5LYRA

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-noeuromycin
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
total genus 134
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5lyrA00
2DSUA 4GO9A 3D5HA 3FAXA 3PBGA 4M8UA 5I6SA 1CGTA 1J0ZA 2G41A 4FF5A 1JNEA 1J9YA 1SR0A 4S3JA 2YOCA 3F5LA 5GNXA 2CBVA 4Y7EA 1HJWA 3UG5A 1EHNA 4OOUA 2OYKA 3UCQA 5EBAA 1CYGA 3GTNA 3WDJA 1E40A 1IV8A 4HA4A 2VCBA 1W1VA 1LL4A 3IAQA 1MW0A 1VBUA 4JKMA 4JFVA 4D1IA 4ACYA 1QNRA 2VRKA 1E6SM 5TD4A 2PWEA 1M53A 2G3IA 2DSWA 4A3HA 1R8LA 4HU8A 3W0KA 4A3YA 7A3HA 4Z2KA 5CPSA 1WAWA 3PZGA 2DSKA 1XH0A 3WN6A 1QI5A 1C93A 2WWCA 3GYCA 3VGEA 3F5JA 4M80A 1PIGA 2CYGA 5A2BA 5BXSA 4IISA 4WKAA 5A2CA 1BYBA 1VJZA 4PSPA 3PZNA 1XSJA 5CSUA 4H2CA 3OLGA 1TZ7A 2Y8KA 2Z1SA 3I3DA 5JBFA 1K9FA 5CLWA 1XHGA 3RCNA 1MYRA 1E4MM 1VBRA 1UWSA 2WZIA 2D3NA 4K68A 3WQ6A 5BWFA 2VZUA 2BVTA 2OSWA 4KMQA 5F7UA 3WF1A 3AHXA 1HKKA 3SURA 4H8VA 4XUYA 4PMVA 1SMAA 1VENA 1CZ1A 3MV11 1H2JA 3WH6A 3T2OA 3WD3A 2Q8XA 1B90A 2CHNA 2WC3A 3EYPA 1JG9A 1CXLA 1OGBA 1WZLA 2F8QA 4DM2A 1YQ2A 4YPJA 5A1AA 3W81A 3O2LA 2J7FA 4P7NA 4CD6A 4HMDA 2D23A 5IFPA 4AD3A 1J0HA 1AQ0A 1DHKA 1US2A 3HMCA 1MWOA 1J10A 1E70M 3KEHA 1UHVA 3POHA 2AAAA 2PWFA 2CXGA 5A6LA 3RPMA 4IM4A 1JD9A 1J0YA 4P8UA 3N1AA 4UTFA 1ZBVA 2JIEA 4WSJA 2OWXA 4CD5A 1CXEA 1W3HA 2VUYA 4HZ6A 1XYFA 4MTVA 1E72M 1CNVA 1HF6A 2J7EA 3ARZA 1GJUA 4PTXA 4F9DA 3AS2A 3G6MA 1NP2A 4YN5A 1WO2A 1B3VA 1LL7A 3VM5A 4Z2HA 4TUFA 1W3KA 4AZBA 1GORA 2FGLA 3VGFA 3GXIA 3HU7A 1NWTA 2O9PA 4AMCA 3I3EA 4Z2JA 2EPLX 2WHKA 1UD2A 3RIKA 2WANA 3AS1A 1CGUA 1H49A 2JEQA 5CZKA 2J7HA 1UZ4A 3VO0A 3BMWA 4HA3A 2O9RA 3SCWA 3WDQA 2WKGA 1GHRA 3N04A 3WD1A 1QVBA 3G6LA 4KRTA 4WSKA 5E0CA 3WELA 1MQPA 2EPNA 3WMSA 4PMRA 5C71A 1BVZA 1GZJA 4OOZA 3WL1A 2QLYA 4UQCA 2PF0A 3N9KA 2VX6A 3NUKA 2ZXDA 2BXZA 1HVXA 2C7FA 3PZUA 2YLLA 1WDQA 4JFTA 2YBUA 3OLIA 1CPUA 2EEXA 2W62A 5A2AA 3IK2A 4PN2A 1Q4NX 2WMIB 1BPLB 1UWUA 4PMXA 1S46A 1BAGA 1U30A 2VX5A 1GJWA 1WKYA 5JIPA 1Q6GA 4PTVA 3AMGA 5GPRA 1E6RA 5JBEA 1J0KA 1UR0A 1XC6A 4J28A 1PX3A 2J47A 1DWAM 4J3UA 1Q6FA 4M82A 2FH8A 1C92A 2VMFA 1FP8A 3SCQA 4MPKA 3APGA 1B3XA 1GVYA 4D6IA 3HJEA 1R85A 3GH7A 2WMFA 3BCFA 3MS8A 4HZ7A 3NSMA 1TA3A 2CBJA 3VILA 3K4AA 4QDMA 5IFTA 1WZMA 2J7BA 7CGTA 3GBDA 2E0PA 1GQJA 5I24A 1TA3B 1MW1A 4IPLA 1V6VA 5E09A 1ODZA 4U31A 1XGZA 1QHPA 3WF3A 3WQ5A 1AQMA 4D72A 4BQ3A 3T09A 5A8MA 4CD4A 3A4AA 1MW3A 3CUHA 1E15A 4W93A 4HPHA 1GNXA 1FP9A 1ESWA 1JI2A 4HP5A 3M46A 4UZSA 1PIFA 2XVLA 1JF6A 1NWSA 1BVNP 1HN1A 3ARRA 1ISWA 3SIMA 4UZUA 2UY5A 3WENA 3O6AA 4W87A 5D8ZA 3J7HA 3EDJA 2O92A 5D9OA 4XZBA 5BYWA 1EO5A 3ZM8A 2ZUVA 1PPIA 2GK1A 1E6PA 1HKMA 1J12A 2DH3A 3PZIA 1PX8A 3UERA 2CBIA 2FHCA 1HP4A 4AISA 1MXGA 1EQPA 3VX1A 3FHQA 4CCEA 1CGYA 4UQAA 4PCTA 4D71A 3WH5A 3AHVA 3M7SA 5DEZA 4W88A 1KBKA 5I3DA 5AY7A 3EDDA 1FH7A 1EOKA 4JCLA 1ECEA 3S6TA 4JFUA 4CN4A 3WF2A 2YDRA 1NQ6A 3RJXA 4P8VA 3T0DA 1CGXA 1V6XA 3A47A 4IUGA 2ZUSA 2Y5EA 2GVYA 4DUXA 1QI4A 2X1IA 5D9NA 1JYVA 5DO8A 4LXFA 2PI6A 5I23A 1OT2A 2YBTA 5HPCA 1BYDA 1HKJA 3GM8A 4CU8A 3OLDA 4TVDA 4P7LA 1HJQA 2DGAA 2ZX8A 3W24A 1NWUA 3CLWA 1UD8A 3GDBA 2BVDA 4KRUA 5FD0A 4GI8A 2VCCA 3E1F1 4E8CA 2WLZA 4AZCB 1CLVA 5AC5A 2NT0A 4PSRA 3VX0A 1ZB5A 3VDAA 3SCPA 1RP9A 2G3MA 2A3HA 1E6ZA 3VMPA 4QAWA 3WDHA 1C90A 3WEZA 1GW1A 2JFEX 4PTMA 1CBGA 2E9BA 4H04A 4DUWA 5I0DA 3ZJ7A 1OSEA 1NOWA 5LYRA 1YHTA 3WNNA 3WNMA 1KCKA 4P8WA 1ZBKA 5CGTA 4CU6A 1GVIA 1ITCA 1DWHM 2XWDA 2BV9A 1W9VA 5BROA 5CLTA 4JL2A 3ZO9A 2ESCA 4ZENA 1US3A 4EAMA 3VD9A 1VFOA 3AHZA 3CZ8A 4Q22A 2WVUA 1BLIA 3EDFA 3WBEA 2WC4A 3VDBA 4M29A 5LA2A 2F2HA 3BAKA 1OM0A 4W84A 1CXIA 2CERA 3BH4A 1D7FA 1WZKA 4AEEA 4OZOA 2WWDA 1GOOA 1SFSA 3CH9A 3VNYA 2OWCA 2WM0A 3EMZA 2E8ZA 1ZJAA 4FK9A 3A4WA 1Y7VA 4B16A 1BFNA 1QOXA 2C0HA 2F61A 1H4PA 2FHFA 3CZKA 1ISYA 1JAEA 1KGWA 1E0WA 2J7CA 3CO4A 5I5RA 1LG1A 3WKZA 2ZX9A 3NIYA 3WFLA 1OT1A 2EJ1A 3AXXA 1JYWA 3KE0A 3SUWA 3ZMRA 1X6LA 5D9MA 4M81A 4QCEA 3A4XA 2WLYA 4F79A 1J01A 3WUBA 2WXDM 3BSGA 1UUQA 1X6NA 4D6GA 3AMLA 3SUVA 3K1DA 3RM4A 1GPFA 4BQ4A 4W7VA 4GIAA 5HXMA 1GONA 4J3VA 3SUTA 5CPQA 1HNYA 3WFZA 3CZEA 1V3IA 2XHYA 3VIHA 4TXEA 4H41A 5AYIA 4TVCA 4PEEA 1UH2A 1R86A 1PZ3A 3PZQA 2WB5A 4W8AA 4JCMA 3WF0A 3WUEA 1OD0A 3W4RA 5HNNA 3VTRA 1HJVA 1V03A 4MJ4A 4W5ZA 4GINA 4C7FA 5ABEA 4UOQA 3VDHA 4F66A 4P7OA 1QI2A 3U7VA 1Z32X 2G3NA 1HL8A 1VRXA 1LL6A 3OGRA 3VU2A 4NRSA 3RILA 1W91A 2FDMA 1OIMA 1B30A 3N17A 5FL1A 4GPNA 2DSVA 2RGMA 2WMJA 2YL8A 2WCGA 3T2PA 2QMJA 3AIBA 4HA1A 2V38A 5KZ6A 1JIBA 3BLKA 1HXJA 5A8PA 3AMDA 3W29A 3BAYA 3LPOA 1H11A 2YDQA 1EOMA 2XVPA 5BCAA 5A8NA 4ML4A 5AC4A 4OKDA 4XZWA 1HX0A 3W27A 2J7DA 3QHMA 2WBGA 2OWWA 4W86A 1E6QM 1KQZA 1B3ZA 4J3SA 2PC8A 2FH6A 1B0IA 3UEQA 5EFDA 1QNQA 1CWYA 3OLEA 5EMYA 4DM1A 1FFQA 2HVMA 3SCNA 1V6WA 4BS0A 3FY1A 1TVNA 1XH1A 2V5DA 3AICA 2DH2A 4GKLA 5M03A 3AYSA 2ZX7A 2Y4SA 2X0HA 2ZX6A 1LJYA 1K9EA 2OSXA 1WNOA 1V3JA 3AZRA 1JDDA 2XFYA 3VIGA 1K9TA 2C8NA 4KWUA 4AZ7A 5HDRA 1V0NA 5E6ZA 4LYQA 4AIOA 3AMCA 1V3HA 2ZWZA 1E4IA 2XSAA 4PMDA 3WH7A 2A3AA 1JZ8A 6A3HA 3W6LA 2V3DA 1XCXA 3SCVA 1EHAA 3WUFA 1HJSA 4CD8A 4WKFA 3OGVA 1UWRA 1R7AA 4UNIA 1JZ2A 3GNPA 1KR0A 2J8GA 3WQ8A 1JF5A 3FW6A 1UKSA 1NH6A 1UD5A 3CBWA 4MNKA 3BSHA 2PWHA 2XWEA 5BRQA 2VOTA 1V6YA 4FMVA 3NDYA 2DT1A 4DUVA 3BAJA 3SCOA 4KGJA 1G5AA 1TE1A 2WMGA 3SCRA 4DWSC 2AMGA 1GCYA 1EO7A 2WVTA 5KEZA 2WW5A 1HT6A 3L4WA 4P7QA 2YA1A 3ALGA 4WK9A 4JHZA 3QOMA 1CENA 3UR7A 3RM8A 3T0BA 1W9DM 2XSBA 4AWEA 2WPGA 1E56A 4B3LA 4EANA 1L0PA 2J8FA 3BAWA 4AD5A 1MQQA 1CTNA 3CHDA 4TX8A 1GHSA 2BY0A 2YA0A 5CPTA 3DYOA 2E8YA 4W85A 4M1RA 2GJRA 3VD4A 1QBBA 4LYRA 5BXTA 1ISVA 3AJ7A 5A6AA 2J75A 2EQDA 3BXWA 4DWSD 2VZOA 4W89A 3DC0A 8A3HA 1M03A 1V0KA 4PMOA 2QHAA 1C8XA 2JEPA 2D0FA 3ZIZA 3CTTA 3IJ8A 5GNZA 3KL5A 3AHYA 2O9TA 2OLHA 4ATWA 1KGUA 3AISA 3IAPA 1QI0A 4R27A 2W66A 5I79A 1KQYA 1JZ4A 3WSUA 1E5NA 4U5KA 2PWGA 3M6DA 3WBAA 1MFUA 4PUEA 4U3CA 2V3GA 5ABHA 3WNPA 2VX4A 8CGTA 2XIBA 2CPUA 1E0VA 4B9ZA 3VKKA 4D6EA 4S3KA 3MUY1 2BHUA 3ZR5A 1UR8A 2UY4A 4UFMA 3CHEA 1XRVA 3K8KA 2RGLA 3GZAA 1E3XA 2BFGA 4AD0A 1VEMA 3AS3A 3SUUA 5A6MA 5GQBA 2XFFA 2ZIDA 3WY1A 3GXMA 2BY3A 1HJUA 1H5VA 3GBEA 4HOXA 4FLOA 3VIPA 2BXYA 5DT7A 4GQRA 4X9YA 2A3BA 3NSNA 1M04A 5E70A 3D3AA 2J79A 2QPSA 4H8UA 3IANA 4GO8A 2XGIA 1R7OA 2ZUNA 3AIWA 1C8YA 3WF4A 2X2YA 1UA7A 3CUIA 5CGMA 3U5UA 1UR1A 4J3WA 4UOZA 1QBAA 4UFIA 3M07A 4N0RA 2J74A 3BMVA 3DHUA 1V3KA 2XFRA 4LQ1A 5D9PA 1BTCA 2V5CA 1KXVA 3AYRA 3RMEA 1VEPA 1IZJA 3EDEA 2XVGA 2VTFA 3VIOA 1ISXA 2JE8A 4AD1A 4UFLA 4D1JA 2EPMX 4MB4A 4PRWA 1XH2A 1IT0A 4ATDA 1UWQA 4LPCA 3VIIA 3NJ3A 4AZHA 2YKKA 5HBFA 2WNWA 3AIRA 4QCFA 3EMQA 1KR1A 1TUXA 1HVQA 2ZE0A 4J3TA 1OD8A 2WAGA 1BGAA 4OBSA 3THCA 2WHMA 1E4LA 3WL0A 3QR3A 4CGTA 1AVAA 2EO7A 2D2OA 2PBOA 1M01A 2DDXA 3OZPA 1QNOA 4B15A 5M3WA 5FCZA 3AFBA 4MDOA 2JF7A 1WP6A 1RP8A 1H3GA 3N13A 3SCTA 2J7GA 1H0GA 2Y2WA 2ZUTA 1JZ5A 2WVSA 1PZ2A 4XB3A 1XSIA 3K8MA 1C91A 5ABFA 3AROA 3BLPX 3U57A 1HL9A 3L4XA 2QPUA 4BF7A 3ARUA 5DFAA 1ITXA 3ZSTA 3W6MA 2GK1B 2J25A 3MUZ1 1UR4A 1BYAA 3ZT5A 2WKLA 3VPLA 2GDVA 2GJXA 1UA3A 1DWJM 1UOKA 1BG9A 2BNJA 4W8LA 2XVNA 2GJXB 1KWGA 3CUFA 4HMEA 1WDSA 3ARPA 1G1YA 4M56A 1WPCA 4GZEA 2XIIA 4OIFA 1JFHA 1NM9A 2X09A 5EFFA 4UQBA 4PMQA 1AMYA 1WCGA 2VVNA 1I1XA 2VT0A 1RH9A 4J3XA 4U3AA 1W1TA 1CGWA 1C7TA 5E0FA 1TG7A 3NDZA 3OIHA 5FIPA 5IHSA 4UR9A 1BGGA 1W9PA 3W28A 2W92A 2WZEA 1LWHA 4D6CA 4AIUA 3NCOA 4F8XA 4UQDA 3DECA 4GQQA 3MANA 3AIVA 4FLQA 2Y24A 3O9NA 1KXHA 1KFWA 4YHGA 3KZSA 2D0HA 4TVUA 4PMNA 3IJ7A 2ZUUA 1VFMA 2XGBA 1DWGM 5AYBA 2OSYA 1V0MA 4QP0A 4HZ8A 1QHZA 4CKQA 2X05A 2XTKA 2VC9A 2X8RA 3TONA 1EIBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DSU A;  4GO9 A;  3D5H A;  3FAX A;  3PBG A;  4M8U A;  5I6S A;  1CGT A;  1J0Z A;  2G41 A;  4FF5 A;  1JNE A;  1J9Y A;  1SR0 A;  4S3J A;  2YOC A;  3F5L A;  5GNX A;  2CBV A;  4Y7E A;  1HJW A;  3UG5 A;  1EHN A;  4OOU A;  2OYK A;  3UCQ A;  5EBA A;  1CYG A;  3GTN A;  3WDJ A;  1E40 A;  1IV8 A;  4HA4 A;  2VCB A;  1W1V A;  1LL4 A;  3IAQ A;  1MW0 A;  1VBU A;  4JKM A;  4JFV A;  4D1I A;  4ACY A;  1QNR A;  2VRK A;  1E6S M;  5TD4 A;  2PWE A;  1M53 A;  2G3I A;  2DSW A;  4A3H A;  1R8L A;  4HU8 A;  3W0K A;  4A3Y A;  7A3H A;  4Z2K A;  5CPS A;  1WAW A;  3PZG A;  2DSK A;  1XH0 A;  3WN6 A;  1QI5 A;  1C93 A;  2WWC A;  3GYC A;  3VGE A;  3F5J A;  4M80 A;  1PIG A;  2CYG A;  5A2B A;  5BXS A;  4IIS A;  4WKA A;  5A2C A;  1BYB A;  1VJZ A;  4PSP A;  3PZN A;  1XSJ A;  5CSU A;  4H2C A;  3OLG A;  1TZ7 A;  2Y8K A;  2Z1S A;  3I3D A;  5JBF A;  1K9F A;  5CLW A;  1XHG A;  3RCN A;  1MYR A;  1E4M M;  1VBR A;  1UWS A;  2WZI A;  2D3N A;  4K68 A;  3WQ6 A;  5BWF A;  2VZU A;  2BVT A;  2OSW A;  4KMQ A;  5F7U A;  3WF1 A;  3AHX A;  1HKK A; 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 4HA3 A;  2O9R A;  3SCW A;  3WDQ A;  2WKG A;  1GHR A;  3N04 A;  3WD1 A;  1QVB A;  3G6L A;  4KRT A;  4WSK A;  5E0C A;  3WEL A;  1MQP A;  2EPN A;  3WMS A;  4PMR A;  5C71 A;  1BVZ A;  1GZJ A;  4OOZ A;  3WL1 A;  2QLY A;  4UQC A;  2PF0 A;  3N9K A;  2VX6 A;  3NUK A;  2ZXD A;  2BXZ A;  1HVX A;  2C7F A;  3PZU A;  2YLL A;  1WDQ A;  4JFT A;  2YBU A;  3OLI A;  1CPU A;  2EEX A;  2W62 A;  5A2A A;  3IK2 A;  4PN2 A;  1Q4N X;  2WMI B;  1BPL B;  1UWU A;  4PMX A;  1S46 A;  1BAG A;  1U30 A;  2VX5 A;  1GJW A;  1WKY A;  5JIP A;  1Q6G A;  4PTV A;  3AMG A;  5GPR A;  1E6R A;  5JBE A;  1J0K A;  1UR0 A;  1XC6 A;  4J28 A;  1PX3 A;  2J47 A;  1DWA M;  4J3U A;  1Q6F A;  4M82 A;  2FH8 A;  1C92 A;  2VMF A;  1FP8 A;  3SCQ A;  4MPK A;  3APG A;  1B3X A;  1GVY A;  4D6I A;  3HJE A;  1R85 A;  3GH7 A;  2WMF A;  3BCF A;  3MS8 A;  4HZ7 A;  3NSM A;  1TA3 A;  2CBJ A;  3VIL A;  3K4A A;  4QDM A;  5IFT A;  1WZM A;  2J7B A;  7CGT A;  3GBD A;  2E0P A;  1GQJ A;  5I24 A;  1TA3 B;  1MW1 A;  4IPL A;  1V6V A;  5E09 A;  1ODZ A;  4U31 A;  1XGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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