5LNWA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320-g3p complex
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 96
structure length 274
sequence length 274
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnwA00
3B06A 1QO2A 5DCDA 3S1XA 3FJ6A 3NQVA 5D37A 1TRIA 4K38A 4QITA 3STCA 3CQ0A 1WOBA 3C61A 1UUMA 4GUHA 2OCZA 3N9RA 1ZALA 3BW4A 2B7PA 1WAUA 3SECA 4TU1A 2J24A 4O18A 4R34A 3LCHA 3G1XA 3OG3A 3DFQA 1LOSA 1T0OA 3HPZA 3QFEA 2F7FA 3G8EA 3PC0A 4TMBA 1SZNA 3NQDA 2GOUA 3HPSA 2E5BA 1JCLA 3BLIA 4M6VA 3NQFA 4NQ1A 2YFNA 5LNRA 4DQWA 1QCWA 2ISSA 1A5SA 1H7PA 1FY6A 4DO6A 4Z1CA 4DF1A 1HUVA 5AC8A 3GK0A 3NOEA 1JUKA 1W5QA 3NQ8A 3PUEA 3THQA 2PCQA 4FIQA 4Z1DA 4A21A 2V82A 2V2DA 3OVQA 2CLMA 3QYQA 5AOUA 4GUIA 3TK7A 2DZWA 3LV5A 1RQBA 3W7GA 3N3MA 1VJIA 1SFJA 5EPDA 4WY0F 4YCPA 1F6PA 1GYNA 1UASA 3LCGA 4C1KA 1SW0A 3R2GA 4K37A 5D2XA 1J4EA 1LDCA 2VFEA 3W2LA 1LBFA 3PUDA 4ZQPA 4IMDA 3IEBA 4UTUA 3LBCA 4HNVA 2Y63A 3MHGA 1ICPA 1W3IA 3TSDA 4S2BA 1RD5A 1YDOA 4K7VA 3GDRA 4X22A 1SO6A 3RLVA 4FX8A 4OT7A 1B4KA 1EP3A 2Q3OA 3HMJG 3LCFA 1P5BA 1X1ZA 5D03A 1K02A 2CZFA 2JBMA 1SSGA 2WNNA 3MYPA 5DCBA 2VOMA 3ZFHA 2VEIA 3EX2A 3TSMA 3KRZA 5LHEA 1QOQA 2CLFA 4K7YA 1OYBA 3W1AA 4ML9A 3P5ZA 4QM1A 1TYGA 3E0IA 3IIVA 4E2BA 3N73A 1ZENA 1IXPA 3U8GA 1GTEA 3W88A 3M41A 5D04C 1YXYA 4LWWA 4RXGA 3IIXA 2JKEA 3DXIA 3RK8A 3NO5A 1OX4B 1XFBA 2FJKA 4LTSA 3G1AA 4UFJA 3NL6A 4MFEA 3N14A 2I9EA 3STFA 1B4EA 2A6LA 1SFLA 2QCMA 2QAPA 2ALDA 1M7PA 1L6WA 2OT1A 2NX1A 3W7RA 4MYAA 3W7PA 1WBHA 2GQ8A 1KM3A 5HUOA 5L9FA 1XUZA 4O53A 4KFNA 3NQ2A 4MLRA 1G4EA 2HSAA 5SWUA 5KITA 3BG5A 2X16A 2CFFA 2FPTA 5KZMA 3NR0A 3LRMA 3BLFA 4Z0JA 4N2YA 5FEXA 4JTFA 5F4XA 2QCLA 4BI6A 1GEQA 1X7FA 3IGUA 1T8XA 2B0MA 2G5WA 1H62A 2CLLA 1KTNA 3GLCA 1JJKA 4Y8FA 3B05A 1NAL1 5G4WA 4JS3A 3S1VA 2ZDRA 2CZEA 2ZZ1A 4MFDA 4X9SA 3DAQA 1CX9A 4FIRA 1OFOA 1UUOA 4FNRA 3LTYA 1FWNA 1QPRA 2CLHA 5DBUA 1DQWA 3HG4A 2W0UA 3H53A 1VH7A 3INPA 1R2SA 3EB2A 3WK0A 3SY5A 2X30A 1XUUA 3M43A 4LS0A 1PE1A 2A85A 4L4LA 3TW7A 3LHZA 1SSDA 4UFKA 3TFCA 4HT3A 3P7YA 1KFEA 3W1TA 3KHJA 3NQEA 2QCCA 4ZQCA 1ZHAA 2EAWA 1R46A 2NWRA 3WJYA 3Q58A 2QCDA 2ABAA 1KTBA 3F4NA 3QEZA 3CPRA 1FXPA 2GJNA 4ZQNA 5H2ZA 2V0TA 3TE9A 1F05A 2RDWA 4HN4A 2NLIA 2I14A 2BSLA 1AW2A 1H51A 3W83A 3DFNA 3IGSA 1EEPA 1QOPA 3PSWA 4A3UA 3ATYA 2QJHA 3M5VA 4O1DA 1Q3NA 1YPIA 3M1ZA 2WNQA 5K7JA 3GDKA 1JCMP 4IGHA 3QPYA 1TQXA 1YADA 5I3FA 3VFLA 1SU5A 1UJPA 2HMCA 3C4UA 4RJEA 3VCRA 5J5RA 4XTDA 4BWLC 4O54A 1KFCA 3E9AA 5E1QA 4MLJA 3A21A 2G95A 2J88A 1IXNA 1JQVA 2V9DA 5E0KA 3U2OA 1QNVA 3TNOA 1FWSA 2F84A 1H61A 4Z1AA 1KLZA 3PBYA 2ZZ5A 3K30A 3S5NA 1GG0A 1BKSA 4K36A 5TBOA 2CU0A 1GVRA 3TQKA 1XCFA 5AYYA 5G4EA 2NX9A 1VCGA 3YPIA 2A4AA 1JCYA 4OWGA 5IM51 1J2WA 1PHWA 1QO5A 4QNWA 2QUVA 1FCQA 1OX4A 3G18A 4DXVA 3O8AA 1L6SA 3I7QA 3VNDA 3UXDA 1TTQA 2RKXA 3F4WA 3UPBA 3W7LA 5K9DA 4I9AA 4MYXA 2YX0A 1KM4A 4O11A 1MSSA 1VPXA 1TV5A 4PH6A 1K8ZA 2E5DA 3PBVA 3NPWA 3NAVA 2Y7DA 2V30A 3WK2A 1AG1O 1WBJA 1V5XA 3TQVA 5LKYA 4MZ1A 4MJMA 5HULA 3SJ3A 3T78A 4U4MA 4DF2A 2AQWA 4ZL1A 2A0NA 1XBYA 3QMRA 4R33A 4ICNA 4FNQA 3U6WA 2Y61A 3LLFA 3M47A 3TFXA 4HSOA 3W7JA 2G97A 1QPOA 3NXFA 2ISVA 3R5EA 1I2QA 1WQ5A 4JTJA 2C14A 3DBPA 2JGYA 4GXMA 3UQNA 3V75A 3W86A 1ML1A 3TC7A 3IIPA 2FLIA 3W71A 4ONVA 3T40A 1WXJA 2VFIA 3JRKA 1HTIA 4O10A 2VENA 4GE8A 4MZYA 1N55A 3L21A 3ABQA 2JKPA 2DJXA 3UPWA 3IVTA 2W79A 4WD0A 1FWTA 3M5ZA 3N9SA 3EKZA 3QMTA 4IQLA 1F74A 4NJIA 1VYSX 3W1QA 2R8WA 2VEKA 2QCEA 2CLIA 3DZ1A 5KINA 1JCXA 4NX0A 3ANYA 4LNYA 4Z08A 2HS8A 1LRNA 3TA6A 2E6YA 2UV8G 3P74A 2CLOA 4FB7A 2OJPA 3W2NA 2FPVA 1TPUA 3I65A 1TV7A 1H1ZA 2Q8LA 5HWNA 1ME9A 5CPOA 3QC3A 4I7WA 3NQGA 4ALDA 5F4SA 5FESA 1X8FA 5DLCA 3A9IA 3LLDA 1OX6A 3CTLA 2WOQA 1L2UA 1MEWA 1F76A 1YYAA 1YDVA 5G5IA 4RCXA 4HNUA 1SZEA 4TX9A 5CZJA 1L6YA 1Q6RA 5D30A 2GQ9A 4N9BA 3CWNA 4LU0A 3MBDA 1OFDA 2PURA 4AF0B 1FDZA 1QWGA 3CU2A 2YXGA 3L0KA 4LUJA 4MOZA 4Z0SA 5HINA 5BMXA 3GKAA 1W54A 5GVJA 4UTKA 1TPFA 3NVTA 3L5MA 3NPVA 5BNKA 5I3GA 3BARA 2X1UA 3P8IA 2E77A 3MP5A 4AMAA 3UXAA 3PB2A 3STEA 3FLUA 2G96A 5EYWA 1JQXA 3EXRA 1JUEA 1OX5A 4UR8A 3S9YA 4TMCA 3W1NA 4XTIA 1S3HA 4JIQA 1TRDA 4O14A 3W23A 3M7WA 4ORMA 5LSMA 3HB9A 3O63A 3NM3A 1OFBA 1H63A 5CGQA 3PWAA 3CEPA 3PG8A 3W1RA 3W85A 2ZZ3A 1BTMA 1GQNA 3TQ0A 4UMBA 3N34A 3KVJA 3W2KA 1IIHA 4LVAA 3CEUA 3GAYA 4NJKA 3QRHA 3KVMA 3MP4A 4I7UA 4JX4A 2EGZA 3Q94A 4AH7A 3N19B 1W31A 3R8RA 3LDVA 4YXGA 1TPVA 4O1CA 2XN1A 3AO0A 1O60A 3GDTA 3LCWA 3S5ZA 3CB8A 4PA8A 2H8XA 1TPC1 5A8GA 5IBXC 4FXRA 4ZQMA 1EPXA 1H50A 3LTPA 3WK1A 2QR6A 3M44A 2EPHA 3TW6A 1W5PA 5AN7A 1LLZA 4WY0A 4DPPA 4AWSA 3PULA 2Y88A 4PODA 2X1TA 4CQ9A 4JGDA 1OABA 3TV8A 4EWND 1SPQA 1MZHA 2A7RA 5F2GA 4AAJA 1ICSA 3PM6A 3CLMA 1XBXA 3O16A 5LNSA 1KLYA 5J5DA 3O15A 1EP2A 3PG9A 1DQXA 3EWXA 4UNLA 4DF0A 3TAKA 1JCJA 2ISWA 1LRTA 3UYCA 3LCXA 4TO8A 3NZRA 5AYXA 5KTLA 1KV8A 3UZJA 3WJXA 4JTUA 3LBMA 3PBWA 5AHEA 4UTMA 3MMTA 2XN2A 5FF0A 3O05A 3I7RA 5C2XA 1S5TA 3G22A 5D02A 1JRCA 2NUWA 1PL9A 3HG5A 1LOQA 1KFLA 3TJLA 1C8VA 1YPFA 2QCDB 4N9DA 5LNWA 1G4PA 3G1SA 3TIMA 2ZBTA 1OFEA 3HF3A 4IOTA 1TPDA 4JICA 1EA0A 2B7NA 3W6YA 3UWVA 4R7JA 1SR9A 4E0CA 3G1DA 3W7CA 2A2IA 1K7EA 4UNKA 4FNTA 2ZZ4A 4N9EA 5D33A 3P81A 3ABSA 5U7SA 4DBEA 4KWWA 2Z1BA 1NFBA 3WJSA 5FF3A 4AF0A 2ZYFA 2B4GA 1QPNA 2JKAA 5G1YA 3NPXA 4EIVA 3C0JA 5HR6A 2H6RA 1ME8A 3IRDA 4JYDA 4O0KA 3IV3A 5CPLA 2ZTJA 3T7VA 3GAKA 2Q8ZA 4RZ5A 4DO5A 3NM1A 5EBUA 1GWJA 2NZLA 4AEOA 1QFEA 1GVFA 3KX6A 1TIMA 1G4SA 3LHVA 1PS9A 4IX0A 3O07A 2QF7A 4LC8A 1H7OA 2C19A 3KVLA 4CQ8A 1ZAJA 1YLVA 4HPXA 2DZVA 2ZA3A 2WSQA 5C55A 3PAJA 1YTEA 4RV8A 5G2IA 4XWUA 4PCFA 3OVPA 3VE7A 4ADTA 3W2MA 3OVRA 3IVUA 4ZQRA 4JX5A 1T96A 3H55A 1TV8A 3W9ZA 1AW1A 4JY9A 4GNJA 3B0PA 3W75A 5TQLA 1TCDA 1G67A 4S1FA 3B03A 1H5YA 1T99A 4WXYA 5D2YA 4RR4A 3IVSA 1NEYA 4ZMGA 4G1KA 3E96A 4I7VA 4WQ6A 3O6YX 1VHNA 1H1YA 3NQ6A 1DVJA 3ZWTA 5I3KA 1ADOA 4JD4A 4UMCA 3MO7A 5K4ZA 4QJ1A 5AHMA 1KM6A 3RU6A 2AAMA 1NSJA 1I4NA 1XC4A 1FDYA 4MKNA 2BTMA 3CM4A 2GPTA 1LZOA 1ZNNA 5HJLA 2OT0A 2P1FA 3ZWSA 2R94A 1KFBA 1W56A 4TR9A 1O94A 1PVNA 1RQEA 1FWRA 4NJHA 3UZ5A 2O7QA 4K8HA 1GVSA 3JS3A 3G0SA 4IMFA 4GWEA 1Y0EA 4NJJA 1OF6A 2OX1A 3LCIA 5AHFA 4EVZA 3BW2A 2A1YA 3GNNA 3OEXA 4OGZA 6ALDA 4E38A 4UXDA 1OFAA 5I3HA 3E12A 4RXFA 4WX2A 4IJBA 1TTPA 1OFRA 3MI6A 4O12A 5F2MA 2VFDA 4DPQA 2FB2A 5CPNA 4OE7A 3F03K 3HGOA 2QEZA 2LLEA 3BG3A 3TDFA 3FYOA 2QUTA 1I8JA 3DFTA 3EX1A 1SQ7A 3DKLA 4O4VA 1PCWA 4O8RA 4LV9A 5HQEA 3LRKA 2VEMA 4NU7A 4CCDA 5D09A 4NVTA 4HSNA 3G0UA 2WQPA 2ZTKA 2A7NA 2QKFA 1GZGA 2X2GA 3TROA 4JN6A 1KM5A 4P2VA 4IXHA 3I7SA 3LV6A 1EX5A 3GIYA 3DH7A 3DI0A 2V2CA 4LC6A 1VHCA 2R14A 1TPB1 5H91A 3OIXA 2PRMA 4BWLA 3TXZA 4YCOA 4HIBA 2QUUA 1QR7A 4Q32A 1TPWA 3RFAA 1IF2A 2C15A 4JTKA 3EX3A 1XKYA 1CW2A 4NXSA 2CW6A 4JYEA 2V81A 3LTSA 1QAPA 5CG7A 1KV5A 1TTJA 1OFQA 4JTSA 3UWUA 3UY7A 4CNOA 2EKCA 4NT0A 4WZHA 2QJIA 3CWOX 4FF7A 5EA9A 3WFAA 2E68A 5K9CA 2X1SA 1YTDA 3HG3A 2WPBA 1TPH1 3KAOA 5HWJA 3LI0A 1LTDA 6TIMA 4O52A 1Q45A 2C16A 3R12A 4O16A 3B04A 3C2RA 2YSWA 3SR7A 2WSRA 3UWWA 3W07A 1J5TA 3W7IA 2E6DA 3NPUA 5U4NA 1OFPA 3QQ0A 3ELFA 3W2JA 1W37A 1BWLA 3Q37A 1VRDA 2PRLA 4HNTA 2Y70A 3KRSA 3W70A 2QAFA 1FDJA 3W7OA 2VFHA 2RDUA 4UTTC 5DY3A 4OBTA 3HOJA 2E6FA 5CPMA 2A6NA 4HHPA 1YDNA 3QPZA 1LORA 3HO8A 1ALDA 2CZDA 3HJZA 4XKYB 3FA5A 1Z48A 3TXVA 3SI9A 1KFKA 3EWUA 5AC7A 4LUIA 4MIMA 3W7MA 2Z6JA 4AHPA 3G3DA 3LXCA 4CQAA 1D9EA 3MJYA 3MYOA 3PR2A 5EMUA 1A5CA 4O15A 5KMYA 1LBMA 4UTIA 1OVDA 3DI1A 1RVGA 5CZ0A 1F5ZA 3P67A 2J9ZA 4TIMA 1ZAIA 2XFWA 2GVGA 5FF7A 3B0VC 2QDGA 5CZSA 3RF9A 4MVAA 3W2UA 1WOAA 3LXBA 3FFSA 3GZ3A 1NF0A 4UTHA 3STGA 4FEZA 4O0ZA 1H60A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B06 A;  4LGX A;  1TRI A;  1A0E A;  5DT7 A;  4QIT A;  1Z9A A;  3CQ0 A;  1WOB A;  4DJE A;  3WZ0 E;  3FGC B;  4EPK A;  2BGQ A;  1EJ7 L;  2OWC A;  2Z2B A;  3SBF A;  4TX8 A;  4TU1 A;  3RX3 A;  4AX7 A;  4O18 A;  2HBV A;  2ZVR A;  1OIF A;  3HMC A;  3G1X A;  2QXW A;  3HPZ A;  1T0O A;  3H2N A;  1TWD A;  4Q8U A;  4NQ1 A;  3NQF A;  4E4F A;  5LNR A;  2GGG A;  1B30 A;  4RE0 A;  1TA3 B;  4L61 A;  2ISS A;  1A5S A;  5IHS A;  2VVS A;  1GOQ A;  4FOJ A;  1HUV A;  3GK0 A;  3PUE A;  3C5Q A;  3KEH A;  1VEP A;  1A47 A;  4A21 A;  5A69 A;  2PDL A;  3VGB A;  3CH0 A;  3OVQ A;  1E6P A;  2J13 A;  2XH0 A;  3QYQ A;  2WKL A;  5AOU A;  4GUI A;  5HJX A;  3W7G A;  1M53 A;  1VJI A;  3ZVI A;  3VD3 A;  4HPH A;  2D1Z A;  5JBD A;  3R2G A;  5D2X A;  1OC7 A;  1J4E A;  1LDC A;  4Q3M A;  4L6D A;  3UZW A;  1R3T A;  4S39 A;  4HNV A;  2Y63 A;  4B16 A;  4C65 A;  4I8Y A;  3QR0 A;  2O56 A;  4B5W A;  2CBI A;  4XBJ A;  2HVM A;  1UR8 A;  1XC6 A;  2Q02 A;  3RX2 A;  3UYI A;  4FP1 A;  2Y0F A;  1B4K A;  5GJP A;  4IL2 A;  2Q3O A;  2E3Z A;  5EGR A; 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