1NA 5EOYA 2A5XA 3MN9A 5AFUA 5LJVA 4L3QA 1BA0A 1QHAA 3VEWA 1IG8A 4PKIA 4ISEA 3IDHA 4ISGA 1HUXA 5KPTA 2F9TA 4H0VB 3D2EA 3ULEA 1GLJO 4DQ8A 3EKUA 3IUCA 5AQPA 4JHDA 3L6QA 4FWNA 2HMPA 3FZHA 4WQ5A 1GLFO 3JS6A 3U9ZA 3W0LA 3CQYA 4BRDA 1WUAA 1RDWX 4DHYA 3G25A 3LDQA 3ZETB 4DB3A 3RSEA 5BN9A 1E4GT 1GLCG 3L0QA 4BRGA 5AQLA 1U2VA 3D2FA 4CI6A 1LOTB 3DJCA 3UKRB 4EHUA 3C7NA 2IIRA 4BRIA 4CBWA 4WYBA 2QWOA 1BUPA 1NLVA 1V4SA 4AM6A 3MMVA 3O1BA 2IVOA 2AP1A 1HPMA 5F2RA 3FE1A 1JCFA 1T6DA 2ASOA 2P9UA 2CH6A 1V4TA 3KHYA 4IWVA 5AQUA 3U9DA 2P9IB 3O8MA 4B1YB 5AQRA 4EAHD 1WOQA 4BC3A 3MN7A 3GL1A 2E88A 4DCHA 4K42A 3EKSA 3FZKA 1HKBA 4BRQA 3ZEUB 4H5RA 5E84A 3DXKA 3MN5A 4FWRA 2FLOA 4ISFA 4BRMA 1HJOA 4LC9B 2FSJA 2E8AA 3GDQA 4NB4A 2FXUA 3U4LA 4CZJA 1H1VA 1QQNA 3D7EO 3MDQA 3AY9A 2H3GX 4CZIA 4BRKA 5AZIA 5BREA 3QFPA 1YUWA 4CZHA 3H3OB 1JCEA 4WQ4C 2HOEA 3H46O 4XH4A 2UYTA 3H1VX 3VGMA 3VETA 3H1QA 5JMVA 3WT0A 2P9PB 3LM2A 4GNIA 2Q2RA 4I6MA 3MN6A 2DPNA 2A42A 1ATSA 1YAGA 5AQGA 5EVZA 3GE1A 4IXCA 1MDUB 2YJEA 3AARA 2ASPA 4H5TA 1NBWA 4MO4A 1MA9B 3QICA 2GEMA 3SK3A 1NGJA 2QWLA 5AQJA 2NZTA 3R8EA 1D4XA 2VWBA 4CZEA 3BP8A 1DEJA 4CZGA 3WEEB 4H5NA 1ZC6A 3CETA 1DGKN 5TKYA 4K41A 4A2AA 4IO8A 4H0TB 3A5MC 3CJ9A 5AQOA 3R6MA 3QMLA 3DAWA 1SAZA 3MK6A 2E20A 3VF6A 4O8KA 5AR0A 4WQ4A 5LJWA 3CI5A 3CERA 3ZETA 2HF4A 3DXMB 2W41A 2GWJA 2YJFA 2A41A 3UKUB 3UKRA 4JAXA 1T44A 1NGBA 1NGCA 4H03B 3S41A 3JXUA 4K43A 1S3XA 2P9KB 3O80A 3VESA 1Z05A 2QWMA 3FLCO 5AQXA 4CBUA 1BG3A 3O6WA 3CHWA 2Q0RA 3LDNA 4PKGA 2HF3A 4IJNA 1X3NA 5AQYA 4BRLA 1GLBG 2P9IA 3QFUA 4K25A 3HTVA 4BRNA 5AQVA 2W40A 3SMSA 3VENA 4B1UB 1IJJA 3HI0A 4BQZA 5B8HA 5BRHA 3HZ6A 3ZEUA 5F0XA 5JICA 1LCUA 4QS9A 2YI1A 3KVGA 3VGLA 3A5NC 2GUPA 3MCPA 2FF3B 4Z94A 5BPMA 1KAZA 3H6EA 3GOIA 2Q97A 5BR9A 5EX5A 4AM7A 3H45C 5JLFA 1NGHA 4H5VA 3WUHA 4JD2B 3FZMA 5KQDA 1ESVA 2QXLA 2FF6A 4EIAA 2E2PA 1TUYA 4H5WA 5EY4A 3KZBA 2Q31A 2ZWHA 4BRPA 2P9PA 3TPQA 2QM1A 2E1ZA 4XH5A 3WQTA 1NGDA 1C0GA 2E2QA 3CIPA 1RGIA 4BC4A 3GG4A 3QDKA 4CD3A 5BN8A 5ADXA 2VYPA 4BR5A 3ID8A 3FFKB 1S22A 4BG9A 4M7YA 2Q36A 3M1FA 2NRHA 3WQUA 3J8AA 5AQMA 5FPDA 5AQWA 5AQHA 1KAYA 3CJAA 4BREA 3CJ7A 5AZJB 1BOTO 2KHOA 4CZKA 3LL3A 4CZFA 3BF1A 5FPNA 3WEEA 3IFRA 3WXKA 1JCGA 1ATRA 2P9LB 4NO7A 3C0BA 3ATUA 1NGFA 4B1ZA 4JN4A 4B1XB 4H0XB 1X3MA 1P8ZA 1U6ZA 5AFUH 1KXPA 4BGBA 5F1XA 3DXMA 4BRAA 2IVNA 3VGKA 2GTDA 3UKUA 4B1VA 1Q18A 4E1JA 3WXJA 3HBTA 3LDOA 5BRDA 1BWFO 3W3DA 2P9KA 1NWKA 3BUZB 1CZAN 2YCHA 4FSVA 4B9QA 2D4WA 2I7NA 3ZX2A 4C23A 4IZ9A 1NMDA 4H0OA 3A8YA 2P9SB 4F9OA 4M7XA 2A3ZA 3SMPA 1NGGA 2AA4A 2CGKA 4A62A 1C0FA 3O1WA 4HWIA 3OHRA 1GLEG 2QW9A 3EN9A 1QQOA 1Y64A 2NLXA 4B1WB 3VEYA 3U8XA 1TYQB 5ELZA 4MO5A 3ZX0A 1BA1A 2F9WA 3R9PA 3QBWA 2QWQA 1RFQA 5BRFA 2QWRA 3EO3A 1ZBSA 1TUUA 4BR9A 2GELA 4FOEA 4Y0WA 3H3NO 2A6AA 3M3ZA 4JD2A 1E4FT 4MLHA 5AQIA 2PBDA 3EL2A 1G99A 3FGUA 1K8KB 3VF2A 3HSCA 4KBOA 4BQLA 1BDGA 1HKGA 3P4IA 3LM9A 3CJCA 2CH5A 3QBXA 2FSNA 3LDPA 4FWOA 2YHWA 2I7PA 1SZ2A 1NGIA 1ZXOA 4FWMA 4RTFD 1GLAG 3F9MA 4FPBA 3AAPA 1MWMA 4EHTA 5AQFA 4CJ7A 2BTFA 2IVPA 2YHXA 2ZGYA 3SJHA 2Q0UA 5AZJA 1X9JA 3FR0A 2EWSA 3EZWA 3L4IA 5FPEA 3SLCA 4XH1A 2P9NB 4FWLA 3VOVA 1NGEA 4PL7A 4QS7A 2P9LA 2E1YA 1R59O 1NGAA 4BVOA 3FZLA 2D0OA 4FWQA 2QWPA 4FOIA 3VEZA 4BR0A 3A5LC 3TU5A 2V51B 4BR2A 1ATNA 3D2EB 1XUPO 3M6GA 5KQ8A 3ULEB 3VEXA 2A40A 4QS8A 3BF3A 4CZMA 4FL9A 4IJAA 2ITMA 5KPZA 4JHDB 4A2BA 4H0YB 1GLDG 1SQKA 3ATVA 3FZFA 4BRHA 2D1KA 5AQKA 2V7YA 2ASMA 3CJ1A 3GBTA 4FWKA 3VERA 4JNEA 3RSEB 4RWTA 4BROA 2P9SA 1U2VB 3D2FB 2VCPA 2WUSA 1XC3A 4HTLA 2ZGZA 3C7NB 1BO5O 2D0PA 2PAVA 1T6CA 4FWPA 4YDUC 1OKJA 5AQZA 3LDLA 5LY3A 3WXIA 5EXWA 4BRFA 1Z6RA 1EQYA 5AQNA 2ZF5O 4BR4A 2V52B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNEA 4B9MA 3CFOA 4J8FA 1XQSC 1RTDA 1YJWN 4CHOA 1YXQA 3DLLL 5LMUK 3AAQA 4LH4A 3L3VA 2Z1IA 4DV1K 4CJSA 2YHYA 4FJLA 3AO4A 3RTVA 4DFPA 4B9NA 2IS3A 2X6SA 1GLLO 4BR7A 2CGLA 1JXBA 5J1EA 3SPZA 3K2PA 3Q7BA 1WSJA 4DR4K 4L8RB 4DU4A 3BEXA 3ZYYX 2E2OA 2Q3SA 3ZX3A 4DF8A 1TKZA 3SQ0A 4WQ5C 4FLZA 2GWKA 2XHBA 4CHNA 4MLEA 3CF5L 2IOCA 4PKHA 3OYMA 3KKSA 4BY9C 1BQMA 3HO1A 4E7JA 4JI8K 3PUFA 4JI1K 5BPNA 4BG8A 4BC2A 3K5OA 4H4MA 1YVNA 3I8BA 1VSIA 4H0PA 2Y1IA 1JLFA 4AILC 1ZBLA 1DLOA 2FBVA 4BC5A 3VF4A 2V7ZA 5CR4A 1Z26A 1HQEA 3U3YA 3PSFA 1B9FA 4JKGB 5LJVA 3VEWA 3IDHA 4ISGA 3DLBA 2F9TA 3L2WA 1EO1A 4NXMK 1GLJO 2UUCK 2NRVA 3J81O 3V9XA 1TAQA 4BWJA 5GAHP 4FJNA 5IT9O 4FZYA 4ICLA 4WQ5A 4YOUA 4JLHA 1KFSA 3HT3A 1VQ6N 2VG6A 2YX6A 3G25A 2Z1HA 3KLGA 4Z4IA 4QOZB 4NYNA 1LOTB 5C15A 1QVGM 4CHPA 1TAUA 3VA3A 1S9GA 3SUQA 4MQ3A 4JI0K 3O1BA 2IVOA 3ISNC 3HPGA 4K0KK 5F2RA 2UUAK 3FE1A 1ZBUA 5AQUA 1V4TA 1JLQA 1BI4B 3B6PA 1HNWK 2O8FB 3ITHA 4CGFA 1B92A 3DRRA 4BC3A 3MN7A 3THWA 4CVNE 1NKEA 3HPHA 4PY5A 3FZKA 4RW7A 3S3OA 2PZSA 3TAEA 1QSSA 3TSUA 3JAMO 5E84A 3DXKA 3MN5A 4BRMA 2FSJA 2E8AA 3RVCA 3VQDA 4YORA 4CZJA 5LMNK 3NF6A 5JVHL 1OVYA 5HRSA 3D7EO 1YITN 4E19A 4Z4CA 3ULDA 4CZIA 5AZIA 3H3OB 4KHSA 4BE1A 3T7ZA 3DRPA 3HXMA 1HR0K 4U67L 2HHSA 1KFDA 3TSPA 3SV3A 4NLBA 5C0YA 3WT0A 2P9PB 3LM2A 3CFPA 3MN6A 1ATSA 3CCSN 1L3TA 4M3XA 4DSLA 3P31A 1Q8IA 3AARA 4BE0A 4DSEA 2KFNA 3PO4A 4B3SK 2XY8A 3R8EA 2VWBA 4GKKK 3BP8A 4NCBA 3HVRA 3CJ9A 3R6MA 2OTLN 1OH8A 2E20A 2HBMA 3VF6A 5AR0A 3PSIA 5C10A 3J7YP 3OYJA 4YOYA 3CI5A 3ZETA 5DM7L 2YV0X 2KZMA 3LP0A 3K9JA 3K5MA 3V1RA 3UKUB 2G8IA 1NGCA 3JXUA 2O8CA 5KRTA 2XRIA 4BDYA 4CBUA 4CEEA 1VSKA 4MFBA 1Z25A 4IJNA 2X78A 3L2UA 5AQYA 4BRLA 4DTSA 2RN2A 2R7YA 3I0RA 3QFUA 3C6UA 2NRWA 1NK0A 4AHSA 2QXFA 3AA4A 3D6RA 3CC4N 2G8WA 3T69A 5KTQA 1HJRA 4M3TA 4Y1DA 1RBUA 1Y97A 3TI0A 1QQCA 2HHQA 1W97L 2YI1A 1VAZA 1M1KO 1YVUA 3MCPA 2G8KA 1XWLA 1IO2A 3AO2A 1O13A 4CJ3A 4J2DA 3GOIA 4FZZA 2WFBA 4LF4K 4OPJA 4CHYA 3H45C 1OH5A 5DK5A 4J2BA 5JLFA 4JD2B 1ESVA 3T1HK 2EHGA 4CFBA 1HNZK 4CEOA 4FLVA 3QNNA 4M3RA 3F2KA 3D0PA 4XH5A 2E2QA 3V9ZA 1LWEA 3QDKA 3CM5A 4R79A 1S22A 4BG9A 4CJRA 3ZT4A 4BE2A 5C25A 3J8AA 3TSQA 4CK3A 1KQSM 3AO5A 5FPDA 3OYNA 4F8RA 4B9LA 1EKEA 1QE1A 3I0SA 3CJAA 1BOTO 2A1SA 3VQCA 2KHOA 4CZKA 4DTUA 3LL3A 1EWQA 1RTHA 4G1QA 1VQKN 4OJRA 3WXKA 1JCGA 4CESA 2RF2A 2B5JA 3C0BA 2O8BA 1NGFA 4LF7K 4EP4A 4B1XB 4H0XB 2FBXA 3THVA 4FJKA 4CJUA 4HUFA 4BGBA 5F1XA 4O44A 2KTQA 3TTFA 2JWLA 3E01A 2IVNA 4B9UA 1U48A 5BRDA 1NWKA 3G4SN 4DLGA 4FSVA 4DTRA 3IKMA 2I7NA 4C23A 2VWKA 2JWKA 4YHHK 3SUNA 3TAMA 4LY7A 4M7XA 4ID5A 1NGGA 1FJGK 1SV5A 5FRNA 4A62A 5M1PA 4HWIA 1QS4A 2QW9A 1RDUA 1XI1A 3EN9A 1Y64A 1G15A 2E6LA 3K59A 5M1KA 2OYQA 1Q81O 1BA1A 1SL2A 3R9PA 3QBWA 4FJ5A 3ZSQA 1N36K 1X1PA 4I9LA 4BR9A 4DV6K 2BGGA 4KHYA 3RMDA 5C2DA 4N47A 4JS4A 4MLHA 1SUQA 3VF2A 2OZSA 3MCAB 1BDGA 4JK8A 1HKGA 1L3SA 1XHXA 1NK8A 3KLHA 3VQ9A 3M8SA 2FSNA 1VQMN 2YHWA 4A5AA 1UA0A 4ZHRA 1RDAA 1MWMA 4DSIA 5DM6L 2YHXA 3QEXA 3VTIA 1IG9A 3CCEN 2EWSA 3EZWA 4PUOA 4LFAK 4DSKA 3AVCA 1S1TA 1NGEA 3ZT2A 4PL7A 4QS7A 2O4GA 2P9LA 2E1YA 3CCJN 3FZLA 3VTHA 5A2QO 1NJZA 2D0OA 3AO1A 1BIZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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