5LNSA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-r5p complex
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
275
structure length
275
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 98
structure length 275
sequence length 275
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnsA00
2TYSA 4S1FA 3EWYA 3O15A 1MZHA 5F2LA 2V2CA 5D09A 2VKZG 1W5OA 5AYXA 4IPIA 5AOUA 4EIVA 5K9XA 3ABQA 4A29A 3G1DA 2WNQA 2BXVA 3O05A 1W54A 2Y88A 3LHZA 4BR1A 3TUUA 3EXTA 3INPA 4AF0A 3W1NA 3AJXA 3E9AA 1K02A 2GJNA 4UFJA 4Q4KA 3MP4A 1K8YA 1NVMA 4N9EA 4DF0A 1F6KA 5K9DA 4OBTA 1GYLA 3DFQA 3USBA 4BK9A 3M5XA 1NAL1 4MYAA 1X1ZA 3LV5A 3W87A 4NX5A 1SW0A 4AHPA 3EX4A 4K8HA 1AL7A 3NL5A 1UASA 1J5TA 3QW4B 4MKNA 3GDMA 2CU0A 4O52A 2OMAA 3L5LA 4CCEA 1EPXA 3NL3A 3HPXA 3R13A 5I3HA 3FS2A 4LT9A 4MYXA 1TSIA 1WOBA 3W1AA 4E2DA 1VGAA 3P61A 3IGXA 4UR8A 5FI8A 3MO7A 1DOSA 1KM2A 1F76A 3MWAA 1YXCA 3CWOX 5HULA 4UR7A 1WX0A 3LTSA 4UMAA 2V5LA 3W7QA 3NPXA 1PIIA 4GJ1A 3UWUA 2DZWA 2NXIA 3G24A 4AEOA 1JRCA 3QC3A 4N4PA 4WQ6A 2QCDB 2IQTA 1GZGA 3I68A 3STCA 3TCEA 1QOPA 3A5FA 5DY2A 1XDMA 4BFAA 4HNNA 3DZ1A 1VLIA 5F4WA 4TIMA 3N2XA 3LM7A 3LLDA 5FF2A 2DZXA 3CU2A 3W83A 2ZBTA 4Z1DA 1XBXA 4KFNA 3GKAA 1WOAA 1X1OA 3DFTA 3LRLA 2WJZA 3NAVA 1JVNA 4M5PA 4S2BA 5I3FA 3DKJA 1O4UA 4O1DA 3EWXA 2DZTA 4OQVA 4AHQA 4LVAA 4PC8A 1OFBA 5D03A 4Y96A 2WKJA 3MI2A 1CI1A 3QFEA 4CNPA 3LXBA 3G22A 5CSSA 4MOZA 5D38A 4FIQA 1ZAJA 4BWLC 1TREA 4UTIA 1KBIA 4KKXA 4E38A 5L9FA 3CC1A 4QJ1A 2LLEA 3LI1A 1EP1A 1FX6A 1QMLA 4G1KA 4LVGA 2BSLA 3M44A 4N9DA 3LTPA 3TMLA 1M5WA 1NEYA 1K8ZA 4ORMA 5CGQA 4AHOA 1V7YA 4N9CA 4RLIA 1YPFA 1XM3A 4IMEA 5D2YA 1H1YA 3DFNA 1THFD 5GVJA 1FWRA 1MEHA 1LP6A 4DELA 1K7FA 1PVNA 4IXHA 3FLUA 4QM1A 4ZMGA 1FBAA 2W0UA 4KWVA 5AHLA 4UFHA 1H63A 3LHVA 2VEPA 3W07A 3FIGA 5LNSA 4Z1CA 5A5WA 3Q94A 1TPEA 2FB2A 4U28A 3FJLA 5K7JA 3LCXA 1YTKA 4FXRA 1EUAA 3L2IA 3S1VA 4GNJA 7TIMA 1ZNNA 2CWNA 1LRTA 4LWWA 3ZWTA 3PS7A 5J5RA 2VELA 1OG0A 5LHEA 4UXDA 1W8SA 1VCGA 4N6FA 4C1KA 2WSQA 1UJPA 2B7QA 3LCLA 3UZ5A 3UWQA 3U2OA 1IGSA 1AW2A 1TPB1 2H8ZA 3TA6A 3PG9A 3T4CA 3GAKA 3IGUA 2NZLA 3B8DA 3O16A 2JK2A 4R53A 4RX0A 1W37A 4UC5A 3W3OA 3EX6A 2QEZA 4ADSA 5HNRA 4PEKA 1R46A 3LCGA 3G1XA 1XL9A 2Y7GA 1RVGA 1H50A 3IVUA 2I1OA 4IJBA 3P5YA 1TPC1 4CQ9A 3G0XA 3KVLA 2DP3A 3MBDA 2YFOA 4S2CA 1ME9A 2XN1A 2Y89A 4ZL1A 2NXHA 2QJIA 4JTLA 3W1MA 1SQ7A 2P1FA 1VYSX 2WO5A 3W22A 1KM3A 4GC4A 1M6JA 1QFEA 1W31A 2CW6A 1LORA 3F1QA 4UFLA 2E6AA 3PY2A 5D33A 1GVSA 3CT7A 3BG9A 1W1ZA 4MIMA 1RZMA 3P5ZA 3G1AA 3W84A 1SUXA 3VCRA 1R2SA 3KVMA 2ZYFA 4LRTA 1AW1A 5HWNA 4H4IA 1KTCA 3DBPA 3QW3A 4Z1BA 3WJXA 4XTIA 5DCEA 3L65A 4GUIA 2ZZ6A 1BWLA 4UTTC 4LVBA 3S1UA 2QAFA 1VJIA 3W71A 1DJNA 5IM51 2RDTA 4X9SA 4AAJA 1AG1O 1YTDA 3CEPA 3G0UA 1S5WA 2ZA3A 2QCHA 4NJGA 2ZFAA 3MBFA 4PFMA 4Z0SA 3C4UA 4MY8A 3HG4A 1LTDA 3UWWA 2QDHA 4JDBA 3P81A 5HINA 1HG3A 2TPSA 3DHDA 5HR6A 2JKAA 3M5VA 2QJHA 4AMAA 3B05A 5DBUA 5D04C 3OIXA 4O1BA 5I3GA 2Y6ZA 5KTLA 2OJPA 4DPPA 5J5DA 4IMCA 2QUUA 1KW1A 2H3BA 4JTIA 4GBUA 4N6EA 4O13A 2PCQA 2DZVA 4PL1A 2VFHA 1VS1A 5HWMA 2RDUA 5G2IA 4EF9A 2JKPA 4TX9A 2QUTA 1VZWA 1Q6RA 3R2GA 1P1XA 2QCLA 2V8ZA 5DXYA 5U4NA 3NDOA 1TTQA 1VRDA 4LS2A 3A24A 5C5YA 2HS8A 2QCMA 2E6DA 3JR2A 4TMCA 4JTJA 1R47A 4L4MA 1PCKA 3WK1A 2TMDA 3TDFA 3KX6A 2Y7DA 1VR6A 2I9EA 4OT7A 4DBDA 1JCLA 4O10A 4RZ6A 2Y63A 3PBUA 5E0KA 4ZQPA 2CFFA 2DU2A 3GX9A 2QCNA 1DQWA 3EB2A 2CLKA 4WX2A 3LXCA 1SSDA 4UIOA 1I2RA 1GEQA 1LBFA 4N2YA 4GUGA 3P67A 3C2VA 5LGZA 1SZEA 2G95A 1GG1A 3CIWA 2JBMA 1B4KA 1D9EA 2V0TA 3IV3A 1TPVA 2ZZ5A 1NFBA 3HGOA 1R2TA 2KZHA 4NUWA 1T96A 5I3JA 1UUOA 3DENA 1FCBA 3PF3A 5DELA 3TSBA 3QM3A 2X1UA 2ZRUA 4NNCA 4Y6GA 3NEVA 3PUDA 3NGJA 4FIRA 3NA8A 1K7XA 2Z6JA 4M6VA 3Q37A 1F7BA 3LCHA 1OYBA 4O0KA 1QO2A 1Z41A 3L5AA 2GQ9A 2RKXA 4WY0F 1KM1A 1DKWA 1EB3A 2ATMA 4B5NA 3RFAA 1KM6A 1OF6A 5HMSA 3KOFA 2H6RA 3ATYA 3CWNA 3NXFA 4FX6M 3G0SA 3DI0A 3UY7A 1HL2A 5HR7A 5AHFA 3NQ8A 2GPTA 1XCFA 5F4SA 1VH7A 3GVGA 4JTHA 3GZ3A 1MEWA 1GVQA 3H55A 1G7VA 1ZALA 4IPJA 2WQPA 4DO5A 1P4CA 4AWTA 3D0CA 5D2XA 3WK2A 1SO3A 1KFCA 4EOUA 3OG3A 2VC6A 1W5QA 3C2FA 4JEQA 5HWJA 2GJLA 1YPIA 3ATZA 3G8RA 1N8FA 3QH2A 3NQGA 4QIUA 3RU6A 3TAOA 1QAPA 4FNUA 4L4LA 3S5NA 4D2JA 4LUIA 1BWKA 3TMQA 3MHFA 2E6YA 3RNDA 1JUBA 4JIQA 3UWZA 5CPLA 2E77A 5BMXA 3UWVA 1L2UA 4QNWA 2PURA 5AHIA 4FO4A 5DY3A 3C0JA 2NX3A 4O18A 1N7KA 2HTMA 4TU1A 1DQXA 4UNKA 3C6CA 2YSWA 4LW7A 3HO8A 2C19A 1XKYA 4K6AA 1FUYA 2OT1A 3KFTA 5H2ZA 4MY9A 2O7SA 3N14A 1XC4A 2B7OA 3W2KA 2CZ5A 1H7WA 5C55A 5AHMA 5F2GA 1TO3A 1YDNA 1XBVA 3N34A 3OVPA 4Q32A 4JXCA 3GXNA 2Y62A 3JRKA 1OFPA 4UFMA 4LNYA 3FYOA 3VE7A 4FNQA 2YR1A 4HPXA 3ZR4A 1X8FA 3GR7A 5IBXA 3UWYA 3WFAA 3TNOA 3UNDA 2J9ZA 2QCDA 4JD4A 1QCWA 1PE1A 1FWWA 1SO4A 5I3IA 4CLMA 3WJWA 4NXKA 4BI6A 4JX4A 3A9IA 3HGJA 1OF8A 3NQFA 5FF4A 1ZHAA 2Y61A 4EF8A 1DJQA 4FB7A 3I7RA 1OFAA 3TC7A 3W2JA 3GDRA 2CLMA 4DF1A 3TFCA 5K9CA 4A2RA 2Z2UA 3CQ0A 3C3NA 1PCWA 4LC6A 1TPFA 4JYEA 4X2RA 3LRMA 2NUWA 5E1QA 5HJLA 3ZS4A 1I2NA 3W7PA 1IXOA 3L0GA 3M7WA 4AB4A 3S5ZA 1VHCA 2RH9A 3KVJA 1VCFA 8TIMA 3MUXA 1OABA 4OGZA 3BVJA 1W3NA 4FEZA 4O12A 2YCEA 2QCCA 2YZRA 5HQEA 4OWGA 4UNLA 3THQA 4M7TA 1AW5A 2AQWA 4POCA 3IVTA 1T99A 3CIXA 5BNKA 1TQXA 2ZZ3A 4XKYB 1ADOA 3W7CA 1QPQA 3PSWA 4E2BA 1OFEA 3JS3A 5F1VA 5C2XA 2OX1A 5K4ZA 2CLOA 4GRSA 4Y90A 3NPUA 3GDLA 1KFLA 3S5OA 3GNNA 2FPVA 5LGXA 3NM1A 4UTMA 3IIVA 1FCVA 4DO6A 2EGZA 4Y9AA 3MYPA 3HPZA 4YXGA 3OA3A 1YTEA 3G1VA 2ISWA 2W6RA 3TQ0A 3SSJA 3S1WA 3ABOA 3NQDA 3FOKA 3QMSA 2P0OA 4Z0JA 3C2RA 3SIZA 3LRKA 4HT3A 1ZAHA 2F7FA 3QPYA 3P8JA 4XTDA 3SJ3A 2R91A 4WXYA 4YLWA 2X1SA 4JTUA 4AF0B 3TU9A 2NUXA 2OZ0A 5FF7A 4KFOA 3ELFA 4HIBA 2FLIA 4CQAA 1JCXA 3FKKA 1O60A 3W1LA 1KM5A 3L9CA 5T26A 1N55A 1TPWA 2V82A 3W7MA 1SFLA 1LM1A 5CPNA 3W7EA 1FDYA 3M0ZA 5DLCA 3PUEA 4NT0A 3DXIA 1NF0A 5AB3A 1G7UA 3NQ2A 3UPWA 3A21A 3C2OA 1WQ5A 2QAPA 3KVKA 1TMHA 5G4EA 4FNPA 4IX0A 1EWDA 1O94A 4A3UA 1Z44A 4YMZA 1X6UA 3B4UA 1H61A 3GYEA 2CLHA 3STFA 3W7IA 2H8XA 1DBTA 3STEA 2R8WA 4FXSA 2V2DA 2RFGA 1PV8A 2X1RA 1K7EA 1SR9A 5TQLA 3LGEA 3TH6A 3NQ6A 4PCFA 1SO6A 3B0PA 2E1DA 2YYUA 5LNRA 1XBYA 5AHEA 1LYXA 3QQ1A 1LLWA 3C2EA 3L66A 3QRHA 3CHVA 3DH7A 5KITA 1SU5A 2E5BA 3GDTA 1SFJA 3UXAA 4ZQRA 3P7YA 2Q8ZA 4O1AA 5AC6A 1RR2A 4TO8A 3HGSA 5KSWA 1PHWA 1TPUA 4I7VA 1HO4A 2PC4A 1A5SA 2YFNA 3FKRA 3MI3A 2QUVA 5SWUA 1U5JA 4M7SA 2QF7A 3UYCA 1H5YA 3PM6A 5CZTA 2E5DA 1TCDA 3E0IA 3B04A 4RKAA 4JNMA 1L9WA 3TV8A 3DKLA 3LXAA 1ALDA 4JYFA 5K4XA 3P74A 5BOOA 3GK0A 5LZLA 4A21A 4DO4A 2DJLA 2HMCA 1L6YA 4IWWA 3PULA 1NSJA 3L67A 3BGJA 4IOTA 5CPOA 1H62A 1OHLA 1EX5A 1YLVA 1TTJA 4AWUA 3G3DA 4M6PA 3PBWA 3LX9A 3W86A 3NG3A 5AN7A 3W7KA 1QPRA 3O63A 3IIZA 3VI2A 3R89A 1YDVA 3BW4A 1Z48A 3BLEA 1I8JA 2NV2A 1LBMA 2A21A 3IGSA 1SW7A 3M5YA 3M9YA 1B57A 5DN1A 1OYAA 3BPWA 3TROA 4JTKA 4WUIA 1LOSA 3SGUA 2Z6IA 3W73A 4FX8A 5D2WA 5I3KA 1KFJA 1GPWA 4WY0B 1F73A 4CQ8A 1GYNA 2BTMA 3TC6A 3S8HA 3B0UX 2R94A 4RK8A 2VXNA 1TTPA 3C56A 1IXPA 2VEIA 2C15A 1G4PA 2C1HA 4O15A 4GUJA 3UPBA 4ZZ9A 4GWEA 1BEUA 3N2MA 1U83A 1OK6A 2V2HA 1JCJA 4K7VA 1I2QA 4Q33A 3FYPA 3UZJA 4UFIA 1OFOA 4LV9A 3TSDA 5CG7A 2YYTA 1GVOA 2NX1A 3BK0A 5U7SA 5G1YA 1AK5A 5IBXC 1TRIA 1XUUA 1QPOA 3DGRA 4K37A 3EX3A 1PHQA 3HG2A 3WK3A 5MHBA 1FWNA 2EF9A 1WXJA 3GDKA 2UV8G 2B0MA 2W79A 5K3VA 5BMWA 3OEXA 3W1QA 2XFWA 4N9BA 3WJSA 4JTEA 2E68A 2ZRYA 4MVAA 3FFSA 2FTPA 4UTLA 1MXSA 3NOEA 3LHYA 3VNDA 1ZENA 3H53A 1JCYA 5G4WA 1LLZA 3F4WA 5FEWA 3MHUA 3IEBA 3TX9A 1A53A 4MFEA 4NJJA 2FPYA 4OV9A 5FEXA 2GVLA 1UB3A 2PE4A 4M19A 3M5ZA 3LHUA 3NQEA 1TJRA 4JIPA 2J9XA 3TXZA 1SSGA 1W5MA 4HSOA 4GUFA 3DFPA 1RV8A 2GVGA 4LTSA 3U6WA 3TXVA 3MJYA 2OCZA 2GVJA 1LROA 1AMKA 3TQKA 4O53A 1RQBA 1X7FA 3M1ZA 2QDGA 4ORIA 2WOQA 3HQ1A 1YXYA 4JTTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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