5KMKA

Trka jm-kinase with 2-fluoro-{n}-[2-(4-fluorophenyl)-6-methyl-3-pyridyl]-4-(trifluoromethyl)benzamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
315
structure length
304
Chain Sequence
SGLQGHIIENACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPDAKLGGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLDVLGHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords High affinity nerve growth factor receptor
publication title Structural characterization of nonactive site, TrkA-selective kinase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 304
sequence length 315
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5kmkA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5kmkA01
3GCUA 3HLLA 3LLTA 1W84A 4DYMA 3PY1A 4C2WA 3OTUA 5EOLA 5IPJA 2HENA 3O0GA 4NSTA 2ITVA 4MD9E 4FK6A 3GVUA 4TWCA 3QRTA 2YAKA 5FLFA 1MQ4A 1VJYA 3DZOA 3FWQA 3FZRA 4GL9A 4PNIA 5BMSA 5GZ8A 2W1EA 4MEDA 2PWLA 5EG3A 3FI4A 3G9LX 3G0EA 4USDA 1R78A 2HXQA 5HO7A 2HOGA 4B9DA 3R73A 4BKZA 4RVLA 5AP6A 4IDVA 5KX8A 1BMKA 1E1XA 3K3IA 4KSPA 2XKDA 3TUBA 3TDVA 2OZOA 2Y0AA 3RVGA 3AMYA 4CG9A 4V05A 4UALA 5K9IA 3QU0A 3D94A 2F7EE 4I22A 4FEUA 3C7QA 2BRMA 4QMMA 3RI1A 2B9FA 5CT0A 4PNKA 5IA2A 3ZFYA 5AP2A 1ERKA 3MY1A 3F2AA 4LGDA 4R7HA 3I0OA 1WMKA 4D55A 2PVYA 1UWJA 2W1DA 3GCPA 4QMUA 4JBOA 2R4BA 2WELA 4GMYA 4EOSA 2J6MA 3MVJA 3OY3A 4FV4A 4I41A 4RIXB 4EOIA 1KV2A 3LW0A 2QD9A 5AM6A 3COKA 2DS1A 3WZDA 2CKPA 4BR3A 4RA4A 3MB7A 4RFMA 5J79A 3ID6C 1UKIA 2OFVA 3S95A 3NUPA 3HA8A 5FTGA 3DAEA 2WXVA 2ITOA 4PL5A 3V01A 3K5UA 5TT7A 2PUUA 2BZHB 4KIKB 3I7BA 4YURA 3GFEA 2P4IA 1S9JA 2VTAA 2UW6A 2XNEA 3NNXA 4JQ8A 5M4UA 2R3OA 2V7AA 4RWLA 5AADA 5L3AA 2Z02A 2J0LA 4LQMA 4AZSA 3FYJX 4NT4A 3POZA 4P5ZA 3RPYA 5K3YA 2BILB 3BLQA 4G34A 2W1IA 2PVNA 2RIOA 2YEXA 3CQWA 3H4JA 3NW5A 3O8TA 4NUSA 5CEKA 3HYHA 2QG7A 3BELA 3C4XA 3NUNA 4ITIA 4ZSAA 3FE3A 1YXTA 4AT5A 1Z5MA 4FV9A 5LMKA 4UX9A 5HG7A 4XOYA 4L00A 4BY9E 2Z60A 3FLNC 3TNQB 4D4YA 1URCA 2ERZE 3FZSA 4FG9A 4UWYA 5LVLA 5IEYA 4KBAA 4HPTE 3PXZA 4OGRA 5E8YA 4FV7A 1T46A 1H1QA 4A4OA 2ZOQA 4ZJVA 1UU3A 4N57A 3QKMA 3QLFA 4K9YA 5L2TA 2QOLA 4CFMA 4Q5EA 4RJ6A 4ZMEA 5CU0A 2W5AA 2R3QA 2OFUA 1FVRA 4YO6A 3I5ZA 3R8MA 3BGQA 4ZLOA 2W1CA 4U81A 2UW8A 3NW7A 2O2UA 4C8BA 4D2RA 4F1TA 2ZV9A 3CY3A 3GNIB 2IW9A 3KRLA 2PZIA 2VTNA 3T3VA 3HV7A 1E9HA 3E63A 4P4CA 3R2YA 5EFQA 2P2IA 2BR1A 4IJPA 2HZNA 4TYIA 5CEQA 5AR8A 4D2PA 5L6PA 4EH7A 2GS2A 3IW7A 5I9WA 3FUPA 3HP5A 1FVTA 4YJPA 1WBVA 4X3JA 5C01A 3CS9A 2QODA 3L9NA 5E91A 4Y95A 1K3AA 4L45A 2PK9A 3W2CA 4BCQA 1PRYA 4IBMA 2PTKA 2Q83A 4U40A 4HW7A 2XIXA 3MPTA 2RF9A 2EUFB 5C03A 4DH1A 3TM0A 2ZAZA 4TXCA 2B1PA 3OD6X 2JKQA 2XF0A 2VWUA 1GOLA 2ESMA 5KHXA 1V1KA 2J5EA 4FZDB 4I23A 5HE0A 3ETAA 3MH2A 4FTRA 4X3FA 3SQQA 2XM8A 4GT3A 3BHYA 4YJNA 4K11A 3KXNA 4NIFB 2X9FA 4WA9A 5CT7A 1Q8UA 4KAOA 2UV2A 3I7CA 3R9DA 2CGXA 2JFLA 5D12A 4YNEA 1H0VA 3ZLXA 3ACJA 3RK5A 2GMXA 5CI7A 3DTCA 4MF1A 4A06A 5DG5A 4F9YA 1OI9A 3T9IA 2WEIA 3R9OA 5JH6A 3CSVA 5B2LA 2PVJA 4XRLA 5EK7A 3MB6A 4JDHA 4G1WA 4DGLC 5AIRA 3F66A 4O1PA 3D9VA 4DEHA 4FKOA 2PUPA 4YMJA 4JR7A 2WOUA 4HNIA 4YSMA 1GIIA 2JIUA 1UKHA 2JAVA 4XUFA 5HHWA 2WQNA 5JSMA 4JOAA 4W4XA 3DB8A 3P86A 3R21A 2GTNA 5E8TA 1BI8A 3V3VA 3WF6A 3JUHA 3RNYA 2CNVA 3R8LA 4RC3A 4B7TA 4GG7A 4NZWB 3HMIA 5DOSA 5AA8A 2OZAA 4XG9A 5DR9A 4R77A 4ZOGA 4BIDA 1R39A 1VR2A 3UPXA 4PY1A 1GY3A 3GENA 4APPA 3C4WA 2QCSA 4ZY6A 5ACKA 4QMZA 3F5UA 3C9WA 2VTOA 4DC2A 2P2HA 3IK3A 3QRUA 3SDJA 4BWXA 4I5HA 5G6VA 4ZTHA 3EFLA 5EM5A 4L52A 4XP2A 4B8LA 1IG1A 3QTSA 4GU9A 1AQ1A 3G5DA 5E1SA 5BVKA 5K5XA 5LQFA 2WTIA 1WBTA 3FMHA 5AV0A 3TNWA 4CRLA 5JFSA 4YPDA 1F0QA 2R5TA 5AV4A 2WMSA 3CXWA 4PPAA 1ZMWA 4QMWA 2B54A 3FZTA 4U41A 4CD0A 2UZVA 3AC4A 3OW3A 1J7UA 4JT3A 2XNNA 4W4YA 4AN2A 5C4LA 1X8BA 2RSVA 2WMTA 3EFJA 3IGOA 4W9XA 4PTCA 3D2KA 4O0SA 4PX6A 5L6WL 3O7LB 1U54B 3OCBA 3FZPA 3PRIA 4PF4A 4XBRA 3PIZA 4Y46A 3S3IA 4AW2A 4U79A 4FT5A 3PXYA 3H30A 5AUVA 2CN8A 5JK3A 4ALWA 3QHRA 4EOMA 2ACXA 1FVVA 3UC4A 3NIEA 4FA2A 3MESA 5ETFA 2OI4X 5AR7A 3UIXA 2V7OA 2W5HA 4LFIA 5HD7A 3DFAA 5JGDA 3IO7A 3KRWA 4MWIA 4R7BA 2QKWB 2OJIA 4DFNA 1YI6A 3QRIA 2GHLA 1G8AA 3A4PA 4KIOA 2E2BA 4O6LA 4S2ZA 4UXQA 5IUIA 3U51A 3L1SA 4AA0A 3S00A 2XK3A 3ZSGA 4E3CA 2YWPA 2OF4A 3FMLA 4HYIA 3KKVA 1TQIA 4U3ZA 3C0GA 4ASDA 4QMNA 5EW9A 4NKSA 4QOXA 2QR8A 3RK7A 2C6MA 3GC7A 3QCXA 4NFMA 5JN2A 3ORPA 4G5PA 1QCFA 1OUYA 3NDMA 3VULA 5CU6A 3WF5A 2W5BA 3PA4A 4C59A 3R1QA 4IZ5A 4IMYA 4RJ7A 3W2PA 5IQHA 4BCMA 3RBWA 2ITZA 2XIYA 3P4KA 2VD5A 2QKRA 4X0MA 3WF7A 4XNEA 3CKWA 4BDDA 3PP0A 5KBRA 5HVJA 2UW7A 5TE0A 5IUHA 4FNZA 1ZY4A 3UVPA 3VUTA 4BFMA 3GU8A 4DH7A 1ZYDA 4AU8A 4TZRA 2PZRA 3ZBXA 2WTWA 3VS0A 2YDJA 5CAUA 5IISA 4RWKA 3L8VA 3AC8A 3PJ1A 4RJ3A 3OY1A 4MX9A 4DEEA 1UWHA 1IEPA 5FBNC 2OO8X 2XNMA 3NLBA 3NAXA 2XB7A 4FSWA 2C6EA 4U7ZA 2H96A 1R0PA 4WSYA 4F9AA 3EZVA 4RX9A 3KMUA 3EL8A 1H27A 4ZXTA 3UGCA 4QT1A 3TKHA 4BKYA 3LJ1A 2C5YA 3SC1A 3EKNA 2YCRA 4H1JA 3CEKA 5CVHA 3UMWA 5IEXA 1BYGA 2W0JA 2PYWA 3LQ3A 3UNZA 4MWHA 4ACDA 3CD8A 1M52A 4RWJA 3TV7A 5IQEA 3WZKA 2VX3A 4DFUA 4AA4A 2B9HA 3MJ2A 4FNXA 3FPQA 4FT0A 1ATPE 4CMOA 2BRBA 5M55A 3SGCA 1PKGA 4QMSA 3U9CA 4FEXA 2VGPA 3Q32A 3C5UA 1G8SA 1ZYCA 4EK5A 4E93A 4YLKA 3FXZA 2QO7A 2X7FA 3FEGA 4WG3A 1H8FA 2PVMA 3GGFA 4O0TA 2W4KA 3IGGA 2ZV2A 4EOJA 4ZJIA 1Y6AA 4IE9A 3ANRA 3HX4A 2QURA 1Q24A 2E9NA 2RG6A 1W98A 3KMWA 3NNVA 4WBBB 4ANMA 2R0UA 2GQRA 4CZUA 3G2FA 3KXHA 4O7YA 2CN5A 3DV3A 4D2VA 2ZDUA 5J5TA 1FQ1B 2BFXA 4FSZA 4DT9A 3GBZA 4JQEA 2RFDA 5ETIA 4A4LA 4NCTC 4TYGA 5AUZA 2REIA 2ETKA 2QU5A 4FIFA 3EFKA 3Q2JA 3VS2A 3DXNA 3CR0A 3P79A 4RFZA 2CHLA 2O5KA 3F3TA 3VHEA 4G9CA 5IA0A 5FEDA 2CGWA 2GQGA 4FT7A 5HBHA 2CDZA 2BIKB 1OKYA 4E26A 5HGIA 3THBA 5J87A 4S33A 1U5RA 3U9NA 3D15A 4RC4A 1J7LA 2WMUA 4TNBA 5FM3A 4C3PA 2BRHA 4GRBA 3W1FA 4DE4A 2CMWA 4FL3A 3VNTA 4U80A 2VRXA 4BCNA 2XIZA 5B2KA 2BRNA 4X2JA 4AAAA 3K54A 2YJSA 5DHJA 4ASZA 5IUGA 2C6TA 4IC7A 3Q9ZA 3LHJA 3IOKA 3QX2A 3SX9A 4G3CA 4IM0A 2BFYA 2G1TA 2C0TA 4HOKA 4EHGA 4MBJA 4CG8A 3OWKA 4GT5A 2ZB1A 3G90X 3F69A 4C0TA 2WQBA 3CJGA 3MN3A 3UOKA 4C4HA 4E5WA 5KMJA 5EDPA 1PXMA 3EKKA 1H4LA 2BTRA 2WO6A 2G01A 3HECA 4RRVA 5AP5A 2H8HA 4E5BA 4QP8A 2I0YA 1A9UA 3TWJA 2OH4A 4J8MA 4AW0A 4I93A 3NUAA 4BDEA 4L44A 3QQUA 5B2MA 4KRCA 4LV8A 2RFEA 4GK3A 3BYUA 4O27B 3MH0A 3Q52A 5E8XA 3FI3A 4DFBA 3R71A 3T9TA 3QWKA 2FO0A 2X2LA 3NNUA 1KWPA 3EQCA 3PG1A 4FZAB 3TV4A 4KBKA 5CYIA 4ZEGA 1UU7A 4QTEA 3ZZWA 3UIMA 1MRVA 4AN3A 5LVOA 1Y8YA 2ETMA 2VTTA 1JKSA 1REJA 3QCYA 2WTDA 4OTHA 4UY9A 3QA0A 5CS6A 1YXVA 1PXLA 3R04A 4MXYA 2BAQA 5G1XA 5EI6A 5DT0A 4AE6A 4EH6A 1XH8A 2FH9A 5BYZA 4EBWA 4FUYA 2GS7A 1I44A 4ZY4A 3DB6A 4RMZA 4HPUE 2F2UA 3PJ2A 4TWNA 5CX9A 2C1BA 3LQ8A 5CAVA 3BHTA 4CRSA 3UDBA 5FD2A 1E1VA 2VWXA 1W7HA 1VEBA 2HW7A 2IVTA 5IQBA 3ZDUA 2VWZA 3FLYA 3TG1A 3CE3A 2GNJA 4I20A 5KE0A 4ALUA 5KHWA 4YTHA 3S4QA 4RQVA 3ZONA 5KZIA 4C2VA 3M42A 4E1ZA 2VO0A 4FV5A 4IW0A 3P1AA 4Y85A 3RALA 4ZSJA 2UZUE 1YXSA 3GEQA 5IA5A 2WU7A 3MDYA 1Y8GA 5M07A 1OUKA 4YLLA 5C9CA 3UPZA 3BYVA 3DA6A 3GC9A 2WHBA 2OU7A 4FOBA 4PV0A 5FP6A 4EBVA 5AV2A 4IADA 3B8RA 3EQGA 4F7JA 4XS2A 2BUJA 2UZLA 4AGUA 4S30A 3L9LA 3ZM4A 4NTTA 4PWNA 3PSCA 4WO5A 1OIUA 4UMPA 4AZFA 3EN5A 5EH0A 4HNFA 5CWZA 3W55A 1J1BA 1RW8A 5AR5A 4E6AA 1XBAA 4S31A 1GZOA 2JFMA 4RQKA 4O82A 5IH4A 3R7YA 4R7IA 1H1WA 4D0XA 3OOMA 3ZC5A 4OBOA 1FGKA 4LMNA 5HQ0A 5JKGA 4MYGA 2XYUA 3HMOA 1M2PA 3MA3A 2HY81 3LFNA 3OVVA 2F57A 4NK9A 4WNMA 5F20A 2PL0A 5CEIA 2AC3A 1CDKA 4FT9A 2OF2A 3PSDA 1PMUA 5EI8A 1OZ1A 3QCQA 4FKVA 5AP7A 4DF3A 2C0IA 2PVRA 1OKWA 2H34A 4I5CA 2WQMA 4FV6A 4NH1A 2CGVA 4TYHA 2FSOX 4L01A 2C69A 3MA6A 4UWCA 4CYIA 4I0TA 2XNBA 5J1VA 5HU9A 1XJDA 4AOIA 3FL5A 3D5XA 4ENYA 4A9YA 4UMTA 5LCKA 4YZNA 3V5QA 2XNOA 4CKRA 5IDNA 3GC0A 3QKLA 4HGTA 4ZMFA 2XS0A 3AC5A 3LQ5A 4FT3A 5IQDA 2OH0E 3DQWA 4G9RA 4F99A 5C8MA 1H00A 1OBDA 5EKOA 4I6FA 1YHVA 4GJ3A 1B39A 2IW6A 3FC1X 5D7VA 3R8VA 3H9RA 4RIOA 1SYKA 3PLSA 3Q9XA 4JBVA 3KRRA 5I9VA 2JDOA 3VUKA 1BKXA 3BX5A 4MBLA 5K5NA 5LVMA 5IQCA 4BDGA 4Z16A 4HCVA 1AD5A 5KO1A 4EH2A 3UYSA 3HRCA 3LOKA 3FC2A 5CVGA 4ZTNA 3M2WA 4TYEA 3DK6A 5C8NA 2VN9A 4BYIA 3ZO2A 5BUJA 1VYZA 4F70A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3EZR A;  5GIN E;  4IAF A;  3ZYA A;  4GH2 A;  3EL7 A;  3R01 A;  4G6L A;  4YJS A;  4IEB A;  2UZO A;  4F9B A;  1J7I A;  1SZM A;  5J5S A;  5FTO A;  4NTS A;  3SRV A;  4ASE A;  3GU7 A;  3HV4 A;  2W96 B;  4FVP A;  5IF1 A;  1Q8W A;  4W9W A;  3FKO A;  4GSB A;  3R8Z A;  5LVP A;  3JYA A;  1BI7 A;  4RX5 A;  4L7S A;  4FG8 A;  5F94 A;  3UP2 A;  1RQQ A;  3KVW A;  4BYJ A;  3REP A;  3F5P A;  5FXR A;  5M4F A;  4WHZ A;  3JS2 A;  5DFP A;  4MTA A;  4O0R A;  2P0C A;  4D1S A;  2OLC A;  3BI6 A;  4C37 A;  3AOX A;  3TV6 A;  5IU2 A;  3A7H A;  2GQS A;  4GKI A;  3QD2 B;  4F1M A;  4F7S A;  3ATT A;  3A99 A;  4IB3 A;  5HIE A;  2GCD A;  1Q99 A;  1QL6 A;  3D7T A;  4FKG A;  5TOZ A;  2BKZ A;  2UW4 A;  2X4Z A;  1Z9X A;  3VS7 A;  5AUU A;  3FBV A;  3FKN A;  2YER A;  2ITP A;  3GXL A;  4YHT A;  4BDF A;  4L3J A;  2X39 A;  4QQJ A;  4ZSG A;  2XNG A;  4RJ4 A;  2R3N A;  4ACH A;  4C4G A;  1FMO E;  4E8A A;  1R0E A;  3QQL A;  3C5I A;  2ZMC A;  3QTQ A;  4D1Z A;  3KN6 A;  3I81 A;  5IME A;  1OB3 A;  3F7Z A;  1CKP A;  2QR7 A;  2QOI A;  4QMO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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