The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
|
| structure length |
69
|
| sequence length |
75
|
| chains with identical sequence |
r
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J5Y A; 2VXE A; 4M75 G; 3JCM g; 3JCM X; 4M75 C; 1Y96 A; 4M75 A; 5GAN 4; 4M7D B; 3JB9 I; 1D3B A; 4EMG A; 4C8Q G; 4C92 E; 1X01 A; 2JN0 A; 3EFR A; 5GAN 7; 5GAO n; 2E1H A; 4M78 D; 4XTX A; 1I5L A; 1I4K 1; 3JCM f; 3FIF A; 1B34 B; 2DVE A; 3BFM A; 4M7D F; 5GAN 2; 4EMK B; 3QO3 A; 2DTI A; 3INZ A; 4N0A A; 5GAN d; 4M7A D; 4M78 C; 4A54 A; 3JCM h; 5DY9 A; 4DQ2 A; 3HFO A; 5GMK m; 3JCM P; 4PJO E; 4V2S A; 1LNX A; 5GAN 8; 5GMK j; 5GAO r; 4PJO B; 3JCM Q; 3HSB A; 3L2Z A; 1U1S A; 2EJG A; 5LJ5 d; 4WF2 A; 4M7A G; 4C8Q D; 2EAY A; 1HXD A; 2EJF A; 3L1A A; 2YHT A; 4Y91 A; 4F7U G; 5GMK i; 3JCM J; 3RKY A; 4QVD A; 4HT8 A; 4M77 E; 3RKX A; 4F7U A; 2E65 A; 1KQ2 A; 3GIB A; 5GAM j; 4X9C A; 4M77 B; 4PJO F; 1KQ1 A; 3SWN B; 2DXU A; 5GAO p; 4PJO C; 1M8V A; 3SWN C; 5GAM d; 4C8Q C; 4MML A; 4C8Q A; 2E64 A; 4XU2 A; 5LJ3 j; 4NOY A; 4M7D D; 2DEQ A; 3JCM W; 3QSU A; 3JB9 D; 3V7S A; 3PGG A; 5GAO q; 5LJ3 d; 5GMK e; 4RCC A; 2RD1 A; 3JB9 J; 5GAN j; 4M77 F; 4C92 D; 4NL3 A; 5GAN 3; 4N0A C; 2RM4 A; 2VC8 A; 4M7D G; 3BDU A; 1WQ7 A; 4M75 F; 4XTW A; 4EMH A; 3JB9 G; 4M7D A; 3V7C A; 5LJ5 j; 3V8J A; 1HK9 A; 4M78 E; 2E41 A; 2YLB A; 2DTO A; 1WQW A; 4JLI A; 4NL2 A; 3QHS A; 2YLC A; 3RES A; 4M78 B; 3SB2 A; 4C92 G; 5GAM g; 2E10 A; 4XTU A; 3BY7 A; 4XTZ A; 4C92 C; 4C92 A; 4M7A C; 2ZGW A; 4RCB A; 5I21 A; 1B34 A; 3FB9 A; 5LJ3 g; 2RA2 A; 1YCY A; 2FB7 A; 3HFN A; 4OP0 A; 5GMK h; 2DZC A; 5GAN e; 2HNI A; 4M75 E; 4A53 A; 4EMK A; 3JCM d; 5GAN g; 4M78 F; 3V8K A; 1Y96 B; 4M75 B; 4PJO G; 2FYK A; 3V7R A; 1D3B B; 4XTY A; 4XU0 A; 1JBM A; 5GAN 5; 1JRI A; 5LJ5 e; 4PJO A; 4M77 C; 4JUV A; 1BIB A; 3RIR A; 5LJ5 g; 3JCM b; 3JCM c; 1LOJ A; 4C8Q B; 3BW1 A; 3RKW A; 4HT9 A; 2RB6 A; 1BIA A; 1N9R A; 3VU3 C; 2I2L A; 5GAN f; 3QUI A; 4M77 G; 5GAO m; 4M7D C; 2K57 A; 4M77 A; 5GAM e; 3AHU A; 2CGH A; 5LJ5 f; 5GAN h; 4C8Q F; 5GAO l; 1WPY A; 2DJZ A; 4J6Y A; 3RER A; 5LJ3 e; 1MGQ A; 1N9S A; 1I8F A; 3JB9 F; 4PJO D; 2VXF A; 4M7A E; 3JB9 H; 3RUX A; 5LJ5 h; 4J6W A; 2Y90 A; 4C92 B; 4F7U E; 4M7A B; 2EJ9 A; 4EMK C; 5CAI A; 4M7A A; 4XU3 A; 1LJO A; 3JCM V; 4HA8 A; 4X9D A; 4F7U B; 5GAM f; 1M5Q 1; 2QTX A; 2DXT A; 2EWN A; 4JRK A; 4XQ3 A; 1WNL A; 3FJP A; 4M77 D; 1I81 A; 4M78 G; 4PNO A; 4C8Q E; 5LJ3 f; 2DKG A; 4M78 A; 4XU1 A; 4QVC A; 2DZ9 A; 5GAM h; 4M75 D; 4C92 F; 2DTH A; 4J6X A; 4M7A F; 3EFS A; 5GAN 6; 1TH7 A; 4JRI A; 4F7U F; 3M4G A; 1H64 1; 5LJ3 h; 4MMK A; 5GMK l; 1U1T A; 3JCM e; 4XTV A; 3V8L A; 3SWN A; 4M7D E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AT1 B; 1OUL A; 1T0H A; 1NLP C; 1FMV A; 3PFS A; 1RAI B; 4R55 A; 2RMO A; 5GAN 7; 5GAO n; 2E1H A; 4E7S A; 5C0M A; 5D6X A; 3EGD A; 3JCM f; 3BDL A; 2SEM A; 1VQ4 Q; 4FU6 A; 2ZPF B; 1VQK Q; 3PTA A; 3VYH B; 3MEV A; 4DBQ A; 1VQN A; 2CKK A; 3LYI A; 4PFZ A; 2DAQ A; 1VQ4 T; 3H41 A; 4BI8 B; 2RJE A; 1WXU A; 4FW2 A; 4C8Q C; 2E64 A; 4KH1 B; 3EG2 A; 2OTJ T; 1BK2 A; 3PIP A; 5FWB A; 5IAY A; 3NPF A; 3UF4 A; 3V8J A; 2GGR A; 4RMO A; 1Q82 R; 3SB2 A; 3E2U A; 2V26 A; 2GQV A; 3M0U A; 2LC4 A; 3H9N A; 3M59 A; 3H6Z A; 1X69 A; 3GNF B; 2M02 A; 4M75 B; 8AT1 B; 1KJW A; 4OMO A; 1EZZ B; 2EYW A; 2QDY B; 2RHX A; 4PFO A; 1SSF A; 4LUD A; 3UAT A; 2KK4 A; 5CIU A; 1VQ9 A; 1NJI U; 2EKO A; 2X3X D; 3A98 A; 5KE3 A; 5GAM e; 1WGS A; 2QQA A; 5GAN h; 4C8Q F; 1WPY A; 1G3T A; 3EGX A; 4D6W A; 3OYL A; 5A2Q E; 3VS5 A; 3OSS C; 5LJ5 h; 3DKM A; 3UT1 A; 3GOX A; 1WNL A; 2O4X A; 2RHY A; 1AHJ B; 3WXM B; 3PT9 A; 3TU4 K; 3T9N A; 5ECA A; 3G1J A; 3TCJ A; 4LE9 A; 3CC7 T; 4MMK A; 2CZ0 B; 5IHN A; 2GTO A; 5CKE A; 2NUT B; 1ZA1 B; 4QKU A; 1VQ8 A; 2DF6 A; 3UDC A; 1BI2 A; 2XDB A; 4C8Q G; 4M78 D; 2O2O A; 5KCH A; 2BZY A; 2JOY A; 1D0Y A; 1DJ7 B; 2B86 A; 4LDY A; 8ATC B; 5AT1 B; 4N0A A; 2J06 A; 3VS4 A; 2HMA A; 1UEB A; 4KUD K; 2XDP A; 3P8H A; 4C0D B; 1PNJ A; 2LP5 A; 2HAX A; 1NJI C; 4ME7 A; 4Y91 A; 2EQM A; 4QVD A; 3EG3 A; 3RKX A; 2DET A; 1WHJ A; 2ZAE A; 2QYZ A; 5GAM j; 4A4H A; 1M8V A; 3G6E T; 4C8Q A; 3NHN A; 1KFZ A; 1MMD A; 1K1Z A; 2MI6 A; 4RCC A; 3OW2 A; 2DFU A; 3BDU A; 4JJD A; 1VQ7 T; 3JB9 G; 4J9H A; 2Y4Y A; 2FG0 A; 3NFC A; 4DOW A; 2RQR A; 3VUB A; 3BY7 A; 4BDZ A; 1RUW A; 6AT1 B; 4E47 A; 1RAE B; 1BI3 A; 4M75 E; 5KYW B; 3OMC A; 1MHN A; 2P0K A; 3QDF A; 4B9W A; 1W6X A; 2W0Z A; 4HT9 A; 1C1A A; 2MYS A; 1WJS A; 3GPL A; 1SSH A; 3H8Z A; 3MP8 A; 4LDX A; 2AKK A; 3BE3 A; 1VOM A; 4JZ4 A; 1QP3 A; 3SD4 A; 2ATC B; 2J6F A; 2IIM A; 4O6J A; 3EG9 B; 4C92 B; 4J9D A; 4PJJ A; 3CCU A; 2ZPG B; 4F7U B; 1KIK A; 1E6G A; 2GF7 A; 3E19 A; 1NZ9 A; 2K5I A; 4C0D C; 4EDU A; 4Z89 A; 2E5Q A; 2YUN A; 5GAN 6; 2RPN A; 1Q82 U; 4DEY A; 1PSE A; 1VQP Q; 5GMK l; 3VRZ A; 2X4J A; 4M75 G; 2A37 A; 1IRE B; 2VAS A; 5D7U A; 5I2M A; 3CME T; 5KE2 A; 4LD9 K; 1TG0 A; 2O31 A; 3INZ A; 1WHL A; 1ZSZ B; 2LQN A; 4Z88 A; 3JCM h; 2CH4 A; 3WVE B; 2HBP A; 3CC4 A; 4V2S A; 1EIF A; 1M2O A; 1X6G A; 2K5F A; 2RHZ A; 3UPU A; 2E3I A; 2I0N A; 1KQS S; 2COW A; 4M7A A; 1UGV A; 2D0Q B; 3CCS Q; 2QDL A; 1BKB A; 2Y4X A; 2RI3 A; 4A4G A; 3OYD A; 2X9H A; 1GCP A; 4J9F A; 1YIJ Q; 2WSC E; 3QSU A; 1K73 U; 4QW2 A; 2CZ7 B; 2QA4 Q; 1FMK A; 3A8O B; 3G71 T; 1FMW A; 4NL2 A; 1JXO A; 1Q82 C; 4FYY B; 4C92 C; 2LNV A; 2JXB A; 3OYM A; 3QYG B; 5CKB A; 2IG0 A; 1T0J A; 5LJ3 g; 1LVK A; 4A53 A; 4ZNX A; 4EMK A; 4FIB A; 4C5I A; 2KXD A; 1CSK A; 1RAC B; 1OI1 A; 3CCL A; 2G3R A; 3CCJ A; 2EVR A; 4FM4 B; 1NM7 A; 3URG A; 3GP8 A; 4M77 A; 3SFM A; 3EG0 A; 4F17 A; 2CGH A; 5IXF A; 3CMA Q; 2XU8 A; 4IUV A; 2IVW A; 5IHK A; 1UGQ B; 3GF5 A; 1UE9 A; 2HSE B; 4OMM A; 4PLL A; 4J6W A; 1Q81 R; 2V8J A; 4F7U E; 2D8H A; 1K0S A; 1LJO A; 3MPU B; 1IHV A; 1VYU A; 4DOV A; 1SRL A; 1UHF A; 4XQ3 A; 1K73 C; 2C06 A; 1W1F A; 4C92 F; 1ZLM A; 1NPP A; 2OTL A; 4F7U F; 1ZSG A; 1ZUU A; 2AHJ B; 1PKT A; 4A4K A; 2A28 A; 3M9Q A; 1Y7X A; 2LNH B; 1UJ0 A; 3CCE A; 3G4S A; 1YHQ Q; 1IXD A; 2JZ2 A; 2CUB A; 4MDX A; 2L3S A; 1UHC A; 5DLQ E; 2DXB A; 3PMI A; 2JM8 A; 2K3X A; 2MOX A; 4PJL A; 2DTI A; 4ZN1 A; 3CC2 A; 1YHQ T; 2DRK A; 5FU7 C; 1K8A U; 3CCR Q; 4CRI A; 1WHK A; 1X75 C; 4C8Q D; 2VUB A; 4F7U G; 1SEM A; 2P84 A; 3REB B; 3TRE A; 1PG5 B; 2CS7 A; 1SG5 A; 2KDS A; 3EFO A; 3CCM T; 3QKJ A; 4MML A; 2DK3 A; 2YUO A; 4UC4 A; 1OU9 A; 2PVD B; 1QVP A; 1VQ6 T; 2VYT A; 2DO3 A; 2KQW A; 4PJM A; 4HCZ A; 2X4Y A; 3VRY A; 4C92 A; 2XDD A; 1Q86 U; 3M0P A; 1RI9 A; 1S72 A; 2V1Q A; 2DL4 A; 5D6Y A; 2HNI A; 3MET A; 3U23 A; 2BZ8 A; 4CC4 B; 1JJ2 P; 1OX8 A; 1M2V A; 2RH2 A; 3GLX A; 3CCQ T; 2EBP A; 3M5A A; 5J26 A; 2KGT A; 1WIE A; 2NWM A; 3VU3 C; 3EGD B; 1M27 C; 1VQ5 T; 2DL3 A; 1K8A C; 3SDZ A; 3I55 Q; 3PNW C; 1QLY A; 5CVI A; 1OX9 A; 3OYF A; 2EPD A; 4BE1 A; 2ROL A; 2A36 A; 3TVT A; 4DBH A; 1C0M A; 2RJC A; 3C12 A; 3OY9 A; 3HTR A; 5LL6 S; 1SKU B; 3OQ5 A; 4KUL A; 1QP2 A; 1RL2 A; 2DEU A; 2DIQ A; 4IUQ A; 2DZ9 A; 4BE0 A; 3OBW A; 4J6X A; 2MF2 A; 4JRI A; 3EH1 A; 4XTV A; 2K5L A; 1RAF B; 5FRO A; 1Q86 C; 4XAX B; 1NEG A; 4DA4 A; 3I56 T; 3L2V A; 1YCS B; 3BFM A; 3N5B B; 3CD6 A; 4M7A D; 2LZ6 B; 1JO8 A; 5DY9 A; 3PIO A; 1OQK A; 5GAO r; 4BB7 A; 3A8M B; 1KD1 U; 3HRT A; 2CRE A; 1YJ9 Q; 2D9T A; 1PCX A; 1H3H A; 1TS9 A; 1ABQ A; 2DA9 A; 3OYB A; 2JM9 A; 4C0G A; 4RTZ A; 2ECZ A; 5GMK e; 2D1X A; 2F69 A; 1CKB A; 1YJN Q; 5KH6 A; 1WZO A; 3FC3 A; 2FZK B; 4M7D A; 2E41 A; 2CZ1 B; 4C0F A; 3QHS A; 2E10 A; 4XTU A; 4XTZ A; 2QTV A; 4E7K A; 1B34 A; 2ED0 A; 3VV0 A; 4C5G A; 2LDM A; 1N8R R; 2HQX A; 1HD3 A; 1PD1 A; 2AZS A; 4A63 B; 2FYK A; 2C0O A; 1JBM A; 1YJW Q; 3QPH A; 2DD4 A; 4IKF A; 5HKC A; 2E6N A; 3O5Z A; 1KD1 C; 1Q7Y R; 2NUP A; 4F04 B; 2ZZD A; 2JS0 A; 4ANJ A; 2DYB A; 3JCM V; 2J05 A; 2KAF A; 1QWF A; 3EG1 A; 4JRK A; 2RHI A; 3QZ9 B; 3CCV T; 1BCM A; 4LDU A; 3DLM A; 2QEX Q; 2ZPI B; 3A8L B; 3RBB B; 4OVA A; 2PU9 B; 4JS4 A; 3C95 A; 2VXE A; 1VQ4 A; 2QGG A; 2JW4 A; 1YIT Q; 3NGP A; 3QII A; 5L23 A; 1N5Z A; 1GBQ A; 1QVF P; 2BKD N; 2EGC A; 2OTJ A; 1BYM A; 2OAU A; 5J3B A; 3QO3 A; 4FT4 A; 2E70 A; 1PHT A; 5EG2 A; 3HFO A; 1IZ6 A; 1VQO T; 2DBM A; 4QT7 A; 1W2B A; 2EJG A; 4ZN3 A; 4WF2 A; 4ZTF A; 1VQL Q; 2YHT A; 4HT8 A; 3QXE B; 1NYF A; 3GNG A; 4X9C A; 2RI5 A; 4BI3 A; 4CC3 A; 3MP6 A; 2JTE A; 3M57 A; 1EFN A; 1M1G A; 3V7S A; 3PGG A; 1U06 A; 1F1B B; 1U3O A; 4C92 D; 4YTL A; 3KUF A; 5GAN 3; 4N0A C; 1QQJ A; 3CPF A; 1RAH B; 1WQ7 A; 1YI2 Q; 5I21 A; 1ZUK A; 3HFN A; 2CP5 A; 1XOV A; 1K0X A; 1VQK T; 1TU0 B; 2ABL A; 2EYZ A; 5CR2 A; 4XU0 A; 3OB9 A; 1QW1 A; 3RIR A; 1AZE A; 1NG2 A; 3CC7 A; 1W70 A; 2XMF A; 3OS5 A; 2K57 A; 1RAD B; 2F5T X; 2CP3 A; 2E6Z A; 4K11 A; 1H92 A; 1CKA A; 1OEB A; 2Y90 A; 1X6O A; 4M7A B; 3MKD A; 4PK4 A; 3CQT A; 4C8Q E; 2KRN A; 4XU1 A; 1YN8 A; 2EGA A; 3M56 A; 1M8M A; 4KGV B; 1WXT A; 2PUO B; 3OYE A; 4CC2 A; 5J39 A; 2XKO C; 4ATO A; 1N8R U; 3G6E A; 2AIR B; 2O9S A; 4XTX A; 1M4Z A; 4OB1 B; 1VQN Q; 4HKE A; 4BY6 B; 2EQK A; 1U8R A; 5KCO A; 2DXC A; 4EMK B; 1VQ7 A; 4DQ2 A; 4RTY A; 5GMK m; 3OBY A; 1ZBX A; 5I2S A; 4EPC A; 4RG2 A; 1Q7Y U; 2F1L A; 2E65 A; 3HHT B; 4M77 B; 2IPO B; 2QQR A; 1VQM A; 5GAM d; 3I5R A; 1Y0M A; 4M7D D; 4J8O A; 2ESW A; 3JB9 J; 4LD6 A; 2FZC B; 4FSS A; 2VKN A; 1PKS A; 2ZPB B; 5CK9 A; 1UTI A; 4QVZ A; 1EX4 A; 1UFF A; 4M7A C; 2CZ6 B; 4IIM A; 2KEA A; 2L8D A; 1JJ2 S; 1JJ2 A; 5FWC A; 1N8R C; 2LTO A; 4XTY A; 5KYN A; 4JUV A; 3RKW A; 2NLU A; 5FU6 B; 4LDV A; 2RI2 A; 1D0X A; 4LNP A; 1D1C A; 4A4E A; 1Q7Y C; 2PVG B; 5LJ3 e; 1M30 A; 4OML A; 2K79 A; 2L3P A; 4BY6 C; 3J7A F; 4M7A E; 3CME A; 1M90 R; 1WA7 A; 4OB0 B; 4EMK C; 2EJ9 A; 3OYY A; 4CI0 C; 5GAM f; 4Z02 A; 5AYF A; 2EWN A; 3Q1J A; 1VQ8 Q; 3EFO B; 2L3Q A; 4FCY A; 2HL5 C; 2XHC A; 2D8J A; 4M7A F; 2A0F B; 2JT4 A; 3OYA A; 4JLG A; 4M77 C; 2QI2 A; 4J5Y A; 3JCM X; 2M0Y A; 2GCX A; 3X20 B; 2DM1 A; 2MMP A; 1X2Q A; 2PQW A; 5I22 A; 2R5A A; 2EIF A; 4AMC A; 1FYN A; 2P0Q A; 2HCK A; 1A0N B; 1SPK A; 2F2W A; 3D7S B; 3G71 A; 3JCM Q; 3DLL A; 1U1S A; 1YFN A; 1M2V B; 4M7A G; 2CSQ A; 1RLQ C; 1I07 A; 4M77 E; 4X1V A; 4D8K A; 4PL6 A; 5LJ3 j; 2YSQ A; 4R56 A; 5FU6 C; 1VQP T; 2HQE A; 3LH5 A; 3C94 A; 2BUD A; 4CC7 A; 4M77 F; 1KG1 A; 4JJN K; 4ELZ C; 4IUU A; 2PNI A; 1J3T A; 1HSQ A; 3HPW A; 1XJW B; 1R8O B; 4ELY C; 1KQS A; 3FEO A; 3CPW P; 4JS5 A; 2AKL A; 1GBR A; 3VS6 A; 2LJ1 A; 2P0P A; 1TXQ A; 2FVU A; 4Y92 A; 5IHI A; 1IB8 A; 1KC8 R; 2JVV A; 1H3Z A; 1FWZ A; 1BIB A; 3JCM b; 5I11 A; 1RAA B; 1AVZ C; 2H8H A; 1QMC A; 2RB6 A; 5DM7 R; 3CCS T; 1V76 A; 3QJ6 A; 5KYU B; 1SF9 A; 1YNZ A; 2X35 A; 4M77 G; 1UGS B; 4F16 A; 3CCU Q; 2RK2 A; 2DVJ A; 3JRZ A; 2KVQ G; 1YIJ T; 4BUG A; 1QVG P; 5FU7 B; 3HRS A; 2DPP B; 3X26 B; 4ZTJ A; 2VWF A; 2QTX A; 2QA4 T; 3TSZ A; 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