The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
9
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| structure length |
75
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| sequence length |
83
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| chains with identical sequence |
p
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N9S A; 4PJO C; 4M75 A; 2DTI A; 3JCM P; 4M7A A; 4M77 B; 3JCM b; 1YCY A; 2DZC A; 4M78 B; 1MGQ A; 3V8L A; 5GAM h; 4M7D F; 5GAN d; 4JLI A; 4PNO A; 4HA8 A; 3JCM V; 3AHU A; 1KQ1 A; 4M77 A; 3JCM c; 4C8Q B; 5GAN f; 4M7A E; 4M78 A; 2E65 A; 3FIF A; 4J5Y A; 1LJO A; 4PJO F; 3SB2 A; 4PJO E; 5LJ3 e; 3QUI A; 5GAO p; 2RM4 A; 3BDU A; 3PGG A; 2EJ9 A; 4C8Q A; 2DXU A; 4M77 E; 1WQ7 A; 4M7D B; 2VXE A; 1WPY A; 4WF2 A; 4F7U A; 2DKG A; 4XQ3 A; 5GAN 6; 3JCM X; 5GAM g; 3JCM h; 5LJ5 f; 5GAN j; 3M4G A; 3HFO A; 2VC8 A; 4EMH A; 3V7S A; 5GAN 5; 4MML A; 4A53 A; 4X9D A; 3INZ A; 4M7D A; 4F7U E; 3VU3 C; 3RER A; 4PJO B; 3RUX A; 3SWN A; 3JB9 F; 5GAO q; 2DXT A; 2K57 A; 1Y96 A; 3RKX A; 1B34 A; 2CGH A; 2DTH A; 4J6W A; 4NOY A; 5LJ5 g; 5LJ5 j; 5GAM d; 4M7D E; 4PJO A; 3L1A A; 4X9C A; 1M5Q 1; 3JCM g; 2E10 A; 5GAM f; 1HK9 A; 3JB9 H; 2HNI A; 2DJZ A; 5LJ3 h; 1JBM A; 1WNL A; 1X01 A; 2E64 A; 4DQ2 A; 4EMK C; 4F7U B; 3JCM Q; 3RES A; 5GAO l; 1M8V A; 4M75 G; 4XU1 A; 4MMK A; 3L2Z A; 4M7A G; 4C92 G; 4NL2 A; 5LJ5 d; 2DZ9 A; 5GAM j; 4XU0 A; 5GAN 4; 3JCM d; 5DY9 A; 4J6X A; 3SWN B; 3RIR A; 4A54 A; 5GMK i; 4C92 C; 5GAO n; 3JB9 J; 4V2S A; 2RD1 A; 4N0A C; 3JCM f; 4M77 G; 1Y96 B; 5GMK h; 1B34 B; 4M78 G; 3BW1 A; 5LJ3 g; 5GAO r; 2I2L A; 5GAN 2; 4M75 D; 3EFR A; 4XTZ A; 5GMK e; 3QSU A; 1U1T A; 4M7A D; 4C92 D; 2E41 A; 2YLB A; 4C8Q G; 2VXF A; 5GMK l; 5GAN 7; 2YHT A; 4EMG A; 5GAN e; 1JRI A; 4C92 F; 3JB9 I; 5GAN 8; 3FJP A; 2EAY A; 1I5L A; 4M77 D; 4QVC A; 2FYK A; 4M78 D; 5LJ3 d; 3JCM W; 1HXD A; 4M7D G; 5I21 A; 3BY7 A; 3GIB A; 4XTY A; 5LJ3 f; 1N9R A; 4C8Q D; 1D3B A; 4EMK A; 2DTO A; 4XU2 A; 5CAI A; 5GMK m; 3V8J A; 3HSB A; 3HFN A; 4PJO G; 5GAN 3; 3JCM J; 4C8Q F; 1KQ2 A; 1WQW A; 4M75 C; 1I81 A; 4M7A C; 4XU3 A; 1I8F A; 1BIA A; 4M7D D; 3RKY A; 5LJ3 j; 3QO3 A; 3RKW A; 2RA2 A; 4J6Y A; 4C92 A; 2JN0 A; 4N0A A; 4Y91 A; 5GAO m; 1H64 1; 2ZGW A; 2E1H A; 3QHS A; 1LOJ A; 4M77 C; 4XTX A; 5GAN h; 1TH7 A; 4M78 C; 5GAM e; 4M75 E; 2DEQ A; 2EJG A; 4OP0 A; 2EWN A; 4M75 F; 1U1S A; 4PJO D; 2EJF A; 4C92 E; 2DVE A; 4F7U G; 3FB9 A; 4M7A F; 4RCC A; 3V7R A; 3JB9 G; 4XTU A; 2Y90 A; 4C8Q C; 4XTW A; 1D3B B; 4JRI A; 4EMK B; 5GMK j; 4NL3 A; 4JRK A; 3V8K A; 4M77 F; 4M78 E; 5LJ5 h; 1I4K 1; 2QTX A; 4JUV A; 3BFM A; 4M78 F; 4QVD A; 2FB7 A; 3EFS A; 3V7C A; 5LJ5 e; 4HT8 A; 4M7D C; 5GAN g; 1BIB A; 4M75 B; 2RB6 A; 4HT9 A; 3JCM e; 4M7A B; 4RCB A; 3SWN C; 4C8Q E; 4C92 B; 3JB9 D; 4XTV A; 1LNX A; 2YLC A; 4F7U F; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KRS A; 2OTJ A; 4M75 A; 3VYG A; 4M77 B; 5CVI A; 4E7L A; 4PNO A; 1TG0 A; 5GJW B; 1ZQ1 A; 3L2V A; 1GBR A; 2FRW A; 4EIK A; 5CKE A; 1M1G A; 4HVV A; 4ELY C; 3OQ5 A; 5GAM g; 4HVU A; 1ZSZ B; 3M4G A; 2LCS A; 4PJO B; 4HKE A; 4J7F A; 1YIT Q; 1MV3 A; 2X4Y A; 2EYZ A; 3H6Z A; 3QXE B; 1YIT A; 4M7D E; 1QQJ A; 2GTO A; 1M90 R; 4X9C A; 1VQP Q; 2ROT A; 2RPN A; 2C06 A; 1VQP A; 1G2B A; 3JCM Q; 2VB6 A; 4IUU A; 1NPR A; 4NL2 A; 4N4I A; 4IUT A; 1WYX A; 1Y71 A; 1B7T A; 4N0A C; 4E7H A; 2DIG A; 1QVF P; 1OU9 A; 2LJ0 A; 2QTV A; 2P0K A; 2J7I A; 1MMD A; 3L2R A; 1JJ2 S; 2RHU A; 2DRM A; 1TTH B; 4C0D C; 2EAY A; 2HSP A; 4M78 D; 3HRS A; 3S6W A; 4XTY A; 1YHQ Q; 4C8Q D; 1D3B A; 3OMC A; 1T3S A; 1YHQ A; 2P84 A; 1YJN T; 2YT6 A; 3OMG A; 1FX7 A; 1I81 A; 2XDB A; 1K1Z A; 2OAW A; 4NS5 A; 3RKW A; 4J6Y A; 3CD6 T; 4OMQ A; 2DFU A; 3MET A; 1PC0 A; 3DB3 A; 1AHJ B; 2X3W D; 4PFP A; 4GLM A; 2Y4Y A; 1KJW A; 3RNJ A; 2L3Q A; 5LL6 S; 3MHX A; 3SWN C; 1RI9 A; 4BI4 A; 3N5B B; 3KBG A; 3X20 B; 1JQQ A; 3G1J A; 2RQR A; 2KYB A; 4M7D F; 3UDC A; 2D8H A; 2V8K A; 3EG9 B; 1RAB B; 2L3P A; 4M77 A; 3FIF A; 3VV0 A; 2P0Q A; 1IGU A; 4Z02 A; 5GAO p; 3C0C A; 3M56 A; 2HEQ A; 5I2S A; 3A8M B; 2NUP B; 4OB3 B; 2LJ1 A; 2VC8 A; 4EMH A; 3OYN A; 2RJF A; 1TOV A; 1ZSZ A; 4AFU C; 1B3Q A; 1XJW B; 1XOV A; 3H0H A; 3RKX A; 4PJO A; 2LQW A; 5GAM d; 3L1A A; 3JCM g; 3M53 A; 4E6R A; 3CMA Q; 5KYU A; 5KE3 A; 2CYZ B; 2FPE A; 2HZY A; 2LT4 A; 2XDP A; 2CZ0 B; 3CBP A; 3NPF A; 1BI3 A; 2F5K A; 4J6X A; 2DAQ A; 4AFS C; 2DK3 A; 4FT2 A; 1QW1 A; 2F5T X; 5KE2 A; 1SF9 A; 4C92 D; 3MCA B; 1WHJ A; 4LE9 A; 5GAN e; 1MHN A; 3EG1 A; 2LC4 A; 3JSC A; 2DA9 A; 1YJ9 T; 1QKW A; 3G7Z A; 1GXI E; 2OI3 A; 4E7J A; 3HFN A; 2YXY A; 3CPW P; 2CP6 A; 4XU3 A; 4BE1 A; 4A4F A; 2QAZ A; 2RA2 A; 3MP1 A; 2RK2 A; 1LPL A; 4M78 C; 3FJ5 A; 5DLO A; 1PG5 B; 4Q5W A; 4JJN K; 4C8Q C; 1RLP C; 5HK0 A; 1NJI R; 3FRN A; 4OML A; 4EPC A; 3BFM A; 2EQM A; 2FL7 A; 2H3E B; 3AT1 B; 3V7C A; 3CME T; 1FMV A; 4M7A B; 5CKH A; 2OTL T; 2ATC B; 1N9S A; 4L6V 5; 3CCR T; 3A8O B; 1GCP A; 3CCM Q; 2DM1 A; 4DBQ A; 3PMT A; 4AG1 C; 2L3R A; 3MEA A; 1NLO C; 1M27 C; 2E5K A; 2R58 A; 3I56 Q; 4E7I A; 2JJ9 A; 3M59 A; 2XDD A; 1WZO A; 2EYY A; 3I56 A; 5A0D A; 3EG9 A; 1A0N B; 2CP3 A; 2FRY A; 1PCX A; 2M16 A; 4OB2 B; 1OU8 A; 3JAM E; 4F7U A; 1EZZ B; 3S3M A; 1RLQ C; 4QVZ A; 3VRY A; 2BZX A; 3VU3 C; 2DYB A; 2NUP A; 4ANJ A; 3J81 E; 2DXT A; 1VOM A; 3CCQ Q; 2G6F X; 1H3Z A; 3CCQ A; 1HK9 A; 3LYI A; 3OA6 A; 4CC4 B; 2EKO A; 2LNV A; 4VUB A; 4IUQ A; 5GAN 4; 3JCM d; 1Y07 A; 4V2S A; 1YIT T; 2ECZ A; 3BW1 A; 2JS2 A; 4RTZ A; 4LNP A; 1K76 A; 1IO6 A; 2ABL A; 4PJL A; 4EMG A; 3JB9 I; 5CKF A; 2LZ6 B; 4AT1 B; 2MMP A; 3GPL A; 2FHD A; 4F04 B; 2L8D A; 2JS0 A; 2X3X D; 3VJP A; 2VGM A; 3CC2 Q; 2J6F A; 4RG8 A; 4C0F A; 1WJQ A; 1ZUY A; 3WXM B; 4B9W A; 2E1H A; 4RTW A; 1VIE A; 1PWT A; 4JDS A; 3DLL A; 1UHC A; 3TSW A; 2E4H A; 1N8R U; 1OV3 A; 2EWN A; 4M75 F; 1M2V A; 1SEM A; 4A4K A; 4QQD A; 1YHQ T; 3LH5 A; 1MMA A; 1O9S A; 4PLI A; 1I4K 1; 5IHI A; 3L2W A; 4HT8 A; 3CC4 Q; 2Y4X A; 4RCB A; 1JEG A; 2RQT A; 1SHF A; 3CCU A; 1AEY A; 3CC4 A; 3F70 A; 2DLP A; 3QDF A; 4M7A A; 3OBY A; 3QJ6 A; 3V8L A; 3H0I A; 2MCN A; 4JLI A; 1K8A U; 1ARK A; 3JCM V; 1WHG A; 1KD1 R; 3DLM A; 4JRP A; 3SB2 A; 1H3H A; 2FEI A; 2EBP A; 4M77 E; 2VXE A; 2H8H A; 5CQX A; 2NLU A; 5LJ5 f; 3ER0 A; 1IZ6 A; 3I5R A; 3HRU A; 1PD0 A; 5IHN A; 1LVK A; 4KUL A; 1AVZ C; 5DM7 R; 1CKB A; 2VYT A; 4PFZ A; 2MIO A; 2OX7 A; 5GAM f; 1X27 A; 5FU6 C; 1V29 B; 2B86 A; 1QKX A; 3VS6 A; 3L2Z A; 4OMM A; 5DY9 A; 2FG0 A; 3R6O A; 1SHG A; 5CKB A; 1B34 B; 3MEV A; 1YCS B; 1X69 A; 3HHT B; 3CMA T; 3FJP A; 4ZGD B; 2DER A; 1OZ2 A; 3IQL A; 1RAF B; 1VQ4 Q; 2QQ9 A; 3EGX B; 1R0C B; 1Y57 A; 2ZPF B; 5I21 A; 1VQ4 A; 3VKI A; 3DB4 A; 4FSS A; 1XTD A; 2BTT A; 4EMK A; 2DTO A; 2HQH A; 2J6O A; 2EIF A; 1T3L A; 1YJN Q; 2V1Q A; 1VA7 A; 2KQW A; 1NEG A; 4C92 A; 1E6H A; 1YJN A; 1S72 T; 2LMJ A; 5GAN h; 1TH7 A; 5CCA A; 3MJX A; 1K8A C; 4F7U G; 3PE0 A; 4MZP A; 4XTU A; 1M3B A; 1WXU A; 1TSF A; 1Q86 C; 3GLX A; 4Y28 E; 4M77 F; 2QTX A; 1UGV A; 2EQI A; 1YJW T; 1GCQ C; 3OYA A; 1J3T A; 3FEO A; 2DD5 A; 2P4T A; 2PU9 B; 1WHK A; 2PVO B; 1BI2 A; 1G3S A; 3A1P A; 2RF0 A; 3CCV Q; 5C6S A; 1UJ0 A; 4PJO F; 5LJ3 e; 3CCV A; 3OW2 S; 1PM3 A; 1VQK Q; 2NUT B; 3E2U A; 1WPY A; 6AT1 B; 1VQK A; 2MWO A; 4A53 A; 3CCM T; 3QYG B; 4F7U E; 2EFI A; 4J9C A; 2KDS A; 3RR6 A; 1M90 C; 3I56 T; 1M5Q 1; 2QA4 T; 1IXD A; 1XQH A; 1E6G A; 2JZ2 A; 1V1C A; 2AKL A; 4DQ2 A; 1RUW A; 1NG2 A; 1BBZ A; 2D0N A; 2YRD A; 2CZ1 B; 2XD0 A; 3PMI A; 3JCM f; 1D0Z A; 2KRO A; 4M78 G; 2DET A; 2ENM A; 3CCQ T; 1I1J A; 1QWF A; 4HCZ A; 3P8H A; 2DYI A; 1XNI A; 4C8Q G; 1TU0 B; 1PSE A; 2ZPI B; 5GAN 7; 2EKH A; 2NYS A; 2HSE B; 2KYM A; 2LNH B; 2O01 E; 4BUG A; 2OJ2 A; 2KY9 A; 1NYG A; 5FW9 A; 3KFV A; 2R57 A; 4CC2 A; 1YJ9 A; 1KK7 A; 3NMZ C; 2RI3 A; 3FDR A; 4J7I A; 4R55 A; 3WVD B; 2O4X A; 4Y91 A; 3M55 A; 2L3S A; 4A63 B; 4XTX A; 2CS7 A; 1KC8 R; 4OP0 A; 1VYV A; 1AOJ A; 1TXQ A; 2LQ8 A; 4LUD A; 1YI2 Q; 2DXB A; 1Z9Q A; 1D3B B; 2KSS A; 1OZ3 A; 1YI2 A; 3SDZ A; 3GNF B; 2DL5 A; 4M78 E; 2BIV A; 2JOY A; 4PKC C; 3EFO A; 5HK3 A; 3CC2 T; 2ED0 A; 2K4Y A; 2LQK A; 2CT4 A; 4C8Q E; 2K3X A; 4F7U F; 4J9E A; 4RTV A; 5M9O A; 3CME A; 4C0G A; 2DZC A; 2X9H A; 1K9A A; 2R5M A; 2HD0 A; 2XID A; 4O6J A; 1G8X A; 3CCR A; 2RHI A; 4M7A E; 1NJI U; 3C12 A; 3EHR A; 3GOX A; 2V26 A; 3CXC S; 3CCS Q; 3WVE B; 4FU6 A; 3CC4 T; 1G3T A; 4XQ3 A; 3CCS A; 1WHL A; 3CC7 Q; 3NFC A; 1Q81 R; 5GAN j; 1EFN A; 1JO8 A; 2FPF A; 2NUT A; 3X25 B; 3CC7 A; 1U8R A; 1VQN T; 4F16 A; 3M0R A; 2EQU A; 3JB9 F; 4FW2 A; 5KH6 A; 1Q82 R; 3ME9 A; 1M4Z A; 4J6W A; 5A2Q E; 5LJ5 g; 2W10 A; 3UA7 A; 1B07 A; 1K9M R; 5J3B A; 2E64 A; 3A98 A; 2GTJ A; 2L2P A; 2XK0 A; 2RQU A; 3PIO A; 4C92 G; 2CKK A; 2C0I A; 1YBY A; 2K3B A; 1PNJ A; 3UA6 A; 2RD1 A; 2L89 A; 1M3C A; 2M0O A; 2K79 A; 2AHJ B; 2HL5 C; 1D1B A; 1UGS B; 4C0Z A; 4C5G A; 3PVL A; 5KYU B; 3C4S A; 1W2B A; 2GGR A; 4QT7 A; 1BCO A; 5GAN 8; 1OI1 A; 4KUD K; 1RAA B; 2COW A; 4ZTJ A; 3TEE A; 2P0P A; 3RDV A; 2CRE A; 4C8Q F; 1UB4 A; 3RKY A; 2ZCF B; 4R0K A; 2EQK A; 2LDM A; 1ZHI A; 3QHS A; 1AWX A; 1UUE A; 1X6B A; 4J8O A; 1MV0 B; 2EYW A; 4AG2 C; 4C0D B; 1VQ4 T; 2EJF A; 4C92 E; 4M7A F; 4RCC A; 1NJI C; 2Y90 A; 3RMS A; 4KH1 B; 5FU7 C; 2JMC A; 1D1A A; 1OPK A; 2J05 A; 2F2X A; 2DD4 A; 2FZG B; 5CK9 A; 2QQR A; 1C1A A; 4J9F A; 3QDR B; 1AT1 B; 2IVW A; 2HKQ B; 3AHU A; 1MUZ A; 1Y7X A; 5CIU A; 1NBE B; 2EJ9 A; 3JRZ A; 4WF2 A; 5GAN 6; 2XMF A; 1WX6 A; 1FMK A; 5HY6 A; 3RER A; 4II1 A; 3OYY A; 1KD1 U; 3CCV T; 1DJ7 B; 1UHF A; 3ZBD A; 1UGR B; 2EVR A; 4C5I A; 5LJ3 h; 2DX1 A; 4F7U B; 2KT1 A; 1VQK T; 2LT1 A; 3A5Z B; 5GAO l; 1TS9 A; 5LJ5 d; 1VQL T; 1RAE B; 4BB7 A; 1K73 R; 2VAS A; 2RH2 A; 3VRZ A; 1MND A; 3PNW C; 3E1S A; 1PRM C; 2GCX A; 3QSU A; 2E3I A; 2KAF A; 4A4G A; 1JRI A; 4C92 F; 4KH0 B; 4XAX B; 1V76 A; 1NEB A; 3OYG A; 3OYM A; 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