5K2Z | Genus

Total Genus 100

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title	Structural definition of the lysine swing in Arabidopsis thaliana PDX1: Intermediate channeling facilitating vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
source organism	Arabidopsis thaliana
total genus	100
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-05-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5k2zA00

1N55A 5TIMA 1W1ZA 3MBFA 2B4GA 1UCWA 1ZHAA 5HWNA 5AFDA 3DU0A 3IVSA 1LM1A 4MKNA 5EY5A 2RDTA 3RLUA 1JVNA 1K03A 3LM7A 3QEZA 3GIYA 4R7JA 3IIOA 4HIBA 3A23A 4FX6M 5G4WA 2Y7EA 4JTHA 2Z2UA 4NQ1A 4CLMA 3WFAA 3UD6A 2NUWA 4RKAA 3SECA 3QMSA 3JS3A 3P61A 4QNEA 3M7WA 3EEGA 4BI7A 5MHBA 5F4SA 4R33A 2ZZ5A 3RU6A 4A2SA 2V5LA 1JQVA 1IXNA 3DZ1A 3GX9A 3NL6A 4HN4A 5DBTA 4X22A 5K9DA 1DL3A 3TA6A 2WNQA 3OVQA 2CLFA 1RZMA 2YW3A 3TDFA 3C2RA 5FF2A 5ABTA 1J2WA 3LV6A 3S5YA 4RR4A 3E0IA 2V8ZA 3M5ZA 4AF0A 1LRTA 3W73A 3WK3A 1XFBA 1KFBA 1YTDA 3TAKA 1YTKA 3R5EA 1MEWA 1A5CA 2H90A 5CSRA 5TBOA 4UR8A 1GG1A 1OFDA 4ADSA 2GVLA 2FFCA 1OX4A 1B57A 4XKYB 3W7LA 2DZWA 1K7FA 1C29A 4OV4A 4UFLA 5CZSA 5AN7A 3GAYA 4HSOA 5K4XA 4UCGA 4RXFA 1XC4A 1ZENA 2BSLA 3W1RA 2WNNA 1Q6OA 1AK5A 1ZAJA 3FJLA 4UMBA 5HUPA 1RQHA 3S0CA 1GEQA 4AB4A 4UTUA 3P80A 4O57A 4LW7A 1KV8A 3PWAA 4U28A 2J6XA 1QFEA 1IGSA 3EWUA 3PSVA 4FXSA 4MPQA 5BW6A 1I2NA 1QPNA 1ZFJA 3A5FA 1GVRA 1AG1O 1ML1A 3M5VA 4LRSA 1OJXA 3MP5A 3INPA 1MZHA 4IMDA 5L6UA 4NUWA 4A3UA 4UXDA 3SGUA 1LBLA 3E12A 4EOUA 4UTHA 3R8RA 2LLEA 4HNVA 3LHVA 5KZDA 3I68A 3M0ZA 1SO6A 1VYSX 2C0AA 1YDOA 1MEHA 3CT7A 3HPZA 1BKSA 4HKPA 2VEIA 2EF9A 1PHQA 2GQ8A 1HG3A 1VYPX 3L9CA 3SR7A 5FEPA 4O0KA 3NYZA 1BTMA 1Y0EA 2A7PA 2ZQ0A 3NQ6A 4GE8A 3LBMA 2VC6A 3LXBA 2NUXA 4WY0F 3QC3A 2CU0A 5G1TA 3G0SA 3TUUA 3G18A 4H6KA 3KX6A 3W1UA 4UTTC 2EGZA 5LGXA 3GB6A 3W2JA 1OFBA 3HJZA 1SZGA 2J9ZA 5CZ0A 1GPWA 2QJHA 4QNWA 3P8IA 2ALDA 5CG7A 1KV5A 4YMZA 2ZZ2A 2X1TA 1EEPA 3DFNA 2A6NA 2HMCA 1G7UA 4GUIA 1THFD 3STGA 5CSSA 2NXGA 5C6MA 2X1SA 3N14A 5D05A 1R2RA 3S42A 5H2ZA 2YYUA 5C54A 5F2MA 2Z6IA 4UTMA 1Q6QA 2QCNA 1W56A 3GR8A 3W7NA 3HO8A 2CLMA 1QOPA 2FB3A 2WQPA 4UTKA 3MUXA 1IXPA 2B7NA 1VCVA 3M9YA 1QO2A 1TPWA 3WJSA 2J9XA 2WOQA 5FF4A 5DY2A 1TTIA 1R2SA 3W2NA 4UC5A 2Y6ZA 3KRSA 3UWZA 2AGKA 3AJXA 1P5BA 4N9CA 3S5OA 2NX9A 4IMEA 3MI2A 4O4VA 3G1HA 4JTTA 1Z41A 3QM3A 1YPIA 3TFXA 1L6YA 3EX2A 3W72A 3LV5A 1LLWA 2DJXA 1U5JA 2H6RA 2A7RA 1DQXA 1LCOA 4PTNA 4AF0B 2RH9A 4UFIA 3W1PA 2YSWA 3EX1A 1NF0A 1H50A 5HR6A 1Q6RA 3W85A 2E77A 1TPC1 3YPIA 1H61A 4IWWA 4LRTA 1OX4B 4O53A 1VYRA 2C18A 4WUIA 2A1YA 1SZEA 3GXNA 5AHIA 4NT0A 4I7UA 3V75A 1F5ZA 1TTQA 2WNZA 3EWWA 4AHQA 1EUAA 3QZEA 1H62A 1ZAIA 5EMUA 3QH2A 5I3IA 5D32A 1HFBA 1LROA 3IRDA 3PR2A 1TQJA 3JR2A 2JBMA 3CPRA 4IPIA 1PS9A 2R94A 3FYPA 1OYCA 2E6YA 3CEUA 3MWAA 1TQXA 3G1FA 1SO4A 4WOZA 3NEVA 3O07A 4O18A 2CLIA 2RKXA 1FWRA 4FIRA 4BK9A 1Z48A 3MO7A 3LI0A 1WX0A 5AC6A 1TV5A 3EWZA 4MZYA 5F4XA 3C2FA 4JXCA 3TROA 2C13A 1IIHA 1KTCA 1LLZA 1WV2A 3F4WA 1H7XA 3DH7A 1EX5A 5HMSA 4JYDA 5HQEA 3UQNA 3WJYA 2Y63A 3G0UA 1X1ZA 1EUNA 4DO4A 2QCDA 3EKZA 1ZAHA 1OX5A 5CZJA 3P5YA 3S6DA 3O8AA 2V2CA 4LUIA 4D2JA 3NPXA 5K7JA 1FBAA 4HSNA 1W31A 5DBUA 3B05A 1NF7A 3T4CA 4YCOA 4IOTA 2QCEA 4UTJA 3RFAA 3PULA 4LS1A 1KFEA 3SY5A 5U7SA 2DZUA 2C14A 4MZ8A 2FPYA 1MSSA 4DF2A 1YDNA 3SGZA 4ADTA 1B4EA 3QMTA 3NQAA 4HNTA 2QCFA 3A5VA 2X16A 2QCMA 4M6VA 4W9TA 3USBA 1WOAA 2GOUA 4P2VA 2NX1A 4JNMA 1VRDA 4K37A 1W5NA 1SSGA 3G3MA 3L0KA 4PH6A 2Z0IA 1D3HA 3PBVA 4JR5A 4WJEA 1KM4A 3MHFA 4ZQCA 5F1UA 1DOSA 1DVJA 3DKJA 4Z1AA 3FEMA 3G8EA 4LS2A 3PF3A 4R34A 1DQWA 2QAFA 1Q3NA 1KM0A 4ZQPA 2F84A 1H7NA 4B5NA 3QSTA 4LUJA 1TRIA 1KBJA 2Y85A 4I9AA 4YCPA 2GQAA 5D33A 1IF2A 2PURA 3HG3A 3TMLA 4E2BA 2A4AA 1H7RA 2ZRVA 2ISVA 3GNDA 4XBKA 2FJKA 4E0CA 2CLOA 4XKYA 2VEPA 3N2MA 4QJ1A 5AHMA 3HG4A 4XQ6A 3W1XA 3STEA 2V5BA 2DZXA 1K3UA 5E1QA 4CCEA 3NXFA 1PHWA 2VKZG 3KHJA 3DKLA 3NPUA 5AOUA 3VI2A 1JCXA 2W0UA 1W3NA 3TE9A 3LHUA 1VZWA 4WX2A 4E38A 4YL2A 3N73A 4AEOA 1XCFA 2PRMA 4MFEA 1BWKA 5K9XA 3W71A 1PE1A 1ZY9A 2DZSA 1G4EA 4DXVA 1HL2A 5DY3A 4O0ZA 1VR6A 3VNDA 2VELA 4P61A 3VKJA 2VEMA 3OEXA 4DELA 5LNRA 4JTJA 4MYXA 5LSMA 2ABAA 3PY2A 5KZEA 1MXSA 5EKYA 3I6RA 3SIZA 2B7PA 3RNDA 4LC8A 3LOTA 2Y7FA 4EWND 2ZA1A 2V0TA 4AHOA 2CLEA 2BTMA 1VGAA 4Q33A 3C2EA 4JX4A 3M1ZA 1RR2A 3MJYA 1Z42A 4EF9A 3W1NA 3CTLA 5J5DA 3UWUA 3W6YA 2QCLA 3ZWSA 1K7EA 3VE7A 1IIGA 5E0KA 3W7DA 3UZJA 1U83A 5K2ZA 1X1OA 5HWMA 4YLWA 2BWGA 1VCGA 3W7PA 3P62A 2Q8LA 4NJKA 1ZNNA 4PL1A 5A8GA 5LNWA 1SQ7A 4LU0A 5G5IA 3QRHA 3HPSA 1RPXA 3NAVA 3KOFA 4LVBA 4UFHA 3P82A 1F6KA 2OCZA 3A9IA 3O15A 1WQ5A 4O4WA 4Z0SA 2QCDB 3DI1A 2NXHA 4N4PA 3MHGA 4MLRA 3BO9A 4LVFA 2WSQA 1YDVA 4MY8A 3P81A 1R46A 1EIXA 1TMHA 4IQLA 3V1PA 3ELFA 1QOQA 5J5RA 3Q37A 4O28A 3O6YX 2Z1BA 3NQVA 1JCYA 1X8FA 2Y70A 5AYYA 3QSRA 4QISA 1M5WA 4KFOA 4IMGA 1OYAA 4FNSA 3HF3A 4MJZA 1CW2A 2GPTA 3W7QA 3SW6A 3TSDA 1L2UA 1SPQA 1QMLA 1A50A 2DP3A 3LHTA 4S1FA 2CLLA 3B0UX 3HGRA 3SJ3A 3O05A 3TH6A 3BPWA 1K8ZA 1M7OA 2XN1A 3ATZA 4O16A 4A21A 1QNVA 2G95A 2ZRXA 3QW4B 1P0KA 1TREA 1FQ0A 4AMAA 5TQLA 4ORIA 4NX5A 2PRHA 2ZZ4A 4LVAA 1ZJIA 1A53A 4XBSA 3UY7A 4AAJA 2JGYA 3G1YA 1ADOA 3G3DA 3W75A 1GZGA 3K30A 4UTWA 1FCQA 5HWJA 1JR1A 4N6FA 4I7WA 1W5QA 3UPBA 4ZQRA 3W76A 4BR1A 2FTPA 1VLIA 4RZ4A 3PBYA 2V81A 1I8JA 5H91A 3GAKA 1B4KA 1ALDA 2R14A 3JRKA 1EWEA 1OFQA 3GXPA 4G1KA 5LNUA 4TU1A 3I7SA 1EP3A 1HTIA 2E1DA 1O95A 2ZZ7A 3S1VA 2X1RA 2H8XA 1QO5A 3HPXA 4O13A 1FCUA 3TQKA 4O52A 2GUUA 4JTEA 4AXKA 1YXDA 2H8ZA 3TXZA 4LVGA 2YFNA 3FOKA 3W23A 1QR7A 2WJZA 1KA9F 5LNVA 3O1NA 3LCXA 2B7OA 3A21A 5DCBA 1D9EA 2ATMA 5L9FA 4NNAA 3B04A 1E51A 3HB9A 4FB7A 2NWRA 4BI5A 4LT9A 3MYOA 3N9SA 1VCFA 3GDTA 5KMYA 3VCRA 5BMXA 4DPQA 1GT8A 2ZCGA 2ZRWA 1KM6A 1QPRA 1SZNA 2GQ9A 1L6WA 1SW7A 5BMWA 3DFQA 3L65A 4QAIA 1S5TA 1FDJA 2ZTJA 3R13A 4JX5A 4M7SA 3G24A 4MFDA 5F2IA 4FNUA 3DFTA 5BNKA 3EWBX 3C52A 1KLZA 4C1KA 4QQ3A 3DFPA 3S1UA 5HULA 2QF7A 3D0CA 3I7RA 1TB3A 3ABSA 4NJHA 5IBXA 1H7WA 4GNJA 1I2OA 2OMAA 2TSYA 3WJXA 1LOSA 3TJXA 4BF9A 4RZ6A 4LV4A 3EXSA 1PCWA 2A85A 1GYLA 2A21A 2ABBA 2H3BA 1J4EA 2VFEA 4C1LA 3TU9A 4XTDA 1LZOA 4JTIA 3NA8A 4MVAA 4UUIA 1JCLA 3M16A 3W2MA 2I1OA 3NDOA 1RD5A 4RXGA 4ADUA 5C55A 2ZZ1A 5DLCA 3RMJA 1LP6A 4J9JA 4UMCA 1KW1A 1SW0A 1TPUA 2ZTKA 4X2RA 3LCFA 3TMQA 2OT1A 2DJLA 2OZ0A 3OVPA 3P74A 1V7YA 1X6UA 3N3MA 5D2YA 2V2DA 4JEQA 3OHIA 4N2YA 1S3HA 3DFOA 1H7PA 1H60A 4KFNA 3PC0A 1XUUA 3TSBA 3NNTA 4TX9A 5HJLA 3LRKA 3FLUA 1YLVA 2YGYA 3T55A 4WY0B 3E49A 1HUVA 1BEUA 1I2PA 3B8DA 2JKEA 3IGUA 5HUOA 2I9EA 1T96A 1UB3A 3P67A 1A5BA 3ABOA 3PUEA 4IX0A 2VOMA 5D37A 2BLEA 3W7EA 5CPNA 3ZFHA 3P7YA 3T7VA 4A22A 3QF0A 1ICQA 1O60A 5D2WA 4DO6A 3FFSA 5I3JA 2ZZ6A 3FS2A 1S5WA 1EP2A 2QJIA 3Q58A 3LXCA 3UWVA 3I65A 6TIMA 1F6PA 3B06A 4ZQMA 3NL3A 3DBPA 3BW4A 2QDGA 4GJ1A 4O12A 3LTSA 5G2WA 3Q94A 4Y9AA 3UWYA 2C16A 3CWNA 1TYGA 1JRBA 4JTLA 1PCKA 3KVMA 3N9RA 4EVZA 3BW3A 2XFWA 1H51A 2I14A 3PS7A 3LCIA 1EP1A 1DJQA 3NGJA 1XI3A 2QCGA 1EWDA 3WK1A 3OIXA 2O7QA 2FLIA 1OVDA 3KRZA 3W7OA 4UFMA 4OGZA 3STCA 1L9WA 4UTWC 3TXVA 3LI1A 4AH7A 3NR0A 1ZCOA 5C2XA 5AYZA 3MBDA 2YYTA 3H55A 2YZRA 3QJAA 2A0NA 1TPVA 1F76A 4O15A 3IGSA 4HPJA 3L5MA 5AHEA 1RQEA 3GVGA 7TIMA 3PB2A 4LWWA 2VFDA 2TRSA 1BWLA 3LERA 4DF1A 3UXDA 1K8YA 3U6WA 2JGQA 2C6QA 4GXMA 3T44A 1W5OA 3UWWA 4DO5A 1GG0A 2Y61A 3L68A 5CPLA 5EPDA 3F1QA 3HG2A 1VH7A 2KZHA 5EBUA 3FJ6A 2QEZA 3CWOX 4A2RA 4LVDA 1JUKA 3W1TA 4UTIA 2FB2A 1SW3A 3QQ0A 5EL1A 2P10A 4GUFA 1SO3A 3FKKA 4O50A 4UR7A 1TPH1 1KTBA 4O19A 1G69A 1ME8A 5A5WA 3FKRA 5AC8A 4Q4KA 3LX9A 3O06A 4UTLA 2EKCA 4N6EA 4AHPA 4JDBA 4RK8A 5FI8A 3CEPA 2ZRYA 4CNOA 3FIGA 4ORMA 3QFEA 4O1DA 4Z08A 2ZRUA 5BOOA 1KM5A 3NPVA 5D2TA 4Y8FA 2P0OA 1LRNA 2FPVA 5G2HA 4M6PA 1LDCA 1M6JA 3ATYA 3N2XA 4QIUA 5LZLA 2G96A 5DELA 2HS6A 5D09A 2Y62A 1OFRA 5F1VA 4Z0JA 1LBFA 5K3VA 3L66A 1S5VA 2RFGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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