5LNVA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320 complex from multiple crystals
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
277
structure length
277
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 101
structure length 277
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnvA00
3PULA 5HWNA 1A53A 4NJKA 3TV8A 2ABAA 5DXYA 3RK8A 1RD5A 4GRSA 3EX6A 4JTEA 2RFGA 2X1TA 1EWEA 2GQ8A 5A5WA 3TFCA 1JCNA 4IPJA 1SQ7A 1G6CA 1PIIA 1DOSA 1VCFA 2C15A 3ELFA 3WJWA 3PY2A 3CT7A 4NZFA 3L5LA 2PC4A 3HPZA 1VGAA 1PHQA 2CFFA 4MVAA 3ANYA 1KFCA 4LUIA 4CNOA 3NQVA 3P82A 3LI0A 5KTLA 4MYXA 5CG7A 4TX9A 4DF2A 5A8GA 2R14A 2ZFAA 3CTLA 1G4SA 5D33A 1GZGA 2BZNA 2ZA3A 3L67A 2ISSA 3GDMA 2NX1A 3NQ6A 2VFDA 3VE9A 5BNKA 6ALDA 4JGDA 2GVLA 4MLJA 4MKNA 2FPTA 1GG0A 3MJYA 5C6MA 3FKKA 1DBTA 2R91A 3PG8A 4ZQCA 1VCVA 3E02A 1FWTA 2E09A 3W86A 1PVNA 3KRSA 4LRTA 2Y7GA 3L66A 3GVGA 1K03A 2A85A 2YYUA 1VCGA 4Z0JA 3W7DA 2CW6A 1MEHA 4IUOA 4GUHA 1JQVA 1OFAA 3W7EA 1Q6RA 1PL9A 3Q37A 3M0ZA 3LTYA 3DBPA 3WJXA 5BMXA 3W2MA 2DJLA 5FI8A 1VYPX 2QUVA 3G0SA 2A7RA 1XKYA 4JD4A 3Q94A 1SUXA 2RDWA 1NF0A 1TV7A 5EA9A 2YW3A 3LRLA 3LCXA 5HNRA 1T96A 4LU0A 3O1NA 2E5DA 4NNBA 5D2VA 2J9YA 5D32A 2Z0IA 1LOSA 2V8ZA 3I68A 5CZJA 3TH6A 1XDMA 4PC8A 1YADA 1U83A 2VEPA 3ABRA 4PODA 3S6DA 1UB3A 3TJXA 3UWQA 3LXAA 5LHFA 4X3ZA 3DKLA 3G24A 3HGRA 4H6KA 1B9BA 1KV8A 1T99A 1NFBA 2CLKA 1JCYA 3M9YA 4WXZA 4Z1CA 3OEXA 4J9JA 2R94A 3A21A 1Q45A 4YMZA 3C0JA 3LHVA 5LZLA 1TPH1 3W2JA 2DZVA 2QEZA 4Z08A 1KFKA 1H60A 1JUBA 4O53A 3M5ZA 3W70A 4JTGA 1F2JA 2PURA 1MEIA 2NWSA 1TTIA 3T4CA 5EPDA 4X2RA 1HFBA 3ZWSA 4PH6A 3N9RA 3QQ0A 3Q58A 3QEZA 2NZLA 4IMEA 4O28A 1RZMA 4JTLA 3UYCA 3DXIA 4O1DA 2H8ZA 4UFMA 1EPXA 2ZA2A 1G4EA 3SFKA 1TPVA 1JCLA 3NG3A 1QAPA 3TNOA 4QQ3A 3W75A 3S42A 4N4PA 3IIPA 5EL1A 5HJLA 3L9CA 1SW0A 1EP2A 4AXKA 4LS1A 4AEOA 1I2PA 3CWOX 1Z41A 4TIMA 3GDKA 4UTKA 4O10A 1F6PA 4MYAA 2G5WA 1TPEA 4CNNA 1SU5A 3M16A 2WO5A 1C8VA 1KA9F 3INPA 2BTMA 4O17A 3C2FA 3S5NA 5CPLA 3MWAA 1YLVA 3C2RA 3W7KA 3LBCA 1KFJA 1TPB1 2C18A 3NDOA 1IF2A 3GNDA 1W0MA 1MXSA 4XWUA 1ZY9A 1RQHA 2HS6A 2QR6A 4YXGA 4LV9A 1M7PA 3A5FA 1Z44A 3IV3A 4GUFA 3R89A 3W1PA 2E6FA 3EWZA 5FEXA 4UTMA 2XN2A 1FQ0A 2CZ5A 3I7QA 3E0IA 4UXDA 3EXSA 2WSYA 4JEQA 3NM1A 3DFQA 2EPHA 3E12A 1P4CA 2ZRWA 1KM1A 1XL9A 1AL8A 1H51A 3H53A 2F7FA 1EUNA 4JTJA 5G1TA 4JIPA 4P2VA 3GKAA 3W71A 3IRDA 4ZQMA 3G8EA 3EEGA 4Y96A 2G95A 4OE7A 3F1QA 5BRBA 3D0CA 4EF9A 4CLMA 4DF1A 3DHFA 3SW6A 3BLIA 4H4IA 1IIHA 1JUKA 1TPFA 2RH9A 4AMAA 1OX5A 1QOPA 5F4XA 4PL1A 2X1UA 4QISA 3W7HA 4LC8A 1PCKA 2JKPA 4O52A 1W5NA 4WJEA 1QO2A 5HUOA 4MY9A 5K9DA 2V9DA 2DP3A 3W6YA 3G8RA 5K2ZA 3LERA 3QZEA 4UFHA 2QUTA 5H91A 4Z1AA 4GC4A 2HS8A 3EX4A 5LNWA 1I45A 3C3NA 4UMCA 5CKSA 1ZHAA 1L9WA 4MY8A 3DFOA 3MI6A 3CQ0A 5AN7A 2PRLA 2A4AA 4Q32A 1G69A 3OA3A 1YXCA 2J9XA 4GNJA 2J88A 1H7NA 4Z1DA 3TC6A 3FFSA 3W07A 3G1XA 5AYZA 3T78A 4FF7A 2WJZA 2CZFA 1I2QA 1I4NA 3NYZA 1SZFA 3OIXA 2VOMA 2QCGA 2YX0A 2QJGA 3ZS4A 3UWVA 4YCOA 3NAVA 4Y90A 2ZRUA 4UR7A 5AHEA 5G4WA 1DVJA 4UMAA 1VRDA 4O0ZA 1R46A 4AF0A 3QSRA 2C3ZA 1EWDA 4JY9A 5ABTA 3TXVA 4NJGA 1LTDA 4Q33A 3N3MA 4FX7A 3G0UA 4BI6A 1KLYA 4FXSA 3NM3A 4JIQA 5E93A 3S5YA 2PRHA 3PUDA 4Y9AA 1F73A 4QSHA 5DXXA 3NQEA 3VKJA 5C2XA 1OVDA 3BG9A 4JTSA 4AHPA 3R12A 1S3HA 1X7FA 4QNEA 4LW7A 3OVRA 2OMAA 4M19A 3FKRA 4NX5A 3O05A 5F2GA 4CQ9A 3JS3A 3BVJA 3QFEA 1A50A 4UFKA 3LOTA 2ZZ4A 1Q6OA 5D02A 4PTNA 1CX9A 3DI0A 5D03A 3SY5A 1TRDA 5EYWA 2CWNA 2JBMA 3IIXA 5DLCA 1W1ZA 1SZNA 4O4WA 2FB2A 2NX3A 4AAJA 3LGEA 2O7SA 2GVJA 4I7VA 3S9YA 1ZNNA 3W1UA 3C61A 3B0UX 1E51A 3M43A 4GE8A 3LLFA 3N14A 3P67A 4N4QA 1YXYA 1V5XA 1TSIA 1LRQA 3NQMA 1LOQA 1GTHA 3W83A 4R7JA 3B8DA 3M7WA 1I8JA 4N2YA 5K7JA 1BWLA 1IXOA 1ML1A 4JTIA 5C54A 1ZAJA 2NV1A 5FESA 1V7YA 3T44A 3VCRA 2GOUA 3MP4A 2NXIA 4EOUA 4DBDA 2V5LA 2DZUA 3B0PA 4JTKA 1TREA 2VFFA 2AAMA 1TCDA 1M5WA 3F03K 3GAKA 2NUYA 2V82A 1W5QA 3TAKA 1FCUA 3G1FA 4KFNA 3WK0A 2JGYA 1K7XA 3O07A 1CW2A 3O63A 2A7PA 3E49A 4JR5A 1SZGA 2H90A 4G1KA 3PSVA 4TO8A 3RMJA 4K6AA 1ME8A 3UWZA 1NEYA 4LVFA 3CC1A 4YCPA 1SFLA 1YTDA 2ZZ2A 2NUXA 2J9ZA 3UY7A 2A6LA 1WV2A 4XTDA 3W72A 4MLRA 4D2JA 2DZPA 3T55A 1P1XA 1UBSA 1X1OA 2Q3RA 3FEMA 3P62A 4UMBA 5H2ZA 5I3JA 1EA0A 2X2GA 3BGJA 3L5AA 3BW4A 2Y63A 5K4XA 2QF7A 5FF2A 3BW3A 3MUXA 2YFOA 3Q2DA 1AMKA 1K3UA 1XDLA 2J27A 3W2UA 1OG0A 4ZQRA 5CSSA 3G18A 1VYSX 1TTQA 3UD6A 3H54A 1IIGA 1OFPA 3R8RA 4XKYA 1H1ZA 4HNNA 3HGOA 4WY0B 3UZJA 3LXBA 4TMCA 3HG5A 3LCIA 2EGZA 2V2CA 3PC0A 4ZZ9A 2DORA 3O8AA 5D09A 3M44A 3L65A 1FY6A 1I2NA 4FNSA 3P74A 4NZJA 1KFBA 4ZMGA 1FDJA 3C52A 2W0UA 4NVTA 5KZEA 3B05A 2A7NA 4JY8A 5CPNA 1EB3A 3DI1A 4MPQA 4UTJA 1LOLA 1LRTA 1THFD 4S2CA 3GYEA 1VJIA 2VXNA 2DU2A 5DCEA 3HJZA 2QUUA 3C2OA 1UUOA 2QAFA 1H1YA 1GQNA 3TXZA 5HR6A 4M6PA 3LTSA 3DFPA 4MZ8A 1ZALA 4XTIA 4QAIA 3N19B 5HUPA 3NPXA 1ONRA 4LVBA 3TR2A 4IX2A 3STFA 2CLIA 4WQ6A 4TR9A 2NLIA 1ZAIA 4LRSA 3QJAA 3STEA 1QCWA 1TYGA 3LRKA 1SW3A 4MZYA 4N9BA 5C55A 2VEKA 3PVFA 7TIMA 1X6UA 1XXXA 2DJXA 3HPSA 3M5YA 4O16A 4O13A 1TB3A 4I7WA 1K8YA 2WNZA 2VEMA 4NNCA 4AB4A 1ICSA 1ZAHA 4OT7A 3A22A 1GPWA 3S1VA 2QDHA 5HR7A 2WV8A 1WOBA 4CQ8A 1SO6A 3S1XA 4A29A 1K8XA 3TCEA 3DKJA 3USBA 3PB0A 3HQ1A 3LV6A 5HINA 5AC7A 1QNVA 1KFLA 4NU7A 2QCFA 1X1ZA 4WZHA 2A0NA 5FF4A 5KINA 1H7XA 4WX2A 3AO0A 4M6VA 1AG1O 5J5DA 3W7NA 2Q3OA 3P81A 3WJYA 4K36A 2Y85A 3EKLA 4IWWA 2NUWA 4DO5A 1DJQA 4LUJA 4ADTA 5CSRA 1H7OA 3TQKA 4FNUA 2V81A 5TBOA 1F5ZA 1FWSA 3GXPA 2E6AA 1OFQA 1TPC1 3PBYA 3W88A 3L5MA 5LHEA 2WNNA 4ZQNA 4AF0B 3NQ8A 5L6UA 2X1RA 3U2OA 3FOKA 3HBLA 2OX1A 3PM6A 3BG3A 3LLDA 1IXNA 3CU2A 1JR1A 1S5TA 2PCQA 5EBUA 3W7IA 5GVJA 4IMDA 2ATMA 3ABOA 4FX6M 3UPWA 3V1PA 4K38A 1CI1A 3PBVA 3G1DA 3S5OA 3KVKA 3TUUA 2A5HA 2GJNA 2VFGA 2QCDA 4B5NA 4BK9A 3G3MA 3DGRA 4N9DA 2BX7A 1TPDA 1DQXA 4X9SA 4O4VA 2ZZ7A 3LI1A 1FDZA 2H3BA 5TIMA 1OFOA 4JTTA 3P8JA 5T26A 3GDRA 1C9DA 2CLHA 5AHFA 2A2IA 3F4WA 3GZ3A 1XUUA 3RU6A 1Q6QA 4FEZA 4PFMA 1G4TA 2PE4A 1JJKA 5D2TA 3W1NA 3M6YA 1PV8A 1XBVA 3CPRA 3MP5A 2O7QA 3UXDA 1QPNA 2Y7DA 1FXQA 2E68A 1G7UA 4RZ6A 2AGKA 4LT9A 4Z1BA 1FX6A 3G1AA 3FJLA 2EHHA 4O15A 4DELA 4RKAA 4GUJA 2X30A 3W87A 3ZWTA 1I2RA 1TJRA 2V2DA 1ZENA 2OT0A 1VR6A 3NPVA 3SR7A 5AHLA 3LCFA 4I9AA 3DFNA 2C14A 3R13A 2GQ9A 3C8FA 4UTWC 4FIQA 4WY0A 4JICA 1YDNA 2C1HA 2R8WA 3G1YA 4BI5A 5CPOA 3CEUA 3STCA 2FIQA 3BW2A 1WX0A 2VFIA 3W7LA 1B3OA 1KLZA 5HMSA 3ZR4A 1NSJA 1KM5A 5LGZA 1KFEA 1W3IA 3LCHA 3WJZA 4ICNA 4ORIA 3SI9A 3MBDA 3M47A 1RV8A 2E1DA 2Y89A 1DORA 1MEWA 1LBFA 3TSBA 5CGQA 3B0VC 3NL2A 3ATYA 1TQXA 1TMHA 5FF3A 1K7FA 2I14A 5F4WA 1H7PA 5I3FA 1ZJIA 4UTTA 4MUZA 4RJEA 3IVUA 4JX4A 2FFCA 2YCEA 3BK0A 2ZZ3A 5G2HA 4JYDA 3UWYA 1OF8A 2X16A 3W7QA 3NQDA 4FB7A 4AWTA 1P0NA 3I6RA 4PEKA 4CNPA 4ORMA 3TROA 3P5ZA 3TIMA 5LNUA 5MHBA 4GFSA 5DY2A 3SSJA 2V2HA 5IBXC 3A9IA 4C1KA 5AOUA 4IJBA 3O15A 3HGSA 1UCWA 4JTFA 4N9EA 3LTPA 3IGXA 4WOZA 2G96A 4LNYA 3G0XA 3I7RA 2D73A 3HIJA 2JGQA 3R2GA 3PBWA 2Y61A 4XKYB 1QPRA 1YDVA 3LHYA 3HB9A 2F84A 1BWKA 2X1SA 3W7PA 3W22A 3EWXA 3RLUA 3S5ZA 1FBAA 3NR0A 5DBUA 1YXDA 1KM4A 1AL7A 2QCHA 4FNQA 2OT1A 1PHWA 3W1QA 1A5AA 2FPVA 1G7VA 3TA6A 3SZ8A 1Z48A 1LP6A 3NQ2A 1WA3A 3QF0A 4RCXA 2A6NA 4IGHA 2J24A 4QNWA 1W54A 5G2WA 3FYOA 4MIMA 3NL3A 1RVGA 3JRKA 1WBJA 1OHLA 1W8SA 4NXSA 1FWWA 3TJLA 1WAUA 2JK2A 2V0TA 4NX0A 4WXYA 3O06A 3BV4A 5E0KA 1K7EA 3W73A 3S1WA 2ZBTA 5FEZA 3LM7A 3DAQA 3NXFA 3QC3A 3AJXA 3IIOA 4EIVA 3PUEA 4DPPA 2Z1BA 3RFAA 1KM0A 4FNRA 4IQLA 3HG2A 1RQBA 4E38A 1GG1A 1LCOA 3DFSA 3EB2A 1PE1A 3MHUA 4MFDA 4LY8A 3L0GA 3UXAA 3KFTA 3QSTA 4Y6GA 2QCLA 1XFBA 1QWGA 4ONVA 5I3HA 3GKFA 1D3GA 3KRZA 1TJPA 2A1YA 3QQ1A 1O5XA 2P10A 5LNRA 4AHOA 1LLWA 3NO5A 2VKZG 1SW7A 5F2LA 4CCCA 5F2IA 5AHMA 5AC6A 3EXRA 3TSMA 5C5YA 3E9AA 3W1AA 4FNPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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