5M17 | Genus

Total Genus 133

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	349
structure length	349
Chain Sequence	NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycosyl hydrolase family 71
publication title	Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase. pubmed doi rcsb
source organism	Bacteroides xylanisolvens xb1a
total genus	133
structure length	349
sequence length	349
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-10-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16317	Glyco_hydro_99	Glycosyl hydrolase family 99

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5m17A00

1CEOA 1TMQA 2J4GA 1W91A 1E4MM 2BY0A 1KGUA 3AYRA 4MB3A 3WFLA 1HJWA 4AD2A 4YN5A 4UFKA 2C0HA 2XSBA 4PMZA 1C93A 4XB3A 2XM2A 1W2VA 1UD4A 1XD1A 3T2OA 3CZLA 1D2KA 4YHGA 4W89A 3PZMA 1JZ3A 3CMJA 3NSMA 3VDHA 4BQ3A 1E6SM 2OSWA 1QNOA 5DMYA 3GXFA 1PPIA 3NUKA 4J3SA 1BSIA 2VTFA 4OZOA 3FHAA 1W3KA 2GVYA 3DYPA 2JF7A 2ZICA 2OSYA 1SFSA 1WDPA 2YDSA 3WNPA 1LG1A 4QDMA 1K9FA 3NCOA 4JCLA 2CCRA 2E9MA 3SUSA 5ABEA 4BQ5A 1JAEA 3EMQA 3J7HA 4H2CA 1QI0A 3W6MA 3L4WA 3DHUA 3OG2A 3VGGA 4V28A 1CGUA 1CGWA 1M03A 1B1YA 1V02E 1OGGA 4PCSA 4UQDA 2J75A 2WVVB 1CGXA 1V6UA 1VEOA 2D22A 1RP9A 1LG2A 3A4WA 1JD7A 1CXEA 1G01A 3BAIA 5ECUA 3AIQA 3EDJA 1GPFA 1QBAA 2V5CA 1W9XA 4KWUA 2X8RA 1LWHA 5A8PA 4URIA 3AXIA 3W24A 4HA3A 3W25A 1V6WA 1X1NA 4RE3A 4IISA 3WF3A 4JHOA 1GOMA 5IFPA 1W1PA 3PN8A 1D7FA 3SCQA 7A3HA 4S3JA 1QW9A 5A6BA 1NM9A 4AYSA 1VEMA 2E9BA 3L4ZA 2E3ZA 4MADA 1B90A 1HF6A 4F66A 4JKKA 3PTMA 4D71A 3MO4A 1JXKA 6A3HA 2E0PA 5A2AA 4ACZA 1HN1A 4PMYA 4J3UA 4P7LA 4D72A 3CIVA 4YPJA 2YA0A 3U57A 2BVYA 4U5IA 1D3CA 2NT1A 3W0KA 1UH3A 2YOCA 4PUDA 1ISXA 1BG4A 2JE8A 1KWGA 3WF4A 2XVLA 3BMVA 4P8WA 4TTUA 4W8LA 1M53A 4E2OA 4D6JA 4D6EA 1E0VA 2J25A 1J0ZA 3AS1A 3CBWA 3ZOAA 2ZUSA 1XH2A 4PRWA 2VVNA 1J10A 3EMZA 5A2BA 3ZSTA 3F4VA 4BS0A 1ZBWA 3KEHA 1KCKA 4LYQA 4QAWA 3GNOA 4BQ4A 4MJ2A 1C8YA 5C70A 1LWJA 4W5ZA 4Q22A 2D23A 2GK1A 3L2MA 4BA0A 3ZQ9A 1BAGA 2VCBA 5C71A 1BLIA 4U5KA 4U3AA 3GH7A 2QMKA 1R7OA 4GO8A 1B2YA 1Q4NX 4HOZA 4U31A 2VUYA 1TA3B 2QMJA 1E3XA 3WH5A 5A6SA 5ABFA 5E70A 2D0GA 4W7VA 2VR4A 3GNRA 4CN1A 1VFUA 1OSEA 3N04A 3PTKA 1DWHM 1G1YA 1WZMA 5CSYA 1UWIA 3ZT7A 1E1FA 4DM1A 2W5FA 2ESCA 4V27A 4PUEA 4XX6A 3GH5A 4D6IA 2YDRA 3WEOA 3U7VA 2Y8VA 4Z2KA 1NH6A 5I6SA 5BXTA 1US2A 2WMJA 1TFVA 3UERA 2WKGA 3EYPA 1N82A 2WM0A 4GPNA 4GXPA 2F2HA 3WBAA 4CU6A 2DT2A 1ODUA 2WLZA 4WSKA 2VR5A 3QOKA 3QHOA 4PYSA 2PWDA 5JIPA 5D9PA 2ZXBA 2OYKA 4UFIA 3UG5A 4RE2A 3VPLA 3MMDA 3W81A 4GKLA 4M29A 4P7OA 2CPUA 2FGZA 3E1F1 3AIWA 2IUZA 3I3DA 3WQ5A 1PX3A 4QLLA 2NSXA 1XSKA 3VMPA 2X0HA 3PZIA 3KWXA 2ZE0A 3AHVA 2D0HA 3VUPA 1GZJA 3OBAA 5EMYA 3GH4A 1MQQA 2CBUA 2W63A 5BXPA 3JUGA 8CGTA 1CWYA 4PTVA 2DSVA 1BYDA 1V08A 4WKFA 1W1TA 4DWSB 1JZ7A 1NWTA 1QI2A 2WB5A 4UQCA 3ARRA 5A6KA 4BQ2A 2QLYA 3EMCA 5A2CA 2Y8KA 3FW6A 2BXZA 4UFJA 2DIEA 1EO7A 3ZM8A 1JNEA 2DT3A 5AYIA 4D6DA 5TD4A 3AS3A 4HMDA 2EXOA 2PBOA 3PZQA 1UR8A 1OCQA 4AIOA 1EOKA 4CD5A 2GJXA 1HX0A 2HVMA 2WSKA 2W92A 3GBDA 4KRUA 3RCNA 4ZE5A 2WWDA 3AS2A 2XYLA 3UETA 3K8MA 1E6XM 3AOFA 1AQ0A 4WLCA 4HZ8A 4AD0A 1MW2A 2PWHA 2VCCA 1OINA 5FOOA 1E43A 1X6LA 1UKQA 3ARXA 2XPKA 1FA2A 4Q7NA 3FNDA 3QGVA 1O6IA 1HP4A 3M6DA 1WKYA 2VCAA 1VBUA 3F5JA 3VGDA 3RM8A 3MUAA 3U5YA 2CNCA 2QPUA 1QHPA 1JDCA 2VO5A 3TONA 1IZJA 2WC3A 2DSKA 2BY3A 2J7BA 5BXSA 2BXYA 2J47A 2ZUWA 3WDJA 2D2OA 2CHNA 5I0DA 4ZEPA 3ALFA 2J7HA 1UA3A 4PTXA 1OD8A 2WSPA 4S3KA 1E9LA 1KXHA 3MUIA 1V3IA 3VIOA 4AY1A 3AIUA 2DQXA 2QPSA 3GTNA 4E8CA 1VJSA 1C7TA 1JNDA 3UR7A 1E73M 2YA2A 4AMCA 3OIHA 1X6NA 4P8UA 2CIPA 2D3NA 4M82A 2PF0A 3W6LA 5M03A 3W82A 3MANA 2X05A 1QVBA 4RL3A 1Z32X 1H41A 4GI8A 1TE1A 4UNIA 4MAVA 5HBFA 3HN3A 1K6AA 1MW3A 1NP0A 1UWRA 3CUIA 1Y7VA 3AMKA 1V0LA 4PMOA 4J3WA 2WMFA 1E56A 2WK2A 3LPPA 4GI9A 3BH4A 1VFMA 1TUXA 3BAXA 3AIRA 1FFRA 2CERA 3WMCA 1BTCA 4PN2A 2J62A 3VIJA 4Z2GA 1VF8A 4MNKA 2V5DA 2WMIB 4H04A 3EBVA 1I75A 1SR0A 4AZCB 3RILA 4HZ7A 3F5KA 5JUVA 1W3HA 5IFTA 2BHYA 1E3ZA 4CN6A 4W88A 3O9NA 2W66A 4PMQA 4E4PA 5JBEA 5BROA 4J27A 1XH1A 2VX4A 2CXGA 2DSUA 3A3HA 2YL6A 2C7FA 4W93A 3GBEA 2CKSA 5I3DA 1B3WA 1HT6A 1V3HA 2XGIA 3K8KA 1E4LA 3RDKA 1CGTA 1WO2A 2O9PA 1DWAM 2ZUNA 3OLIA 3AZTA 4OBSA 2YL8A 4W86A 4AZIA 3BAKA 5A95A 3K8LA 4V2XA 1BHGA 2OYMA 4NRRA 9CGTA 1CECA 3ARVA 1ISYA 5M17A 1KR0A 2WZIA 3ARZA 5BYWA 3CZJA 3WQVA 1NWSA 3THDA 1CLXA 4A4AA 2EPOA 2WCAA 4EKJA 1GJWA 1CXIA 2WVSA 2JALA 1NOWA 4MTVA 3CMGA 1JZ4A 4Z2IA 4W85A 1OIFA 1GORA 5A69A 2YLAA 1V03A 3POHA 3QHNA 4WSJA 1OM0A 1OB0A 3WF1A 2UY5A 4D6CA 4H8UA 1BVZA 1UH4A 3CHFA 3RMEA 2BNJA 5A8MA 1FOBA 4FLRA 1DEDA 3ALGA 3N9KA 4M1RA 3QOMA 3M46A 3HJEA 3WQWA 1XYZA 4J3TA 3KE0A 2VT0A 2G3MA 2YLLA 1ISVA 5D9NA 2XTKA 3MUZ1 5FL1A 2O9RA 2G3JA 1JZ6A 3AROA 3VKKA 1R7AA 1E5NA 1ZS2A 2XWEA 3W28A 2FHBA 4TTGA 2PWFA 5FKYA 4UQAA 2A3BA 4EAMA 1WAWA 1H1NA 1UQZA 4EK7A 5CG0A 1MFVA 3SCUA 5LYRA 1XCWA 5D8WA 1E55A 1SMDA 1H2JA 2CKRA 4CCDA 4MJ4A 2GSJA 2BVDA 2VOTA 3W27A 3WD0A 1C7SA 3K46A 1MVYA 1NOFA 4PMUA 2WPGA 4QLJA 1PZ3A 1MQRA 4BCEA 3HMCA 1VRXA 3ARUA 2VVSA 2GFTA 1OT2A 2BFGA 2WHJA 3EDKA 2IXVA 2V3FA 1HNYA 3BC9A 1QNQA 2XFFA 1DWIM 1WZLA 2XVPA 4LYRA 1W3JA 2YL5A 4HU8A 5CLTA 5I77A 3B9DA 4P8VA 3AMDA 4CU7A 1XD0A 1UZ1A 3WD1A 5I23A 1W9VA 1JYXA 5E0FA 2W91A 1QBBA 2XFRA 3IK2A 4GZEA 4X0VA 4W87A 5I79A 3U7BA 4HPHA 4XUYA 4AW7A 1LF1A 3FAXA 3WUEA 2FHCA 4WK9A 3SCSA 3WNOA 1R87A 1OIMA 1RPKA 2C8NA 1BGAA 4IPNB 3SCNA 5DT7A 3ZMRA 1H4PA 3WDHA 1JXJA 2BHZA 4UQ9A 3CUGA 3GM8A 1GHRA 4DUWA 5GNZA 3ZJ8A 1JZ2A 2WVVA 3NYDA 4F79A 4ZE4A 1BYAA 2XWDA 2ZX6A 1PIFA 1TR1A 4D1IA 1E72M 2Z1SA 5HPCA 3AYSA 3RPMA 5A6LA 3WSUA 1FHLA 1UHVA 3B9AA 2CITA 1TVPA 3ZT5A 1QI4A 5EFDA 2VURA 1LLOA 3U5UA 2GJRA 1KCLA 5DT5A 3UG3A 4U3CA 3ZSSA 5E6ZA 2JEPA 4UFHA 1FH9A 3W26A 3GZAA 1IT0A 4Z2LA 4AIUA 3FY1A 2D0FA 4PSRA 3WNNA 3VDAA 1UR4A 1CLVA 1MYRA 4D6HA 1EHNA 3BMWA 1DTUA 1M01A 5CGMA 4DWSD 1EQPA 3UEQA 3EDEA 1UA7A 5GPRA 1MQPA 4AZ5A 3WH7A 4UOQA 1O7AA 3PZOA 3WD2A 1UD6A 3VD7A 4J3XA 4ATWA 4CD7A 1DP0A 5M3WA 1Q6DA 1W32A 1JZ5A 1CXKA 5FL0A 1HJQA 1JFXA 3TTYA 1CNVA 3VD3A 2UY2A 4N0RA 5CGTA 1ITXA 2J8FA 2O9TA 4LPCA 2XVKA 1QW8A 3D5HA 2WHKA 2G41A 2BVTA 2D20A 2W61A 4X0NA 2VX7A 1PEZA 1GUVA 2ZUMA 1H09A 3RJYA 2WVUA 1UKTA 3ZO9A 3NJ3A 4X9YA 4HA1A 2YBTA 3OA5A 1C8QA 2CBVA 3PTQA 3WMBA 2J7CA 1E0XA 2VC9A 2ZWYA 3WDPP 1TA3A 4W7UA 3T0DA 4DUXA 1VJZA 1HKJA 2J7FA 1J01A 2VQTA 1PZ2A 3B8SA 4MDPA 3N13A 4AD5A 1QHOA 2JFEX 3VGEA 2AMGA 5C8BB 3RM9A 2CEQA 3HU7A 2XIBA 3OLDA 3WQ6A 3CUHA 5HXMA 3T0AA 2NT0A 5ABFB 5AC5A 3A4AA 4QLKA 2J7DA 4J28A 5KZ6A 4PMVA 1VIWA 4U33A 4WJXA 5LA2A 4MNLA 1QPKA 2CYGA 2XUCA 1TVNA 1VEPA 2A3CA 5M5DA 2VRKA 5EB8A 4HTYA 1V02A 2DGAA 2J8GA 2BY2A 1GONA 1S46A 1ECEA 1GVYA 3MS8A 2WMKA 4C7FA 2EJ1A 1GJUA 3ARYA 1K9TA 4M24A 4CN4A 4AZ6A 1GOOA 1UR1A 4CVUA 1W9UA 5FCZA 2VMFA 4UZUA 1RD6A 3MKKA 5AY7A 1UWQA 4JHZA 4LQ1A 3RM4A 3L4TA 2J79A 3IJ8A 4MNJA 2EPNA 4TX6A 3CO4A 1XC6A 1E71M 3EDFA 5F7UA 3VMNA 2PBGA 1HJUA 2B31A 3A4XA 5JIWA 4DWSA 1KGXA 1XHGA 3WQ8A 1NWRA 1QI5A 2E9LA 3WH9A 1GNXA 2WBGA 1EDGA 5A6JA 3GXMA 3AHZA 3MV11 4UTFA 3BAYA 5AC4A 4HPGA 3FXYA 2Y2WA 1V6YA 1UQYA 3WFZA 4AD4A 1E5JA 3CTTA 4UR9A 4DWSC 5CSUA 4TVUA 1AQHA 2XIIA 1P6WA 3IAPA 3AXHA 4JL1A 1CGYA 3VIIA 1KWKA 3APGA 1VENA 3CGTA 2A3HA 3K1DA 4BZYA 3I3EA 3VX0A 4JFUA 1V0NA 3II1A 1BVNP 1ZU8A 1MFUA 1OGBA 3CHEA 4MAZA 5EFFA 4U2YA 3PBGA 4W5UA 2JIWA 1JG9A 4TVCA 1LL4A 4MB4A 3PZVA 2OWWA 3UESA 1BFNA 3A47A 1ZBCA 2VL4A 3BLKA 1HP5A 4XZBA 3KL0A 3WNMA 3WDQA 2G4FA 3L2LA 1L8NA 3MV01 1EO5A 1HKIA 2FHFA 4ML4A 2YDQA 3VNZA 4W84A 1W9PA 2DT0A 3WIJA 1WZAA 3OZPA 4KH2A 3T08A 4TXEA 3S6TA 3WH8A 2X2YA 5IHRA 4HA4A 1HKMA 1UWUA 3VU2A 1GQLA 5BWFA 2OLHA 1LQ0A 3EDDA 3CHDA 3AISA 2CETA 3WELA 3RJXA 1YQ2A 3MSGA 3KZSA 4C7DA 1J12A 1MW0A 4PMRA 3AIEA 1E6RA 4FMVA 2DH3A 1UD5A 2A3EA 2JEQA 4M56A 1V3JA 3CZ8A 3OB8A 3RIKA 1B3YA 1J11A 1YHTA 4YHEA 1KFWA 5JBDA 1J0JA 3ECQA 1V3MA 5HNNA 4B16A 1ISZA 4PTMA 5HOSA 1BYBA 1JDDA 1CYGA 2FGLA 1SMAA 3I3BA 4CUCA 3VO0A 1CDGA 2WCSA 4F9DA 3W38A 1HL8A 2VZVA 1NQ6A 1VAHA 5D9OA 3LPOA 3DHPA 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1HJVA 2J7EA 2UY3A 4UQEA 1UKPA 2V3DA 3VM5A 5HPOA 1MXGA 1ZJBA 2IXUA 4A3YA 2WBKA 3GDBA 1EA9C 2ZUVA 1JF5A 3ARTA 2BHUA 3MUY1 1JYNA 3VGBA 1Q6EA 4H8HA 3SIMA 3AS0A 1ITCA 1M7XA 3WL1A 1U33A 2Q8XA 3AZSA 1MXDA 3WEZA 1RP8A 1ZBVA 1UD2A 1UD8A 2V3EA 3AICA 2DT1A 3UR8A 4HOWA 1EIBA 1CXLA 5IDIA 5IHSA 5I78A 1GOKA 2V38A 4HP5A 1OWQA 2WANA 1KQZA 2WMHA 7TAAA 2A3AA 1B3XA 3VOCA 3ARWA 4WKAA 4MDOA 4F9JA 3WMSA 2VJXA 1QNPA 4AD3A 5AYBA 5CPQA 2WAGA 1G0CA 2YL9A 4UQBA 3KL5A 4NI3A 4FLQA 1IV8A 1DHKA 1UKSA 4N42A 4P7QA 3GXDA 2YKKA 2Y5EA 4OJYA 4MB5A 5D8ZA 4ACYA 2V3GA 4D6FA 1RH9A 1PJ9A 4CCCA 5GNYA 2AAAA 2WXDM 5DO8A 2DH2A 1HVQA 1CBGA 2WVTA 2G8ZA 5A8NA 1FP9A 2QV4A 1XCXA 3G6LA 1I1WA 2GDUA 4A3HA 4PSPA 4P7NA 1XRVA 2XSAA 3IAQA 1GCYA 2WW5A 1EHAA 1NWUA 3T0BA 4B9ZA 1CZ1A 4AZGA 4B3LA 1VB9A 2RGMA 5A8OA 1L0PA 1G94A 1VFFA 2F61A 2WZEA 1U30A 3MSDA 4FK9A 3VNYA 1J0HA 2TAAA 2XJ7A 1F4HA 2DPEA 2YA1A 5BCAA 1ESWA 1R8LA 4CD4A 2DSWA 4GZIA 2ZX8A 1KR1A 2ZX7A 2DIJA 2XVGA 4B9YA 5FIPA 2FH6A 2EPKX 2ZX9A 4AC1X 3NDYA 1LL7A 1UWSA 4JKMA 3VIHA 4QP0A 3AHXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5M17A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations