The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
11
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| structure length |
82
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| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C8Q E; 2DTI A; 5GAM g; 1I5L A; 3JCM b; 2K57 A; 3V7C A; 1I81 A; 5GAN 3; 4M7A G; 4C8Q F; 5GAN g; 4NOY A; 4M7A E; 3EFR A; 3HFN A; 3QO3 A; 3V8K A; 4PJO D; 5LJ3 h; 4J6X A; 5DY9 A; 3BFM A; 4PJO F; 4M7A F; 3BDU A; 3SWN C; 1N9S A; 4V2S A; 3RKW A; 1H64 1; 4M77 B; 2DXT A; 4C92 A; 2DEQ A; 4M78 A; 3AHU A; 2E10 A; 4EMK A; 3JB9 G; 2VXE A; 3HFO A; 4XU2 A; 4C92 G; 4QVD A; 2FB7 A; 4M78 G; 2CGH A; 5GMK l; 2E65 A; 4M7D E; 1B34 B; 1WQ7 A; 5GAM e; 4M7D D; 2EAY A; 2E64 A; 4C8Q A; 4MML A; 4X9C A; 1JBM A; 5GAN e; 3JCM J; 1KQ2 A; 4M7D F; 3JCM W; 4M75 B; 2VC8 A; 4A53 A; 5LJ5 g; 2JN0 A; 4JLI A; 4M77 C; 4M7A A; 4PJO A; 4F7U E; 2RM4 A; 3RIR A; 3GIB A; 4XQ3 A; 5LJ3 d; 4XTX A; 1Y96 A; 4PJO G; 4XTU A; 5LJ3 f; 4F7U F; 4RCC A; 4PJO E; 5GAN 7; 4WF2 A; 4HT8 A; 3JCM V; 4XTZ A; 5GAO l; 3JCM Q; 1HXD A; 5GAM d; 4QVC A; 1WPY A; 4M77 D; 2FYK A; 2VXF A; 5LJ3 j; 2YLC A; 4HA8 A; 3JCM g; 4Y91 A; 3VU3 C; 4A54 A; 4M75 C; 4DQ2 A; 5CAI A; 3L1A A; 5GAN d; 3FJP A; 5GAO r; 4M7D A; 4C8Q C; 2HNI A; 5GAM h; 1JRI A; 3BY7 A; 3JB9 I; 3JB9 J; 1TH7 A; 4N0A A; 5GAM j; 4HT9 A; 5GAN 5; 5GAN h; 4M7D G; 2ZGW A; 3RKX A; 5LJ5 e; 4XTW A; 4C92 B; 4M78 B; 4JRI A; 1LOJ A; 2DTO A; 3QUI A; 3RKY A; 4EMK B; 4EMH A; 5GMK m; 5GAN j; 4J6W A; 4M75 D; 4OP0 A; 4F7U A; 5GAN 2; 2E41 A; 2DTH A; 3V7S A; 5GAO n; 1I8F A; 4NL3 A; 1KQ1 A; 4F7U G; 3RER A; 4C8Q B; 1U1T A; 3V8L A; 1M8V A; 3M4G A; 2DKG A; 1MGQ A; 2EWN A; 3JCM c; 3V8J A; 3JCM e; 4M7A C; 3JB9 H; 4M7A B; 4C92 C; 5I21 A; 2EJG A; 3INZ A; 4M78 C; 5LJ5 d; 3QHS A; 4EMK C; 4RCB A; 4M77 E; 4XU1 A; 1Y96 B; 3SB2 A; 5GAO m; 4X9D A; 1BIB A; 5GAM f; 5GAN 6; 4M77 F; 3RES A; 5LJ5 h; 4J6Y A; 2DJZ A; 3SWN A; 5GAN f; 1D3B A; 1X01 A; 4XTY A; 3JB9 D; 4EMG A; 1BIA A; 5GMK e; 1LJO A; 4JUV A; 1YCY A; 3QSU A; 2RD1 A; 4XU3 A; 1U1S A; 4M7D B; 3JCM d; 5GAN 8; 4NL2 A; 4M75 E; 4PJO C; 2DZC A; 2YHT A; 3FB9 A; 4J5Y A; 1WQW A; 4M75 F; 4C8Q D; 2YLB A; 3L2Z A; 3JCM h; 2RB6 A; 4F7U B; 2Y90 A; 4M7A D; 4M77 A; 1I4K 1; 1M5Q 1; 2DVE A; 5GMK i; 3JCM P; 3EFS A; 4PJO B; 2EJF A; 4M7D C; 4M77 G; 4MMK A; 3RUX A; 2RA2 A; 4N0A C; 2QTX A; 5LJ3 e; 5LJ5 f; 1B34 A; 2EJ9 A; 3PGG A; 5GMK h; 4PNO A; 3V7R A; 5GMK j; 2I2L A; 1N9R A; 5GAN 4; 4C92 E; 4XTV A; 4M78 E; 5GAO p; 1WNL A; 4M75 A; 4C92 D; 5LJ5 j; 4M78 D; 3JB9 F; 3JCM X; 5LJ3 g; 4XU0 A; 2E1H A; 4M78 F; 2DZ9 A; 3FIF A; 4C92 F; 4M75 G; 3SWN B; 5GAO q; 1D3B B; 2DXU A; 1LNX A; 4JRK A; 3BW1 A; 1HK9 A; 4C8Q G; 3JCM f; 3HSB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C8Q E; 4L5G A; 2DVJ A; 2X4Y A; 3QO3 A; 1OU8 A; 1MV3 A; 4Z02 A; 3VS1 A; 2DXT A; 2FG0 A; 4M78 A; 2MYS A; 2QA4 A; 2A08 A; 1VQ9 A; 4ZTF A; 4OMO A; 5CR2 A; 3MET A; 5KCH A; 2O9V A; 1VQP T; 3A8O B; 1JB0 E; 1PC0 A; 2X4W A; 4M75 B; 1YI2 A; 3QDR B; 2XDP A; 2SEM A; 2RM4 A; 4J9I A; 4RCC A; 2AT1 B; 3FC3 A; 1VQL Q; 1YN8 A; 1D1A A; 4HA8 A; 2KE9 A; 4L6V 5; 1JU5 C; 1IGQ A; 2QQA A; 2KMT A; 4FSX A; 2DRK A; 3QWY A; 2ATC B; 3TU4 K; 1OZ3 A; 2F2W A; 2D8H A; 4FYY B; 4C0F A; 3OQ5 A; 1RAA B; 3CC4 Q; 3RER A; 4J7I A; 4A4F A; 2EYY A; 3LYI A; 1ZQ1 A; 2ROL A; 3N5B B; 4J9E A; 3OYF A; 1C6V X; 1YJW Q; 3M5A A; 2DYI A; 4M77 F; 3CXC A; 3CCM T; 1VQL A; 2CT4 A; 3JB9 D; 1YJN A; 1IB8 A; 3PNW C; 1QVG S; 2K5L A; 3E2U A; 4JUV A; 4XU3 A; 4M75 E; 4J9C A; 1TWB A; 3TCJ A; 1M2V B; 1T0H A; 2LJ0 A; 2RH2 A; 2DXC A; 3CC4 A; 1M5Q 1; 3CPW S; 2CP6 A; 3L2Q A; 4KGV B; 2E3H A; 4QQG A; 2F5T X; 3C94 A; 2J6F A; 2K9G A; 4XTV A; 1WJS A; 1WNL A; 1YJW A; 2DL8 A; 2D6F A; 1PD1 A; 4OMP A; 1LNX A; 3WVD B; 4BB7 A; 2FZG B; 2DTI A; 2EKO A; 5IHI A; 4C8Q F; 3GP8 A; 1VQ4 Q; 1UB4 A; 3LGL A; 1K9M U; 1VQK A; 2FRW A; 5J39 A; 3BDU A; 2LCC A; 2AZS A; 3CD6 T; 3EG9 A; 4KGX B; 2HZY A; 5IHK A; 2CS7 A; 1RAB B; 4QVD A; 5AT1 B; 1X6O A; 2JMC A; 1QW1 A; 2RN8 A; 2YWW A; 1TUC A; 4J9D A; 2LQW A; 2EVR A; 3SFM A; 2GFU A; 3HRS A; 4E7S A; 3MP1 A; 4WF2 A; 1YIJ A; 1K73 R; 2E5K A; 1VQ4 A; 3NGP A; 3KFV A; 4PJL A; 3FJP A; 2KAF A; 4M7D A; 1JJ2 A; 3VS5 A; 2MF2 A; 2ZGW A; 1M8M A; 4M78 B; 3VRY A; 1K9M R; 4Z89 A; 1AD5 A; 2LRQ A; 3EG2 A; 2BKD N; 1AZG B; 3MPU B; 1VIF A; 2LVM A; 8AT1 B; 4BDZ A; 4R55 A; 1MGQ A; 3JCM c; 4FYX B; 3ASK A; 2HCK A; 3INZ A; 1VQ5 T; 4FYW B; 3QHS A; 4HXJ A; 3EGD A; 4JRQ A; 2VB6 A; 4JPB W; 1PRM C; 1G3W A; 3I9Q A; 2P0K A; 1HSQ A; 2BIV A; 1ARK A; 3LX7 A; 3VUZ A; 2E3I A; 3A98 A; 4M75 F; 3MEV A; 2B86 A; 1LPL A; 4OMM A; 4HVV A; 5DLO A; 2AIR B; 3SEM A; 3L2W A; 3MHX A; 2M1H A; 2BE7 D; 1G3Y A; 1S1N A; 3EFS A; 2R5M A; 3J7A F; 2ZPE B; 2XHC A; 1VYT A; 1G3S A; 4M78 E; 2RI3 A; 3QJY A; 3OYD A; 1K8A C; 4RMO A; 2DXU A; 1HK9 A; 3G71 A; 3D7S B; 1JXM A; 2DMO A; 4NOY A; 3R6O A; 1TG0 A; 4PJO F; 3DLM A; 4MZM A; 3G1J A; 2AHJ B; 2DBK A; 1ZA2 B; 3LGF A; 3MJX A; 1FMV A; 2FZC B; 1K0S A; 4C92 G; 1E7O A; 3QPH A; 3M55 A; 2ED1 A; 4MML A; 2RI5 A; 4N4H A; 4KT0 E; 2VC8 A; 2VWF A; 4MDX A; 2OTJ T; 1GCQ A; 1UEC A; 2YRV A; 1Y96 A; 5LJ3 f; 2QEX Q; 2HSP A; 4DOV A; 5GAM d; 2ESW A; 2LT4 A; 1YHQ Q; 4A54 A; 3CCQ Q; 4YTL A; 2DFU A; 1MV0 B; 3CME Q; 2HNI A; 5GAM h; 2HD0 A; 4BE2 A; 1QCF A; 1KQS S; 5GAM j; 3CBO A; 1NJI U; 5CK9 A; 2RJD A; 4JRI A; 5GMK m; 4J6W A; 5CIU A; 2R58 A; 3CCV A; 4F7U G; 2NUP B; 2A28 A; 1TU0 B; 3VKI A; 1OEB A; 3ER0 A; 3V8L A; 1M8V A; 2EWN A; 3JB9 H; 3S6W A; 4C92 C; 2HKN A; 5ECA A; 3L2V A; 4X9D A; 1PNJ A; 4FT2 A; 5KH6 A; 1IXD A; 3M56 A; 1BIA A; 3OYM A; 2HMA A; 1YHQ A; 1Q82 R; 1SHG A; 3CME A; 2KYM A; 4M7D B; 4HCC A; 2RJF A; 1VQ7 A; 2K3B A; 2E12 A; 2ZPG B; 4OGE A; 2DJQ A; 2BZY A; 1QVP A; 3U23 A; 1PRL C; 3VJP A; 4KUD K; 3EGX A; 4HVW A; 5LJ3 e; 1W1F A; 1CKB A; 3A8H B; 4WTO B; 1R0C B; 2F2X A; 1X6B A; 3JB9 F; 3QG1 A; 3CCS Q; 2FEI A; 4M78 F; 2DZ9 A; 3BE3 A; 5FW9 A; 2QDY B; 2FPF A; 1FMK A; 3PVL A; 2R57 A; 5J3B A; 1Q7Y U; 2D0Q B; 2ZAE A; 2HQX A; 1VQN Q; 1R77 A; 1KK7 A; 1ZUY A; 3RKW A; 4JS4 A; 2J6K A; 3Q1J A; 2DL3 A; 1WHJ A; 1ZA1 B; 1QVF A; 2DM1 A; 2K7A A; 4XU2 A; 2J7I A; 4M7D E; 2EYW A; 2EAY A; 1K4U S; 1OI1 A; 2DYB A; 4IIO A; 2JN0 A; 3CCS A; 3PFS A; 4M7A A; 1D0Z A; 2E70 A; 2VVK A; 2CSQ A; 2KDS A; 1KG1 A; 4C0D C; 1C1A A; 1NM7 A; 1ZX6 A; 2DA9 A; 2WAC A; 3REB B; 3OS2 A; 1VQN A; 1BCO A; 3OYC A; 1Q7Y R; 4C5E A; 2L3Q A; 2CP3 A; 4EMH A; 2DD5 A; 3CBM A; 3H9N A; 3M4Y A; 1GFD A; 2EKH A; 1WGS A; 1Q86 R; 2MWP A; 2XID A; 2E41 A; 1PKS A; 2I0N A; 3M4G A; 2AZV A; 3MEW A; 4BE1 A; 3NHN A; 3ULR B; 1S72 A; 1Y96 B; 3G6E Q; 3LH0 A; 1VQP Q; 3SWN A; 2KT8 A; 1G3T A; 1SRL A; 2EPD A; 3QZ9 B; 1QKW A; 2RD1 A; 1KD1 C; 3FEO A; 4C5I A; 3E9G A; 2YLB A; 4FW2 A; 1FYN A; 3CCR T; 4M7A D; 1ABO A; 2KXC A; 2KRM A; 2A0F B; 2EQU A; 2RO0 A; 1X75 C; 3HKS A; 2JS2 A; 2RF0 A; 3CC2 Q; 1YIT A; 2H8H A; 4DBQ A; 2CRE A; 1VQP A; 2M02 A; 5J26 A; 4C8Q G; 2KQW A; 3G7Z A; 9ATC B; 1W4S A; 2CP5 A; 1KC8 C; 3CCM Q; 4C5G A; 3UPU A; 3BFM A; 2KRN A; 2CSI A; 4V2S A; 1N5Z A; 1NG2 A; 3EGX B; 5CO7 A; 2CGH A; 4E7K A; 1NYF A; 4J9H A; 7AT1 B; 2EBP A; 1IRE B; 3JCM J; 3CCQ T; 4M7D F; 1OV3 A; 2DL5 A; 4ZNX A; 4XQ3 A; 1I1J A; 2RJE A; 1VYU A; 4AG1 C; 3OYB A; 3OSV A; 2DIL A; 3OYY A; 3QYH B; 4E2F B; 2QQ9 A; 3CCM A; 1WXT A; 2OI3 A; 4C8Q C; 1JQQ A; 3JB9 I; 4BY6 C; 2O88 A; 2DX1 A; 1U06 A; 2RHX A; 3OYG A; 1QCN A; 5DLQ E; 4E47 A; 3SHW A; 3QZ5 B; 1KQ1 A; 4C0Z A; 1U1T A; 1I5O B; 2V8K A; 5A0G A; 4M7A B; 4OMF B; 1QVG P; 2H3E B; 3GF5 A; 4JZ3 A; 5I2M A; 3FLG A; 1RI0 A; 4KH0 B; 2F2V A; 3QBY A; 1RAH B; 1X43 A; 4CC3 A; 2JXB A; 2X4J A; 3X26 B; 1NLP C; 2EYX A; 3MKD A; 5FU6 C; 2V8I A; 1BBZ A; 3CPW P; 4O6J A; 4PLL A; 1SSF A; 2EQK A; 1Q81 U; 1OUL A; 1TTH B; 1VQM T; 1AOJ A; 2YUO A; 1M90 U; 3CD6 A; 1WXU A; 3ZEH A; 1MNE A; 2A37 A; 2LNH B; 4PNO A; 5D6X A; 1UHF A; 1Y57 A; 2CP7 A; 2EYZ A; 3HPW A; 2E1H A; 1VQO Q; 3SWN B; 1B07 A; 4TVR A; 5CQY A; 3EG0 A; 1YBY A; 3OA6 A; 2P0P A; 3OYJ A; 1KFZ A; 3OYA A; 3CCU T; 2RQW A; 4F04 B; 3JCM b; 1VQ5 Q; 1I81 A; 1M4Z A; 4M7A E; 1X69 A; 3HFN A; 5M9O A; 4RUG A; 4PJO D; 1EIF A; 5DY9 A; 3VS3 A; 1WHL A; 1SG5 A; 1N9S A; 3AHU A; 1FXX A; 2V1R A; 2YUP A; 3HFO A; 4R0K A; 1Q81 R; 2VGM A; 3M53 A; 2CUB A; 1HYO A; 4JLG A; 1IO6 A; 1G8X A; 1M1K U; 2QGF B; 2PNI A; 1RAI B; 4JJD A; 1RUW A; 2M9U A; 5KE2 A; 5A0D A; 1VQ8 T; 2JUF A; 1NEB A; 1W2B A; 1VQ5 A; 1RAF B; 4QVC A; 4E7J A; 2Y4X A; 3MP6 A; 1UGP B; 4PJN A; 2DE0 X; 3G6E T; 4A4K A; 2DNU A; 2DEU A; 3RMQ A; 4OP0 A; 3NTH A; 1G83 A; 2YUQ A; 4K11 A; 5GAO n; 1XJW B; 2RHI A; 2RK1 A; 2O01 E; 2K4Y A; 3OY9 A; 1K73 C; 4EMK C; 1U5S A; 1M1K R; 1XNI A; 4OB1 B; 5CVI A; 4PFZ A; 2OTJ Q; 4AFS C; 3TSZ A; 4FIB A; 2JVV A; 4ZN1 A; 2LJ1 A; 4LDW A; 2RMO A; 2Y4Y A; 1RI9 A; 2PUO B; 1Y7X A; 3OW2 P; 2RHZ A; 3CC2 T; 2RB6 A; 2CUD A; 2W0Z A; 4BD3 A; 2HL5 C; 2EGC A; 3JCM P; 2EJF A; 1X27 A; 4PJO B; 1IGU A; 2CZ6 B; 4KUL A; 3RBB B; 5GJW B; 2LCS A; 5GAN 4; 1VQ6 T; 3L2R A; 4M78 D; 3MEA A; 5D7U A; 3MO8 A; 3HL8 A; 1M3C A; 2OTJ A; 2L2P A; 3RR6 A; 1WIE A; 5GAN 3; 2RQR A; 5LJ3 h; 4J6X A; 4CI0 C; 4M7A F; 4DA4 A; 5IXF A; 4QVZ A; 3EH2 A; 2LJ3 A; 2RNA A; 2X51 A; 2LT1 A; 4FYV B; 4RTX A; 4BUG A; 3ME9 A; 1YJ9 Q; 2YT6 A; 3GIB A; 1YP5 A; 4FT4 A; 1NBE B; 3RIR A; 2YDL A; 3PTA A; 3M0P A; 1RLP C; 3VYG A; 2ED0 A; 4PJO E; 1KQS P; 1AVZ C; 4J7F A; 2E6Z A; 4GLK A; 5GAO r; 3OYH A; 3A1P A; 2EGA A; 2XMF A; 4RTY A; 3LWH A; 1JJ2 S; 1CKA A; 1K76 A; 1QLY A; 1TUG B; 2QQB A; 4L59 A; 2JMA A; 3MCA B; 2COW A; 2HAX A; 2LDM A; 3H8Z A; 1TOV A; 1QMC A; 1D1C A; 2JT4 A; 4XU1 A; 5CCA A; 3QDF A; 1BI2 A; 1WXB A; 4DBH A; 4EMG A; 3ZL7 C; 2JZ2 A; 1G2B A; 5GAN 8; 1N8R C; 2O4X A; 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