5JVHL

The crystal structure large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans in complex with evernimicin
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvhL01
3PIOL 5MLCQ 4WFBL 3CXCM 3CCMN 3CCSN 1Q7YO 5GAHP 3CCQN 1Q86O 1M1KO 1Q81O 3CCVN 3CMEN 1S72N 3CC7N 3G71N 3DLLL 1YITN 1VQ4N 3I56N 2QA4N 5H1SQ 1ILYA 5DM6L 1VQMN 3CCJN 1YI2N 1YIJN 3CCEN 5JVHL 3CMAN 4WCEL 1VQ6N 2QEXN 5JVGL 1VQ7N 1VQ8N 3CF5L 1Q82O 1VQON 2ZJPL 1VQLN 3CCUN 3OW2M 1M90O 1VQ5N 5GADP 4UY8O 2ZJQL 4IOCL 4WF9L 3CCLN 1OVYA 1N8RO 3PIPL 5DM7L 3CC2N 1YJ9N 1W2BM 1YJNN 3CC4N 5HL7L 1YHQN 1NJIO 1VQNN 4WFAL 1YJWN 1JJ2M 2OTLN 1QVFM 3CCRN 1KC8O 1K73O 5GAGP 1KQSM 3G4SN 3CPWM 1K9MO 5GAEP 3J7ZO 3G6EN 1VQ9N 1VQPN 1VQKN 2ZJRL 1QVGM 4U67L 4IOAL 2OTJN 4IO9L 3I55N 4WFNL 1KD1O 3CD6N 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PIOL 5CYQA 4KFBA 4BRKA 5ADXA 4YNQA 2UUAK 2QXFA 3IRXA 5CY4A 1Q86O 4BREA 1M1KO 4K25A 4Z94A 1ATSA 1FJGK 4JI7K 3V81A 4KHYA 2W6KA 3KK7A 1HKCA 4FJJA 3TU5A 3B6PA 4CJ5A 1S3XA 4PUOA 3KK3A 1ZBUA 1BWFO 1HPZA 3TTFA 4DLEA 2O8CA 3SAFA 4DLGA 2IIRA 4OPHA 1NK4A 4CIFA 1VRTA 1HJRA 3QEVA 5JVGL 1HYZA 4CEEA 2FBXA 2ZE2A 2IC3A 2P9LA 4A59A 5AQVA 2BANA 3DMJA 4CJQA 4FWNA 5F1XA 4YDUC 4KHPK 1I39A 3VQ7A 4LF5K 1U47A 3KLIA 4O0JA 4BWJA 3MN5A 3ZEUA 3G10A 4F3OA 1HKGA 4PKIA 3MEDA 3VQ8A 1XC9A 3G25A 1W2BM 2HHQA 4XEIA 4F4KA 4JK7A 4FYDA 5AQOA 4M3XA 1NJIO 2ETJA 3AARA 3TANA 4H5WA 3DM2A 4DTPA 1TL1A 4CJPA 3A5LC 4IFVA 4FJ9A 4FWOA 3LANA 1KRPA 1S6QA 5AQYA 4CHPA 4EHUA 1NGGA 2QWOA 1A5VA 3BDPA 4GNIA 2NZTA 3HZ6A 1I3AA 5I9EB 3H45C 4IXCA 2O8BA 1BL3A 2D0AA 3LP3A 2E5LK 4LF7K 4O44A 5KPRA 5I3UA 3SQ1A 3CM5A 3LP1A 4BDYA 4M3TA 3VTIA 3VTHA 4OPAA 1YVNA 2G8FA 4CF0A 4W5NA 5JLFA 4CGIA 4O8KA 5M1OA 2UYTA 1KAZA 3DRPA 3JXUA 1ATNA 5CHIA 4H0OA 4E3SA 5HBMA 3RMCA 4BVPA 4PKGA 1K8AO 4YOWA 2P9KB 3K59A 4ELVA 1XC3A 4EHTA 4EFHA 1G99A 1RILA 4W5QA 3O6WA 4FWLA 1LW0A 3SYZA 1HLUA 2ASOA 4I2QA 2B5JA 3IUCA 2ASMA 3QIPA 4ZTJA 3CMEN 4E0DA 2EHGA 4JRPA 2HBJA 3A5NC 5HLFA 1DTTA 1Q18A 4CE9A 3NVMA 1BIUA 4FLZA 3MX5A 4IG3A 4NCGA 4HUFA 2Q2RA 4AH9A 3OS1A 3A8YA 4OPKA 1Z6RA 4H0YB 1BI4B 4CJWA 4R5PA 2QEXN 1RCHA 3ZSZA 2P5OA 2YNIA 2GWJA 4WE1A 1VQLN 3OYBA 4Y1DA 3MK6A 2XY7A 3W3DA 1T03A 2P1JA 5BR8K 1BOTO 4B9LA 2Y1IA 4A61A 2FLOA 4IJAA 3AVBA 1R59O 1WAJA 4N41A 2A41A 2QW9A 1HNWK 5GIOA 1KVAA 1JLFA 3SBTA 1N33K 4JI4K 2DFHA 2NNWA 2PBDA 5GINA 1ASUA 4DV0K 1JCFA 4JYAK 1VSDA 2OYQA 3PX6A 3PLAA 3RVCA 1D4XA 4FM2A 5M1FA 4DR1K 4H0VB 3LM9A 2V7ZA 2V7YA 2P9KA 3O5BA 2KW4A 5M1PA 2GBZA 1Y64A 4DTMA 4BRLA 4ILJA 3A0IX 4UQGA 3AVGA 4N56A 3CPWM 3K0SA 3OYMA 3E1YA 3ZSXA 3SUPA 3LDPA 2O4GA 3FFIA 4O5FA 3WXLA 3P4IA 1VQ9N 1WSFA 4E1NA 4U67L 4OLBA 1FK9A 2HHSA 3LALA 3OHRA 4IO8A 4JS5A 4XH5A 3NDKA 3SAHA 4KHWA 1BI4A 3LDLA 4AHRA 3KHYA 3A2FA 3TAGA 1VSLA 2J4RA 2QWQA 4DR2K 4IG0A 1GOAA 4BGAA 3D0PA 2OPSA 3WQTA 3G71N 3BEXA 2QWRA 4DV6K 5TKWA 3I56N 4JHDB 5AQPA 4ISEA 5AQFA 4A57A 1RBVA 3H08A 4KB1A 4Q5VA 1RTJA 4CK2A 5AQKA 2E2QA 3O1WA 5HP1A 3ATVA 3U3GA 4CJFA 5BPMA 5JICA 2B6AA 1GLDG 4I9QA 1NKEA 3K9KA 1NOZA 3AO3A 3IAYA 3ZT3A 4CJ3A 5HRRA 1JXEA 4FWSA 4A2AA 2D0PA 2RHKA 1SL0A 4KO0A 1HYSA 3I33A 4YOYA 1G15A 2VGMA 4B9NA 5HRNA 4NYFA 1NGFA 3ULDA 4ILHA 4ICLA 2HW3A 4NXMK 4BR5A 4CERA 4DF8A 3U8XA 3HJFA 4BRFA 1W9HA 1NU0A 4BRPA 3HI0A 2QM1A 2KQ2A 3CC4N 3DLBA 4M7YA 3LZJA 3OTOK 3VGMA 1HMVA 3O9QA 3IDHA 5C15A 2XHBA 3P39A 5AQJA 3WNHA 3L2UA 1HQUA 4DQRA 3OS2A 4DTUA 3CIPA 1VK0A 3VQDA 1NK7A 3TABA 5GAGP 2HHUA 3E9LA 1JL2A 3CETA 3E66A 3QO9A 1VSKA 4RW4A 3VQEA 4CJVA 4JN4A 3J7ZO 2QWLA 4JI5K 1UOCA 4CGHA 4JHDA 4CBXA 1E3MA 4IOAL 1KFSA 4M3ZA 1KAYA 4FZXC 3LDOA 4B3SK 2ZQBA 2BUPA 3M8RA 1B9FA 1QSSA 3C6TA 3CJ1A 3VETA 4AHCA 3R3LA 4JLHA 1VSFA 2YJEA 4PL8A 1IBMK 3RRHA 2VWKA 3EYZA 1SKRA 3WT0A 1S72N 4GW6A 2KFZA 3ENOA 1SL1A 2A6AA 4CJKA 3LWLA 3SAGA 1XMQK 5BREA 3AAQA 2GX9A 3SQ0A 5FPEA 5F0XA 1I94K 1NKBA 5M1NA 1J5OA 3AA2A 1S6PA 3I8BA 2NRVA 2PZSA 2D0BA 5AQRA 4FK0A 3V9SA 3LM2A 4CZFA 1B92A 3OYHA 1WOQA 1NGAA 1VQ5N 2RF2A 3D2FB 5EX5A 1FW6A 3K2PA 3TARA 3OJUA 1QQOA 4CHQA 4CW7B 2FSJA 1BGXT 3ZLJA 4IWVA 4E89A 3S3MA 1CZAN 3CYMA 4LFCK 4H8KA 2P9PB 5KI6A 4JEPA 4AHTA 5HL7L 2QXLA 4A5BA 3DRRA 3SJHA 3QETA 1L3UA 2A1RA 4RTFD 2ITMA 1CXUA 3HK2A 2IVPA 3O08A 1NM1A 3ZETB 1LAVA 2HNZA 1K73O 1H1VA 2FBYA 2R7YA 1LV5A 4A2BA 3S3NA 3IS9A 4KAZA 1VRUA 1ZBFA 4C8MA 1YUWA 1ASVA 1SV5A 1SS6A 4PQUA 1CZ9A 3SQ4A 1WAFA 4K42A 1NJZA 4BRCA 3THXB 3P5JA 4KHNA 4IDKA 1XHZA 4BY9C 2OTJN 4E1JA 4BR2A 4FJNA 4H4OA 2VG5A 1RDWX 4DFKA 1S1TA 4N5SA 4FLUA 4CZLA 1OH6A 3WNFA 1RBTA 1SZ2A 1HR0K 2UXDK 4IEEA 2P9NA 4CVNE 3O4QA 1UA1A 5KQDA 4YOXA 1RDUA 3FZMA 4JKFA 4RCHA 3OVNA 4FJKA 4G9ZA 4DTRA 4KBOA 1JLQA 1QZ5A 1YITN 3P38A 4Z0UA 5C24A 4B1VA 3ISNC 3QNNA 4B3MK 1NK9A 1ZC6A 4B9QA 3GDQA 1LCUA 3AVNA 3T1HK 2FSNA 2GTDA 4CJ7A 3PSFA 2QWNA 3KLHA 2P9PA 1XMOK 4IEIA 5FPMA 2CH6A 1NMNA 2PYJA 1CZBA 3OS0A 3VPZA 4BG8A 5FRMA 3ZSRA 4LH5A 2YKNA 4I2PA 3OW2M 4DV1K 2GWKA 2E1ZA 3EO3A 3TAMA 3V1OA 5C12A 1L3TA 5T7BA 3VF6A 3CCLN 1OVYA 3HOSA 2OPRA 4DSKA 1J6ZA 1LWCA 5DM7L 2QWPA 3C6UA 2CGLA 1U49A 4K8XA 4Z4IA 4ISGA 1N34K 4JKEA 3FLCO 3KIOA 3QEIA 3FZLA 1GLLO 1RFQA 3KJVA 3SMPA 4DV7K 4FZZA 5FRNA 3GL1A 1TK8A 3BF1A 1NLVA 1ZBSA 4WFAL 5C42A 1JLAA 2NRHA 2BTFA 3MEEA 1QVFM 3NFAA 4BR4A 4B1WB 2JGUA 3CCRN 3MMVA 4BC2A 2FSKA 1IO2A 4AILC 1VAZA 2A42A 3C6AA 2F8SA 3D45A 5B8HA 4OKEA 2YNHA 2VCPA 3NGIA 5J2NA 3CHWA 3RTVA 3V1QA 2HHHK 4AHUA 2E88A 4FK4A 4DTJA 4DF4A 3UE5A 3PO5A 3ATUA 3BZCA 4YORA 1BDGA 1BG3A 3SCXA 4IBNA 2ZD1A 4NCAA 3ZCMA 4K0KK 3VEOA 3KTQA 2DFEA 4DU4A 3KKRA 5AQTA 3AA3A 3PUFA 4OGEA 4RW6A 1Q81O 3QLHA 4CJTA 1VSIA 4WQ5C 1IG9A 2NRTA 1TKZA 1UWBA 4L8RB 4FPBA 3JS6A 2P9IB 1X9SA 5AR0A 3WXIA 1ILYA 1RT6A 4FLYA 3PX4A 1ZXOA 3UIQA 1TUYA 1RBUA 3EKSA 5BN8A 2HB5A 4BRIA 3CMAN 4AF1A 4MLEA 3NCIA 2I7PA 4Z4GA 4X65K 3FFKB 3CF5L 1OVQA 1Q82O 5AQUA 2O8FB 3SNNA 3HBTA 3BP8A 3T3FA 3SV4A 1Y97A 4PHTX 4RW9A 1D5AA 4G1QA 3T19A 4DHYA 1NGJA 4PL7A 5HRSA 4BE1A 4WF9L 3L3VA 3VQQA 1DLOA 4CHNA 4B1UB 1D9DA 2KZMA 3NE6A 1FKOA 3THYA 2FF6A 3AY9A 3ALYA 2F8TA 1NMDA 4MDAA 4QS7A 2O8DB 3C65A 4CECA 1IKYA 1RNHA 3QEPA 3SK3A 4FJIA 3L3UA 3DLHA 3PX0A 5LJVA 3KD5E 1NKCA 5M1KA 1KC8O 2AA4A 1S9EA 3CFPA 3AA4A 1NK6A 4EZ9A 4JAXA 4CGJA 3M8QA 2F9WA 4I9LA 3WXJA 1JLEA 4B9UA 4NLBA 3HPOA 1GLJO 5GAEP 4BRDA 3FZKA 4YDUA 3DXKB 3EE8A 1VQKN 2P9IA 5ELZA 1RDCA 5IWAK 1BUPA 4KKOA 4KB0A 3QEWA 3ULEA 4NXNK 2KZZA 1YXQA 2Z1JA 3AVKA 4FJMA 1Q8IA 1KD1O 3ITHA 1KVCA 2QKBA 3L4IA 4KH5A 1TL3A 3QBXA 4N47A 3V9WA 4KV8A 1BA1A 3T69A 3U9DA 3DLLL 2RPIA 4E7JA 1SQKA 4JK8A 3QNOA 4ID5A 5DM6L 3OYFA 2F7TA 4FW2A 3ZT1A 1TK5A 3R1XA 2ZWHA 2D0CA 2UUCK 4E7KA 4CEDA 3E9OA 3TSQA 3T7ZA 4KHQA 2FBVA 3NHGA 2O8DA 3TI0A 2D4WA 2D0OA 4OKJA 1IKXA 3O8MA 3THVA 4DR7K 1A5XA 3L2VA 1KXPA 1TUUA 3QESA 4UY8O 4FSVA 1RTDA 3C95A 3O9UA 1LOTB 4ZTFA 1YT3A 2Z1GA 3TR8A 3OYAA 3EN9A 4J2EA 2B4JA 3F5TA 3SUNA 3CM6A 5E26A 3SZ2A 1KTQA 1NNEA 4LSLA 3K9JA 1C0FA 4JI2K 5D3GA 4XIUA 3VEVA 1JLGA 4QOZB 3GE1A 1K6YA 4CHZA 3VQCA 4Z4EA 3RWUA 3QMLA 2KHOA 1F21A 4IJNA 1KAXA 2IDOA 3QICA 4CEFA 4Z4HA 1QHAA 2I5JA 3ZSQA 1HRHA 2Q36A 4JS4A 4I7FA 1JCGA 4EP4A 2P9SB 4DU1A 3S3OA 4KI6A 3CI5A 4FWKA 3T1AA 5JS1A 1SUQA 4BRNA 3CCQN 4DWIA 4EAHD 1IJJA 3C7NB 1BCMA 4YHHK 3ZX3A 1NGBA 3QDKA 4BC5A 1TAQA 2HF3A 3NF8A 2NRXA 2E8AA 3AGRA 1RT3A 5DMRA 1NOYA 4M3RA 3TAQA 4YOVA 2V51B 2FC0A 2PY5A 4DSFA 2YX6A 1RTIA 1VQ7N 1KLNA 2A5XA 4F2RA 2Z1HA 2F9TA 4BDPA 2X6SA 4OX9K 1KFDA 3CCUN 2HHWA 3RR8A 4C8NA 1RT2A 3BY5A 2DFFA 1VHXA 1ZBLA 3NGZA 3NF7A 3VMFB 4DSLA 4LF8K 4BR7A 4LC9B 2EWSA 4H03B 2JLEA 3KZBA 3VEZA 2KFNA 4O0IA 3GOIA 5FLXO 5TKYA 1RGIA 1MWMA 4WQ4A 4CF8A 4FWRA 3O3HA 1RTHA 4CESA 4JKDA 3CQ8A 3SLCA 3AVCA 1FXXA 1U6ZA 2E2PA 4ISFA 3F73A 3VOVA 3CFRA 3SI6A 1YJWN 1TAUA 1BU6O 3H1QA 3OY9A 2G8IA 4W5OA 3SUOA 1LW2A 2Q0RA 2P9SA 4IFYA 4OO1J 2X6NA 3V9XA 3N4QA 3C7NA 3DRSA 4GV3A 5J2QA 1T3VA 4FOIA 4CBUA 5AFUH 2OCEA 3LWMA 4H5RA 2A1SA 4RWTA 4F8RA 3TSUA 3DLKA 4MDBA 5LMNK 4RW7A 3AO5A 4IO9L 3PY8A 3E01A 3QINA 4DQIA 4CHOA 5C0YA 4LF4K 3I55N 3CQXA 5BN9A 3SUQA 1XNRK 4CEQA 4CEBA 1TK0A 3B6OA 3K58A 4N76A 2ZF5O 3F9MA 4FVMA 4CZGA 1J53A 1Q7YO 3J8AA 4ID1A 1SAZA 3NGYA 3SBGA 1BQMA 1O13A 4FWPA 1QE1A 3BZKA 4CJLA 3CJCA 1YVUA 3OYDA 3VQPA 4H4MA 1EXQA 1HNIA 1HYVA 4CF9A 2W41A 4DTOA 4CEZA 2IOCA 3CCEN 3A5MC 4Z4FA 2F4VK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PIO L;  5CYQ A;  4KFB A;  4BRK A;  5ADX A;  4YNQ A;  2UUA K;  2QXF A;  3IRX A;  5CY4 A;  1Q86 O;  4BRE A;  1M1K O;  4K25 A;  4Z94 A;  1ATS A;  1FJG K;  4JI7 K;  3V81 A;  4KHY A;  2W6K A;  3KK7 A;  1HKC A;  4FJJ A;  3TU5 A;  3B6P A;  4CJ5 A;  1S3X A;  4PUO A;  3KK3 A;  1ZBU A;  1BWF O;  1HPZ A;  3TTF A;  4DLE A;  2O8C A;  3SAF A;  4DLG A;  2IIR A;  4OPH A;  1NK4 A;  4CIF A;  1VRT A;  1HJR A;  3QEV A;  5JVG L;  1HYZ A;  4CEE A;  2FBX A;  2ZE2 A;  2IC3 A;  2P9L A;  4A59 A;  5AQV A;  2BAN A;  3DMJ A;  4CJQ A;  4FWN A;  5F1X A;  4YDU C;  4KHP K;  1I39 A;  3VQ7 A;  4LF5 K;  1U47 A;  3KLI A;  4O0J A;  4BWJ A;  3MN5 A;  3ZEU A;  3G10 A;  4F3O A;  1HKG A;  4PKI A;  3MED A;  3VQ8 A;  1XC9 A;  3G25 A;  1W2B M;  2HHQ A;  4XEI A;  4F4K A;  4JK7 A;  4FYD A;  5AQO A;  4M3X A;  1NJI O;  2ETJ A;  3AAR A;  3TAN A;  4H5W A;  3DM2 A;  4DTP A;  1TL1 A;  4CJP A;  3A5L C;  4IFV A;  4FJ9 A;  4FWO A;  3LAN A;  1KRP A;  1S6Q A;  5AQY A;  4CHP A;  4EHU A;  1NGG A;  2QWO A;  1A5V A;  3BDP A;  4GNI A;  2NZT A;  3HZ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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