5LJVA

Mamk double helical filament
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
NRLFLGVDLGTSHTAVMSSRGKKFLLKSVVGYPKDVIGLKLLGRPYVVGDEAFEMRSYLDIRYPLQDGVLSEISDRDIEVARHLLTHVVKSAEPGPNDEICAVIGVPARASAANKALLLKMAQEVVHTALVVSEPFMVGYGLDKLINTIIVDIGAGTTDICALKGTVPGPEDQVTLTKAGNYVDERLQNAILERHPELQMNVNVACAVKEQFSFVGTPTEVASFEFRAAGKPVRADVTEPVKIACEALMPDIIESIETLLRSFQPEYQATVLQNIVFAGGGSRIRGLAAYVKEKLRPFGDANVTCVKDPTFDGCRGALRLAEELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-like ATPase
publication title X-ray and cryo-EM structures of monomeric and filamentous actin-like protein MamK reveal changes associated with polymerization.
pubmed doi rcsb
source organism Magnetospirillum magneticum amb-1
total genus 90
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06723 MreB_Mbl MreB/Mbl protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA02
5BN9A 1U2VB 2VCPA 1U2VA 4BRPA 5KPZA 2ZGZA 4QS7A 3B8AX 3WUHA 4H5NA 4JNEA 4BR2A 3DXMB 4CJ7A 3DXMA 2CGKA 1R59O 4H5TA 1E4GT 1V4SA 3FZHA 5AQTA 5LJWA 3MN9A 3SK3A 1HPMA 1KXPA 5BR9A 3OHRA 5JLHA 5F2RA 3W0LA 3CJ7A 2HMPA 3LM2A 5EXWA 3FLCO 2E20A 2FXUA 1X9JA 5AQHA 4CBXA 5LY3A 4BRLA 4IO8A 3AAQA 1Z6RA 3WT0A 5EY4A 1RFQA 4H5VA 4BRDA 1IJJA 2D4WA 4H0PA 4IZ9A 3QDKA 3CJBA 3AAPA 2CH5A 4K43A 2GWJA 3U9DA 1HKCA 2I7NA 3GDQA 3LDNA 4AM7A 4ISFA 5BRFA 1S3XA 4QS9A 4DB3A 4BGAA 5BPNA 3VPZA 1NGFA 3TU5A 1MWKA 5AQJA 1YAGA 4EIAA 2FSKA 3GL1A 3IDHA 2HF3A 3WXJA 5E84A 3ZX3A 5AQKA 4YDUC 4H0TB 4BC3A 3C0BA 4BRFA 1ATSA 4ISGA 3A5NC 4DCHA 2Q0UA 2ASOA 4FPBA 2P9IB 3D2EB 2P9IA 3D2EA 2ZF5O 3H45C 3QFUA 3D2FB 3D2FA 3MMVA 3UB5A 2Q2RA 1Q18A 1SAZA 2NLXA 3EKUA 1T44A 3ULEB 3ULEA 2QM1A 3HTVA 3VEZA 3EZWA 3WXKA 5B8HA 3EN9A 3WXLA 3WQTA 5LJVA 2NZTA 3L0QA 4FWMA 4BC2A 1XC3A 2A5XA 1HLUA 1TYQB 1TYQA 2D0PA 5AQRA 4H5RA 2E2OA 4J8FA 1NGEA 4GY2B 4JAXA 1EQYA 3QFPA 3KVGA 2QWMA 4WQ5C 2IIRA 3M3ZA 3HBTA 2Q97A 3R9PA 4PL7A 3P4IA 3WEEB 1ZXOA 1HKBA 3WEEA 5TKYA 3SLCA 2A42A 3GE1A 1Z05A 2QWNA 4MO4A 5AQOA 3CIPA 2ASPA 3LL3A 5KPRA 2P9LB 2P9LA 3GBTA 3A0IX 3G25A 1NGJA 3QICA 4M63C 3LDLA 4PKIA 3FZLA 4CZJA 4BRQA 3S41A 2YHYA 3ZX2A 2WUSA 3HI0A 1D4XA 1QZ5A 2V51B 3VOVA 1OKJA 2V52B 3VEOA 3ZEUB 3ZEUA 5FPEA 2A40A 2PBDA 4IWVA 5AFUA 2GUPA 1BWFO 2CGLA 2ZWHA 3HM8A 3CETA 2OANA 4CZIA 4CZEA 5F0XA 3IFRA 1KAXA 1NMDA 2QWPA 4IJNA 3LDPA 3FZMA 3UKRB 3UKRA 5ELZA 4BVOA 4PL8A 3ZETB 5BREA 3ZETA 5AQFA 4B1UB 4BVPA 1C0GA 3ENOA 4YDUA 1TUUA 4BRKA 1NM1A 1DGKN 3O4WA 4H0VB 3O8MA 4RCHA 4HWIA 3L6QA 3FZFA 4FWLA 5AQWA 4BRNA 3GOIA 3BEXA 4BR0A 5AQZA 4FOIA 3AARA 4H0XB 3W3DA 1P8ZA 4BROA 3VETA 1BG3A 1WUAA 2V7YA 3HZ6A 5JMVA 4HTLA 5BRHA 1XUPO 1BUPA 2W41A 4WQ4A 3QMLA 3LDQA 2Q1NA 3HSCA 2IVNA 3QB0A 4B9QA 4B1ZA 1NGIA 5BN8A 1KAZA 4CD3A 3O08A 5EVZA 4NO7A 3CI5A 5AQIA 2E88A 3DWLA 4MLEA 5E26A 1BO5O 2F9TA 3EO3A 5AQUA 2CGJA 5EOYA 4WQ5A 5FPNA 3FGUA 4CZHA 4XH5A 1GLAG 1GLBG 1Y64A 4M7XA 2VWBA 3U9ZA 2FSJA 4O5FA 4WQ4C 4BC4A 4B1WB 1LOTB 3DJCA 4BR7A 2P9NB 1XQSC 3VEWA 2E2QA 1GLEG 4FWNA 1BDGA 3ATVA 4A2BA 1NGBA 4H5WA 5AQVA 2Q31A 3KHYA 2GTDA 4FL9A 3I8BA 1YUWA 4FSVA 4H03B 4WYBA 1MA9B 2ITMA 4BRCA 3H3NO 2P9KB 2P9KA 4IJAA 4O8KA 1KAYA 3FZKA 1T6DA 3H46O 3BP8A 4JHDB 4JHDA 2Q36A 2V7ZA 3UE5A 3EL2A 4Y0WA 4JN4A 2AA4A 4CI6A 3ATUA 4ISEA 1JCFA 1DKGD 4K42A 3AY9A 4RTFD 3CJAA 4LC9B 2YHWA 4M7YA 4EFHA 4BQLA 1QQMA 3CHWA 2EWSA 4MLHA 1HKGA 4CD1A 1GLFO 2YCHA 3SMSA 3FE1A 3EKSA 2J4RA 3VF4A 1ZBSA 1RGIA 2VYPA 1GLDG 4C23A 1X3MA 3U8XA 1RDWX 3I33A 3A8YA 4FWPA 4Z94A 3UKUB 2FF3B 2FSNA 3M6GA 3UKUA 3FR0A 1T6CA 2W40A 1BU6O 4NB4A 4BR9A 2YHXA 3JS6A 1QZ6A 4K41A 1K8KB 1BA1A 1K8KA 1MDUB 2E2NA 4IXCA 1JCEA 2PAVA 3MK6A 4FWRA 4FPAA 4BC5A 3O80A 3DAWA 4BRMA 4FWSA 2QWQA 4BQZA 2IVPA 1SQKA 4BGBA 3LDOA 3WXIA 1HJOA 1X3NA 5BPLA 2A3ZA 3A5MC 4H0YB 5AQXA 2GWKA 3BF3A 5AQNA 5KPTA 3DXKB 3DXKA 3CJ9A 2GEMA 2CH6A 3JXUA 5AQLA 4EHUA 1C0FA 1HX1A 2D1KA 2NRHA 1DEJA 5FPMA 3ZX0A 2QWOA 2Q0RA 4XH1A 2IVOA 3A5LC 3VEVA 1NBWA 3RSEB 3RSEA 4BRAA 2YI1A 3VENA 1QQOA 3IUCA 5AQSA 3C7NB 3C7NA 2I7PA 3U4LA 2DPNA 5AR0A 3H6EA 5AFUH 4MO5A 1QHAA 3SJHA 1J6ZA 4BR5A 1G99A 3ENHA 4XEIA 4L3QA 1ATRA 1GLJO 2A41A 4A2AA 2E8AA 3F9MA 1ZC6A 2BUPA 3CJCA 2P9UB 3KZBA 2P9UA 3H3OB 5KQDA 2YJFA 4BRHA 5AZIB 5I9EB 4I6MB 3ID8A 3CQYA 4I6MA 5AZIA 3GG4A 3O6WA 4F9OA 3IMXA 1H1VA 2E2PA 4AM6A 4BRIA 5AQYA 2H3GX 4CBUA 5AQGA 4GNIA 3J8AA 1E4FT 5AQPA 1ESVA 4DHYA 2KHOA 4FOEA 3SMPA 3H1VX 2QWRA 1NGAA 4BR4A 1JCGA 1NGDA 5ADXA 4A62A 4CZKA 5JLFA 4CZMA 2HF4A 2P9NA 3R6MA 3MDQA 3O1WA 3FFKB 1U6ZA 4EHTA 4FWOA 1QQNA 4FO0A 5AZJB 1GLLO 5AZJA 5BRDA 1V4TA 1WOQA 3A5OC 2HOEA 3TPQA 4BREA 4RWTA 4JD2B 2QXLA 4JD2A 3MCPA 3VGLA 3O5BA 1NWKA 1BOTO 2E1ZA 3CQXA 5KQ8A 2FF6A 1GLCG 5AQQA 3BUZB 4BG9A 1TUYA 4K25A 3L4IA 3VEXA 3QBXA 3MN7A 1S22A 4EAHD 1IG8A 5BPMA 1ATNA 4B1YB 1YXQA 2QWLA 4A61A 2A6AA 3VERA 2GELA 4BG8A 4BRGA 3CERA 3WQUA 1NGGA 4XH4A 5CE3A 2D0OA 1NLVA 3QBWA 2QW9A 3CJ1A 4CBWA 3VGMA 3VF6A 3MN6A 5F1XA 3R8EA 4PKHA 5ADXH 3MN5A 3VF2A 2E1YA 4CZGA 4DQ8A 2UYTA 3D7EO 1CZAN 5FPDA 3H1QA 3VEYA 2F9WA 4FWQA 3LM9A 1LCUA 3VGKA 4B1VA 4KBOA 4CZLA 3BF1A 3VESA 3O1BA 4FWKA 4QS8A 2AP1A 1SZ2A 4H0OA 4PKGA 1MWMA 5JICA 2ZGYA 2P9PB 2P9PA 4B1XB 2ASMA 5EX5A 2FLOA 1NGCA 4E1JA 4CZFA 3M1FA 1HUXA 1BA0A 2P9SB 2P9SA 1YVNA 2YJEA 2BTFA 5AQMA 1NGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN9A 2VCPA 5FROA 4DKWA 1BCMA 1Q9YA 5HROA 4OX9K 4FZYA 4H5NA 4DG1A 1R59O 1VQPN 1E4GT 1V4SA 4OPAA 5KRTA 3QO9A 1BL3A 1HPMA 5BR9A 2HHUA 2QKKA 4FJHA 2NNWA 5J2QA 4NYFA 2E20A 2O4IA 3OBWA 5AQHA 1Z25A 4CBXA 5LY3A 1O1WA 1K73O 2O8DA 3SJJA 4DLEA 1RFQA 4BRDA 1JLAA 2D4WA 4YOUA 4F4KA 3ZT4A 2ZE2A 3AO4A 2GWJA 4Z4IA 2I7NA 3OJUA 3LP2A 4CJKA 4BGAA 3TANA 1NGFA 1BQMA 3SUPA 3QEXA 1MWKA 1MU2A 3HVRA 1DTQA 3IDHA 5E84A 4KHYA 4PA1A 4KTZA 5AQKA 4YDUC 1T8EA 5LMNK 4H0TB 1RT4A 4DWIA 2HNZA 2QXFA 1W97L 1GOCA 3L2UA 3NMUA 1LAVA 2Q0UA 3WNFA 2UXCK 3D2EA 3D2FB 2F4VK 4LF9K 3ZCMA 4G1QA 1Q18A 2F7TA 1SAZA 2NLXA 2Z1HA 3QERA 4B9MA 3ULEB 4CHQA 3EZWA 3WXKA 4DV3K 3PSFA 3ZSVA 2JWKA 1L3TA 4DLGA 2NZTA 3DRRA 3L0QA 4GMJB 3K58A 2G8FA 1TL3A 4JK8A 5AQRA 3CC7N 1NGEA 5GAEP 4GY2B 1CLQA 3KVGA 2Y1JA 1IBKK 2HBJA 3JAMO 4CVNE 3HBTA 4CF9A 3R9PA 4MDBA 3AVFA 3P4IA 3WEEB 1HKBA 3O4QA 4H8KA 4JKGA 2O8FA 1P90A 2HHVA 1L3VA 4C8OA 1VSMA 3CIPA 1TKXA 2ASPA 1FKOA 3LDSA 1KTQA 3GBTA 2DFHA 3A0IX 5GINA 3DLEA 1EETA 3AVGA 3ITHA 3KK3A 4DTXA 4PKIA 4M3WA 3ZT3A 1X9SA 4PUOA 2DFEA 2V51B 2HBMA 3EE8A 3LPTA 1IV0A 4O8UA 3ZEUB 3F73A 1VQ9N 3LAMA 5J2PA 4FW2A 5C25A 2CGLA 3NF8A 3CF5L 1J9AA 3HM8A 4CJ3A 3IFRA 1KAXA 1NMDA 4ILJA 3P5JA 4DF4A 4M42A 3FZMA 3UKRB 4X66K 1LWCA 1IKVA 3ZETB 5AQFA 3DLBA 4RG8A 4BVPA 4FJJA 4JI0K 1LWEA 4GV3A 1OH8A 2Z1IA 5KGWA 5KI6A 2BGGA 4JKFA 1KD1O 3FZFA 1J5EK 4BE1A 4KO0A 4BRNA 3BEXA 3D6RA 2JGUA 5CYQA 3OYAA 2XY8A 1TVRA 3NVMA 3AARA 4G9ZA 4CESA 1RDUA 4FM2A 1VAZA 2V7YA 4CF0A 5A2QO 3B6OA 4LF4K 1JKHA 3AGRA 4DTPA 2IAJA 2NRVA 3HSCA 2IVNA 4PWDA 3AV9A 4NLBA 1XC9A 5HL7L 3SQ1A 3RMBA 1Y97A 2XHBA 4CD3A 3O08A 4NO7A 3ISNC 2E88A 4MLEA 2F9TA 1D9DA 5EOYA 2XY7A 2O8EB 4JRQA 4IDKA 4CZHA 1K8AO 2QTDA 3NH2A 3OS0A 3OA9A 3V1QA 4WQ4C 4B1WB 1WSHA 2ZJQL 2HVIA 3LALA 1T3VA 2FBXA 3DJCA 2P9NB 4N41A 3VEWA 2ZJPL 4DS5A 2B4JA 1E3MA 3P1GA 4AHRA 1WSJA 2YNIA 4KHSA 1YVUA 4H03B 1Q9XA 1WB9A 3BZKA 4B8CA 2ITMA 1D8YA 2P9KB 4BWJA 4DFPA 4O0IA 4KHUA 2DY4A 1KAYA 3HM9A 4V19S 3E9PA 5FLXO 3QEWA 4Q5VA 2Q36A 2RF2A 4DV7K 1XI1A 4ISEA 3WNHA 3I8DA 1HQUA 3G71N 4B9NA 1QQMA 4MLHA 3NHGA 3LZJA 3AVJA 1O13A 1ZBSA 3QETA 3TAQA 4FZXC 3DMJA 3NAEA 4Z94A 4QAGA 4CFBA 3UKUA 4JK9A 4IFYA 3FR0A 2HW3A 4RW9A 1XHXA 1B9DA 3OYNA 1KFDA 3TI0A 3V81A 1IBMK 4FWRA 3PX6A 4BC5A 4BRMA 1KQSM 1TAUA 4BQZA 2QWQA 1SQKA 3F5TA 3OYFA 1S1VA 1X3NA 4CGFA 1NK4A 4E3SA 4B9UA 3SUOA 4N76A 1EWQA 5AQXA 2GWKA 4N5SA 1YHQN 5KPTA 3CJ9A 1N36K 4IG0A 5AQLA 4KHNA 1HX1A 3O9RA 2NRHA 1RDBA 1DEJA 2QWOA 1KC8O 1UWBA 1C0TA 4XH1A 3VEVA 1J54A 3CCQN 5GIPA 3J80O 1A5XA 3VENA 1QQOA 4JI6K 3ZSXA 3C7NB 1JLQA 1JXEA 4MO5A 4FYDA 3ZT1A 1J6ZA 2NRTA 4L3QA 2IOCA 4IFVA 4DR5K 1NNEA 3MX5A 3F9MA 1NU0A 3CJCA 3KZBA 2KFZA 4DQPA 4BRHA 5AZIA 1KVAA 2E6LA 3ID8A 3GG4A 4DR2K 4F9OA 1NK5A 1NOYA 3IMXA 3SBTA 2E2PA 4O55A 5AQYA 4CBUA 1KSPA 4DQIA 5AQGA 4FXDA 5AQPA 3HJFA 2G8VA 2HVHA 3H1VX 2ETJA 5ADXA 4PY5A 4CZKA 3NBPA 5CHIA 4N56A 1RBVA 1FJGK 3VMFB 3M8PA 1XMOK 5BRDA 3HP6A 4Z4FA 5K14A 5KRSA 3A5OC 3TPQA 1WSGA 1KLNA 1KRPA 3O9QA 4CHZA 2AJQA 1SL1A 4FJKA 5KQ8A 3L8BA 1GLCG 2UUBK 4FCYA 4W5OA 4IO9L 3CCLN 1N33K 4EAHD 2GX9A 4OKEA 2UXBK 2A6AA 4FVUA 3VERA 3HOSA 4OLBA 1B92A 3CERA 1EXQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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