5JIWA

Crystal structure of thermus aquaticus amylomaltase (gh77) in complex with a 34-meric cycloamylose
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
500
structure length
499
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGREARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIAHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHNNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
publication title Amylose recognition and ring-size determination of amylomaltase.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus aquaticus
total genus 174
structure length 499
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5jiwA00
3SUSA 3QOMA 2XVKA 3NYDA 2WHLA 1JZ6A 1KWGA 1UR8A 1E9LA 7A3HA 3FY1A 4LPCA 2G4FA 1JL8A 1OBAA 3ALFA 4HOZA 2CBVA 2D24A 2VX6A 2PWGA 2CXGA 3HMCA 4AD5A 1HJVA 3VDHA 1C8QA 1E15A 2YA1A 3PZNA 2WSKA 1GQLA 1VFMA 3WL0A 2IUZA 2E4TA 4GINA 5I77A 4K68A 3PZUA 2VI0A 5BYWA 1C8XA 1JFHA 3K4DA 3WF1A 2ZX9A 4E8CA 1HP4A 4W88A 3WMBA 1HJWA 4WLCA 4PCTA 2FGLA 5CLWA 5TD4A 5I2UA 2XM1A 4KRTA 1W9BM 4MAVA 4DUVA 3W27A 4TVDA 2XIBA 3UETA 4JZ5A 4U5IA 4AZ7A 1JDCA 2Z1SA 5DMYA 4AIUA 4NRSA 1IV8A 1UR4A 1EHNA 3POHA 4W8BA 5JBEA 2J7GA 4W86A 1BFNA 1U33A 4Q22A 5ABFB 1JZ4A 1GQKA 2ZIDA 4GZIA 5AYIA 3AHTA 5I79A 4JL1A 3CLWA 2QMJA 4AZCB 1GQIA 1WO2A 4FLRA 1VFFA 3N11A 3W6MA 5ABGA 4R5EA 3WKZA 1JAEA 3ZR6A 2EPLX 5I3DA 3SCPA 5CPTA 1TVNA 4ATDA 5CGMA 4PN2A 1SMAA 3WY1A 4AYSA 3FNDA 3OGSA 2WSPA 1J01A 3ARRA 1UZ4A 1AMYA 1NH6A 5I6SA 2D2OA 4UR9A 1GW1A 2FGZA 5A8MA 3S6TA 1E6XM 1OGBA 2GUYA 4HPGA 3WD3A 3BGAA 2GJPA 2WNWA 1PPIA 3GH7A 2D3NA 4AD0A 2ZX8A 2Y4SA 3RCNA 1JAKA 3U57A 2YKKA 1H09A 3MV01 4AZ6A 2EQDA 1Q6DA 2PC8A 1QI5A 2XPKA 2Y24A 5A2CA 1FH9A 4IUGA 2J7DA 3WUFA 2WANA 1V3JA 1ZS2A 3VGHA 3EDJA 3B9AA 3CHDA 1E6ZA 4GO9A 4OBRA 1WB0A 1W9XA 3BAIA 4CU7A 3L4YA 1VIWA 4IPNB 1BHGA 3MUY1 2NSXA 1UWIA 1BPLB 1EXPA 3CUHA 2EPOA 1E4NA 4ATWA 2YOCA 4CN4A 1UWQA 3VD4A 3OBAA 3VIKA 1GNXA 1V6WA 3W82A 4ACZB 1CTNA 1CGXA 2ZUVA 2QPUA 1R85A 3NDYA 2WVVA 3UG3A 5E6ZA 2GSJA 5A2AA 3TP4A 1EQCA 3QGVA 1C8YA 1OB0A 2VTFA 1W2PA 2AMGA 1EQPA 4CN1A 1K9FA 3BCDA 4MJ4A 1SYTA 3ZOAA 1OGSA 2DH2A 5CPSA 3DECA 1OD0A 1W9PA 5CSYA 3PZMA 3SUUA 1HJSA 3FW6A 4PMNA 1J9YA 1XYZA 5ABHA 2XFRA 2CPUA 4W87A 2VZUA 1QNRA 2V5DA 1LWJA 4C7FA 1PIGA 1BG4A 2QPSA 3GYCA 3AZSA 2CYGA 4ACYA 3UERA 3QHOA 5E9AA 1VEPA 3WF3A 3GNRA 1QW9A 1J0KA 4HMDA 3AHZA 2Q8XA 3N04A 4AD2A 3K8MA 1TUXA 1K9TA 1FH7A 4M82A 1XH2A 1HN1A 2EXOA 1UH3A 1X1NA 2WHJA 3WBEA 4B16A 2PB1A 5F7UA 1ODZA 1C7SA 3U5YA 1ISWA 2HVMA 3CZEA 2WZIA 5EB8A 3VM7A 4H2CA 1C91A 4CD4A 1E6QM 2YIHA 3PZGA 2OSYA 4NF7A 2J77A 3TA9A 3PZQA 1E73M 3THCA 1UG6A 2ZUNA 3WDIA 3CHCA 1PBGA 3L4TA 1Z32X 4X9YA 4WJXA 1TA3A 1W2VA 2ZXBA 4OUEA 2J25A 2PWEA 3AHXA 4JL2A 5E0FA 1FH8A 1QBAA 2W63A 3G6MA 2VZTA 3AZTA 2WYSA 2VRJA 1J0IA 1A47A 2IXVA 3RIKA 4LXFA 3ARPA 2WWDA 2O9PA 1E6NA 5A6SA 3VIFA 5IFPA 2WKGA 5E09A 1Q4NX 5A6MA 5EMYA 2X2YA 3WUEA 2ZXDA 5DT5A 4KH2A 4CD5A 2E40A 1AQ0A 2YL5A 2VRQA 4UZUA 5BXPA 3ARQA 1JDAA 4CGTA 1ISZA 2ZX5A 3GXFA 2UY3A 2BXZA 2DT2A 1R87A 1EGZA 1UQYA 4S3KA 3WNLA 4TX6A 1VBRA 2J7FA 4J7RA 2XGBA 4F8XA 2ZE0A 2FDMA 3KZSA 3VX0A 1I75A 3I3DA 4J3UA 1DWFM 2WLZA 4ZFMA 4F79A 4QDMA 2W66A 1V0LA 2DPEA 4D1JA 4B3KA 2BVYA 1PIFA 1G1YA 2A3AA 4J3XA 1UKQA 1BLIA 4OBSA 3UR7A 3QR3A 1KGWA 3ARZA 3K4AA 4XZBA 3EDFA 1UD2A 2GK1A 4YHEA 5A3HA 1N82A 2CITA 2D0GA 4CD7A 1J0JA 5C71A 2D23A 3M46A 4C7GA 1MYRA 2XUCA 1LG2A 1JXKA 2GDUA 4ATLA 1HL9A 3PZOA 1CXLA 3FHQA 5EFFA 3MKKA 1E0VA 5CPQA 3NCOA 4PMDA 1V3MA 3AIEA 3OZOA 2PBOA 3PBGA 2WCGA 3BLPX 1PZ2A 2WB5A 2D20A 4UOZA 1E71M 2WM0A 3ZIZA 1Y7VA 1CXIA 1J10A 1KGUA 3APGA 3K46A 4LYQA 3L2LA 2XFFA 2XVLA 3SIMA 1HX0A 1FHLA 1RPKA 1CXHA 3FAXA 3OB8A 2QF8A 2QV4A 3AIBA 4CCCA 3GXIA 1UD4A 3I3BA 3ARTA 2WHKA 1MW2A 3NDZA 3MSDA 5E6YA 1JD9A 4BQ2A 1OM0A 4ZE4A 1ITCA 4FK9A 1WZAA 2FHCA 2RGMA 2CKSA 2UY2A 1R7AA 2OWXA 1PZ3A 2UY4A 3UG5A 3LPPA 1V6VA 3N13A 3AMLA 3K8LA 1E5NA 3W0KA 4X0VA 3FN9A 1G94A 3HU7A 3BLKA 2JE8A 2WWCA 3VGFA 3MSGA 1OSEA 2OSXA 1GOOA 4W5ZA 1DTUA 1CIUA 3IJ7A 3TOPA 3CZGA 3WH6A 4U2ZA 2E3ZA 1EOMA 3SUVA 5A8PA 2VVSA 3CBWA 3CZKA 1GJUA 3T0DA 1R8LA 1CEOA 1H11A 1SMDA 4UOQA 3VM5A 5ABFA 4D6HA 4PCSA 2J74A 2EPMX 5CXPA 2J75A 2QMKA 4AZCA 2CBIA 2J78A 3AHYA 4ZEPA 3ZT7A 1H1NA 3UCQA 3GM8A 3VILA 2E9BA 4D1IA 2BS9A 3VGEA 3OGVA 4WSKA 1KFWA 2WVTA 3AXXA 3W26A 1VJSA 1WZLA 4M80A 1CPUA 1V3KA 2G3IA 1DWAM 2PWFA 1UWTA 3AIWA 1QNQA 4XUYA 4ML4A 3S2CA 3CTTA 3ARUA 3ZJ6A 8A3HA 2YLLA 1W1YA 3AXHA 1WDRA 3IAPA 4MB4A 2JF6A 1BTCA 3U5UA 4CU8A 3AIVA 2DIEA 5BROA 4Z2HA 4HMCA 2WMHA 3MMDA 4AXNA 5A8QA 2VZSA 2A3BA 2BY1A 2WMFA 2O9TA 3DHUA 1F4HA 2XTKA 4U2YA 1AVAA 4FLQA 2VR4A 1WE5A 4RL3A 1UH2A 2WVSA 1H0GA 2J8GA 4YHGA 3WEZA 4EAMA 1HJXA 2AOSA 5JBDA 4J27A 1B3VA 3WNMA 1TR1A 2VL4A 4WKHA 1M53A 4CD6A 3W81A 4D6GA 5JIPA 3WMCA 1QBBA 3AMKA 1EDGA 2OYLA 3N18A 1UUQA 4M56A 4E4PA 4B15A 3BMVA 1OGGA 3ECQA 4PSPA 2WK2A 1R86A 2XHYA 4UOJA 4ACZA 2CBJA 5GNZA 4KRUA 5BRPA 2OLHA 1E6SM 1UWRA 2VCBA 5CZKA 1FOBA 1H2JA 3BCFA 3BXWA 4QLLA 3WN6A 1CDGA 1GOMA 4FF5A 5AC5A 5JIWA 3OIHA 2WAGA 1EO5A 1MW3A 2G3JA 5I78A 3TONA 1VBUA 2BY3A 3W37A 1E5JA 4S3JA 2AAAA 4WIWA 2VZOA 4MJ2A 5LA1A 5D4YA 2V38A 3BAXA 1D3CA 3W24A 1ODUA 2D0HA 3BAJA 2ZUWA 1TZ7A 5KEZA 2EEXA 5HBFA 3CZJA 1GHRA 1B1YA 5CSUA 4UNIA 2FHFA 3VGBA 5HPCA 1QOXA 2D22A 2JALA 2JIWA 2VZVA 4GZJA 2DSZA 3IAQA 1U2YA 2XWDA 4JCLA 3MMWA 1VEOA 3BAYA 3VMNA 5DFAA 1VRXA 1FFRA 4QAWA 3CUFA 4HZ7A 1OT2A 1XSJA 3N1AA 1C92A 2YA2A 1ZB5A 2VT0A 1C7TA 4H8UA 1NWSA 5BXSA 5A6BD 3T0BA 5EFDA 4D71A 1XCXA 2BNJA 1XH0A 1QW8A 4W84A 3ZJ7A 5D9OA 1JI2A 4PBGA 2CIPA 4PTWA 3BAWA 3F5LA 3VDAA 4BZYA 3BC9A 2B31A 3G6LA 2J7EA 3OLIA 6CGTA 1UR9A 4P8XA 2GJXB 2WBKA 4FLOA 3HN3A 4P8VA 1WCGA 3GBEA 1DHKA 1XCWA 2J7HA 1GZJA 2ZXQA 4CKQA 2XJ7A 1EOKA 1JG9A 3VKKA 1VF8A 2EPKX 1UYQA 1W9DM 5A1AA 5JBFA 3OA5A 1ISVA 1IZJA 3PZTA 4DWSB 4DM1A 5I24A 1P6WA 3A47A 3ZJKA 1E4IA 1KGXA 1CECA 1L8NA 1E43A 2VUYA 3OLGA 5CLTA 1A3HA 1NOWA 4EANA 4DM2A 3VIIA 1QVBA 2WC3A 3QHNA 3CZ8A 3PZVA 4BCEA 1XRVA 3WQ8A 3D3AA 6TAAA 2WMKA 5FD0A 4KGLA 3AIQA 3GBDA 1W3LA 1VENA 4E2OA 1W9VA 1TE1A 4JFUA 1GJWA 1KXTA 4LX4A 4J3SA 3A4XA 1V6UA 3LPFA 3T09A 4DUWA 2EBNA 1JYXA 1W3KA 5KZ6A 2W91A 3W25A 1CLVA 1B30A 4H41A 5GNXA 4ZXLA 4AD1A 2ZUMA 4OZOA 3VIJA 3F4VA 3TTYA 4A3YA 1WNOA 3POCA 2A3EA 5D9MA 1X6NA 1E1EA 1SR0A 3VIOA 1E3ZA 3SCUA 2MANA 3PTKA 4JCMA 3T2OA 1L0PA 3IJ9A 1C90A 1MQQA 2ZXAA 3A6OA 4LGXA 1MXGA 4HTYA 1TFVA 3TTQA 2VX7A 4JAWA 3A3HA 1PJ9A 1JDDA 2YBUA 1QI2A 1MVYA 3IK2A 1OD8A 1LQ0A 3FHAA 1W91A 3ARVA 4IPLA 1DWJM 5CQ1A 2YDRA 2VRKA 3UR8A 1W1PA 1ZL1A 4JKKA 3ZO9A 4RE3A 2WVUA 4CCEA 1UQZA 2W61A 1VFOA 1E0WA 2OWCA 1LG1A 3CHFA 2XM2A 4UQCA 4AD4A 1ZBWA 3WQWA 4W5UA 1B31A 1UH4A 2J7BA 4M1RA 5IHRA 4ZENA 4JKMA 2BFGA 3SCVA 4W8AA 3E1F1 3AS2A 5GQBA 3WDPP 1BYDA 3WH5A 2YBTA 3VIHA 3AQUA 4Y7EA 1WPCA 3NIYA 4U31A 1LJYA 3GDBA 2BHUA 1GOKA 5IHSA 3WMSA 1WZMA 1E0XA 3WD2A 4J3TA 4PUDA 2DT1A 1VB9A 1GUVA 3EMCA 4Z2LA 2PWHA 4XZWA 4UFKA 4HU0A 2F8QA 2GJRA 1CXKA 3WDQA 1HVXA 4MDPA 1B3XA 3VOCA 1KR1A 1BAGA 2DSVA 3NSXA 4HZ6A 4Z2JA 4DUXA 1BGAA 4H7VA 4XB3A 1W1VA 5D9PA 1JXJA 2J4GA 1CGVA 2WZEA 5HPOA 1K9EA 2X05A 4L4PA 3VDCA 4HPHA 1B9ZA 4BQ3A 2WPGA 4H8VA 5LA0A 5ABEA 1OIFA 4LYRA 3ALGA 4P7LA 2V5CA 2X09A 3NUKA 4URIA 5I23A 1RD6A 2DGAA 1FP8A 1O7AA 1M7XA 3L4WA 2BHYA 4BQ5A 3T0AA 1CNVA 3SCNA 2JF7A 1EIBA 4GI9A 3WQ4A 1RP9A 5I0DA 3SCOA 4W93A 4PRWA 4MB3A 1JF6A 1RP8A 2YLAA 1QHZA 4MTVA 1V3LA 3ZSTA 3SCTA 1LF1A 1C3FA 3SUTA 3L4XA 1J0ZA 1UWUA 5FIPA 3L4ZA 3WUBA 3ZMRA 3RMEA 2GVYA 1IT0A 2Y8VA 1NP2A 1GOQA 1QNOA 4GQRA 4GQQA 4FLSA 4B3LA 1E70M 1KXQA 3PZIA 3W28A 2X0HA 3VMOA 3CHEA 2BV9A 5EBAA 1UOKA 1HNYA 3M6DA 2G41A 5D8ZA 1PX4A 1UA3A 1XD1A 2BVDA 4A3HA 1B0IA 3ARXA 3W29A 4JHOA 4PUEA 1UKPA 2W67A 1TG7A 1ZBKA 4Z2KA 1JYVA 4BS0A 4J3VA 5C70A 2XYLA 1B3ZA 2WW5A 1HIZA 4HOXA 3VIMA 1CGUA 1B2YA 2CNCA 2YL6A 4NZCA 3B8SA 3LPGA 3AI0A 3VU2A 4N0RA 3VVGA 2DEPA 4MNMA 4F9JA 3GZAA 6A3HA 1DWIM 1EO7A 1PEZA 2WHMA 3CUGA 3AIUA 2O92A 1Q6EA 4M8UA 3PN8A 3WDHA 4HU8A 1BG9A 1HP5A 1XC6A 1JF5A 4AIEA 3PZ9A 3CUIA 2WMIB 2DSWA 8CGTA 1UD3A 3K1DA 1KWKA 1UD6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SUS A;  3QOM A;  2XVK A;  3NYD A;  2WHL A;  1JZ6 A;  1KWG A;  1UR8 A;  1E9L A;  7A3H A;  3FY1 A;  4LPC A;  2G4F A;  1JL8 A;  1OBA A;  3ALF A;  4HOZ A;  2CBV A;  2D24 A;  2VX6 A;  2PWG A;  2CXG A;  3HMC A;  4AD5 A;  1HJV A;  3VDH A;  1C8Q A;  1E15 A;  2YA1 A;  3PZN A;  2WSK A;  1GQL A;  1VFM A;  3WL0 A;  2IUZ A;  2E4T A;  4GIN A;  5I77 A;  4K68 A;  3PZU A;  2VI0 A;  5BYW A;  1C8X A;  1JFH A;  3K4D A;  3WF1 A;  2ZX9 A;  4E8C A;  1HP4 A;  4W88 A;  3WMB A;  1HJW A;  4WLC A;  4PCT A;  2FGL A;  5CLW A;  5TD4 A;  5I2U A;  2XM1 A;  4KRT A;  1W9B M;  4MAV A;  4DUV A;  3W27 A;  4TVD A;  2XIB A;  3UET A;  4JZ5 A;  4U5I A;  4AZ7 A;  1JDC A;  2Z1S A;  5DMY A;  4AIU A;  4NRS A;  1IV8 A;  1UR4 A;  1EHN A;  3POH A;  4W8B A;  5JBE A;  2J7G A;  4W86 A;  1BFN A;  1U33 A;  4Q22 A;  5ABF B;  1JZ4 A;  1GQK A;  2ZID A;  4GZI A;  5AYI A;  3AHT A;  5I79 A;  4JL1 A;  3CLW A;  2QMJ A;  4AZC B;  1GQI A;  1WO2 A;  4FLR A;  1VFF A;  3N11 A;  3W6M A;  5ABG A;  4R5E A;  3WKZ A;  1JAE A;  3ZR6 A;  2EPL X;  5I3D A;  3SCP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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