5KRTA

Hiv-1 integrase catalytic core domain (ccd) in complex with a fragment-derived allosteric inhibitor
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
152
structure length
143
Chain Sequence
SSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 143
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5krtA00
1WLJA 4H4MA 2XY6A 4PWDA 4NYNA 4RW6A 3PX6A 4CJQA 4L8RB 4K8XA 3ITHA 4B9UA 4ELUA 2HVHA 1RT1A 1X9WA 3LPUA 3QIOA 3AVCA 4DSKA 4E7IA 5K14A 1JXBA 4FJLA 4J2DA 3V1RA 4CK3A 3OYBA 3K57A 4CK1A 3A2FA 4IDKA 5HRRA 4H4OA 2BGGA 3D0PA 1HYSA 3VQ6A 3KK2A 4M3TA 2BE2A 4OGCA 4FXDA 1JLEA 1FK9A 3JYTA 4FLZA 4KREA 1KVCA 2O4GA 4FYDA 4Z4CA 4M41A 2OZSA 4CK2A 4FZZA 3S3OA 2VG6A 1NK9A 1EKEA 4FJKA 3DI6A 4FM1A 1RDCA 1JL1A 2Q3SA 1JLQA 3ZSWA 4EP4A 1YT3A 3DLKA 3VQ5A 1S9GA 1VRUA 1X1PA 2ETJA 1J9AA 3NH2A 2HMIA 4OPKA 4DSJA 3AA3A 4CEQA 4DTMA 1RCHA 4NYFA 4AHTA 4RW8A 4B8AB 3O3GA 4HVJA 1BIZA 1RT7A 1WAFA 3SUQA 1NOYA 3V1QA 1JLBA 4IFVA 3PY8A 3DRSA 3OJSA 1SKSA 3HJFA 2B6AA 3K5NA 4JLHA 4CF2A 4KO0A 1LWFA 3OS1A 3VA0A 3V6DA 1QS4A 1S6QA 4CE9A 4DQIA 4I7FA 3QESA 3IAYA 4AHRA 4BWMA 1XHXA 2B5JA 1WAJA 5J2MA 4OVLA 4Z4EA 4N47A 3NH0A 3OYJA 1HRHA 3OYMA 3IS9A 4KHYA 4QAGA 3CYMA 2HW3A 2DFEA 4M3YA 4FVMA 3V9ZA 4FK2A 4O4GA 2NUBA 4N5SA 2F8TA 4W5NA 2Z1JA 3OYKA 4YNQA 1IKYA 2IOCA 3LANA 3SPZA 4FJ8A 5C25A 1K6YA 4CJUA 3BGRA 1RT6A 3AVLA 3DM2A 3MEGA 4DU3A 3VQ7A 3NDKA 1NKBA 1I3AA 3TI0A 4CJVA 1XWLA 4E1MA 3QEIA 4KHSA 4CEAA 1QSYA 4OLAA 3ASMA 3ZT2A 1BI4A 4CF9A 1SL1A 2YHAA 2GV9A 3K5MA 1RBTA 1SUQA 1RDBA 1BL3A 4IFYA 2E6LA 4FM0A 2X6SA 3HSTB 5CZ2A 4B8CA 2BDPA 1C6VA 2HHVA 3OYAA 2XHBA 4O0JA 2WONA 2YV0X 3G0ZA 3LWLA 3SQ1A 3KD1E 3OYLA 1JLCA 1RTHA 3PX4A 2P1JA 4OKEA 4CHPA 4MQ3A 1XC9A 2PY5A 2XY5A 3PUFA 3O3FA 5HRPA 1JL2A 3ISNC 5C24A 1L3UA 4FJHA 3DRRA 3ZSOA 1Q8IA 3KK3A 4F2SA 1HMVA 4B9VA 3NF8A 1U4BA 4CIGA 3RRGA 1NJZA 1WSGA 1W0HA 5DK5A 1D9FA 1RT2A 4Q5VA 3KLHA 5HP1A 3TR8A 3NGZA 3OYHA 3SPYA 4LSLA 3K5LA 4FCYA 3PV8A 1L3TA 4K8ZA 1GOBA 1JXEA 3HL8A 3TANA 2HHXA 4M45A 1KTQA 4BDYA 4R5PA 4CJEA 1R0AA 2ITGA 3TWHA 4KTWA 4DMNA 1J53A 3NBPA 3SUOA 2F96A 1KLNA 3NCIA 4CJLA 4XIUA 2QKKA 5KI6A 3SV3A 3LAMA 3E01A 3IRXA 2AJQA 2VG7A 2G8IA 3HK2A 4BDZA 1CXQA 2IAJA 4HTUA 4RG8A 2Y1JA 3ULDA 1NJWA 1XHZA 3SYZA 1UAXA 3RTVA 1NJYA 2R7YA 1FXXA 3KJVA 2DFHA 4CEZA 5KTQA 1VSEA 3KLEA 4BE0A 3OYNA 4UQGA 3WNHA 1ZBUA 4CF1A 1QHTA 1C1AA 1MU2A 3NH1A 3QERA 1F21A 3HP9A 2RN2A 2G8KA 4CF8A 3C6TA 4ID5A 5KRSA 4B9LA 3RMAA 2QKBA 3HO1A 1W9HA 2D0CA 3OJUA 4FJMA 4BACA 4ZTFA 4FJGA 4Q0BA 1TV6A 2OPSA 4RW9A 1D9DA 3TAEA 4OKKA 4F4KA 4CESA 4B08A 4CEDA 1HQEA 3L2VA 3MAQA 2JLEA 4O55A 1A5WA 1SL2A 3AVHA 1HYVA 1KVAA 1LW0A 1JLAA 3H08A 4HCCA 2KZZA 3ZSZA 1D5AA 3EY1A 1TK5A 3AO5A 1RTIA 2YKMA 1HNIA 4E89A 4IBNA 2G8UA 4DQRA 4M3XA 4IG0A 1HPZA 1TKTA 4JS4A 4BE2A 3F9KA 3VN5A 4CEFA 1UA0A 5JS2A 3V9XA 3RR7A 1EX4A 3ALYA 1CZ9A 1NJXA 1TKXA 4DWIA 4Y1DA 1RT5A 1S5JA 3VQAA 4CHNA 2X6NA 3SQ4A 3AO3A 3SNNA 1S1UA 2YHBA 1A5VA 3P1GA 1RTJA 4OLBA 3TAQA 3DLHA 3CM6A 1S6PA 3NAEA 4CF0A 4DU4A 4DG1A 3P5JA 4DQPA 3LP2A 3O4QA 1NK6A 1Z25A 4KAZA 3V81A 4N76A 4M3UA 3LWMA 3I0RA 1ASVA 3ZT0A 3HM9A 4DFJA 2KQ2A 4CHZA 4NCGA 1YVUA 2HNZA 2LSNA 2OPPA 1HYZA 3AVKA 1RDAA 3B6PA 3KLIA 1BCMA 1VSDA 3LPTA 4CJSA 4JRPA 4E7LA 1KRPA 4RW7A 4DTUA 3LP1A 3B6OA 5DMRA 3S9HA 4KI4A 4KKOA 4DF4A 2O4IA 2E4LA 1VSKA 1T03A 1U48A 1NK0A 4C8KA 3SQ0A 3SJJA 1NK4A 3DLRA 2Z1IA 4CJ3A 4Z4HA 2YNHA 1C0UA 3PO4A 3LZIA 5SZTA 1TK8A 3ZSYA 2IS3A 4O44A 5CYMA 3QIPA 1BQMA 1TKDA 2FBVA 1J5OA 3L8BA 4NCBA 2E6MA 4ELVA 3QEPA 4FK4A 3MEEA 2QXFA 2ZQBA 4CJ4A 3TARA 1T7PA 4CCHA 3SUNA 4DS4A 4CFBA 4Z4IA 4GMJB 3CG7A 3VQQA 4FM2A 3SQ2A 2P5GA 5FDLA 3NHGA 4HUGA 4DQSA 2OYQA 1ZBHA 4AILC 3AVFA 1L3SA 1RTDA 4QOZB 2VWJA 1ZBFA 2KFZA 3OYIA 4DF8A 1XI1A 3SI6A 1L5UA 2D0BA 3VQ4A 2HHSA 3DRPA 1B92A 3AA5X 2W42A 4DTJA 3HVTA 3LP3A 3VQ9A 1LAVA 3S3MA 1ZBLA 3LDSA 3RMDA 1U45A 2YNGA 1BIUA 2HHTA 4Z0UA 3TAMA 4DFKA 2XY8A 3AO2A 2BANA 1SL0A 2ZE2A 5J2PA 4HCBA 4PA1A 1L3VA 2KFNA 1B9DA 1KCFA 4DTSA 3ZSQA 4CECA 3OYCA 1KSPA 3NF6A 4MFBA 3HVRA 1QTMA 3AVJA 1IG9A 1HJRA 5CZ1A 1J54A 1VK0A 3L3UA 4DFPA 2OA8A 3HT3A 4J2BA 4F2RA 2G8FA 2HHQA 1KLMA 1S1TA 5HLFA 4FLXA 1YTAA 1DLOA 3K58A 4BE1A 4F3OA 3OYFA 3LP0A 3ZSXA 3PO5A 2F8SA 1YTUA 1U47A 4DFMA 3M8SA 4KTZA 3AO1A 4DTNA 4I2QA 1WN7A 1BI4B 1FKOA 4DQQA 4KTQA 4M3WA 1VRTA 5KRTA 4DLGA 3LZJA 1TL1A 4WE1A 4LD0A 3RR8A 3VQPA 4CGDA 2DFFA 3BDPA 4DSEA 4FJ9A 2RPIA 1LAWA 1ASUA 1IKXA 4AH9A 4B3OA 1TGOA 3HP6A 1NK5A 4C8NA 1EXQA 3QINA 1BCOA 1LWEA 3K2PA 4H8KA 3D45A 2OZMA 4KB1A 4FLYA 4RW4A 1SKRA 1RILA 4GW6A 5D3GA 4YFUA 4N41A 2XO7A 2JGUA 3U3YA 2GBZA 3OVNA 1IKVA 1LW2A 4CGJA 1HQUA 4OGEA 4CGFA 4I9QA 1SV5A 4PQUA 4QCLA 1TVRA 2DTUA 2IGIA 1NOZA 3TAFA 3T1AA 4W5OA 3K59A 1KVBA 3QEVA 4KPYA 3AA2A 3F73A 4O5BA 4KHQA 3OYGA 1TAQA 1S1VA 4E7JA 3L2UA 3EYZA 4F3TA 1UWBA 1G15A 2FC0A 3AA4A 4W5QA 4DU1A 4E0DA 3OY9A 4OPJA 3SZ2A 5CY4A 4ZTJA 3KD5E 1IO2A 1BGXT 1ASWA 3O4NA 2PZSA 4DTRA 2QK9A 4TSXA 5HRSA 1TAUA 2YNIA 1SKWA 3M8QA 2D0AA 4EP5A 3OYEA 5E41A 3M8PA 1QSSA 4CJRA 1GOCA 3KKRA 3QEXA 4FZXC 2HB5A 3WNEA 5FRNA 3V1OA 4DSIA 1TK0A 3ZCMA 1A5XA 1RBRA 4DLEA 4HHTA 5KGXA 4FJ7A 1JLFA 3VQ8A 2VWKA 1UA1A 2G8VA 4M3RA 4CJWA 5T7BA 3T19A 5J1EA 2HVIA 2Z1HA 3MXMA 1N5YA 1GOAA 2IDOA 3U3GA 4Y1CA 1VSJA 4J2EA 4FW2A 2D5RA 3I0SA 1NKCA 4BWJA 3KLGA 4JS5A 3AO4A 4CGGA 1NKEA 3C6UA 4IG3A 3RWUA 1WSJA 3MXIA 1NK8A 1RDDA 2HHWA 3P83D 1TL3A 2EX3A 2FBYA 4G1QA 4EZ9A 2IC3A 2EHGA 2Y1IA 3CFOA 1QE1A 3L3VA 4AHUA 3ZSRA 4E1NA 2X74A 4M3ZA 1EP4A 3DLEA 4KHUA 1TKZA 2RKIA 2OPRA 3VQDA 3RMBA 3KK1A 5J2QA 2B4JA 3QEWA 2DY4A 3C94A 1CLQA 4KV8A 4DTOA 1NK7A 1EETA 1KFDA 3V9SA 3T3FA 3QETA 2KTQA 3DLBA 4B9NA 2RF2A 5HROA 5I3UA 2HHUA 4CEBA 1WSHA 4FJJA 1VSLA 3DMJA 2KZMA 1VSIA 4LY7A 1QQCA 3KTQA 4B9TA 1RBUA 1Q9YA 2G8WA 4KRFA 4JRQA 3NE6A 1FKPA 3V4IA 3DLGA 3L2WA 4Z4GA 4CHQA 3RMCA 1BHLA 1CZBA 3HPOA 4ID1A 5HRNA 2YNFA 2Z1GA 4KFBA 3CQ8A 4AHVA 1S9EA 3THVA 4DSLA 2HNYA 4CIFA 4E3SA 4DSFA 1C0MA 1VSMA 5SWMA 3PX0A 1HNVA 4LH4A 4CJ5A 5I42A 1DTTA 3OS0A 1WSEA 2PYLA 3L2QA 2GUIA 1RNHA 4C8OA 4HUFA 5HBMA 1DTQA 3VA3A 4CJPA 1LV5A 3SCXA 1RT4A 1JKHA 4OKJA 3CM5A 3NGIA 1C0TA 2YKNA 3S3NA 4HUEA 1O1WA 4C8MA 4KB0A 3HPGA 2ATQA 1UOCA 3QNOA 3QNNA 2HNDA 3AVMA 1C1BA 3C95A 4LH5A 4J2AA 2A1SA 3NGYA 1JLGA 3DOLA 5CYQA 1I39A 4CFDA 1X9SA 3DYAA 4CFAA 4N56A 4NCAA 4IKFA 4CEEA 4I9LA 3EZ5A 2P51A 4I2PA 1BISA 1KFSA 4AHSA 4FJ5A 1T05A 3NF9A 2G8HA 4OJRA 4W5TA 2ZD1A 3DOKA 3I8DA 3ZT1A 3CFPA 2XY7A 1S1XA 1IKWA 3WNFA 2I5JA 1VSFA 3AVAA 3SV4A 4DTXA 1CXUA 3JSMA 1X9MA 1LWCA 4CHYA 3TAPA 3MXJA 4W5RA 1B9FA 2XRIA 3V9WA 2P5OA 4FJXA 4PUOA 1IH7A 3VQEA 3FFIA 2VG5A 3TAGA 1ZBIA 1S1WA 5C42A 1U04A 2FBXA 3SUPA 4E7KA 3AVBA 2WOMA 4FJNA 1RBVA 4B9MA 4ZHRA 1WSFA 3NFAA 4CEOA 3AV9A 1U49A 3KIOA 3RRHA 4M42A 3LAKA 5FROA 4E19A 4FK0A 1Z26A 1T8EA 4CGHA 3HYFA 4FJIA 3U6FA 3VQBA 3QLHA 4O0IA 4ICLA 4KHWA 4C8LA 4ELTA 3ZT4A 3QO9A 3V9UA 4GVMA 1ZYQA 4CJKA 4Z4FA 3AVGA 5JS1A 4KHNA 5FRMA 2X78A 5EU7A 1WNSA 1ITGA 3HPHA 3ZT3A 3ZSVA 3OYDA 5J2NA 3K5OA 4CHOA 3L2RA 1N6QA 4CGIA 3KKSA 3O3HA 4F8RA 4E7HA 4LSNA 3NF7A 3M8RA 3TABA 2PYJA 3CFRA 4FLVA 3VQCA 3KLFA 1Q9XA 1VSHA 3AVIA 4CFCA 4DTPA 4B9SA 4FLUA 3HXMA 1RBSA 4FW1A 2FBTA 3OS2A 1D8YA 4FZYA 4FLWA 4BDPA 1WSIA 3WNGA 1BQNA 3AVNA 1Y97A 4CERA 4CJFA 3UIQA 4CIEA 1REVA 1QSLA 4KI6A 2KW4A 3LALA 5KGWA 4CJTA 4DS5A 3G10A 3IG1A 1RT3A 4AHCA 3MECA 4EZ6A 1C1CA 4FLTA 4PY5A 3MEDA 2OPQA 2A1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY6A 1OH6A 4PWDA 2HF4A 5LY3A 4CJQA 3FZFA 4B9UA 2HVHA 1RT1A 3QIOA 2D0OA 2ITMA 3ZEUA 4FJLA 5E84A 3K57A 4LF4K 3A2FA 4IDKA 3AGKA 3D0PA 1KXPA 2BE2A 4FXDA 4FLZA 4AF1A 3CF5L 4Z4CA 1KAZA 4M41A 4FZZA 2O8CB 4O5FA 1JL1A 1BO5O 3VQ5A 3HOSA 2QWNA 1VRUA 4OPKA 3AA3A 2CH5A 3KK7A 4CEQA 1RCHA 4AHTA 3O3GA 4HVJA 3V1QA 1JLBA 3DRSA 2B6AA 2NNWA 4FOIA 4KO0A 3OS1A 3V6DA 1QS4A 3VESA 5AQIA 4I7FA 3JXUA 1RFQA 2B5JA 5J2MA 4OVLA 4ILJA 3OYJA 3OYMA 4PKGA 2NRTA 3V9ZA 4O4GA 2NUBA 1SQKA 3LANA 3SPZA 4OX9K 1C0FA 2E88A 1V4SA 1RT6A 3VQ7A 1I3AA 5IWAK 1TYQA 3C7NA 5LJWA 4CEAA 3ASMA 2VYPA 4PKIA 4AM6A 1SUQA 1RDBA 1OVYA 2E6LA 3P4IA 5CZ2A 3H3OB 3P38A 1KD1O 1YIJN 2YV0X 3SQ1A 3OYLA 1JLCA 3I55N 4OKEA 3D6RA 4BVPA 3PUFA 1JL2A 3DJCA 1E3MA 1HJOA 3DRRA 3ZSOA 2D1KA 1VQON 1N8RO 1NJZA 1D9FA 4Q5VA 5HP1A 4M7YA 3H3NO 4FCYA 2O8EA 2V51B 3TANA 5AQNA 1N32K 2IVNA 3O6WA 1DT9A 3QFUA 3IDHA 5AQFA 3CCVN 4IOAL 3AAPA 2GX9A 2QKKA 1ZXOA 3K0SA 4LFAK 3CETA 4DHYA 1HNZK 2G8IA 4BDZA 3WQUA 1SS6A 1U6ZA 3ULDA 5AQTA 2R7YA 3O8MA 5AQZA 3KLEA 1QHTA 3HP9A 2ZJPL 5KRSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2UXB K;  1M90 O;  3QB0 A;  1C0T A;  1O1W A;  4C8M A;  3HRG A;  2HND A;  3AVM A;  4LH5 A;  4J2A A;  2A1S A;  1T6D A;  4MDA A;  3DWL A;  4FWK A;  4JKD A;  4CZF A;  4I2P A;  4AHS A;  3NF9 A;  4H5V A;  4DR1 K;  3KVG A;  3WNF A;  2H3G X;  3CPW M;  1VSF A;  3AVA A;  1LWC A;  4CHY A;  3TAP A;  1Q86 O;  5LMU K;  3V9W A;  1BU6 O;  4FJX A;  4PUO A;  1ZBI A;  3J7Y P;  2WOM A;  3NFA A;  3N4P A;  3D2F B;  4JD2 A;  5FRO A;  2QWM A;  4M42 A;  4FK0 A;  4EFH A;  3TTC A;  4CGH A;  3HYF A;  4FJI A;  3U6F A;  4ELT A;  3V9U A;  1ZYQ A;  1ILY A;  3OYD A;  5J2N A;  4MLE A;  3K5O A;  1IBL K;  4CHO A;  1KC8 O;  4CGI A;  4E7H A;  4LSN A;  3BZK A;  3HZ6 A;  3NF7 A;  4WCE L;  3CIP A;  3VET A;  1Q9X A;  3CCJ N;  1D4X A;  2GEM A;  4FZY A;  3WT0 A;  3CCM N;  3G4S N;  1Y97 A;  2ASM A;  4PL7 A;  4CIE A;  2AP1 A;  1QSL A;  5KGW A;  3IG1 A;  5M1F A;  4DUY K;  4FLT A;  3MED A;  4I6M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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