5LNRA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-plp complex
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 99
structure length 267
sequence length 267
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnrA00
3FYPA 4UNLA 1V7YA 2TSYA 3O05A 1W3IA 4JICA 4DELA 5AHLA 1QNVA 4UTUA 3VE7A 5FF3A 4UTTA 1K3UA 1F7BA 3I65A 5G2WA 4PEKA 4XKYA 4NU7A 3FS2A 4QNEA 3IVUA 2Y7DA 3W7CA 3BLEA 2HTMA 2E5CA 3C8FA 3E49A 3O6DA 4I7VA 1VCFA 2A21A 2GQ8A 5A5WA 3GIYA 1UUOA 2QCHA 4M19A 3ANYA 2C14A 1O4UA 1ZENA 3VKJA 2C6QA 3QM3A 1LTDA 1DVJA 1TQJA 2E6YA 3LCIA 3P82A 2QUTA 4MLRA 4TR9A 1BWLA 1VHCA 3CIXA 3CC1A 4JEQA 1P0KA 2ZA1A 3SW6A 5TIMA 1VYPX 3L2IA 3U8GA 4PTNA 4HPXA 2B7NA 2AAMA 3EKLA 1Q6LA 2VFFA 1TPFA 2CU0A 3QPZA 3KVKA 2V0TA 5AYZA 1F6PA 1VPXA 1JULA 4GUIA 5DBTA 2NX3A 4UTLA 2EHHA 1M6JA 3WJZA 2C1HA 3UQNA 1KM1A 2C16A 5LNRA 4IJBA 4L4MA 4N9EA 3HO8A 3BVJA 4BI5A 1JCYA 1YTDA 1M7OA 3GVGA 2W79A 1NSJA 3TJXA 3M0ZA 5G4WA 3B05A 4LC8A 5CZTA 5LHEA 3WK0A 1XBZA 4R7JA 4JTIA 2V81A 3DKJA 3TMQA 2NWSA 5G2HA 3OVQA 1K7XA 2V5LA 3OVRA 3I7QA 4RKAA 3LGEA 4K7VA 3W7KA 3NPXA 2VFGA 1TTQA 3E02A 1LCOA 4RZ6A 1QPQA 1F05A 2NXHA 3W83A 4O10A 3QSTA 2B7PA 3STFA 3E12A 2VFIA 4MY1A 3NQ6A 5I3HA 2V5BA 2TMDA 3MWAA 5BW6A 5CSRA 2NXGA 2FPVA 3QZEA 2WJZA 3S1WA 3W1LA 4CNPA 3M1ZA 3NL6A 3HG4A 3NPVA 3OA3A 1OK6A 2VOMA 2WKJA 1I2RA 5SWUA 1ZAJA 3NPWA 2NX1A 2ALDA 1FDYA 3QC3A 1H63A 1XC4A 3UWVA 3SZ8A 1ZY9A 4LNYA 3SGUA 4UIOA 2P10A 3N14A 4LUIA 3W7LA 1QOQA 2RKXA 2QCEA 4LW7A 3STEA 1S3HA 4FNSA 1VLWA 1GVFA 4L4LA 1R2RA 4B5NA 3L5MA 4KWWA 5AB3A 3GYEA 2Y89A 1F73A 1N55A 4NNCA 3BG3A 1RZMA 4LV9A 1EPXA 1LRNA 3IGUA 2ZQ0A 3MI2A 2ZZ3A 3BGGA 3S6DA 2ZA2A 3LX9A 5D2VA 2O7QA 1YTEA 5A8GA 4AVFA 2C13A 3PUDA 3W74A 3NM1A 4Q33A 3PS7A 1PL9A 3WJYA 4O1BA 1M7PA 3SIZA 1HFBA 2EAWA 2Z6IA 4FHAA 4LTSA 1FUYA 3G1DA 1F74A 1BEUA 3NL5A 1TMHA 4IX0A 2QAFA 1H7OA 2VKZG 4N4QA 2NV2A 1YTKA 1WBHA 3Q37A 4GRSA 2CLLA 4Y6GA 1NEYA 3FJLA 3NM3A 5BNKA 3PBWA 4MOZA 1SPQA 1T0OA 2VC6A 3MP3A 1IIGA 3LXBA 1JRCA 4GUHA 3VFLA 3QQ0A 3S1UA 4E38A 4LRSA 2CLIA 3HF3A 3ZFHA 2A4AA 5AHNA 1X1ZA 4XBSA 5BMWA 1H62A 5H2ZA 4GWEA 3LRKA 1G7UA 2BX7A 4JYFA 2VFHA 5G4EA 2YYUA 3LOTA 5FEXA 3W7OA 3S9YA 3GNNA 3F4WA 3P67A 4ICNA 3B0UX 4MKNA 4A29A 3QJAA 1TV8A 3A21A 3BARA 3HJZA 5D32A 4O18A 3W7RA 4AWTA 2NV1A 3EWWA 3HGJA 3O6CA 1DQXA 3NOEA 4JTFA 1FCUA 2WSYA 3O63A 3PSWA 3W7GA 1H51A 2E77A 3MYPA 1GWJA 1SZGA 2CWNA 1D3HA 3QQ1A 5AHEA 4OBTA 1O60A 4JTLA 1PE1A 1EB3A 2G5WA 3W1NA 3TW7A 5DCEA 2ISWA 1GEQA 4O1CA 1TSIA 4UTWC 4QIUA 4WQ6A 3IIZA 1OYCA 1XFBA 4QSHA 3GLCA 1GYNA 1PVNA 3MHUA 3MMTA 3V75A 1I2PA 3WK2A 4JTTA 3CQ0A 3PG9A 1KV5A 4FIRA 1KTCA 4IMEA 4N6EA 3W7PA 1QAPA 6TIMA 5BOOA 3NVTA 3P81A 2DZPA 3T44A 5FF2A 2QUVA 2BLEA 5U7SA 3FFSA 5IBXA 1SSDA 3MUXA 2RFGA 4XBKA 5HWNA 3KXQA 3M9YA 1YXYA 3LHVA 3C2OA 3R2GA 1WV2A 3VE9A 3UWUA 3HGRA 2CLHA 2H8ZA 3TSMA 3DZ1A 3TAOA 3DKLA 5T26A 3FOKA 2XFWA 4YMZA 1K02A 3PY2A 1W8SA 1DJQA 1LLZA 5IM51 3N9RA 3M44A 5LSMA 4MIMA 3DI1A 5KTLA 2CLMA 4O15A 3M43A 1D9EA 3CT7A 1DJNA 2B4GA 4U28A 3NQAA 1GTEA 5AC6A 1QO2A 5I3JA 4JR5A 2A7RA 3N9SA 2FB3A 2NUXA 1W5MA 3AJXA 3P5ZA 1NVMA 3G1HA 4NX5A 3DFPA 3MO7A 1TIMA 4LS0A 4IMDA 2BWGA 4DF2A 2CZFA 3Q94A 3W84A 4NJJA 3DENA 3H54A 1L6YA 3HOJA 5HQEA 1FXQA 1PHWA 1G6CA 4K37A 1I4NA 1KM0A 2ABAA 4AMAA 4CCDA 3KVMA 1YXDA 1TTJA 5KITA 2DORA 5D05A 3RMJA 3W7HA 2CLEA 2E68A 2KZHA 4UTKA 3W07A 4WXZA 2OT0A 1EP1A 4ZQPA 3KHJA 1HL2A 3NPUA 2HS8A 4RX0A 5K9XA 4A2SA 3KRZA 4O17A 4HT3A 2FDSA 4LC6A 4XWUA 1FY6A 2AQWA 4LVGA 1SO6A 4QM1A 1CX9A 5D03A 2ZRVA 4GC4A 1IGSA 4I9AA 4ZQNA 4ZVJA 3TNOA 4XZ9A 1VYSX 3S1VA 2ISVA 1H60A 1KFCA 3L9CA 5CPNA 1LOQA 4FNPA 4JTGA 2VELA 4MUZA 3CB8A 3EXSA 1P1XA 4DO4A 2ATMA 3MBFA 1AL8A 2BZNA 2ZRXA 3W7NA 1XDMA 1H61A 3DH7A 4DXVA 5HUOA 3G3DA 1WX0A 5I3GA 3RF9A 2QCDA 3BW2A 1AMKA 3NQ7A 1SW3A 4JIPA 1EP3A 3B8DA 1SFJA 2WSRA 1W31A 4JTSA 4UFHA 3S5ZA 2X30A 4FEZA 1JCNA 1RR2A 1HG3A 2A85A 2JGYA 1H7WA 3KRUA 5HWJA 1MSSA 4JS3A 1QCWA 5AN7A 4IWWA 5FEPA 1V5XA 5HJLA 3W75A 2J9YA 3IIPA 1KBIA 2Y70A 1TRIA 4K8EA 4JTEA 1ML1A 2I1OA 1JCJA 3M16A 3UWZA 3W6YA 1D3GA 2F7FA 1ZAHA 3EWYA 3LB0A 3TQKA 4C1KA 4EOUA 1J2WA 3IRDA 1OF8A 3BPWA 2DZVA 4A3UA 2YX0A 2YPIA 3QPYA 5H91A 3UWWA 2ZZ5A 2J9XA 3BLIA 3PAJA 1OFPA 4ORMA 3IIVA 4AH7A 5EBUA 2I14A 4RLIA 4TMBA 2YSWA 3LCHA 1P5BA 1SR9A 1QPRA 3MHGA 3R13A 1SO4A 4M6VA 4LWWA 5DLCA 5L9FA 3ABQA 3TFXA 1SO5A 4M6PA 3N19B 3P5YA 3W2MA 4IX2A 3UY8A 4UC5A 5DXYA 4WY0A 3WJWA 4Z0JA 2ZBTA 4CLMA 2ZTKA 1T99A 2Z0IA 3DU0A 4H6KA 2C0AA 4JIQA 3TIMA 1OX4A 1EWDA 4UTIA 2ISSA 2V2CA 3UD6A 3LHZA 4KFOA 4QITA 3G1VA 1SUXA 1FWTA 2NX9A 1GQNA 4M7SA 3W1AA 4JGDA 2YCEA 2YYTA 4WJEA 5CSSA 4ADUA 4U4MA 4LV4A 3UPBA 4OQVA 3L0KA 4ZQRA 5AFDA 5EMUA 2Y88A 1VCVA 3W1RA 4DBEA 4TX9A 3DFOA 3DXIA 4EIVA 3EEGA 1SQ7A 3DAQA 4XTDA 1WBJA 3GDRA 3M47A 3NXFA 4MYAA 3W2JA 4TO8A 4MY8A 1SU5A 1QPNA 1GOXA 3C2RA 5DY3A 4C1LA 4ZQMA 5FESA 1ZFJA 1N7KA 3LCLA 3GXNA 3HPXA 1FWRA 2G97A 4GUFA 2Q3RA 3EX4A 2WPBA 1ZJIA 4WX2A 3CTLA 2GJLA 1IXOA 4CQ9A 1ONRA 3TH6A 4O12A 5G1YA 1GZGA 1N8FA 3DHDA 4NJGA 1X8FA 3SGZA 3P74A 1EX5A 1BKSA 1FX6A 1MEHA 3L65A 2ZCGA 4RZ4A 1OHLA 4ZZ9A 2W0UA 3W1XA 3W2KA 2V2HA 3N73A 5K2ZA 3LTYA 2E6DA 4N9BA 1XCFA 3Q58A 1JCMP 2R91A 4CNOA 3NQFA 4UXDA 1X1OA 3LLDA 3OVPA 3TX9A 3M6YA 2OCZA 2NUWA 1FWNA 3JR2A 1DKWA 5EL1A 1Q3NA 1ZNNA 5D37A 2EF9A 4AHPA 1TREA 3O06A 5DY2A 3QRHA 3O07A 4XQ6A 3SFKA 2AGKA 2BXVA 1TTIA 1R30A 4WUIA 1Z42A 2ZYFA 2Y7EA 4KFNA 4ZQOA 2QCLA 2B0MA 1ICQA 3F4NA 1ADOA 1KTNA 4IMFA 4OHQA 2FTPA 3YPIA 3NQMA 4LY8A 3C52A 5EA9A 3QSRA 3W3OA 5HR6A 2GVLA 4DEFA 1LBFA 1H50A 3M5VA 1K7FA 5KZMA 5LNSA 3DFQA 1FCQA 8TIMA 4X2RA 3UPWA 3KX6A 3VCRA 4NVTA 3H53A 1KA9F 3WK1A 3U2OA 5EKYA 3PG8A 3NO5A 4YCPA 5I3KA 5D2XA 1FWWA 1F76A 1KTBA 1TPWA 4CNNA 4IMCA 3UYCA 3LCFA 1SZFA 3B06A 3A5VA 1H5YA 4IQLA 4NNAA 1PCKA 2FFCA 1K8XA 3RU6A 2G95A 1JQVA 3TROA 1RQBA 3BK0A 3TQVA 3M5XA 3HG2A 1B9BA 2WNNA 1MO0A 2ZDRA 4ZMGA 2A6LA 3LCXA 3GK0A 4O16A 2H6RA 3W76A 3P84A 4DBDA 2Y63A 3PUOA 4LS2A 4MFEA 2JGQA 1YDVA 1G7VA 1VQTA 1TTPA 1W3TA 3STGA 4E0CA 1X6UA 4RZ5A 4HNNA 4PL1A 1FBAA 1U5JA 2X16A 1L6SA 3EB2A 4Z1BA 3MW7A 5DBUA 1DV7A 2OT1A 1RQEA 4XUGA 4CCCA 5C2XA 5J5DA 4GNJA 4G1KA 5AHMA 3IVTA 3FA5A 1NF7A 2RDWA 3OIXA 4TMCA 3EX3A 4LS1A 2V9DA 2YFNA 1F2JA 1KFKA 1IXPA 2H8XA 2QJHA 3ZWTA 4JDBA 4JDYA 1VS1A 3WJXA 3V1PA 5LGXA 2Q3OA 1H1YA 3MI6A 4UFKA 4LVAA 3NL2A 1YPIA 2QCMA 1EUAA 2VENA 4CCEA 3W7DA 4RR4A 3C2VA 3P60A 3NGJA 4Y9AA 1ZAIA 1A5SA 4DF1A 3GDMA 2DZXA 2J24A 4S1FA 3W86A 5LKYA 3NQ2A 4BWLC 5EPDA 3L0GA 5DXXA 5F1VA 2Q8ZA 3B4UA 3MP4A 5K7JA 2OX1A 4O28A 1H7XA 4Q4KA 1I2OA 4UFLA 4O54A 4PFMA 2YZRA 5F1UA 3CEUA 1QR7A 1L2UA 2CZEA 1KW1A 5E0KA 5F2GA 1OFRA 3CPRA 4MZ8A 2P1FA 4RK8A 2PRHA 4JXCA 3G8RA 4LRTA 3W1QA 5F4WA 4AAJA 2QCNA 5D2YA 2VEIA 4GXMA 3W73A 3CWOX 2CFFA 1GTHA 1RD5A 3L67A 5AC8A 4RV8A 5K4XA 3SY5A 4UFIA 2B7QA 2YDAA 4DPQA 4RCXA 3W87A 5HR7A 1VJIA 3HPZA 1UCWA 2A1YA 4KFPA 4H3DA 3QF0A 2Z2UA 1GYLA 5I3FA 2EPHA 2QKFA 2E5DA 3M7WA 4MYXA 4X22A 2V82A 4O8RA 1HTIA 2E09A 3NZ1A 1FDZA 2JK2A 4HSNA 2D73A 3TC6A 3W23A 1ALDA 3GKFA 4IPJA 3A23A 3FKRA 4UTWA 3G3MA 2PE4A 1EEPA 3TK7A 3L5AA 3NNTA 5FEWA 2PRLA 2FQIA 2ZZ1A 2A7NA 3ATZA 4YLWA 1KLYA 1WOBA 1QMLA 1XBYA 4AHOA 3GXPA 1JVNA 1XKYA 1T8XA 4MVAA 4ZL1A 1JJKA 4MPQA 3C0JA 3W70A 2PRMA 3QYQA 4ONVA 3IIXA 5HUPA 1B3OA 3UZ5A 4ADTA 2YR1A 2P0OA 4O19A 4IOTA 4P2VA 1OFOA 3W2NA 3C3NA 1YDNA 1AW1A 2XN2A 1SO3A 5DCBA 4GJ1A 4DPPA 5I3IA 1J5TA 3LI0A 3EWZA 3W85A 3T7VA 3OG3A 4MFDA 1W1ZA 2CW6A 3G0SA 3G24A 2QJGA 1WDWA 5D2TA 4O52A 1VHNA 4Q32A 3TMLA 3FLUA 3LM7A 3CLMA 4FXRA 3DFTA 5K4ZA 1TB3A 1FQ0A 3G18A 4NXKA 2Y6ZA 3H55A 3K30A 5K9DA 2B7OA 3HIJA 3HB9A 4M6QA 2GQAA 1VLIA 3C2FA 4K7YA 4NJHA 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 4FX6 M;  1W56 A;  4JY8 A;  3SI9 A;  4PC8 A;  2ZFA A;  1XL9 A;  2A7P A;  1IF2 A;  2XN0 A;  5TBO A;  2DJL A;  3QW3 A;  4J9J A;  4JN6 A;  2PCQ A;  2Y7G A;  3KVL A;  4O4V A;  3VND A;  4JNM A;  4GFS A;  5E1Q A;  2CLK A;  2GUU A;  2ATS A;  3GDT A;  5BMX A;  2GOU A;  2ZZ4 A;  3N2M A;  1Y0E A;  1R47 A;  1RVG A;  4MZ1 A;  4HKP A;  1OX4 B;  1B4K A;  4PL2 A;  2G96 A;  4AF0 B;  1K8Z A;  3OBK A;  3TR2 A;  3MHF A;  2X1R A;  3USB A;  2QR6 A;  1XI3 A;  1JUK A;  3MBD A;  1BWK A;  2E6F A;  3P61 A;  4FX8 A;  2WO5 A;  5LHF A;  2ZRU A;  1E51 A;  3PUL A;  4HHP A;  4FNT A;  3TA6 A;  4ML9 A;  2F84 A;  3R12 A;  3L0N A;  4HNT A;  3B0V C;  1WA3 A;  3CEP A;  4LT9 A;  3MJY A;  1DHP A;  2DZU A;  4QJ1 A;  3EX6 A;  4P61 A;  3TUU A;  1OF6 A;  2ABB A;  3E9A A;  2ZZ2 A;  3LLF A;  3D0C A;  1KLZ A;  3GND A;  3TXZ A;  3C61 A;  2RHG A;  3QW4 B;  4UTT C;  4BI6 A;  1Z44 A;  3LHT A;  3N34 A;  1YLV A;  3CHV A;  2IQT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ACR A;  1PAM A;  3CZE A;  4JIC A;  4D8A A;  5AHL A;  4UTU A;  5FF3 A;  4UTT A;  2Z4G A;  2NW0 A;  1SFT A;  1F7B A;  3B3D A;  1OY0 A;  4PEK A;  4XKY A;  3IJL A;  4QNE A;  2E9M A;  3QLL A;  1DXE A;  3GE7 A;  3RU8 X;  4MDP A;  3EBV A;  3BLE A;  2HTM A;  2VTF A;  4QG8 A;  3WDI A;  3A4J A;  5IFT A;  4BS0 A;  5A5W A;  2PDY A;  3ANY A;  2C6Q A;  2PGW A;  2YZ5 A;  3N18 A;  4QQU A;  1VHC A;  4CEX C;  1JI2 A;  4JEQ A;  4HNC A;  1B3X A;  1W3K A;  4H9X A;  3S9Z A;  4HPX A;  3UR5 A;  1I0D A;  1UKT A;  2WCA A;  3GY1 A;  4HA3 A;  4MMW A;  1IR2 A;  3KVK A;  2J66 A;  3VD9 A;  3EDK A;  1JUL A;  4HCH A;  1TE6 A;  5DBT A;  3S1G A;  1U2Y A;  2EHH A;  4P7L A;  4WSK A;  3UQN A;  1KM1 A;  2IPJ A;  4L4M A;  1J96 A;  4BI5 A;  2FH6 A;  3GVG A;  1V6W A;  2AQV A;  4LC8 A;  3WK0 A;  1XBZ A;  4R7J A;  1AQH A;  3DKJ A;  1HKI A;  3OVQ A;  2OLS A;  3OVR A;  2CXG A;  3EOL A;  2OEL A;  2VFG A;  1TTQ A;  4IG2 A;  4J40 A;  4AX6 A;  2NT0 A;  2OZ8 A;  4ACZ B;  1GKR A;  3W83 A;  2INZ A;  3STF A;  2VFI A;  3NQ6 A;  2VX4 A;  4YWS A; 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