5K3VA

Apo-pdx1.3 (arabidopsis)
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
276
structure length
276
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Structural definition of the lysine swing in Arabidopsis thaliana PDX1: Intermediate channeling facilitating vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 96
structure length 276
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5k3vA00
1GTHA 3P81A 5I3HA 4ZMGA 3UQNA 2YFNA 3P8IA 5J5DA 4ZQOA 3TA6A 4Z0JA 5TIMA 4AF0A 3W1RA 4IJBA 4POCA 3S1WA 1SSDA 4ADUA 5K4ZA 1T96A 3U8GA 4PC8A 1KFKA 1ME7A 3MMTA 5HQEA 4JTSA 1SFJA 2X1RA 4UFMA 3LDVA 3NQ6A 3E12A 4RZ4A 3NL3A 4JX4A 3PBUA 1ZCOA 3HGRA 1SO4A 1B4EA 3SGZA 1VHNA 5AB3A 1ZJIA 4QJ1A 2FDSA 3TMQA 5A5WA 1K03A 3NA8A 3G1DA 1BEUA 2EF9A 5A8GA 5LNRA 3WFAA 2BWGA 4UTIA 4S1FA 4FEZA 1W3TA 1SW7A 3NQ7A 3PB2A 1A5BA 1LRTA 3PSWA 4O53A 3N2XA 3NNTA 1WDWA 3LCWA 3KRZA 1JVNA 3LERA 1SW3A 5HMSA 4BF9A 2HS8A 8TIMA 3LGEA 4E0CA 5KSWA 3DBPA 4DO6A 4FNPA 2J6XA 3L68A 1Y0EA 1JUEA 1Q6QA 2ABBA 2B7NA 2YXGA 1H7NA 1O4UA 3W74A 3LHZA 2DZPA 4GWEA 3BLIA 1IXOA 3M0ZA 4TO8A 4RXGA 4O17A 1V7YA 4XZ9A 1VCFA 5I3FA 3HPXA 4LU0A 2G95A 3PWAA 2ZZ6A 5EYWA 5FEWA 3GKAA 3GDMA 4UTJA 2QF7A 3WK2A 4PODA 2NV1A 1TTIA 3KX6A 4AHPA 3P74A 3WK0A 4O4VA 2X1TA 4Z0SA 3MYPA 3ATYA 1I4NA 3TCEA 3SJ3A 1XFBA 5AHFA 3GKFA 4WOQA 3I7RA 2XN0A 3CIXA 3L0KA 2DZVA 1Q6LA 4FXSA 5U4NA 2Y62A 2R91A 1I45A 5G2WA 3W2LA 1MO0A 4C1LA 1MZHA 1I2PA 2BX7A 5KZDA 1AMKA 1L9WA 3FEMA 1TPDA 1VS1A 4A22A 3W75A 3LI1A 1J5TA 1AW1A 2QUTA 3N2MA 4JTLA 3UWWA 4HPXA 5LHEA 1FWRA 2AQWA 3QJAA 1F5ZA 4DPQA 1I2RA 2GJLA 4DQWA 1SW0A 3IIXA 3MHUA 4K39A 1O60A 5I3IA 2GQAA 3O6YX 1SZFA 1TPFA 2C18A 2FLIA 3FKRA 4OU1A 2F7FA 4NJGA 1ONRA 4ONVA 5EA9A 5CSRA 2WV8A 1WV2A 1FDYA 1XUZA 2V2DA 3BGGA 1KA9F 1JQXA 3STCA 3W72A 4YCPA 4BWLC 1H63A 4QAIA 4AMAA 3M9YA 1XL9A 3SIZA 3C6CA 1RQBA 4AF0B 3W7GA 4N02A 4PFMA 5AC7A 1WBJA 3H54A 3A21A 2ZTJA 1PHQA 4A29A 3R2GA 3DKLA 1A53A 5C55A 5G2HA 1ZNNA 5C54A 2D73A 3W7LA 3LTPA 1TPEA 3NO5A 1A5SA 1YYAA 3ABQA 1H1ZA 3CQ0A 3O6CA 2YSWA 1LP6A 1VH7A 2A0NA 1Z42A 5E93A 1WQ5A 3FA5A 3QFEA 2C0AA 4R53A 5CPNA 4HHPA 2VFFA 1H51A 4E38A 1A5CA 1YPIA 4AXKA 4R7JA 4EWND 3N19B 4NJHA 4IUOA 3W9ZA 4PEKA 2HSAA 3G1XA 4UUIA 2IQTA 4KWWA 4OBTA 3EXTA 1SQ7A 5LSMA 5D02A 4H4IA 5CG7A 1ALDA 1GVFA 2QJIA 4MLJA 4W9TA 4GE8A 5D09A 1I8JA 1UUOA 3GNDA 3CC1A 1QOPA 2E5CA 1S5VA 1VCVA 3GIYA 4IMEA 4M7SA 3SECA 4FNSA 2VFDA 1SZEA 4QNEA 2JGQA 3EX6A 1N8FA 4TU1A 1KFBA 2CZFA 4AH7A 3GDRA 3CM4A 1F05A 1W1ZA 3EKZA 3W1NA 2VEPA 1GPWA 1H50A 1NF0A 2YGYA 1JQVA 2B7QA 3RFAA 1I2NA 4U28A 2G96A 3QH2A 4O1BA 1LOLA 3S42A 4KFPA 3F4NA 1WXJA 4X9SA 1VLWA 2JK2A 4WJEA 3UPWA 3HG5A 3LM7A 3W7DA 3E02A 1L6SA 3LV6A 5HR6A 4ZQMA 3SI9A 1ICSA 4AHOA 4AHQA 4NT0A 4AVFA 4FNUA 4Y90A 1TQJA 4IXXA 4UFJA 3EKLA 1OYCA 1OX5A 4NXKA 3E0IA 3NPXA 1OFDA 4IPIA 4YLWA 1GWJA 4YXGA 2TPSA 4HPJA 4LVFA 5AHLA 3PBYA 3RMJA 3CEUA 2NWSA 2QR6A 1BWLA 4JICA 5HULA 4U4MA 5LNWA 3TFCA 3HPSA 1GVQA 2EGZA 4XWUA 3W2MA 4A21A 4JGDA 1M6JA 2DORA 3UWQA 3TXVA 2C13A 5DELA 3U6WA 1KM1A 3O63A 4ICNA 4JTHA 1WX0A 1FCVA 1BKSA 3HOJA 3TSMA 1UB3A 1T0OA 3C52A 1C8VA 2CZEA 2ZA2A 3P60A 3G0UA 1RQHA 3L5LA 3DH7A 2PURA 3DHDA 1VHCA 3I7SA 3W2UA 1LOQA 3RK8A 1QPQA 2X30A 1SO3A 4EOUA 1R2RA 3LCHA 2A2IA 2QKFA 2FPVA 1FCUA 1KM0A 4MYAA 3C2EA 5CPLA 3GLCA 3LXBA 5KMYA 4DF1A 1K8XA 3JRKA 1R2TA 2A4AA 2PCQA 2C6QA 4HSNA 3MYOA 3W76A 3LXAA 1R47A 1FWWA 1L2UA 2QCDB 2X1SA 1VGAA 3N9SA 1H7RA 1R46A 2ZRWA 3RLVA 5F1UA 1G69A 5ABTA 2QAFA 2V81A 3JR2A 3W85A 1F2JA 1OK4A 2E5DA 4RLIA 2BLEA 3VI2A 3GR8A 2NXHA 3S1XA 1QPRA 2H8XA 3P61A 1K8ZA 5KITA 3HB9A 2Y63A 1TJRA 4N9EA 1X1ZA 4O1CA 5IBXC 1HL2A 1ZALA 3LCXA 4JYEA 3EXRA 1TPC1 2ZZ1A 4ORMA 1M7PA 4BK9A 3S8HA 3VE7A 3IRDA 3Q2DA 3KOFA 1K02A 4LS1A 3PF3A 4O52A 1VJIA 2E77A 4Z1CA 4O11A 3W22A 2RDWA 3C2FA 2CLOA 2E68A 3UWUA 4QM1A 4WX2A 4OQVA 1OFBA 4HNNA 5J5RA 5U7SA 1VLIA 3BG3A 3QW4B 4MZYA 5D05A 5D33A 2O7SA 1RVGA 2DJXA 1KTNA 2E6FA 3DU0A 5AYYA 3BO9A 3W1LA 4JTFA 1XBYA 2W6RA 3NM3A 4Q32A 4JNMA 1O5XA 1SUXA 3QEZA 3S5ZA 3ATZA 1WYIA 2ABAA 4LV4A 4O14A 5D03A 3O6DA 1UBSA 4N6FA 3TSBA 1GZGA 4QQ3A 5FEZA 2TSYA 4LRSA 1F6PA 4JDBA 1F7BA 1VQTA 2ZZ3A 4UTUA 2V5LA 5HR7A 1TPWA 2E6DA 3BW4A 2P0OA 3MHFA 3KFTA 3MWAA 2FIQA 2Y89A 4ZVJA 3QF0A 3NEVA 2UV8G 4UFHA 3P62A 1K8YA 3WJYA 1W31A 4JS3A 3P7YA 3NZRA 3W86A 1FQ0A 1THFD 3GDTA 3W1XA 1UJPA 3QM3A 2OX1A 3SGUA 3UNDA 3N73A 3BW3A 2Z0IA 3IGSA 3O8AA 3LBMA 1JCMP 3USBA 1PV8A 4JR5A 1CI1A 1VCGA 4UFIA 2CWNA 4FNTA 1NF7A 3W2KA 4JTJA 5GVJA 1OFOA 5FEXA 3B8DA 5CZTA 1X1OA 1EP1A 2WQPA 1WA3A 3LCGA 4MOZA 3H53A 1HO4A 3C56A 3V1PA 1GTEA 1M5WA 2ZA1A 1T8XA 3EWXA 1Q45A 2BTMA 1SZGA 2YW4A 4O54A 3L0NA 3W7EA 2NLIA 1YXYA 3WJZA 2XN1A 4GBUA 1SZNA 4FO4A 4O0ZA 5AHNA 4CNPA 3UY8A 3PBWA 3TUUA 1SPQA 3GB6A 1DJNA 3MUXA 4UIOA 3DGRA 3UYCA 4FHAA 4ML9A 4R34A 4LVBA 3K30A 5L6UA 4O1DA 2I14A 3IGXA 4FNRA 1JCYA 3LLDA 1YTKA 4NU7A 5K7JA 3S9YA 1FXQA 1G4EA 1W5OA 3TJLA 4L4MA 2QCEA 4P2VA 3GAYA 1TTPA 4S2BA 2VEKA 3D0CA 4MJMA 5KINA 3LBCA 2RDUA 4K36A 4LVDA 3M47A 4NNCA 2A7PA 3QMTA 1W0MA 2G5WA 4Q33A 3QQ0A 4DXVA 3IV3A 1H7XA 2GVGA 3B0UX 3HG3A 1KFJA 1QR7A 4LRTA 3KVKA 1QPOA 3KHJA 3NL5A 2JKAA 2YZRA 2QDHA 4D2JA 1CW2A 1AW5A 4CCDA 2B7PA 2Z6JA 4UNLA 3L65A 5HWJA 5EY5A 1ML1A 3PULA 3LHYA 3CB8A 3W1PA 3TC6A 1S5WA 4JY8A 1KBJA 3DFSA 4JXCA 1SR9A 1O5KA 1EB3A 1GVOA 2E1DA 3IVUA 2VFGA 1FX6A 4MUZA 2V9DA 3UD6A 2V30A 3W87A 5K9XA 2YPIA 2ZRZA 3W3OA 4ZZ9A 3G3DA 5AC6A 3NQGA 1W56A 1O94A 3SR7A 3L66A 1TCDA 1G7VA 3DXIA 5AHMA 4ZQPA 3LCIA 1FWNA 3G1VA 5K2ZA 5AHIA 3G18A 3WK1A 2ZDRA 4ZQCA 5L9FA 1KFEA 1JR1A 1OFRA 1LM1A 2WPBA 4CQAA 2ZZ7A 3HF3A 3TU9A 2J9ZA 4CQ9A 1EEPA 5HINA 1KM6A 1SSGA 1VYSX 1DV7A 3FYPA 4IOTA 1KLZA 4P61A 2NZLA 1JRBA 3SZ8A 3QC3A 4R33A 2H90A 1VR6A 2CW6A 3VFLA 2V2HA 3B04A 3ZS4A 3L2IA 1IXNA 1QCWA 1P0KA 3O16A 3P5ZA 2H6RA 1ZFJA 3IVSA 1HO1A 2V8ZA 5C2XA 3QQ1A 2NX3A 5CZ0A 1XDMA 2QUVA 1NSJA 3TW6A 4ADSA 4RZ6A 4YL2A 1LBLA 2A6NA 4J9JA 4FX7A 1RQEA 3BK0A 4JTGA 5FF2A 3C0JA 2ZTKA 2FFCA 2Z1BA 3ZWTA 2KZHA 2QCGA 3ZFHA 4RXFA 4ZL1A 4OT7A 3I68A 2QCCA 3BGJA 5F2IA 2VFHA 3EXSA 2Y6ZA 3W1QA 2A6LA 2EAWA 1GYNA 4TMBA 5T26A 1SU5A 5FESA 3C2VA 3WJSA 1RV8A 3LHTA 1TTJA 4WY0A 4DPPA 1AW2A 1LDCA 1TPB1 4LTSA 4RZ5A 1WOAA 2WNZA 4L4LA 4JIQA 4XTDA 3IIVA 2VFEA 3B0VC 1G7UA 3KXQA 3CU2A 4C1KA 4BI7A 3C2RA 3W7KA 3M1ZA 1YDNA 3W6YA 4MLRA 3VCRA 3CWOX 2CLKA 3R12A 1B4KA 1IF2A 3SSJA 5LKYA 1DL3A 3MJYA 2RFGA 3L9CA 2GVJA 2Q3RA 3W2NA 1OF8A 5CPOA 1DOSA 2JGYA 3B06A 5AN7A 4OHQA 5G5IA 2YW3A 4N9CA 1NEYA 1VYPX 1S5TA 1ME9A 4M6VA 3DFPA 1NVMA 2W79A 3PSVA 3BLFA 3OVRA 4OWGA 2H3DA 4IMDA 3RU6A 1D3HA 3P8JA 1QDSA 1W5NA 1JCNA 4UFKA 2B4GA 3Q37A 3TKFA 3W73A 1XDLA 1DQWA 2Y7FA 2QDGA 5DCEA 3T44A 4IMCA 3A23A 3CIWA 3HJZA 3LI0A 4K7YA 1JUKA 4O28A 2GOUA 3N9RA 2VFIA 3OBKA 1EP3A 3EB2A 2NX9A 1ME8A 3DAQA 4YMZA 3C4UA 3P67A 4LT9A 2Y70A 1OG0A 3UWZA 4UR8A 7TIMA 3MP5A 5CGQA 3HGOA 4O8RA 4WZHA 2J27A 3S5NA 3PB0A 1ZENA 1YTDA 5H91A 3PUEA 4DF2A 2WNQA 3BLEA 4AB4A 1S3HA 4IWWA 3R13A 2CLFA 3IEBA 3TIMA 3EEGA 3PC0A 4WXYA 1IXQA 1G67A 4IX2A 4BFAA 3O15A 1DQXA 1TRDA 3PAJA 1UASA 4HT3A 1KM3A 1HFBA 3QSTA 3W7NA 5AFDA 1I2OA 2Z2UA 5AYZA 5HWMA 2DZWA 2GUUA 5LNSA 3NQVA 3PUOA 3NPWA 4HIBA 1FWTA 4GUJA 3TJXA 2A7NA 2P1FA 5I3KA 2J9XA 3FOKA 5CZSA 2CLIA 4UTWA 1W5PA 3KVJA 4GJ1A 4UTTA 3M43A 1KM2A 5C6MA 3C2OA 3PG9A 5K9DA 2QCFA 4GUGA 4LC6A 3OA3A 3UZJA 1XC4A 3TE9A 1LRQA 1JCXA 5DLCA 3L21A 2Q3OA 3TSDA 2A7RA 4UTTC 5TBOA 2ZFAA 2PRLA 1K7XA 1MXSA 2CLHA 3ABRA 2C19A 3S6DA 4O19A 1F6KA 4I7VA 1W5QA 4WY0B 1TPH1 4GNJA 3UWVA 3TAOA 3M5XA 3HGSA 4RX0A 1YTEA 3GX9A 3O05A 4PCFA 5HUPA 1OHLA 5FEPA 1XI3A 3PS7A 3W7PA 2WKJA 4Y96A 3NQCA 3N14A 3GNNA 5CPMA 1G6CA 1LROA 3ZWSA 1TPUA 5TQLA 3W2JA 3FJLA 4FXRA 3RF9A 3TMLA 1B9BA 2ZZ2A 3PY2A 4O57A 3I7QA 3TDFA 1O95A 1G4SA 3WK3A 3GAKA 2ZQ0A 1FDZA 2E6AA 4O1AA 4UTLA 1SO6A 2R8WA 4QISA 4MPQA 2DZXA 4BI6A 1XXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5D2Y A;  1W5M A;  2Z6I A;  4XQ6 A;  3O06 A;  4OV9 A;  2QEZ A;  1F74 A;  3TFX A;  1ICP A;  3CHV A;  1P5B A;  1Q3N A;  4LC8 A;  1GYL A;  2VKZ G;  4LS2 A;  3W7J A;  1EX5 A;  3HO8 A;  4JTT A;  3NPV A;  1CX9 A;  1VRD A;  4NJI A;  4MFE A;  2AGK A;  2YYU A;  3UPB A;  1U5J A;  1W3I A;  2CLE A;  2GPT A;  2C14 A;  1PHW A;  3KAO A;  3MBF A;  3MI2 A;  2XN2 A;  1DBT A;  4GUH A;  1KV5 A;  3M44 A;  4Z1A A;  1BTM A;  4N2Y A;  2DZT A;  5KZM A;  2YFO A;  3W7M A;  5K3V A;  2I9E A;  5H2Z A;  4ADT A;  1EWE A;  2ZA3 A;  1R30 A;  3TV8 A;  3GR7 A;  2BZN A;  5FF3 A;  1EUN A;  2C16 A;  1AG1 O;  3VKJ A;  5BMW A;  2NXI A;  5LGX A;  4M6P A;  5LZL A;  6TIM A;  3W71 A;  4NXS A;  5DXY A;  4PTN A;  4YWI A;  1GG0 A;  2A21 A;  1QML A;  5DBU A;  5LGZ A;  3TRO A;  4N9B A;  4LNY A;  4A2R A;  4I7W A;  4XBS A;  1H60 A;  1J4E A;  1TV5 A;  1OYA A;  1WOB A;  3MW7 A;  4MIM A;  3NL6 A;  4O18 A;  3LHV A;  2JKP A;  2EPH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q6G A;  3P0X A;  1OCJ A;  1B2Y A;  2FH6 A;  4WHB A;  2HNE A;  5J5D A;  4ZQO A;  3TA6 A;  4Z0J A;  5REQ A;  4JN7 A;  3M0J A;  1E1E A;  4WSH A;  1HKJ A;  3ZZ1 A;  3UP8 A;  4B91 A;  1ME7 A;  3MMT A;  2WW5 A;  5HQE A;  4UOJ A;  3K5X A;  3S2M A;  3FN9 A;  4RZB A;  2VP8 A;  4JX4 A;  4E8G A;  4MTV A;  1C90 A;  1V0N A;  3DG3 A;  1M01 A;  2FDS A;  3VXG A;  3WF3 A;  1EJX C;  2PGW A;  3GM8 A;  4FEZ A;  4LAM A;  3T8L A;  4B2D A;  3PSW A;  3N2X A;  3LCW A;  1ISZ A;  1SW3 A;  5HMS A;  3LGE A;  5KSW A;  1I1X A;  3ISI X;  1LUC B;  1Q6Q A;  2B7N A;  4BY3 A;  1O4U A;  1UR0 A;  1WUF A;  3WN6 A;  4YYF A;  2PDH A;  2GJX B;  5C7V A;  3POH A;  1F3W A;  3BLI A;  1IXO A;  3M0Z A;  3BOX A;  4RXG A;  4MWA A;  5FKY A;  2BHY A;  3QN3 A;  4LU0 A;  1CLX A;  4D6C A;  1GQJ A;  2XH4 A;  3W4R A;  3R6I A;  5H8M A;  3NYD A;  1TTI A;  4AHP A;  4GQQ A;  3WK0 A;  1W9V A;  1R7O A;  3THU A;  2WJD A;  1P6W A;  4KMQ A;  1I4N A;  4FLR A;  3AYR A;  5AHF A;  3GU9 A;  2YBU A;  2XN0 A;  1UOK A;  4FXS A;  3H12 A;  4AIB A;  3B0X A;  1EC8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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