The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
69
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
r
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B34 A; 2DKG A; 4XU1 A; 2VXF A; 4M7A D; 1WPY A; 2DTO A; 1D3B A; 4JLI A; 3FJP A; 2EAY A; 5GAM j; 4C92 B; 4XTZ A; 4M75 A; 4EMK A; 2RA2 A; 3VU3 C; 4M78 E; 2EWN A; 2QTX A; 2DVE A; 4M78 C; 3JCM e; 4HT8 A; 4M7D C; 5GMK h; 4F7U E; 5LJ3 e; 4PJO B; 2DXU A; 4OP0 A; 2E10 A; 4C8Q E; 5CAI A; 5GAM h; 5GAO m; 4J6X A; 4M77 C; 4A54 A; 4M75 F; 2I2L A; 5GAN 2; 1KQ2 A; 3RES A; 3JCM d; 3V8J A; 5LJ3 d; 4M7A C; 4M7D B; 5GMK e; 5GAN 4; 4XU0 A; 4C8Q D; 5GMK m; 4C92 A; 5LJ5 g; 5GAN g; 4HT9 A; 4XTY A; 2DJZ A; 4X9C A; 5GAM e; 1LJO A; 3BY7 A; 4M77 F; 3JCM Q; 4M77 B; 4C8Q G; 3BW1 A; 4QVD A; 4PJO A; 3FIF A; 3PGG A; 5GMK j; 1BIB A; 4M7A F; 4M7A B; 2DZC A; 3JCM W; 4RCB A; 3SWN C; 3V8L A; 4C92 F; 2DTI A; 5GAM d; 3AHU A; 3RUX A; 1N9R A; 3JCM f; 5GAN 6; 2E41 A; 5LJ3 f; 3JB9 H; 4M7D A; 5GMK l; 3V8K A; 4PJO F; 3GIB A; 5GAN 3; 4N0A C; 1HXD A; 1U1S A; 4XTV A; 4C8Q C; 2EJF A; 5GAN 7; 1H64 1; 3QHS A; 4M77 A; 3RIR A; 3HSB A; 3JB9 D; 3RER A; 5GAN 5; 3FB9 A; 4J6Y A; 1U1T A; 1Y96 B; 3JCM J; 4M78 F; 4M7A A; 2E1H A; 4M78 B; 3EFS A; 3QSU A; 3V7S A; 5LJ5 h; 4PNO A; 3JB9 G; 4M7D F; 5GAN h; 4F7U B; 2VC8 A; 1LNX A; 4XU3 A; 5GAO r; 5GAM f; 3JCM g; 2E64 A; 2Y90 A; 4C8Q B; 1I5L A; 5LJ3 g; 1M8V A; 1MGQ A; 1LOJ A; 4M75 E; 4QVC A; 2RB6 A; 3QO3 A; 3V7R A; 5I21 A; 5LJ5 e; 3JCM b; 3QUI A; 3SB2 A; 5GAN e; 3JCM X; 1B34 B; 4EMH A; 1M5Q 1; 1Y96 A; 4NL3 A; 3HFN A; 4XU2 A; 4M78 A; 2RM4 A; 4N0A A; 5GAM g; 4F7U A; 1WNL A; 4M75 D; 2YHT A; 2EJ9 A; 4NOY A; 5LJ5 j; 3RKW A; 2FB7 A; 1YCY A; 4C8Q A; 5GAN j; 4HA8 A; 4WF2 A; 4M75 G; 3SWN B; 5GAN 8; 3JB9 J; 3EFR A; 4C92 E; 1WQ7 A; 2DXT A; 5GAO q; 2DEQ A; 4XTX A; 1KQ1 A; 4RCC A; 1WQW A; 5GAO n; 3JCM P; 1BIA A; 4F7U F; 4PJO E; 2ZGW A; 3V7C A; 4C8Q F; 4XQ3 A; 4M77 G; 1JBM A; 1TH7 A; 2CGH A; 1I8F A; 5DY9 A; 3M4G A; 4C92 D; 2YLB A; 4M7A G; 4XTU A; 2YLC A; 4M75 C; 3BDU A; 5LJ5 f; 4EMK C; 5GAN f; 5GAO l; 3JB9 I; 1N9S A; 4M7D E; 3JCM V; 1I4K 1; 4X9D A; 4C92 G; 4PJO D; 2DZ9 A; 3HFO A; 4JRK A; 3SWN A; 1HK9 A; 1I81 A; 3INZ A; 3L2Z A; 1X01 A; 3RKX A; 4PJO G; 3JCM c; 4DQ2 A; 4M77 E; 1D3B B; 2JN0 A; 3L1A A; 3BFM A; 2DTH A; 2EJG A; 4J6W A; 4JUV A; 2VXE A; 2K57 A; 4MMK A; 4MML A; 4M75 B; 4NL2 A; 4A53 A; 4EMK B; 4M78 D; 5LJ5 d; 5LJ3 j; 1JRI A; 5GMK i; 5GAN d; 4M7D D; 4M7A E; 3RKY A; 3JB9 F; 4J5Y A; 4M78 G; 2E65 A; 4C92 C; 4M7D G; 2RD1 A; 4JRI A; 4Y91 A; 4F7U G; 4M77 D; 4XTW A; 2HNI A; 5GAO p; 2FYK A; 3JCM h; 4V2S A; 4EMG A; 5LJ3 h; 4PJO C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RHI A; 4J9C A; 1U06 A; 2DA9 A; 1D0X A; 5EC7 A; 5LJ3 e; 2DXU A; 1RAC B; 1WZO A; 4JLG A; 4M77 C; 5FU6 B; 2QG9 B; 4A54 A; 4QQD A; 2DRM A; 4LUE A; 1I1J A; 4BI4 A; 1IXD A; 2CP7 A; 1WFW A; 1FMW A; 1RLP C; 2PUO B; 1AZE A; 3QKJ A; 4QVD A; 5GAM d; 4PJM A; 3JB9 H; 2EBP A; 2KXC A; 3M4Y A; 2RQW A; 2P4T A; 3ULR B; 3ASK A; 4ZN3 A; 3S3O A; 3OYM A; 5LJ5 h; 1VQO A; 5GAM f; 2DIL A; 2BE9 B; 3I5S A; 2QGF B; 2EYW A; 1W2B P; 1JQQ A; 2V8K A; 3EGD B; 5LJ5 e; 1NYG A; 1KHI A; 2KK4 A; 4NOY A; 4OML A; 4C8Q A; 3EH1 A; 2FO0 A; 3ZL7 C; 1OX9 A; 2OTL Q; 2AIR B; 3X24 B; 1KC8 U; 3OYG A; 2VYT A; 4CC3 A; 3OSV A; 3M4G A; 2CZ7 B; 3VUB A; 2JUF A; 1K9A A; 5GAO l; 4A4K A; 3A8H B; 4AG2 C; 4PJO D; 1YIJ A; 4C0G A; 3INZ A; 4HCK A; 2YRC A; 4LD9 K; 3NPF A; 5C6S A; 2GTJ A; 1GCQ C; 4FM4 B; 1OI1 A; 4B6M A; 3A8M B; 1VA7 A; 4EIK A; 4OF1 A; 2J06 A; 4C92 C; 4F7U G; 1JJ2 S; 4M77 D; 3M59 A; 3JCM h; 3H0F A; 1I0C A; 2HBW A; 2SRC A; 2RPN A; 1DJ7 B; 1WIE A; 2DL3 A; 1VQO T; 3OYE A; 2DRK A; 3CCL A; 2NYS A; 2WAC A; 3JCM e; 2O4X B; 2L3S A; 2H3J A; 2JMA A; 1VQ4 A; 2CH4 A; 3VYG A; 1K73 R; 5GAN 2; 1AD5 A; 2DET A; 4M7D B; 2DM1 A; 5IHN A; 2KI7 A; 2YT6 A; 4XTY A; 1UG1 A; 4M77 F; 3EG0 A; 1M90 C; 2VWF A; 3PGG A; 2PTK A; 4GLK A; 2EKH A; 1G3W A; 2F2X A; 2BTT A; 1CKB A; 1I5O B; 1HJD A; 2M16 A; 4LDW A; 4J9B A; 5I22 A; 2DIG A; 4M78 F; 3GNF B; 3RNJ A; 4M7D F; 3V7S A; 2AT1 B; 3JB9 G; 1MMG A; 2LJ3 A; 1H3Z A; 2LT4 A; 1N8R U; 4ELZ C; 2MYS A; 2G6F X; 1PWT A; 4RG8 A; 4B9W A; 1MHN A; 1NJI C; 3CPW A; 3QYH B; 3A8L B; 4ORZ A; 2R57 A; 3E9F A; 5ECA A; 2QA4 A; 2DJQ A; 3EG2 A; 1KQS S; 2GFA A; 2RHZ A; 2FB7 A; 2QTV A; 2A36 A; 2XDD A; 3CCL T; 4HXJ A; 4M75 G; 4LDU A; 2GFU A; 2LX9 A; 1VQ4 T; 1UB4 A; 4J9D A; 3OS5 A; 4JJC A; 4C92 D; 3A5Z B; 2ZPH B; 4OVA A; 2DZ9 A; 2AHJ B; 1MV0 B; 1VQO Q; 2ED0 A; 2JN0 A; 4J6W A; 4J7I A; 2K57 A; 1VIE A; 4PLL A; 1AZG B; 5GAN d; 4JZ4 A; 4R56 A; 3RKY A; 1Q82 R; 1ZSZ B; 4J5Y A; 1W4S A; 1C1A A; 3CBP A; 2DKG A; 4IIO A; 1RAG B; 4CI0 C; 4JLI A; 2EAY A; 3MJX A; 3H0H A; 1S72 A; 4HCZ A; 3M57 A; 4B9X A; 3UDC A; 1NLO C; 4F7U E; 5KH6 A; 3EAE A; 4OP0 A; 2L8D A; 4C0D B; 2QEX A; 2K5L A; 5FLX E; 1ZSG A; 2QA4 T; 1Q81 U; 3HHT B; 5GAN 4; 1WXU A; 2K6D A; 2RHY A; 1BCM A; 1Z9Q A; 4A63 B; 4PJO A; 2A0F B; 2KVQ G; 3VS6 A; 1PSF A; 1WXB A; 4DEX A; 5HKC A; 3C94 A; 1WXT A; 1VQ9 T; 2HQX A; 1E7O A; 2RQV A; 3TSW A; 4MDW A; 1U1S A; 3TCJ A; 2FG0 A; 4M77 A; 4L6V 5; 4IUV A; 3OS2 A; 1Q86 R; 2PVD B; 5AT1 B; 3CCL Q; 1K8A U; 2OI3 A; 1TUD A; 5CCA A; 2KT8 A; 1IGU A; 1VQM A; 1VQ4 Q; 3QJ6 A; 1JEG A; 3EG9 A; 2RB6 A; 3S6W A; 1M5Q 1; 2JM8 A; 3G6E A; 4XU2 A; 1SHG A; 2LMJ A; 4M78 A; 2HQH A; 2G3R A; 3L2V A; 3G7Z A; 1S72 T; 1AWX A; 1TXQ A; 4QQ6 A; 1WGS A; 2RO0 A; 1PC0 A; 4JZ3 A; 5GAN 8; 4HCC A; 3O8V A; 3V7C A; 2GQI A; 2QEX T; 3PNW C; 1YCS B; 4D6W A; 2BZX A; 1UGR B; 4PFO A; 1V76 A; 1T3S A; 1I4K 1; 4C5G A; 2LJ0 A; 5CKE A; 2RMO A; 4J83 A; 2DBK A; 1X43 A; 1D3B B; 1BU1 A; 2EQK A; 2HKQ B; 3L1A A; 2GCX A; 3CCU A; 2KRO A; 1YIT A; 5LJ3 j; 3DKM A; 2P0Q A; 4BB7 A; 1X2K A; 2QA4 Q; 2GGR A; 1RUW A; 2P84 A; 3CC7 A; 1Z9Z A; 1ZHI A; 1D1B A; 2RA2 A; 2VKN A; 2EQI A; 3FDR A; 1U8R A; 1TTH B; 3QWX X; 2YWW A; 5J39 A; 5FW9 A; 3LLR A; 1VQ9 Q; 4GY5 A; 1BI2 A; 2FEI A; 1GCQ A; 2GF7 A; 3G6E T; 1K9M U; 3X20 B; 1T0H A; 2CKK A; 3KXT A; 2KYB A; 5GJV B; 2XK0 A; 4C92 A; 4PL6 A; 2JJ9 A; 2DL8 A; 1T3L A; 2C0O A; 3VKI A; 2K5I A; 2DTI A; 4X1V A; 2E41 A; 5CK9 A; 3V8K A; 2RJC A; 1H92 A; 2FZK B; 2Z0W A; 3QHS A; 2CP0 A; 1NZ9 A; 1S72 Q; 3EFS A; 3QSU A; 3NTH A; 1QP3 A; 3EFO A; 5LJ3 g; 1KC8 R; 1YIT T; 1AWJ A; 2K3X A; 4F04 B; 2QEX Q; 3MP1 A; 1SPK A; 3OS1 A; 1G83 A; 2EIF A; 2DD5 A; 2YDL A; 2JMC A; 3S3M A; 1X6G A; 2KSS A; 4FT2 A; 2ESW A; 3CC7 T; 3RR6 A; 2CYZ B; 1W2B A; 3JB9 J; 3DB4 A; 4E7K A; 1YWP A; 5FRM A; 3JCM P; 1NBE B; 1WA7 A; 3CBO A; 2F5K A; 4FYW B; 1NLP C; 1PRM C; 1W2B S; 1AWO A; 1FXX A; 3EGX B; 3JB9 I; 2L2P A; 4PJN A; 4M7D E; 3JCM V; 4DBH A; 1YWO A; 3L2Z A; 1U3O A; 2DF6 A; 2DYB A; 2H8H A; 3CXC P; 4JUV A; 2ZZD A; 1M2O A; 5IAY A; 3M55 A; 1JRI A; 3G6E Q; 1KJW A; 2KE9 A; 3MHX A; 1QVG P; 2MOX A; 2CT4 A; 2EQM A; 2ROT A; 2ED1 A; 3CCM A; 2LCC A; 2QTX A; 1Y07 A; 2LNV A; 1ZX6 A; 2KEA A; 1ZA2 B; 3MKD A; 4F17 A; 5KE2 A; 1D1A A; 3CCE A; 1QLY A; 4PKC C; 1W70 A; 1N8R R; 4LDX A; 1KSW A; 1BIB A; 4FW1 A; 1YIT Q; 2MPX C; 2EGA A; 3PTA A; 2R5M A; 3MPU B; 1ABO A; 4LE9 A; 4N0A C; 3QII A; 1VQK A; 1RAB B; 4FW2 A; 1UJY A; 3CC7 Q; 1BK2 A; 1UDL A; 1AEY A; 3GLX A; 1PD0 A; 2RJF A; 4PNO A; 5KYW A; 5GAN h; 2M0Y A; 3JCM g; 1PKS A; 4MZT A; 4C8Q B; 1WHL A; 4J9I A; 2RHX A; 2VAS A; 2K79 A; 3TSZ A; 1X2Q A; 4AT1 B; 4FIB A; 5GAN e; 1B34 B; 4ZGJ B; 4EMH A; 3VS4 A; 5KYY A; 1WNL A; 1R0B G; 2O01 E; 1UFF A; 1AT1 B; 2A08 A; 5GAO q; 2GBQ A; 1GXI E; 1KQ1 A; 2CSQ A; 1RI0 A; 3C12 A; 1Y0M A; 2ZGW A; 4C8Q F; 2HEQ A; 5IHI A; 1I8F A; 3CEY A; 2K2V A; 4M75 C; 2Y4Y A; 3QWY A; 4E7L A; 1PHT A; 3CCE T; 2V8J A; 5D6Y A; 4BE0 A; 2EYZ A; 4IUR A; 3FEO A; 2D0Q B; 1M1G A; 1TUC A; 1Q81 R; 4PFZ A; 1D0Y A; 3H41 A; 4ESR A; 1ZUU A; 4BI3 A; 3RMQ A; 2YUP A; 4A4F A; 5IN1 A; 2E70 A; 2A7Y A; 5AYF A; 2F5T X; 4QW2 A; 3EHQ A; 4RTW A; 1A0N B; 4R0K A; 1XOV A; 2K9G A; 4GBQ A; 5C0M A; 4N4I A; 2DIQ A; 2EYY A; 1N5Z A; 1K8A R; 2XDP A; 1FYN A; 3I56 T; 2FHD A; 2JTE A; 2RJD A; 1GL5 A; 5GAN 6; 4E7I A; 1WHG A; 1H64 1; 2ZPB B; 3JB9 D; 2KBT A; 1QWE A; 2E1H A; 4XK8 E; 2PZ1 A; 4VUB A; 2E64 A; 2V1R A; 4JDS A; 4Y28 E; 1VQ5 A; 2YUO A; 1M1K C; 2MIO A; 4HCB A; 5I21 A; 1CSK A; 3NTK A; 3QUI A; 2NUT A; 2LT1 A; 1MND A; 3CCE Q; 4M75 D; 2ECZ A; 3TEE A; 2CDT A; 1M2V A; 2ZPI B; 3M0R A; 2FZG B; 3EFR A; 5CVI A; 2HBP A; 1YHQ A; 2JW4 A; 3RBB B; 1RAE B; 2CRE A; 3H6Z A; 2ABL A; 4E7Z A; 2KRN A; 3MEA A; 4JRP A; 3EHR A; 1HD3 A; 1N9S A; 2HCK A; 1GBR A; 3SWN A; 2EPD A; 5FU7 C; 4LNP A; 3HP9 A; 5KYN A; 4DQ2 A; 1GRI A; 3BFM A; 1SG5 A; 3UA6 A; 2QYZ A; 4L59 A; 3URG A; 2E65 A; 1K9M R; 3MCA B; 3QPH A; 1B34 A; 2L3Q A; 5KYX A; 2K2M A; 3C95 A; 3WVD B; 2J6O A; 3I56 Q; 5J26 A; 4Z89 A; 2CP2 A; 1VQ5 T; 2EWN A; 3GBQ A; 4OB2 B; 4PJO B; 2VGN A; 1P92 A; 1KD1 U; 3EG3 A; 3M56 A; 1Y57 A; 2AZV A; 1OUL A; 2I2L A; 4OMN A; 4M7A C; 3M58 A; 2KR3 A; 3OYH A; 4C5H A; 3OYL A; 2JOY A; 3UF4 A; 1TS9 A; 4M77 B; 5HK3 A; 2FRY A; 2HL3 A; 3VRY A; 3HPW A; 3CCJ A; 3MEV A; 1VQ7 A; 1YJW A; 4J7F A; 1Q7Y U; 4PJO F; 3GIB A; 3EG9 B; 3OMG A; 3RIR A; 3OYK A; 3PMT A; 2EVR A; 4M78 B; 1M8V A; 1KG1 A; 1WLP B; 3REA B; 3CQT A; 1YJ9 A; 1LOJ A; 4KUD K; 1WJR A; 1WDX A; 1WX6 A; 2EYX A; 4D8D A; 1K0X A; 1BCO A; 3JRZ A; 3C4S A; 4OB1 B; 4N0A A; 1RAA B; 1PD1 A; 2EJ9 A; 4FCY A; 3R6N A; 1YIJ T; 4RCC A; 4AMC A; 4K11 A; 3M0T A; 6AT1 B; 1EIF A; 1RAF B; 3JSC A; 3CME A; 1G3Y A; 3HFO A; 3OYY A; 1VQ5 Q; 1E6H A; 2CZ0 B; 3CCJ T; 3I55 A; 2PNI A; 1VQ7 T; 3DLL A; 1YJW T; 3OYC A; 3GP8 A; 3CPW S; 3EGU A; 2RD1 A; 2WSC E; 2RK2 A; 4EMG A; 1MUZ A; 4M7A D; 3CXC A; 4KGX B; 3NMZ C; 4C92 B; 4M75 A; 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